####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS465_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS465_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 58 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 52 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 66 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 60 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 61 109 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 89 125 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 21 40 114 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 51 122 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 16 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 52 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 71 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 62 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 62 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 68 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 72 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 42 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 38 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 43 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 19 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 88 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 3 54 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 22 92 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 21 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 68 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 91 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 80 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 74 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.81 81.48 93.33 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.51 0.71 0.78 0.86 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.10 1.02 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.765 0 0.036 0.036 0.786 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.775 0 0.066 0.169 1.797 81.818 74.747 1.797 LGA W 167 W 167 0.301 0 0.143 0.127 0.730 90.909 96.104 0.157 LGA I 168 I 168 1.044 0 0.156 1.550 3.678 82.273 63.409 1.851 LGA S 169 S 169 0.495 0 0.158 0.191 1.325 82.273 85.152 0.609 LGA G 170 G 170 0.600 0 0.036 0.036 0.600 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.705 0 0.101 1.395 5.950 81.818 52.727 3.378 LGA A 172 A 172 0.715 0 0.015 0.033 0.742 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.561 0 0.000 0.026 0.643 81.818 81.818 0.643 LGA Y 174 Y 174 0.523 0 0.000 0.182 1.134 81.818 85.000 1.134 LGA G 175 G 175 0.644 0 0.060 0.060 0.644 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.780 0 0.054 0.133 0.954 81.818 87.879 0.304 LGA Q 177 Q 177 1.297 0 0.050 0.326 1.791 69.545 65.657 1.307 LGA L 178 L 178 0.979 0 0.130 0.235 1.497 69.545 69.545 1.497 LGA N 179 N 179 1.510 0 0.180 0.707 5.131 61.818 36.364 5.131 LGA K 180 K 180 3.162 0 0.273 0.946 12.546 29.545 13.131 12.546 LGA K 181 K 181 2.298 0 0.464 0.953 11.122 55.000 25.051 11.122 LGA T 182 T 182 0.988 0 0.000 1.115 3.304 82.273 68.571 3.304 LGA S 183 S 183 0.833 0 0.123 0.109 1.200 82.273 76.667 1.200 LGA K 184 K 184 0.629 0 0.069 0.892 3.145 81.818 74.949 3.145 LGA L 185 L 185 0.531 0 0.070 0.077 0.748 81.818 90.909 0.054 LGA D 186 D 186 0.579 0 0.046 0.185 0.950 81.818 86.364 0.440 LGA P 187 P 187 0.755 0 0.030 0.080 1.593 70.000 75.065 0.708 LGA V 188 V 188 1.178 0 0.003 0.014 1.421 65.455 65.455 1.421 LGA E 189 E 189 1.152 0 0.031 0.257 1.494 65.455 65.455 1.494 LGA D 190 D 190 1.087 0 0.026 0.048 1.609 73.636 67.727 1.609 LGA E 191 E 191 0.850 0 0.000 0.057 1.312 81.818 74.545 1.312 LGA A 192 A 192 0.437 0 0.027 0.020 0.565 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.484 0 0.048 0.130 0.956 100.000 89.899 0.956 LGA V 194 V 194 0.316 0 0.004 0.047 0.434 100.000 100.000 0.411 LGA V 195 V 195 0.187 0 0.000 0.002 0.390 100.000 100.000 0.178 LGA Q 196 Q 196 0.235 0 0.022 0.218 1.213 100.000 