####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS494_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS494_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 31 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 16 98 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 18 109 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 63 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 105 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 25 47 104 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 20 101 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 59 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 32 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 71 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 75 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 72 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 25 102 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 51 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 23 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 41 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 21 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 55 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 6 60 118 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 120 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 84.44 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.48 0.61 0.71 0.74 0.85 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.89 0.90 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 278 D 278 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.543 0 0.100 0.100 0.790 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.297 0 0.040 0.219 0.920 95.455 93.939 0.920 LGA W 167 W 167 0.196 0 0.205 0.174 1.355 95.455 86.104 1.355 LGA I 168 I 168 0.904 0 0.219 1.568 3.941 81.818 62.273 2.545 LGA S 169 S 169 1.266 0 0.599 0.754 3.710 60.000 50.303 3.710 LGA G 170 G 170 1.297 0 0.111 0.111 1.616 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.812 0 0.085 1.334 5.393 77.727 53.636 3.014 LGA A 172 A 172 0.589 0 0.029 0.031 0.810 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.203 0 0.039 0.160 0.600 100.000 97.403 0.600 LGA Y 174 Y 174 0.463 0 0.000 0.158 1.245 100.000 85.152 1.245 LGA G 175 G 175 0.389 0 0.088 0.088 0.546 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.255 0 0.090 0.133 0.597 95.455 98.485 0.365 LGA Q 177 Q 177 0.405 0 0.059 0.312 1.857 95.455 81.212 1.857 LGA L 178 L 178 0.287 0 0.100 0.146 1.498 95.455 86.591 1.498 LGA N 179 N 179 1.408 0 0.165 0.721 5.107 59.091 35.682 5.107 LGA K 180 K 180 3.845 0 0.321 1.312 10.174 20.455 9.091 9.646 LGA K 181 K 181 1.486 0 0.425 1.321 12.033 69.545 32.929 12.033 LGA T 182 T 182 0.844 0 0.044 1.103 3.593 77.727 64.935 3.593 LGA S 183 S 183 0.713 0 0.115 0.103 0.991 86.364 84.848 0.954 LGA K 184 K 184 0.905 0 0.130 1.012 3.705 73.636 64.848 3.705 LGA L 185 L 185 0.153 0 0.063 0.098 0.583 95.455 95.455 0.535 