####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS475_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS475_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.84 0.84 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 17 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 84 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 12 108 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 55 77 120 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 13 108 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 69 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 69 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 80 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 71 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 13 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 7 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 22 103 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 18 55 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 57 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 63 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 77 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 68 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 71 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 6 25 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 13 104 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 88 122 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.19 90.37 94.81 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.48 0.59 0.67 0.73 0.77 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.87 0.85 0.85 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 0.84 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.460 0 0.036 0.036 0.564 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.241 0 0.031 0.065 0.841 100.000 93.939 0.841 LGA W 167 W 167 0.193 0 0.194 0.185 0.599 95.455 98.701 0.463 LGA I 168 I 168 0.597 0 0.205 1.580 3.547 81.818 63.409 2.271 LGA S 169 S 169 0.939 0 0.251 0.224 1.939 86.364 76.970 1.939 LGA G 170 G 170 1.502 0 0.095 0.095 1.502 65.909 65.909 - LGA L 171 L 171 0.553 0 0.084 1.372 5.702 81.818 55.682 3.297 LGA A 172 A 172 0.380 0 0.000 0.014 0.451 100.000 100.000 - LGA P 173 P 173 0.230 0 0.000 0.121 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA Y 174 Y 174 0.281 0 0.030 0.218 1.170 100.000 91.061 1.170 LGA G 175 G 175 0.357 0 0.070 0.070 0.357 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.435 0 0.009 0.148 0.549 95.455 95.455 0.215 LGA Q 177 Q 177 0.679 0 0.054 0.256 1.150 86.364 82.020 0.687 LGA L 178 L 178 0.435 0 0.134 0.185 1.580 90.909 82.500 1.580 LGA N 179 N 179 1.238 0 0.180 0.678 4.838 62.273 38.409 4.838 LGA K 180 K 180 3.978 0 0.287 0.961 13.469 20.455 9.091 13.469 LGA K 181 K 181 1.708 0 0.438 0.945 9.998 65.909 30.707 9.998 LGA T 182 T 182 0.821 0 0.031 1.117 3.383 86.364 72.987 3.383 LGA S 183 S 183 0.694 0 0.119 0.105 1.054 86.364 82.121 0.973 LGA K 184 K 184 0.707 0 0.064 0.904 3.079 81.818 71.111 3.079 LGA L 185 L 185 0.419 0 0.080 0.089 0.747 90.909 95.455 0.377 LGA D 186 D 186 0.187 0 0.047 0.183 0.782 95.455 95.455 0.115 LGA P 187 P 187 0.480 0 0.032 0.061 1.170 86.818 87.273 0.553 LGA V 188 V 188 0.739 0 0.015 0.013 0.807 81.818 81.818 0.807 LGA E 189 E 189 0.767 0 0.034 0.170 0.817 81.818 81.818 0.817 LGA D 190 D 190 0.762 0 0.032 0.051 1.236 81.818 75.682 1.236 LGA E 191 E 191 0.541 0 0.000 0.044 0.970 90.909 85.859 0.970 LGA A 192 A 192 0.292 0 0.027 0.027 0.341 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.349 0 0.051 0.110 0.572 100.000 95.960 0.375 LGA V 194 V 194 