####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS475_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS475_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.79 0.79 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.79 0.79 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.79 0.79 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 85 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 83 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 83 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 83 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 116 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 99 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 107 124 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 75 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 66 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 66 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 74 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 60 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 60 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 23 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 29 111 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 13 106 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 57 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 55 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 81 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 7 80 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 7 36 126 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 122 130 133 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 90.37 96.30 98.52 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.48 0.61 0.67 0.67 0.72 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 GDT RMS_ALL_AT 0.86 0.81 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.572 0 0.036 0.036 0.668 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.328 0 0.023 0.064 1.043 100.000 90.101 1.043 LGA W 167 W 167 0.143 0 0.201 0.188 0.847 95.455 98.701 0.433 LGA I 168 I 168 0.776 0 0.170 1.581 3.732 81.818 63.409 2.318 LGA S 169 S 169 1.403 0 0.347 0.314 2.881 73.636 60.000 2.881 LGA G 170 G 170 1.558 0 0.127 0.127 1.558 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.671 0 0.103 1.361 5.931 81.818 51.818 3.664 LGA A 172 A 172 0.501 0 0.000 0.011 0.545 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.319 0 0.002 0.121 0.490 100.000 100.000 0.490 LGA Y 174 Y 174 0.270 0 0.023 0.212 1.126 100.000 91.061 1.126 LGA G 175 G 175 0.408 0 0.070 0.070 0.408 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.536 0 0.016 0.150 0.662 86.364 90.909 0.252 LGA Q 177 Q 177 0.851 0 0.053 0.249 1.199 86.364 82.020 0.850 LGA L 178 L 178 0.601 0 0.136 0.188 1.442 77.727 77.727 1.442 LGA N 179 N 179 1.201 0 0.175 0.681 4.796 65.909 40.227 4.796 LGA K 180 K 180 3.626 0 0.291 0.960 13.233 24.545 10.909 13.233 LGA K 181 K 181 1.990 0 0.440 0.944 10.378 65.909 29.899 10.378 LGA T 182 T 182 0.859 0 0.035 1.116 3.339 82.273 70.649 3.339 LGA S 183 S 183 0.712 0 0.121 0.107 1.014 86.364 82.121 0.971 LGA K 184 K 184 0.686 0 0.063 0.911 3.206 81.818 72.929 3.206 LGA L 185 L 185 0.463 0 0.081 0.089 0.792 90.909 95.455 0.290 LGA D 186 D 186 0.322 0 0.047 0.188 0.730 95.455 95.455 0.153 LGA P 187 P 187 0.552 0 0.035 0.062 1.289 82.273 84.675 0.560 LGA V 188 V 188 0.845 0 0.020 0.016 0.926 81.818 81.818 0.926 LGA E 189 E 189 0.855 0 0.034 0.170 0.923 81.818 81.818 0.923 LGA D 190 D 190 0.822 0 0.030 0.050 1.313 81.818 75.682 1.313 LGA E 191 E 191 0.574 0 0.000 0.055 1.099 90.909 84.040 1.099 LGA A 192 A 192 0.314 