####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS481_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS481_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 4 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 81 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 20 106 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 29 51 122 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 109 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 24 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 90 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 81 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 74 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 68 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 100 123 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 16 38 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 13 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 49 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 88 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 100 123 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 115 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 92 116 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 68.15 85.93 93.33 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.43 0.57 0.66 0.68 0.73 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.492 0 0.038 0.038 0.492 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.249 0 0.025 0.120 0.742 100.000 97.980 0.742 LGA W 167 W 167 0.198 0 0.202 0.213 0.540 95.455 98.701 0.315 LGA I 168 I 168 0.594 0 0.037 0.731 1.709 81.818 73.864 1.140 LGA S 169 S 169 0.980 0 0.557 0.581 2.546 68.182 64.848 1.591 LGA G 170 G 170 1.491 0 0.071 0.071 1.763 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.849 0 0.048 1.395 5.545 77.727 54.773 2.862 LGA A 172 A 172 0.466 0 0.015 0.025 0.652 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.192 0 0.000 0.099 0.289 100.000 100.000 0.289 LGA Y 174 Y 174 0.348 0 0.022 0.230 1.292 100.000 89.545 1.292 LGA G 175 G 175 0.218 0 0.060 0.060 0.277 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.256 0 0.000 0.158 0.485 100.000 100.000 0.260 LGA Q 177 Q 177 0.404 0 0.060 0.257 1.059 100.000 90.101 0.539 LGA L 178 L 178 0.237 0 0.134 0.204 1.719 90.909 82.500 1.719 LGA N 179 N 179 1.374 0 0.173 0.661 4.949 59.091 35.909 4.949 LGA K 180 K 180 4.237 0 0.283 0.969 13.713 13.182 5.859 13.713 LGA K 181 K 181 1.567 0 0.449 1.170 11.741 61.818 29.495 11.741 LGA T 182 T 182 0.874 0 0.023 1.119 3.406 77.727 68.052 3.406 LGA S 183 S 183 0.669 0 0.110 0.098 1.016 86.364 82.121 0.895 LGA K 184 K 184 0.758 0 0.072 0.861 2.751 81.818 72.121 2.751 LGA L 185 L 185 0.320 0 0.073 0.080 0.591 95.455 97.727 0.442 LGA D 186 D 186 0.114 0 0.032 0.154 0.901 100.000 95.455 0.458 LGA P 187 P 187 0.422 0 0.038 0.073 0.970 90.909 89.610 0.587 LGA V 188 V 188 0.558 0 0.005 0.014 0.618 81.818 81.818 0.618 LGA E 189 E 189 0.507 0 0.038 0.220 0.836 90.909 91.919 0.416 LGA D 190 D 190 0.396 0 0.000 0.033 0.613 100.000 93.182 0.613 LGA E 191 E 191 0.277 0 0.000 0.025 0.549 100.000 93.939 0.541 LGA A 192 A 192 0.167 0 0.030 0.027 0.238 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.157 0 0.043 0.083 0.353 100.000 100.000 0.293 LGA V 194 V 194 0.151 0 0.000 0.037 0.296 100.000 100.000 0.296 LGA V 195 V 195 0.089 0 0.004 0.017 0.187 100.000 100.000 0.099 LGA Q 196 Q 196 0.093 0 0.022 0.255 1.090 100.000 92.121 0.978 LGA L 197 L 197 0.181 0 0.000 0.043 0.272 100.000 100.000 0.272 LGA I 198 I 198 0.157 0 0.034 0.069 0.317 100.000 100.000 0.278 LGA F 199 F 199 0.177 0 0.013 0.045 0.229 100.000 100.000 0.114 LGA N 200 N 200 0.252 0 0.032 0.998 3.373 100.000 77.500 3.373 LGA I 201 I 201 0.121 0 0.000 0.040 0.209 100.000 100.000 0.055 LGA F 202 F 202 0.138 0 0.000 0.024 0.253 100.000 100.000 0.253 LGA L 203 L 203 0.275 0 