0.287 0 0.000 0.036 0.418 100.000 100.000 0.418 LGA V 195 V 195 0.127 0 0.000 0.000 0.265 100.000 100.000 0.135 LGA Q 196 Q 196 0.199 0 0.020 0.252 1.265 100.000 90.303 1.029 LGA L 197 L 197 0.246 0 0.004 0.032 0.345 100.000 100.000 0.335 LGA I 198 I 198 0.161 0 0.041 0.067 0.270 100.000 100.000 0.227 LGA F 199 F 199 0.234 0 0.020 0.048 0.317 100.000 100.000 0.089 LGA N 200 N 200 0.305 0 0.000 0.667 1.596 100.000 89.545 1.288 LGA I 201 I 201 0.225 0 0.019 0.038 0.317 100.000 100.000 0.162 LGA F 202 F 202 0.199 0 0.000 0.039 0.307 100.000 100.000 0.307 LGA L 203 L 203 0.300 0 0.017 0.110 0.819 100.000 95.455 0.670 LGA N 204 N 204 0.246 0 0.015 0.064 0.863 100.000 93.182 0.757 LGA G 205 G 205 0.201 0 0.040 0.040 0.233 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.174 0 0.021 0.063 0.698 100.000 95.455 0.698 LGA N 207 N 207 0.405 0 0.030 0.110 0.606 100.000 97.727 0.343 LGA G 208 G 208 0.813 0 0.131 0.131 1.616 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 0.989 0 0.038 0.204 2.637 81.818 63.838 2.637 LGA D 210 D 210 0.995 0 0.094 0.409 1.060 77.727 80.000 1.060 LGA Y 211 Y 211 1.555 0 0.099 0.600 2.038 58.182 57.121 1.713 LGA S 212 S 212 2.187 0 0.639 0.780 5.901 41.818 29.697 5.901 LGA Y 213 Y 213 2.993 0 0.169 1.064 14.551 41.818 14.091 14.551 LGA A 215 A 215 0.782 0 0.187 0.206 1.797 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.285 0 0.000 0.143 0.484 100.000 100.000 0.484 LGA A 217 A 217 0.200 0 0.045 0.057 0.270 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.296 0 0.017 0.082 0.900 100.000 93.939 0.900 LGA H 219 H 219 0.267 0 0.000 0.089 0.724 100.000 92.727 0.724 LGA L 220 L 220 0.309 0 0.000 0.079 0.402 100.000 100.000 0.402 LGA T 221 T 221 0.223 0 0.000 0.018 0.354 100.000 100.000 0.113 LGA N 222 N 222 0.460 0 0.042 0.045 0.718 90.909 95.455 0.426 LGA L 223 L 223 0.690 0 0.041 0.089 1.061 81.818 79.773 0.866 LGA Q 224 Q 224 0.591 0 0.044 0.111 0.944 86.364 83.838 0.685 LGA I 225 I 225 0.560 0 0.044 0.098 0.614 86.364 86.364 0.376 LGA P 226 P 226 0.568 0 0.030 0.058 0.813 81.818 81.818 0.813 LGA T 227 T 227 0.584 0 0.037 0.117 0.951 81.818 84.416 0.951 LGA P 228 P 228 0.616 0 0.094 0.102 0.680 86.364 84.416 0.505 LGA S 229 S 229 0.971 0 0.131 0.128 1.018 77.727 79.091 0.791 LGA G 230 G 230 1.045 0 0.027 0.027 1.095 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.647 0 0.036 0.507 1.532 90.909 82.626 0.387 LGA K 232 K 232 0.408 0 0.083 0.206 1.397 95.455 90.101 1.397 LGA R 233 R 233 0.408 0 0.000 1.245 5.812 100.000 60.496 4.847 LGA W 234 W 234 0.206 0 0.031 0.122 0.522 100.000 97.403 0.514 LGA N 235 N 235 0.388 0 0.018 0.387 1.860 100.000 85.000 1.860 LGA Q 236 Q 236 0.512 0 0.000 0.737 2.700 86.364 66.465 2.700 LGA Y 237 Y 237 0.601 0 0.064 0.184 0.969 81.818 81.818 0.862 LGA T 238 T 238 0.338 0 0.000 0.046 0.417 100.000 100.000 0.339 LGA I 239 I 239 0.344 0 0.026 0.083 0.366 100.000 100.000 0.340 LGA K 240 K 240 0.668 0 0.035 0.215 3.501 86.364 61.616 3.501 LGA A 241 A 241 0.493 0 0.078 0.083 0.568 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.098 0 0.039 0.056 0.236 100.000 100.000 0.126 LGA L 243 L 243 0.172 0 0.038 0.062 0.451 100.000 100.000 0.214 LGA Q 244 Q 244 0.164 0 0.059 0.259 0.982 95.455 93.939 0.664 LGA N 245 N 245 0.253 0 0.027 0.099 0.634 100.000 93.182 0.634 LGA E 246 E 246 0.149 0 0.028 0.496 1.567 100.000 88.687 1.113 LGA V 247 V 247 0.188 0 0.008 0.022 0.277 100.000 100.000 0.276 LGA Y 248 Y 248 0.332 0 0.037 0.143 1.032 100.000 91.061 1.032 LGA I 249 I 249 0.154 0 0.000 0.029 0.329 100.000 100.000 0.295 LGA G 250 G 250 0.074 0 0.034 0.034 0.320 