####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS475_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS475_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 14 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 35 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 82 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 117 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 21 34 51 111 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 103 125 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 75 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 75 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 70 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 85 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 70 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 84 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 73 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 3 104 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 89 120 128 130 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 65.93 88.89 94.81 96.30 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.45 0.57 0.62 0.69 0.73 0.80 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.91 0.89 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.472 0 0.032 0.032 0.544 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.273 0 0.024 0.064 0.801 100.000 93.939 0.801 LGA W 167 W 167 0.047 0 0.170 0.173 0.746 95.455 98.701 0.303 LGA I 168 I 168 0.614 0 0.183 1.603 3.649 86.364 65.682 2.393 LGA S 169 S 169 1.082 0 0.592 0.634 3.146 57.727 60.303 1.384 LGA G 170 G 170 1.268 0 0.041 0.041 1.427 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.739 0 0.068 1.368 5.986 81.818 51.818 3.546 LGA A 172 A 172 0.486 0 0.007 0.015 0.572 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.315 0 0.000 0.122 0.493 100.000 100.000 0.493 LGA Y 174 Y 174 0.299 0 0.041 0.217 1.116 95.455 89.545 1.116 LGA G 175 G 175 0.431 0 0.074 0.074 0.431 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.510 0 0.000 0.148 0.618 86.364 90.909 0.288 LGA Q 177 Q 177 0.762 0 0.057 0.288 1.271 86.364 82.020 0.813 LGA L 178 L 178 0.507 0 0.134 0.182 1.432 82.273 80.000 1.432 LGA N 179 N 179 1.215 0 0.182 0.674 4.824 62.273 38.409 4.824 LGA K 180 K 180 3.845 0 0.290 0.963 13.465 20.455 9.091 13.465 LGA K 181 K 181 1.866 0 0.433 0.943 10.179 65.909 30.707 10.179 LGA T 182 T 182 0.777 0 0.022 1.117 3.287 86.364 72.987 3.287 LGA S 183 S 183 0.662 0 0.133 0.116 0.960 86.364 84.848 0.908 LGA K 184 K 184 0.707 0 0.060 0.895 2.990 81.818 72.121 2.990 LGA L 185 L 185 0.381 0 0.082 0.090 0.712 95.455 97.727 0.315 LGA D 186 D 186 0.223 0 0.044 0.175 0.708 95.455 95.455 0.133 LGA P 187 P 187 0.464 0 0.036 0.064 1.175 86.818 89.870 0.489 LGA V 188 V 188 0.751 0 0.021 0.021 0.821 81.818 81.818 0.821 LGA E 189 E 189 0.771 0 0.039 0.169 0.837 81.818 81.818 0.837 LGA D 190 D 190 0.770 0 0.032 0.054 1.254 81.818 75.682 1.254 LGA E 191 E 191 0.573 0 0.000 0.058 1.036 90.909 84.040 1.036 LGA A 192 A 192 0.300 0 0.022 0.019 0.357 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.362 0 0.047 0.112 0.581 100.000 95.960 0.353 LGA V 194 V 194 0.306 0 0.000 0.032 0.430 100.000 100.000 0.430 LGA V 195 V 195 0.164 0 0.000 0.000 0.288 100.000 100.000 0.157 LGA Q 196 Q 196 0.188 0 0.024 0.251 1.216 100.000 90.303 1.085 LGA L 197 L 197 0.262 0 0.008 0.035 0.387 100.000 100.000 0.373 LGA I 198 I 198 0.196 0 0.031 0.059 0.257 100.000 100.000 0.256 LGA F 199 F 199 0.240 0 0.018 0.048 