####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS456_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS456_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 71 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 104 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 4 63 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 46 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 98 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 18 39 95 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 107 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 63 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 59 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 57 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 72 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 81 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 78 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 18 61 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 22 26 119 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 70 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 81 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 53 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 21 64 111 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 61 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 116 124 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.93 91.85 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.45 0.56 0.67 0.75 0.88 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.93 0.93 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.458 0 0.033 0.033 0.500 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.375 0 0.043 0.111 0.778 100.000 95.960 0.778 LGA W 167 W 167 0.266 0 0.205 0.238 0.610 95.455 98.701 0.459 LGA I 168 I 168 0.944 0 0.150 1.542 3.512 81.818 61.591 2.131 LGA S 169 S 169 1.313 0 0.576 0.606 2.659 55.909 52.121 2.052 LGA G 170 G 170 1.811 0 0.056 0.056 1.929 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.021 0 0.059 1.394 5.758 69.545 47.500 3.113 LGA A 172 A 172 0.539 0 0.000 0.013 0.736 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.210 0 0.015 0.227 0.577 100.000 97.403 0.577 LGA Y 174 Y 174 0.406 0 0.012 0.217 1.380 100.000 86.667 1.380 LGA G 175 G 175 0.291 0 0.064 0.064 0.338 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.317 0 0.012 0.165 0.498 100.000 100.000 0.199 LGA Q 177 Q 177 0.558 0 0.062 0.240 0.942 90.909 85.859 0.627 LGA L 178 L 178 0.376 0 0.128 0.213 1.710 90.909 82.500 1.710 LGA N 179 N 179 1.327 0 0.165 0.660 4.922 62.273 37.500 4.922 LGA K 180 K 180 3.906 0 0.287 0.966 13.485 20.455 9.091 13.485 LGA K 181 K 181 1.791 0 0.455 0.966 10.465 65.909 30.707 10.465 LGA T 182 T 182 0.932 0 0.014 1.113 3.452 73.636 63.636 3.452 LGA S 183 S 183 0.710 0 0.110 0.096 1.087 86.364 82.121 0.990 LGA K 184 K 184 0.782 0 0.066 0.866 2.863 81.818 72.121 2.863 LGA L 185 L 185 0.375 0 0.070 0.077 0.659 95.455 97.727 0.426 LGA D 186 D 186 0.210 0 0.030 0.151 0.792 100.000 97.727 0.281 LGA P 187 P 187 0.525 0 0.020 0.368 1.244 82.273 84.675 0.638 LGA V 188 V 188 0.785 0 0.013 0.021 0.895 81.818 81.818 0.895 LGA E 189 E 189 0.748 0 0.032 0.207 0.799 81.818 81.818 0.755 LGA D 190 D 190 0.687 0 0.034 0.050 1.148 86.364 77.955 1.148 LGA E 191 E 191 0.459 0 0.011 0.032 0.784 95.455 87.879 0.784 LGA A 192 A 192 0.313 0 0.027 0.024 0.395 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.309 0 0.048 0.090 0.599 100.000 91.919 0.525 LGA V 194 V 194 0.265 0 0.000 0.040 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA V 195 V 195 0.154 0 0.000 0.000 0.254 100.000 100.000 0.143 LGA Q 196 Q 196 0.159 0 0.027 0.249 1.206 100.000 90.303 1.030 LGA L 197 L 197 0.232 0 0.000 0.040 0.334 100.000 100.000 0.324 LGA I 198 I 198 0.179 0 0.042 0.069 0.378 100.000 100.000 0.318 LGA F 199 F 199 0.205 0 0.025 0.041 0.309 100.000 100.000 0.125 LGA N 200 N 200 0.317 0 