####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS489_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS489_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 71 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 108 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 8 94 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 51 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 113 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 36 67 98 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 109 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 87 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 80 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 89 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 76 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 15 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 13 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 106 123 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 20 46 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 26 120 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 54 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 79 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 86 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 23 80 120 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 90 118 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 66.67 87.41 92.59 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.44 0.54 0.67 0.70 0.83 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 GDT RMS_ALL_AT 0.88 0.88 0.88 0.87 0.87 0.87 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.478 0 0.032 0.032 0.496 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.337 0 0.038 0.125 0.893 100.000 97.980 0.893 LGA W 167 W 167 0.240 0 0.206 0.226 0.593 95.455 97.403 0.486 LGA I 168 I 168 0.832 0 0.147 1.212 3.202 81.818 67.955 1.642 LGA S 169 S 169 1.304 0 0.585 0.760 2.844 60.000 53.030 2.732 LGA G 170 G 170 1.667 0 0.063 0.063 1.872 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.985 0 0.046 1.407 5.655 73.636 50.682 2.909 LGA A 172 A 172 0.550 0 0.018 0.023 0.737 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.178 0 0.007 0.224 0.541 100.000 97.403 0.541 LGA Y 174 Y 174 0.404 0 0.000 0.215 1.365 100.000 86.667 1.365 LGA G 175 G 175 0.229 0 0.064 0.064 0.290 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.266 0 0.000 0.166 0.464 100.000 100.000 0.161 LGA Q 177 Q 177 0.492 0 0.059 0.284 1.066 95.455 88.081 0.648 LGA L 178 L 178 0.334 0 0.132 0.213 1.699 90.909 82.500 1.699 LGA N 179 N 179 1.337 0 0.168 0.638 4.844 62.273 37.500 4.844 LGA K 180 K 180 3.932 0 0.283 0.967 13.526 20.455 9.091 13.526 LGA K 181 K 181 1.871 0 0.455 0.962 10.437 65.909 30.707 10.437 LGA T 182 T 182 1.008 0 0.020 1.115 3.562 73.636 62.597 3.562 LGA S 183 S 183 0.645 0 0.108 0.096 1.004 86.364 82.121 0.915 LGA K 184 K 184 0.769 0 0.072 0.862 2.905 81.818 72.121 2.905 LGA L 185 L 185 0.398 0 0.070 0.079 0.699 95.455 97.727 0.485 LGA D 186 D 186 0.190 0 0.036 0.152 0.835 100.000 97.727 0.325 LGA P 187 P 187 0.521 0 0.033 0.369 1.238 82.273 84.675 0.578 LGA V 188 V 188 0.720 0 0.000 0.016 0.813 81.818 81.818 0.813 LGA E 189 E 189 0.683 0 0.034 0.223 0.764 81.818 81.818 0.645 LGA D 190 D 190 0.632 0 0.025 0.049 1.033 86.364 82.045 1.033 LGA E 191 E 191 0.406 0 0.017 0.038 0.675 95.455 89.899 0.640 LGA A 192 A 192 0.320 0 0.020 0.011 0.400 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.294 0 0.040 0.098 0.514 100.000 97.980 0.394 LGA V 194 V 194 0.234 0 0.013 0.043 0.338 100.000 100.000 0.338 LGA V 195 V 195 0.127 0 0.000 0.000 0.229 100.000 100.000 0.138 LGA Q 196 Q 196 0.181 0 0.023 0.250 1.217 100.000 90.303 1.079 LGA L 197 L 197 0.239 0 0.000 0.040 0.308 100.000 100.000 0.301 LGA I 198 I 198 0.172 0 0.044 0.076 0.335 100.000 100.000 0.266 LGA F 199 F 199 0.207 0 0.000 0.038 0.274 100.000 100.000 0.117 LGA N 200 N 200 