####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS465_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS465_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.15 1.15 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.15 1.15 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.98 1.19 LCS_AVERAGE: 63.78 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 60 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 58 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 59 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 59 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 65 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 23 102 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 4 96 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 4 99 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 61 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 24 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 24 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 59 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 60 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 65 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 46 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 53 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 60 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 13 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 15 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 3 99 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 3 103 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 6 13 58 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 44 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 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281 A 281 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 66 135 135 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 66 135 135 63 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 66 135 135 59 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 66 135 135 41 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 36 135 135 3 7 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 36 135 135 3 52 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.93 ( 63.78 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 105 116 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 77.78 85.93 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.52 0.67 1.01 1.08 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 GDT RMS_ALL_AT 1.45 1.42 1.32 1.16 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.903 0 0.047 0.047 0.929 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.896 0 0.030 0.089 1.412 81.818 74.545 1.288 LGA W 167 W 167 0.624 0 0.188 0.181 0.887 81.818 87.013 0.480 LGA I 168 I 168 1.487 0 0.165 1.550 3.540 69.545 53.636 2.014 LGA S 169 S 169 1.064 0 0.190 0.203 1.579 61.818 63.030 1.219 LGA G 170 G 170 1.135 0 0.022 0.022 1.135 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 1.244 0 0.091 1.418 6.530 65.455 41.136 3.881 LGA A 172 A 172 1.005 0 0.002 0.028 1.124 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.647 0 0.000 0.031 0.725 81.818 81.818 0.532 LGA Y 174 Y 174 0.678 0 0.029 0.226 1.670 81.818 75.152 1.670 LGA G 175 G 175 0.740 0 0.051 0.051 0.786 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.946 0 0.039 0.133 1.149 77.727 85.000 0.349 LGA Q 177 Q 177 1.518 0 0.034 0.275 1.726 65.909 60.808 1.584 LGA L 178 L 178 1.172 0 0.135 0.212 1.677 65.909 60.227 1.677 LGA N 179 N 179 1.037 0 0.193 0.692 4.673 69.545 42.045 4.673 LGA K 180 K 180 3.558 0 0.266 0.942 13.053 26.364 11.717 13.053 LGA K 181 K 181 1.706 0 0.477 0.963 10.575 78.636 36.364 10.575 LGA T 182 T 182 0.450 0 0.000 1.110 3.108 90.909 75.584 3.108 LGA S 183 S 183 1.216 0 0.123 0.109 1.614 69.545 63.333 1.603 LGA K 184 K 184 0.995 0 0.064 0.896 2.976 73.636 66.667 2.976 LGA L 185 L 185 0.667 0 0.075 0.091 0.771 81.818 88.636 0.176 LGA D 186 D 186 0.586 0 0.053 0.170 1.052 77.727 86.591 0.316 LGA P 187 P 187 0.742 0 0.000 0.343 1.782 70.000 75.065 0.808 LGA V 188 V 188 1.429 0 0.000 0.013 1.726 65.455 59.221 