0.303 100.000 100.000 0.089 LGA N 200 N 200 0.306 0 0.000 0.660 1.453 100.000 91.364 1.394 LGA I 201 I 201 0.221 0 0.024 0.051 0.283 100.000 100.000 0.225 LGA F 202 F 202 0.203 0 0.000 0.042 0.283 100.000 100.000 0.275 LGA L 203 L 203 0.274 0 0.026 0.091 0.648 100.000 95.455 0.582 LGA N 204 N 204 0.310 0 0.024 0.055 0.981 100.000 90.909 0.828 LGA G 205 G 205 0.237 0 0.033 0.033 0.237 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.118 0 0.016 1.309 3.241 100.000 75.909 2.124 LGA N 207 N 207 0.583 0 0.032 0.125 0.710 86.364 84.091 0.610 LGA G 208 G 208 0.950 0 0.134 0.134 1.701 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.067 0 0.052 0.248 2.974 73.636 60.202 2.974 LGA D 210 D 210 1.049 0 0.101 0.413 1.087 69.545 75.909 0.920 LGA Y 211 Y 211 1.616 0 0.091 0.583 2.057 58.182 55.909 1.751 LGA S 212 S 212 2.159 0 0.643 0.791 5.827 41.818 29.697 5.827 LGA Y 213 Y 213 3.034 0 0.150 1.075 14.579 39.545 13.333 14.579 LGA A 215 A 215 0.890 0 0.191 0.210 1.921 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.330 0 0.004 0.153 0.491 100.000 100.000 0.490 LGA A 217 A 217 0.248 0 0.049 0.059 0.333 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.403 0 0.000 0.128 1.218 100.000 91.212 1.218 LGA H 219 H 219 0.299 0 0.000 0.073 0.757 100.000 92.727 0.757 LGA L 220 L 220 0.327 0 0.000 0.082 0.434 100.000 100.000 0.434 LGA T 221 T 221 0.249 0 0.000 0.026 0.413 100.000 100.000 0.116 LGA N 222 N 222 0.497 0 0.035 0.039 0.755 90.909 93.182 0.518 LGA L 223 L 223 0.716 0 0.040 0.084 1.086 81.818 79.773 0.873 LGA Q 224 Q 224 0.627 0 0.041 0.109 0.929 81.818 81.818 0.673 LGA I 225 I 225 0.592 0 0.048 0.097 0.635 86.364 86.364 0.388 LGA P 226 P 226 0.581 0 0.025 0.057 0.835 81.818 81.818 0.835 LGA T 227 T 227 0.605 0 0.040 0.108 0.906 81.818 84.416 0.906 LGA P 228 P 228 0.633 0 0.096 0.104 0.676 86.364 84.416 0.540 LGA S 229 S 229 0.955 0 0.136 0.132 1.015 73.636 76.364 0.763 LGA G 230 G 230 1.048 0 0.009 0.009 1.075 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.603 0 0.043 0.504 1.451 90.909 84.242 0.493 LGA K 232 K 232 0.403 0 0.096 0.205 1.298 95.455 90.101 1.298 LGA R 233 R 233 0.370 0 0.016 1.252 5.847 100.000 60.000 4.893 LGA W 234 W 234 0.187 0 0.033 0.122 0.600 100.000 96.104 0.597 LGA N 235 N 235 0.365 0 0.007 0.409 1.863 100.000 85.000 1.863 LGA Q 236 Q 236 0.509 0 0.000 0.870 3.215 86.364 64.040 3.215 LGA Y 237 Y 237 0.605 0 0.055 0.181 1.006 81.818 80.455 0.943 LGA T 238 T 238 0.328 0 0.000 0.043 0.377 100.000 100.000 0.326 LGA I 239 I 239 0.337 0 0.037 0.091 0.358 100.000 100.000 0.355 LGA K 240 K 240 0.695 0 0.041 0.227 3.752 86.364 58.788 3.752 LGA A 241 A 241 0.561 0 0.076 0.081 0.647 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.104 0 0.040 0.054 0.205 100.000 100.000 0.171 LGA L 243 L 243 0.165 0 0.039 0.065 0.441 100.000 100.000 0.201 LGA Q 244 Q 244 0.198 0 0.050 0.233 0.870 100.000 95.960 0.609 LGA N 245 N 245 0.235 0 0.025 0.100 0.582 100.000 97.727 0.582 LGA E 246 E 246 0.126 0 0.029 0.498 1.525 100.000 88.687 1.159 LGA V 247 V 247 0.159 0 0.000 0.022 0.261 100.000 100.000 0.221 LGA Y 248 Y 248 0.298 0 0.033 0.142 1.010 100.000 92.576 1.010 LGA I 249 I 249 0.137 0 0.020 0.034 0.334 100.000 100.000 0.302 LGA G 250 G 250 0.052 0 0.035 0.035 0.357 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.284 0 0.043 0.054 0.427 100.000 100.000 0.308 LGA V 252 V 252 0.294 0 0.043 0.088 0.602 95.455 97.403 0.370 LGA K 253 K 253 0.311 0 0.063 0.130 0.613 95.455 97.980 0.402 LGA Y 254 Y 254 0.873 0 0.047 0.235 2.533 