####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS465_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS465_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 70 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 111 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 54 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 21 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 104 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 29 119 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 8 121 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 48 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 54 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 68 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 61 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 48 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 112 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 22 101 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 19 70 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 21 53 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 18 111 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 69 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 112 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 61 107 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 77 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 26 103 127 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 49 120 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 113 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 83.70 94.07 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.55 0.68 0.75 0.80 0.85 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 1.09 0.91 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.785 0 0.048 0.048 0.792 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.680 0 0.065 0.154 1.683 81.818 74.747 1.683 LGA W 167 W 167 0.356 0 0.213 0.218 0.686 90.909 84.416 0.547 LGA I 168 I 168 1.247 0 0.161 1.319 3.235 73.636 60.000 1.643 LGA S 169 S 169 0.865 0 0.163 0.188 1.618 70.000 73.939 0.829 LGA G 170 G 170 0.997 0 0.041 0.041 0.997 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.719 0 0.117 1.449 6.152 81.818 51.818 3.611 LGA A 172 A 172 0.595 0 0.028 0.052 0.645 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.406 0 0.000 0.030 0.517 100.000 97.403 0.422 LGA Y 174 Y 174 0.392 0 0.000 0.199 1.449 100.000 85.303 1.449 LGA G 175 G 175 0.450 0 0.062 0.062 0.500 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.716 0 0.043 0.163 0.814 81.818 87.879 0.363 LGA Q 177 Q 177 0.952 0 0.069 0.380 2.366 82.273 73.535 0.847 LGA L 178 L 178 0.620 0 0.140 0.256 1.852 73.636 73.864 1.852 LGA N 179 N 179 1.252 0 0.167 0.744 5.028 65.909 39.091 5.028 LGA K 180 K 180 3.279 0 0.261 0.928 12.735 29.545 13.131 12.735 LGA K 181 K 181 2.027 0 0.470 0.980 11.237 62.727 28.485 11.237 LGA T 182 T 182 0.972 0 0.025 1.118 3.563 82.273 67.532 3.563 LGA S 183 S 183 0.918 0 0.100 0.090 1.357 78.182 73.939 1.346 LGA K 184 K 184 0.733 0 0.079 0.925 3.588 81.818 68.687 3.588 LGA L 185 L 185 0.584 0 0.072 0.076 0.782 81.818 88.636 0.280 LGA D 186 D 186 0.386 0 0.041 0.248 0.796 90.909 93.182 0.282 LGA P 187 P 187 0.641 0 0.035 0.063 1.340 77.727 79.481 0.660 LGA V 188 V 188 0.870 0 0.000 0.065 1.045 81.818 79.481 0.916 LGA E 189 E 189 0.862 0 0.028 0.199 1.160 81.818 80.000 1.160 LGA D 190 D 190 0.818 0 0.027 0.074 1.181 81.818 75.682 1.181 LGA E 191 E 191 0.541 0 0.000 0.086 0.652 90.909 85.859 0.634 LGA A 192 A 192 0.279 0 0.029 0.027 0.351 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.402 0 0.042 0.139 0.914 100.000 89.899 0.914 LGA V 194 V 194 0.309 0 0.034 0.050 0.535 100.000 97.403 0.465 LGA V 195 V 195 0.110 0 0.000 0.010 0.249 100.000 100.000 0.194 LGA Q 196 Q 196 0.187 0 0.037 0.246 1.349 100.000 90.303 1.211 LGA L 197 L 197 0.240 0 0.000 0.138 0.586 100.000 97.727 0.586 LGA I 198 I 198 0.058 0 0.052 