LGA D 186 D 186 0.218 0 0.032 0.492 1.657 100.000 91.591 0.670 LGA P 187 P 187 0.378 0 0.000 0.330 0.823 90.909 89.610 0.823 LGA V 188 V 188 0.679 0 0.009 0.025 0.757 81.818 81.818 0.757 LGA E 189 E 189 0.626 0 0.060 0.198 0.885 81.818 81.818 0.565 LGA D 190 D 190 0.762 0 0.072 0.656 3.000 86.364 69.318 3.000 LGA E 191 E 191 0.478 0 0.017 0.420 2.003 95.455 85.051 2.003 LGA A 192 A 192 0.341 0 0.024 0.033 0.448 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.280 0 0.047 0.302 1.767 100.000 88.687 1.767 LGA V 194 V 194 0.317 0 0.020 0.084 0.486 100.000 100.000 0.486 LGA V 195 V 195 0.273 0 0.000 0.077 0.611 100.000 97.403 0.180 LGA Q 196 Q 196 0.272 0 0.056 0.355 1.847 100.000 85.253 1.516 LGA L 197 L 197 0.219 0 0.013 0.144 0.648 100.000 97.727 0.648 LGA I 198 I 198 0.162 0 0.079 0.178 0.586 100.000 97.727 0.162 LGA F 199 F 199 0.237 0 0.045 0.096 0.458 100.000 100.000 0.375 LGA N 200 N 200 0.378 0 0.030 0.729 1.826 100.000 85.455 1.526 LGA I 201 I 201 0.172 0 0.043 0.083 0.321 100.000 100.000 0.094 LGA F 202 F 202 0.196 0 0.037 0.059 0.400 100.000 100.000 0.385 LGA L 203 L 203 0.359 0 0.048 0.125 0.879 95.455 93.182 0.713 LGA N 204 N 204 0.438 0 0.044 0.152 1.463 100.000 84.773 1.463 LGA G 205 G 205 0.421 0 0.041 0.041 0.676 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.395 0 0.000 0.053 0.672 90.909 95.455 0.299 LGA N 207 N 207 0.813 0 0.000 0.711 2.874 81.818 72.955 0.844 LGA G 208 G 208 0.864 0 0.026 0.026 1.084 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 1.065 0 0.055 0.569 2.905 77.727 59.192 2.905 LGA D 210 D 210 1.044 0 0.063 0.926 3.188 69.545 59.773 3.188 LGA Y 211 Y 211 1.613 0 0.180 0.706 1.838 58.182 60.909 0.998 LGA S 212 S 212 2.348 0 0.645 0.805 5.958 36.364 26.061 5.958 LGA Y 213 Y 213 3.092 0 0.157 1.124 14.940 36.364 12.273 14.940 LGA A 215 A 215 1.023 0 0.176 0.183 2.099 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.356 0 0.000 0.245 0.714 100.000 93.182 0.649 LGA A 217 A 217 0.349 0 0.063 0.088 0.421 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.639 0 0.035 0.201 1.664 90.909 82.727 1.664 LGA H 219 H 219 0.323 0 0.054 0.201 1.090 95.455 87.636 1.090 LGA L 220 L 220 0.404 0 0.017 0.103 0.717 100.000 93.182 0.717 LGA T 221 T 221 0.185 0 0.027 0.035 0.324 100.000 100.000 0.205 LGA N 222 N 222 0.458 0 0.062 0.055 0.769 90.909 95.455 0.499 LGA L 223 L 223 0.659 0 0.065 0.210 1.345 86.364 82.045 0.661 LGA Q 224 Q 224 0.549 0 0.127 0.819 2.687 81.818 74.141 2.687 LGA I 225 I 225 0.585 0 0.052 0.115 0.675 81.818 88.636 0.190 LGA P 226 P 226 0.437 0 0.080 0.131 0.944 90.909 89.610 0.549 LGA T 227 T 227 0.241 0 0.051 0.484 1.239 100.000 90.130 1.239 LGA P 228 P 228 0.576 0 0.000 0.062 0.804 81.818 87.013 0.422 LGA S 229 S 229 0.992 0 0.245 0.245 1.386 81.818 76.364 1.308 LGA G 230 G 230 0.791 0 0.115 0.115 1.436 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.264 0 0.034 0.867 3.832 100.000 74.343 3.832 LGA K 232 K 232 0.243 0 0.147 1.130 6.746 95.455 