####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS462_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS462_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 74 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 52 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 62 123 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 64 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 108 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 49 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 89 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 74 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 71 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 66 114 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 63 114 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 112 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 112 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 88 123 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 19 31 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 28 121 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 41 114 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 84 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 20 100 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 33 78 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 115 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 85.19 91.85 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.43 0.56 0.69 0.72 0.76 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.91 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.479 0 0.030 0.030 0.479 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.356 0 0.007 0.143 1.033 100.000 92.121 1.033 LGA W 167 W 167 0.243 0 0.214 0.230 0.626 95.455 98.701 0.317 LGA I 168 I 168 0.753 0 0.046 0.817 1.977 81.818 70.000 1.590 LGA S 169 S 169 1.493 0 0.439 0.759 2.228 69.545 59.091 2.228 LGA G 170 G 170 1.848 0 0.090 0.090 1.848 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.874 0 0.073 1.408 5.745 77.727 51.591 3.024 LGA A 172 A 172 0.445 0 0.018 0.026 0.633 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.260 0 0.000 0.100 0.305 100.000 100.000 0.216 LGA Y 174 Y 174 0.409 0 0.033 0.226 1.395 100.000 86.667 1.395 LGA G 175 G 175 0.325 0 0.062 0.062 0.344 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.346 0 0.000 0.158 0.550 100.000 96.970 0.332 LGA Q 177 Q 177 0.504 0 0.057 0.305 1.288 90.909 86.061 0.670 LGA L 178 L 178 0.320 0 0.132 0.211 1.660 90.909 82.500 1.660 LGA N 179 N 179 1.299 0 0.175 0.628 4.780 62.273 37.500 4.780 LGA K 180 K 180 3.961 0 0.284 0.963 13.566 20.455 9.091 13.566 LGA K 181 K 181 1.840 0 0.438 0.951 10.249 65.909 30.707 10.249 LGA T 182 T 182 0.896 0 0.000 1.112 3.461 77.727 65.974 3.461 LGA S 183 S 183 0.686 0 0.112 0.099 1.000 86.364 82.121 0.871 LGA K 184 K 184 0.788 0 0.073 0.885 2.878 81.818 72.121 2.878 LGA L 185 L 185 0.299 0 0.071 0.081 0.584 95.455 97.727 0.398 LGA D 186 D 186 0.170 0 0.023 0.130 0.725 100.000 97.727 0.260 LGA P 187 P 187 0.469 0 0.024 0.368 1.159 86.818 87.273 0.735 LGA V 188 V 188 0.694 0 0.000 0.023 0.772 81.818 81.818 0.772 LGA E 189 E 189 0.662 0 0.029 0.223 0.798 81.818 81.818 0.662 LGA D 190 D 190 0.579 0 0.033 0.043 0.867 86.364 84.091 0.867 LGA E 191 E 191 0.419 0 0.000 0.012 0.686 95.455 89.899 0.686 LGA A 192 A 192 0.279 0 0.033 0.028 0.339 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.281 0 0.047 0.093 0.518 100.000 95.960 0.469 LGA V 194 V 194 0.265 0 0.000 0.040 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA V 195 V 195 0.154 0 0.000 0.011 0.267 100.000 100.000 0.155 