####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS462_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS462_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.79 0.79 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.79 0.79 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.79 0.79 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 16 120 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 80 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 61 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 94 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 17 115 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 53 71 105 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 108 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 17 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 79 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 79 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 88 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 58 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 61 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 66 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 8 69 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 96 121 128 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 71.11 89.63 94.81 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.44 0.52 0.61 0.65 0.70 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 GDT RMS_ALL_AT 0.83 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.538 0 0.031 0.031 0.538 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.377 0 0.023 0.106 0.938 100.000 93.939 0.938 LGA W 167 W 167 0.287 0 0.185 0.187 0.450 100.000 100.000 0.450 LGA I 168 I 168 0.545 0 0.000 0.137 1.496 81.818 77.727 1.496 LGA S 169 S 169 1.130 0 0.537 0.699 3.565 66.818 54.848 3.565 LGA G 170 G 170 1.754 0 0.071 0.071 1.888 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.848 0 0.066 1.408 5.621 77.727 52.727 2.988 LGA A 172 A 172 0.445 0 0.000 0.018 0.619 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.159 0 0.019 0.092 0.326 100.000 100.000 0.326 LGA Y 174 Y 174 0.346 0 0.020 0.227 1.289 100.000 88.030 1.289 LGA G 175 G 175 0.168 0 0.067 0.067 0.241 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.230 0 0.000 0.157 0.456 100.000 100.000 0.243 LGA Q 177 Q 177 0.462 0 0.052 0.222 0.944 100.000 91.919 0.515 LGA L 178 L 178 0.282 0 0.128 0.224 1.771 90.909 82.500 1.771 LGA N 179 N 179 1.317 0 0.179 0.652 4.813 62.273 37.500 4.813 LGA K 180 K 180 4.027 0 0.291 0.967 13.617 19.091 8.485 13.617 LGA K 181 K 181 1.730 0 0.440 0.953 10.188 65.909 30.707 10.188 LGA T 182 T 182 0.911 0 0.016 1.113 3.501 81.818 67.273 3.501 LGA S 183 S 183 0.726 0 0.106 0.093 1.079 86.364 82.121 0.957 LGA K 184 K 184 0.794 0 0.066 0.870 2.827 81.818 72.121 2.827 LGA L 185 L 185 0.360 0 0.069 0.075 0.614 95.455 97.727 0.456 LGA D 186 D 186 0.148 0 0.037 0.145 0.811 100.000 97.727 0.370 LGA P 187 P 187 0.456 0 0.029 0.368 1.135 86.818 87.273 0.604 LGA V 188 V 188 0.617 0 0.004 0.020 0.680 81.818 81.818 0.680 LGA E 189 E 189 0.552 0 0.034 0.214 0.766 81.818 87.879 0.485 LGA D 190 D 190 0.476 0 0.031 0.051 0.865 100.000 90.909 0.865 LGA E 191 E 191 0.278 0 0.000 0.007 0.575 100.000 95.960 0.575 LGA A 192 A 192 0.190 0 0.024 0.019 0.269 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.177 0 0.043 0.091 0.385 100.000 100.000 0.267 LGA V 194 V 194 0.131 0 0.000 0.042 0.250 100.000 100.000 0.250 LGA V 195 V 195 0.067 0 0.000 0.000 0.151 100.000 100.000 0.055 LGA Q 196 Q 196 0.148 0 0.034 0.263 1.187 100.000 92.121 0.959 LGA L 197 L 197 0.199 0 0.000 0.074 0.312 100.000 100.000 0.312 LGA I 198 I 198 0.120 0 0.034 0.068 0.264 100.000 100.000 0.235 LGA F 199 F 199 0.173 0 0.000 0.040 0.231 100.000 100.000 0.088 LGA N 200 N 200 0.238 0 0.027 0.742 2.244 100.000 87.727 2.244 LGA I 201 I 201 0.090 0 0.019 0.046 0.186 100.000 