####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS489_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS489_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 63 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 35 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 28 62 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 36 118 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 61 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 64 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 38 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 95 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 14 80 106 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 80 114 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 59 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 32 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 61 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 38 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 57 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 61 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 61 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 64 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 64 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 64 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 43 104 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 18 103 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 103 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 4 103 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 4 77 119 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 21 90 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 10 60 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 36 104 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 64 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 64 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 54 104 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 54 98 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 43 103 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 9 18 31 64 121 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 3 79 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 65 108 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.15 80.00 93.33 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.54 0.71 0.78 0.84 0.93 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.04 1.03 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.679 0 0.027 0.027 0.770 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.583 0 0.000 0.141 1.608 86.364 76.768 1.608 LGA W 167 W 167 0.295 0 0.168 0.203 0.649 95.455 98.701 0.212 LGA I 168 I 168 1.157 0 0.074 0.235 2.419 65.909 60.455 1.314 LGA S 169 S 169 2.245 0 0.486 0.852 4.347 62.727 43.636 4.347 LGA G 170 G 170 1.846 0 0.205 0.205 1.846 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.576 0 0.095 1.364 5.227 77.727 55.909 2.770 LGA A 172 A 172 0.521 0 0.033 0.046 0.733 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.311 0 0.024 0.106 0.380 100.000 100.000 0.375 LGA Y 174 Y 174 0.449 0 0.055 0.220 1.131 86.364 81.970 1.131 LGA G 175 G 175 0.608 0 0.108 0.108 0.608 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.662 0 0.029 0.193 1.039 77.727 83.485 0.585 LGA Q 177 Q 177 0.941 0 0.043 0.462 1.763 81.818 76.566 1.118 LGA L 178 L 178 0.688 0 0.063 0.237 1.828 73.636 73.864 1.828 LGA N 179 N 179 1.327 0 0.168 0.679 4.890 65.909 39.318 4.890 LGA K 180 K 180 3.679 0 0.316 0.977 13.113 20.455 9.091 13.113 LGA K 181 K 181 1.841 0 0.433 0.949 10.572 65.909 30.707 10.572 LGA T 182 T 182 0.820 0 0.026 1.118 3.332 86.364 72.987 3.332 LGA S 183 S 183 0.951 0 0.134 0.116 1.190 78.182 73.939 1.183 LGA K 184 K 184 0.699 0 0.049 0.780 2.295 81.818 73.333 2.295 LGA L 185 L 185 0.457 0 0.055 0.066 0.779 90.909 95.455 0.304 LGA D 186 D 186 0.401 0 0.065 0.101 0.877 90.909 95.455 0.283 LGA P 187 P 187 0.661 0 0.008 0.115 1.575 70.000 75.065 0.742 LGA V 188 V 188 1.075 0 0.041 0.034 1.369 73.636 70.130 1.369 LGA E 189 E 189 1.029 0 0.047 0.429 2.027 73.636 69.697 