####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS489_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS489_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 70 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 35 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 24 57 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 24 107 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 61 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 46 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 98 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 24 98 122 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 8 83 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 63 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 50 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 50 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 64 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 40 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 40 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 57 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 59 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 47 108 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 17 101 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 100 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 101 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 68 116 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 21 31 118 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 91 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 56 109 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 52 108 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 52 103 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 47 103 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 1 3 8 74 117 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 3 102 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 112 127 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 82.96 94.07 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.36 0.53 0.68 0.73 0.81 0.92 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 0.99 1.00 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.647 0 0.028 0.028 0.704 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.508 0 0.000 0.139 1.462 90.909 84.040 1.462 LGA W 167 W 167 0.293 0 0.168 0.191 0.588 95.455 98.701 0.396 LGA I 168 I 168 1.017 0 0.044 0.249 2.456 65.909 60.455 1.392 LGA S 169 S 169 2.152 0 0.481 0.852 4.342 62.727 43.636 4.342 LGA G 170 G 170 2.110 0 0.215 0.215 2.110 58.636 58.636 - LGA L 171 L 171 0.683 0 0.086 1.419 5.353 73.636 52.727 2.783 LGA A 172 A 172 0.404 0 0.026 0.042 0.595 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.267 0 0.020 0.104 0.381 100.000 100.000 0.253 LGA Y 174 Y 174 0.466 0 0.065 0.220 1.028 90.909 83.485 1.028 LGA G 175 G 175 0.454 0 0.094 0.094 0.454 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.449 0 0.021 0.186 0.716 90.909 92.424 0.510 LGA Q 177 Q 177 0.722 0 0.047 0.444 1.617 81.818 78.384 0.971 LGA L 178 L 178 0.426 0 0.067 0.307 2.023 90.909 80.909 2.023 LGA N 179 N 179 1.269 0 0.176 0.647 4.758 62.273 37.500 4.758 LGA K 180 K 180 4.049 0 0.318 0.972 13.645 19.091 8.485 13.645 LGA K 181 K 181 1.586 0 0.437 0.969 10.408 65.909 30.707 10.408 LGA T 182 T 182 0.727 0 0.034 1.069 3.162 86.364 72.987 3.162 LGA S 183 S 183 0.878 0 0.130 0.120 1.140 86.364 79.394 1.140 LGA