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.258 0 0.046 0.058 0.374 100.000 100.000 0.280 LGA V 252 V 252 0.307 0 0.046 0.086 0.591 95.455 97.403 0.396 LGA K 253 K 253 0.360 0 0.063 0.124 0.628 95.455 97.980 0.379 LGA Y 254 Y 254 0.830 0 0.058 0.254 2.512 81.818 60.758 2.512 LGA K 255 K 255 0.542 0 0.025 0.804 4.121 81.818 57.980 4.121 LGA V 256 V 256 0.662 0 0.079 0.098 0.734 81.818 81.818 0.558 LGA R 257 R 257 0.652 0 0.083 1.098 5.429 77.727 58.347 3.949 LGA E 258 E 258 0.758 0 0.061 0.364 2.515 81.818 67.071 2.515 LGA K 259 K 259 0.885 0 0.054 0.194 1.141 81.818 76.364 1.141 LGA T 260 T 260 1.132 0 0.006 0.073 1.396 69.545 67.792 1.236 LGA K 261 K 261 1.813 0 0.023 0.186 2.923 47.727 44.040 2.923 LGA D 262 D 262 1.787 0 0.026 0.990 3.415 50.909 39.773 3.407 LGA G 263 G 263 1.341 0 0.000 0.000 1.394 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 0.851 0 0.087 0.448 1.446 81.818 80.000 1.446 LGA R 265 R 265 0.669 0 0.077 0.964 5.162 81.818 52.397 5.162 LGA T 266 T 266 0.832 0 0.038 0.081 0.881 81.818 81.818 0.846 LGA I 267 I 267 0.694 0 0.028 0.065 1.134 81.818 79.773 1.134 LGA R 268 R 268 0.682 0 0.024 0.935 2.442 81.818 73.884 2.442 LGA P 269 P 269 0.852 0 0.002 0.027 1.036 81.818 79.481 1.036 LGA E 270 E 270 0.630 0 0.027 0.759 2.856 81.818 65.657 2.856 LGA K 271 K 271 0.738 0 0.061 0.752 3.151 81.818 64.040 3.089 LGA E 272 E 272 0.634 0 0.075 0.140 1.296 81.818 76.364 1.109 LGA Q 273 Q 273 0.605 0 0.022 0.131 0.844 81.818 81.818 0.575 LGA I 274 I 274 0.525 0 0.025 0.134 1.600 90.909 82.500 1.600 LGA V 275 V 275 0.036 0 0.037 0.066 0.523 95.455 97.403 0.252 LGA V 276 V 276 0.061 0 0.046 0.050 0.284 100.000 100.000 0.137 LGA Q 277 Q 277 0.092 0 0.043 0.581 2.557 100.000 79.596 2.557 LGA D 278 D 278 0.036 0 0.040 0.268 0.895 100.000 97.727 0.895 LGA A 279 A 279 0.137 0 0.008 0.018 0.173 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.166 0 0.026 0.119 0.293 100.000 100.000 0.146 LGA A 281 A 281 0.276 0 0.024 0.021 0.385 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.137 0 0.038 0.048 0.281 100.000 100.000 0.281 LGA I 283 I 283 0.255 0 0.018 0.061 0.458 100.000 100.000 0.414 LGA I 284 I 284 0.261 0 0.023 0.065 0.439 100.000 100.000 0.216 LGA D 285 D 285 0.622 0 0.024 0.984 3.322 86.364 66.818 3.322 LGA K 286 K 286 0.643 0 0.000 0.241 1.104 81.818 80.000 1.104 LGA E 287 E 287 0.630 0 0.023 0.375 2.010 86.364 79.192 0.583 LGA Q 288 Q 288 0.424 0 0.021 0.608 2.386 95.455 72.727 1.712 LGA F 289 F 289 0.318 0 0.023 0.110 0.754 100.000 91.736 0.729 LGA Q 290 Q 290 0.462 0 0.025 0.257 1.479 100.000 84.444 1.450 LGA Q 291 Q 291 0.253 0 0.037 0.086 0.509 100.000 97.980 0.313 LGA S 292 S 292 0.191 0 0.058 0.696 2.504 100.000 87.879 2.504 LGA Q 293 Q 293 0.442 0 0.000 0.236 0.968 95.455 87.879 0.953 LGA V 294 V 294 0.391 0 0.033 0.051 0.541 100.000 97.403 0.377 LGA K 295 K 295 0.197 0 0.065 0.177 0.706 95.455 97.980 0.492 LGA I 296 I 296 0.523 0 0.024 0.075 0.955 86.364 90.909 0.464 LGA A 297 A 297 0.946 0 0.106 0.124 1.566 70.000 72.364 - LGA N 298 N 298 0.750 0 0.088 0.164 2.555 60.455 63.182 1.131 LGA K 299 K 299 3.284 0 0.306 0.685 12.225 39.545 17.778 12.225 LGA V 300 V 300 2.074 0 0.100 0.090 3.583 41.364 30.390 3.282 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.842 0.794 1.744 88.057 82.301 68.434 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.84 97.037 98.554 14.332 LGA_LOCAL RMSD: 0.842 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.842 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.842 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.930910 * X + -0.358677 * Y + 0.068975 * Z + 149.121231 