2.027 LGA D 190 D 190 0.984 0 0.025 0.036 1.365 81.818 73.636 1.365 LGA E 191 E 191 0.732 0 0.000 0.073 1.417 81.818 76.364 1.417 LGA A 192 A 192 0.236 0 0.039 0.043 0.369 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.431 0 0.062 0.156 1.522 100.000 82.828 1.522 LGA V 194 V 194 0.530 0 0.010 0.052 0.654 90.909 87.013 0.654 LGA V 195 V 195 0.176 0 0.000 0.048 0.425 100.000 100.000 0.191 LGA Q 196 Q 196 0.196 0 0.033 0.281 1.466 100.000 90.303 1.466 LGA L 197 L 197 0.306 0 0.000 0.061 0.354 100.000 100.000 0.354 LGA I 198 I 198 0.349 0 0.023 0.109 0.512 100.000 97.727 0.317 LGA F 199 F 199 0.273 0 0.000 0.051 0.433 100.000 100.000 0.352 LGA N 200 N 200 0.392 0 0.024 0.696 1.785 100.000 89.545 1.785 LGA I 201 I 201 0.308 0 0.013 0.071 0.454 100.000 100.000 0.237 LGA F 202 F 202 0.424 0 0.000 0.084 0.539 95.455 98.347 0.441 LGA L 203 L 203 0.370 0 0.072 0.144 0.710 90.909 93.182 0.422 LGA N 204 N 204 0.378 0 0.046 0.084 0.704 90.909 93.182 0.451 LGA G 205 G 205 0.514 0 0.031 0.031 0.593 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.487 0 0.035 0.451 2.080 90.909 83.182 0.538 LGA N 207 N 207 0.880 0 0.051 0.189 1.051 77.727 77.727 0.743 LGA G 208 G 208 1.373 0 0.075 0.075 1.981 58.182 58.182 - LGA K 209 K 209 1.341 0 0.087 0.226 2.340 65.455 59.192 2.340 LGA D 210 D 210 1.302 0 0.072 0.232 1.333 69.545 71.591 0.533 LGA Y 211 Y 211 1.883 0 0.060 0.642 2.223 50.909 48.788 1.694 LGA S 212 S 212 2.298 0 0.632 0.805 5.780 36.364 26.061 5.780 LGA Y 213 Y 213 3.043 0 0.129 1.095 14.470 39.545 13.333 14.470 LGA A 215 A 215 1.026 0 0.171 0.182 2.056 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.304 0 0.000 0.144 0.422 100.000 100.000 0.382 LGA A 217 A 217 0.363 0 0.034 0.054 0.409 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.422 0 0.000 0.088 1.127 100.000 91.212 1.127 LGA H 219 H 219 0.181 0 0.036 0.106 0.886 100.000 94.545 0.886 LGA L 220 L 220 0.269 0 0.022 0.124 0.490 100.000 100.000 0.490 LGA T 221 T 221 0.137 0 0.000 0.028 0.235 100.000 100.000 0.184 LGA N 222 N 222 0.375 0 0.038 0.140 0.646 95.455 97.727 0.391 LGA L 223 L 223 0.578 0 0.029 0.058 1.003 86.364 82.045 0.734 LGA Q 224 Q 224 0.384 0 0.031 0.149 0.900 100.000 91.919 0.513 LGA I 225 I 225 0.334 0 0.055 0.097 0.562 100.000 97.727 0.444 LGA P 226 P 226 0.218 0 0.049 0.204 1.074 100.000 92.468 1.074 LGA T 227 T 227 0.381 0 0.025 0.109 0.519 100.000 97.403 0.519 LGA P 228 P 228 0.749 0 0.029 0.076 0.870 81.818 87.013 0.458 LGA S 229 S 229 0.879 0 0.060 0.108 0.937 81.818 81.818 0.781 LGA G 230 G 230 0.739 0 0.049 0.049 0.849 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.335 0 0.011 0.505 1.088 100.000 88.081 1.088 LGA K 232 K 232 0.367 0 0.055 0.189 0.541 95.455 95.960 0.238 LGA R 233 R 233 0.539 0 0.059 1.153 6.446 86.364 50.083 3.846 LGA W 234 W 234 0.461 0 0.051 0.134 0.491 100.000 100.000 0.349 LGA N 235 N 235 0.511 0 0.060 0.568 2.407 90.909 78.864 2.407 LGA Q 236 Q 236 0.814 0 0.000 0.959 3.342 81.818 62.828 3.342 LGA Y 237 Y 237 0.508 0 0.072 0.143 1.021 86.364 83.485 1.021 LGA T 238 T 238 0.515 0 0.036 0.058 0.615 95.455 89.610 0.615 LGA I 239 I 239 0.349 0 0.050 0.141 0.429 100.000 100.000 0.403 LGA K 240 K 240 0.511 0 0.036 0.182 3.278 95.455 69.495 3.278 LGA A 241 A 241 0.348 0 0.056 0.064 0.538 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.249 0 0.033 0.101 0.335 100.000 100.000 0.316 LGA L 243 L 243 0.179 0 0.024 0.079 0.369 100.000 100.000 0.211 LGA Q 244 Q 244 0.154 0 0.030 0.174 0.850 100.000 93.939 0.850 LGA N 245 N 245 0.253 0 0.051 0.076 0.397 100.000 100.000 0.345 LGA E 246 E 246 0.287 0 0.043 0.625 1.886 100.000 88.687 1.327 LGA V 247 V 247 0.320 0 0.025 0.353 0.979 100.000 94.805 0.587 LGA Y 248 Y 248 0.298 0 0.064 0.193 1.358 100.000 88.333 1.358 LGA I 249 I 249 0.289 0 0.040 0.065 0.636 100.000 95.455 0.620 LGA G 250 G 250 0.268 0 0.036 0.036 0.365 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.499 0 0.094 0.117 0.596 90.909 87.013 0.529 LGA V 252 V 252 0.639 0 0.025 0.120 0.847 81.818 84.416 0.810 LGA K 253 K 253 0.572 0 0.058 0.092 1.204 81.818 78.182 1.204 LGA Y 254 Y 254 0.685 0 0.078 0.200 2.627 86.364 