0.084 0.319 100.000 100.000 0.204 LGA F 199 F 199 0.173 0 0.015 0.053 0.321 100.000 100.000 0.180 LGA N 200 N 200 0.220 0 0.016 0.637 2.014 100.000 87.727 2.014 LGA I 201 I 201 0.073 0 0.037 0.040 0.238 100.000 100.000 0.224 LGA F 202 F 202 0.124 0 0.065 0.084 0.607 100.000 95.041 0.607 LGA L 203 L 203 0.263 0 0.035 0.055 0.686 100.000 95.455 0.605 LGA N 204 N 204 0.239 0 0.043 0.081 1.342 100.000 86.818 1.047 LGA G 205 G 205 0.213 0 0.064 0.064 0.400 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.246 0 0.037 0.476 1.808 100.000 91.591 0.327 LGA N 207 N 207 0.675 0 0.067 0.278 1.214 81.818 79.773 0.841 LGA G 208 G 208 0.978 0 0.080 0.080 1.532 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 0.999 0 0.070 0.224 2.424 81.818 66.465 2.424 LGA D 210 D 210 1.028 0 0.079 0.818 2.547 77.727 67.045 2.547 LGA Y 211 Y 211 1.609 0 0.102 0.675 2.029 58.182 55.909 1.479 LGA S 212 S 212 2.135 0 0.646 0.765 5.828 39.545 28.182 5.828 LGA Y 213 Y 213 3.171 0 0.231 1.143 14.236 36.364 12.273 14.236 LGA A 215 A 215 1.140 0 0.194 0.214 2.095 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.532 0 0.000 0.172 0.597 90.909 90.909 0.546 LGA A 217 A 217 0.361 0 0.058 0.072 0.421 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.505 0 0.046 0.097 1.051 95.455 88.182 1.051 LGA H 219 H 219 0.471 0 0.011 0.127 0.683 100.000 90.909 0.683 LGA L 220 L 220 0.342 0 0.000 0.143 0.592 100.000 97.727 0.466 LGA T 221 T 221 0.218 0 0.011 0.041 0.279 100.000 100.000 0.172 LGA N 222 N 222 0.296 0 0.051 0.048 0.557 95.455 97.727 0.205 LGA L 223 L 223 0.552 0 0.043 0.055 0.746 86.364 84.091 0.717 LGA Q 224 Q 224 0.475 0 0.082 0.349 1.596 90.909 82.626 1.596 LGA I 225 I 225 0.437 0 0.051 0.055 0.481 100.000 100.000 0.427 LGA P 226 P 226 0.430 0 0.025 0.049 0.699 95.455 92.208 0.699 LGA T 227 T 227 0.450 0 0.051 0.172 0.845 95.455 94.805 0.845 LGA P 228 P 228 0.586 0 0.218 0.244 0.604 90.909 92.208 0.489 LGA S 229 S 229 0.932 0 0.156 0.144 1.085 73.636 76.364 0.658 LGA G 230 G 230 1.075 0 0.000 0.000 1.115 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.600 0 0.084 0.490 1.206 90.909 84.242 0.482 LGA K 232 K 232 0.497 0 0.125 0.369 2.670 90.909 74.545 2.670 LGA R 233 R 233 0.412 0 0.020 1.107 5.371 95.455 58.017 2.582 LGA W 234 W 234 0.188 0 0.048 0.193 0.666 100.000 94.805 0.666 LGA N 235 N 235 0.816 0 0.078 0.756 1.688 86.364 76.364 0.666 LGA Q 236 Q 236 0.617 0 0.000 1.067 4.050 86.364 63.838 4.050 LGA Y 237 Y 237 0.610 0 0.069 0.146 0.966 86.364 83.333 0.950 LGA T 238 T 238 0.486 0 0.000 0.052 0.611 95.455 89.610 0.527 LGA I 239 I 239 0.344 0 0.029 0.079 0.398 100.000 100.000 0.369 LGA K 240 K 240 0.688 0 0.026 0.223 2.422 86.364 68.889 2.354 LGA A 241 A 241 0.714 0 0.119 0.131 1.117 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.282 0 0.052 0.059 0.411 100.000 100.000 0.247 LGA L 243 L 243 0.279 0 0.000 0.019 0.411 100.000 100.000 0.267 LGA Q 244 Q 244 0.521 0 0.109 0.332 1.159 82.273 86.263 0.692 LGA N 245 N 245 0.484 0 0.038 0.151 0.776 95.455 90.909 0.776 LGA E 246 E 246 0.370 0 0.030 0.423 1.379 100.000 88.081 1.379 LGA V 247 V 247 0.300 0 0.067 0.141 0.609 95.455 97.403 0.336 LGA Y 248 Y 248 0.390 0 0.068 0.109 1.070 100.000 91.061 1.070 LGA I 249 I 249 0.407 0 0.082 0.103 0.799 95.455 88.636 0.655 LGA G 250 G 250 0.146 0 0.055 0.055 0.640 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.412 0 0.040 0.078 0.469 100.000 100.000 0.297 LGA V 252 V 252 0.378 0 0.119 0.141 0.894 95.455 97.403 0.497 LGA K 253 K 253 0.466 0 0.109 0.254 0.873 95.455 87.879 0.632 LGA Y 254 Y 254 0.501 0 0.045 0.275 2.042 95.455 74.848 2.042 LGA K 255 K 255 0.696 0 0.019 0.344 1.297 81.818 80.000 1.297 LGA V 256 V 256 0.734 0 0.057 0.092 0.850 81.818 81.818 0.686 LGA R 257 R 257 0.628 0 0.082 1.162 4.870 81.818 59.008 3.387 LGA E 258 E 258 0.837 0 0.027 0.624 3.757 81.818 52.929 3.757 LGA K 259 K 259 0.928 0 0.069 0.282 1.562 77.727 71.111 1.562 LGA T 260 T 260 1.465 0 0.000 0.085 1.950 