####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS481_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS481_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.82 0.82 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.82 0.82 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.82 0.82 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 77 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 21 106 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 69 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 51 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 94 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 25 43 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 112 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 77 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 64 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 64 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 92 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 79 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 7 115 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 16 69 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 95 118 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 70.37 87.41 94.07 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.42 0.55 0.65 0.70 0.75 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 GDT RMS_ALL_AT 0.90 0.86 0.84 0.83 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 0.82 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.589 0 0.035 0.035 0.596 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.444 0 0.037 0.138 1.140 95.455 88.081 1.140 LGA W 167 W 167 0.225 0 0.199 0.231 0.669 95.455 98.701 0.408 LGA I 168 I 168 0.981 0 0.151 1.551 3.658 81.818 61.591 2.029 LGA S 169 S 169 1.240 0 0.583 0.613 2.701 60.000 59.394 1.718 LGA G 170 G 170 1.754 0 0.048 0.048 1.866 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.909 0 0.060 1.418 5.720 77.727 52.727 2.988 LGA A 172 A 172 0.450 0 0.000 0.000 0.626 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.139 0 0.014 0.230 0.650 100.000 97.403 0.650 LGA Y 174 Y 174 0.402 0 0.019 0.220 1.413 100.000 85.303 1.413 LGA G 175 G 175 0.308 0 0.066 0.066 0.355 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.351 0 0.014 0.164 0.495 100.000 100.000 0.208 LGA Q 177 Q 177 0.566 0 0.059 0.242 1.055 90.909 84.040 0.599 LGA L 178 L 178 0.373 0 0.133 0.213 1.690 90.909 82.500 1.690 LGA N 179 N 179 1.229 0 0.171 0.654 4.784 62.273 37.500 4.784 LGA K 180 K 180 3.960 0 0.292 0.967 13.570 20.455 9.091 13.570 LGA K 181 K 181 1.662 0 0.454 1.152 11.831 65.909 30.505 11.831 LGA T 182 T 182 0.790 0 0.021 1.115 3.466 86.364 72.987 3.466 LGA S 183 S 183 0.762 0 0.106 0.094 1.096 82.273 79.394 0.984 LGA K 184 K 184 0.814 0 0.073 0.865 2.722 81.818 72.121 2.722 LGA L 185 L 185 0.319 0 0.069 0.075 0.572 95.455 97.727 0.399 LGA D 186 D 186 0.194 0 0.039 0.157 0.844 100.000 97.727 0.309 LGA P 187 P 187 0.520 0 0.026 0.372 1.222 82.273 84.675 0.680 LGA V 188 V 188 0.742 0 0.000 0.013 0.847 81.818 81.818 0.847 LGA E 189 E 189 0.725 0 0.035 0.204 0.772 81.818 81.818 0.742 LGA D 190 D 190 0.698 0 0.027 0.044 1.021 81.818 79.773 1.021 LGA E 191 E 191 0.462 0 0.000 0.026 0.731 95.455 87.879 0.731 LGA A 192 A 192 0.328 0 0.016 0.000 0.415 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.331 0 0.041 0.070 0.779 100.000 93.939 0.779 LGA V 194 V 194 0.269 0 0.019 0.049 0.404 100.000 100.000 0.399 LGA V 195 V 195 0.085 0 0.000 0.000 0.229 100.000 100.000 0.070 LGA Q 196 Q 196 0.275 0 0.020 0.238 1.182 100.000 90.303 1.165 LGA L 197 L 197 0.303 0 0.000 0.077 