####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS481_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS481_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 81 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 79 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 68 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 17 115 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 72 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 53 116 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 111 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 25 42 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 100 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 67 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 54 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 50 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 79 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 71 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 6 76 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 12 52 114 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 117 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 86.67 93.33 95.56 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.49 0.61 0.67 0.81 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 1.00 0.95 0.93 0.92 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.662 0 0.033 0.033 0.662 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.612 0 0.029 0.135 1.356 81.818 80.000 1.356 LGA W 167 W 167 0.297 0 0.201 0.207 0.560 95.455 98.701 0.289 LGA I 168 I 168 1.015 0 0.075 0.868 2.294 77.727 68.182 1.022 LGA S 169 S 169 1.144 0 0.559 0.583 2.592 60.000 59.394 1.668 LGA G 170 G 170 1.636 0 0.082 0.082 1.892 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.059 0 0.053 1.416 5.986 69.545 47.500 3.175 LGA A 172 A 172 0.526 0 0.004 0.014 0.727 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.318 0 0.018 0.113 0.377 100.000 100.000 0.287 LGA Y 174 Y 174 0.465 0 0.019 0.217 1.521 95.455 82.576 1.521 LGA G 175 G 175 0.431 0 0.069 0.069 0.477 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.458 0 0.013 0.164 0.572 95.455 95.455 0.281 LGA Q 177 Q 177 0.742 0 0.054 0.240 1.052 86.364 82.020 0.807 LGA L 178 L 178 0.536 0 0.126 0.218 1.624 81.818 77.955 1.624 LGA N 179 N 179 1.198 0 0.162 0.657 4.774 65.909 39.318 4.774 LGA K 180 K 180 3.672 0 0.291 0.966 13.330 20.455 9.091 13.330 LGA K 181 K 181 1.822 0 0.454 0.961 10.627 65.909 30.707 10.627 LGA T 182 T 182 0.758 0 0.021 1.113 3.442 86.364 72.987 3.442 LGA S 183 S 183 0.896 0 0.115 0.103 1.274 78.182 73.939 1.190 LGA K 184 K 184 0.888 0 0.074 0.854 2.511 77.727 70.303 2.511 LGA L 185 L 185 0.301 0 0.067 0.077 0.545 95.455 97.727 0.355 LGA D 186 D 186 0.290 0 0.028 0.142 0.754 95.455 95.455 0.221 LGA P 187 P 187 0.646 0 0.028 0.074 1.292 77.727 79.481 0.752 LGA V 188 V 188 0.961 0 0.000 0.015 1.117 73.636 74.805 1.117 LGA E 189 E 189 0.970 0 0.045 0.201 1.144 77.727 78.182 1.144 LGA D 190 D 190 0.938 0 0.026 0.038 1.334 81.818 73.636 1.334 LGA E 191 E 191 0.635 0 0.000 0.028 0.942 86.364 83.838 0.942 LGA A 192 A 192 0.451 0 0.027 0.025 0.536 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.506 0 0.036 0.089 1.390 95.455 82.424 1.390 LGA V 194 V 194 0.400 0 0.000 0.047 0.576 100.000 94.805 0.534 LGA V 195 V 195 0.150 0 0.000 0.000 0.326 100.000 100.000 0.122 LGA Q 196 Q 196 0.328 0 0.029 0.246 1.394 100.000 88.485 1.394 LGA L 197 L 197 0.390 0 0.000 0.027 0.436 100.000 100.000 0.436 LGA I 198 I 198 0.184 0 0.039 0.072 0.361 100.000 100.000 0.297 LGA F 199 F 