0.315 0 0.016 1.097 3.652 100.000 76.591 3.652 LGA I 201 I 201 0.180 0 0.009 0.040 0.233 100.000 100.000 0.114 LGA F 202 F 202 0.148 0 0.000 0.004 0.248 100.000 100.000 0.194 LGA L 203 L 203 0.273 0 0.027 0.046 0.492 100.000 100.000 0.479 LGA N 204 N 204 0.268 0 0.027 0.120 1.106 100.000 91.136 0.841 LGA G 205 G 205 0.234 0 0.033 0.033 0.279 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.274 0 0.000 0.105 0.676 95.455 93.182 0.539 LGA N 207 N 207 0.681 0 0.000 0.168 1.241 81.818 79.773 0.827 LGA G 208 G 208 0.869 0 0.087 0.087 1.397 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.008 0 0.069 0.185 2.227 77.727 64.646 2.227 LGA D 210 D 210 1.006 0 0.072 0.787 2.082 77.727 66.818 2.038 LGA Y 211 Y 211 1.632 0 0.125 0.609 1.950 58.182 55.758 1.651 LGA S 212 S 212 2.175 0 0.639 0.779 5.870 41.818 29.697 5.870 LGA Y 213 Y 213 3.035 0 0.171 1.103 14.479 39.545 13.333 14.479 LGA A 215 A 215 0.918 0 0.210 0.229 1.948 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.358 0 0.000 0.149 0.541 100.000 97.727 0.541 LGA A 217 A 217 0.218 0 0.054 0.069 0.306 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.385 0 0.020 0.131 1.199 100.000 91.212 1.199 LGA H 219 H 219 0.246 0 0.000 0.086 0.623 100.000 94.545 0.623 LGA L 220 L 220 0.211 0 0.000 0.078 0.386 100.000 100.000 0.386 LGA T 221 T 221 0.173 0 0.000 0.031 0.308 100.000 100.000 0.092 LGA N 222 N 222 0.368 0 0.051 0.062 0.578 95.455 97.727 0.387 LGA L 223 L 223 0.522 0 0.046 0.070 0.785 90.909 86.364 0.639 LGA Q 224 Q 224 0.476 0 0.044 0.173 0.959 95.455 89.899 0.836 LGA I 225 I 225 0.422 0 0.042 0.102 0.449 100.000 100.000 0.146 LGA P 226 P 226 0.429 0 0.028 0.061 0.678 90.909 87.013 0.678 LGA T 227 T 227 0.378 0 0.044 0.071 0.504 100.000 97.403 0.504 LGA P 228 P 228 0.564 0 0.084 0.092 0.570 86.364 89.610 0.469 LGA S 229 S 229 0.670 0 0.152 0.161 0.775 81.818 84.848 0.378 LGA G 230 G 230 0.754 0 0.057 0.057 1.061 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.246 0 0.035 0.487 1.092 100.000 92.121 1.092 LGA K 232 K 232 0.240 0 0.098 0.276 1.119 95.455 92.121 1.119 LGA R 233 R 233 0.269 0 0.021 1.103 6.022 100.000 54.876 3.838 LGA W 234 W 234 0.333 0 0.037 0.132 0.491 100.000 100.000 0.441 LGA N 235 N 235 0.544 0 0.014 0.584 2.451 90.909 78.864 2.451 LGA Q 236 Q 236 0.501 0 0.000 1.246 4.845 90.909 64.848 4.845 LGA Y 237 Y 237 0.577 0 0.033 1.535 9.082 86.364 41.667 9.082 LGA T 238 T 238 0.369 0 0.000 0.035 0.424 100.000 100.000 0.378 LGA I 239 I 239 0.298 0 0.020 0.106 0.358 100.000 100.000 0.358 LGA K 240 K 240 0.545 0 0.015 0.188 2.732 95.455 71.717 2.732 LGA A 241 A 241 0.395 0 0.086 0.092 0.574 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.028 0 0.040 0.065 0.235 100.000 100.000 0.106 LGA L 243 L 243 0.170 0 0.033 0.044 0.409 100.000 100.000 0.248 LGA Q 244 Q 244 0.182 0 0.047 0.229 0.835 100.000 95.960 0.619 LGA N 245 N 245 0.165 0 0.020 0.090 0.483 100.000 100.000 0.483 LGA E 246 E 246 0.199 0 0.027 0.478 1.417 100.000 94.141 0.926 LGA V 247 V 247 0.198 0 0.000 0.038 0.318 100.000 100.000 0.272 LGA Y 248 Y 248 0.281 0 0.032 0.117 1.060 100.000 91.061 1.060 LGA I 249 I 249 0.191 0 0.022 0.034 0.281 100.000 100.000 0.241 LGA G 250 G 250 0.182 0 0.056 0.056 0.274 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.152 0 0.036 0.041 0.298 100.000 100.000 0.201 LGA V 252 V 252 0.324 0 0.046 0.106 0.655 100.000 97.403 0.655 LGA K 253 K 253 0.538 0 0.061 0.149 0.814 95.455 87.879 0.675 LGA Y 254 Y 254 0.562 0 0.028 0.223 2.263 95.455 72.121 2.263 LGA K 255 K 255 0.597 0 0.011 0.159 1.268 81.818 80.000 1.268 LGA V 256 V 256 0.779 0 0.066 0.069 0.898 81.818 81.818 0.737 LGA R 257 R 257 0.958 0 0.102 1.036 5.201 73.636 55.207 2.924 LGA E 258 E 258 0.857 0 0.018 0.622 2.949 73.636 53.939 2.949 LGA K 259 K 259 1.309 0 0.055 0.223 1.553 65.455 62.222 1.172 LGA T 260 T 260 1.404 0 0.000 0.094 1.756 58.182 61.299 1.385 LGA K 261 K 261 2.082 0 0.024 0.344 3.513 41.364 35.354 3.513 LGA D 