0.454 100.000 100.000 0.454 LGA I 198 I 198 0.168 0 0.048 0.076 0.363 100.000 100.000 0.233 LGA F 199 F 199 0.294 0 0.018 0.052 0.444 100.000 100.000 0.155 LGA N 200 N 200 0.457 0 0.006 1.130 3.825 100.000 74.318 3.825 LGA I 201 I 201 0.312 0 0.000 0.032 0.389 100.000 100.000 0.127 LGA F 202 F 202 0.345 0 0.000 0.022 0.514 95.455 98.347 0.497 LGA L 203 L 203 0.564 0 0.018 0.054 0.880 86.364 84.091 0.761 LGA N 204 N 204 0.651 0 0.013 0.125 1.575 90.909 78.409 1.456 LGA G 205 G 205 0.207 0 0.034 0.034 0.360 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.331 0 0.000 0.099 0.515 95.455 97.727 0.349 LGA N 207 N 207 0.649 0 0.047 0.241 1.436 81.818 79.773 0.823 LGA G 208 G 208 1.033 0 0.076 0.076 1.741 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.236 0 0.059 0.609 2.435 65.455 59.394 2.368 LGA D 210 D 210 1.250 0 0.085 0.660 1.339 69.545 69.545 1.227 LGA Y 211 Y 211 1.637 0 0.111 0.578 1.933 54.545 54.545 1.549 LGA S 212 S 212 2.121 0 0.639 0.786 5.770 41.818 29.697 5.770 LGA Y 213 Y 213 3.072 0 0.158 1.076 14.583 39.545 13.333 14.583 LGA A 215 A 215 0.907 0 0.180 0.197 1.928 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.352 0 0.000 0.137 0.559 100.000 95.455 0.559 LGA A 217 A 217 0.225 0 0.035 0.050 0.298 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.391 0 0.027 0.104 1.060 100.000 91.212 1.060 LGA H 219 H 219 0.292 0 0.000 0.097 0.798 100.000 92.727 0.798 LGA L 220 L 220 0.267 0 0.017 0.069 0.411 100.000 100.000 0.411 LGA T 221 T 221 0.241 0 0.000 0.000 0.285 100.000 100.000 0.165 LGA N 222 N 222 0.294 0 0.057 0.038 0.503 100.000 95.455 0.503 LGA L 223 L 223 0.454 0 0.047 0.071 0.682 100.000 90.909 0.630 LGA Q 224 Q 224 0.555 0 0.000 0.196 1.222 90.909 84.040 0.757 LGA I 225 I 225 0.417 0 0.042 0.095 0.452 100.000 100.000 0.131 LGA P 226 P 226 0.513 0 0.027 0.052 0.703 81.818 81.818 0.703 LGA T 227 T 227 0.520 0 0.043 0.085 0.735 81.818 84.416 0.735 LGA P 228 P 228 0.659 0 0.083 0.091 0.669 86.364 84.416 0.544 LGA S 229 S 229 0.772 0 0.136 0.139 0.885 81.818 81.818 0.564 LGA G 230 G 230 0.826 0 0.067 0.067 1.024 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.381 0 0.034 0.487 0.927 95.455 89.899 0.866 LGA K 232 K 232 0.310 0 0.023 0.351 2.043 100.000 87.273 2.043 LGA R 233 R 233 0.293 0 0.038 1.111 5.433 100.000 58.678 2.973 LGA W 234 W 234 0.153 0 0.034 0.130 0.572 100.000 96.104 0.568 LGA N 235 N 235 0.440 0 0.019 0.525 2.316 100.000 83.409 2.316 LGA Q 236 Q 236 0.518 0 0.000 0.815 2.980 86.364 66.465 2.980 LGA Y 237 Y 237 0.744 0 0.059 0.157 1.003 77.727 79.091 0.970 LGA T 238 T 238 0.416 0 0.010 0.040 0.481 100.000 100.000 0.392 LGA I 239 I 239 0.361 0 0.023 0.106 0.413 100.000 100.000 0.378 LGA K 240 K 240 0.755 0 0.023 0.227 3.545 81.818 57.778 3.545 LGA A 241 A 241 0.649 0 0.073 0.079 0.746 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.137 0 0.048 0.081 0.306 100.000 100.000 0.134 LGA L 243 L 243 0.245 0 0.033 0.060 0.513 95.455 97.727 0.344 LGA Q 244 Q 244 0.334 0 0.039 0.252 0.907 95.455 93.939 0.625 LGA N 245 N 245 0.271 0 0.023 0.089 0.493 100.000 100.000 0.493 LGA E 246 E 246 0.225 0 0.029 0.507 1.416 100.000 92.323 1.013 LGA V 247 V 247 0.143 0 0.000 0.034 0.290 100.000 100.000 0.202 LGA Y 248 Y 248 0.257 0 0.039 0.123 1.027 100.000 91.061 1.027 LGA I 249 I 249 0.172 0 0.000 0.021 0.320 100.000 100.000 0.304 LGA G 250 G 250 0.131 0 0.046 0.046 0.251 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.158 0 0.035 0.043 0.324 100.000 100.000 0.207 LGA V 252 V 252 0.259 0 0.052 0.107 0.570 95.455 94.805 0.570 LGA K 253 K 253 0.429 0 0.060 0.166 0.759 100.000 89.899 0.560 LGA Y 254 Y 254 0.513 0 0.029 