0.023 0.062 0.655 100.000 95.455 0.586 LGA N 204 N 204 0.219 0 0.000 0.111 1.059 100.000 91.136 0.765 LGA G 205 G 205 0.408 0 0.045 0.045 0.470 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.489 0 0.022 0.180 0.841 86.364 90.909 0.330 LGA N 207 N 207 0.989 0 0.036 0.197 1.597 73.636 67.727 1.121 LGA G 208 G 208 1.166 0 0.093 0.093 1.531 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.308 0 0.046 0.576 1.564 65.455 71.313 0.620 LGA D 210 D 210 1.240 0 0.081 0.756 1.766 69.545 63.864 1.766 LGA Y 211 Y 211 1.816 0 0.126 0.590 2.012 54.545 50.000 1.680 LGA S 212 S 212 2.253 0 0.642 0.778 5.809 36.364 26.061 5.809 LGA Y 213 Y 213 3.082 0 0.159 1.089 14.640 39.545 13.333 14.640 LGA A 215 A 215 1.056 0 0.192 0.210 2.055 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.374 0 0.000 0.143 0.507 100.000 97.727 0.507 LGA A 217 A 217 0.241 0 0.053 0.065 0.316 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.522 0 0.018 0.118 1.295 95.455 88.182 1.295 LGA H 219 H 219 0.322 0 0.000 0.085 0.681 100.000 94.545 0.681 LGA L 220 L 220 0.282 0 0.008 0.081 0.438 100.000 100.000 0.438 LGA T 221 T 221 0.301 0 0.000 0.031 0.418 100.000 100.000 0.234 LGA N 222 N 222 0.421 0 0.042 0.063 0.573 95.455 95.455 0.558 LGA L 223 L 223 0.553 0 0.047 0.067 0.768 86.364 84.091 0.628 LGA Q 224 Q 224 0.554 0 0.035 0.179 0.901 86.364 85.859 0.756 LGA I 225 I 225 0.503 0 0.046 0.104 0.513 86.364 90.909 0.158 LGA P 226 P 226 0.500 0 0.042 0.073 0.763 86.364 84.416 0.763 LGA T 227 T 227 0.395 0 0.038 0.079 0.565 100.000 97.403 0.565 LGA P 228 P 228 0.524 0 0.083 0.089 0.530 90.909 92.208 0.447 LGA S 229 S 229 0.653 0 0.158 0.163 0.872 81.818 87.879 0.310 LGA G 230 G 230 0.803 0 0.043 0.043 1.099 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.286 0 0.048 0.461 1.207 100.000 92.121 1.207 LGA K 232 K 232 0.348 0 0.131 0.252 0.939 95.455 95.960 0.674 LGA R 233 R 233 0.197 0 0.040 1.069 5.252 100.000 53.388 3.795 LGA W 234 W 234 0.304 0 0.036 0.123 0.554 100.000 97.403 0.459 LGA N 235 N 235 0.498 0 0.013 0.567 2.258 95.455 81.136 2.258 LGA Q 236 Q 236 0.514 0 0.000 0.887 3.364 95.455 71.111 3.364 LGA Y 237 Y 237 0.520 0 0.059 0.146 0.760 86.364 83.333 0.651 LGA T 238 T 238 0.337 0 0.006 0.035 0.401 100.000 100.000 0.340 LGA I 239 I 239 0.266 0 0.034 0.109 0.375 100.000 100.000 0.375 LGA K 240 K 240 0.549 0 0.030 0.215 3.035 95.455 70.707 3.035 LGA A 241 A 241 0.404 0 0.080 0.083 0.536 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.043 0 0.039 0.064 0.197 100.000 100.000 0.102 LGA L 243 L 243 0.154 0 0.039 0.060 0.475 100.000 100.000 0.194 LGA Q 244 Q 244 0.109 0 0.026 0.215 0.847 100.000 95.960 0.652 LGA N 245 N 245 0.130 0 0.020 0.091 0.450 100.000 100.000 0.450 LGA E 246 E 246 0.149 0 0.030 0.487 1.522 100.000 90.505 0.949 LGA V 247 V 247 0.169 0 0.005 0.043 0.322 100.000 100.000 0.267 LGA Y 248 Y 248 0.233 0 0.034 0.116 1.063 100.000 91.061 1.063 LGA I 249 I 249 0.153 0 0.027 0.037 0.255 100.000 100.000 0.121 LGA G 250 G 250 0.173 0 0.053 0.053 0.219 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.117 0 0.035 0.039 0.265 100.000 100.000 0.139 LGA V 252 V 252 0.236 0 0.043 0.105 0.534 100.000 97.403 0.534 LGA K 253 K 253 0.486 0 0.055 0.136 0.866 100.000 89.899 0.807 LGA Y 254 Y 254 0.673 0 0.028 0.236 2.447 90.909 68.030 2.447 LGA K 255 K 255 0.633 0 0.000 0.180 1.513 81.818 78.384 1.513 LGA V 256 V 256 0.725 0 0.053 0.063 0.834 81.818 81.818 0.719 LGA R 257 R 257 0.923 0 0.093 1.041 5.075 77.727 56.694 2.503 LGA E 258 E 258 0.981 0 0.050 0.249 1.687 73.636 67.475 1.687 LGA K 259 K 259 1.410 0 0.050 0.205 1.827 65.455 58.990 1.621 LGA T 260 T 260 1.245 0 0.021 0.173 1.610 61.818 63.377 1.287 LGA K 261 K 261 1.870 0 0.027 0.276 2.389 47.727 45.253 1.786 LGA D 262 D 262 1.584 0 0.025 0.079 1.623 50.909 58.182 1.080 LGA G 263 G 263 1.762 0 0.010 0.010 1.828 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.285 