Y_new = 0.155610 * X + -0.218618 * Y + 0.963323 * Z + 173.157135 Z_new = -0.330442 * X + 0.907500 * Y + 0.259328 * Z + 146.183746 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.975965 0.336772 1.292454 [DEG: 170.5102 19.2956 74.0522 ] ZXZ: 3.070113 1.308470 -0.349201 [DEG: 175.9045 74.9698 -20.0078 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS475_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS475_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.84 98.554 0.84 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS475_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 STOICH UNK PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.983 185.216 153.218 1.00 90.30 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.473 185.886 154.408 1.00 89.75 C ATOM 1347 C GLY 165 151.953 185.813 154.572 1.00 90.59 C ATOM 1348 O GLY 165 151.362 186.647 155.255 1.00 88.27 O ATOM 1349 N LYS 166 151.299 184.847 153.931 1.00 89.77 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.860 184.628 154.074 1.00 89.23 C ATOM 1351 C LYS 166 149.551 183.831 155.339 1.00 89.05 C ATOM 1352 O LYS 166 150.271 182.898 155.701 1.00 86.97 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.288 183.935 152.829 1.00 89.04 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.373 184.830 151.582 1.00 87.45 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.857 184.083 150.345 1.00 84.47 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.875 185.015 149.140 1.00 80.75 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.666 184.274 147.877 1.00 72.68 N ATOM 1358 N TRP 167 148.437 184.148 155.974 1.00 88.43 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.951 183.403 157.125 1.00 87.53 C ATOM 1360 C TRP 167 147.150 182.183 156.670 1.00 86.58 C ATOM 1361 O TRP 167 146.076 182.305 156.087 1.00 83.49 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.130 184.315 158.025 1.00 86.76 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.775 183.665 159.325 1.00 86.08 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.609 183.038 159.614 1.00 84.01 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.610 183.529 160.515 1.00 85.29 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.870 182.803 161.499 1.00 84.71 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.907 183.948 160.850 1.00 84.48 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.660 182.531 160.894 1.00 83.55 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.410 182.500 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PRO 173 145.185 186.012 166.339 1.00 88.91 C ATOM 1405 C PRO 173 144.343 187.210 166.788 1.00 90.21 C ATOM 1406 O PRO 173 143.961 188.037 165.972 1.00 89.46 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.678 186.354 166.307 1.00 87.57 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.190 185.615 165.063 1.00 83.94 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.003 185.684 164.114 1.00 86.70 C ATOM 1410 N TYR 174 144.090 187.320 168.081 1.00 89.16 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.363 188.451 168.652 1.00 90.40 C ATOM 1412 C TYR 174 144.021 189.781 168.266 1.00 91.43 C ATOM 1413 O TYR 174 145.234 189.883 168.314 1.00 90.73 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.313 188.297 170.173 1.00 90.90 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.459 189.346 170.856 1.00 91.25 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.068 190.366 171.625 1.00 85.48 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.067 189.303 170.722 1.00 85.79 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.265 