0.028 0.888 2.996 100.000 82.273 2.996 LGA I 201 I 201 0.221 0 0.000 0.041 0.299 100.000 100.000 0.146 LGA F 202 F 202 0.192 0 0.000 0.017 0.343 100.000 100.000 0.341 LGA L 203 L 203 0.284 0 0.022 0.065 0.561 100.000 97.727 0.474 LGA N 204 N 204 0.263 0 0.000 0.078 0.934 100.000 93.182 0.797 LGA G 205 G 205 0.216 0 0.044 0.044 0.268 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.269 0 0.000 0.095 0.588 95.455 93.182 0.517 LGA N 207 N 207 0.654 0 0.014 0.203 1.541 81.818 75.909 0.909 LGA G 208 G 208 0.750 0 0.098 0.098 1.275 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 1.010 0 0.043 0.646 1.811 77.727 76.768 0.835 LGA D 210 D 210 0.996 0 0.075 0.751 2.018 81.818 70.455 1.788 LGA Y 211 Y 211 1.552 0 0.116 0.587 1.948 58.182 56.970 1.648 LGA S 212 S 212 2.196 0 0.639 0.781 5.926 41.818 29.697 5.926 LGA Y 213 Y 213 2.954 0 0.167 1.108 14.371 41.818 14.091 14.371 LGA A 215 A 215 0.806 0 0.196 0.213 1.827 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.272 0 0.000 0.146 0.559 100.000 95.455 0.559 LGA A 217 A 217 0.144 0 0.046 0.061 0.227 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.331 0 0.026 0.115 1.051 100.000 91.212 1.051 LGA H 219 H 219 0.246 0 0.000 0.092 0.671 100.000 94.545 0.671 LGA L 220 L 220 0.251 0 0.000 0.079 0.356 100.000 100.000 0.356 LGA T 221 T 221 0.223 0 0.000 0.025 0.337 100.000 100.000 0.156 LGA N 222 N 222 0.396 0 0.042 0.055 0.588 95.455 97.727 0.408 LGA L 223 L 223 0.584 0 0.042 0.072 0.866 86.364 84.091 0.701 LGA Q 224 Q 224 0.592 0 0.050 0.147 1.071 86.364 82.020 0.741 LGA I 225 I 225 0.517 0 0.046 0.102 0.549 86.364 90.909 0.206 LGA P 226 P 226 0.557 0 0.039 0.067 0.806 81.818 81.818 0.806 LGA T 227 T 227 0.535 0 0.037 0.080 0.721 81.818 84.416 0.721 LGA P 228 P 228 0.736 0 0.082 0.089 0.786 81.818 81.818 0.596 LGA S 229 S 229 0.930 0 0.147 0.158 1.011 77.727 79.091 0.631 LGA G 230 G 230 0.952 0 0.050 0.050 1.031 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.414 0 0.033 0.471 1.133 95.455 88.081 0.649 LGA K 232 K 232 0.288 0 0.098 0.252 1.289 95.455 90.101 1.289 LGA R 233 R 233 0.301 0 0.037 1.114 6.146 100.000 53.223 3.956 LGA W 234 W 234 0.319 0 0.038 0.138 0.583 100.000 96.104 0.568 LGA N 235 N 235 0.555 0 0.000 0.546 2.160 86.364 76.591 2.160 LGA Q 236 Q 236 0.638 0 0.000 0.890 3.501 86.364 63.232 3.501 LGA Y 237 Y 237 0.662 0 0.065 0.150 0.869 81.818 81.818 0.521 LGA T 238 T 238 0.422 0 0.017 0.039 0.479 100.000 100.000 0.427 LGA I 239 I 239 0.374 0 0.020 0.112 0.398 100.000 100.000 0.333 LGA K 240 K 240 0.646 0 0.026 0.200 3.002 86.364 65.455 3.002 LGA A 241 A 241 0.428 0 0.084 0.089 0.556 90.909 92.727 - LGA I 242 I 242 0.074 0 0.039 0.064 0.268 100.000 100.000 0.057 LGA L 243 L 243 0.216 0 0.026 0.046 0.458 100.000 100.000 0.307 LGA Q 244 Q 244 0.199 0 0.032 0.227 0.854 100.000 95.960 0.658 LGA N 245 N 245 0.211 0 0.021 0.091 0.531 100.000 97.727 0.531 LGA E 246 E 246 0.195 0 0.032 0.487 1.482 100.000 94.141 0.960 LGA V 247 V 247 0.215 0 0.000 0.034 0.345 100.000 100.000 0.302 LGA Y 248 Y 248 0.297 0 0.033 0.114 1.103 100.000 91.061 1.103 LGA I 249 I 249 0.193 0 0.031 0.041 0.305 100.000 100.000 0.265 LGA G 250 G 250 0.182 0 0.052 0.052 0.280 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.178 0 0.037 0.041 0.333 100.000 100.000 0.223 LGA V 252 V 252 0.353 0 0.046 0.112 0.703 100.000 97.403 0.703 LGA K 253 K 253 0.540 0 0.058 0.147 0.829 95.455 87.879 0.702 LGA Y 254 Y 254 0.528 0 0.031 0.230 2.171 95.455 72.121 2.171 LGA K 255 K 255 0.641 0 0.000 0.188 1.476 81.818 80.000 1.476 LGA V 256 V 256 0.866 0 0.062 0.069 0.933 81.818 81.818 0.842 LGA R 257 R 257 1.027 0 0.096 1.053 5.459 69.545 46.942 3.214 LGA E 258 E 258 1.097 0 0.050 0.242 1.774 65.455 63.838 1.774 LGA K 259 K 259 1.661 0 0.049 0.172 2.435 54.545 45.455 2.435 LGA T 260 T 260 1.530 0 0.009 0.085 2.028 47.727 55.325 1.374 LGA K 261 K 261 2.307 0 0.020 0.454 4.198 38.636 30.101 4.198 LGA D 262 D 262 2.035 