0.228 2.111 95.455 72.121 2.111 LGA K 255 K 255 0.591 0 0.000 0.164 0.983 81.818 81.818 0.983 LGA V 256 V 256 0.660 0 0.048 0.056 0.691 81.818 81.818 0.577 LGA R 257 R 257 0.676 0 0.105 1.052 5.511 77.727 53.554 3.542 LGA E 258 E 258 0.469 0 0.022 0.681 2.834 90.909 67.273 2.834 LGA K 259 K 259 0.830 0 0.062 0.218 1.100 81.818 78.182 0.933 LGA T 260 T 260 1.301 0 0.000 0.079 1.547 58.182 61.299 1.389 LGA K 261 K 261 2.142 0 0.021 0.214 3.641 41.364 34.141 3.641 LGA D 262 D 262 2.007 0 0.023 0.897 3.045 48.182 39.318 3.045 LGA G 263 G 263 1.335 0 0.000 0.000 1.430 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 0.614 0 0.084 0.419 1.695 81.818 82.424 1.695 LGA R 265 R 265 0.575 0 0.067 0.915 4.314 81.818 60.331 4.314 LGA T 266 T 266 0.624 0 0.042 0.078 0.665 86.364 84.416 0.637 LGA I 267 I 267 0.499 0 0.019 0.058 0.673 86.364 88.636 0.622 LGA R 268 R 268 0.464 0 0.030 0.953 2.476 100.000 88.264 2.476 LGA P 269 P 269 0.428 0 0.007 0.026 0.642 100.000 92.208 0.642 LGA E 270 E 270 0.245 0 0.004 0.259 0.942 100.000 93.939 0.942 LGA K 271 K 271 0.472 0 0.065 0.736 4.218 100.000 64.646 4.218 LGA E 272 E 272 0.429 0 0.051 0.084 1.357 100.000 84.444 1.357 LGA Q 273 Q 273 0.315 0 0.037 0.095 0.374 100.000 100.000 0.344 LGA I 274 I 274 0.270 0 0.034 0.104 0.749 100.000 97.727 0.749 LGA V 275 V 275 0.231 0 0.012 0.043 0.445 100.000 100.000 0.445 LGA V 276 V 276 0.210 0 0.060 0.064 0.494 100.000 100.000 0.315 LGA Q 277 Q 277 0.127 0 0.042 0.579 2.664 100.000 79.596 2.664 LGA D 278 D 278 0.072 0 0.037 0.230 0.750 100.000 97.727 0.750 LGA A 279 A 279 0.173 0 0.000 0.010 0.242 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.245 0 0.026 0.212 0.531 100.000 98.182 0.417 LGA A 281 A 281 0.296 0 0.016 0.016 0.375 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.214 0 0.043 0.057 0.316 100.000 100.000 0.316 LGA I 283 I 283 0.382 0 0.050 0.056 0.621 95.455 95.455 0.420 LGA I 284 I 284 0.244 0 0.000 0.065 0.261 100.000 100.000 0.101 LGA D 285 D 285 0.365 0 0.030 0.268 0.878 100.000 95.455 0.878 LGA K 286 K 286 0.392 0 0.000 0.254 1.261 100.000 90.101 1.261 LGA E 287 E 287 0.543 0 0.024 0.689 3.737 90.909 62.222 3.737 LGA Q 288 Q 288 0.348 0 0.025 0.278 1.632 100.000 84.848 1.392 LGA F 289 F 289 0.332 0 0.022 0.104 0.486 100.000 100.000 0.428 LGA Q 290 Q 290 0.507 0 0.029 0.118 0.542 86.364 89.899 0.542 LGA Q 291 Q 291 0.528 0 0.041 0.146 0.787 86.364 85.859 0.787 LGA S 292 S 292 0.387 0 0.039 0.050 0.543 95.455 96.970 0.315 LGA Q 293 Q 293 0.572 0 0.000 0.223 1.051 86.364 84.040 1.051 LGA V 294 V 294 0.807 0 0.036 0.040 0.977 81.818 81.818 0.977 LGA K 295 K 295 0.481 0 0.042 0.140 0.608 86.364 93.939 0.410 LGA I 296 I 296 0.633 0 0.024 0.060 0.865 81.818 84.091 0.630 LGA A 297 A 297 1.118 0 0.110 0.125 1.516 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.471 0 0.000 0.228 1.698 95.455 80.682 1.698 LGA K 299 K 299 1.226 0 0.030 0.159 3.808 59.091 43.838 3.808 LGA V 300 V 300 2.123 0 0.059 0.076 2.727 38.636 38.701 2.727 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.821 0.791 1.655 88.428 82.735 68.877 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.82 96.111 98.213 14.662 LGA_LOCAL RMSD: 0.821 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.821 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.821 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.144226 * X + -0.695504 * Y + -0.703898 * Z + 151.158890 Y_new = -0.989143 * X + -0.081050 * Y + -0.122588 * Z + 149.932922 Z_new = 0.028209 * X + 0.713936 * Y + -0.699642 * Z + 142.316345 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.426007 -0.028213 2.346083 [DEG: -81.7042 -1.6165 