####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS456_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS456_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.86 0.86 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 73 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 19 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 58 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 106 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 30 56 74 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 99 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 49 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 80 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 78 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 81 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 82 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 79 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 70 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 14 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 97 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 5 22 41 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 23 107 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 46 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 73 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 73 123 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 59 121 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 117 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 86.67 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.45 0.55 0.66 0.68 0.78 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 GDT RMS_ALL_AT 0.87 0.87 0.87 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.453 0 0.033 0.033 0.453 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.271 0 0.029 0.108 0.633 100.000 97.980 0.633 LGA W 167 W 167 0.130 0 0.194 0.232 0.667 95.455 98.701 0.243 LGA I 168 I 168 0.780 0 0.143 1.354 3.368 81.818 67.955 1.951 LGA S 169 S 169 1.207 0 0.564 0.586 3.081 57.727 57.879 1.566 LGA G 170 G 170 1.368 0 0.084 0.084 1.601 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.923 0 0.034 1.399 5.696 77.727 52.727 2.881 LGA A 172 A 172 0.482 0 0.010 0.030 0.678 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.224 0 0.000 0.079 0.274 100.000 100.000 0.225 LGA Y 174 Y 174 0.377 0 0.028 0.223 1.387 100.000 86.667 1.387 LGA G 175 G 175 0.363 0 0.065 0.065 0.363 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.371 0 0.000 0.162 0.596 100.000 96.970 0.398 LGA Q 177 Q 177 0.533 0 0.060 0.267 1.198 90.909 84.040 0.593 LGA L 178 L 178 0.290 0 0.128 0.207 1.659 86.818 80.455 1.659 LGA N 179 N 179 1.399 0 0.164 0.645 4.998 59.091 35.909 4.998 LGA K 180 K 180 4.087 0 0.291 0.968 13.560 14.091 6.263 13.560 LGA K 181 K 181 1.803 0 0.456 0.973 10.512 61.818 28.889 10.512 LGA T 182 T 182 0.975 0 0.030 1.113 3.389 73.636 63.636 3.389 LGA S 183 S 183 0.652 0 0.119 0.106 1.025 86.364 82.121 0.920 LGA K 184 K 184 0.742 0 0.069 0.861 2.778 81.818 72.121 2.778 LGA L 185 L 185 0.267 0 0.067 0.078 0.535 95.455 97.727 0.365 LGA D 186 D 186 0.176 0 0.030 0.149 0.860 100.000 97.727 0.378 LGA P 187 P 187 0.459 0 0.033 0.370 1.212 86.818 87.273 0.711 LGA V 188 V 188 0.714 0 0.000 0.022 0.830 81.818 81.818 0.830 LGA E 189 E 189 0.703 0 0.036 0.225 0.758 81.818 81.818 0.731 LGA D 190 D 190 0.642 0 0.037 0.047 0.979 86.364 84.091 0.979 LGA E 191 E 191 0.461 0 0.000 0.000 0.780 95.455 87.879 0.780 LGA A 192 A 192 0.297 0 0.033 0.029 0.355 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.284 0 0.051 0.094 0.533 100.000 93.939 0.529 LGA V 194 V 194 0.276 0 0.000 0.033 0.413 100.000 100.000 0.413 LGA V 195 V 195 0.155 0 0.006 0.000 0.298 100.000 100.000 0.170 LGA Q 196 Q 196 0.123 0 0.012 0.263 1.267 100.000 90.303 1.048 LGA L 197 L 197 0.247 0 0.000 0.056 0.388 100.000 100.000 0.388 LGA I 198 I 198 0.208 0 0.042 0.073 0.367 100.000 100.000 0.322 LGA F 199 F 199 