0 0.028 0.027 0.368 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.391 0 0.049 0.113 0.660 100.000 91.919 0.442 LGA V 194 V 194 0.263 0 0.000 0.036 0.395 100.000 100.000 0.361 LGA V 195 V 195 0.098 0 0.000 0.000 0.246 100.000 100.000 0.065 LGA Q 196 Q 196 0.274 0 0.026 0.246 1.259 100.000 90.303 1.115 LGA L 197 L 197 0.281 0 0.000 0.032 0.325 100.000 100.000 0.325 LGA I 198 I 198 0.185 0 0.040 0.064 0.399 100.000 100.000 0.195 LGA F 199 F 199 0.280 0 0.022 0.053 0.404 100.000 100.000 0.114 LGA N 200 N 200 0.387 0 0.016 1.123 3.804 100.000 75.000 3.804 LGA I 201 I 201 0.338 0 0.015 0.045 0.427 100.000 100.000 0.230 LGA F 202 F 202 0.314 0 0.000 0.036 0.459 100.000 100.000 0.459 LGA L 203 L 203 0.422 0 0.018 0.107 0.942 100.000 90.909 0.759 LGA N 204 N 204 0.377 0 0.029 0.086 0.886 100.000 90.909 0.884 LGA G 205 G 205 0.118 0 0.035 0.035 0.204 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.297 0 0.029 1.304 3.365 100.000 77.045 1.797 LGA N 207 N 207 0.580 0 0.031 0.129 0.730 86.364 84.091 0.730 LGA G 208 G 208 0.706 0 0.128 0.128 1.445 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.741 0 0.055 0.260 2.649 81.818 68.687 2.649 LGA D 210 D 210 0.736 0 0.089 0.335 0.931 81.818 86.364 0.931 LGA Y 211 Y 211 1.349 0 0.100 0.592 1.860 65.455 60.606 1.574 LGA S 212 S 212 1.898 0 0.637 0.783 5.679 48.636 34.242 5.679 LGA Y 213 Y 213 3.102 0 0.167 1.069 14.563 36.364 12.121 14.563 LGA A 215 A 215 0.669 0 0.190 0.209 1.806 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.379 0 0.000 0.147 0.671 100.000 95.455 0.671 LGA A 217 A 217 0.278 0 0.047 0.057 0.370 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.294 0 0.026 0.086 0.895 100.000 96.970 0.895 LGA H 219 H 219 0.168 0 0.000 0.082 0.647 100.000 96.364 0.647 LGA L 220 L 220 0.193 0 0.000 0.080 0.258 100.000 100.000 0.258 LGA T 221 T 221 0.178 0 0.000 0.020 0.355 100.000 100.000 0.221 LGA N 222 N 222 0.484 0 0.045 0.043 0.762 90.909 95.455 0.432 LGA L 223 L 223 0.654 0 0.041 0.083 0.995 81.818 81.818 0.742 LGA Q 224 Q 224 0.567 0 0.040 0.113 0.933 86.364 83.838 0.719 LGA I 225 I 225 0.521 0 0.044 0.095 0.588 86.364 88.636 0.324 LGA P 226 P 226 0.578 0 0.025 0.054 0.805 81.818 81.818 0.805 LGA T 227 T 227 0.657 0 0.038 0.095 0.927 81.818 81.818 0.927 LGA P 228 P 228 0.714 0 0.097 0.104 0.765 81.818 81.818 0.624 LGA S 229 S 229 0.986 0 0.129 0.123 1.048 77.727 79.091 0.757 LGA G 230 G 230 1.115 0 0.021 0.021 1.153 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.772 0 0.036 0.508 1.660 86.364 78.788 0.474 LGA K 232 K 232 0.520 0 0.085 0.214 1.326 81.818 80.000 1.326 LGA R 233 R 233 0.612 0 0.016 1.240 5.963 86.364 52.562 4.870 LGA W 234 W 234 0.346 0 0.032 0.120 0.580 100.000 97.403 0.580 LGA N 235 N 235 0.512 0 0.008 0.444 1.718 86.364 80.227 1.718 LGA Q 236 Q 236 0.661 0 0.000 0.958 3.535 86.364 62.626 3.535 LGA Y 237 Y 237 0.822 0 0.067 0.166 1.118 77.727 77.727 0.811 LGA T 238 T 238 0.546 0 0.000 0.048 0.593 81.818 84.416 0.560 LGA I 239 I 239 0.554 0 0.028 0.079 0.562 86.364 86.364 0.442 LGA K 240 K 240 0.912 0 0.031 0.214 3.815 81.818 56.768 3.815 LGA A 241 A 241 0.757 0 0.085 0.092 0.854 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.242 0 0.048 0.064 0.374 100.000 100.000 0.157 LGA L 243 L 243 0.304 0 0.033 0.058 0.466 100.000 100.000 0.391 LGA Q 244 Q 244 0.382 0 0.064 0.238 0.907 95.455 91.919 0.702 LGA N 245 N 245 0.354 0 0.026 0.106 0.673 100.000 93.182 0.673 LGA E 246 E 246 0.157 0 0.029 0.506 1.596 100.000 88.687 1.179 LGA V 247 V 247 0.137 0 0.000 0.023 0.190 100.000 100.000 0.168 LGA Y 248 Y 248 0.308 0 0.037 0.142 0.914 100.000 93.939 0.914 LGA I 249 I 249 0.152 