####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS456_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS456_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 28 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 64 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 61 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 61 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 80 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 4 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 84 117 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 10 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 61 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 63 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 66 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 66 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 73 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 61 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 53 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 7 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 84 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 7 16 24 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 36 64 117 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 15 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 80 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 66 107 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 114 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 85 124 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 111 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 82.22 91.85 95.56 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.66 0.80 0.86 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 1.13 1.03 0.98 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.840 0 0.046 0.046 0.904 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.543 0 0.000 0.120 1.711 90.909 78.788 1.711 LGA W 167 W 167 0.200 0 0.179 0.172 0.594 95.455 98.701 0.334 LGA I 168 I 168 0.802 0 0.143 1.496 3.360 90.909 68.864 2.241 LGA S 169 S 169 0.593 0 0.057 0.086 0.987 81.818 81.818 0.752 LGA G 170 G 170 0.644 0 0.049 0.049 0.644 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.642 0 0.092 1.403 6.107 86.364 54.091 3.709 LGA A 172 A 172 0.642 0 0.036 0.046 0.841 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.540 0 0.029 0.101 0.698 90.909 89.610 0.698 LGA Y 174 Y 174 0.329 0 0.057 0.241 1.400 95.455 86.667 1.400 LGA G 175 G 175 0.512 0 0.072 0.072 0.528 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.713 0 0.036 0.159 1.040 77.727 83.485 0.584 LGA Q 177 Q 177 1.132 0 0.057 0.486 1.989 69.545 65.657 1.264 LGA L 178 L 178 0.919 0 0.068 0.245 1.464 73.636 73.636 1.464 LGA N 179 N 179 1.435 0 0.164 0.704 4.992 65.455 39.091 4.992 LGA K 180 K 180 3.202 0 0.304 0.974 12.866 29.545 13.131 12.866 LGA K 181 K 181 2.366 0 0.441 0.942 11.083 55.000 25.051 11.083 LGA T 182 T 182 0.950 0 0.000 1.135 3.267 82.273 70.649 3.267 LGA S 183 S 183 0.974 0 0.167 0.146 1.221 82.273 76.667 1.221 LGA K 184 K 184 0.722 0 0.064 0.793 2.205 81.818 75.354 2.205 LGA L 185 L 185 0.370 0 0.050 0.063 0.556 95.455 97.727 0.340 LGA D 186 D 186 0.419 0 0.065 0.122 0.895 90.909 95.455 0.402 LGA P 187 P 187 0.664 0 0.000 0.116 1.658 70.000 75.065 0.712 LGA V 188 V 188 1.148 0 0.048 0.036 1.450 69.545 67.792 1.450 LGA E 189 E 189 1.087 0 0.062 0.329 1.525 73.636 71.111 1.525 LGA D 190 D 190 0.970 0 0.014 0.043 1.349 81.818 73.636 1.349 LGA E 191 E 191 0.760 0 0.000 0.061 1.430 86.364 78.384 1.430 LGA A 192 A 192 0.325 0 0.041 0.047 0.478 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.350 