0.194 0 0.018 0.044 0.228 100.000 100.000 0.138 LGA N 200 N 200 0.283 0 0.032 0.998 3.366 100.000 77.500 3.366 LGA I 201 I 201 0.130 0 0.008 0.040 0.207 100.000 100.000 0.057 LGA F 202 F 202 0.153 0 0.000 0.039 0.281 100.000 100.000 0.281 LGA L 203 L 203 0.225 0 0.008 0.056 0.444 100.000 100.000 0.416 LGA N 204 N 204 0.269 0 0.000 0.116 1.112 100.000 88.864 0.758 LGA G 205 G 205 0.342 0 0.035 0.035 0.405 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.354 0 0.014 0.180 0.869 90.909 90.909 0.527 LGA N 207 N 207 0.817 0 0.045 0.228 1.582 81.818 75.909 0.993 LGA G 208 G 208 1.007 0 0.102 0.102 1.470 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.178 0 0.042 0.531 1.442 69.545 78.586 0.274 LGA D 210 D 210 1.155 0 0.087 0.655 1.383 69.545 69.545 1.383 LGA Y 211 Y 211 1.665 0 0.116 0.598 2.036 54.545 54.697 1.683 LGA S 212 S 212 2.212 0 0.644 0.781 5.757 39.545 28.182 5.757 LGA Y 213 Y 213 3.097 0 0.154 1.098 14.687 39.545 13.333 14.687 LGA A 215 A 215 0.990 0 0.195 0.212 2.020 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.336 0 0.000 0.152 0.533 100.000 95.455 0.513 LGA A 217 A 217 0.258 0 0.052 0.064 0.384 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.573 0 0.000 0.131 1.408 95.455 88.182 1.408 LGA H 219 H 219 0.351 0 0.000 0.072 0.743 100.000 92.727 0.743 LGA L 220 L 220 0.342 0 0.000 0.083 0.485 100.000 100.000 0.485 LGA T 221 T 221 0.376 0 0.000 0.035 0.567 95.455 97.403 0.306 LGA N 222 N 222 0.575 0 0.041 0.060 0.783 86.364 88.636 0.630 LGA L 223 L 223 0.682 0 0.037 0.061 0.907 81.818 81.818 0.672 LGA Q 224 Q 224 0.591 0 0.041 0.239 1.271 81.818 82.020 1.271 LGA I 225 I 225 0.546 0 0.049 0.102 0.567 86.364 88.636 0.222 LGA P 226 P 226 0.469 0 0.036 0.065 0.742 90.909 87.013 0.742 LGA T 227 T 227 0.370 0 0.038 0.077 0.480 100.000 100.000 0.480 LGA P 228 P 228 0.550 0 0.081 0.086 0.550 90.909 92.208 0.483 LGA S 229 S 229 0.605 0 0.156 0.168 0.735 81.818 87.879 0.332 LGA G 230 G 230 0.745 0 0.028 0.028 1.060 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.291 0 0.038 0.469 1.185 100.000 92.121 1.185 LGA K 232 K 232 0.284 0 0.103 0.239 0.745 95.455 95.960 0.745 LGA R 233 R 233 0.209 0 0.000 1.178 6.737 100.000 51.570 4.296 LGA W 234 W 234 0.388 0 0.053 0.133 0.613 100.000 93.506 0.539 LGA N 235 N 235 0.574 0 0.024 0.546 2.225 90.909 78.864 2.225 LGA Q 236 Q 236 0.586 0 0.000 0.894 3.443 95.455 69.293 3.443 LGA Y 237 Y 237 0.445 0 0.068 0.167 0.885 95.455 92.424 0.885 LGA T 238 T 238 0.321 0 0.000 0.024 0.396 100.000 100.000 0.368 LGA I 239 I 239 0.236 0 0.030 0.110 0.345 100.000 100.000 0.345 LGA K 240 K 240 0.513 0 0.031 0.235 3.284 95.455 69.495 3.284 LGA A 241 A 241 0.400 0 0.078 0.082 0.519 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.100 0 0.045 0.069 0.167 100.000 100.000 0.167 LGA L 243 L 243 0.128 0 0.041 0.064 0.416 100.000 100.000 0.202 LGA Q 244 Q 244 0.050 0 0.039 0.236 1.007 100.000 92.121 0.709 LGA N 245 N 245 0.088 0 0.025 0.096 0.379 100.000 100.000 0.379 LGA E 246 E 246 0.093 0 0.027 0.485 1.443 100.000 94.141 0.973 LGA V 247 V 247 0.135 0 0.000 0.031 0.312 100.000 100.000 0.258 LGA Y 248 Y 248 0.192 0 0.041 0.122 1.055 100.000 91.061 1.055 LGA I 249 I 249 0.133 0 0.013 0.030 0.246 100.000 100.000 0.114 LGA G 250 G 250 0.189 0 0.055 0.055 0.189 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.075 0 0.037 0.048 0.281 100.000 100.000 0.098 LGA V 252 V 252 0.255 0 0.053 0.123 0.649 100.000 97.403 0.649 LGA K 253 K 253 0.501 0 0.058 0.127 0.828 95.455 87.879 0.768 LGA Y 254 Y 254 0.600 0 0.031 0.227 2.260 95.455 69.545 2.260 LGA K 255 K 255 0.545 0 0.000 0.172 1.322 81.818 80.000 1.322 LGA V 256 V 256 0.769 0 0.059 0.062 0.895 81.818 81.818 0.727 LGA R 257 R 257 0.941 0 0.095 1.050 5.573 77.727 51.405 3.225 LGA E 258 E 258 0.831 0 0.051 0.303 1.573 77.727 72.929 1.573 LGA K 259 K 259 1.193 0 0.044 0.241 1.534 65.455 64.040 1.252 LGA T 260 T 260 1.128 0 0.000 0.080 1.552 61.818 65.714 1.008 LGA K 261 K 261 1.923 0 