65.253 6.746 LGA R 233 R 233 0.270 0 0.106 1.194 5.648 95.455 56.198 3.104 LGA W 234 W 234 0.402 0 0.056 0.190 0.904 95.455 85.714 0.858 LGA N 235 N 235 0.553 0 0.033 0.394 2.328 86.364 72.727 2.328 LGA Q 236 Q 236 0.676 0 0.000 1.041 3.977 81.818 62.424 3.977 LGA Y 237 Y 237 0.539 0 0.075 0.241 0.899 81.818 84.848 0.550 LGA T 238 T 238 0.284 0 0.036 0.127 0.584 95.455 94.805 0.584 LGA I 239 I 239 0.347 0 0.020 0.109 0.451 100.000 100.000 0.405 LGA K 240 K 240 0.739 0 0.037 0.906 3.160 86.364 67.879 3.160 LGA A 241 A 241 0.450 0 0.036 0.039 0.643 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.225 0 0.031 0.157 0.411 100.000 100.000 0.238 LGA L 243 L 243 0.137 0 0.061 0.110 0.423 100.000 100.000 0.117 LGA Q 244 Q 244 0.240 0 0.224 0.565 2.925 95.455 73.535 2.319 LGA N 245 N 245 0.094 0 0.039 0.167 0.750 100.000 97.727 0.148 LGA E 246 E 246 0.064 0 0.032 0.532 2.046 100.000 87.273 2.046 LGA V 247 V 247 0.153 0 0.021 0.239 0.628 100.000 94.805 0.615 LGA Y 248 Y 248 0.267 0 0.041 0.088 0.556 100.000 98.485 0.483 LGA I 249 I 249 0.094 0 0.020 0.062 0.507 100.000 97.727 0.507 LGA G 250 G 250 0.194 0 0.078 0.078 0.312 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.186 0 0.072 0.111 0.380 100.000 100.000 0.380 LGA V 252 V 252 0.263 0 0.098 0.154 0.776 95.455 92.208 0.776 LGA K 253 K 253 0.420 0 0.046 0.126 0.911 95.455 91.919 0.911 LGA Y 254 Y 254 0.543 0 0.038 0.337 2.523 95.455 71.364 2.523 LGA K 255 K 255 0.633 0 0.023 0.664 2.266 81.818 75.152 2.266 LGA V 256 V 256 0.908 0 0.077 0.092 1.007 81.818 79.481 0.862 LGA R 257 R 257 1.012 0 0.089 1.348 5.154 61.818 54.215 2.991 LGA E 258 E 258 1.104 0 0.081 0.264 2.880 65.455 52.323 2.880 LGA K 259 K 259 1.587 0 0.069 0.693 5.336 61.818 39.192 5.336 LGA T 260 T 260 1.419 0 0.053 0.457 2.210 58.182 55.325 1.860 LGA K 261 K 261 1.980 0 0.078 0.294 3.196 50.909 41.818 3.196 LGA D 262 D 262 2.002 0 0.218 0.785 3.121 41.364 43.864 3.121 LGA G 263 G 263 1.825 0 0.073 0.073 1.854 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.312 0 0.133 0.403 2.041 61.818 62.828 2.041 LGA R 265 R 265 1.435 0 0.094 0.945 7.394 61.818 32.562 7.394 LGA T 266 T 266 1.074 0 0.051 0.266 1.291 73.636 77.403 1.103 LGA I 267 I 267 0.821 0 0.093 0.183 1.233 77.727 77.727 1.081 LGA R 268 R 268 0.231 0 0.031 0.989 2.549 100.000 83.967 1.974 LGA P 269 P 269 0.344 0 0.056 0.086 0.764 90.909 94.805 0.142 LGA E 270 E 270 0.894 0 0.017 1.343 4.521 81.818 59.596 4.521 LGA K 271 K 271 1.201 0 0.045 1.236 8.933 73.636 39.798 8.933 LGA E 272 E 272 0.800 0 0.074 0.667 1.783 86.364 80.606 1.434 LGA Q 273 Q 273 0.083 0 0.073 0.204 0.915 100.000 93.939 0.915 LGA I 274 I 274 0.173 0 0.031 0.110 0.543 100.000 97.727 0.543 LGA V 275 V 275 0.248 0 0.028 0.051 0.319 100.000 100.000 0.200 LGA V 276 V 276 0.311 0 0.030 0.042 0.561 100.000 97.403 0.364 LGA Q 277 Q 277 0.272 0 0.071 0.804 2.140 100.000 85.657 1.524 LGA D 278 D 278 0.096 0 0.081 0.674 2.028 100.000 81.818 1.887 LGA A 279 A 279 0.132 0 0.033 