1.726 LGA E 189 E 189 1.421 0 0.039 0.190 1.667 65.455 63.838 1.667 LGA D 190 D 190 1.336 0 0.020 0.050 1.773 65.455 60.000 1.773 LGA E 191 E 191 1.043 0 0.000 0.064 1.436 73.636 69.091 1.436 LGA A 192 A 192 0.609 0 0.023 0.020 0.752 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.737 0 0.047 0.100 1.293 81.818 74.545 1.293 LGA V 194 V 194 0.590 0 0.000 0.036 0.820 90.909 87.013 0.698 LGA V 195 V 195 0.296 0 0.000 0.000 0.525 100.000 97.403 0.266 LGA Q 196 Q 196 0.359 0 0.026 0.218 1.392 100.000 88.485 1.392 LGA L 197 L 197 0.462 0 0.011 0.054 0.607 100.000 90.909 0.603 LGA I 198 I 198 0.204 0 0.047 0.076 0.349 100.000 100.000 0.349 LGA F 199 F 199 0.233 0 0.026 0.054 0.340 100.000 100.000 0.094 LGA N 200 N 200 0.380 0 0.000 0.673 2.125 100.000 90.000 2.125 LGA I 201 I 201 0.202 0 0.023 0.038 0.330 100.000 100.000 0.051 LGA F 202 F 202 0.195 0 0.000 0.092 0.674 100.000 95.041 0.635 LGA L 203 L 203 0.378 0 0.029 0.071 0.748 100.000 95.455 0.595 LGA N 204 N 204 0.421 0 0.047 0.104 1.399 100.000 84.773 1.180 LGA G 205 G 205 0.222 0 0.040 0.040 0.232 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.638 0 0.052 0.694 3.127 95.455 74.545 1.012 LGA N 207 N 207 0.440 0 0.000 0.223 0.877 100.000 97.727 0.492 LGA G 208 G 208 0.393 0 0.054 0.054 0.578 95.455 95.455 - LGA K 209 K 209 0.715 0 0.110 0.240 2.098 86.364 71.919 2.098 LGA D 210 D 210 0.871 0 0.141 0.483 1.436 81.818 79.773 1.436 LGA Y 211 Y 211 1.269 0 0.114 0.564 2.414 69.545 59.848 2.414 LGA S 212 S 212 1.953 0 0.632 0.788 5.925 48.636 34.242 5.925 LGA Y 213 Y 213 3.089 0 0.174 1.044 14.344 33.636 11.212 14.344 LGA A 215 A 215 0.515 0 0.204 0.220 1.578 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.298 0 0.000 0.168 0.519 100.000 97.727 0.458 LGA A 217 A 217 0.407 0 0.043 0.055 0.527 100.000 96.364 - LGA S 218 S 218 0.158 0 0.018 0.045 0.558 100.000 96.970 0.558 LGA H 219 H 219 0.315 0 0.000 0.113 0.904 100.000 90.909 0.904 LGA L 220 L 220 0.436 0 0.000 0.139 0.731 100.000 90.909 0.731 LGA T 221 T 221 0.211 0 0.027 0.041 0.284 100.000 100.000 0.271 LGA N 222 N 222 0.362 0 0.070 0.058 0.664 90.909 95.455 0.315 LGA L 223 L 223 0.740 0 0.041 0.070 1.193 81.818 77.727 1.143 LGA Q 224 Q 224 0.576 0 0.050 0.244 1.048 86.364 82.020 0.960 LGA I 225 I 225 0.809 0 0.049 0.072 0.945 81.818 81.818 0.725 LGA P 226 P 226 1.111 0 0.028 0.055 1.455 65.455 65.455 1.455 LGA T 227 T 227 1.127 0 0.042 0.131 1.448 65.455 65.455 1.448 LGA P 228 P 228 1.359 0 0.144 0.192 1.420 65.455 65.455 1.097 LGA S 229 S 229 1.702 0 0.124 0.118 1.768 50.909 50.909 1.629 LGA G 230 G 230 1.792 0 0.029 0.029 1.907 54.545 54.545 - LGA K 231 K 231 1.224 0 0.076 0.494 2.406 73.636 61.414 1.000 LGA K 232 K 232 1.001 0 0.094 0.292 3.630 73.636 54.141 3.630 LGA R 233 R 233 0.782 0 0.024 1.134 6.752 81.818 42.810 3.893 LGA W 234 W 234 0.295 0 0.036 0.214 1.084 100.000 88.442 1.084 LGA N 235 N 235 0.483 0 0.070 0.725 2.701 100.000 82.045 0.787 LGA Q 236 Q 236 0.813 0 0.000 0.849 3.259 81.818 57.576 3.259 LGA Y 237 Y 237 1.130 0 0.054 0.132 2.079 65.455 58.333 2.079 LGA T 238 T 238 0.677 0 0.000 0.044 0.750 81.818 81.818 0.746 LGA I 239 I 239 0.577 0 0.029 0.107 0.613 81.818 81.818 0.536 LGA K 240 K 240 1.103 0 0.004 0.191 3.820 69.545 47.879 3.820 LGA A 241 A 241 1.067 0 0.085 0.095 1.165 69.545 68.727 - LGA I 242 I 242 0.368 0 0.041 0.062 0.555 95.455 95.455 0.555 LGA L 243 L 243 0.328 0 0.015 0.050 0.523 95.455 97.727 0.415 LGA Q 244 Q 244 0.605 0 0.088 0.229 1.102 77.727 84.040 0.635 LGA N 245 N 245 0.519 0 0.023 0.099 0.686 86.364 84.091 0.686 LGA E 246 E 246 0.415 0 0.027 0.635 1.607 100.000 86.667 1.607 LGA V 247 V 247 0.358 0 0.024 0.077 0.407 100.000 100.000 0.346 LGA Y 248 Y 248 0.335 0 0.042 0.136 1.062 100.000 92.576 1.062 LGA I 249 I 249 0.407 0 0.000 0.047 0.730 95.455 88.636 0.730 LGA G 250 G 250 0.304 0 0.058 0.058 0.604 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.372 0 0.062 0.092 0.447 100.000 100.000 0.258 LGA V 252 V 252 0.733 0 0.047 0.220 1.434 81.818 79.481 1.434 LGA K 253 K 253 0.782 0 0.103 0.185 1.370 77.727 80.000 0.703 LGA Y 254 Y 254 0.923 0 0.052 1.356 8.636 81.818 40.000 8.636 LGA K 