####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS456_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS456_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.98 1.01 LCS_AVERAGE: 98.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 76 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 69 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 27 101 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 80 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 4 89 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 4 4 120 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 4 95 116 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 56 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 45 108 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 50 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 61 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 78 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 71 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 71 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 35 107 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 40 107 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 11 107 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 11 105 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 3 97 121 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 20 36 126 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 5 23 82 124 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 23 108 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 61 106 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 75 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 3 3 6 121 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 102 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 109 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 80.74 91.85 94.81 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.70 0.79 0.90 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 GDT RMS_ALL_AT 1.22 1.11 1.05 1.02 1.02 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.795 0 0.032 0.032 0.878 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.663 0 0.000 0.126 1.841 86.364 76.768 1.841 LGA W 167 W 167 0.391 0 0.184 0.165 0.593 90.909 94.805 0.340 LGA I 168 I 168 0.969 0 0.115 1.331 3.193 86.364 66.591 2.058 LGA S 169 S 169 0.633 0 0.397 0.387 1.590 81.818 76.667 1.590 LGA G 170 G 170 1.304 0 0.058 0.058 1.304 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.686 0 0.086 1.443 6.050 81.818 52.727 3.471 LGA A 172 A 172 0.604 0 0.033 0.043 0.754 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.382 0 0.029 0.115 0.588 100.000 94.805 0.588 LGA Y 174 Y 174 0.361 0 0.054 0.232 1.314 95.455 85.152 1.314 LGA G 175 G 175 0.440 0 0.083 0.083 0.457 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.598 0 0.032 0.162 0.916 86.364 87.879 0.551 LGA Q 177 Q 177 1.032 0 0.061 0.554 1.774 77.727 72.929 1.452 LGA L 178 L 178 0.889 0 0.069 0.292 1.979 73.636 69.773 1.979 LGA N 179 N 179 1.326 0 0.160 0.675 4.808 69.545 41.136 4.808 LGA K 180 K 180 3.171 0 0.306 0.972 12.700 29.545 13.333 12.700 LGA K 181 K 181 2.140 0 0.433 0.951 11.137 62.727 28.485 11.137 LGA T 182 T 182 0.888 0 0.021 1.139 3.535 73.636 62.597 3.535 LGA S 183 S 183 1.172 0 0.151 0.134 1.544 69.545 65.758 1.544 LGA K 184 K 184 0.859 0 0.072 0.795 2.225 77.727 73.535 2.225 LGA L 185 L 185 0.505 0 0.044 0.069 0.719 86.364 93.182 0.325 LGA D 186 D 186 0.441 0 0.057 0.088 0.781 86.364 93.182 0.400 LGA P 187 P 187 0.630 0 0.016 0.138 1.561 70.000 77.662 0.587 LGA V 188 V 188 1.082 0 0.042 0.037 1.320 69.545 67.792 1.320 LGA E 189 E 189 1.023 0 0.063 0.357 1.474 73.636 74.545 1.474 LGA D 190 D 190 0.940 0 0.022 0.033 1.271 81.818 73.636 1.271 LGA E 191 E 191 0.807 0 0.000 0.044 1.261 81.818 76.364 1.261 LGA A 192 A 192 0.466 0 0.031 0.034 0.574 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.468 0 0.058 0.140 1.487 100.000 84.444 1.487 