199 0.307 0 0.022 0.049 0.479 100.000 100.000 0.178 LGA N 200 N 200 0.511 0 0.028 1.138 3.903 95.455 72.045 3.903 LGA I 201 I 201 0.335 0 0.006 0.040 0.405 100.000 100.000 0.142 LGA F 202 F 202 0.382 0 0.021 0.027 0.554 95.455 95.041 0.526 LGA L 203 L 203 0.606 0 0.033 0.058 0.815 81.818 81.818 0.706 LGA N 204 N 204 0.834 0 0.029 0.044 1.494 81.818 75.682 1.494 LGA G 205 G 205 0.267 0 0.039 0.039 0.425 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.242 0 0.009 0.049 0.511 100.000 97.727 0.511 LGA N 207 N 207 0.619 0 0.030 0.220 1.072 86.364 84.318 0.380 LGA G 208 G 208 1.226 0 0.105 0.105 2.127 59.091 59.091 - LGA K 209 K 209 1.218 0 0.057 0.598 2.441 65.455 59.394 2.105 LGA D 210 D 210 1.205 0 0.081 0.687 1.616 69.545 67.727 1.289 LGA Y 211 Y 211 1.605 0 0.114 0.595 1.994 58.182 55.758 1.618 LGA S 212 S 212 2.166 0 0.639 0.783 5.881 41.818 29.697 5.881 LGA Y 213 Y 213 2.961 0 0.163 1.075 14.461 41.818 14.091 14.461 LGA A 215 A 215 0.805 0 0.187 0.204 1.802 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.262 0 0.000 0.142 0.501 100.000 97.727 0.501 LGA A 217 A 217 0.184 0 0.044 0.056 0.222 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.288 0 0.035 0.111 0.947 100.000 93.939 0.947 LGA H 219 H 219 0.298 0 0.011 0.105 0.943 100.000 90.909 0.943 LGA L 220 L 220 0.301 0 0.024 0.075 0.435 100.000 100.000 0.435 LGA T 221 T 221 0.317 0 0.000 0.000 0.347 100.000 100.000 0.275 LGA N 222 N 222 0.372 0 0.052 0.040 0.456 100.000 100.000 0.442 LGA L 223 L 223 0.560 0 0.046 0.097 0.826 86.364 84.091 0.687 LGA Q 224 Q 224 0.690 0 0.000 0.191 1.393 81.818 76.364 0.923 LGA I 225 I 225 0.585 0 0.050 0.103 0.642 81.818 86.364 0.272 LGA P 226 P 226 0.733 0 0.036 0.060 0.952 81.818 81.818 0.952 LGA T 227 T 227 0.741 0 0.038 0.074 0.900 81.818 81.818 0.900 LGA P 228 P 228 0.846 0 0.079 0.088 0.846 81.818 81.818 0.745 LGA S 229 S 229 0.974 0 0.133 0.137 1.086 77.727 79.091 0.788 LGA G 230 G 230 0.980 0 0.063 0.063 1.076 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.501 0 0.039 0.491 0.908 90.909 87.879 0.908 LGA K 232 K 232 0.496 0 0.054 0.294 1.804 90.909 80.606 1.804 LGA R 233 R 233 0.433 0 0.038 1.109 5.961 95.455 49.091 3.858 LGA W 234 W 234 0.214 0 0.032 0.138 0.693 100.000 93.506 0.691 LGA N 235 N 235 0.500 0 0.010 0.533 2.435 95.455 81.136 2.435 LGA Q 236 Q 236 0.552 0 0.000 0.723 2.768 86.364 65.051 2.717 LGA Y 237 Y 237 0.792 0 0.073 0.151 1.045 77.727 77.727 0.992 LGA T 238 T 238 0.452 0 0.000 0.038 0.494 100.000 100.000 0.444 LGA I 239 I 239 0.369 0 0.012 0.088 0.433 100.000 100.000 0.319 LGA K 240 K 240 0.790 0 0.021 0.206 3.418 81.818 58.586 3.418 LGA A 241 A 241 0.698 0 0.080 0.085 0.793 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.156 0 0.044 0.081 0.290 100.000 100.000 0.153 LGA L 243 L 243 0.252 0 0.042 0.068 0.516 95.455 97.727 0.387 LGA Q 244 Q 244 0.355 0 0.040 0.222 0.765 95.455 91.919 0.678 LGA N 245 N 245 0.293 0 0.018 0.090 0.510 100.000 97.727 0.510 LGA E 246 E 246 0.255 0 0.021 0.516 1.357 100.000 92.323 1.139 LGA V 247 V 247 0.138 0 0.000 0.032 0.259 100.000 100.000 0.156 LGA Y 248 Y 248 0.190 0 0.041 0.127 1.046 100.000 91.061 1.046 LGA I 249 I 249 0.214 0 0.019 0.030 0.436 100.000 100.000 0.436 LGA G 250 G 250 0.163 0 0.039 0.039 0.308 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.278 0 0.038 0.045 0.393 100.000 100.000 0.335 LGA V 252 V 252 0.323 0 0.049 0.105 0.667 95.455 94.805 0.543 LGA K 253 K 253 0.277 0 0.062 0.156 0.640 100.000 97.980 0.473 LGA Y 254 Y 254 0.547 0 0.030 0.215 2.113 95.455 73.485 2.113 LGA K 255 K 255 0.723 0 0.000 0.172 0.915 81.818 81.818 