####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS489_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS489_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 40 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 21 66 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 33 103 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 64 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 40 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 90 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 75 108 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 78 115 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 18 103 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 65 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 58 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 43 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 58 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 62 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 62 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 70 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 67 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 67 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 64 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 43 103 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 23 103 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 103 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 19 103 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 4 79 117 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 21 97 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 10 64 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 38 104 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 67 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 53 103 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 53 97 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 37 103 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 19 33 52 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 95 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 107 126 129 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 79.26 93.33 95.56 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.35 0.52 0.71 0.77 0.81 0.88 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.04 1.05 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.595 0 0.036 0.036 0.667 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.557 0 0.000 0.137 1.646 90.909 78.788 1.646 LGA W 167 W 167 0.295 0 0.135 0.197 0.679 90.909 97.403 0.264 LGA I 168 I 168 1.110 0 0.067 0.208 2.421 65.909 60.455 1.483 LGA S 169 S 169 2.163 0 0.476 0.825 4.816 62.727 43.939 4.816 LGA G 170 G 170 1.996 0 0.219 0.219 1.996 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.666 0 0.102 1.373 5.231 73.636 53.864 2.741 LGA A 172 A 172 0.549 0 0.046 0.055 0.766 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.297 0 0.021 0.105 0.372 100.000 100.000 0.322 LGA Y 174 Y 174 0.476 0 0.065 0.231 1.207 90.909 83.485 1.207 LGA G 175 G 175 0.513 0 0.095 0.095 0.513 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.631 0 0.040 0.180 0.959 81.818 86.364 0.575 LGA Q 177 Q 177 0.919 0 0.048 0.464 1.686 81.818 76.566 1.155 LGA L 178 L 178 0.662 0 0.063 0.214 1.738 73.636 73.864 1.738 LGA N 179 N 179 1.358 0 0.167 0.675 4.812 65.909 39.318 4.812 LGA K 180 K 180 3.523 0 0.316 0.976 12.881 27.727 12.323 12.881 LGA K 181 K 181 2.086 0 0.439 0.943 10.660 59.091 26.869 10.660 LGA T 182 T 182 1.064 