LGA Q 196 Q 196 0.124 0 0.017 0.248 1.191 100.000 90.303 1.033 LGA L 197 L 197 0.253 0 0.000 0.062 0.404 100.000 100.000 0.404 LGA I 198 I 198 0.226 0 0.040 0.069 0.396 100.000 100.000 0.349 LGA F 199 F 199 0.210 0 0.015 0.043 0.262 100.000 100.000 0.147 LGA N 200 N 200 0.240 0 0.026 0.716 2.395 100.000 87.727 2.395 LGA I 201 I 201 0.161 0 0.027 0.047 0.242 100.000 100.000 0.145 LGA F 202 F 202 0.191 0 0.000 0.028 0.273 100.000 100.000 0.273 LGA L 203 L 203 0.305 0 0.018 0.059 0.675 100.000 95.455 0.592 LGA N 204 N 204 0.275 0 0.011 0.104 1.113 100.000 88.864 0.784 LGA G 205 G 205 0.518 0 0.039 0.039 0.598 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.646 0 0.025 0.200 1.002 77.727 86.591 0.215 LGA N 207 N 207 1.195 0 0.041 0.229 2.142 69.545 62.273 1.458 LGA G 208 G 208 1.283 0 0.107 0.107 1.633 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.446 0 0.047 0.501 1.768 65.455 73.333 0.988 LGA D 210 D 210 1.346 0 0.083 0.702 1.513 65.455 65.682 1.513 LGA Y 211 Y 211 1.868 0 0.118 0.577 2.063 54.545 51.061 1.736 LGA S 212 S 212 2.326 0 0.642 0.784 5.899 36.364 26.061 5.899 LGA Y 213 Y 213 3.030 0 0.151 1.082 14.612 39.545 13.333 14.612 LGA A 215 A 215 1.038 0 0.198 0.215 2.028 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.356 0 0.000 0.150 0.444 100.000 100.000 0.444 LGA A 217 A 217 0.253 0 0.059 0.072 0.331 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.503 0 0.000 0.139 1.369 95.455 88.182 1.369 LGA H 219 H 219 0.310 0 0.000 0.086 0.767 100.000 94.545 0.767 LGA L 220 L 220 0.285 0 0.000 0.079 0.441 100.000 100.000 0.441 LGA T 221 T 221 0.271 0 0.000 0.028 0.422 100.000 100.000 0.201 LGA N 222 N 222 0.424 0 0.037 0.059 0.636 90.909 93.182 0.516 LGA L 223 L 223 0.596 0 0.050 0.068 0.869 86.364 84.091 0.711 LGA Q 224 Q 224 0.609 0 0.061 0.771 2.832 86.364 74.141 2.832 LGA I 225 I 225 0.522 0 0.053 0.101 0.542 86.364 88.636 0.222 LGA P 226 P 226 0.485 0 0.041 0.071 0.735 90.909 87.013 0.735 LGA T 227 T 227 0.361 0 0.034 0.078 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA P 228 P 228 0.522 0 0.082 0.090 0.522 90.909 92.208 0.444 LGA S 229 S 229 0.591 0 0.149 0.154 0.731 81.818 87.879 0.341 LGA G 230 G 230 0.724 0 0.026 0.026 1.044 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.308 0 0.044 0.423 1.054 100.000 90.303 1.050 LGA K 232 K 232 0.352 0 0.106 0.253 0.765 95.455 95.960 0.679 LGA R 233 R 233 0.198 0 0.026 0.979 4.198 100.000 55.537 3.206 LGA W 234 W 234 0.315 0 0.054 0.137 0.551 100.000 96.104 0.526 LGA N 235 N 235 0.533 0 0.012 0.600 2.317 90.909 78.864 2.317 LGA Q 236 Q 236 0.562 0 0.000 0.930 3.723 86.364 66.263 3.723 LGA Y 237 Y 237 0.534 0 0.066 0.162 0.769 86.364 86.364 0.666 LGA T 238 T 238 0.367 0 0.000 0.036 0.397 100.000 100.000 0.383 LGA I 239 I 239 0.259 0 0.038 0.118 0.341 100.000 100.000 0.341 LGA K 240 K 240 0.535 0 0.028 0.239 3.161 95.455 69.495 3.161 LGA A 241 A 241 0.359 0 0.073 0.076 0.453 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.027 0 0.037 0.063 0.146 100.000 100.000 0.123 LGA L 243 L 243 0.183 0 0.044 0.063 0.509 95.455 97.727 0.244 LGA Q 244 Q 244 0.090 0 0.036 0.271 1.057 100.000 94.141 0.645 LGA N 245 N 245 0.116 0 0.021 0.094 0.443 100.000 100.000 0.443 LGA E 246 E 246 0.155 0 0.025 0.487 1.544 100.000 90.505 0.948 LGA V 247 V 247 0.183 0 0.000 0.033 0.304 100.000 100.000 0.258 LGA Y 248 Y 248 0.239 0 0.032 0.118 1.081 100.000 91.061 1.081 LGA I 249 I 249 0.143 0 0.021 0.028 0.250 100.000 100.000 0.142 LGA G 250 G 250 0.170 0 0.044 0.044 0.170 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.109 0 0.034 0.043 0.255 100.000 100.000 0.088 LGA V 252 V 252 0.293 0 0.040 0.107 