134.4206 ] ZXZ: -1.398370 2.345693 0.039492 [DEG: -80.1207 134.3983 2.2627 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS481_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS481_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.82 98.213 0.82 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS481_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.822 185.103 153.379 1.00 84.43 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.250 185.831 154.515 1.00 84.75 C ATOM 1347 C GLY 165 151.729 185.730 154.628 1.00 86.48 C ATOM 1348 O GLY 165 151.111 186.500 155.366 1.00 83.93 O ATOM 1349 N LYS 166 151.098 184.805 153.912 1.00 85.28 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.659 184.550 154.001 1.00 85.01 C ATOM 1351 C LYS 166 149.351 183.739 155.264 1.00 85.98 C ATOM 1352 O LYS 166 150.077 182.814 155.617 1.00 83.91 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.140 183.853 152.724 1.00 83.38 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.295 184.712 151.445 1.00 80.57 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.752 184.033 150.174 1.00 77.65 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.900 184.964 148.956 1.00 72.33 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.398 184.406 147.668 1.00 66.09 N ATOM 1358 N TRP 167 148.250 184.075 155.924 1.00 87.30 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.773 183.327 157.088 1.00 87.90 C ATOM 1360 C TRP 167 146.901 182.156 156.640 1.00 87.05 C ATOM 1361 O TRP 167 145.819 182.346 156.094 1.00 84.03 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.021 184.259 158.030 1.00 87.45 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.671 183.610 159.327 1.00 87.98 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.533 182.940 159.600 1.00 84.62 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.498 183.524 160.530 1.00 86.55 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.773 182.786 161.497 1.00 86.00 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.773 184.005 160.877 1.00 85.79 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.588 182.450 160.899 1.00 84.76 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.305 182.526 162.778 1.00 85.31 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.298 183.748 162.150 1.00 83.37 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.570 183.014 163.087 1.00 82.88 C ATOM 1372 N ILE 168 147.360 180.953 156.899 1.00 84.21 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.727 179.710 156.444 1.00 82.05 C ATOM 1374 C ILE 168 146.407 178.731 157.584 1.00 80.70 C ATOM 1375 O ILE 168 145.978 177.606 157.348 1.00 73.64 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.612 179.031 155.384 1.00 78.04 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.058 178.849 155.884 1.00 73.27 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.584 179.834 154.075 1.00 70.62 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.796 177.765 155.125 1.00 66.79 C ATOM 1380 N SER 169 146.632 179.157 158.805 1.00 80.00 N ATOM 1381 CA SER 169 146.316 178.398 160.012 1.00 78.18 C ATOM 1382 C SER 169 144.880 178.680 160.462 1.00 76.96 C ATOM 1383 O SER 169 144.116 179.298 159.732 1.00 69.74 O ATOM 1384 CB SER 169 147.351 178.709 161.093 1.00 74.26 C ATOM 1385 OG SER 169 148.640 178.388 160.644 1.00 69.32 O ATOM 1386 N GLY 170 144.511 178.222 161.650 1.00 74.69 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.150 178.329 162.170 1.00 74.24 C ATOM 1388 C GLY 170 142.630 179.760 162.361 1.00 77.48 C ATOM 1389 O GLY 170 142.665 180.578 161.453 1.00 74.08 O ATOM 1390 N LEU 171 142.133 180.061 