0 0.066 0.145 1.415 100.000 84.444 1.415 LGA V 194 V 194 0.404 0 0.000 0.047 0.531 100.000 94.805 0.530 LGA V 195 V 195 0.217 0 0.000 0.041 0.470 100.000 100.000 0.238 LGA Q 196 Q 196 0.213 0 0.035 0.261 1.321 100.000 90.303 1.321 LGA L 197 L 197 0.285 0 0.009 0.070 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA I 198 I 198 0.224 0 0.021 0.090 0.421 100.000 100.000 0.301 LGA F 199 F 199 0.241 0 0.000 0.047 0.305 100.000 100.000 0.180 LGA N 200 N 200 0.375 0 0.043 1.098 3.693 100.000 76.591 3.693 LGA I 201 I 201 0.191 0 0.000 0.066 0.274 100.000 100.000 0.274 LGA F 202 F 202 0.334 0 0.000 0.081 0.632 100.000 95.041 0.632 LGA L 203 L 203 0.479 0 0.069 0.146 1.239 100.000 88.864 0.930 LGA N 204 N 204 0.285 0 0.026 0.077 0.992 100.000 90.909 0.983 LGA G 205 G 205 0.309 0 0.038 0.038 0.394 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.238 0 0.045 0.867 2.781 95.455 84.091 0.941 LGA N 207 N 207 0.740 0 0.045 0.180 1.294 81.818 79.773 0.969 LGA G 208 G 208 0.824 0 0.079 0.079 1.488 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.132 0 0.095 0.239 2.673 69.545 58.384 2.673 LGA D 210 D 210 1.144 0 0.054 0.516 1.151 69.545 69.545 1.044 LGA Y 211 Y 211 1.751 0 0.078 0.550 2.047 54.545 51.061 1.773 LGA S 212 S 212 2.233 0 0.632 0.799 5.849 36.364 26.061 5.849 LGA Y 213 Y 213 2.975 0 0.131 1.077 14.428 41.818 14.091 14.428 LGA A 215 A 215 1.032 0 0.154 0.164 2.022 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.304 0 0.000 0.144 0.477 100.000 100.000 0.322 LGA A 217 A 217 0.340 0 0.034 0.058 0.384 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.500 0 0.000 0.079 1.095 90.909 85.152 1.095 LGA H 219 H 219 0.384 0 0.026 0.104 0.846 100.000 94.545 0.846 LGA L 220 L 220 0.415 0 0.000 0.147 0.557 100.000 95.455 0.557 LGA T 221 T 221 0.203 0 0.000 0.024 0.287 100.000 100.000 0.140 LGA N 222 N 222 0.265 0 0.031 0.105 0.482 100.000 100.000 0.386 LGA L 223 L 223 0.610 0 0.031 0.047 0.942 86.364 84.091 0.864 LGA Q 224 Q 224 0.457 0 0.042 0.171 1.086 95.455 88.081 0.825 LGA I 225 I 225 0.495 0 0.059 0.093 0.699 100.000 93.182 0.549 LGA P 226 P 226 0.506 0 0.051 0.084 0.934 86.364 84.416 0.934 LGA T 227 T 227 0.464 0 0.019 0.080 0.622 90.909 92.208 0.622 LGA P 228 P 228 0.808 0 0.047 0.084 0.861 81.818 81.818 0.649 LGA S 229 S 229 0.826 0 0.065 0.082 0.949 81.818 81.818 0.693 LGA G 230 G 230 0.831 0 0.015 0.015 0.857 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.314 0 0.021 0.512 0.987 100.000 93.939 0.987 LGA K 232 K 232 0.188 0 0.068 0.217 1.297 100.000 92.121 1.297 LGA R 233 R 233 0.267 0 0.063 1.237 5.599 100.000 66.116 3.973 LGA W 234 W 234 0.278 0 0.048 0.189 0.912 100.000 92.208 0.912 LGA N 235 N 235 0.779 0 0.102 0.636 1.550 81.818 78.182 0.929 LGA Q 236 Q 236 0.683 0 0.000 1.008 3.705 81.818 62.424 3.705 LGA Y 237 Y 237 0.740 0 0.054 0.172 1.205 81.818 77.727 1.205 LGA T 238 T 238 0.471 0 0.034 0.076 0.486 100.000 100.000 0.486 LGA I 239 I 239 0.458 0 0.047 0.138 0.467 100.000 100.000 0.248 LGA K 240 K 240 0.766 0 0.027 0.158 3.289 81.818 58.586 3.289 LGA A 241 A 241 0.627 0 0.068 0.076 0.718 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.199 0 0.028 0.092 0.246 100.000 100.000 0.225 LGA L 243 L 243 0.292 0 0.047 0.074 0.436 100.000 100.000 0.387 LGA Q 244 Q 244 0.367 0 0.028 0.159 0.555 95.455 97.980 0.353 LGA N 245 N 245 0.469 0 0.051 0.088 0.540 100.000 93.182 0.500 LGA E 246 E 246 0.450 0 0.043 0.638 1.603 95.455 84.646 1.383 LGA V 247 V 247 0.352 0 0.000 0.054 0.380 100.000 100.000 0.300 LGA Y 248 Y 248 0.299 0 0.065 0.192 1.333 100.000 91.061 1.333 LGA I 249 I 249 0.340 0 0.028 0.066 0.802 100.000 93.182 0.802 LGA G 250 G 250 0.258 