100.000 0.049 LGA F 202 F 202 0.123 0 0.000 0.036 0.307 100.000 100.000 0.307 LGA L 203 L 203 0.320 0 0.025 0.065 0.737 100.000 93.182 0.677 LGA N 204 N 204 0.293 0 0.000 0.093 1.172 100.000 88.864 0.950 LGA G 205 G 205 0.328 0 0.046 0.046 0.409 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.457 0 0.034 0.142 0.698 90.909 93.182 0.335 LGA N 207 N 207 0.880 0 0.034 0.187 1.515 81.818 73.864 1.128 LGA G 208 G 208 0.939 0 0.088 0.088 1.364 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.104 0 0.041 0.597 1.566 73.636 74.949 0.797 LGA D 210 D 210 1.069 0 0.058 0.756 2.092 69.545 62.273 2.092 LGA Y 211 Y 211 1.617 0 0.125 0.582 1.916 58.182 56.970 1.464 LGA S 212 S 212 2.082 0 0.640 0.785 5.728 41.818 29.697 5.728 LGA Y 213 Y 213 3.131 0 0.156 1.097 14.586 36.364 12.273 14.586 LGA A 215 A 215 1.003 0 0.196 0.214 2.082 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.439 0 0.000 0.145 0.631 100.000 95.455 0.631 LGA A 217 A 217 0.275 0 0.049 0.062 0.382 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.498 0 0.011 0.121 1.301 100.000 91.212 1.301 LGA H 219 H 219 0.236 0 0.000 0.070 0.514 100.000 98.182 0.514 LGA L 220 L 220 0.192 0 0.000 0.073 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA T 221 T 221 0.219 0 0.000 0.027 0.353 100.000 100.000 0.165 LGA N 222 N 222 0.386 0 0.042 0.065 0.573 95.455 97.727 0.459 LGA L 223 L 223 0.485 0 0.047 0.066 0.728 100.000 95.455 0.561 LGA Q 224 Q 224 0.443 0 0.042 0.183 0.864 95.455 89.899 0.827 LGA I 225 I 225 0.404 0 0.046 0.100 0.410 100.000 100.000 0.099 LGA P 226 P 226 0.380 0 0.040 0.065 0.600 100.000 94.805 0.600 LGA T 227 T 227 0.284 0 0.037 0.081 0.470 100.000 100.000 0.470 LGA P 228 P 228 0.345 0 0.080 0.090 0.345 100.000 100.000 0.311 LGA S 229 S 229 0.449 0 0.144 0.152 0.889 90.909 93.939 0.289 LGA G 230 G 230 0.636 0 0.043 0.043 1.086 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.282 0 0.041 0.472 1.262 100.000 92.121 1.262 LGA K 232 K 232 0.243 0 0.084 0.254 0.883 95.455 95.960 0.883 LGA R 233 R 233 0.144 0 0.026 1.104 5.685 100.000 54.876 3.593 LGA W 234 W 234 0.318 0 0.037 0.127 0.527 100.000 98.701 0.457 LGA N 235 N 235 0.483 0 0.021 0.527 2.212 95.455 81.136 2.212 LGA Q 236 Q 236 0.557 0 0.000 0.892 3.296 86.364 65.253 3.296 LGA Y 237 Y 237 0.635 0 0.062 0.154 0.951 81.818 81.818 0.951 LGA T 238 T 238 0.396 0 0.011 0.042 0.481 100.000 100.000 0.382 LGA I 239 I 239 0.380 0 0.028 0.109 0.414 100.000 100.000 0.380 LGA K 240 K 240 0.690 0 0.025 0.197 3.181 86.364 62.424 3.181 LGA A 241 A 241 0.497 0 0.089 0.095 0.653 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.116 0 0.040 0.062 0.288 100.000 100.000 0.074 LGA L 243 L 243 0.197 0 0.034 0.061 0.442 100.000 100.000 0.256 LGA Q 244 Q 244 0.192 0 0.045 0.238 0.991 100.000 93.939 0.724 LGA N 245 N 245 0.193 0 0.022 0.097 0.538 100.000 97.727 0.538 LGA E 246 E 246 0.134 0 0.028 0.457 1.433 100.000 92.121 0.985 LGA V 247 V 247 0.132 0 0.000 0.034 0.230 100.000 100.000 0.194 LGA Y 248 Y 248 0.246 0 0.028 0.119 1.000 100.000 92.424 1.000 LGA I 249 I 249 0.135 0 0.000 0.030 0.222 100.000 100.000 0.201 LGA G 250 G 250 0.151 0 0.055 0.055 0.247 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.075 0 0.038 0.041 0.206 100.000 100.000 0.103 LGA V 252 V 252 0.190 0 0.052 0.112 0.507 100.000 97.403 0.507 LGA K 253 K 253 0.482 0 0.066 0.163 0.726 100.000 89.899 0.532 LGA Y 254 Y 254 0.611 0 0.027 0.241 2.252 95.455 72.121 2.252 LGA K 255 K 255 0.567 0 0.016 0.204 1.418 86.364 82.020 1.418 LGA V 256 V 256 0.557 0 0.049 0.051 0.675 81.818 84.416 0.491 LGA R 257 R 257 0.758 0 0.115 1.076 6.326 77.727 49.752 4.583 LGA E 258 E 258 0.619 0 0.031 0.557 3.245 81.818 54.545 3.161 LGA K 259 K 259 0.693 0 0.060 0.259 1.271 81.818 84.040 1.271 LGA T 260 T 260 1.055 0 0.000 0.076 1.418 73.636 70.130 1.183 LGA K 261 K 261 1.033 0 0.014 0.195 1.511 65.455 63.838 1.085 LGA D 262 D 262 1.391 0 0.026 0.932 3.602 