####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS462_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS462_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 88 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 89 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 71 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 9 105 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 92 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 57 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 88 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 108 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 26 48 68 119 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 105 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 62 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 57 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 57 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 89 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 89 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 71 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 88 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 77 126 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 3 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 90 118 127 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 66.67 87.41 94.07 97.78 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.45 0.58 0.67 0.67 0.72 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.585 0 0.032 0.032 0.613 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.491 0 0.028 0.155 1.115 95.455 86.061 1.115 LGA W 167 W 167 0.309 0 0.219 0.230 0.590 95.455 98.701 0.324 LGA I 168 I 168 0.844 0 0.053 0.802 1.919 81.818 71.818 1.284 LGA S 169 S 169 1.333 0 0.567 0.592 2.827 55.909 54.242 1.703 LGA G 170 G 170 1.673 0 0.057 0.057 1.892 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.990 0 0.043 1.388 5.803 73.636 49.545 3.123 LGA A 172 A 172 0.474 0 0.000 0.020 0.681 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.168 0 0.000 0.234 0.677 100.000 97.403 0.677 LGA Y 174 Y 174 0.437 0 0.022 0.232 1.486 100.000 85.303 1.486 LGA G 175 G 175 0.324 0 0.060 0.060 0.353 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.347 0 0.000 0.173 0.579 100.000 96.970 0.351 LGA Q 177 Q 177 0.499 0 0.055 0.268 1.218 95.455 88.081 0.568 LGA L 178 L 178 0.320 0 0.134 0.193 1.698 90.909 82.500 1.698 LGA N 179 N 179 1.285 0 0.177 0.633 4.831 59.091 35.909 4.831 LGA K 180 K 180 4.290 0 0.287 0.963 13.860 13.182 5.859 13.860 LGA K 181 K 181 1.505 0 0.447 0.955 9.895 70.000 33.737 9.895 LGA T 182 T 182 0.786 0 0.006 1.116 3.394 77.727 68.052 3.394 LGA S 183 S 183 0.832 0 0.120 0.106 1.180 86.364 79.394 1.109 LGA K 184 K 184 0.877 0 0.071 0.873 2.603 77.727 70.303 2.603 LGA L 185 L 185 0.272 0 0.074 0.080 0.509 95.455 97.727 0.401 LGA D 186 D 186 0.147 0 0.036 0.142 0.884 100.000 95.455 0.474 LGA P 187 P 187 0.469 0 0.034 0.371 1.147 86.818 87.273 0.754 LGA V 188 V 188 0.695 0 0.000 0.021 0.791 81.818 81.818 0.791 LGA E 189 E 189 0.697 0 0.027 0.209 0.730 81.818 81.818 0.714 LGA D 190 D 190 0.660 0 0.030 0.046 1.036 86.364 82.045 1.036 LGA E 191 E 191 0.453 0 0.009 0.008 0.718 95.455 87.879 0.718 LGA A 192 A 192 0.308 0 0.028 0.021 0.371 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.306 0 0.049 0.103 0.543 100.000 95.960 0.500 LGA V 194 V 194 0.264 0 0.000 0.039 0.377 100.000 100.000 0.377 LGA V 195 V 195 0.134 0 0.000 0.004 0.312 100.000 100.000 0.161 LGA Q 196 Q 196 0.191 0 0.018 0.249 1.233 100.000 90.303 1.062 LGA L 197 L 197 0.286 0 0.000 0.063 