0 0.014 1.110 3.552 73.636 62.597 3.552 LGA S 183 S 183 0.890 0 0.152 0.131 1.103 86.364 79.394 1.101 LGA K 184 K 184 0.697 0 0.058 0.784 2.472 81.818 73.333 2.472 LGA L 185 L 185 0.511 0 0.045 0.068 0.798 86.364 93.182 0.342 LGA D 186 D 186 0.448 0 0.063 0.097 0.827 86.364 93.182 0.352 LGA P 187 P 187 0.740 0 0.027 0.118 1.647 70.000 75.065 0.789 LGA V 188 V 188 1.036 0 0.049 0.038 1.282 73.636 70.130 1.282 LGA E 189 E 189 1.028 0 0.062 0.417 1.959 73.636 71.111 1.959 LGA D 190 D 190 0.951 0 0.025 0.034 1.347 81.818 73.636 1.347 LGA E 191 E 191 0.750 0 0.000 0.070 1.345 81.818 76.364 1.345 LGA A 192 A 192 0.235 0 0.044 0.049 0.376 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.382 0 0.055 0.150 1.422 100.000 86.263 1.422 LGA V 194 V 194 0.502 0 0.000 0.058 0.632 95.455 89.610 0.632 LGA V 195 V 195 0.225 0 0.000 0.044 0.412 100.000 100.000 0.253 LGA Q 196 Q 196 0.180 0 0.034 0.287 1.520 100.000 88.687 1.520 LGA L 197 L 197 0.277 0 0.016 0.066 0.382 100.000 100.000 0.382 LGA I 198 I 198 0.344 0 0.027 0.102 0.524 100.000 97.727 0.329 LGA F 199 F 199 0.287 0 0.000 0.057 0.401 100.000 100.000 0.320 LGA N 200 N 200 0.317 0 0.028 0.686 1.649 100.000 89.545 1.649 LGA I 201 I 201 0.291 0 0.020 0.064 0.432 100.000 100.000 0.232 LGA F 202 F 202 0.443 0 0.019 0.081 0.587 90.909 96.694 0.423 LGA L 203 L 203 0.336 0 0.066 0.137 0.760 100.000 97.727 0.433 LGA N 204 N 204 0.349 0 0.030 0.077 0.679 90.909 93.182 0.352 LGA G 205 G 205 0.482 0 0.029 0.029 0.613 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.475 0 0.031 0.405 1.929 90.909 84.773 0.601 LGA N 207 N 207 0.859 0 0.049 0.179 0.996 81.818 81.818 0.740 LGA G 208 G 208 1.315 0 0.072 0.072 1.875 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.302 0 0.098 0.236 2.385 65.455 59.192 2.385 LGA D 210 D 210 1.265 0 0.070 0.244 1.278 69.545 73.864 0.483 LGA Y 211 Y 211 1.931 0 0.059 0.633 2.208 50.909 48.788 1.806 LGA S 212 S 212 2.248 0 0.631 0.805 5.755 36.364 26.061 5.755 LGA Y 213 Y 213 3.039 0 0.131 1.090 14.420 36.364 12.273 14.420 LGA A 215 A 215 1.043 0 0.164 0.177 2.054 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.311 0 0.000 0.143 0.485 100.000 100.000 0.313 LGA A 217 A 217 0.335 0 0.032 0.053 0.382 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.402 0 0.000 0.088 1.125 100.000 91.212 1.125 LGA H 219 H 219 0.281 0 0.040 0.116 1.043 100.000 91.091 1.043 LGA L 220 L 220 0.318 0 0.000 0.126 0.520 100.000 97.727 0.520 LGA T 221 T 221 0.093 0 0.000 0.033 0.281 100.000 100.000 0.201 LGA N 222 N 222 0.395 0 0.035 0.149 0.669 95.455 97.727 0.433 LGA L 223 L 223 0.659 0 0.031 0.054 1.082 81.818 79.773 0.854 LGA Q 224 Q 224 0.394 0 0.019 0.174 1.041 100.000 90.101 0.513 LGA I 225 I 225 0.399 0 0.061 0.100 0.524 100.000 97.727 0.380 LGA P 226 P 226 0.264 0 0.042 0.171 1.099 100.000 92.468 1.099 LGA T 227 T 227 0.333 0 0.030 0.101 0.485 100.000 100.000 0.485 LGA P 228 P 228 0.714 0 0.033 0.085 0.825 81.818 84.416 0.514 LGA S 229 S 229 0.803 0 0.069 0.115 0.854 81.818 81.818 0.681 LGA G 230 G 230 0.675 0 0.052 0.052 0.764 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.306 0 0.025 0.495 1.053 100.000 90.101 0.871 LGA K 232 K 232 0.319 0 0.064 0.190 0.440 100.000 100.000 0.163 LGA R 233 R 233 0.465 0 0.056 1.137 6.255 90.909 49.917 3.940 LGA W 234 W 234 0.399 0 0.055 0.126 0.441 100.000 100.000 0.210 LGA N 235 N 235 0.516 0 0.067 0.632 2.661 90.909 77.500 2.661 LGA Q 236 Q 236 0.670 0 0.000 0.963 3.447 86.364 68.081 3.447 LGA Y 237 Y 237 0.449 0 0.080 0.152 0.890 90.909 86.364 0.890 LGA T 238 