90.303 1.128 LGA L 197 L 197 0.233 0 0.000 0.054 0.281 100.000 100.000 0.281 LGA I 198 I 198 0.140 0 0.049 0.080 0.280 100.000 100.000 0.273 LGA F 199 F 199 0.219 0 0.005 0.054 0.329 100.000 100.000 0.171 LGA N 200 N 200 0.315 0 0.000 0.631 1.421 100.000 91.364 1.260 LGA I 201 I 201 0.262 0 0.039 0.047 0.436 100.000 100.000 0.196 LGA F 202 F 202 0.212 0 0.011 0.031 0.418 100.000 100.000 0.418 LGA L 203 L 203 0.313 0 0.020 0.090 0.863 100.000 93.182 0.653 LGA N 204 N 204 0.147 0 0.045 0.096 1.018 100.000 91.136 0.802 LGA G 205 G 205 0.151 0 0.040 0.040 0.327 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.559 0 0.056 0.777 3.310 95.455 78.636 0.623 LGA N 207 N 207 0.682 0 0.059 0.198 0.796 81.818 81.818 0.796 LGA G 208 G 208 0.921 0 0.111 0.111 1.249 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.918 0 0.066 0.351 3.296 81.818 61.616 3.296 LGA D 210 D 210 0.886 0 0.084 0.370 1.135 81.818 82.045 1.135 LGA Y 211 Y 211 1.598 0 0.140 0.679 2.257 58.182 54.697 1.845 LGA S 212 S 212 2.175 0 0.631 0.797 6.040 39.545 28.182 6.040 LGA Y 213 Y 213 2.996 0 0.198 1.119 14.227 41.818 14.091 14.227 LGA A 215 A 215 0.926 0 0.217 0.237 1.851 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.318 0 0.000 0.178 0.441 100.000 100.000 0.387 LGA A 217 A 217 0.271 0 0.069 0.080 0.308 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.287 0 0.041 0.152 1.081 100.000 94.242 1.081 LGA H 219 H 219 0.307 0 0.000 0.101 0.719 100.000 94.545 0.719 LGA L 220 L 220 0.244 0 0.000 0.117 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA T 221 T 221 0.183 0 0.004 0.025 0.404 100.000 100.000 0.106 LGA N 222 N 222 0.436 0 0.056 0.049 0.775 90.909 95.455 0.357 LGA L 223 L 223 0.644 0 0.033 0.066 0.958 81.818 81.818 0.840 LGA Q 224 Q 224 0.441 0 0.059 0.200 1.094 95.455 88.081 1.094 LGA I 225 I 225 0.391 0 0.044 0.064 0.537 100.000 97.727 0.374 LGA P 226 P 226 0.367 0 0.036 0.071 0.617 100.000 94.805 0.617 LGA T 227 T 227 0.468 0 0.037 0.155 0.696 100.000 97.403 0.696 LGA P 228 P 228 0.455 0 0.189 0.197 0.596 95.455 97.403 0.372 LGA S 229 S 229 0.752 0 0.123 0.111 0.920 81.818 81.818 0.578 LGA G 230 G 230 0.920 0 0.037 0.037 0.966 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.597 0 0.083 0.509 1.154 81.818 78.182 1.154 LGA K 232 K 232 0.508 0 0.085 0.256 1.593 90.909 80.606 1.593 LGA R 233 R 233 0.532 0 0.018 1.115 6.107 86.364 48.926 3.406 LGA W 234 W 234 0.250 0 0.028 0.147 0.601 100.000 96.104 0.601 LGA N 235 N 235 0.452 0 0.000 0.638 2.382 100.000 83.409 2.382 LGA Q 236 Q 236 0.524 0 0.016 0.909 3.381 90.909 67.273 3.381 LGA Y 237 Y 237 0.625 0 0.084 0.175 0.971 81.818 81.818 0.816 LGA T 238 T 238 0.408 0 0.000 0.050 0.488 100.000 100.000 0.416 LGA I 239 I 239 0.359 0 0.008 0.078 0.398 100.000 100.000 0.317 LGA K 240 K 240 0.656 0 0.000 0.186 2.585 86.364 67.677 2.585 LGA A 241 A 241 0.645 0 0.099 0.109 0.895 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.203 0 0.040 0.054 0.274 100.000 100.000 0.266 LGA L 243 L 243 0.199 0 0.000 0.051 0.313 100.000 100.000 0.247 LGA Q 244 Q 244 0.382 0 0.098 0.970 2.390 90.909 83.636 1.892 LGA N 245 N 245 0.423 0 0.031 0.167 0.656 95.455 95.455 0.656 LGA E 246 E 246 0.317 0 0.026 0.509 1.314 100.000 92.121 1.314 LGA V 247 V 247 0.260 0 0.000 0.905 2.133 100.000 82.338 2.133 LGA Y 248 Y 248 0.343 0 0.035 0.128 1.156 100.000 91.061 1.156 LGA I 249 I 249 0.353 0 0.013 0.047 0.597 100.000 95.455 0.555 LGA G 250 G 250 0.226 0 0.047 0.047 0.379 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.361 0 0.040 0.057 0.457 100.000 100.000 0.350 LGA V 252 V 252 0.405 0 0.055 0.128 0.860 95.455 89.610 0.860 LGA K 253 K 253 0.364 0 0.086 0.148 0.679 95.455 95.960 0.319 LGA Y 254 Y 254 0.795 0 0.061 0.207 2.376 81.818 65.000 2.376 LGA K 255 K 255 0.903 0 0.073 0.157 1.483 73.636 72.727 1.036 LGA V 256 V 256 0.968 0 0.056 0.085 1.035 81.818 79.481 0.991 LGA R 257 R 257 0.565 0 0.097 1.130 4.752 77.727 59.669 4.125 LGA E 258 E 258 0.752 0 0.025 0.890 4.212 81.818 56.364 4.212 LGA K 259 