0.915 LGA V 256 V 256 0.799 0 0.040 0.049 0.869 81.818 81.818 0.727 LGA R 257 R 257 0.657 0 0.103 1.070 5.807 77.727 53.058 3.967 LGA E 258 E 258 0.538 0 0.057 0.322 1.668 81.818 74.747 1.668 LGA K 259 K 259 0.950 0 0.056 0.200 1.862 73.636 65.859 1.862 LGA T 260 T 260 1.689 0 0.000 0.114 2.006 48.182 49.351 1.879 LGA K 261 K 261 2.784 0 0.022 0.251 4.424 27.727 21.212 4.424 LGA D 262 D 262 2.782 0 0.029 0.654 3.529 32.727 25.682 3.529 LGA G 263 G 263 1.834 0 0.016 0.016 2.018 55.000 55.000 - LGA K 264 K 264 0.776 0 0.092 0.439 2.361 77.727 77.172 2.361 LGA R 265 R 265 0.641 0 0.059 0.930 4.399 81.818 58.017 4.399 LGA T 266 T 266 0.699 0 0.045 0.082 0.799 86.364 84.416 0.705 LGA I 267 I 267 0.668 0 0.019 0.063 0.743 81.818 81.818 0.723 LGA R 268 R 268 0.625 0 0.026 1.042 2.860 86.364 70.083 2.860 LGA P 269 P 269 0.613 0 0.000 0.026 0.765 86.364 84.416 0.765 LGA E 270 E 270 0.459 0 0.000 0.242 0.899 100.000 93.939 0.822 LGA K 271 K 271 0.597 0 0.065 0.731 3.989 81.818 59.192 3.989 LGA E 272 E 272 0.525 0 0.052 0.137 1.789 90.909 76.970 1.789 LGA Q 273 Q 273 0.496 0 0.039 0.087 0.667 86.364 91.919 0.480 LGA I 274 I 274 0.423 0 0.036 0.103 0.793 100.000 97.727 0.793 LGA V 275 V 275 0.278 0 0.008 0.045 0.445 100.000 100.000 0.438 LGA V 276 V 276 0.338 0 0.054 0.061 0.571 100.000 97.403 0.399 LGA Q 277 Q 277 0.284 0 0.043 0.589 2.977 100.000 79.596 2.977 LGA D 278 D 278 0.236 0 0.040 0.220 0.794 100.000 97.727 0.794 LGA A 279 A 279 0.235 0 0.000 0.016 0.357 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.176 0 0.019 0.210 0.529 100.000 96.364 0.481 LGA A 281 A 281 0.366 0 0.030 0.030 0.498 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.312 0 0.047 0.059 0.421 100.000 100.000 0.421 LGA I 283 I 283 0.428 0 0.060 0.063 0.730 95.455 95.455 0.447 LGA I 284 I 284 0.319 0 0.000 0.061 0.357 100.000 100.000 0.203 LGA D 285 D 285 0.509 0 0.026 0.278 1.189 86.364 84.318 1.189 LGA K 286 K 286 0.606 0 0.000 0.242 1.170 81.818 80.000 1.170 LGA E 287 E 287 0.756 0 0.017 0.337 2.345 81.818 68.687 2.320 LGA Q 288 Q 288 0.513 0 0.034 0.283 1.810 90.909 77.172 1.676 LGA F 289 F 289 0.401 0 0.039 0.121 0.560 95.455 93.388 0.503 LGA Q 290 Q 290 0.626 0 0.028 0.787 2.477 81.818 71.717 2.477 LGA Q 291 Q 291 0.598 0 0.039 0.082 0.662 81.818 81.818 0.662 LGA S 292 S 292 0.375 0 0.042 0.053 0.489 100.000 100.000 0.390 LGA Q 293 Q 293 0.616 0 0.000 0.221 1.046 81.818 80.000 1.046 LGA V 294 V 294 0.825 0 0.032 0.046 1.020 81.818 77.143 1.009 LGA K 295 K 295 0.401 0 0.044 0.155 0.583 90.909 95.960 0.339 LGA I 296 I 296 0.641 0 0.021 0.063 0.945 86.364 86.364 0.625 LGA A 297 A 297 1.134 0 0.105 0.119 1.605 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.358 0 0.000 0.207 1.298 86.364 82.045 1.298 LGA K 299 K 299 1.571 0 0.043 0.154 4.209 55.455 37.778 4.209 LGA V 300 V 300 2.233 0 0.060 0.069 2.758 38.636 36.883 2.758 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.901 0.874 1.680 85.569 80.383 67.349 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.556 98.041 13.490 LGA_LOCAL RMSD: 0.901 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.901 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.901 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.183385 * X + -0.570516 * Y + -0.800551 * Z + 152.020874 Y_new = -0.982826 * X + -0.123431 * Y + -0.137176 * Z + 149.672424 Z_new = -0.020552 * X + 0.811958 * Y + -0.583354 * Z + 142.874725 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.386328 0.020553 2.193799 [DEG: -79.4307 1.1776 125.6955 ] ZXZ: -1.401092 2.193648 -0.025306 [DEG: -80.2767 125.6868 -1.4499 