####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS450_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS450_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 71 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 100 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 14 98 121 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 27 106 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 42 81 103 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 101 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 64 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 70 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 70 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 49 110 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 49 110 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 21 110 121 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 110 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 83 120 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 22 42 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 13 127 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 61 110 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 71 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 57 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 72 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 29 100 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 3 121 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 111 122 127 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 82.22 90.37 94.07 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.44 0.59 0.68 0.80 0.89 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.03 1.02 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.586 0 0.028 0.028 0.598 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.466 0 0.028 0.117 1.030 100.000 90.101 1.030 LGA W 167 W 167 0.299 0 0.220 0.221 0.584 95.455 98.701 0.430 LGA I 168 I 168 0.913 0 0.044 0.786 1.879 81.818 71.818 1.260 LGA S 169 S 169 1.407 0 0.564 0.599 2.873 55.909 52.121 2.244 LGA G 170 G 170 1.641 0 0.065 0.065 1.880 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.113 0 0.039 1.394 5.933 69.545 47.500 3.169 LGA A 172 A 172 0.556 0 0.011 0.030 0.791 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.294 0 0.000 0.105 0.373 100.000 100.000 0.312 LGA Y 174 Y 174 0.481 0 0.023 0.230 1.481 95.455 83.788 1.481 LGA G 175 G 175 0.294 0 0.067 0.067 0.389 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.332 0 0.006 0.169 0.526 100.000 96.970 0.247 LGA Q 177 Q 177 0.590 0 0.057 0.258 0.981 90.909 85.859 0.655 LGA L 178 L 178 0.443 0 0.135 0.210 1.770 90.909 82.500 1.770 LGA N 179 N 179 1.194 0 0.177 0.632 4.642 62.273 37.500 4.642 LGA K 180 K 180 3.974 0 0.287 0.967 13.616 20.455 9.091 13.616 LGA K 181 K 181 1.668 0 0.446 1.129 11.631 65.909 30.505 11.631 LGA T 182 T 182 0.843 0 0.017 1.116 3.541 86.364 71.948 3.541 LGA S 183 S 183 0.761 0 0.108 0.097 1.107 86.364 79.394 1.048 LGA K 184 K 184 0.827 0 0.073 0.876 2.875 81.818 72.121 2.875 LGA L 185 L 185 0.440 0 0.072 0.081 0.710 90.909 95.455 0.432 LGA D 186 D 186 0.254 0 0.037 0.142 0.756 100.000 97.727 0.267 LGA P 187 P 187 0.587 0 0.038 0.078 1.215 82.273 82.078 0.706 LGA V 188 V 188 0.788 0 0.011 0.016 0.883 81.818 81.818 0.883 LGA E 189 E 189 0.757 0 0.034 0.209 0.813 81.818 81.818 0.805 LGA D 190 D 190 0.677 