T 238 0.518 0 0.036 0.052 0.601 86.364 84.416 0.601 LGA I 239 I 239 0.367 0 0.047 0.140 0.434 100.000 100.000 0.434 LGA K 240 K 240 0.456 0 0.037 0.170 3.025 100.000 72.727 3.025 LGA A 241 A 241 0.366 0 0.058 0.067 0.541 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.179 0 0.034 0.103 0.280 100.000 100.000 0.262 LGA L 243 L 243 0.132 0 0.025 0.068 0.306 100.000 100.000 0.187 LGA Q 244 Q 244 0.128 0 0.029 0.186 0.825 100.000 95.960 0.825 LGA N 245 N 245 0.286 0 0.049 0.077 0.409 100.000 100.000 0.361 LGA E 246 E 246 0.337 0 0.048 0.632 1.836 100.000 88.687 1.337 LGA V 247 V 247 0.282 0 0.022 0.055 0.301 100.000 100.000 0.299 LGA Y 248 Y 248 0.293 0 0.067 0.194 1.333 100.000 89.697 1.333 LGA I 249 I 249 0.292 0 0.035 0.057 0.675 100.000 93.182 0.675 LGA G 250 G 250 0.274 0 0.039 0.039 0.360 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.571 0 0.097 0.120 0.723 81.818 81.818 0.625 LGA V 252 V 252 0.551 0 0.019 0.113 0.855 81.818 84.416 0.675 LGA K 253 K 253 0.475 0 0.060 0.097 1.164 90.909 82.222 1.164 LGA Y 254 Y 254 0.700 0 0.070 0.205 2.656 86.364 63.636 2.656 LGA K 255 K 255 0.999 0 0.105 0.560 4.035 73.636 48.485 4.035 LGA V 256 V 256 1.061 0 0.040 0.066 1.111 69.545 70.130 1.092 LGA R 257 R 257 0.789 0 0.036 1.021 3.710 81.818 63.636 2.795 LGA E 258 E 258 0.955 0 0.031 0.383 2.483 73.636 64.444 2.483 LGA K 259 K 259 1.204 0 0.025 0.235 1.283 65.455 67.273 1.095 LGA T 260 T 260 1.256 0 0.000 0.242 2.056 65.455 61.558 1.303 LGA K 261 K 261 1.183 0 0.031 0.278 1.573 65.455 63.838 1.573 LGA D 262 D 262 1.271 0 0.078 1.057 3.940 65.455 47.045 3.524 LGA G 263 G 263 1.053 0 0.052 0.052 1.145 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.323 0 0.048 0.479 1.762 65.455 67.475 1.762 LGA R 265 R 265 1.205 0 0.047 0.945 4.742 61.818 44.793 4.742 LGA T 266 T 266 1.429 0 0.041 0.053 1.508 61.818 63.377 1.390 LGA I 267 I 267 1.371 0 0.000 0.076 2.013 61.818 54.773 2.013 LGA R 268 R 268 1.206 0 0.033 1.019 3.171 65.455 58.678 3.171 LGA P 269 P 269 1.430 0 0.017 0.057 1.805 65.455 61.299 1.805 LGA E 270 E 270 1.079 0 0.020 0.292 1.915 69.545 62.424 1.915 LGA K 271 K 271 1.165 0 0.067 0.764 3.785 65.455 52.525 3.407 LGA E 272 E 272 1.173 0 0.107 0.117 2.819 69.545 53.737 2.819 LGA Q 273 Q 273 1.061 0 0.030 0.089 1.458 73.636 69.091 1.211 LGA I 274 I 274 0.817 0 0.045 0.093 1.161 81.818 79.773 1.161 LGA V 275 V 275 0.590 0 0.041 0.090 0.873 90.909 87.013 0.728 LGA V 276 V 276 0.556 0 0.047 0.050 0.654 90.909 92.208 0.428 LGA Q 277 Q 277 0.527 0 0.044 0.620 3.359 90.909 67.879 3.359 LGA D 278 D 278 0.395 0 0.089 0.229 1.125 95.455 86.591 1.125 LGA A 279 A 279 0.328 0 0.018 0.039 0.446 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.180 0 0.029 0.185 0.396 100.000 100.000 0.178 LGA A 281 A 281 0.438 0 0.036 0.035 0.629 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.372 0 0.035 0.060 0.676 95.455 92.208 0.676 LGA I 283 I 283 0.449 0 0.076 0.096 0.894 90.909 90.909 0.657 LGA I 284 I 284 0.255 0 0.006 0.061 0.492 100.000 100.000 0.492 LGA D 285 D 285 0.517 0 0.068 0.995 3.727 95.455 73.864 1.426 LGA K 286 K 286 0.579 0 0.000 0.255 1.555 81.818 74.747 1.555 LGA E 287 E 287 0.469 0 0.037 0.302 1.778 95.455 86.667 0.919 LGA Q 288 Q 288 0.225 0 0.015 0.380 2.213 100.000 85.455 2.213 LGA F 289 F 289 0.292 0 0.028 0.152 0.784 100.000 91.736 0.719 LGA Q 290 Q 290 0.600 0 0.060 1.266 3.377 86.364 61.414 3.377 LGA Q 291 Q 291 0.327 0 0.035 0.105 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA S 292 S 292 0.363 0 0.062 0.685 2.364 95.455 86.667 2.364 