191.327 172.272 1.00 84.77 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.265 190.259 171.363 1.00 85.34 C ATOM 1420 CZ TYR 174 140.861 191.269 172.153 1.00 90.75 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.080 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ATOM 1646 CD2 PHE 202 153.989 191.585 181.529 1.00 79.63 C ATOM 1647 CE1 PHE 202 156.327 191.408 179.985 1.00 79.15 C ATOM 1648 CE2 PHE 202 154.986 190.661 181.871 1.00 80.18 C ATOM 1649 CZ PHE 202 156.145 190.571 181.098 1.00 85.79 C ATOM 1650 N LEU 203 154.752 196.241 180.431 1.00 91.46 N ATOM 1651 CA LEU 203 156.030 196.948 180.457 1.00 90.52 C ATOM 1652 C LEU 203 156.106 197.994 181.571 1.00 89.09 C ATOM 1653 O LEU 203 157.044 197.953 182.362 1.00 85.70 O ATOM 1654 CB LEU 203 156.303 197.566 179.072 1.00 90.41 C ATOM 1655 CG LEU 203 156.644 196.526 177.995 1.00 88.56 C ATOM 1656 CD1 LEU 203 156.777 197.214 176.640 1.00 80.85 C ATOM 1657 CD2 LEU 203 157.967 195.801 178.291 1.00 81.78 C ATOM 1658 N ASN 204 155.103 198.833 181.679 1.00 88.87 N ATOM 1659 CA ASN 204 155.129 200.033 182.519 1.00 86.65 C ATOM 1660 C ASN 204 154.365 199.877 183.838 1.00 84.83 C ATOM 1661 O ASN 204 154.469 200.729 184.719 1.00 79.03 O ATOM 1662 CB ASN 204 154.592 201.208 181.675 1.00 86.20 C ATOM 1663 CG ASN 204 155.380 201.435 180.401 1.00 84.03 C ATOM 1664 ND2 ASN 204 154.733 201.821 179.328 1.00 76.20 N ATOM 1665 OD1 ASN 204 156.579 201.253 180.336 1.00 77.27 O ATOM 1666 N GLY 205 153.609 198.797 183.992 1.00 86.13 N ATOM 1667 CA GLY 205 152.737 198.623 185.145 1.00 85.04 C ATOM 1668 C GLY 205 151.542 199.585 185.148 1.00 85.85 C ATOM 1669 O GLY 205 151.245 200.256 184.158 1.00 82.15 O ATOM 1670 N LEU 206 150.835 199.622 186.267 1.00 82.61 N ATOM 1671 CA LEU 206 149.770 200.591 186.542 1.00 82.01 C ATOM 1672 C LEU 206 149.950 201.164 187.948 1.00 81.11 C ATOM 1673 O LEU 206 150.208 200.419 188.895 1.00 74.91 O ATOM 1674 CB LEU 206 148.378 199.930 186.410 1.00 79.74 C ATOM 1675 CG LEU 206 147.904 199.647 184.977 1.00 75.47 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 146.612 198.831 185.025 1.00 68.74 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 147.600 200.931 184.205 1.00 69.35 C ATOM 1678 N ASN 207 149.782 202.471 188.094 1.00 79.35 N ATOM 1679 CA ASN 207 149.903 203.172 189.375 1.00 78.15 C ATOM 1680 C ASN 207 151.237 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ATOM 1715 CE1 TYR 211 147.005 195.644 187.247 1.00 72.95 C ATOM 1716 CE2 TYR 211 148.819 196.946 188.210 1.00 74.87 C ATOM 1717 CZ TYR 211 147.439 196.688 188.074 1.00 79.04 C ATOM 1718 OH TYR 211 146.542 197.441 188.758 1.00 77.52 O ATOM 1719 N SER 212 151.427 191.218 187.079 1.00 82.24 N ATOM 1720 CA SER 212 151.554 189.834 186.624 1.00 81.66 C ATOM 1721 C SER 212 150.566 189.522 185.497 1.00 83.79 C ATOM 1722 O SER 212 149.574 190.217 185.308 1.00 83.55 O ATOM 1723 CB SER 212 151.365 188.869 187.803 1.00 77.91 C ATOM 1724 OG SER 212 150.018 188.808 188.212 1.00 69.38 O ATOM 1725 N TYR 213 150.765 188.417 184.782 1.00 83.40 N ATOM 1726 CA TYR 213 149.789 187.961 183.775 1.00 84.59 C ATOM 1727 C TYR 213 148.379 187.784 184.355 1.00 85.82 C ATOM 1728 O TYR 213 147.397 188.097 183.700 1.00 85.73 O ATOM 1729 CB TYR 213 150.231 186.623 183.165 1.00 84.25 C ATOM 1730 CG TYR 213 151.636 186.559 182.604 1.00 83.55 C ATOM 1731 CD1 TYR 213 152.149 187.611 181.822 1.00 77.82 C ATOM 1732 CD2 TYR 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VAL 300 161.752 188.503 191.446 1.00 40.98 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 162.996 189.621 189.613 1.00 41.11 C TER END