0 0.023 0.048 1.048 81.818 79.773 1.048 LGA E 191 E 191 0.452 0 0.012 0.012 0.760 95.455 87.879 0.760 LGA A 192 A 192 0.346 0 0.024 0.022 0.424 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.351 0 0.041 0.083 0.700 100.000 91.919 0.668 LGA V 194 V 194 0.303 0 0.000 0.043 0.438 100.000 100.000 0.438 LGA V 195 V 195 0.184 0 0.000 0.000 0.248 100.000 100.000 0.183 LGA Q 196 Q 196 0.212 0 0.011 0.251 1.206 100.000 90.303 1.065 LGA L 197 L 197 0.296 0 0.000 0.056 0.425 100.000 100.000 0.425 LGA I 198 I 198 0.244 0 0.034 0.069 0.423 100.000 100.000 0.358 LGA F 199 F 199 0.247 0 0.025 0.044 0.298 100.000 100.000 0.195 LGA N 200 N 200 0.285 0 0.015 0.650 1.653 100.000 89.545 1.653 LGA I 201 I 201 0.154 0 0.022 0.039 0.241 100.000 100.000 0.096 LGA F 202 F 202 0.219 0 0.000 0.025 0.448 100.000 100.000 0.448 LGA L 203 L 203 0.339 0 0.026 0.060 0.759 100.000 93.182 0.673 LGA N 204 N 204 0.245 0 0.006 0.105 1.194 100.000 88.864 0.900 LGA G 205 G 205 0.557 0 0.039 0.039 0.638 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.709 0 0.039 0.203 1.109 77.727 84.545 0.273 LGA N 207 N 207 1.355 0 0.056 0.225 2.381 65.455 56.591 1.723 LGA G 208 G 208 1.324 0 0.089 0.089 1.608 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.545 0 0.036 0.460 1.869 61.818 64.242 1.538 LGA D 210 D 210 1.453 0 0.074 0.753 1.538 65.455 62.045 1.518 LGA Y 211 Y 211 1.915 0 0.115 0.584 2.079 50.909 48.788 1.746 LGA S 212 S 212 2.348 0 0.642 0.789 5.957 36.364 26.061 5.957 LGA Y 213 Y 213 3.014 0 0.153 1.125 14.397 39.545 13.333 14.397 LGA A 215 A 215 1.104 0 0.198 0.215 2.045 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.391 0 0.000 0.147 0.486 100.000 100.000 0.421 LGA A 217 A 217 0.287 0 0.055 0.069 0.344 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.505 0 0.013 0.129 1.281 90.909 85.152 1.281 LGA H 219 H 219 0.376 0 0.000 0.078 0.746 100.000 94.545 0.746 LGA L 220 L 220 0.297 0 0.000 0.078 0.473 100.000 100.000 0.473 LGA T 221 T 221 0.253 0 0.000 0.027 0.310 100.000 100.000 0.192 LGA N 222 N 222 0.321 0 0.042 0.067 0.496 100.000 100.000 0.496 LGA L 223 L 223 0.516 0 0.046 0.068 0.747 86.364 84.091 0.663 LGA Q 224 Q 224 0.498 0 0.042 0.213 0.994 95.455 89.899 0.991 LGA I 225 I 225 0.431 0 0.047 0.097 0.466 100.000 100.000 0.225 LGA P 226 P 226 0.422 0 0.040 0.070 0.622 95.455 92.208 0.622 LGA T 227 T 227 0.355 0 0.041 0.065 0.438 100.000 100.000 0.438 LGA P 228 P 228 0.496 0 0.082 0.089 0.496 100.000 100.000 0.425 LGA S 229 S 229 0.555 0 0.155 0.162 0.747 86.364 90.909 0.387 LGA G 230 G 230 0.609 0 0.041 0.041 0.935 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.161 0 0.047 0.454 1.199 100.000 92.121 1.199 LGA K 232 K 232 0.270 0 0.101 0.242 0.838 95.455 93.939 0.838 LGA R 233 R 233 0.234 0 0.027 1.056 5.046 100.000 52.397 3.955 LGA W 234 W 234 0.289 0 0.044 0.138 0.570 100.000 94.805 0.536 LGA N 235 N 235 0.542 0 0.009 0.555 2.344 90.909 78.864 2.344 LGA Q 236 Q 236 0.543 0 0.000 0.875 3.486 90.909 69.091 3.486 LGA Y 237 Y 237 0.568 0 0.061 0.163 0.777 86.364 86.364 0.674 LGA T 238 T 238 0.418 0 0.006 0.032 0.453 100.000 100.000 0.440 LGA I 239 I 239 0.279 0 0.033 0.124 0.331 100.000 100.000 0.331 LGA K 240 K 240 0.555 0 0.026 0.219 2.898 95.455 71.717 2.898 LGA A 241 A 241 0.406 0 0.079 0.083 0.542 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.068 0 0.038 0.068 0.221 100.000 100.000 0.183 LGA L 243 L 243 0.248 0 0.033 