81.818 60.758 2.533 LGA K 255 K 255 0.596 0 0.008 0.161 1.059 81.818 80.000 1.059 LGA V 256 V 256 0.681 0 0.094 0.106 0.831 81.818 81.818 0.598 LGA R 257 R 257 0.699 0 0.084 1.117 6.218 77.727 52.562 4.332 LGA E 258 E 258 0.621 0 0.066 0.307 1.726 81.818 76.566 1.726 LGA K 259 K 259 1.012 0 0.037 0.767 2.143 69.545 64.444 1.500 LGA T 260 T 260 1.363 0 0.000 0.080 1.686 58.182 61.299 1.128 LGA K 261 K 261 2.407 0 0.019 0.188 4.667 38.182 26.465 4.667 LGA D 262 D 262 1.724 0 0.024 0.957 3.029 58.182 45.909 2.559 LGA G 263 G 263 1.230 0 0.000 0.000 1.269 73.636 73.636 - LGA K 264 K 264 0.400 0 0.076 0.430 2.342 95.455 81.414 2.342 LGA R 265 R 265 0.400 0 0.087 0.959 4.774 95.455 61.653 4.774 LGA T 266 T 266 0.365 0 0.039 0.084 0.445 100.000 100.000 0.290 LGA I 267 I 267 0.172 0 0.016 0.060 0.377 100.000 100.000 0.377 LGA R 268 R 268 0.099 0 0.025 0.950 2.319 100.000 85.455 2.319 LGA P 269 P 269 0.167 0 0.000 0.028 0.240 100.000 100.000 0.182 LGA E 270 E 270 0.255 0 0.000 0.258 1.009 100.000 92.121 1.009 LGA K 271 K 271 0.375 0 0.055 0.774 4.893 100.000 64.444 4.893 LGA E 272 E 272 0.290 0 0.075 0.183 1.003 100.000 90.101 0.612 LGA Q 273 Q 273 0.361 0 0.023 0.120 0.402 100.000 100.000 0.396 LGA I 274 I 274 0.479 0 0.035 0.109 1.283 95.455 86.591 1.283 LGA V 275 V 275 0.053 0 0.042 0.073 0.542 95.455 97.403 0.215 LGA V 276 V 276 0.066 0 0.045 0.049 0.267 100.000 100.000 0.142 LGA Q 277 Q 277 0.091 0 0.043 0.583 2.554 100.000 79.596 2.554 LGA D 278 D 278 0.039 0 0.041 0.255 0.905 100.000 97.727 0.905 LGA A 279 A 279 0.141 0 0.011 0.020 0.187 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.195 0 0.023 0.121 0.270 100.000 100.000 0.108 LGA A 281 A 281 0.266 0 0.025 0.021 0.377 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.105 0 0.031 0.043 0.262 100.000 100.000 0.262 LGA I 283 I 283 0.217 0 0.030 0.063 0.465 100.000 100.000 0.421 LGA I 284 I 284 0.222 0 0.002 0.073 0.388 100.000 100.000 0.230 LGA D 285 D 285 0.724 0 0.081 0.840 3.004 81.818 65.909 1.698 LGA K 286 K 286 0.618 0 0.000 0.242 1.078 81.818 80.000 1.078 LGA E 287 E 287 0.527 0 0.026 0.409 1.835 90.909 86.465 0.365 LGA Q 288 Q 288 0.364 0 0.021 0.331 2.201 100.000 80.202 1.855 LGA F 289 F 289 0.412 0 0.025 0.086 0.707 100.000 90.083 0.689 LGA Q 290 Q 290 0.545 0 0.026 1.268 3.518 90.909 64.242 3.518 LGA Q 291 Q 291 0.336 0 0.038 0.116 0.472 100.000 100.000 0.448 LGA S 292 S 292 0.269 0 0.038 0.063 0.314 100.000 100.000 0.305 LGA Q 293 Q 293 0.492 0 0.000 0.210 0.924 90.909 85.859 0.904 LGA V 294 V 294 0.516 0 0.039 0.052 0.673 90.909 87.013 0.576 LGA K 295 K 295 0.155 0 0.069 0.166 0.620 95.455 97.980 0.349 LGA I 296 I 296 0.533 0 0.031 0.058 0.937 86.364 86.364 0.549 LGA A 297 A 297 0.896 0 0.126 0.141 1.486 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.471 0 0.071 0.210 1.107 82.727 82.273 0.737 LGA K 299 K 299 2.581 0 0.331 0.300 14.732 52.727 23.434 14.732 LGA V 300 V 300 4.482 0 0.042 0.072 9.352 10.909 6.234 9.352 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.890 0.867 1.852 88.478 82.728 69.855 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 96.296 98.197 13.631 LGA_LOCAL RMSD: 0.890 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.890 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.890 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.739262 * X + -0.339047 * Y + 0.581842 * Z + 156.870834 Y_new = -0.620650 * X + 0.007759 * Y + -0.784049 * Z + 168.220352 Z_new = 0.261315 * X + -0.940737 * Y + -0.216165 * Z + 154.256760 