0.022 0.214 2.389 47.727 42.424 2.056 LGA D 262 D 262 1.695 0 0.024 0.864 3.062 50.909 42.273 2.893 LGA G 263 G 263 1.657 0 0.013 0.013 1.657 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.111 0 0.081 0.449 1.844 65.455 64.040 1.844 LGA R 265 R 265 1.034 0 0.070 0.862 3.576 77.727 62.314 3.576 LGA T 266 T 266 0.834 0 0.050 0.074 0.945 81.818 81.818 0.701 LGA I 267 I 267 0.580 0 0.020 0.064 0.806 81.818 81.818 0.806 LGA R 268 R 268 0.237 0 0.023 0.968 2.859 100.000 87.273 2.859 LGA P 269 P 269 0.219 0 0.000 0.024 0.323 100.000 100.000 0.146 LGA E 270 E 270 0.528 0 0.000 0.231 1.152 86.364 80.202 1.015 LGA K 271 K 271 0.672 0 0.059 0.726 5.168 81.818 51.717 5.168 LGA E 272 E 272 0.391 0 0.041 0.087 0.980 100.000 91.919 0.980 LGA Q 273 Q 273 0.123 0 0.033 0.087 0.458 100.000 100.000 0.458 LGA I 274 I 274 0.183 0 0.029 0.103 0.762 100.000 97.727 0.762 LGA V 275 V 275 0.250 0 0.000 0.033 0.542 95.455 97.403 0.453 LGA V 276 V 276 0.174 0 0.071 0.076 0.458 100.000 100.000 0.272 LGA Q 277 Q 277 0.087 0 0.041 0.577 2.767 100.000 79.596 2.767 LGA D 278 D 278 0.112 0 0.043 0.216 0.599 100.000 97.727 0.599 LGA A 279 A 279 0.175 0 0.014 0.025 0.243 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.300 0 0.024 0.223 0.546 100.000 98.182 0.392 LGA A 281 A 281 0.385 0 0.022 0.021 0.465 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.234 0 0.041 0.056 0.325 100.000 100.000 0.282 LGA I 283 I 283 0.410 0 0.047 0.062 0.648 95.455 95.455 0.386 LGA I 284 I 284 0.262 0 0.000 0.055 0.299 100.000 100.000 0.299 LGA D 285 D 285 0.301 0 0.023 0.814 2.551 100.000 84.318 2.551 LGA K 286 K 286 0.262 0 0.000 0.237 1.324 100.000 92.121 1.324 LGA E 287 E 287 0.368 0 0.013 0.291 1.891 100.000 86.869 1.144 LGA Q 288 Q 288 0.300 0 0.028 0.279 1.908 100.000 83.232 1.614 LGA F 289 F 289 0.130 0 0.029 0.104 0.307 100.000 100.000 0.230 LGA Q 290 Q 290 0.238 0 0.036 1.189 3.646 100.000 71.313 3.646 LGA Q 291 Q 291 0.124 0 0.035 0.107 0.511 100.000 97.980 0.511 LGA S 292 S 292 0.107 0 0.051 0.680 2.169 100.000 89.697 2.169 LGA Q 293 Q 293 0.310 0 0.000 0.228 0.670 95.455 93.939 0.670 LGA V 294 V 294 0.396 0 0.035 0.056 0.558 100.000 94.805 0.526 LGA K 295 K 295 0.220 0 0.074 0.150 0.787 95.455 91.919 0.590 LGA I 296 I 296 0.549 0 0.025 0.071 0.911 86.364 88.636 0.422 LGA A 297 A 297 0.887 0 0.092 0.107 1.411 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.555 0 0.000 0.224 1.414 73.636 77.727 0.947 LGA K 299 K 299 2.129 0 0.385 0.320 12.756 67.273 30.505 12.756 LGA V 300 V 300 3.330 0 0.067 0.063 6.628 22.727 12.987 6.628 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.858 0.820 1.767 88.633 83.150 69.809 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.86 95.926 98.051 14.094 LGA_LOCAL RMSD: 0.858 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.858 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.858 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.283286 * X + 0.834541 * Y + 0.472536 * Z + 146.986603 Y_new = 0.625811 * X + 0.212500 * Y + -0.750469 * Z + 142.681610 Z_new = -0.726711 * X + 0.508316 * Y + -0.462066 * Z + 140.836853 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.145724 0.813523 2.308569 [DEG: 65.6451 46.6114 132.2713 ] ZXZ: 0.561939 2.051120 -0.960423 [DEG: 32.1967 117.5205 -55.0282 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS456_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS456_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.86 98.051 0.86 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS456_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 154.057 185.144 153.323 1.00 87.