0.634 100.000 97.403 0.634 LGA K 253 K 253 0.534 0 0.062 0.135 0.787 90.909 85.859 0.686 LGA Y 254 Y 254 0.662 0 0.024 0.232 2.391 86.364 66.515 2.391 LGA K 255 K 255 0.687 0 0.000 0.172 1.406 81.818 80.000 1.406 LGA V 256 V 256 0.747 0 0.066 0.069 0.756 81.818 81.818 0.686 LGA R 257 R 257 0.845 0 0.090 1.057 5.280 77.727 55.868 3.215 LGA E 258 E 258 0.962 0 0.060 0.284 1.918 73.636 64.242 1.918 LGA K 259 K 259 1.285 0 0.032 0.280 1.615 65.455 65.657 1.131 LGA T 260 T 260 1.220 0 0.022 0.098 1.619 61.818 63.377 1.115 LGA K 261 K 261 1.917 0 0.014 0.468 3.844 47.727 39.596 3.844 LGA D 262 D 262 1.704 0 0.030 0.693 2.690 54.545 45.227 2.657 LGA G 263 G 263 1.655 0 0.017 0.017 1.655 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.097 0 0.097 0.492 1.981 65.455 65.859 1.981 LGA R 265 R 265 1.097 0 0.071 0.892 3.799 73.636 59.504 3.799 LGA T 266 T 266 0.981 0 0.047 0.075 1.084 77.727 79.481 0.948 LGA I 267 I 267 0.682 0 0.022 0.063 0.951 81.818 81.818 0.951 LGA R 268 R 268 0.446 0 0.024 0.956 2.637 95.455 82.314 2.637 LGA P 269 P 269 0.221 0 0.002 0.023 0.512 100.000 97.403 0.512 LGA E 270 E 270 0.283 0 0.000 0.230 1.209 100.000 88.283 1.209 LGA K 271 K 271 0.560 0 0.054 0.721 4.759 86.364 55.152 4.759 LGA E 272 E 272 0.456 0 0.044 0.105 1.285 100.000 84.444 1.285 LGA Q 273 Q 273 0.241 0 0.030 0.082 0.285 100.000 100.000 0.241 LGA I 274 I 274 0.257 0 0.032 0.099 0.808 100.000 97.727 0.808 LGA V 275 V 275 0.245 0 0.024 0.049 0.598 95.455 97.403 0.410 LGA V 276 V 276 0.197 0 0.053 0.067 0.523 100.000 97.403 0.321 LGA Q 277 Q 277 0.098 0 0.041 0.577 2.767 100.000 79.596 2.767 LGA D 278 D 278 0.084 0 0.036 0.223 0.663 100.000 97.727 0.663 LGA A 279 A 279 0.164 0 0.000 0.021 0.222 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.218 0 0.018 0.217 0.578 100.000 98.182 0.451 LGA A 281 A 281 0.286 0 0.015 0.016 0.365 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.148 0 0.045 0.056 0.228 100.000 100.000 0.228 LGA I 283 I 283 0.332 0 0.050 0.062 0.602 95.455 95.455 0.417 LGA I 284 I 284 0.250 0 0.022 0.083 0.296 100.000 100.000 0.269 LGA D 285 D 285 0.506 0 0.068 0.902 3.404 95.455 76.591 1.432 LGA K 286 K 286 0.346 0 0.000 0.246 1.189 100.000 90.101 1.189 LGA E 287 E 287 0.384 0 0.019 0.287 1.805 100.000 88.687 0.983 LGA Q 288 Q 288 0.275 0 0.032 0.489 1.336 100.000 86.465 1.336 LGA F 289 F 289 0.037 0 0.032 0.120 0.405 100.000 100.000 0.338 LGA Q 290 Q 290 0.246 0 0.032 0.955 3.467 100.000 78.586 3.467 LGA Q 291 Q 291 0.161 0 0.039 0.136 0.552 100.000 97.980 0.552 LGA S 292 S 292 0.110 0 0.054 0.690 2.277 100.000 89.697 2.277 LGA Q 293 Q 293 0.337 0 0.000 0.231 0.733 95.455 93.939 0.733 LGA V 294 V 294 0.471 0 0.038 0.057 0.575 100.000 94.805 0.575 LGA K 295 K 295 0.271 0 0.086 0.195 0.857 95.455 97.980 0.379 LGA I 296 I 296 0.528 0 0.017 0.067 0.872 86.364 90.909 0.456 LGA A 297 A 297 0.901 0 0.093 0.107 1.433 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.523 0 0.000 0.215 1.193 77.727 86.591 0.881 LGA K 299 K 299 1.849 0 0.384 0.321 12.648 66.818 30.303 12.648 LGA V 300 V 300 3.767 0 0.067 0.064 7.262 17.727 10.130 7.262 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.891 0.834 1.756 88.286 82.841 69.565 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.556 97.778 13.625 LGA_LOCAL RMSD: 0.891 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.891 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.891 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.701148 * X + 0.611365 * Y + 0.366911 * Z + 159.985733 Y_new = -0.214948 * X + -0.309414 * Y + 0.926316 * Z + 155.977722 Z_new = 0.679845 * X + -0.728351 * Y + -0.085533 * Z + 140.443085 