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.443194 -0.264384 -1.796658 [DEG: -139.9847 -15.1481 -102.9409 ] ZXZ: 0.638425 1.788682 2.870647 [DEG: 36.5791 102.4839 164.4759 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS475_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS475_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 98.197 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS475_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 STOICH UNK PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.998 185.146 153.132 1.00 90.31 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.475 185.842 154.308 1.00 89.76 C ATOM 1347 C GLY 165 151.949 185.796 154.436 1.00 90.58 C ATOM 1348 O GLY 165 151.360 186.638 155.110 1.00 88.24 O ATOM 1349 N LYS 166 151.281 184.851 153.772 1.00 89.56 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.842 184.641 153.891 1.00 89.11 C ATOM 1351 C LYS 166 149.517 183.846 155.155 1.00 89.08 C ATOM 1352 O LYS 166 150.238 182.922 155.531 1.00 87.07 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.284 183.954 152.640 1.00 88.88 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.391 184.848 151.392 1.00 87.26 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.873 184.115 150.146 1.00 84.30 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.913 185.057 148.948 1.00 80.51 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.741 184.327 147.671 1.00 72.36 N ATOM 1358 N TRP 167 148.390 184.167 155.767 1.00 88.54 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.880 183.417 156.908 1.00 87.62 C ATOM 1360 C TRP 167 147.113 182.185 156.420 1.00 86.49 C ATOM 1361 O TRP 167 146.012 182.288 155.895 1.00 83.38 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.024 184.323 157.780 1.00 86.97 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.654 183.686 159.082 1.00 86.46 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.487 183.049 159.359 1.00 84.54 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.472 183.577 160.289 1.00 85.80 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.717 182.854 161.266 1.00 85.26 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.754 184.012 160.639 1.00 85.16 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.521 182.567 160.647 1.00 84.08 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.237 182.576 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PRO 173 145.079 186.041 166.286 1.00 89.11 C ATOM 1405 C PRO 173 144.243 187.238 166.746 1.00 90.30 C ATOM 1406 O PRO 173 143.853 188.067 165.933 1.00 89.58 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.571 186.382 166.246 1.00 87.94 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.074 185.648 165.003 1.00 84.42 C ATOM 1409 CD PRO 173 145.886 185.717 164.060 1.00 87.13 C ATOM 1410 N TYR 174 144.002 187.347 168.048 1.00 89.59 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.282 188.480 168.628 1.00 90.61 C ATOM 1412 C TYR 174 143.940 189.815 168.246 1.00 91.63 C ATOM 1413 O TYR 174 145.152 189.928 168.315 1.00 90.91 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.241 188.319 170.144 1.00 91.04 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.385 189.361 170.835 1.00 91.37 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 142.984 190.370 171.623 1.00 85.93 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 140.987 189.319 170.696 1.00 86.19 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.181 191.318 172.284 1.00 85.13 