0 0.103 0.415 2.006 65.455 59.192 1.778 LGA R 265 R 265 1.194 0 0.104 0.899 4.059 65.455 53.554 4.059 LGA T 266 T 266 0.980 0 0.044 0.070 1.105 77.727 79.481 0.856 LGA I 267 I 267 0.612 0 0.022 0.067 0.842 81.818 81.818 0.842 LGA R 268 R 268 0.185 0 0.027 0.967 2.600 100.000 87.273 2.600 LGA P 269 P 269 0.335 0 0.000 0.025 0.468 100.000 100.000 0.216 LGA E 270 E 270 0.735 0 0.000 0.230 1.314 81.818 76.364 1.219 LGA K 271 K 271 0.952 0 0.065 0.746 5.780 81.818 47.677 5.780 LGA E 272 E 272 0.593 0 0.045 0.092 1.058 90.909 84.040 1.058 LGA Q 273 Q 273 0.224 0 0.039 0.096 0.509 100.000 97.980 0.509 LGA I 274 I 274 0.252 0 0.033 0.101 0.802 100.000 97.727 0.802 LGA V 275 V 275 0.327 0 0.012 0.037 0.636 95.455 94.805 0.508 LGA V 276 V 276 0.231 0 0.060 0.069 0.486 100.000 100.000 0.303 LGA Q 277 Q 277 0.150 0 0.045 0.584 2.703 100.000 79.596 2.703 LGA D 278 D 278 0.105 0 0.038 0.220 0.622 100.000 97.727 0.622 LGA A 279 A 279 0.160 0 0.000 0.016 0.208 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.225 0 0.027 0.217 0.541 100.000 98.182 0.416 LGA A 281 A 281 0.282 0 0.020 0.016 0.351 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.156 0 0.040 0.052 0.221 100.000 100.000 0.221 LGA I 283 I 283 0.312 0 0.048 0.062 0.564 95.455 97.727 0.375 LGA I 284 I 284 0.176 0 0.000 0.070 0.178 100.000 100.000 0.149 LGA D 285 D 285 0.226 0 0.017 0.044 0.448 100.000 100.000 0.448 LGA K 286 K 286 0.261 0 0.000 0.237 1.357 100.000 92.121 1.357 LGA E 287 E 287 0.434 0 0.023 0.280 2.039 100.000 79.798 1.526 LGA Q 288 Q 288 0.334 0 0.024 0.494 1.441 100.000 82.626 1.441 LGA F 289 F 289 0.100 0 0.012 0.098 0.343 100.000 100.000 0.270 LGA Q 290 Q 290 0.242 0 0.027 1.176 3.705 100.000 70.303 3.705 LGA Q 291 Q 291 0.122 0 0.028 0.127 0.417 100.000 100.000 0.358 LGA S 292 S 292 0.081 0 0.041 0.048 0.286 100.000 100.000 0.095 LGA Q 293 Q 293 0.266 0 0.000 0.200 0.713 100.000 95.960 0.713 LGA V 294 V 294 0.376 0 0.034 0.052 0.517 100.000 97.403 0.483 LGA K 295 K 295 0.184 0 0.080 0.205 0.698 95.455 97.980 0.331 LGA I 296 I 296 0.422 0 0.030 0.071 0.732 90.909 93.182 0.422 LGA A 297 A 297 0.744 0 0.102 0.118 1.250 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.422 0 0.000 0.219 1.230 86.818 82.273 1.017 LGA K 299 K 299 1.895 0 0.362 0.292 12.632 66.818 30.909 12.632 LGA V 300 V 300 3.663 0 0.079 0.073 7.097 17.727 10.130 7.097 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.874 0.833 1.773 88.774 83.545 71.367 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 95.741 97.947 13.859 LGA_LOCAL RMSD: 0.874 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.874 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.874 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.327201 * X + 0.785269 * Y + -0.525635 * Z + 156.029541 Y_new = 0.563750 * X + -0.608637 * Y + -0.558343 * Z + 150.006760 Z_new = -0.758370 * X + -0.113636 * Y + -0.641842 * Z + 143.988358 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.044913 0.860809 -2.966361 [DEG: 59.8691 49.3207 -169.9600 ] ZXZ: -0.755233 2.267694 -1.719533 [DEG: -43.2717 129.9293 -98.5220 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS481_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS481_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 97.947 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS481_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.044 185.181 153.393 1.00 86.