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA I 198 I 198 0.179 0 0.036 0.069 0.310 100.000 100.000 0.242 LGA F 199 F 199 0.214 0 0.023 0.047 0.285 100.000 100.000 0.053 LGA N 200 N 200 0.314 0 0.007 0.669 1.789 100.000 89.318 1.789 LGA I 201 I 201 0.149 0 0.026 0.044 0.234 100.000 100.000 0.025 LGA F 202 F 202 0.199 0 0.000 0.020 0.366 100.000 100.000 0.362 LGA L 203 L 203 0.397 0 0.017 0.065 0.735 100.000 93.182 0.661 LGA N 204 N 204 0.329 0 0.004 0.092 1.151 100.000 88.864 0.964 LGA G 205 G 205 0.297 0 0.032 0.032 0.359 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.399 0 0.027 0.117 0.679 90.909 93.182 0.423 LGA N 207 N 207 0.871 0 0.046 0.178 1.433 81.818 75.682 1.048 LGA G 208 G 208 1.058 0 0.094 0.094 1.621 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.242 0 0.042 0.622 1.677 65.455 67.475 1.253 LGA D 210 D 210 1.238 0 0.081 0.737 1.666 69.545 65.909 1.666 LGA Y 211 Y 211 1.696 0 0.119 0.592 2.008 54.545 53.485 1.620 LGA S 212 S 212 2.234 0 0.641 0.786 5.816 38.636 27.576 5.816 LGA Y 213 Y 213 3.065 0 0.151 1.097 14.578 39.545 13.333 14.578 LGA A 215 A 215 0.979 0 0.195 0.213 2.008 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.386 0 0.000 0.152 0.558 100.000 95.455 0.558 LGA A 217 A 217 0.270 0 0.057 0.068 0.362 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.480 0 0.000 0.136 1.328 100.000 91.212 1.328 LGA H 219 H 219 0.242 0 0.015 0.073 0.593 100.000 96.364 0.593 LGA L 220 L 220 0.193 0 0.000 0.080 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA T 221 T 221 0.149 0 0.024 0.036 0.266 100.000 100.000 0.092 LGA N 222 N 222 0.296 0 0.038 0.059 0.485 100.000 100.000 0.408 LGA L 223 L 223 0.440 0 0.042 0.068 0.718 100.000 95.455 0.559 LGA Q 224 Q 224 0.443 0 0.054 0.181 1.026 100.000 90.101 0.826 LGA I 225 I 225 0.362 0 0.051 0.098 0.406 100.000 100.000 0.159 LGA P 226 P 226 0.367 0 0.025 0.064 0.620 100.000 94.805 0.620 LGA T 227 T 227 0.324 0 0.038 0.076 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA P 228 P 228 0.528 0 0.073 0.082 0.530 90.909 92.208 0.440 LGA S 229 S 229 0.572 0 0.157 0.163 0.694 86.364 87.879 0.390 LGA G 230 G 230 0.639 0 0.040 0.040 0.952 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.250 0 0.041 0.451 1.155 100.000 92.121 1.155 LGA K 232 K 232 0.352 0 0.126 0.240 0.795 95.455 95.960 0.644 LGA R 233 R 233 0.316 0 0.037 0.971 4.252 100.000 54.380 3.824 LGA W 234 W 234 0.297 0 0.040 0.141 0.461 100.000 100.000 0.415 LGA N 235 N 235 0.525 0 0.007 0.527 2.278 90.909 78.864 2.278 LGA Q 236 Q 236 0.581 0 0.000 0.862 3.330 90.909 67.273 3.330 LGA Y 237 Y 237 0.529 0 0.057 0.165 0.811 86.364 86.364 0.738 LGA T 238 T 238 0.368 0 0.000 0.031 0.415 100.000 100.000 0.369 LGA I 239 I 239 0.290 0 0.028 0.121 0.390 100.000 100.000 0.390 LGA K 240 K 240 0.575 0 0.024 0.220 3.176 95.455 69.495 3.176 LGA A 241 A 241 0.399 0 0.074 0.078 0.504 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.029 0 0.037 0.067 0.166 100.000 100.000 0.107 LGA L 243 L 243 0.159 0 0.039 0.052 0.441 100.000 100.000 0.235 LGA Q 244 Q 244 0.078 0 0.037 0.243 0.987 100.000 95.960 0.633 LGA N 245 N 245 0.049 0 0.030 0.099 0.378 100.000 100.000 0.378 LGA E 246 E 246 0.108 0 0.031 0.470 1.510 100.000 88.687 1.018 LGA V 247 V 247 0.175 0 0.006 0.032 0.362 100.000 100.000 0.294 LGA Y 248 Y 248 0.248 0 0.032 0.114 1.067 100.000 91.061 1.067 LGA I 249 I 249 0.174 0 0.019 0.031 0.298 100.000 100.000 0.058 LGA G 250 G 250 0.221 0 0.054 0.054 0.225 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.116 0 0.038 0.044 0.305 100.000 100.000 0.043 LGA V 252 V 252 0.285 0 0.051 0.110 0.681 100.000 97.403 0.681 LGA K 253 K 253 