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.183 190.267 171.345 1.00 85.74 C ATOM 1420 CZ TYR 174 140.770 191.265 172.153 1.00 90.92 C ATOM 1421 OH TYR 174 139.987 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ATOM 1646 CD2 PHE 202 154.031 191.624 181.527 1.00 79.49 C ATOM 1647 CE1 PHE 202 156.358 191.427 179.970 1.00 78.78 C ATOM 1648 CE2 PHE 202 155.019 190.682 181.858 1.00 79.72 C ATOM 1649 CZ PHE 202 156.176 190.588 181.078 1.00 85.20 C ATOM 1650 N LEU 203 154.815 196.262 180.392 1.00 91.45 N ATOM 1651 CA LEU 203 156.094 196.985 180.405 1.00 90.84 C ATOM 1652 C LEU 203 156.178 198.015 181.524 1.00 89.85 C ATOM 1653 O LEU 203 157.097 197.947 182.344 1.00 86.61 O ATOM 1654 CB LEU 203 156.329 197.627 179.019 1.00 90.67 C ATOM 1655 CG LEU 203 156.695 196.610 177.923 1.00 88.91 C ATOM 1656 CD1 LEU 203 156.755 197.313 176.570 1.00 81.29 C ATOM 1657 CD2 LEU 203 158.053 195.952 178.197 1.00 82.24 C ATOM 1658 N ASN 204 155.202 198.883 181.622 1.00 89.46 N ATOM 1659 CA ASN 204 155.247 200.088 182.459 1.00 87.79 C ATOM 1660 C ASN 204 154.503 199.930 183.792 1.00 86.20 C ATOM 1661 O ASN 204 154.626 200.770 184.679 1.00 80.24 O ATOM 1662 CB ASN 204 154.701 201.256 181.616 1.00 87.11 C ATOM 1663 CG ASN 204 155.494 201.473 180.338 1.00 85.11 C ATOM 1664 ND2 ASN 204 154.854 201.817 179.247 1.00 77.00 N ATOM 1665 OD1 ASN 204 156.694 201.314 180.298 1.00 77.95 O ATOM 1666 N GLY 205 153.741 198.840 183.951 1.00 85.12 N ATOM 1667 CA GLY 205 152.860 198.673 185.098 1.00 84.03 C ATOM 1668 C GLY 205 151.650 199.610 185.056 1.00 84.77 C ATOM 1669 O GLY 205 151.384 200.285 184.062 1.00 80.69 O ATOM 1670 N LEU 206 150.905 199.639 186.149 1.00 82.04 N ATOM 1671 CA LEU 206 149.781 200.548 186.342 1.00 81.63 C ATOM 1672 C LEU 206 149.869 201.154 187.747 1.00 81.12 C ATOM 1673 O LEU 206 150.126 200.442 188.718 1.00 74.40 O ATOM 1674 CB LEU 206 148.465 199.782 186.100 1.00 78.79 C ATOM 1675 CG LEU 206 147.218 200.676 185.934 1.00 74.14 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 147.212 201.402 184.589 1.00 67.23 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 145.945 199.823 186.001 1.00 67.82 C ATOM 1678 N ASN 207 149.679 202.453 187.857 1.00 78.07 N ATOM 1679 CA ASN 207 149.774 203.184 189.126 1.00 77.37 C ATOM 1680 C ASN 207 151.108 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ATOM 1715 CE1 TYR 211 147.058 195.746 187.264 1.00 70.27 C ATOM 1716 CE2 TYR 211 148.885 197.065 188.188 1.00 71.73 C ATOM 1717 CZ TYR 211 147.509 196.796 188.073 1.00 75.40 C ATOM 1718 OH TYR 211 146.617 197.551 188.767 1.00 73.83 O ATOM 1719 N SER 212 151.529 191.291 187.030 1.00 78.63 N ATOM 1720 CA SER 212 151.684 189.909 186.553 1.00 78.19 C ATOM 1721 C SER 212 150.657 189.577 185.459 1.00 80.56 C ATOM 1722 O SER 212 149.649 190.266 185.317 1.00 80.41 O ATOM 1723 CB SER 212 151.558 188.930 187.729 1.00 74.15 C ATOM 1724 OG SER 212 150.233 188.863 188.217 1.00 65.41 O ATOM 1725 N TYR 213 150.835 188.475 184.750 1.00 81.92 N ATOM 1726 CA TYR 213 149.847 188.003 183.766 1.00 83.09 C ATOM 1727 C TYR 213 148.445 187.841 184.367 1.00 84.41 C ATOM 1728 O TYR 213 147.449 188.211 183.747 1.00 84.20 O ATOM 1729 CB TYR 213 150.291 186.652 183.176 1.00 82.52 C ATOM 1730 CG TYR 213 151.693 186.582 182.622 1.00 81.32 C ATOM 1731 CD1 TYR 213 152.204 187.607 181.798 1.00 75.32 C ATOM 1732 CD2 TYR 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VAL 300 160.242 181.333 183.281 1.00 36.79 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 159.066 183.471 182.934 1.00 36.91 C TER END