0.064 0.248 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.282 0 0.040 0.310 0.690 100.000 94.545 0.690 LGA A 281 A 281 0.221 0 0.041 0.043 0.332 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.092 0 0.040 0.056 0.218 100.000 100.000 0.140 LGA I 283 I 283 0.310 0 0.029 0.095 0.634 95.455 93.182 0.634 LGA I 284 I 284 0.212 0 0.043 0.088 0.340 100.000 100.000 0.299 LGA D 285 D 285 0.161 0 0.056 0.378 1.428 100.000 91.136 0.910 LGA K 286 K 286 0.218 0 0.007 0.328 2.621 100.000 80.606 2.621 LGA E 287 E 287 0.626 0 0.031 0.912 4.812 86.364 55.960 4.812 LGA Q 288 Q 288 0.542 0 0.037 0.568 2.675 90.909 66.667 2.675 LGA F 289 F 289 0.157 0 0.058 0.104 0.462 100.000 100.000 0.455 LGA Q 290 Q 290 0.290 0 0.033 1.015 2.248 100.000 86.263 2.102 LGA Q 291 Q 291 0.187 0 0.051 0.265 1.672 100.000 88.485 0.555 LGA S 292 S 292 0.174 0 0.043 0.085 0.215 100.000 100.000 0.064 LGA Q 293 Q 293 0.250 0 0.000 0.188 0.558 95.455 97.980 0.444 LGA V 294 V 294 0.339 0 0.031 0.116 0.548 100.000 97.403 0.548 LGA K 295 K 295 0.231 0 0.089 0.296 0.824 95.455 91.919 0.397 LGA I 296 I 296 0.503 0 0.044 0.205 1.067 82.273 91.136 0.347 LGA A 297 A 297 1.142 0 0.057 0.058 1.776 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.930 0 0.093 0.639 1.456 73.636 78.182 0.462 LGA K 299 K 299 3.167 0 0.394 0.627 15.243 46.818 20.808 15.243 LGA V 300 V 300 2.076 0 0.171 0.185 5.142 47.727 28.312 5.142 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.890 0.855 1.934 86.993 79.583 60.749 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.370 97.875 13.632 LGA_LOCAL RMSD: 0.890 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.890 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.890 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.005447 * X + 0.283807 * Y + -0.958866 * Z + 160.761475 Y_new = 0.984395 * X + 0.167138 * Y + 0.055062 * Z + 155.475266 Z_new = 0.175890 * X + -0.944203 * Y + -0.278467 * Z + 144.035797 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.565263 -0.176810 -1.857589 [DEG: 89.6830 -10.1305 -106.4320 ] ZXZ: -1.628158 1.852994 2.957419 [DEG: -93.2866 106.1687 169.4476 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS494_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS494_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.875 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS494_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1670 N GLY 165 153.902 184.941 153.069 1.00 87.00 ATOM 1672 CA GLY 165 153.410 185.740 154.184 1.00 87.17 ATOM 1673 C GLY 165 151.903 185.741 154.288 1.00 88.56 ATOM 1674 O GLY 165 151.285 186.732 154.643 1.00 86.09 ATOM 1675 N LYS 166 151.334 184.583 153.935 1.00 88.39 ATOM 1677 CA LYS 166 149.884 184.451 154.022 1.00 88.22 ATOM 1678 CB LYS 166 149.345 183.874 152.711 1.00 86.61 ATOM 1679 CG LYS 166 149.714 184.719 151.487 1.00 83.65 ATOM 1680 CD LYS 166 149.612 183.927 150.182 1.00 80.44 ATOM 1681 CE LYS 166 150.087 184.714 148.958 1.00 75.40 ATOM 