255 K 255 0.912 0 0.075 0.552 2.650 77.727 63.838 2.029 LGA V 256 V 256 1.023 0 0.052 0.106 1.115 69.545 67.792 1.115 LGA R 257 R 257 1.024 0 0.120 1.085 4.129 69.545 50.579 4.129 LGA E 258 E 258 1.311 0 0.017 0.583 3.633 65.455 44.646 3.633 LGA K 259 K 259 1.443 0 0.071 0.339 2.749 58.182 48.889 2.749 LGA T 260 T 260 2.103 0 0.000 0.101 2.585 38.182 36.623 2.585 LGA K 261 K 261 2.837 0 0.041 0.324 3.687 25.455 22.626 3.687 LGA D 262 D 262 3.226 0 0.020 0.943 3.478 22.727 20.455 3.478 LGA G 263 G 263 2.367 0 0.033 0.033 2.474 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 2.321 0 0.048 0.457 4.171 38.182 33.333 4.171 LGA R 265 R 265 2.040 0 0.099 0.928 4.021 38.182 33.223 4.021 LGA T 266 T 266 2.182 0 0.053 0.160 2.507 38.182 38.442 1.808 LGA I 267 I 267 1.945 0 0.044 0.083 2.834 47.727 41.591 2.834 LGA R 268 R 268 1.545 0 0.021 0.997 2.439 50.909 55.372 2.439 LGA P 269 P 269 1.974 0 0.009 0.045 2.180 50.909 47.273 2.180 LGA E 270 E 270 1.622 0 0.031 0.278 2.102 54.545 51.111 1.934 LGA K 271 K 271 1.745 0 0.069 0.756 2.805 50.909 48.889 2.805 LGA E 272 E 272 1.485 0 0.085 0.097 2.493 61.818 51.515 2.493 LGA Q 273 Q 273 1.268 0 0.057 0.140 1.631 61.818 62.222 1.272 LGA I 274 I 274 0.917 0 0.055 0.095 1.211 77.727 77.727 1.211 LGA V 275 V 275 0.521 0 0.023 0.050 0.650 90.909 87.013 0.549 LGA V 276 V 276 0.611 0 0.078 0.080 0.798 81.818 81.818 0.722 LGA Q 277 Q 277 0.543 0 0.049 0.567 3.274 81.818 63.838 3.274 LGA D 278 D 278 0.462 0 0.067 0.155 1.041 100.000 91.136 1.041 LGA A 279 A 279 0.475 0 0.009 0.017 0.607 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.174 0 0.027 0.108 0.543 100.000 98.182 0.135 LGA A 281 A 281 0.335 0 0.017 0.020 0.566 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.281 0 0.041 0.049 0.569 100.000 97.403 0.569 LGA I 283 I 283 0.316 0 0.020 0.048 0.580 95.455 95.455 0.443 LGA I 284 I 284 0.247 0 0.017 0.074 0.428 100.000 100.000 0.221 LGA D 285 D 285 0.723 0 0.048 0.221 1.875 81.818 73.864 1.025 LGA K 286 K 286 0.884 0 0.000 0.264 1.142 81.818 80.000 0.796 LGA E 287 E 287 1.061 0 0.035 0.295 2.332 73.636 62.828 1.783 LGA Q 288 Q 288 0.625 0 0.014 0.325 2.101 86.364 73.737 1.669 LGA F 289 F 289 0.603 0 0.028 0.143 0.869 81.818 81.818 0.791 LGA Q 290 Q 290 0.990 0 0.033 1.269 3.081 81.818 60.000 2.808 LGA Q 291 Q 291 0.757 0 0.038 0.094 0.970 81.818 81.818 0.804 LGA S 292 S 292 0.494 0 0.047 0.687 2.533 86.364 78.788 2.533 LGA Q 293 Q 293 0.848 0 0.000 0.188 1.144 77.727 74.545 1.144 LGA V 294 V 294 1.033 0 0.035 0.054 1.215 73.636 70.130 1.157 LGA K 295 K 295 0.581 0 0.048 0.140 0.944 81.818 91.919 0.255 LGA I 296 I 296 0.904 0 0.074 0.105 1.425 73.636 75.682 0.594 LGA A 297 A 297 1.565 0 0.105 0.120 2.330 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.347 0 0.490 0.521 3.045 50.000 57.955 1.518 LGA K 299 K 299 1.891 0 0.104 0.247 4.915 47.727 30.505 4.915 LGA V 300 V 300 1.712 0 0.117 0.132 2.975 54.545 47.792 1.947 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.147 1.122 1.895 77.559 71.688 58.732 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.15 93.704 96.891 10.823 LGA_LOCAL RMSD: 1.147 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.147 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.147 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.777792 * X + -0.132644 * Y + -0.614366 * Z + 152.785309 Y_new = 0.439802 * X + 0.583448 * Y + -0.682761 * Z + 149.931610 Z_new = 0.449014 * X + -0.801245 * Y + -0.395464 * Z + 142.134598 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.626965 -0.465662 -2.029280 [DEG: 150.5140 -26.6805 -116.2692 ] ZXZ: -0.732719 1.977369 2.630803 [DEG: -41.9817 113.2949 150.7339 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS465_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS465_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.15 96.891 1.15 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS465_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.386 184.882 153.210 1.00 86.07 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.897 185.655 154.358 1.00 86.07 C ATOM 2722 C GLY 165 151.373 185.634 154.534 1.00 86.07 C