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.297469 -0.747551 -1.687695 [DEG: -17.0437 -42.8315 -96.6978 ] ZXZ: 2.764456 1.656434 2.390627 [DEG: 158.3916 94.9067 136.9728 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS462_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS462_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.778 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS462_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.952 185.087 153.326 1.00 87.44 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.373 185.814 154.466 1.00 87.55 C ATOM 1347 C GLY 165 151.852 185.709 154.586 1.00 88.85 C ATOM 1348 O GLY 165 151.233 186.501 155.298 1.00 86.47 O ATOM 1349 N LYS 166 151.222 184.742 153.908 1.00 88.97 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.780 184.488 154.014 1.00 88.81 C ATOM 1351 C LYS 166 149.465 183.706 155.293 1.00 89.67 C ATOM 1352 O LYS 166 150.230 182.841 155.716 1.00 88.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.252 183.765 152.759 1.00 87.03 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.423 184.581 151.458 1.00 83.72 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.837 183.857 150.237 1.00 80.32 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.003 184.702 148.967 1.00 75.34 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.403 184.079 147.760 1.00 68.73 N ATOM 1358 N TRP 167 148.303 183.984 155.891 1.00 89.03 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.810 183.248 157.058 1.00 89.73 C ATOM 1360 C TRP 167 147.003 182.028 156.613 1.00 89.16 C ATOM 1361 O TRP 167 145.969 182.161 155.969 1.00 86.49 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.983 184.172 157.939 1.00 89.02 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.630 183.559 159.251 1.00 89.21 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.507 182.871 159.537 1.00 86.78 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.452 183.534 160.462 1.00 87.98 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.568 182.422 160.854 1.00 86.41 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.745 182.802 161.450 1.00 87.38 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.716 184.054 160.803 1.00 87.53 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.282 182.586 162.738 1.00 87.30 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GLY 170 143.142 178.308 162.262 1.00 79.91 C ATOM 1388 C GLY 170 142.501 179.699 162.311 1.00 82.55 C ATOM 1389 O GLY 170 142.309 180.370 161.305 1.00 79.31 O ATOM 1390 N LEU 171 142.144 180.102 163.537 1.00 83.79 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.633 181.439 163.834 1.00 83.85 C ATOM 1392 C LEU 171 142.769 182.462 163.739 1.00 85.04 C ATOM 1393 O LEU 171 143.899 182.180 164.142 1.00 83.12 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.006 181.445 165.237 1.00 81.12 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.680 180.662 165.320 1.00 77.13 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.385 180.263 166.758 1.00 70.51 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.499 181.498 164.809 1.00 69.24 C ATOM 1398 N ALA 172 142.437 183.648 163.247 1.00 87.04 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.356 184.777 163.291 1.00 87.30 C ATOM 1400 C ALA 172 143.738 185.108 164.752 1.00 88.36 C ATOM 1401 O ALA 172 142.917 184.913 165.655 1.00 86.60 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.705 185.968 162.583 1.00 85.21 C ATOM 1403 N PRO 173 144.953 185.595 165.010 1.00 89.45 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.346 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