1682 NZ LYS 166 150.330 183.781 147.850 1.00 68.60 ATOM 1686 C LYS 166 149.480 183.584 155.201 1.00 88.99 ATOM 1687 O LYS 166 150.094 182.567 155.506 1.00 87.10 ATOM 1688 N TRP 167 148.413 184.039 155.870 1.00 89.31 ATOM 1690 CA TRP 167 147.865 183.249 156.968 1.00 89.92 ATOM 1691 CB TRP 167 147.054 184.144 157.913 1.00 89.10 ATOM 1692 CG TRP 167 146.487 183.382 159.096 1.00 89.25 ATOM 1693 CD2 TRP 167 147.143 183.051 160.339 1.00 87.83 ATOM 1694 CE2 TRP 167 146.185 182.352 161.152 1.00 87.19 ATOM 1695 CE3 TRP 167 148.415 183.367 160.864 1.00 86.84 ATOM 1696 CD1 TRP 167 145.205 182.811 159.200 1.00 86.16 ATOM 1697 NE1 TRP 167 145.026 182.191 160.398 1.00 86.01 ATOM 1699 CZ2 TRP 167 146.563 181.896 162.434 1.00 86.55 ATOM 1700 CZ3 TRP 167 148.773 182.914 162.151 1.00 84.70 ATOM 1701 CH2 TRP 167 147.843 182.204 162.942 1.00 84.27 ATOM 1702 C TRP 167 147.034 182.092 156.452 1.00 89.36 ATOM 1703 O TRP 167 146.015 182.257 155.793 1.00 86.34 ATOM 1704 N ILE 168 147.536 180.906 156.805 1.00 87.23 ATOM 1706 CA ILE 168 146.803 179.708 156.408 1.00 85.37 ATOM 1707 CB ILE 168 147.425 179.045 155.159 1.00 81.93 ATOM 1708 CG2 ILE 168 146.703 179.538 153.905 1.00 74.32 ATOM 1709 CG1 ILE 168 148.945 179.231 155.020 1.00 77.27 ATOM 1710 CD1 ILE 168 149.787 178.479 156.047 1.00 70.62 ATOM 1711 C ILE 168 146.574 178.705 157.527 1.00 84.24 ATOM 1712 O ILE 168 146.306 177.526 157.287 1.00 77.98 ATOM 1713 N SER 169 146.710 179.223 158.755 1.00 84.51 ATOM 1715 CA SER 169 146.270 178.428 159.898 1.00 83.19 ATOM 1716 CB SER 169 147.190 178.714 161.088 1.00 79.43 ATOM 1717 OG SER 169 147.056 177.701 162.098 1.00 74.34 ATOM 1719 C SER 169 144.807 178.736 160.179 1.00 82.56 ATOM 1720 O SER 169 144.167 179.390 159.365 1.00 76.30 ATOM 1721 N GLY 170 144.309 178.240 161.325 1.00 79.77 ATOM 1723 CA GLY 170 142.885 178.415 161.610 1.00 79.12 ATOM 1724 C GLY 170 142.488 179.820 162.029 1.00 81.66 ATOM 1725 O GLY 170 142.473 180.760 161.240 1.00 78.16 ATOM 1726 N LEU 171 142.140 179.921 163.322 1.00 82.99 ATOM 1728 CA LEU 171 141.733 181.240 163.805 1.00 82.65 ATOM 1729 CB LEU 171 141.166 181.170 165.224 1.00 79.82 ATOM 1730 CG LEU 171 139.846 180.402 165.329 1.00 75.57 ATOM 1731 CD1 LEU 171 139.394 180.266 166.783 1.00 69.29 ATOM 1732 CD2 LEU 171 138.749 181.011 164.450 1.00 68.46 ATOM 1733 C LEU 171 142.878 182.219 163.756 1.00 83.92 ATOM 1734 O LEU 171 144.030 181.854 163.959 1.00 81.67 ATOM 1735 N ALA 172 142.482 183.447 163.419 1.00 86.03 ATOM 1737 CA ALA 172 143.460 184.524 163.412 1.00 86.31 ATOM 1738 CB ALA 172 142.917 185.665 162.552 1.00 84.27 ATOM 1739 C ALA 172 143.684 184.972 164.845 1.00 87.37 ATOM 1740 O ALA 172 142.781 184.860 165.672 1.00 85.28 ATOM 1741 N PRO 173 144.932 185.414 165.134 1.00 88.76 ATOM 1742 CD PRO 173 146.081 185.457 164.238 1.00 87.07 ATOM 1743 CA PRO 173 145.247 185.885 166.487 1.00 88.91 ATOM 1744 CB PRO 173 146.726 186.272 166.375 1.00 87.35 ATOM 1745 CG PRO 173 147.270 185.486 165.184 1.00 84.06 ATOM 