K 184 K 184 0.681 0 0.053 0.781 2.165 86.364 77.374 2.165 LGA L 185 L 185 0.333 0 0.053 0.085 0.592 95.455 97.727 0.441 LGA D 186 D 186 0.223 0 0.067 0.101 0.723 95.455 97.727 0.200 LGA P 187 P 187 0.630 0 0.010 0.164 1.412 78.182 82.338 0.644 LGA V 188 V 188 0.903 0 0.053 0.038 1.084 81.818 79.481 1.084 LGA E 189 E 189 1.012 0 0.034 0.557 2.847 69.545 65.051 2.847 LGA D 190 D 190 0.833 0 0.032 0.039 1.091 81.818 77.727 1.091 LGA E 191 E 191 0.687 0 0.000 0.068 1.110 86.364 82.020 1.110 LGA A 192 A 192 0.296 0 0.027 0.037 0.391 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.423 0 0.068 0.175 1.526 95.455 80.808 1.526 LGA V 194 V 194 0.468 0 0.009 0.049 0.561 100.000 97.403 0.561 LGA V 195 V 195 0.266 0 0.011 0.044 0.403 100.000 100.000 0.320 LGA Q 196 Q 196 0.217 0 0.022 0.305 1.543 100.000 86.869 1.543 LGA L 197 L 197 0.339 0 0.004 0.170 0.574 100.000 97.727 0.574 LGA I 198 I 198 0.389 0 0.029 0.109 0.561 100.000 97.727 0.376 LGA F 199 F 199 0.442 0 0.000 0.045 0.591 100.000 93.388 0.541 LGA N 200 N 200 0.464 0 0.033 0.542 1.262 95.455 86.818 1.262 LGA I 201 I 201 0.365 0 0.022 0.067 0.533 95.455 97.727 0.218 LGA F 202 F 202 0.519 0 0.025 0.086 0.713 86.364 88.430 0.432 LGA L 203 L 203 0.492 0 0.084 0.134 0.757 86.364 90.909 0.421 LGA N 204 N 204 0.547 0 0.038 0.093 0.830 81.818 84.091 0.595 LGA G 205 G 205 0.678 0 0.040 0.040 0.768 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.760 0 0.000 0.419 2.338 81.818 74.318 0.595 LGA N 207 N 207 0.987 0 0.028 0.166 1.247 73.636 75.682 0.865 LGA G 208 G 208 1.457 0 0.077 0.077 2.072 55.000 55.000 - LGA K 209 K 209 1.514 0 0.072 0.213 2.535 61.818 51.717 2.535 LGA D 210 D 210 1.503 0 0.072 0.187 1.647 61.818 63.864 0.886 LGA Y 211 Y 211 2.012 0 0.051 0.616 2.505 47.727 45.758 2.174 LGA S 212 S 212 2.499 0 0.632 0.789 5.910 36.364 26.061 5.910 LGA Y 213 Y 213 2.924 0 0.134 1.096 14.387 41.818 14.091 14.387 LGA A 215 A 215 0.995 0 0.156 0.165 1.911 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.338 0 0.000 0.154 0.554 100.000 97.727 0.223 LGA A 217 A 217 0.338 0 0.037 0.060 0.382 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.407 0 0.006 0.070 1.039 100.000 91.212 1.039 LGA H 219 H 219 0.278 0 0.043 0.884 2.172 100.000 82.182 1.554 LGA L 220 L 220 0.290 0 0.000 0.185 0.547 100.000 97.727 0.547 LGA T 221 T 221 0.238 0 0.022 0.059 0.390 100.000 100.000 0.259 LGA N 222 N 222 0.411 0 0.038 0.157 0.676 90.909 93.182 0.561 LGA L 223 L 223 0.560 0 0.041 0.048 0.793 86.364 84.091 0.630 LGA Q 224 Q 224 0.467 0 0.037 0.139 0.883 95.455 89.899 0.623 LGA I 225 I 225 0.371 0 0.058 0.102 0.441 100.000 100.000 0.344 LGA P 226 P 226 0.254 0 0.042 0.192 1.072 100.000 92.468 1.072 LGA T 227 T 227 0.249 0 0.031 0.129 0.389 100.000 100.000 0.389 LGA P 228 P 228 0.527 0 0.049 0.094 0.562 86.364 89.610 0.417 LGA S 229 S 229 0.473 0 0.059 0.365 1.227 95.455 91.212 1.227 LGA G 230 G 230 0.615 0 0.050 0.050 0.977 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.403 0 0.021 0.502 1.258 100.000 86.263 1.258 LGA K 232 K 232 0.455 0 0.062 0.256 0.591 95.455 95.960 0.474 LGA R 233 R 233 0.526 0 0.052 1.148 6.183 90.909 52.893 3.528 LGA W 234 W 234 0.532 0 0.054 0.135 0.560 86.364 92.208 0.425 LGA N 235 N 235 0.645 0 0.052 0.500 1.966 81.818 71.818 1.966 LGA Q 236 Q 236 0.631 0 0.000 0.905 3.284 90.909 70.505 3.284 LGA Y 237 Y 237 0.424 0 0.079 0.164 1.057 95.455 86.515 1.057 LGA T 238 T 238 0.524 0 0.039 0.044 0.611 95.455 89.610 