K 259 0.867 0 0.061 0.625 2.324 73.636 64.848 2.084 LGA T 260 T 260 1.638 0 0.007 0.123 2.189 54.545 51.169 2.189 LGA K 261 K 261 2.411 0 0.042 0.390 4.456 32.727 25.253 4.456 LGA D 262 D 262 2.667 0 0.030 0.958 2.973 32.727 31.364 2.613 LGA G 263 G 263 1.586 0 0.033 0.033 1.806 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.449 0 0.069 0.473 4.169 61.818 49.293 4.169 LGA R 265 R 265 1.133 0 0.124 0.946 3.923 61.818 53.554 3.923 LGA T 266 T 266 1.326 0 0.055 0.116 1.469 65.455 65.455 1.079 LGA I 267 I 267 1.209 0 0.039 0.096 1.937 65.455 60.000 1.937 LGA R 268 R 268 1.042 0 0.022 0.966 2.655 65.455 65.455 2.655 LGA P 269 P 269 1.499 0 0.017 0.046 1.652 65.455 61.299 1.648 LGA E 270 E 270 1.328 0 0.031 0.312 2.117 65.455 59.192 1.752 LGA K 271 K 271 1.443 0 0.078 0.762 2.749 65.455 58.990 2.749 LGA E 272 E 272 1.181 0 0.094 0.161 1.980 65.455 60.606 1.980 LGA Q 273 Q 273 1.068 0 0.055 0.134 1.316 65.455 65.455 1.091 LGA I 274 I 274 0.775 0 0.040 0.128 1.335 81.818 79.773 1.335 LGA V 275 V 275 0.435 0 0.000 0.037 0.571 100.000 97.403 0.493 LGA V 276 V 276 0.368 0 0.072 0.068 0.529 95.455 94.805 0.458 LGA Q 277 Q 277 0.271 0 0.047 0.635 3.366 100.000 75.960 3.366 LGA D 278 D 278 0.174 0 0.063 0.168 0.941 100.000 97.727 0.941 LGA A 279 A 279 0.225 0 0.023 0.028 0.346 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.204 0 0.020 0.128 0.400 100.000 100.000 0.143 LGA A 281 A 281 0.383 0 0.000 0.000 0.574 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.218 0 0.041 0.050 0.504 100.000 97.403 0.504 LGA I 283 I 283 0.267 0 0.012 0.047 0.531 100.000 97.727 0.415 LGA I 284 I 284 0.182 0 0.013 0.082 0.412 100.000 100.000 0.196 LGA D 285 D 285 0.728 0 0.088 1.001 3.760 86.364 65.455 1.557 LGA K 286 K 286 0.810 0 0.030 0.268 1.109 81.818 80.000 0.782 LGA E 287 E 287 0.886 0 0.030 0.343 2.240 81.818 70.101 1.710 LGA Q 288 Q 288 0.570 0 0.000 0.351 1.850 81.818 74.747 1.315 LGA F 289 F 289 0.588 0 0.022 0.130 0.876 81.818 81.818 0.794 LGA Q 290 Q 290 0.906 0 0.033 1.238 2.947 81.818 61.010 2.947 LGA Q 291 Q 291 0.711 0 0.035 0.094 0.795 81.818 81.818 0.760 LGA S 292 S 292 0.527 0 0.042 0.680 2.552 81.818 75.758 2.552 LGA Q 293 Q 293 0.816 0 0.000 0.222 1.231 77.727 74.545 1.231 LGA V 294 V 294 1.001 0 0.036 0.052 1.193 77.727 72.468 1.148 LGA K 295 K 295 0.523 0 0.073 0.157 0.933 81.818 91.919 0.196 LGA I 296 I 296 0.789 0 0.067 0.098 1.189 73.636 75.682 0.576 LGA A 297 A 297 1.312 0 0.117 0.129 1.876 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.705 0 0.596 0.553 2.252 70.909 74.318 1.211 LGA K 299 K 299 1.980 0 0.047 0.155 4.866 50.909 31.919 4.866 LGA V 300 V 300 1.276 0 0.099 0.101 2.090 61.818 57.403 1.307 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.932 0.901 1.712 83.633 78.379 64.232 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.444 97.684 13.084 LGA_LOCAL RMSD: 0.932 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.932 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.932 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.699416 * X + 0.277007 * Y + 0.658851 * Z + 152.283920 Y_new = -0.707491 * X + 0.137599 * Y + 0.693198 * Z + 150.188141 Z_new = 0.101363 * X + -0.950965 * Y + 0.292219 * Z + 141.761963 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.791138 -0.101538 -1.272668 [DEG: -45.3288 -5.8177 -72.9185 ] ZXZ: 2.381593 1.274250 3.035404 [DEG: 136.4552 73.0091 173.9158 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS465_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS465_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.684 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS465_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.596 184.868 153.051 1.00 84.32 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.074 185.547 154.241 1.00 84.32 C ATOM 2722 C GLY 165 151.546 185.508 154.373 1.00 84.32 C ATOM 2723 O GLY 165 150.989 186.234 155.192 1.00 84.32 O ATOM 2724 N LYS 166 150.842 184.675 153.592 1.00 85.74 