LGA Q 293 Q 293 0.570 0 0.000 0.258 1.074 86.364 82.020 0.995 LGA V 294 V 294 0.604 0 0.058 0.086 0.633 81.818 81.818 0.590 LGA K 295 K 295 0.445 0 0.037 0.186 0.798 90.909 91.919 0.696 LGA I 296 I 296 0.989 0 0.023 0.105 1.344 73.636 75.682 0.753 LGA A 297 A 297 1.350 0 0.069 0.070 1.757 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 1.203 0 0.094 0.169 2.729 49.091 67.727 0.678 LGA K 299 K 299 3.908 0 0.416 0.539 13.492 29.091 12.929 13.492 LGA V 300 V 300 2.891 0 0.074 0.068 4.760 20.909 13.247 4.760 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.991 0.938 1.832 83.734 78.122 64.110 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 93.704 97.268 12.369 LGA_LOCAL RMSD: 0.991 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.992 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.991 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.908373 * X + -0.400648 * Y + 0.119750 * Z + 147.513336 Y_new = 0.277249 * X + 0.791424 * Y + 0.544776 * Z + 160.837112 Z_new = -0.313036 * X + -0.461659 * Y + 0.829987 * Z + 142.725815 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.296234 0.318389 -0.507609 [DEG: 16.9730 18.2423 -29.0839 ] ZXZ: 2.925219 0.591711 -2.545738 [DEG: 167.6027 33.9026 -145.8600 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS489_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS489_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.268 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS489_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.699 184.892 153.119 1.00 86.94 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.262 185.677 154.269 1.00 86.94 C ATOM 1347 C GLY 165 151.763 185.613 154.500 1.00 86.94 C ATOM 1348 O GLY 165 151.216 186.404 155.273 1.00 86.94 O ATOM 1349 N LYS 166 150.997 184.668 153.878 1.00 87.31 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.557 184.505 154.054 1.00 87.31 C ATOM 1351 C LYS 166 149.244 183.724 155.329 1.00 87.31 C ATOM 1352 O LYS 166 150.050 182.922 155.784 1.00 87.31 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.948 183.806 152.844 1.00 87.31 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.078 184.573 151.540 1.00 87.31 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.385 183.869 150.390 1.00 87.31 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.476 184.665 149.105 1.00 87.31 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.788 183.964 147.970 1.00 87.31 N ATOM 1358 N TRP 167 148.117 184.127 155.892 1.00 90.12 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.636 183.364 157.043 1.00 90.12 C ATOM 1360 C TRP 167 146.790 182.177 156.600 1.00 90.12 C ATOM 1361 O TRP 167 145.611 182.336 156.269 1.00 90.12 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.818 184.278 157.978 1.00 90.12 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.509 183.657 159.309 1.00 90.12 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.371 182.995 159.657 1.00 90.12 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.355 183.660 160.464 1.00 90.12 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.447 182.585 160.969 1.00 90.12 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.656 182.982 161.485 1.00 90.12 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.628 184.177 160.724 1.00 90.12 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.204 182.800 162.762 1.00 90.12 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.164 183.990 161.990 1.00 90.12 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.453 183.307 162.998 