0.530 0 0.060 0.138 0.820 95.455 87.879 0.685 LGA Y 254 Y 254 0.619 0 0.024 0.227 2.309 95.455 69.545 2.309 LGA K 255 K 255 0.558 0 0.000 0.186 1.375 90.909 84.040 1.375 LGA V 256 V 256 0.613 0 0.068 0.070 0.705 81.818 81.818 0.574 LGA R 257 R 257 0.766 0 0.091 1.061 5.451 77.727 54.215 3.381 LGA E 258 E 258 0.753 0 0.052 0.230 1.425 81.818 76.364 1.425 LGA K 259 K 259 1.009 0 0.044 0.210 1.412 77.727 70.909 1.295 LGA T 260 T 260 1.101 0 0.011 0.080 1.429 69.545 67.792 1.082 LGA K 261 K 261 1.821 0 0.022 0.221 2.187 47.727 46.667 1.924 LGA D 262 D 262 1.727 0 0.027 0.682 2.732 58.182 47.045 2.732 LGA G 263 G 263 1.459 0 0.021 0.021 1.459 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 0.902 0 0.091 0.483 1.922 81.818 74.747 1.922 LGA R 265 R 265 0.831 0 0.081 0.817 2.712 81.818 66.777 2.712 LGA T 266 T 266 0.708 0 0.050 0.070 0.798 81.818 81.818 0.638 LGA I 267 I 267 0.422 0 0.026 0.067 0.646 90.909 93.182 0.643 LGA R 268 R 268 0.214 0 0.023 0.958 2.617 100.000 88.926 2.617 LGA P 269 P 269 0.255 0 0.000 0.023 0.426 100.000 100.000 0.333 LGA E 270 E 270 0.546 0 0.000 0.228 1.006 86.364 82.020 1.006 LGA K 271 K 271 0.805 0 0.055 0.702 4.933 81.818 51.919 4.933 LGA E 272 E 272 0.517 0 0.040 0.106 1.050 90.909 84.040 1.050 LGA Q 273 Q 273 0.308 0 0.026 0.076 0.412 100.000 100.000 0.412 LGA I 274 I 274 0.281 0 0.032 0.099 0.717 100.000 97.727 0.717 LGA V 275 V 275 0.297 0 0.022 0.044 0.567 95.455 97.403 0.469 LGA V 276 V 276 0.233 0 0.059 0.066 0.543 100.000 97.403 0.357 LGA Q 277 Q 277 0.222 0 0.044 0.567 2.616 100.000 79.596 2.616 LGA D 278 D 278 0.223 0 0.034 0.248 0.643 100.000 95.455 0.605 LGA A 279 A 279 0.253 0 0.000 0.023 0.295 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.293 0 0.025 0.202 0.560 100.000 98.182 0.404 LGA A 281 A 281 0.333 0 0.032 0.026 0.393 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.230 0 0.048 0.056 0.295 100.000 100.000 0.252 LGA I 283 I 283 0.428 0 0.044 0.060 0.668 95.455 95.455 0.454 LGA I 284 I 284 0.358 0 0.000 0.080 0.361 100.000 100.000 0.361 LGA D 285 D 285 0.597 0 0.068 0.953 3.482 90.909 74.318 1.311 LGA K 286 K 286 0.414 0 0.000 0.249 1.317 100.000 90.101 1.317 LGA E 287 E 287 0.451 0 0.013 0.310 2.051 100.000 81.414 1.172 LGA Q 288 Q 288 0.360 0 0.018 0.529 1.531 100.000 81.010 1.403 LGA F 289 F 289 0.106 0 0.029 0.133 0.401 100.000 100.000 0.347 LGA Q 290 Q 290 0.301 0 0.031 0.959 1.942 100.000 81.616 1.928 LGA Q 291 Q 291 0.163 0 0.035 0.126 0.514 100.000 97.980 0.514 LGA S 292 S 292 0.086 0 0.051 0.684 2.242 100.000 89.697 2.242 LGA Q 293 Q 293 0.339 0 0.006 0.216 0.656 95.455 93.939 0.656 LGA V 294 V 294 0.507 0 0.038 0.053 0.633 95.455 89.610 0.633 LGA K 295 K 295 0.254 0 0.084 0.196 0.814 95.455 97.980 0.368 LGA I 296 I 296 0.534 0 0.029 0.069 0.903 86.364 88.636 0.459 LGA A 297 A 297 0.971 0 0.099 0.113 1.531 70.000 69.091 - LGA N 298 N 298 0.524 0 0.000 0.221 1.091 77.727 84.318 0.930 LGA K 299 K 299 1.824 0 0.354 0.303 12.785 66.818 30.303 12.785 LGA V 300 V 300 3.888 0 0.072 0.069 7.419 16.364 9.351 7.419 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.871 0.828 1.745 89.370 83.601 70.695 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 96.296 98.171 13.903 LGA_LOCAL RMSD: 0.871 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.871 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.871 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.747816 * X + -0.592389 * Y + -0.299743 * Z + 148.311981 Y_new = -0.017330 * X + 0.468747 * Y + -0.883162 * Z + 144.616440 Z_new = 0.663679 * X + -0.655249 * Y + -0.360803 * Z + 139.421036 