65.455 46.136 3.602 LGA G 263 G 263 0.764 0 0.016 0.016 0.889 81.818 81.818 - LGA K 264 K 264 0.704 0 0.065 0.464 1.182 81.818 80.000 1.182 LGA R 265 R 265 0.460 0 0.095 0.839 3.331 90.909 62.479 2.326 LGA T 266 T 266 0.748 0 0.040 0.063 1.043 86.364 82.078 0.996 LGA I 267 I 267 0.414 0 0.032 0.067 0.561 95.455 95.455 0.558 LGA R 268 R 268 0.293 0 0.026 1.048 2.761 100.000 80.331 2.761 LGA P 269 P 269 0.429 0 0.000 0.027 0.539 100.000 94.805 0.539 LGA E 270 E 270 0.523 0 0.000 0.253 0.735 90.909 87.879 0.735 LGA K 271 K 271 0.716 0 0.043 0.759 5.039 81.818 51.717 5.039 LGA E 272 E 272 0.467 0 0.054 0.134 1.120 95.455 84.242 1.120 LGA Q 273 Q 273 0.295 0 0.039 0.099 0.363 100.000 100.000 0.363 LGA I 274 I 274 0.262 0 0.032 0.102 0.741 100.000 97.727 0.741 LGA V 275 V 275 0.183 0 0.000 0.038 0.421 100.000 100.000 0.347 LGA V 276 V 276 0.164 0 0.059 0.066 0.453 100.000 100.000 0.290 LGA Q 277 Q 277 0.157 0 0.045 0.569 2.616 100.000 79.596 2.616 LGA D 278 D 278 0.141 0 0.034 0.215 0.580 100.000 97.727 0.580 LGA A 279 A 279 0.203 0 0.000 0.019 0.266 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.245 0 0.030 0.209 0.510 100.000 98.182 0.419 LGA A 281 A 281 0.293 0 0.028 0.026 0.381 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.184 0 0.044 0.057 0.269 100.000 100.000 0.269 LGA I 283 I 283 0.312 0 0.044 0.060 0.543 95.455 97.727 0.396 LGA I 284 I 284 0.213 0 0.000 0.064 0.221 100.000 100.000 0.138 LGA D 285 D 285 0.280 0 0.015 0.034 0.470 100.000 100.000 0.470 LGA K 286 K 286 0.302 0 0.000 0.240 1.299 100.000 92.121 1.299 LGA E 287 E 287 0.438 0 0.000 0.456 2.900 100.000 72.727 2.900 LGA Q 288 Q 288 0.318 0 0.013 0.203 1.232 100.000 90.303 1.232 LGA F 289 F 289 0.257 0 0.025 0.091 0.359 100.000 100.000 0.315 LGA Q 290 Q 290 0.398 0 0.022 1.217 3.590 100.000 70.303 3.590 LGA Q 291 Q 291 0.328 0 0.037 0.097 0.618 100.000 93.939 0.618 LGA S 292 S 292 0.150 0 0.046 0.058 0.331 100.000 100.000 0.164 LGA Q 293 Q 293 0.353 0 0.000 0.205 0.810 95.455 91.919 0.810 LGA V 294 V 294 0.569 0 0.038 0.062 0.772 86.364 84.416 0.772 LGA K 295 K 295 0.234 0 0.053 0.166 0.682 95.455 97.980 0.287 LGA I 296 I 296 0.540 0 0.025 0.073 0.941 86.364 90.909 0.431 LGA A 297 A 297 1.034 0 0.097 0.112 1.660 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.642 0 0.000 0.260 1.566 70.000 74.091 1.438 LGA K 299 K 299 2.731 0 0.358 0.796 13.434 52.273 23.434 13.434 LGA V 300 V 300 1.911 0 0.152 0.161 4.734 61.818 37.922 4.734 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.785 0.727 1.744 90.609 84.598 71.215 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.79 96.852 98.496 15.250 LGA_LOCAL RMSD: 0.785 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.785 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.785 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.180598 * X + -0.399442 * Y + 0.898794 * Z + 159.062073 Y_new = 0.840895 * X + 0.536709 * Y + 0.069560 * Z + 155.811951 Z_new = -0.510176 * X + 0.743229 * Y + 0.432817 * Z + 143.248398 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.359242 0.535390 1.043458 [DEG: 77.8788 30.6756 59.7857 ] ZXZ: 1.648035 1.123181 -0.601562 [DEG: 94.4255 64.3535 -34.4669 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS462_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS462_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.79 98.496 0.79 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS462_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.898 185.113 153.354 1.00 86.90 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.335 185.870 154.481 1.00 87.17 C ATOM 1347 C GLY 165 151.819 185.755 154.635 1.00 88.66 C ATOM 1348 O GLY 165 151.211 186.543 155.362 1.00 86.34 O ATOM 1349 N LYS 166 151.181 184.790 153.968 1.00 88.79 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.746 184.535 154.093 1.00 88.52 C ATOM 1351 C LYS 166 149.454 183.722 155.357 1.00 