64.848 2.627 LGA K 255 K 255 0.973 0 0.106 0.640 4.566 73.636 46.869 4.566 LGA V 256 V 256 1.104 0 0.045 0.072 1.140 65.455 65.455 1.124 LGA R 257 R 257 0.970 0 0.040 1.020 3.675 73.636 60.661 2.683 LGA E 258 E 258 1.029 0 0.017 0.678 3.604 65.455 44.646 3.604 LGA K 259 K 259 1.232 0 0.028 0.250 1.315 65.455 72.727 0.746 LGA T 260 T 260 1.212 0 0.000 0.232 1.997 65.455 63.377 1.217 LGA K 261 K 261 1.165 0 0.036 0.318 1.671 65.455 62.222 1.568 LGA D 262 D 262 1.241 0 0.075 1.093 3.984 65.455 47.045 3.629 LGA G 263 G 263 1.037 0 0.063 0.063 1.165 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.243 0 0.061 0.478 1.719 65.455 69.293 1.719 LGA R 265 R 265 1.254 0 0.046 0.952 4.726 65.455 48.926 4.726 LGA T 266 T 266 1.473 0 0.040 0.130 1.606 58.182 61.299 1.432 LGA I 267 I 267 1.371 0 0.000 0.082 2.002 61.818 54.773 2.002 LGA R 268 R 268 1.201 0 0.028 1.007 3.087 65.455 58.678 3.087 LGA P 269 P 269 1.337 0 0.022 0.062 1.741 65.455 63.377 1.741 LGA E 270 E 270 0.937 0 0.000 0.293 1.637 77.727 71.313 1.637 LGA K 271 K 271 1.047 0 0.067 0.774 3.699 65.455 52.525 3.288 LGA E 272 E 272 1.166 0 0.113 0.115 2.933 65.455 51.919 2.933 LGA Q 273 Q 273 0.976 0 0.039 0.091 1.349 77.727 72.727 1.108 LGA I 274 I 274 0.702 0 0.044 0.096 1.076 81.818 79.773 1.076 LGA V 275 V 275 0.498 0 0.044 0.096 0.767 100.000 92.208 0.655 LGA V 276 V 276 0.488 0 0.049 0.049 0.629 95.455 94.805 0.406 LGA Q 277 Q 277 0.506 0 0.052 0.616 3.322 95.455 69.899 3.322 LGA D 278 D 278 0.355 0 0.103 0.258 1.032 95.455 91.136 1.032 LGA A 279 A 279 0.323 0 0.003 0.039 0.452 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.214 0 0.027 0.162 0.443 100.000 100.000 0.138 LGA A 281 A 281 0.466 0 0.032 0.034 0.704 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.323 0 0.047 0.072 0.729 95.455 92.208 0.729 LGA I 283 I 283 0.414 0 0.070 0.112 0.873 90.909 88.636 0.713 LGA I 284 I 284 0.260 0 0.000 0.054 0.527 100.000 97.727 0.527 LGA D 285 D 285 0.529 0 0.071 1.072 3.817 95.455 73.864 1.237 LGA K 286 K 286 0.507 0 0.000 0.252 1.693 95.455 80.808 1.693 LGA E 287 E 287 0.362 0 0.026 0.299 1.757 100.000 86.869 1.077 LGA Q 288 Q 288 0.183 0 0.016 0.393 2.206 100.000 85.455 2.206 LGA F 289 F 289 0.312 0 0.029 0.161 0.869 100.000 91.736 0.803 LGA Q 290 Q 290 0.548 0 0.060 1.251 3.559 90.909 64.242 3.559 LGA Q 291 Q 291 0.326 0 0.034 0.098 0.509 100.000 97.980 0.509 LGA S 292 S 292 0.414 0 0.062 0.675 2.260 90.909 83.636 2.260 LGA Q 293 Q 293 0.577 0 0.014 0.253 1.053 81.818 78.182 1.029 LGA V 294 V 294 0.556 0 0.058 0.093 0.681 81.818 89.610 0.488 LGA K 295 K 295 0.540 0 0.038 0.195 0.886 86.364 85.859 0.886 LGA I 296 I 296 1.024 0 0.012 0.097 1.353 69.545 73.636 0.768 LGA A 297 A 297 1.318 0 0.066 0.066 1.697 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 1.186 0 0.079 0.173 2.650 49.091 67.727 0.652 LGA K 299 K 299 3.870 0 0.418 0.572 13.398 29.091 12.929 13.398 LGA V 300 V 300 2.843 0 0.075 0.071 4.798 22.727 14.286 4.798 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.989 0.937 1.839 83.626 77.925 63.285 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.074 97.472 12.402 LGA_LOCAL RMSD: 0.989 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.989 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.989 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.906905 * X + -0.408612 * Y + 0.102759 * Z + 147.724014 Y_new = 0.291184 * X + 0.784108 * Y + 0.548076 * Z + 160.248672 Z_new = -0.304524 * X + -0.467131 * Y + 0.830093 * Z + 142.619736 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.310677 0.309439 -0.512576 [DEG: 17.8005 17.7296 -29.3684 ] ZXZ: 2.956254 0.591523 -2.563880 [DEG: 169.3809 33.8917 -146.8995 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS489_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS489_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.472 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS489_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.594 184.864 153.088 1.00 86.38 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.171 185.621 154.243 1.00 86.38 C ATOM 1347 C GLY 165 151.670 185.575 154.476 