LGA V 194 V 194 0.504 0 0.000 0.045 0.590 95.455 89.610 0.590 LGA V 195 V 195 0.335 0 0.000 0.040 0.484 100.000 100.000 0.365 LGA Q 196 Q 196 0.346 0 0.028 0.252 1.483 100.000 88.485 1.483 LGA L 197 L 197 0.402 0 0.000 0.061 0.554 100.000 93.182 0.554 LGA I 198 I 198 0.378 0 0.002 0.090 0.532 100.000 97.727 0.464 LGA F 199 F 199 0.321 0 0.015 0.036 0.361 100.000 100.000 0.319 LGA N 200 N 200 0.447 0 0.028 0.709 1.793 100.000 85.000 1.793 LGA I 201 I 201 0.289 0 0.018 0.058 0.348 100.000 100.000 0.243 LGA F 202 F 202 0.318 0 0.000 0.084 0.517 100.000 98.347 0.517 LGA L 203 L 203 0.428 0 0.063 0.128 1.035 100.000 88.864 0.831 LGA N 204 N 204 0.269 0 0.019 0.070 1.004 100.000 88.864 0.921 LGA G 205 G 205 0.444 0 0.029 0.029 0.508 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.379 0 0.000 0.524 1.877 90.909 84.773 0.781 LGA N 207 N 207 0.903 0 0.040 0.146 1.027 77.727 79.773 0.850 LGA G 208 G 208 1.145 0 0.100 0.100 1.725 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.149 0 0.089 0.234 2.478 65.455 59.192 2.478 LGA D 210 D 210 1.167 0 0.066 0.171 1.314 69.545 73.864 0.485 LGA Y 211 Y 211 1.743 0 0.065 0.615 1.988 54.545 53.333 1.570 LGA S 212 S 212 2.180 0 0.628 0.800 5.779 36.364 26.061 5.779 LGA Y 213 Y 213 3.033 0 0.127 1.084 14.297 36.364 12.273 14.297 LGA A 215 A 215 1.083 0 0.162 0.172 2.061 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.439 0 0.000 0.142 0.591 95.455 95.455 0.379 LGA A 217 A 217 0.521 0 0.044 0.061 0.563 90.909 89.091 - LGA S 218 S 218 0.593 0 0.000 0.056 1.020 86.364 82.121 1.020 LGA H 219 H 219 0.496 0 0.033 0.111 0.919 100.000 89.091 0.919 LGA L 220 L 220 0.480 0 0.014 0.145 0.606 100.000 90.909 0.606 LGA T 221 T 221 0.400 0 0.000 0.018 0.447 100.000 100.000 0.352 LGA N 222 N 222 0.307 0 0.031 0.124 0.661 100.000 97.727 0.661 LGA L 223 L 223 0.638 0 0.035 0.066 1.017 86.364 82.045 1.017 LGA Q 224 Q 224 0.541 0 0.047 0.161 1.134 81.818 80.000 0.912 LGA I 225 I 225 0.601 0 0.055 0.097 0.789 81.818 81.818 0.574 LGA P 226 P 226 0.704 0 0.032 0.102 1.126 81.818 79.481 1.126 LGA T 227 T 227 0.777 0 0.030 0.089 1.004 81.818 79.481 1.004 LGA P 228 P 228 0.899 0 0.034 0.080 1.017 77.727 79.481 0.691 LGA S 229 S 229 1.111 0 0.071 0.067 1.178 65.455 65.455 1.051 LGA G 230 G 230 1.083 0 0.013 0.013 1.167 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.707 0 0.000 0.512 1.312 86.364 82.222 0.451 LGA K 232 K 232 0.578 0 0.092 0.218 1.966 86.364 75.152 1.966 LGA R 233 R 233 0.578 0 0.068 1.193 5.911 86.364 55.537 3.346 LGA W 234 W 234 0.076 0 0.044 0.167 0.825 100.000 92.208 0.825 LGA N 235 N 235 0.556 0 0.103 0.621 1.775 90.909 78.409 1.149 LGA Q 236 Q 236 0.636 0 0.000 0.835 2.897 81.818 62.626 2.897 LGA Y 237 Y 237 0.720 0 0.049 0.128 1.260 81.818 76.364 1.260 LGA T 238 T 238 0.418 0 0.035 0.070 0.442 100.000 100.000 0.412 LGA I 239 I 239 0.407 0 0.049 0.149 0.429 100.000 100.000 0.343 LGA K 240 K 240 0.778 0 0.020 0.181 3.644 81.818 57.778 3.644 LGA A 241 A 241 0.620 0 0.067 0.076 0.731 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.130 0 0.030 0.091 0.332 100.000 100.000 0.332 LGA L 243 L 243 0.249 0 0.034 0.061 0.429 100.000 100.000 0.429 LGA Q 244 Q 244 0.334 0 0.028 0.151 0.524 95.455 97.980 0.455 LGA N 245 N 245 0.544 0 0.040 0.075 0.626 86.364 84.091 0.540 LGA E 246 E 246 0.468 0 0.046 0.662 1.684 95.455 84.646 1.338 LGA V 247 V 247 0.352 0 0.016 0.047 0.388 100.000 100.000 0.304 LGA Y 248 Y 248 0.415 0 0.065 0.195 1.402 95.455 86.818 1.402 LGA I 249 I 249 0.412 0 0.034 0.066 0.784 100.000 90.909 0.784 LGA G 250 G 250 0.318 0 0.000 0.000 0.426 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.496 0 0.100 0.121 0.628 90.909 87.013 0.559 LGA V 252 V 252 0.549 0 0.017 0.118 0.809 81.818 84.416 0.809 LGA K 253 K 253 0.431 0 0.038 0.065 0.959 90.909 87.879 0.959 LGA Y 254 Y 254 0.664 0 0.041 0.240 2.267 86.364 69.091 2.267 LGA K 255 K 255 0.867 0 0.093 0.159 1.244 81.818 78.182 0.929 LGA V 256 V 256 1.185 0 0.035 0.086 1.350 65.455 65.455 1.139 