89.29 C ATOM 1352 O LYS 166 150.206 182.825 155.724 1.00 87.53 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.200 183.836 152.836 1.00 87.13 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.366 184.679 151.556 1.00 84.17 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.820 183.966 150.315 1.00 81.01 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.985 184.849 149.074 1.00 75.88 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.526 184.192 147.827 1.00 68.75 N ATOM 1358 N TRP 167 148.329 184.013 155.997 1.00 90.73 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.869 183.259 157.163 1.00 91.24 C ATOM 1360 C TRP 167 147.109 182.009 156.728 1.00 90.66 C ATOM 1361 O TRP 167 146.008 182.102 156.185 1.00 87.79 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.027 184.153 158.060 1.00 90.31 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.711 183.515 159.375 1.00 90.31 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.586 182.840 159.683 1.00 87.15 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.570 183.451 160.557 1.00 88.87 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.680 182.366 160.986 1.00 87.04 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.877 182.716 161.550 1.00 88.16 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.851 183.944 160.867 1.00 87.90 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.446 182.469 162.818 1.00 87.66 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.412 183.702 162.130 1.00 85.78 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.714 182.965 163.092 1.00 85.49 C ATOM 1372 N ILE 168 147.694 180.851 156.979 1.00 88.60 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.184 179.551 156.533 1.00 86.97 C ATOM 1374 C ILE 168 146.605 178.720 157.690 1.00 85.52 C ATOM 1375 O ILE 168 145.822 177.796 157.484 1.00 79.33 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.321 178.795 155.796 1.00 83.85 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.965 179.629 154.660 1.00 79.04 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.846 177.451 155.228 1.00 76.90 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.984 180.098 153.575 1.00 73.05 C ATOM 1380 N SER 169 146.987 179.045 158.908 1.00 85.64 N ATOM 1381 CA SER 169 146.563 178.326 160.106 1.00 84.19 C ATOM 1382 C SER 169 145.199 178.786 160.611 1.00 83.36 C ATOM 1383 O SER 169 144.651 179.743 160.112 1.00 76.56 O ATOM 1384 CB SER 169 147.656 178.459 161.169 1.00 80.22 C ATOM 1385 OG SER 169 147.583 177.385 162.064 1.00 75.02 O ATOM 1386 N GLY 170 144.672 178.126 161.642 1.00 82.27 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.311 178.256 162.160 1.00 81.94 C ATOM 1388 C GLY 170 142.742 179.671 162.341 1.00 84.06 C ATOM 1389 O GLY 170 142.733 180.476 161.423 1.00 80.78 O ATOM 1390 N LEU 171 142.236 179.973 163.549 1.00 85.19 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.737 181.310 163.860 1.00 85.05 C ATOM 1392 C LEU 171 142.865 182.336 163.766 1.00 86.20 C ATOM 1393 O LEU 171 143.991 182.060 164.188 1.00 83.81 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.111 181.317 165.265 1.00 81.96 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.754 180.593 165.337 1.00 77.80 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.420 180.225 166.776 1.00 71.31 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.620 181.468 164.792 1.00 70.44 C ATOM 1398 N ALA 172 142.534 183.515 163.247 1.00 87.74 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.438 184.651 163.298 1.00 88.11 C ATOM 1400 C ALA 172 143.812 184.976 164.761 1.00 88.97 C ATOM 1401 O ALA 172 142.982 184.782 165.656 1.00 86.92 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.776 185.840 162.598 1.00 86.07 C ATOM 1403 N PRO 173 145.035 185.449 165.027 1.00 89.96 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.417 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