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS481_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS481_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 98.041 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS481_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.714 184.863 153.133 1.00 84.10 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.180 185.633 154.266 1.00 84.39 C ATOM 1347 C GLY 165 151.661 185.557 154.428 1.00 85.98 C ATOM 1348 O GLY 165 151.075 186.368 155.146 1.00 83.33 O ATOM 1349 N LYS 166 150.999 184.599 153.776 1.00 84.89 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.559 184.371 153.919 1.00 84.63 C ATOM 1351 C LYS 166 149.269 183.613 155.221 1.00 85.35 C ATOM 1352 O LYS 166 150.010 182.711 155.608 1.00 82.97 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.989 183.636 152.687 1.00 82.97 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.123 184.442 151.377 1.00 80.38 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.516 183.717 150.164 1.00 77.57 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.646 184.568 148.891 1.00 72.38 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.072 183.941 147.672 1.00 66.26 N ATOM 1358 N TRP 167 148.166 183.962 155.878 1.00 87.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.709 183.268 157.087 1.00 87.50 C ATOM 1360 C TRP 167 146.853 182.059 156.718 1.00 86.56 C ATOM 1361 O TRP 167 145.769 182.201 156.160 1.00 83.58 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.960 184.238 157.988 1.00 87.03 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.637 183.656 159.324 1.00 87.45 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.491 183.030 159.665 1.00 83.94 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.508 183.590 160.499 1.00 85.97 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.799 182.908 161.519 1.00 85.38 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.809 184.042 160.781 1.00 84.99 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.581 182.589 160.979 1.00 84.01 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.376 182.669 162.786 1.00 84.77 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.377 183.808 162.040 1.00 82.55 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.666 183.123 163.029 1.00 82.18 C ATOM 1372 N ILE 168 147.333 180.872 157.048 1.00 84.21 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.724 179.590 156.665 1.00 82.29 C ATOM 1374 C ILE 168 146.292 178.776 157.891 1.00 81.10 C ATOM 1375 O ILE 168 145.619 177.755 157.782 1.00 74.61 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.703 178.774 155.794 1.00 78.63 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.487 179.652 154.788 1.00 73.99 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.949 177.688 155.011 1.00 71.24 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.689 178.916 154.216 1.00 67.46 C ATOM 1380 N SER 169 146.683 179.228 159.066 1.00 79.34 N ATOM 1381 CA SER 169 146.261 178.655 160.340 1.00 77.58 C ATOM 1382 C SER 169 144.780 178.970 160.611 1.00 76.29 C ATOM 1383 O SER 169 144.130 179.639 159.820 1.00 70.38 O ATOM 1384 CB SER 169 147.189 179.151 161.444 1.00 74.32 C ATOM 1385 OG SER 169 148.523 178.783 161.162 1.00 69.96 O ATOM 1386 N GLY 170 144.235 178.456 161.712 1.00 73.55 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.811 178.577 162.022 1.00 72.61 C ATOM 1388 C GLY 170 142.323 180.009 162.275 1.00 75.59 C ATOM 1389 O GLY 170 142.348 180.854 161.387 1.00 72.15 O ATOM 1390 N LEU 171 141.873 180.281 163.504 1.00 78.27 