0.058 0.528 95.455 97.727 0.314 LGA Q 244 Q 244 0.207 0 0.035 0.236 0.841 100.000 95.960 0.696 LGA N 245 N 245 0.212 0 0.020 0.090 0.493 100.000 100.000 0.493 LGA E 246 E 246 0.254 0 0.031 0.453 1.306 100.000 94.141 0.822 LGA V 247 V 247 0.244 0 0.000 0.037 0.348 100.000 100.000 0.306 LGA Y 248 Y 248 0.327 0 0.038 0.118 1.178 100.000 88.030 1.178 LGA I 249 I 249 0.242 0 0.016 0.030 0.345 100.000 100.000 0.290 LGA G 250 G 250 0.230 0 0.051 0.051 0.276 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.214 0 0.035 0.041 0.369 100.000 100.000 0.259 LGA V 252 V 252 0.371 0 0.040 0.112 0.720 100.000 97.403 0.720 LGA K 253 K 253 0.493 0 0.056 0.128 0.860 100.000 89.899 0.800 LGA Y 254 Y 254 0.528 0 0.033 0.241 2.311 95.455 72.121 2.311 LGA K 255 K 255 0.794 0 0.000 0.174 1.415 81.818 80.000 1.415 LGA V 256 V 256 0.994 0 0.070 0.074 1.013 77.727 77.143 0.963 LGA R 257 R 257 1.128 0 0.093 1.059 5.133 65.455 47.934 2.721 LGA E 258 E 258 1.244 0 0.062 0.279 1.810 65.455 62.222 1.810 LGA K 259 K 259 1.819 0 0.041 0.234 2.328 50.909 45.253 2.184 LGA T 260 T 260 1.760 0 0.000 0.067 2.265 44.545 49.351 1.564 LGA K 261 K 261 2.649 0 0.020 0.443 4.526 30.000 24.646 4.526 LGA D 262 D 262 2.300 0 0.025 0.902 3.617 38.182 30.909 3.444 LGA G 263 G 263 2.269 0 0.023 0.023 2.269 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.488 0 0.103 0.472 1.687 54.545 57.374 1.687 LGA R 265 R 265 1.484 0 0.082 0.955 4.936 65.455 48.595 4.936 LGA T 266 T 266 1.209 0 0.043 0.077 1.368 69.545 67.792 1.142 LGA I 267 I 267 0.906 0 0.027 0.068 1.113 73.636 75.682 1.113 LGA R 268 R 268 0.604 0 0.023 0.965 2.630 90.909 77.355 2.630 LGA P 269 P 269 0.310 0 0.011 0.028 0.594 100.000 94.805 0.594 LGA E 270 E 270 0.213 0 0.000 0.247 1.165 100.000 90.303 1.165 LGA K 271 K 271 0.541 0 0.057 0.717 4.613 95.455 60.808 4.613 LGA E 272 E 272 0.426 0 0.037 0.095 1.469 100.000 84.444 1.469 LGA Q 273 Q 273 0.217 0 0.034 0.083 0.442 100.000 100.000 0.442 LGA I 274 I 274 0.160 0 0.027 0.103 0.737 100.000 97.727 0.737 LGA V 275 V 275 0.283 0 0.020 0.045 0.505 95.455 97.403 0.478 LGA V 276 V 276 0.290 0 0.057 0.063 0.600 100.000 97.403 0.421 LGA Q 277 Q 277 0.136 0 0.044 0.578 2.705 100.000 81.010 2.705 LGA D 278 D 278 0.031 0 0.037 0.225 0.797 100.000 97.727 0.797 LGA A 279 A 279 0.160 0 0.009 0.022 0.233 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.234 0 0.027 0.223 0.632 100.000 98.182 0.447 LGA A 281 A 281 0.384 0 0.026 0.025 0.507 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.260 0 0.037 0.052 0.416 100.000 100.000 0.416 LGA I 283 I 283 0.421 0 0.043 0.054 0.650 95.455 95.455 0.489 LGA I 284 I 284 0.288 0 0.000 0.055 0.298 100.000 100.000 0.158 LGA D 285 D 285 0.342 0 0.004 0.116 0.627 100.000 97.727 0.627 LGA K 286 K 286 0.374 0 0.000 0.239 1.110 100.000 90.101 1.110 LGA E 287 E 287 0.588 0 0.029 0.292 2.199 90.909 74.141 1.564 LGA Q 288 Q 288 0.385 0 0.008 0.572 1.791 100.000 81.010 1.472 LGA F 289 F 289 0.114 0 0.026 0.126 0.496 100.000 100.000 0.422 LGA Q 290 Q 290 0.387 0 0.041 0.163 0.670 100.000 93.939 0.670 LGA Q 291 Q 291 0.254 0 0.034 0.120 0.593 100.000 95.960 0.593 LGA S 292 S 292 0.126 0 0.053 0.687 2.261 100.000 89.697 2.261 LGA Q 293 Q 293 0.452 0 0.015 0.244 0.794 90.909 89.899 0.794 LGA V 294 V 294 0.545 0 0.041 0.058 0.728 86.364 84.416 0.638 LGA K 295 K 295 0.268 0 0.047 0.145 0.795 90.909 93.939 0.476 LGA I 296 I 296 0.758 0 0.036 0.065 