1.00 90.12 C ATOM 1372 N ILE 168 147.287 181.022 156.654 1.00 81.00 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.707 179.858 155.975 1.00 81.00 C ATOM 1374 C ILE 168 145.879 179.048 156.969 1.00 81.00 C ATOM 1375 O ILE 168 144.842 178.492 156.602 1.00 81.00 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.803 178.972 155.340 1.00 81.00 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.666 179.798 154.381 1.00 81.00 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.174 177.772 154.617 1.00 81.00 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.092 179.914 152.978 1.00 81.00 C ATOM 1380 N SER 169 146.456 178.893 158.196 1.00 76.88 N ATOM 1381 CA SER 169 145.759 177.995 159.111 1.00 76.88 C ATOM 1382 C SER 169 145.525 178.656 160.457 1.00 76.88 C ATOM 1383 O SER 169 146.344 179.459 160.900 1.00 76.88 O ATOM 1384 CB SER 169 146.538 176.700 159.292 1.00 76.88 C ATOM 1385 OG SER 169 146.390 176.194 160.611 1.00 76.88 O ATOM 1386 N GLY 170 144.415 178.418 161.064 1.00 75.56 N ATOM 1387 CA GLY 170 144.078 178.844 162.422 1.00 75.56 C ATOM 1388 C GLY 170 143.228 180.091 162.459 1.00 75.56 C ATOM 1389 O GLY 170 143.019 180.750 161.436 1.00 75.56 O ATOM 1390 N LEU 171 142.787 180.380 163.516 1.00 83.50 N ATOM 1391 CA LEU 171 142.023 181.589 163.742 1.00 83.50 C ATOM 1392 C LEU 171 142.938 182.803 163.805 1.00 83.50 C ATOM 1393 O LEU 171 144.091 182.704 164.209 1.00 83.50 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.210 181.489 165.035 1.00 83.50 C ATOM 1395 CG LEU 171 140.120 180.422 165.065 1.00 83.50 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.688 180.141 166.502 1.00 83.50 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.913 180.868 164.222 1.00 83.50 C ATOM 1398 N ALA 172 142.455 183.803 163.185 1.00 91.19 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.236 185.042 163.278 1.00 91.19 C ATOM 1400 C ALA 172 143.522 185.397 164.729 1.00 91.19 C ATOM 1401 O ALA 172 142.640 185.298 165.586 1.00 91.19 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.513 186.182 162.567 1.00 91.19 C ATOM 1403 N PRO 173 144.851 185.686 165.006 1.00 92.38 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.196 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1.00 93.19 O ATOM 1422 N GLY 175 143.198 190.819 167.818 1.00 93.12 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.605 192.109 167.330 1.00 93.12 C ATOM 1424 C GLY 175 143.726 192.182 165.790 1.00 93.12 C ATOM 1425 O GLY 175 143.941 193.254 165.251 1.00 93.12 O ATOM 1426 N TYR 176 143.585 191.040 165.214 1.00 94.06 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.673 190.961 163.760 1.00 94.06 C ATOM 1428 C TYR 176 142.426 190.296 163.180 1.00 94.06 C ATOM 1429 O TYR 176 141.672 189.640 163.907 1.00 94.06 O ATOM 1430 CB TYR 176 144.923 190.160 163.344 1.00 94.06 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.212 190.921 163.580 1.00 94.06 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.638 191.934 162.711 1.00 94.06 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.009 190.624 164.686 1.00 94.06 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.826 192.605 162.935 1.00 94.06 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.202 191.299 164.922 1.00 94.06 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.602 192.304 164.047 1.00 94.06 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.780 192.969 164.257 1.00 94.06 O ATOM 1438 N GLN 177 142.153 190.563 161.867 1.00 93.00 N ATOM 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