0 0.000 0.025 0.378 100.000 100.000 0.334 LGA G 250 G 250 0.036 0 0.044 0.044 0.324 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.218 0 0.040 0.053 0.364 100.000 100.000 0.218 LGA V 252 V 252 0.226 0 0.049 0.090 0.626 95.455 97.403 0.384 LGA K 253 K 253 0.281 0 0.061 0.125 0.556 95.455 97.980 0.313 LGA Y 254 Y 254 0.856 0 0.057 0.252 2.521 81.818 60.758 2.521 LGA K 255 K 255 0.484 0 0.006 0.193 0.956 90.909 89.899 0.956 LGA V 256 V 256 0.503 0 0.074 0.081 0.671 90.909 92.208 0.470 LGA R 257 R 257 0.392 0 0.092 1.140 6.610 86.818 57.521 5.059 LGA E 258 E 258 0.328 0 0.053 0.323 1.705 100.000 88.485 1.705 LGA K 259 K 259 0.344 0 0.055 0.208 1.494 100.000 86.263 1.494 LGA T 260 T 260 0.953 0 0.005 0.081 1.185 73.636 70.130 1.185 LGA K 261 K 261 1.723 0 0.022 0.183 3.235 54.545 43.434 3.235 LGA D 262 D 262 1.715 0 0.022 0.991 2.770 58.182 50.000 2.323 LGA G 263 G 263 0.818 0 0.000 0.000 1.014 77.727 77.727 - LGA K 264 K 264 0.583 0 0.082 0.446 2.913 86.364 70.707 2.913 LGA R 265 R 265 0.393 0 0.075 0.960 4.911 86.364 56.364 4.911 LGA T 266 T 266 0.346 0 0.038 0.079 0.441 100.000 100.000 0.148 LGA I 267 I 267 0.391 0 0.012 0.060 0.872 100.000 90.909 0.872 LGA R 268 R 268 0.300 0 0.020 0.951 2.606 100.000 87.273 2.606 LGA P 269 P 269 0.466 0 0.000 0.027 0.513 100.000 97.403 0.496 LGA E 270 E 270 0.458 0 0.029 0.279 1.307 100.000 86.263 1.307 LGA K 271 K 271 0.539 0 0.078 0.732 4.551 86.364 58.182 4.465 LGA E 272 E 272 0.401 0 0.071 0.164 1.137 100.000 90.101 0.827 LGA Q 273 Q 273 0.565 0 0.028 0.119 0.698 81.818 83.838 0.433 LGA I 274 I 274 0.574 0 0.026 0.115 1.474 90.909 84.318 1.474 LGA V 275 V 275 0.103 0 0.039 0.072 0.548 95.455 97.403 0.169 LGA V 276 V 276 0.108 0 0.049 0.054 0.261 100.000 100.000 0.210 LGA Q 277 Q 277 0.121 0 0.044 0.579 2.597 100.000 79.596 2.597 LGA D 278 D 278 0.103 0 0.043 0.259 0.818 100.000 97.727 0.818 LGA A 279 A 279 0.200 0 0.002 0.019 0.241 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.274 0 0.025 0.120 0.350 100.000 100.000 0.138 LGA A 281 A 281 0.339 0 0.024 0.021 0.450 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.140 0 0.036 0.047 0.287 100.000 100.000 0.287 LGA I 283 I 283 0.281 0 0.020 0.065 0.467 100.000 100.000 0.429 LGA I 284 I 284 0.289 0 0.014 0.067 0.471 100.000 100.000 0.158 LGA D 285 D 285 0.644 0 0.028 0.992 3.261 81.818 66.136 3.261 LGA K 286 K 286 0.716 0 0.000 0.240 1.095 81.818 80.000 1.095 LGA E 287 E 287 0.753 0 0.020 0.373 1.904 81.818 78.384 0.656 LGA Q 288 Q 288 0.526 0 0.023 0.335 2.206 90.909 74.141 1.904 LGA F 289 F 289 0.521 0 0.027 0.107 0.819 81.818 81.818 0.777 LGA Q 290 Q 290 0.705 0 0.028 1.274 3.421 81.818 59.394 3.365 LGA Q 291 Q 291 0.541 0 0.037 0.093 0.652 90.909 85.859 0.583 LGA S 292 S 292 0.449 0 0.050 0.690 2.698 95.455 84.848 2.698 LGA Q 293 Q 293 0.621 0 0.000 0.242 1.145 81.818 78.182 1.145 LGA V 294 V 294 0.663 0 0.036 0.047 0.832 81.818 81.818 0.747 LGA K 295 K 295 0.303 0 0.053 0.149 0.428 100.000 100.000 0.364 LGA I 296 I 296 0.501 0 0.026 0.061 0.737 86.364 86.364 0.680 LGA A 297 A 297 0.806 0 0.112 0.126 1.109 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.370 0 0.000 0.214 1.341 90.909 80.227 1.341 LGA K 299 K 299 1.308 0 0.041 0.217 3.900 59.091 43.838 3.900 LGA V 300 V 300 2.042 0 0.093 0.082 2.214 41.364 40.000 2.214 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.786 0.742 1.656 88.239 82.268 68.052 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.79 97.222 98.717 15.232 LGA_LOCAL RMSD: 0.786 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.786 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.786 