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.386 184.502 153.721 1.00 85.74 C ATOM 2728 C LYS 166 149.069 183.744 155.019 1.00 85.74 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.782 183.811 152.479 1.00 85.74 C ATOM 2732 O LYS 166 149.684 182.716 155.327 1.00 85.74 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.895 184.616 151.164 1.00 85.74 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.241 183.896 149.957 1.00 85.74 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.326 184.730 148.658 1.00 85.74 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.666 184.115 147.458 1.00 85.74 N ATOM 2746 N TRP 167 148.069 184.201 155.766 1.00 88.74 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.630 183.556 156.998 1.00 88.74 C ATOM 2750 C TRP 167 146.759 182.336 156.703 1.00 88.74 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.919 184.541 157.920 1.00 88.74 C ATOM 2754 O TRP 167 145.589 182.423 156.335 1.00 88.74 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.565 183.949 159.252 1.00 88.74 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.358 183.469 159.635 1.00 88.74 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.447 183.765 160.397 1.00 88.74 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.695 183.185 161.460 1.00 88.74 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.807 184.047 160.644 1.00 88.74 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.430 183.023 160.943 1.00 88.74 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.614 183.210 162.931 1.00 88.74 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.258 182.909 162.713 1.00 88.74 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.385 183.773 161.898 1.00 88.74 C ATOM 2770 N ILE 168 147.353 181.163 156.896 1.00 78.31 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.714 179.859 156.668 1.00 78.31 C ATOM 2774 C ILE 168 146.590 179.014 157.944 1.00 78.31 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.458 179.106 155.552 1.00 78.31 C ATOM 2777 O ILE 168 146.190 177.848 157.884 1.00 78.31 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.966 179.012 155.869 1.00 78.31 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.198 179.763 154.187 1.00 78.31 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.616 177.883 155.083 1.00 78.31 C ATOM 2789 N SER 169 146.941 179.579 159.100 1.00 74.80 N ATOM 2791 CA SER 169 147.050 178.876 160.388 1.00 74.80 C ATOM 2793 C SER 169 145.729 178.772 161.167 1.00 74.80 C ATOM 2794 CB SER 169 148.173 179.493 161.230 1.00 74.80 C ATOM 2797 O SER 169 145.740 178.461 162.355 1.00 74.80 O ATOM 2798 OG SER 169 149.422 179.265 160.597 1.00 74.80 O ATOM 2800 N GLY 170 144.582 178.960 160.507 1.00 72.05 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 140.994 190.168 160.934 1.00 92.22 C ATOM 2903 C GLN 177 141.693 189.644 159.679 1.00 92.22 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.800 191.074 160.612 1.00 92.22 C ATOM 2907 O GLN 177 142.676 190.204 159.201 1.00 92.22 O ATOM 2908 CG GLN 177 140.172 192.359 159.854 1.00 92.22 C ATOM 2911 CD GLN 177 138.951 193.178 159.458 1.00 92.22 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 139.137 194.255 158.730 1.00 92.22 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.811 192.851 159.751 1.00 92.22 O ATOM 2916 N LEU 178 141.185 188.548 159.118 1.00 91.12 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.713 188.009 157.869 1.00 91.12 C ATOM 2920 C LEU 178 141.105 188.751 156.676 1.00 91.12 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.443 186.499 157.799 1.00 91.12 C ATOM 2924 O LEU 178 139.905 188.634 156.409 1.00 91.12 O ATOM 2925 CG LEU 178 142.068 185.830 156.559 1.00 91.12 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.588 185.774 156.665 1.00 91.12 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.557 184.394 156.438 1.00 91.12 C ATOM 2935 N ASN 179 141.948 189.416 155.893 1.00 87.59 N ATOM 2937 CA ASN 179 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