ATOM 2723 O GLY 165 150.833 186.382 155.343 1.00 86.07 O ATOM 2724 N LYS 166 150.649 184.777 153.803 1.00 86.16 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.194 184.626 153.966 1.00 86.16 C ATOM 2728 C LYS 166 148.885 183.866 155.258 1.00 86.16 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.576 183.949 152.730 1.00 86.16 C ATOM 2732 O LYS 166 149.580 182.908 155.606 1.00 86.16 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.654 184.828 151.468 1.00 86.16 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.232 184.069 150.196 1.00 86.16 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.150 185.034 149.000 1.00 86.16 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.212 184.348 147.677 1.00 86.16 N ATOM 2746 N TRP 167 147.817 184.248 155.954 1.00 88.06 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.333 183.580 157.157 1.00 88.06 C ATOM 2750 C TRP 167 146.494 182.347 156.822 1.00 88.06 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.577 184.537 158.067 1.00 88.06 C ATOM 2754 O TRP 167 145.410 182.432 156.248 1.00 88.06 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.243 183.938 159.401 1.00 88.06 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.039 183.454 159.788 1.00 88.06 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.126 183.770 160.551 1.00 88.06 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.366 183.224 161.628 1.00 88.06 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.488 184.050 160.802 1.00 88.06 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.106 183.034 161.105 1.00 88.06 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.270 183.299 163.118 1.00 88.06 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 146.915 182.997 162.898 1.00 88.06 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.050 183.820 162.071 1.00 88.06 C ATOM 2770 N ILE 168 146.989 181.174 157.215 1.00 78.10 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.341 179.874 156.965 1.00 78.10 C ATOM 2774 C ILE 168 146.128 179.050 158.245 1.00 78.10 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.116 179.080 155.895 1.00 78.10 C ATOM 2777 O ILE 168 145.744 177.879 158.173 1.00 78.10 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.534 178.780 156.407 1.00 78.10 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.131 179.814 154.543 1.00 78.10 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.362 177.956 155.449 1.00 78.10 C ATOM 2789 N SER 169 146.393 179.638 159.415 1.00 75.46 N ATOM 2791 CA SER 169 146.391 178.964 160.726 1.00 75.46 C ATOM 2793 C SER 169 145.015 178.877 161.402 1.00 75.46 C ATOM 2794 CB SER 169 147.392 179.635 161.672 1.00 75.46 C ATOM 2797 O SER 169 144.933 178.479 162.560 1.00 75.46 O ATOM 2798 OG SER 169 148.699 179.521 161.163 1.00 75.46 O ATOM 2800 N GLY 170 143.926 179.200 160.700 1.00 73.63 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 140.805 190.325 161.149 1.00 92.40 C ATOM 2903 C GLN 177 141.460 189.727 159.902 1.00 92.40 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.650 191.276 160.807 1.00 92.40 C ATOM 2907 O GLN 177 142.420 190.261 159.350 1.00 92.40 O ATOM 2908 CG GLN 177 140.072 192.527 160.019 1.00 92.40 C ATOM 2911 CD GLN 177 138.897 193.422 159.653 1.00 92.40 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 139.149 194.543 159.018 1.00 92.40 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.739 193.117 159.893 1.00 92.40 O ATOM 2916 N LEU 178 140.934 188.598 159.427 1.00 89.55 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.413 187.988 158.189 1.00 89.55 C ATOM 2920 C LEU 178 140.780 188.680 156.980 1.00 89.55 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.115 186.480 158.196 1.00 89.55 C ATOM 2924 O LEU 178 139.571 188.564 156.749 1.00 89.55 O ATOM 2925 CG LEU 178 141.622 185.750 156.935 1.00 89.55 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.146 185.703 156.889 1.00 89.55 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.106 184.311 156.935 1.00 89.55 C ATOM 2935 N ASN 179 141.608 189.282 156.138 1.00 86.17 N ATOM 2937 CA ASN 179 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