262 D 262 2.039 0 0.024 0.913 3.415 47.727 38.182 3.387 LGA G 263 G 263 1.940 0 0.010 0.010 1.940 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.372 0 0.074 0.437 1.643 65.455 63.838 1.378 LGA R 265 R 265 1.288 0 0.097 0.819 1.763 65.455 65.785 1.763 LGA T 266 T 266 1.061 0 0.047 0.082 1.169 73.636 77.143 0.955 LGA I 267 I 267 0.739 0 0.035 0.067 0.982 81.818 81.818 0.921 LGA R 268 R 268 0.366 0 0.028 0.967 2.926 100.000 88.595 2.926 LGA P 269 P 269 0.263 0 0.004 0.026 0.321 100.000 100.000 0.276 LGA E 270 E 270 0.538 0 0.013 0.236 1.213 86.364 78.384 1.213 LGA K 271 K 271 0.579 0 0.057 0.746 5.182 90.909 55.758 5.182 LGA E 272 E 272 0.287 0 0.050 0.101 0.814 100.000 91.919 0.814 LGA Q 273 Q 273 0.080 0 0.041 0.106 0.503 100.000 97.980 0.503 LGA I 274 I 274 0.135 0 0.032 0.100 0.700 100.000 97.727 0.700 LGA V 275 V 275 0.296 0 0.000 0.030 0.530 95.455 97.403 0.457 LGA V 276 V 276 0.257 0 0.058 0.068 0.549 100.000 97.403 0.356 LGA Q 277 Q 277 0.098 0 0.043 0.608 2.978 100.000 79.596 2.978 LGA D 278 D 278 0.039 0 0.040 0.260 0.787 100.000 95.455 0.787 LGA A 279 A 279 0.121 0 0.017 0.023 0.149 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.171 0 0.031 0.233 0.620 100.000 98.182 0.480 LGA A 281 A 281 0.271 0 0.021 0.022 0.354 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.191 0 0.039 0.056 0.287 100.000 100.000 0.287 LGA I 283 I 283 0.351 0 0.046 0.060 0.614 95.455 95.455 0.443 LGA I 284 I 284 0.218 0 0.000 0.070 0.221 100.000 100.000 0.147 LGA D 285 D 285 0.289 0 0.023 0.647 1.828 100.000 87.273 1.828 LGA K 286 K 286 0.324 0 0.000 0.257 1.319 100.000 92.121 1.319 LGA E 287 E 287 0.380 0 0.022 0.296 2.029 100.000 78.182 1.685 LGA Q 288 Q 288 0.286 0 0.027 0.242 1.627 100.000 83.232 1.517 LGA F 289 F 289 0.136 0 0.026 0.101 0.364 100.000 100.000 0.295 LGA Q 290 Q 290 0.266 0 0.030 1.228 3.433 100.000 70.909 3.433 LGA Q 291 Q 291 0.184 0 0.038 0.111 0.590 100.000 97.980 0.491 LGA S 292 S 292 0.090 0 0.041 0.053 0.244 100.000 100.000 0.141 LGA Q 293 Q 293 0.237 0 0.000 0.223 0.664 100.000 95.960 0.664 LGA V 294 V 294 0.311 0 0.037 0.045 0.579 100.000 94.805 0.515 LGA K 295 K 295 0.260 0 0.046 0.178 0.586 95.455 95.960 0.407 LGA I 296 I 296 0.466 0 0.022 0.080 0.774 90.909 93.182 0.360 LGA A 297 A 297 0.731 0 0.126 0.143 1.283 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.680 0 0.000 0.232 2.230 70.909 61.136 1.821 LGA K 299 K 299 3.339 0 0.260 0.628 13.770 39.545 17.576 13.770 LGA V 300 V 300 1.722 0 0.119 0.141 4.242 51.364 32.468 4.242 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.865 0.818 1.832 89.007 82.845 68.678 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.86 96.111 98.054 13.992 LGA_LOCAL RMSD: 0.865 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.865 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.865 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.223368 * X + -0.858632 * Y + -0.461365 * Z + 156.470932 Y_new = 0.585845 * X + -0.260033 * Y + 0.767573 * Z + 151.365967 Z_new = -0.779033 * X + -0.441740 * Y + 0.444942 * Z + 137.711777 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.206535 0.893121 -0.781787 [DEG: 69.1294 51.1721 -44.7931 ] ZXZ: -2.600386 1.109687 -2.086626 [DEG: -148.9912 63.5804 -119.5548 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS489_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS489_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.86 98.054 0.86 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS489_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.976 185.115 153.443 1.00 84.93 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.377 185.829 154.576 1.00 85.28 C ATOM 1347 C GLY 165 151.854 185.707 154.679 1.00 86.77 C ATOM 1348 O GLY 165 151.222 186.475 155.402 1.00 84.31 O ATOM 1349 N LYS 166 151.241 184.754 153.969 1.00 85.95 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.798 184.497 154.033 1.00 85.91 C ATOM 1351 C LYS 166 