163.567 1.00 79.06 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.660 181.405 163.893 1.00 79.38 C ATOM 1392 C LEU 171 142.792 182.422 163.760 1.00 80.80 C ATOM 1393 O LEU 171 143.928 182.150 164.151 1.00 78.53 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.082 181.415 165.315 1.00 76.33 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.704 180.738 165.415 1.00 72.18 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.420 180.303 166.847 1.00 66.83 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.590 181.692 164.975 1.00 65.92 C ATOM 1398 N ALA 172 142.453 183.600 163.240 1.00 85.04 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.354 184.739 163.286 1.00 85.60 C ATOM 1400 C ALA 172 143.704 185.072 164.750 1.00 86.56 C ATOM 1401 O ALA 172 142.848 184.916 165.629 1.00 84.74 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.692 185.922 162.570 1.00 83.44 C ATOM 1403 N PRO 173 144.935 185.506 165.041 1.00 87.87 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.303 185.930 166.383 1.00 88.11 C ATOM 1405 C PRO 173 144.486 187.157 166.799 1.00 88.71 C ATOM 1406 O PRO 173 144.052 187.945 165.958 1.00 87.33 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.802 186.215 166.313 1.00 86.48 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.023 186.590 164.850 1.00 83.29 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.022 185.718 164.102 1.00 86.10 C ATOM 1410 N TYR 174 144.289 187.325 168.098 1.00 90.29 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.578 188.477 168.643 1.00 90.62 C ATOM 1412 C TYR 174 144.238 189.788 168.209 1.00 90.64 C ATOM 1413 O TYR 174 145.459 189.876 168.196 1.00 88.92 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.531 188.352 170.163 1.00 90.37 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.683 189.406 170.832 1.00 90.95 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.276 190.417 171.607 1.00 84.61 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.284 189.384 170.674 1.00 85.09 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.480 191.391 172.230 1.00 83.85 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.481 190.358 171.286 1.00 84.37 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.085 191.358 172.067 1.00 88.73 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.296 192.308 172.666 1.00 87.71 O ATOM 1422 N GLY 175 143.450 190.760 167.830 1.00 89.67 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.920 192.008 167.227 1.00 89.80 C ATOM 1424 C GLY 175 143.971 191.994 165.705 1.00 91.09 C ATOM 1425 O GLY 175 144.126 193.050 165.093 1.00 88.66 O ATOM 1426 N TYR 176 143.822 190.834 165.080 1.00 91.76 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.813 190.686 163.631 1.00 92.11 C ATOM 1428 C TYR 176 142.577 189.939 163.133 1.00 91.93 C ATOM 1429 O TYR 176 142.030 189.063 163.795 1.00 90.32 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.079 189.969 163.166 1.00 92.08 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.359 190.742 163.354 1.00 92.55 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.732 191.737 162.435 1.00 87.20 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.210 190.462 164.438 1.00 87.35 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.935 192.436 162.581 1.00 86.05 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.416 191.158 164.598 1.00 86.42 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.779 192.141 163.663 1.00 90.75 C ATOM 1437 OH TYR 176 149.962 192.815 163.808 1.00 89.84 O ATOM 1438 N GLN 177 142.188 190.241 161.896 1.00 90.30 N ATOM 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