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.782538 * X + -0.489258 * Y + 0.385047 * Z + 140.543457 Y_new = -0.342277 * X + -0.178544 * Y + -0.922480 * Z + 191.226654 Z_new = 0.520078 * X + -0.853668 * Y + -0.027744 * Z + 164.824677 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.729272 -0.546942 -1.603285 [DEG: -156.3758 -31.3375 -91.8615 ] ZXZ: 0.395420 1.598544 2.594416 [DEG: 22.6559 91.5898 148.6491 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS475_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS475_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.79 98.717 0.79 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS475_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 STOICH UNK PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.915 185.288 153.183 1.00 90.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.414 185.974 154.371 1.00 89.85 C ATOM 1347 C GLY 165 151.891 185.931 154.526 1.00 90.59 C ATOM 1348 O GLY 165 151.314 186.784 155.199 1.00 88.29 O ATOM 1349 N LYS 166 151.223 184.964 153.887 1.00 89.07 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.778 184.772 154.020 1.00 88.43 C ATOM 1351 C LYS 166 149.456 183.966 155.275 1.00 88.25 C ATOM 1352 O LYS 166 150.168 183.026 155.633 1.00 86.48 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.199 184.103 152.767 1.00 88.39 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.298 185.018 151.535 1.00 86.70 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.769 184.304 150.283 1.00 83.98 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.801 185.267 149.101 1.00 80.26 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.600 184.561 147.809 1.00 72.84 N ATOM 1358 N TRP 167 148.343 184.288 155.900 1.00 87.43 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.828 183.527 157.028 1.00 86.33 C ATOM 1360 C TRP 167 147.019 182.326 156.536 1.00 85.18 C ATOM 1361 O TRP 167 145.973 182.477 155.915 1.00 82.34 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.004 184.430 157.932 1.00 85.72 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.624 183.766 159.216 1.00 85.06 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.445 183.154 159.476 1.00 83.16 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.444 183.590 160.406 1.00 84.28 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.683 182.858 161.365 1.00 83.68 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.750 183.977 160.760 1.00 83.61 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.477 182.628 160.745 1.00 82.51 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.205 182.518 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PRO 173 145.076 186.034 166.236 1.00 87.91 C ATOM 1405 C PRO 173 144.241 187.228 166.706 1.00 89.11 C ATOM 1406 O PRO 173 143.847 188.065 165.901 1.00 88.47 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.565 186.376 166.205 1.00 86.56 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.071 185.659 164.952 1.00 82.82 C ATOM 1409 CD PRO 173 145.885 185.739 164.009 1.00 85.33 C ATOM 1410 N TYR 174 144.004 187.326 167.999 1.00 88.56 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.288 188.459 168.584 1.00 89.50 C ATOM 1412 C TYR 174 143.957 189.785 168.205 1.00 90.43 C ATOM 1413 O TYR 174 145.174 189.872 168.230 1.00 89.91 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.246 188.295 170.103 1.00 89.95 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.385 189.330 170.794 1.00 90.18 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 142.981 190.344 171.576 1.00 84.47 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 140.987 189.291 170.652 1.00 