149.461 183.680 155.288 1.00 86.77 C ATOM 1352 O LYS 166 150.172 182.743 155.643 1.00 84.85 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.305 183.821 152.733 1.00 84.60 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.467 184.725 151.487 1.00 81.53 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.001 184.082 150.168 1.00 78.77 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.184 185.085 149.012 1.00 73.48 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.830 184.576 147.654 1.00 67.07 N ATOM 1358 N TRP 167 148.351 184.014 155.938 1.00 86.80 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.861 183.274 157.110 1.00 87.30 C ATOM 1360 C TRP 167 147.002 182.091 156.673 1.00 86.77 C ATOM 1361 O TRP 167 145.939 182.268 156.081 1.00 84.03 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.096 184.213 158.034 1.00 86.74 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.709 183.574 159.328 1.00 86.97 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.552 182.928 159.580 1.00 83.87 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.507 183.482 160.550 1.00 85.47 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.569 182.449 160.884 1.00 83.66 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.742 182.769 161.508 1.00 84.79 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.782 183.941 160.923 1.00 84.59 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.240 182.507 162.803 1.00 84.23 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.271 183.688 162.213 1.00 82.65 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.504 182.974 163.142 1.00 82.06 C ATOM 1372 N ILE 168 147.454 180.902 156.979 1.00 84.04 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.881 179.627 156.520 1.00 82.27 C ATOM 1374 C ILE 168 146.539 178.664 157.661 1.00 81.12 C ATOM 1375 O ILE 168 146.142 177.524 157.419 1.00 75.34 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.808 178.929 155.508 1.00 78.92 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.197 179.589 155.340 1.00 74.43 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.086 178.832 154.150 1.00 71.79 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.171 178.690 154.609 1.00 67.97 C ATOM 1380 N SER 169 146.686 179.097 158.892 1.00 80.90 N ATOM 1381 CA SER 169 146.284 178.334 160.067 1.00 79.26 C ATOM 1382 C SER 169 144.816 178.604 160.429 1.00 78.15 C ATOM 1383 O SER 169 144.066 179.156 159.620 1.00 72.00 O ATOM 1384 CB SER 169 147.282 178.586 161.200 1.00 75.82 C ATOM 1385 OG SER 169 147.191 179.888 161.703 1.00 70.98 O ATOM 1386 N GLY 170 144.376 178.175 161.609 1.00 75.78 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.981 178.302 162.025 1.00 75.30 C ATOM 1388 C GLY 170 142.525 179.736 162.301 1.00 77.99 C ATOM 1389 O GLY 170 142.573 180.600 161.436 1.00 74.70 O ATOM 1390 N LEU 171 142.071 179.985 163.536 1.00 79.65 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.632 181.314 163.960 1.00 79.38 C ATOM 1392 C LEU 171 142.779 182.320 163.848 1.00 80.73 C ATOM 1393 O LEU 171 143.908 182.025 164.243 1.00 78.75 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.108 181.246 165.403 1.00 76.31 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.734 180.559 165.527 1.00 72.00 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.503 180.077 166.953 1.00 67.03 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.598 181.518 165.156 1.00 65.61 C ATOM 1398 N ALA 172 142.455 183.508 163.344 1.00 83.30 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.375 184.634 163.387 1.00 83.84 C ATOM 1400 C ALA 172 143.727 184.969 164.851 1.00 84.78 C ATOM 1401 O ALA 172 142.878 184.801 165.735 1.00 83.09 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.736 185.819 162.659 1.00 81.78 C ATOM 1403 N PRO 173 144.952 185.415 165.140 1.00 86.15 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.325 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