0.566 LGA I 239 I 239 0.340 0 0.048 0.137 0.485 100.000 100.000 0.485 LGA K 240 K 240 0.483 0 0.019 0.181 3.119 100.000 71.515 3.119 LGA A 241 A 241 0.327 0 0.069 0.077 0.498 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.369 0 0.038 0.117 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA L 243 L 243 0.385 0 0.034 0.078 0.562 95.455 97.727 0.362 LGA Q 244 Q 244 0.304 0 0.032 0.145 0.879 100.000 93.939 0.879 LGA N 245 N 245 0.295 0 0.056 0.084 0.544 100.000 97.727 0.441 LGA E 246 E 246 0.284 0 0.039 0.702 2.266 100.000 87.273 1.423 LGA V 247 V 247 0.242 0 0.034 0.604 1.523 100.000 88.052 1.248 LGA Y 248 Y 248 0.294 0 0.065 0.211 1.446 95.455 86.818 1.446 LGA I 249 I 249 0.214 0 0.034 0.063 0.580 100.000 95.455 0.577 LGA G 250 G 250 0.211 0 0.021 0.021 0.314 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.345 0 0.089 0.127 0.403 100.000 100.000 0.313 LGA V 252 V 252 0.447 0 0.015 0.124 0.790 86.364 89.610 0.638 LGA K 253 K 253 0.476 0 0.043 0.075 0.967 90.909 87.879 0.967 LGA Y 254 Y 254 0.795 0 0.040 0.179 2.731 81.818 60.758 2.731 LGA K 255 K 255 1.080 0 0.074 0.157 1.440 69.545 69.091 1.002 LGA V 256 V 256 1.252 0 0.038 0.085 1.317 65.455 65.455 1.190 LGA R 257 R 257 1.114 0 0.049 1.044 4.512 65.455 51.405 2.781 LGA E 258 E 258 1.242 0 0.022 0.295 2.463 65.455 59.192 2.463 LGA K 259 K 259 1.246 0 0.027 0.372 1.390 65.455 74.747 0.627 LGA T 260 T 260 1.107 0 0.000 0.400 2.095 65.455 61.558 1.080 LGA K 261 K 261 1.190 0 0.033 0.317 1.833 65.455 62.222 1.833 LGA D 262 D 262 0.901 0 0.073 1.093 3.985 77.727 56.136 3.214 LGA G 263 G 263 0.950 0 0.039 0.039 0.950 81.818 81.818 - LGA K 264 K 264 1.013 0 0.047 0.491 2.034 65.455 68.081 2.034 LGA R 265 R 265 1.127 0 0.059 0.924 4.131 65.455 52.397 4.131 LGA T 266 T 266 1.448 0 0.047 0.102 1.559 61.818 63.377 1.464 LGA I 267 I 267 1.237 0 0.000 0.075 1.528 65.455 63.636 1.528 LGA R 268 R 268 1.116 0 0.028 1.181 3.341 69.545 55.207 3.341 LGA P 269 P 269 0.965 0 0.025 0.088 1.321 77.727 74.805 1.321 LGA E 270 E 270 0.647 0 0.000 0.299 1.329 81.818 80.000 1.000 LGA K 271 K 271 0.650 0 0.043 0.971 4.533 81.818 57.576 4.461 LGA E 272 E 272 0.876 0 0.049 0.114 2.124 81.818 66.465 2.124 LGA Q 273 Q 273 0.847 0 0.029 0.086 1.153 81.818 80.000 0.947 LGA I 274 I 274 0.663 0 0.042 0.096 1.042 81.818 79.773 1.042 LGA V 275 V 275 0.370 0 0.041 0.087 0.530 100.000 97.403 0.420 LGA V 276 V 276 0.374 0 0.051 0.051 0.466 100.000 100.000 0.282 LGA Q 277 Q 277 0.385 0 0.043 0.625 3.396 100.000 73.939 3.396 LGA D 278 D 278 0.283 0 0.100 0.246 0.806 95.455 93.182 0.764 LGA A 279 A 279 0.259 0 0.022 0.046 0.334 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.195 0 0.036 0.139 0.503 95.455 98.182 0.167 LGA A 281 A 281 0.411 0 0.025 0.027 0.584 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.303 0 0.042 0.077 0.709 95.455 94.805 0.709 LGA I 283 I 283 0.400 0 0.047 0.103 0.785 90.909 90.909 0.647 LGA I 284 I 284 0.416 0 0.000 0.050 0.660 100.000 93.182 0.660 LGA D 285 D 285 0.525 0 0.042 0.664 2.494 90.909 75.000 1.542 LGA K 286 K 286 0.437 0 0.000 0.310 2.042 100.000 77.980 2.042 LGA E 287 E 287 0.359 0 0.045 0.275 1.825 100.000 84.848 1.218 LGA Q 288 Q 288 0.202 0 0.015 0.362 2.248 100.000 83.838 2.248 LGA F 289 F 289 0.227 0 0.024 0.182 0.899 100.000 91.736 0.842 LGA Q 290 Q 290 0.419 0 0.071 1.192 3.566 100.000 70.303 3.566 LGA Q 291 Q 291 0.174 0 0.037 0.119 0.548 100.000 97.980 0.548 LGA S 292 S 292 0.356 0 0.067 0.681 2.262 