1.00 86.38 C ATOM 1348 O GLY 165 151.117 186.400 155.215 1.00 86.38 O ATOM 1349 N LYS 166 150.998 184.601 153.811 1.00 87.06 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.554 184.432 153.980 1.00 87.06 C ATOM 1351 C LYS 166 149.242 183.653 155.254 1.00 87.06 C ATOM 1352 O LYS 166 150.052 182.843 155.697 1.00 87.06 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.944 183.730 152.767 1.00 87.06 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.099 184.516 151.468 1.00 87.06 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.412 183.806 150.308 1.00 87.06 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.531 184.592 149.013 1.00 87.06 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.818 183.917 147.887 1.00 87.06 N ATOM 1358 N TRP 167 148.129 184.015 155.804 1.00 89.94 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.668 183.261 156.960 1.00 89.94 C ATOM 1360 C TRP 167 146.837 182.061 156.538 1.00 89.94 C ATOM 1361 O TRP 167 145.699 182.209 156.091 1.00 89.94 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.834 184.161 157.882 1.00 89.94 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.531 183.559 159.222 1.00 89.94 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.398 182.889 159.580 1.00 89.94 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.385 183.551 160.368 1.00 89.94 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.488 182.474 160.887 1.00 89.94 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.686 182.866 161.398 1.00 89.94 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.658 184.052 160.632 1.00 89.94 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.228 182.679 162.671 1.00 89.94 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.198 183.864 161.904 1.00 89.94 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.489 183.181 162.907 1.00 89.94 C ATOM 1372 N ILE 168 147.251 180.921 156.538 1.00 77.62 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.680 179.741 155.889 1.00 77.62 C ATOM 1374 C ILE 168 145.842 178.964 156.890 1.00 77.62 C ATOM 1375 O ILE 168 144.788 178.412 156.534 1.00 77.62 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.777 178.837 155.295 1.00 77.62 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.662 179.645 154.320 1.00 77.62 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.163 177.617 154.592 1.00 77.62 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.170 179.631 152.882 1.00 77.62 C ATOM 1380 N SER 169 146.488 178.759 158.166 1.00 74.06 N ATOM 1381 CA SER 169 145.764 177.878 159.076 1.00 74.06 C ATOM 1382 C SER 169 145.524 178.549 160.425 1.00 74.06 C ATOM 1383 O SER 169 146.330 179.391 160.850 1.00 74.06 O ATOM 1384 CB SER 169 146.526 176.570 159.279 1.00 74.06 C ATOM 1385 OG SER 169 146.885 176.396 160.645 1.00 74.06 O ATOM 1386 N GLY 170 144.348 178.320 160.917 1.00 75.38 N ATOM 1387 CA GLY 170 144.004 178.726 162.279 1.00 75.38 C ATOM 1388 C GLY 170 143.195 180.002 162.332 1.00 75.38 C ATOM 1389 O GLY 170 142.952 180.650 161.312 1.00 75.38 O ATOM 1390 N LEU 171 142.741 180.324 163.395 1.00 83.44 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.985 181.544 163.652 1.00 83.44 C ATOM 1392 C LEU 171 142.908 182.758 163.722 1.00 83.44 C ATOM 1393 O LEU 171 144.070 182.647 164.130 1.00 83.44 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.192 181.414 164.960 1.00 83.44 C ATOM 1395 CG LEU 171 140.087 180.353 164.983 1.00 83.44 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.674 180.066 166.417 1.00 83.44 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.911 180.769 164.123 1.00 83.44 C ATOM 1398 N ALA 172 142.489 183.835 163.178 1.00 90.75 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.268 185.054 163.262 1.00 90.75 C ATOM 1400 C ALA 172 143.567 185.430 164.709 1.00 90.75 C ATOM 1401 O ALA 172 142.712 185.297 165.583 1.00 90.75 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.528 186.205 162.573 1.00 90.75 C ATOM 1403 N PRO 173 144.791 185.705 164.928 1.00 91.81 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.155 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