LGA R 257 R 257 1.015 0 0.039 1.060 4.163 65.455 53.223 2.830 LGA E 258 E 258 1.316 0 0.024 0.361 2.282 58.182 54.343 2.282 LGA K 259 K 259 1.796 0 0.007 0.690 2.315 47.727 51.313 1.438 LGA T 260 T 260 2.144 0 0.024 0.189 2.475 41.364 40.000 2.292 LGA K 261 K 261 3.186 0 0.029 0.439 5.275 20.455 14.141 5.275 LGA D 262 D 262 2.790 0 0.026 1.057 3.674 32.727 25.909 3.523 LGA G 263 G 263 1.957 0 0.051 0.051 2.144 51.364 51.364 - LGA K 264 K 264 1.311 0 0.090 0.467 3.033 54.545 58.990 3.033 LGA R 265 R 265 1.601 0 0.028 0.939 4.020 50.909 53.719 4.020 LGA T 266 T 266 1.565 0 0.041 0.078 1.707 50.909 50.909 1.579 LGA I 267 I 267 1.111 0 0.000 0.088 1.467 65.455 65.455 1.467 LGA R 268 R 268 0.915 0 0.033 0.999 2.708 81.818 71.405 2.708 LGA P 269 P 269 1.018 0 0.039 0.068 1.330 73.636 70.130 1.330 LGA E 270 E 270 0.741 0 0.000 0.310 1.209 81.818 78.182 1.126 LGA K 271 K 271 0.877 0 0.059 0.753 3.561 81.818 59.798 3.561 LGA E 272 E 272 0.749 0 0.074 0.143 2.016 81.818 68.283 2.016 LGA Q 273 Q 273 0.758 0 0.036 0.077 1.012 81.818 80.000 0.793 LGA I 274 I 274 0.574 0 0.050 0.101 0.955 81.818 81.818 0.955 LGA V 275 V 275 0.400 0 0.034 0.081 0.608 100.000 94.805 0.549 LGA V 276 V 276 0.392 0 0.056 0.048 0.588 100.000 97.403 0.480 LGA Q 277 Q 277 0.393 0 0.034 0.616 3.108 100.000 73.939 3.108 LGA D 278 D 278 0.410 0 0.103 0.212 0.839 100.000 97.727 0.839 LGA A 279 A 279 0.349 0 0.022 0.044 0.466 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.235 0 0.031 0.137 0.458 100.000 100.000 0.226 LGA A 281 A 281 0.286 0 0.033 0.033 0.501 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.233 0 0.056 0.079 0.566 100.000 97.403 0.566 LGA I 283 I 283 0.274 0 0.050 0.082 0.603 95.455 93.182 0.603 LGA I 284 I 284 0.264 0 0.003 0.045 0.385 100.000 100.000 0.249 LGA D 285 D 285 0.559 0 0.045 0.226 1.681 86.364 76.136 1.159 LGA K 286 K 286 0.748 0 0.000 0.259 1.405 81.818 76.364 1.405 LGA E 287 E 287 0.890 0 0.034 0.399 2.663 81.818 64.242 2.663 LGA Q 288 Q 288 0.568 0 0.025 0.331 1.843 86.364 76.768 1.843 LGA F 289 F 289 0.602 0 0.028 0.139 0.880 81.818 81.818 0.790 LGA Q 290 Q 290 0.974 0 0.065 1.028 2.626 81.818 61.010 2.501 LGA Q 291 Q 291 0.865 0 0.040 0.069 1.089 81.818 80.000 0.912 LGA S 292 S 292 0.596 0 0.060 0.699 2.756 81.818 72.727 2.756 LGA Q 293 Q 293 0.869 0 0.000 0.216 1.134 73.636 74.545 1.134 LGA V 294 V 294 1.169 0 0.045 0.069 1.401 65.455 65.455 1.401 LGA K 295 K 295 0.647 0 0.052 0.173 0.825 81.818 87.879 0.560 LGA I 296 I 296 0.857 0 0.028 0.096 1.280 73.636 75.682 0.771 LGA A 297 A 297 1.484 0 0.077 0.079 1.933 58.182 56.727 - LGA N 298 N 298 0.813 0 0.083 0.244 1.983 69.545 65.909 1.983 LGA K 299 K 299 2.685 0 0.394 0.324 12.468 52.273 23.434 12.468 LGA V 300 V 300 1.306 0 0.188 0.204 3.248 82.273 56.104 3.248 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.010 0.962 1.807 81.966 76.347 62.888 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.01 93.889 97.362 12.162 LGA_LOCAL RMSD: 1.010 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.010 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.010 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.799363 * X + -0.597792 * Y + -0.060525 * Z + 155.423172 Y_new = 0.561201 * X + 0.706835 * Y + 0.430625 * Z + 153.551300 Z_new = -0.214643 * X + -0.378193 * Y + 0.900499 * Z + 141.746246 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.612107 0.216326 -0.397612 [DEG: 35.0712 12.3946 -22.7815 ] ZXZ: -3.001956 0.449880 -2.625376 [DEG: -171.9994 25.7762 -150.4229 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS456_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS456_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.01 97.362 1.01 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS456_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.462 184.973 153.179 1.00 85.90 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.031 185.747 154.332 1.00 85.90 C ATOM 1347 C GLY 165 151.541 185.648 154.596 1.00 85.90 C