1.248 78.182 80.000 0.535 LGA A 297 A 297 1.221 0 0.126 0.142 1.965 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.760 0 0.080 0.190 1.488 73.636 80.000 0.841 LGA K 299 K 299 3.320 0 0.335 0.698 15.157 33.636 14.949 15.157 LGA V 300 V 300 3.616 0 0.035 0.129 8.502 18.182 10.390 8.502 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.994 0.955 1.881 86.650 81.373 69.091 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.074 97.135 12.335 LGA_LOCAL RMSD: 0.994 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.994 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.994 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.345914 * X + -0.011347 * Y + 0.938198 * Z + 153.603683 Y_new = -0.725890 * X + 0.636803 * Y + -0.259934 * Z + 154.998276 Z_new = -0.594498 * X + -0.770943 * Y + -0.228516 * Z + 141.933472 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.015498 0.636641 -1.858957 [DEG: -115.4795 36.4768 -106.5104 ] ZXZ: 1.300519 1.801349 -2.484704 [DEG: 74.5143 103.2097 -142.3631 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS450_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS450_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.135 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS450_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.820 185.086 153.385 1.00 86.20 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.246 185.817 154.524 1.00 86.35 C ATOM 1347 C GLY 165 151.723 185.716 154.648 1.00 87.87 C ATOM 1348 O GLY 165 151.113 186.487 155.388 1.00 85.37 O ATOM 1349 N LYS 166 151.085 184.776 153.941 1.00 87.18 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.645 184.524 154.036 1.00 86.92 C ATOM 1351 C LYS 166 149.331 183.713 155.301 1.00 87.76 C ATOM 1352 O LYS 166 150.074 182.805 155.673 1.00 85.79 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.120 183.842 152.754 1.00 85.30 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.263 184.727 151.490 1.00 82.47 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.771 184.059 150.194 1.00 79.28 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.938 185.025 149.004 1.00 74.06 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.558 184.470 147.674 1.00 67.46 N ATOM 1358 N TRP 167 148.211 184.010 155.951 1.00 89.11 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.741 183.268 157.127 1.00 89.72 C ATOM 1360 C TRP 167 146.919 182.052 156.701 1.00 89.25 C ATOM 1361 O TRP 167 145.885 182.188 156.054 1.00 86.38 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.943 184.193 158.039 1.00 88.98 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.602 183.567 159.354 1.00 89.44 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.456 182.919 159.649 1.00 86.16 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.440 183.493 160.548 1.00 87.91 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.522 182.452 160.958 1.00 85.83 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.722 182.779 161.537 1.00 87.21 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.729 183.958 160.870 1.00 87.11 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.267 182.526 162.813 1.00 86.64 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.269 183.710 162.140 1.00 84.98 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.545 182.998 163.098 1.00 84.47 C ATOM 1372 N ILE 168 147.373 180.866 157.079 1.00 85.13 