100.000 89.697 2.262 LGA Q 293 Q 293 0.530 0 0.000 0.305 1.209 81.818 78.182 1.168 LGA V 294 V 294 0.414 0 0.051 0.092 0.509 95.455 97.403 0.456 LGA K 295 K 295 0.522 0 0.050 0.204 0.876 86.364 85.859 0.590 LGA I 296 I 296 0.934 0 0.015 0.105 1.227 73.636 75.682 0.689 LGA A 297 A 297 1.162 0 0.064 0.068 1.547 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 1.142 0 0.074 0.184 2.687 49.091 63.409 0.700 LGA K 299 K 299 3.943 0 0.420 0.619 13.558 29.091 12.929 13.558 LGA V 300 V 300 2.798 0 0.080 0.074 4.862 22.727 14.286 4.848 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.976 0.925 1.828 84.966 79.154 63.820 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.630 97.710 12.542 LGA_LOCAL RMSD: 0.976 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.976 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.976 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.806081 * X + 0.534438 * Y + -0.254184 * Z + 158.363785 Y_new = -0.093398 * X + -0.539007 * Y + -0.837107 * Z + 140.239746 Z_new = -0.584389 * X + -0.651036 * Y + 0.484398 * Z + 139.190399 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -3.026240 0.624127 -0.931119 [DEG: -173.3908 35.7599 -53.3492 ] ZXZ: -0.294798 1.065121 -2.410088 [DEG: -16.8907 61.0270 -138.0879 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS489_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS489_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.710 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS489_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.748 184.891 152.976 1.00 79.81 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.312 185.680 154.108 1.00 79.81 C ATOM 1347 C GLY 165 151.821 185.584 154.360 1.00 79.81 C ATOM 1348 O GLY 165 151.250 186.400 155.106 1.00 79.81 O ATOM 1349 N LYS 166 151.104 184.605 153.698 1.00 85.00 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.663 184.419 153.878 1.00 85.00 C ATOM 1351 C LYS 166 149.373 183.614 155.141 1.00 85.00 C ATOM 1352 O LYS 166 150.180 182.809 155.583 1.00 85.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.085 183.677 152.655 1.00 85.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.200 184.451 151.350 1.00 85.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.525 183.731 150.206 1.00 85.00 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.640 184.506 148.901 1.00 85.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.966 183.796 147.774 1.00 85.00 N ATOM 1358 N TRP 167 148.255 183.921 155.750 1.00 85.88 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.806 183.164 156.913 1.00 85.88 C ATOM 1360 C TRP 167 146.954 181.973 156.488 1.00 85.88 C ATOM 1361 O TRP 167 145.806 182.139 156.058 1.00 85.88 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.993 184.079 157.877 1.00 85.88 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.695 183.435 159.197 1.00 85.88 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.548 182.792 159.554 1.00 85.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.559 183.382 160.337 1.00 85.88 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.645 182.343 160.849 1.00 85.88 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.865 182.692 161.353 1.00 85.88 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.862 183.842 160.592 1.00 85.88 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.431 182.449 162.606 1.00 85.88 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