ATOM 1348 O GLY 165 150.984 186.445 155.354 1.00 85.90 O ATOM 1349 N LYS 166 150.880 184.760 153.931 1.00 86.16 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.451 184.562 154.157 1.00 86.16 C ATOM 1351 C LYS 166 149.199 183.802 155.455 1.00 86.16 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.820 183.815 152.981 1.00 86.16 C ATOM 1353 O LYS 166 150.060 183.050 155.918 1.00 86.16 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.901 184.562 151.658 1.00 86.16 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.212 183.791 150.539 1.00 86.16 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.296 184.536 149.212 1.00 86.16 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.617 183.787 148.113 1.00 86.16 N ATOM 1358 N TRP 167 148.060 184.115 156.041 1.00 88.07 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.679 183.413 157.262 1.00 88.07 C ATOM 1360 C TRP 167 146.847 182.177 156.943 1.00 88.07 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.898 184.343 158.195 1.00 88.07 C ATOM 1362 O TRP 167 145.704 182.289 156.493 1.00 88.07 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.622 183.758 159.547 1.00 88.07 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.456 183.186 159.975 1.00 88.07 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.530 183.690 160.651 1.00 88.07 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.847 183.065 161.717 1.00 88.07 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.857 184.100 160.842 1.00 88.07 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.585 182.767 161.280 1.00 88.07 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.746 183.247 163.118 1.00 88.07 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.448 182.838 162.958 1.00 88.07 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.453 183.873 162.078 1.00 88.07 C ATOM 1372 N ILE 168 147.498 181.094 157.158 1.00 79.55 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.834 179.847 156.793 1.00 79.55 C ATOM 1374 C ILE 168 146.529 179.038 158.051 1.00 79.55 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.693 179.014 155.815 1.00 79.55 C ATOM 1376 O ILE 168 145.954 177.950 157.973 1.00 79.55 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.173 179.392 155.949 1.00 79.55 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.209 179.202 154.375 1.00 79.55 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.123 178.432 155.246 1.00 79.55 C ATOM 1380 N SER 169 146.975 179.559 159.160 1.00 71.11 N ATOM 1381 CA SER 169 146.858 178.823 160.415 1.00 71.11 C ATOM 1382 C SER 169 145.542 179.138 161.119 1.00 71.11 C ATOM 1383 CB SER 169 148.031 179.150 161.340 1.00 71.11 C ATOM 1384 O SER 169 145.216 180.305 161.347 1.00 71.11 O ATOM 1385 OG SER 169 149.177 178.397 160.984 1.00 71.11 O ATOM 1386 N GLY 170 144.440 178.525 161.019 1.00 72.83 N ATOM 1387 CA GLY 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1888 C TRP 234 141.241 185.820 181.726 1.00 89.05 C ATOM 1889 CB TRP 234 141.153 188.082 180.658 1.00 89.05 C ATOM 1890 O TRP 234 141.042 185.804 182.943 1.00 89.05 O ATOM 1891 CG TRP 234 140.637 188.918 179.525 1.00 89.05 C ATOM 1892 CD1 TRP 234 139.489 189.661 179.507 1.00 89.05 C ATOM 1893 CD2 TRP 234 141.249 189.092 178.244 1.00 89.05 C ATOM 1894 CE2 TRP 234 140.417 189.956 177.498 1.00 89.05 C ATOM 1895 CE3 TRP 234 142.421 188.603 177.654 1.00 89.05 C ATOM 1896 NE1 TRP 234 139.351 190.288 178.291 1.00 89.05 N ATOM 1897 CH2 TRP 234 141.874 189.847 175.636 1.00 89.05 C ATOM 1898 CZ2 TRP 234 140.720 190.341 176.190 1.00 89.05 C ATOM 1899 CZ3 TRP 234 142.722 188.986 176.352 1.00 89.05 C ATOM 1900 N ASN 235 142.072 184.994 181.088 1.00 87.81 N ATOM 1901 CA ASN 235 142.961 184.126 181.853 1.00 87.81 C ATOM 1902 C ASN 235 144.427 184.475 181.616 1.00 87.81 C ATOM 1903 CB ASN 235 142.702 182.657 181.511 1.00 87.81 C ATOM 1904 O ASN 235 144.764 185.114 180.618 1.00 87.81 O ATOM 1905 CG ASN 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