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.455 181.629 163.901 1.00 78.47 C ATOM 1392 C LEU 171 142.620 182.611 163.772 1.00 79.93 C ATOM 1393 O LEU 171 143.748 182.289 164.148 1.00 77.47 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.921 181.604 165.343 1.00 75.51 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.513 180.998 165.464 1.00 71.28 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.249 180.534 166.886 1.00 66.13 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.437 182.026 165.085 1.00 65.23 C ATOM 1398 N ALA 172 142.312 183.806 163.271 1.00 83.82 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.254 184.910 163.310 1.00 84.31 C ATOM 1400 C ALA 172 143.636 185.228 164.770 1.00 85.47 C ATOM 1401 O ALA 172 142.793 185.085 165.662 1.00 83.30 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.628 186.118 162.608 1.00 82.25 C ATOM 1403 N PRO 173 144.871 185.651 165.038 1.00 86.57 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.264 186.128 166.357 1.00 86.90 C ATOM 1405 C PRO 173 144.389 187.305 166.794 1.00 87.60 C ATOM 1406 O PRO 173 143.921 188.079 165.960 1.00 86.14 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.728 186.544 166.226 1.00 85.35 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.213 185.805 164.989 1.00 82.14 C ATOM 1409 CD PRO 173 145.978 185.728 164.111 1.00 85.05 C ATOM 1410 N TYR 174 144.186 187.452 168.097 1.00 89.59 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.487 188.612 168.642 1.00 90.03 C ATOM 1412 C TYR 174 144.176 189.910 168.214 1.00 90.14 C ATOM 1413 O TYR 174 145.399 189.977 168.213 1.00 88.28 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.429 188.482 170.160 1.00 89.75 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.592 189.546 170.821 1.00 90.50 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.193 190.554 171.592 1.00 84.23 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.193 189.536 170.656 1.00 84.81 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.403 191.537 172.209 1.00 83.78 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.398 190.517 171.264 1.00 83.93 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.007 191.515 172.044 1.00 88.35 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.228 192.469 172.641 1.00 87.38 O ATOM 1422 N GLY 175 143.401 190.899 167.814 1.00 88.88 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.904 192.134 167.211 1.00 89.01 C ATOM 1424 C GLY 175 143.985 192.114 165.689 1.00 90.37 C ATOM 1425 O GLY 175 144.184 193.161 165.078 1.00 87.82 O ATOM 1426 N TYR 176 143.812 190.952 165.069 1.00 91.15 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.813 190.799 163.620 1.00 91.54 C ATOM 1428 C TYR 176 142.563 190.077 163.118 1.00 91.34 C ATOM 1429 O TYR 176 142.002 189.206 163.781 1.00 89.46 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.066 190.052 163.170 1.00 91.51 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.358 190.816 163.333 1.00 92.04 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.737 191.777 162.383 1.00 86.18 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.210 190.556 164.422 1.00 86.45 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.952 192.462 162.498 1.00 85.13 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.427 191.238 164.553 1.00 85.26 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.799 192.188 163.585 1.00 90.24 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.994 192.848 163.694 1.00 89.32 O ATOM 1438 N GLN 177 142.177 190.394 161.881 1.00 89.93 N ATOM 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