84.67 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.177 191.298 172.226 1.00 83.52 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.183 190.240 171.294 1.00 84.29 C ATOM 1420 CZ TYR 174 140.770 191.245 172.092 1.00 89.87 C ATOM 1421 OH TYR 174 139.979 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ATOM 1646 CD2 PHE 202 154.007 191.373 181.443 1.00 79.24 C ATOM 1647 CE1 PHE 202 156.318 191.166 179.867 1.00 78.69 C ATOM 1648 CE2 PHE 202 154.986 190.424 181.761 1.00 79.62 C ATOM 1649 CZ PHE 202 156.141 190.324 180.974 1.00 84.54 C ATOM 1650 N LEU 203 154.828 196.016 180.375 1.00 90.66 N ATOM 1651 CA LEU 203 156.110 196.725 180.383 1.00 89.72 C ATOM 1652 C LEU 203 156.199 197.762 181.502 1.00 88.39 C ATOM 1653 O LEU 203 157.133 197.704 182.300 1.00 84.95 O ATOM 1654 CB LEU 203 156.355 197.353 179.001 1.00 89.71 C ATOM 1655 CG LEU 203 156.677 196.321 177.903 1.00 87.91 C ATOM 1656 CD1 LEU 203 156.774 197.029 176.548 1.00 80.89 C ATOM 1657 CD2 LEU 203 158.004 195.599 178.171 1.00 81.71 C ATOM 1658 N ASN 204 155.217 198.631 181.604 1.00 88.17 N ATOM 1659 CA ASN 204 155.245 199.836 182.432 1.00 85.95 C ATOM 1660 C ASN 204 154.485 199.686 183.758 1.00 83.93 C ATOM 1661 O ASN 204 154.554 200.559 184.617 1.00 78.18 O ATOM 1662 CB ASN 204 154.695 201.006 181.594 1.00 85.51 C ATOM 1663 CG ASN 204 155.450 201.230 180.297 1.00 83.38 C ATOM 1664 ND2 ASN 204 154.774 201.646 179.245 1.00 75.77 N ATOM 1665 OD1 ASN 204 156.641 201.010 180.191 1.00 76.92 O ATOM 1666 N GLY 205 153.752 198.584 183.923 1.00 85.63 N ATOM 1667 CA GLY 205 152.857 198.419 185.060 1.00 84.04 C ATOM 1668 C GLY 205 151.623 199.326 184.980 1.00 84.75 C ATOM 1669 O GLY 205 151.343 199.964 183.966 1.00 80.81 O ATOM 1670 N LEU 206 150.879 199.369 186.071 1.00 82.71 N ATOM 1671 CA LEU 206 149.741 200.270 186.252 1.00 82.11 C ATOM 1672 C LEU 206 149.822 200.879 187.657 1.00 81.51 C ATOM 1673 O LEU 206 150.053 200.171 188.632 1.00 75.27 O ATOM 1674 CB LEU 206 148.432 199.494 186.015 1.00 79.69 C ATOM 1675 CG LEU 206 147.187 200.388 185.838 1.00 75.41 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 147.174 201.066 184.471 1.00 68.62 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 145.910 199.539 185.938 1.00 69.31 C ATOM 1678 N ASN 207 149.646 202.189 187.753 1.00 79.55 N ATOM 1679 CA ASN 207 149.733 202.926 189.018 1.00 78.55 C ATOM 1680 C ASN 207 151.064 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ATOM 1715 CE1 TYR 211 146.975 195.402 187.160 1.00 72.55 C ATOM 1716 CE2 TYR 211 148.792 196.738 188.088 1.00 74.43 C ATOM 1717 CZ TYR 211 147.413 196.453 187.976 1.00 78.61 C ATOM 1718 OH TYR 211 146.517 197.191 188.688 1.00 77.06 O ATOM 1719 N SER 212 151.408 191.011 186.873 1.00 81.24 N ATOM 1720 CA SER 212 151.531 189.628 186.397 1.00 80.46 C ATOM 1721 C SER 212 150.518 189.325 185.288 1.00 82.39 C ATOM 1722 O SER 212 149.519 190.021 185.119 1.00 82.02 O ATOM 1723 CB SER 212 151.376 188.653 187.566 1.00 76.84 C ATOM 1724 OG SER 212 150.034 188.586 188.023 1.00 68.24 O ATOM 1725 N TYR 213 150.703 188.221 184.568 1.00 82.20 N ATOM 1726 CA TYR 213 149.717 187.757 183.583 1.00 83.19 C ATOM 1727 C TYR 213 148.314 187.595 184.176 1.00 84.32 C ATOM 1728 O TYR 213 147.317 187.909 183.535 1.00 84.34 O ATOM 1729 CB TYR 213 150.148 186.409 182.985 1.00 82.77 C ATOM 1730 CG TYR 213 151.549 186.329 182.427 1.00 81.85 C ATOM 1731 CD1 TYR 213 152.056 187.360 181.613 1.00 76.28 C ATOM 1732 CD2 TYR 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VAL 300 161.340 190.827 188.822 1.00 39.36 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 162.884 190.680 186.874 1.00 39.12 C TER END