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.432 185.918 154.509 1.00 85.95 C ATOM 1347 C GLY 165 151.912 185.781 154.610 1.00 87.47 C ATOM 1348 O GLY 165 151.274 186.540 155.336 1.00 84.80 O ATOM 1349 N LYS 166 151.308 184.825 153.901 1.00 87.28 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.873 184.542 153.984 1.00 87.02 C ATOM 1351 C LYS 166 149.562 183.743 155.258 1.00 87.66 C ATOM 1352 O LYS 166 150.316 182.855 155.650 1.00 85.75 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.376 183.825 152.709 1.00 85.52 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.528 184.689 151.436 1.00 82.60 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.043 183.996 150.151 1.00 79.76 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.228 184.941 148.948 1.00 74.60 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.847 184.362 147.627 1.00 68.10 N ATOM 1358 N TRP 167 148.427 184.038 155.891 1.00 87.61 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.963 183.308 157.076 1.00 88.12 C ATOM 1360 C TRP 167 147.164 182.073 156.664 1.00 87.55 C ATOM 1361 O TRP 167 146.092 182.186 156.073 1.00 84.68 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.144 184.231 157.968 1.00 87.57 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.804 183.614 159.283 1.00 87.96 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.673 182.932 159.573 1.00 84.80 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.628 183.579 160.491 1.00 86.46 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.920 182.852 161.478 1.00 85.64 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.894 184.096 160.827 1.00 85.50 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.738 182.475 160.886 1.00 84.45 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.461 182.625 162.764 1.00 85.24 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.427 183.878 162.109 1.00 83.56 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.716 183.144 163.064 1.00 83.03 C ATOM 1372 N ILE 168 147.679 180.897 156.981 1.00 85.43 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.128 179.605 156.546 1.00 83.56 C ATOM 1374 C ILE 168 146.635 178.761 157.733 1.00 82.44 C ATOM 1375 O ILE 168 145.895 177.794 157.568 1.00 76.36 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.192 178.853 155.706 1.00 80.18 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.703 179.759 154.558 1.00 76.28 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.640 177.547 155.117 1.00 73.40 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.882 179.167 153.809 1.00 69.81 C ATOM 1380 N SER 169 147.025 179.139 158.936 1.00 82.61 N ATOM 1381 CA SER 169 146.583 178.502 160.176 1.00 81.15 C ATOM 1382 C SER 169 145.098 178.787 160.459 1.00 80.17 C ATOM 1383 O SER 169 144.434 179.472 159.689 1.00 74.01 O ATOM 1384 CB SER 169 147.488 178.948 161.319 1.00 77.40 C ATOM 1385 OG SER 169 148.821 178.583 161.050 1.00 72.68 O ATOM 1386 N GLY 170 144.566 178.230 161.547 1.00 77.35 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.143 178.333 161.883 1.00 76.32 C ATOM 1388 C GLY 170 142.661 179.755 162.187 1.00 79.08 C ATOM 1389 O GLY 170 142.710 180.640 161.342 1.00 75.45 O ATOM 1390 N LEU 171 142.179 179.973 163.418 1.00 80.95 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.722 181.297 163.851 1.00 80.49 C ATOM 1392 C LEU 171 142.862 182.315 163.764 1.00 81.72 C ATOM 1393 O LEU 171 143.992 182.023 164.162 1.00 79.50 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.177 181.213 165.287 1.00 77.50 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.822 180.486 165.391 1.00 73.35 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.547 180.089 166.834 1.00 67.17 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.665 181.371 164.910 1.00 66.11 C ATOM 1398 N ALA 172 142.532 183.506 163.281 1.00 84.13 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.448 184.635 163.322 1.00 84.51 C ATOM 1400 C ALA 172 143.827 184.971 164.782 1.00 85.68 C ATOM 1401 O ALA 172 143.003 184.773 165.685 1.00 83.78 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.794 185.824 162.611 1.00 82.59 C ATOM 1403 N PRO 173 145.034 185.467 165.035 1.00 86.88 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.419 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