0 0.005 0.005 0.379 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.474 0 0.101 0.125 0.756 95.455 89.610 0.586 LGA V 252 V 252 0.432 0 0.023 0.107 0.738 90.909 94.805 0.488 LGA K 253 K 253 0.306 0 0.043 0.072 1.001 95.455 90.101 1.001 LGA Y 254 Y 254 0.756 0 0.091 0.229 2.476 81.818 62.727 2.476 LGA K 255 K 255 0.648 0 0.094 0.878 5.764 86.364 53.939 5.764 LGA V 256 V 256 0.813 0 0.057 0.081 1.084 81.818 79.481 1.084 LGA R 257 R 257 0.530 0 0.027 1.068 4.220 86.364 61.983 3.773 LGA E 258 E 258 0.606 0 0.021 0.319 1.985 77.727 72.929 1.985 LGA K 259 K 259 0.906 0 0.019 0.307 1.666 73.636 65.859 1.666 LGA T 260 T 260 1.650 0 0.026 0.121 1.975 54.545 52.987 1.975 LGA K 261 K 261 2.599 0 0.027 0.595 4.929 30.000 21.010 4.929 LGA D 262 D 262 2.486 0 0.048 1.050 3.184 38.636 33.182 2.872 LGA G 263 G 263 1.531 0 0.039 0.039 1.812 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.213 0 0.090 0.461 3.468 65.455 58.586 3.468 LGA R 265 R 265 1.064 0 0.041 0.869 3.301 61.818 54.215 3.301 LGA T 266 T 266 1.231 0 0.042 0.046 1.370 65.455 65.455 1.154 LGA I 267 I 267 1.153 0 0.000 0.089 2.001 65.455 58.409 2.001 LGA R 268 R 268 0.901 0 0.038 0.963 2.847 73.636 72.727 2.847 LGA P 269 P 269 1.341 0 0.027 0.057 1.559 65.455 63.377 1.559 LGA E 270 E 270 1.173 0 0.010 0.288 2.162 65.455 57.778 2.162 LGA K 271 K 271 1.311 0 0.081 0.754 2.494 65.455 61.414 2.494 LGA E 272 E 272 0.890 0 0.110 0.142 2.003 81.818 69.899 2.003 LGA Q 273 Q 273 0.874 0 0.038 0.076 1.286 77.727 74.545 1.002 LGA I 274 I 274 0.600 0 0.041 0.093 1.172 81.818 79.773 1.172 LGA V 275 V 275 0.289 0 0.047 0.097 0.580 100.000 97.403 0.481 LGA V 276 V 276 0.267 0 0.051 0.048 0.368 100.000 100.000 0.266 LGA Q 277 Q 277 0.321 0 0.045 0.626 2.920 100.000 79.596 2.920 LGA D 278 D 278 0.292 0 0.097 0.234 0.822 100.000 95.455 0.822 LGA A 279 A 279 0.291 0 0.026 0.043 0.417 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.189 0 0.031 0.143 0.483 100.000 100.000 0.119 LGA A 281 A 281 0.329 0 0.029 0.028 0.599 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.317 0 0.051 0.075 0.637 100.000 94.805 0.637 LGA I 283 I 283 0.360 0 0.052 0.087 0.691 95.455 95.455 0.497 LGA I 284 I 284 0.268 0 0.000 0.043 0.432 100.000 100.000 0.262 LGA D 285 D 285 0.611 0 0.045 1.074 4.249 86.364 65.227 1.757 LGA K 286 K 286 0.766 0 0.000 0.232 1.362 81.818 76.364 1.362 LGA E 287 E 287 0.879 0 0.038 0.309 1.875 81.818 74.747 1.084 LGA Q 288 Q 288 0.606 0 0.026 0.288 1.621 81.818 74.747 1.621 LGA F 289 F 289 0.588 0 0.026 0.137 0.801 81.818 81.818 0.712 LGA Q 290 Q 290 0.938 0 0.067 1.259 3.133 81.818 58.990 3.047 LGA Q 291 Q 291 0.871 0 0.036 0.081 1.058 81.818 80.000 0.858 LGA S 292 S 292 0.656 0 0.058 0.699 2.808 81.818 72.727 2.808 LGA Q 293 Q 293 0.916 0 0.000 0.212 1.225 73.636 72.727 1.225 LGA V 294 V 294 1.193 0 0.047 0.065 1.397 65.455 65.455 1.397 LGA K 295 K 295 0.692 0 0.049 0.183 0.870 81.818 85.859 0.870 LGA I 296 I 296 0.911 0 0.023 0.094 1.282 73.636 75.682 0.912 LGA A 297 A 297 1.550 0 0.067 0.067 1.871 54.545 53.818 - LGA N 298 N 298 0.847 0 0.031 0.180 2.109 73.636 64.545 2.109 LGA K 299 K 299 2.389 0 0.432 0.523 13.104 62.727 28.081 13.104 LGA V 300 V 300 2.593 0 0.106 0.101 5.568 41.818 24.935 5.568 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.953 0.894 1.829 84.219 78.030 62.659 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 94.444 97.531 12.819 LGA_LOCAL RMSD: 0.953 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.953 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.953 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.721166 * X + -0.551320 * Y + 0.419482 * Z + 151.922409 Y_new = -0.600699 * X + -0.196030 * Y + 0.775070 * Z + 150.690491 Z_new = -0.345080 * X + -0.810937 * Y + -0.472548 * Z + 141.931335 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.694515 0.352324 -2.098412 [DEG: -39.7928 20.1867 -120.2301 ] ZXZ: 2.645516 2.062976 -2.739271 [DEG: 151.5769 118.1998 -156.9487 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS456_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS456_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.531 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS456_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.588 185.088 152.929 1.00 90.95 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.167 185.891 154.066 1.00 90.95 C ATOM 1347 C GLY 165 151.672 185.830 154.318 1.00 90.95 C ATOM 1348 O GLY 165 151.139 186.607 155.113 1.00 90.95 O ATOM 1349 N LYS 166 151.006 184.921 153.614 1.00 90.81 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.575 184.745 153.846 1.00 90.81 C ATOM 1351 C LYS 166 149.320 183.972 155.137 1.00 90.81 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.925 184.024 152.665 1.00 90.81 C ATOM 1353 O LYS 166 150.170 183.199 155.584 1.00 90.81 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.011 184.784 151.351 1.00 90.81 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.314 184.036 150.223 1.00 90.81 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.390 184.802 148.910 1.00 90.81 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.718 184.064 147.798 1.00 90.81 N ATOM 1358 N TRP 167 148.164 184.287 155.805 1.00 92.27 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.813 183.591 157.038 1.00 92.27 C ATOM 1360 C TRP 167 147.004 182.333 156.742 1.00 92.27 C ATOM 1361 CB TRP 167 147.024 184.514 157.971 1.00 92.27 C ATOM 1362 O TRP 167 145.847 182.416 156.323 1.00 92.27 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.741 183.921 159.319 1.00 92.27 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.598 183.285 159.716 1.00 92.27 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.618 183.912 160.449 1.00 92.27 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.941 183.254 161.498 1.00 92.27 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.914 184.396 160.675 1.00 92.27 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.711 182.882 161.026 1.00 92.27 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.785 183.552 162.954 1.00 92.27 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.517 183.068 162.758 1.00 92.27 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.485 184.211 161.930 1.00 92.27 C ATOM 1372 N ILE 168 147.632 181.136 157.057 1.00 87.46 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.996 179.867 156.721 1.00 87.46 C ATOM 1374 C ILE 168 146.781 179.045 157.991 1.00 87.46 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.834 179.067 155.699 1.00 87.46 C ATOM 1376 O ILE 168 146.331 177.898 157.926 1.00 87.46 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.312 179.065 156.108 1.00 87.46 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.656 179.637 154.291 1.00 87.46 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.168 178.078 155.326 1.00 87.46 C ATOM 1380 N SER 169 147.087 179.531 159.200 1.00 75.62 N ATOM 1381 CA SER 169 147.120 178.773 160.447 1.00 75.62 C ATOM 1382 C SER 169 145.783 178.853 161.177 1.00 75.62 C ATOM 1383 CB SER 169 148.238 179.284 161.356 1.00 75.62 C ATOM 1384 O SER 169 145.743 178.861 162.410 1.00 75.62 O ATOM 1385 OG SER 169 149.499 179.152 160.723 1.00 75.62 O ATOM 1386 N GLY 170 144.715 178.885 160.502 1.00 78.34 N ATOM 1387 CA GLY 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