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.454 185.872 154.448 1.00 87.67 C ATOM 1347 C GLY 165 151.933 185.744 154.551 1.00 88.96 C ATOM 1348 O GLY 165 151.296 186.514 155.269 1.00 86.46 O ATOM 1349 N LYS 166 151.316 184.789 153.846 1.00 88.79 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.877 184.519 153.920 1.00 88.62 C ATOM 1351 C LYS 166 149.552 183.731 155.194 1.00 89.39 C ATOM 1352 O LYS 166 150.286 182.826 155.586 1.00 87.43 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.386 183.795 152.649 1.00 87.22 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.546 184.651 151.371 1.00 84.24 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.076 183.945 150.094 1.00 80.93 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.258 184.878 148.883 1.00 75.99 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.937 184.264 147.568 1.00 68.94 N ATOM 1358 N TRP 167 148.425 184.059 155.836 1.00 89.61 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.929 183.331 157.008 1.00 90.22 C ATOM 1360 C TRP 167 147.073 182.145 156.565 1.00 89.66 C ATOM 1361 O TRP 167 145.989 182.322 156.018 1.00 86.94 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.153 184.275 157.916 1.00 89.47 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.799 183.660 159.230 1.00 89.55 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.664 182.989 159.512 1.00 86.96 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.618 183.621 160.441 1.00 88.25 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.717 182.540 160.830 1.00 86.67 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.893 182.910 161.425 1.00 87.69 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.888 184.128 160.779 1.00 87.53 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.422 182.693 162.718 1.00 87.16 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.409 183.918 162.061 1.00 85.89 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.682 183.201 163.019 1.00 85.32 C ATOM 1372 N ILE 168 147.551 180.945 156.816 1.00 87.53 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.928 179.694 156.378 1.00 85.87 C ATOM 1374 C ILE 168 146.477 178.807 157.545 1.00 84.84 C ATOM 1375 O ILE 168 146.008 177.691 157.351 1.00 78.80 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.835 178.916 155.408 1.00 82.57 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.336 179.087 155.699 1.00 77.84 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.508 179.246 153.979 1.00 75.08 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.216 178.156 154.873 1.00 71.23 C ATOM 1380 N SER 169 146.621 179.307 158.759 1.00 84.31 N ATOM 1381 CA SER 169 146.159 178.668 159.990 1.00 82.89 C ATOM 1382 C SER 169 144.650 178.870 160.183 1.00 81.96 C ATOM 1383 O SER 169 143.981 179.456 159.338 1.00 75.74 O ATOM 1384 CB SER 169 146.965 179.205 161.172 1.00 79.34 C ATOM 1385 OG SER 169 148.343 179.031 160.952 1.00 74.10 O ATOM 1386 N GLY 170 144.096 178.369 161.288 1.00 79.67 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.675 178.503 161.612 1.00 79.32 C ATOM 1388 C GLY 170 142.281 179.924 162.017 1.00 81.96 C ATOM 1389 O GLY 170 142.299 180.844 161.207 1.00 78.45 O ATOM 1390 N LEU 171 141.926 180.105 163.298 1.00 83.39 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.545 181.414 163.832 1.00 83.15 C ATOM 1392 C LEU 171 142.710 182.402 163.729 1.00 84.32 C ATOM 1393 O LEU 171 143.840 182.074 164.094 1.00 82.10 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.083 181.259 165.290 1.00 80.10 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.715 180.573 165.434 1.00 76.21 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.531 180.036 166.848 1.00 70.09 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.567 181.552 165.144 1.00 68.90 C ATOM 1398 N ALA 172 142.395 183.609 163.267 1.00 86.43 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.337 184.718 163.307 1.00 86.81 C ATOM 1400 C ALA 172 143.728 185.047 164.766 1.00 87.87 C ATOM 1401 O ALA 172 142.915 184.844 165.675 1.00 85.89 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.709 185.917 162.594 1.00 84.74 C ATOM 1403 N PRO 173 144.942 185.545 165.014 1.00 88.56 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.330 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