65.455 59.221 1.916 LGA K 261 K 261 1.513 0 0.030 0.281 1.657 54.545 67.879 0.724 LGA D 262 D 262 1.909 0 0.030 0.854 3.313 50.909 38.182 3.313 LGA G 263 G 263 1.271 0 0.052 0.052 1.395 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.097 0 0.087 0.486 2.508 69.545 68.485 2.508 LGA R 265 R 265 1.094 0 0.108 0.883 4.335 65.455 47.273 4.335 LGA T 266 T 266 1.325 0 0.047 0.116 1.622 65.455 63.377 1.212 LGA I 267 I 267 0.993 0 0.064 0.104 1.502 73.636 67.727 1.502 LGA R 268 R 268 0.877 0 0.029 0.943 2.664 81.818 74.050 1.908 LGA P 269 P 269 0.919 0 0.023 0.049 1.169 81.818 74.805 1.169 LGA E 270 E 270 0.649 0 0.049 0.377 1.058 81.818 82.020 0.565 LGA K 271 K 271 0.811 0 0.078 0.786 4.742 81.818 54.747 4.742 LGA E 272 E 272 0.697 0 0.095 0.203 1.652 81.818 72.929 1.489 LGA Q 273 Q 273 0.716 0 0.095 0.176 1.168 77.727 80.000 0.770 LGA I 274 I 274 0.432 0 0.035 0.111 0.885 100.000 97.727 0.885 LGA V 275 V 275 0.251 0 0.000 0.044 0.388 100.000 100.000 0.388 LGA V 276 V 276 0.264 0 0.055 0.047 0.432 100.000 100.000 0.425 LGA Q 277 Q 277 0.305 0 0.053 0.547 2.375 100.000 82.222 1.947 LGA D 278 D 278 0.238 0 0.047 0.178 1.000 100.000 97.727 1.000 LGA A 279 A 279 0.308 0 0.015 0.019 0.412 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.173 0 0.026 0.129 0.396 100.000 100.000 0.137 LGA A 281 A 281 0.421 0 0.031 0.029 0.625 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.232 0 0.035 0.038 0.576 100.000 97.403 0.576 LGA I 283 I 283 0.256 0 0.025 0.070 0.443 100.000 100.000 0.353 LGA I 284 I 284 0.312 0 0.024 0.072 0.628 90.909 95.455 0.150 LGA D 285 D 285 0.798 0 0.069 0.391 2.163 77.727 70.227 1.463 LGA K 286 K 286 0.941 0 0.000 0.253 1.376 73.636 70.909 1.033 LGA E 287 E 287 1.035 0 0.023 0.337 2.663 73.636 58.788 2.663 LGA Q 288 Q 288 0.636 0 0.022 0.251 1.702 81.818 74.747 1.422 LGA F 289 F 289 0.654 0 0.024 0.125 0.849 81.818 81.818 0.787 LGA Q 290 Q 290 0.950 0 0.032 1.113 2.899 81.818 63.838 2.899 LGA Q 291 Q 291 0.734 0 0.037 0.123 0.864 81.818 81.818 0.864 LGA S 292 S 292 0.531 0 0.045 0.683 2.568 81.818 75.758 2.568 LGA Q 293 Q 293 0.863 0 0.007 0.197 1.198 77.727 74.545 1.198 LGA V 294 V 294 1.041 0 0.042 0.063 1.314 73.636 70.130 1.211 LGA K 295 K 295 0.480 0 0.089 0.206 0.958 86.364 93.939 0.224 LGA I 296 I 296 0.798 0 0.068 0.091 1.327 73.636 75.682 0.629 LGA A 297 A 297 1.482 0 0.147 0.165 1.965 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.408 0 0.120 0.344 2.370 86.364 67.273 2.370 LGA K 299 K 299 2.739 0 0.298 0.331 14.220 56.364 25.253 14.220 LGA V 300 V 300 1.917 0 0.116 0.095 4.669 62.273 38.182 4.418 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.889 0.829 1.796 85.488 79.350 65.928 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.185 97.921 13.654 LGA_LOCAL RMSD: 0.889 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.889 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.889 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.641662 * X + -0.445203 * Y + 0.624551 * Z + 152.925858 Y_new = 0.722190 * X + 0.076487 * Y + -0.687453 * Z + 150.675903 Z_new = 0.258286 * X + 0.892157 * Y + 0.370599 * Z + 141.376083 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.844374 -0.261248 1.177088 [DEG: 48.3791 -14.9684 67.4421 ] ZXZ: 0.737492 1.191142 0.281803 [DEG: 42.2552 68.2474 16.1461 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS465_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS465_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.921 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS465_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.632 185.161 153.372 1.00 88.91 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.050 185.865 154.518 1.00 88.91 C ATOM 2722 C GLY 165 151.521 185.767 154.629 1.00 88.91 C ATOM 2723 O GLY 165 150.927 186.469 155.443 1.00 88.91 O ATOM 2724 N LYS 166 150.854 184.910 153.838 1.00 89.22 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.409 184.654 153.976 