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -3.118423 -0.725727 -2.074127 [DEG: -178.6725 -41.5811 -118.8387 ] ZXZ: -0.327198 1.939925 2.349803 [DEG: -18.7471 111.1495 134.6338 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS462_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS462_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 98.171 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS462_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.860 185.057 153.273 1.00 87.73 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.258 185.794 154.394 1.00 87.78 C ATOM 1347 C GLY 165 151.740 185.646 154.512 1.00 89.07 C ATOM 1348 O GLY 165 151.100 186.421 155.226 1.00 86.69 O ATOM 1349 N LYS 166 151.135 184.663 153.830 1.00 89.25 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.701 184.375 153.926 1.00 89.11 C ATOM 1351 C LYS 166 149.402 183.594 155.215 1.00 89.97 C ATOM 1352 O LYS 166 150.164 182.716 155.619 1.00 88.27 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.195 183.632 152.670 1.00 87.38 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.344 184.444 151.359 1.00 84.06 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.770 183.717 150.130 1.00 80.66 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.901 184.581 148.862 1.00 75.63 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.319 183.967 147.633 1.00 68.86 N ATOM 1358 N TRP 167 148.263 183.891 155.848 1.00 89.50 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.791 183.167 157.036 1.00 90.10 C ATOM 1360 C TRP 167 146.978 181.942 156.624 1.00 89.67 C ATOM 1361 O TRP 167 145.941 182.066 155.978 1.00 86.98 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.985 184.108 157.922 1.00 89.48 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.637 183.513 159.250 1.00 89.62 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.500 182.856 159.553 1.00 87.19 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.466 183.489 160.455 1.00 88.37 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.555 182.428 160.877 1.00 86.77 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.742 182.797 161.458 1.00 87.76 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.741 183.987 160.781 1.00 87.89 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.276 182.596 162.751 1.00 87.65 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GLY 170 142.812 178.379 162.003 1.00 80.30 C ATOM 1388 C GLY 170 142.401 179.832 162.273 1.00 82.99 C ATOM 1389 O GLY 170 142.492 180.692 161.406 1.00 79.66 O ATOM 1390 N LEU 171 141.933 180.099 163.499 1.00 83.65 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.529 181.448 163.903 1.00 83.78 C ATOM 1392 C LEU 171 142.707 182.425 163.803 1.00 85.03 C ATOM 1393 O LEU 171 143.823 182.105 164.222 1.00 83.13 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.969 181.415 165.336 1.00 81.06 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.599 180.723 165.451 1.00 77.12 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.291 180.399 166.905 1.00 70.42 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.471 181.606 164.905 1.00 69.09 C ATOM 1398 N ALA 172 142.425 183.615 163.290 1.00 87.00 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.371 184.719 163.325 1.00 87.44 C ATOM 1400 C ALA 172 143.745 185.056 164.786 1.00 88.48 C ATOM 1401 O ALA 172 142.907 184.901 165.681 1.00 86.72 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.754 185.917 162.597 1.00 85.39 C ATOM 1403 N PRO 173 144.973 185.504 165.054 1.00 89.65 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.361 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