0 0.032 0.778 3.089 44.545 37.727 2.928 LGA G 263 G 263 2.171 0 0.006 0.006 2.171 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.524 0 0.088 0.420 1.948 58.182 58.990 1.445 LGA R 265 R 265 1.411 0 0.070 0.895 4.144 65.455 53.719 4.144 LGA T 266 T 266 1.116 0 0.040 0.068 1.267 73.636 72.468 0.991 LGA I 267 I 267 0.767 0 0.026 0.065 0.997 81.818 81.818 0.997 LGA R 268 R 268 0.411 0 0.024 0.955 2.518 95.455 83.967 2.518 LGA P 269 P 269 0.181 0 0.000 0.023 0.277 100.000 100.000 0.273 LGA E 270 E 270 0.498 0 0.000 0.225 1.272 95.455 82.424 1.253 LGA K 271 K 271 0.621 0 0.059 0.729 5.099 81.818 51.717 5.099 LGA E 272 E 272 0.372 0 0.047 0.116 1.190 100.000 88.283 1.190 LGA Q 273 Q 273 0.088 0 0.040 0.093 0.445 100.000 100.000 0.445 LGA I 274 I 274 0.125 0 0.027 0.098 0.668 100.000 97.727 0.668 LGA V 275 V 275 0.309 0 0.010 0.035 0.554 95.455 97.403 0.479 LGA V 276 V 276 0.266 0 0.058 0.064 0.528 100.000 97.403 0.347 LGA Q 277 Q 277 0.128 0 0.049 0.564 2.581 100.000 79.596 2.581 LGA D 278 D 278 0.048 0 0.031 0.193 0.622 100.000 97.727 0.622 LGA A 279 A 279 0.111 0 0.010 0.023 0.152 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.128 0 0.024 0.177 0.485 100.000 100.000 0.389 LGA A 281 A 281 0.253 0 0.028 0.026 0.353 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.178 0 0.046 0.057 0.288 100.000 100.000 0.288 LGA I 283 I 283 0.343 0 0.055 0.061 0.624 95.455 95.455 0.451 LGA I 284 I 284 0.246 0 0.017 0.090 0.287 100.000 100.000 0.225 LGA D 285 D 285 0.534 0 0.075 0.882 3.320 95.455 74.773 1.588 LGA K 286 K 286 0.402 0 0.000 0.251 1.272 100.000 90.101 1.272 LGA E 287 E 287 0.380 0 0.024 0.332 1.864 100.000 88.687 0.779 LGA Q 288 Q 288 0.269 0 0.025 0.343 2.153 100.000 83.434 1.348 LGA F 289 F 289 0.204 0 0.021 0.107 0.452 100.000 100.000 0.398 LGA Q 290 Q 290 0.326 0 0.030 1.234 3.540 100.000 68.687 3.540 LGA Q 291 Q 291 0.187 0 0.043 0.122 0.542 100.000 97.980 0.408 LGA S 292 S 292 0.031 0 0.046 0.059 0.203 100.000 100.000 0.043 LGA Q 293 Q 293 0.247 0 0.007 0.210 0.696 100.000 95.960 0.696 LGA V 294 V 294 0.288 0 0.036 0.048 0.542 100.000 97.403 0.461 LGA K 295 K 295 0.211 0 0.071 0.219 0.678 95.455 95.960 0.256 LGA I 296 I 296 0.440 0 0.013 0.073 0.775 90.909 93.182 0.428 LGA A 297 A 297 0.692 0 0.133 0.150 1.238 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.800 0 0.076 0.274 2.632 65.000 55.000 1.958 LGA K 299 K 299 3.507 0 0.317 0.692 12.607 28.636 12.929 12.607 LGA V 300 V 300 2.431 0 0.066 0.058 3.918 30.455 22.078 3.562 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.913 0.875 1.775 87.458 81.844 69.396 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.370 97.778 13.332 LGA_LOCAL RMSD: 0.913 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.913 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.913 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.201549 * X + -0.674718 * Y + 0.710023 * Z + 157.911209 Y_new = 0.128104 * X + 0.736831 * Y + 0.663829 * Z + 155.295380 Z_new = -0.971065 * X + -0.042837 * Y + 0.234942 * Z + 143.418564 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.566185 1.329651 -0.180349 [DEG: 32.4400 76.1834 -10.3333 ] ZXZ: 2.322583 1.333637 -1.614881 [DEG: 133.0742 76.4118 -92.5259 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS456_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS456_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.778 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS456_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.956 185.043 153.437 1.00 85.90 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.367 185.772 154.566 1.00 85.97 C ATOM 1347 C GLY 165 151.845 185.661 154.678 1.00 87.46 C ATOM 1348 O GLY 165 151.219 186.445 155.391 1.00 85.00 O ATOM 1349 N LYS 166 151.225 184.702 153.984 1.00 87.09 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.784 184.454 154.064 1.00 87.02 C ATOM 1351 C LYS 166 149.452 183.659 