1.00 89.22 C ATOM 2728 C LYS 166 149.153 183.836 155.256 1.00 89.22 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.832 183.960 152.719 1.00 89.22 C ATOM 2732 O LYS 166 149.835 182.841 155.522 1.00 89.22 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.879 184.789 151.414 1.00 89.22 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.284 184.039 150.191 1.00 89.22 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.295 184.901 148.908 1.00 89.22 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.770 184.222 147.678 1.00 89.22 N ATOM 2746 N TRP 167 148.140 184.205 156.037 1.00 89.87 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.754 183.504 157.260 1.00 89.87 C ATOM 2750 C TRP 167 146.859 182.295 156.964 1.00 89.87 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.110 184.462 158.261 1.00 89.87 C ATOM 2754 O TRP 167 145.778 182.390 156.389 1.00 89.87 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.797 183.848 159.595 1.00 89.87 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.603 183.351 159.998 1.00 89.87 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.693 183.693 160.735 1.00 89.87 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.960 183.125 161.819 1.00 89.87 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 149.050 183.998 160.968 1.00 89.87 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.697 182.923 161.310 1.00 89.87 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.890 183.217 163.277 1.00 89.87 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.536 182.894 163.076 1.00 89.87 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.645 183.762 162.222 1.00 89.87 C ATOM 2770 N ILE 168 147.322 181.122 157.394 1.00 84.82 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.702 179.803 157.142 1.00 84.82 C ATOM 2774 C ILE 168 146.601 178.946 158.411 1.00 84.82 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.439 179.031 156.014 1.00 84.82 C ATOM 2777 O ILE 168 146.242 177.763 158.352 1.00 84.82 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.856 179.565 155.730 1.00 84.82 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.576 179.022 154.742 1.00 84.82 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.713 178.515 155.052 1.00 84.82 C ATOM 2789 N SER 169 146.923 179.531 159.565 1.00 73.26 N ATOM 2791 CA SER 169 147.055 178.846 160.857 1.00 73.26 C ATOM 2793 C SER 169 145.729 178.680 161.614 1.00 73.26 C ATOM 2794 CB SER 169 148.133 179.533 161.701 1.00 73.26 C ATOM 2797 O SER 169 145.735 178.360 162.801 1.00 73.26 O ATOM 2798 OG SER 169 149.389 179.400 161.058 1.00 73.26 O ATOM 2800 N GLY 170 144.591 178.827 160.929 1.00 77.62 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 141.015 189.791 161.090 1.00 93.20 C ATOM 2903 C GLN 177 141.776 189.214 159.894 1.00 93.20 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.739 190.536 160.668 1.00 93.20 C ATOM 2907 O GLN 177 142.786 189.752 159.448 1.00 93.20 O ATOM 2908 CG GLN 177 139.954 191.666 159.645 1.00 93.20 C ATOM 2911 CD GLN 177 138.645 192.164 159.035 1.00 93.20 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 138.713 193.036 158.055 1.00 93.20 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.547 191.750 159.373 1.00 93.20 O ATOM 2916 N LEU 178 141.261 188.119 159.332 1.00 91.74 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.773 187.578 158.076 1.00 91.74 C ATOM 2920 C LEU 178 141.131 188.306 156.890 1.00 91.74 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.523 186.062 158.027 1.00 91.74 C ATOM 2924 O LEU 178 139.935 188.140 156.625 1.00 91.74 O ATOM 2925 CG LEU 178 142.176 185.392 156.801 1.00 91.74 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.694 185.345 156.937 1.00 91.74 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.678 183.952 156.672 1.00 91.74 C ATOM 2935 N ASN 179 141.932 189.041 156.125 1.00 87.84 N ATOM 2937 CA ASN 179 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