1746 C PRO 173 144.385 187.063 166.905 1.00 89.44 ATOM 1747 O PRO 173 143.804 187.751 166.075 1.00 87.77 ATOM 1748 N TYR 174 144.355 187.291 168.226 1.00 89.86 ATOM 1750 CA TYR 174 143.640 188.483 168.694 1.00 90.10 ATOM 1751 CB TYR 174 143.703 188.497 170.228 1.00 89.65 ATOM 1752 CG TYR 174 142.778 189.509 170.873 1.00 90.49 ATOM 1753 CD1 TYR 174 143.340 190.559 171.624 1.00 84.00 ATOM 1754 CE1 TYR 174 142.492 191.467 172.280 1.00 83.60 ATOM 1755 CD2 TYR 174 141.382 189.361 170.741 1.00 84.51 ATOM 1756 CE2 TYR 174 140.531 190.267 171.398 1.00 83.53 ATOM 1757 CZ TYR 174 141.095 191.305 172.164 1.00 87.93 ATOM 1758 OH TYR 174 140.256 192.182 172.823 1.00 86.92 ATOM 1760 C TYR 174 144.252 189.738 168.088 1.00 90.10 ATOM 1761 O TYR 174 145.470 189.835 167.996 1.00 88.12 ATOM 1762 N GLY 175 143.383 190.654 167.660 1.00 88.98 ATOM 1764 CA GLY 175 143.912 191.836 166.988 1.00 88.94 ATOM 1765 C GLY 175 143.964 191.744 165.473 1.00 90.48 ATOM 1766 O GLY 175 144.227 192.717 164.776 1.00 87.73 ATOM 1767 N TYR 176 143.736 190.528 164.961 1.00 90.89 ATOM 1769 CA TYR 176 143.842 190.395 163.514 1.00 91.32 ATOM 1770 CB TYR 176 145.153 189.706 163.116 1.00 91.21 ATOM 1771 CG TYR 176 146.367 190.582 163.347 1.00 91.97 ATOM 1772 CD1 TYR 176 146.568 191.712 162.529 1.00 86.53 ATOM 1773 CE1 TYR 176 147.721 192.493 162.713 1.00 85.42 ATOM 1774 CD2 TYR 176 147.282 190.227 164.360 1.00 86.79 ATOM 1775 CE2 TYR 176 148.439 191.005 164.540 1.00 85.57 ATOM 1776 CZ TYR 176 148.648 192.125 163.710 1.00 90.14 ATOM 1777 OH TYR 176 149.791 192.889 163.876 1.00 89.22 ATOM 1779 C TYR 176 142.687 189.624 162.919 1.00 91.23 ATOM 1780 O TYR 176 142.318 188.546 163.369 1.00 89.47 ATOM 1781 N GLN 177 142.151 190.197 161.837 1.00 90.21 ATOM 1783 CA GLN 177 141.305 189.325 161.037 1.00 89.89 ATOM 1784 CB GLN 177 139.989 189.989 160.602 1.00 87.93 ATOM 1785 CG GLN 177 140.106 191.085 159.535 1.00 80.17 ATOM 1786 CD GLN 177 138.729 191.369 158.969 1.00 79.45 ATOM 1787 OE1 GLN 177 138.110 190.542 158.295 1.00 70.47 ATOM 1788 NE2 GLN 177 138.255 192.573 159.282 1.00 69.22 ATOM 1791 C GLN 177 142.038 188.768 159.837 1.00 90.20 ATOM 1792 O GLN 177 142.983 189.342 159.306 1.00 88.39 ATOM 1793 N LEU 178 141.524 187.620 159.394 1.00 89.26 ATOM 1795 CA LEU 178 141.983 187.156 158.093 1.00 88.88 ATOM 1796 CB LEU 178 141.756 185.645 157.979 1.00 86.89 ATOM 1797 CG LEU 178 142.255 184.998 156.680 1.00 84.03 ATOM 1798 CD1 LEU 178 143.752 185.198 156.458 1.00 75.66 ATOM 1799 CD2 LEU 178 141.884 183.517 156.616 1.00 76.52 ATOM 1800 C LEU 178 141.288 187.917 156.982 1.00 88.81 ATOM 1801 O LEU 178 140.067 187.876 156.847 1.00 86.61 ATOM 1802 N ASN 179 142.117 188.596 156.193 1.00 87.28 ATOM 1804 CA ASN 179 141.660 189.159 154.927 1.00 86.41 ATOM 1805 CB ASN 179 142.650 190.217 154.460 1.00 84.84 ATOM 1806 CG ASN 179 142.204 190.925 153.192 1.00 82.61 ATOM 1807 OD1 ASN 179 141.728 190.333 152.222 1.00 73.33 ATOM 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