155.330 1.00 87.79 C ATOM 1352 O LYS 166 150.156 182.717 155.692 1.00 85.63 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.271 183.758 152.788 1.00 85.41 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.428 184.638 151.528 1.00 82.38 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.940 183.965 150.238 1.00 79.24 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.126 184.932 149.057 1.00 74.05 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.783 184.360 147.727 1.00 67.31 N ATOM 1358 N TRP 167 148.352 184.019 155.988 1.00 88.41 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.848 183.283 157.150 1.00 88.82 C ATOM 1360 C TRP 167 146.971 182.119 156.700 1.00 88.36 C ATOM 1361 O TRP 167 145.913 182.320 156.113 1.00 85.65 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.093 184.228 158.077 1.00 88.18 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.726 183.594 159.377 1.00 88.39 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.581 182.930 159.644 1.00 85.06 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.540 183.515 160.590 1.00 86.79 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.623 182.452 160.949 1.00 84.89 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.806 182.786 161.556 1.00 86.13 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.811 183.998 160.946 1.00 85.60 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.328 182.533 162.844 1.00 85.27 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.324 183.751 162.228 1.00 83.34 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.587 183.019 163.164 1.00 82.95 C ATOM 1372 N ILE 168 147.402 180.909 156.992 1.00 85.63 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.768 179.668 156.526 1.00 83.97 C ATOM 1374 C ILE 168 146.398 178.705 157.663 1.00 82.74 C ATOM 1375 O ILE 168 145.957 177.581 157.420 1.00 76.43 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.668 178.971 155.489 1.00 80.68 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.077 178.699 156.059 1.00 76.12 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.745 179.805 154.198 1.00 73.37 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.892 177.751 155.193 1.00 69.68 C ATOM 1380 N SER 169 146.591 179.132 158.895 1.00 83.31 N ATOM 1381 CA SER 169 146.220 178.388 160.100 1.00 81.79 C ATOM 1382 C SER 169 144.785 178.713 160.532 1.00 80.76 C ATOM 1383 O SER 169 144.061 179.390 159.811 1.00 74.47 O ATOM 1384 CB SER 169 147.244 178.665 161.202 1.00 78.27 C ATOM 1385 OG SER 169 148.492 178.127 160.849 1.00 73.40 O ATOM 1386 N GLY 170 144.368 178.210 161.689 1.00 78.77 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.001 178.327 162.200 1.00 77.92 C ATOM 1388 C GLY 170 142.497 179.758 162.409 1.00 80.36 C ATOM 1389 O GLY 170 142.506 180.577 161.498 1.00 76.94 O ATOM 1390 N LEU 171 142.040 180.060 163.630 1.00 81.49 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.577 181.405 163.974 1.00 80.85 C ATOM 1392 C LEU 171 142.733 182.404 163.873 1.00 81.82 C ATOM 1393 O LEU 171 143.853 182.103 164.290 1.00 79.39 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.970 181.399 165.387 1.00 77.76 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.630 180.644 165.474 1.00 73.55 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.297 180.312 166.922 1.00 67.84 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.474 181.472 164.893 1.00 66.85 C ATOM 1398 N ALA 172 142.430 183.589 163.353 1.00 84.63 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.363 184.705 163.396 1.00 85.11 C ATOM 1400 C ALA 172 143.712 185.041 164.861 1.00 86.27 C ATOM 1401 O ALA 172 142.854 184.895 165.739 1.00 84.10 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.742 185.897 162.664 1.00 82.88 C ATOM 1403 N PRO 173 144.945 185.471 165.149 1.00 87.16 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.310 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