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.820 179.580 156.623 1.00 83.06 C ATOM 1374 C ILE 168 146.235 178.758 157.779 1.00 81.64 C ATOM 1375 O ILE 168 145.506 177.789 157.571 1.00 75.09 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.915 178.787 155.870 1.00 79.82 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.630 179.665 154.814 1.00 75.78 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.330 177.549 155.175 1.00 72.99 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.906 179.011 154.296 1.00 69.25 C ATOM 1380 N SER 169 146.545 179.138 159.003 1.00 82.51 N ATOM 1381 CA SER 169 146.029 178.493 160.209 1.00 80.65 C ATOM 1382 C SER 169 144.550 178.836 160.457 1.00 79.77 C ATOM 1383 O SER 169 143.916 179.496 159.639 1.00 73.57 O ATOM 1384 CB SER 169 146.930 178.848 161.389 1.00 77.14 C ATOM 1385 OG SER 169 148.196 178.252 161.219 1.00 72.55 O ATOM 1386 N GLY 170 143.995 178.349 161.565 1.00 77.25 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.589 178.555 161.911 1.00 76.82 C ATOM 1388 C GLY 170 142.243 180.007 162.254 1.00 79.68 C ATOM 1389 O GLY 170 142.375 180.903 161.429 1.00 76.56 O ATOM 1390 N LEU 171 141.789 180.230 163.498 1.00 81.45 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.439 181.567 163.974 1.00 81.09 C ATOM 1392 C LEU 171 142.647 182.505 163.895 1.00 82.52 C ATOM 1393 O LEU 171 143.753 182.137 164.294 1.00 80.44 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.908 181.475 165.413 1.00 78.13 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.514 180.825 165.521 1.00 74.12 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.245 180.385 166.955 1.00 68.26 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.402 181.795 165.101 1.00 67.03 C ATOM 1398 N ALA 172 142.393 183.716 163.408 1.00 85.13 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.384 184.777 163.446 1.00 85.61 C ATOM 1400 C ALA 172 143.776 185.102 164.906 1.00 86.68 C ATOM 1401 O ALA 172 142.946 184.939 165.810 1.00 84.74 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.815 186.002 162.720 1.00 83.57 C ATOM 1403 N PRO 173 145.006 185.544 165.156 1.00 87.58 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.404 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1.00 87.89 O ATOM 1422 N GLY 175 143.493 190.776 167.924 1.00 89.66 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.967 192.024 167.328 1.00 89.64 C ATOM 1424 C GLY 175 144.035 192.016 165.802 1.00 91.08 C ATOM 1425 O GLY 175 144.191 193.074 165.197 1.00 88.51 O ATOM 1426 N TYR 176 143.893 190.854 165.179 1.00 91.47 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.890 190.702 163.731 1.00 91.92 C ATOM 1428 C TYR 176 142.651 189.956 163.233 1.00 91.93 C ATOM 1429 O TYR 176 142.112 189.072 163.893 1.00 90.23 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.157 189.979 163.272 1.00 91.85 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.433 190.762 163.454 1.00 92.47 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.803 191.739 162.516 1.00 87.01 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.281 190.509 164.548 1.00 87.11 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.999 192.455 162.656 1.00 85.74 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.482 191.218 164.701 1.00 86.13 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.840 192.191 163.750 1.00 90.67 C ATOM 1437 OH TYR 176 150.013 192.887 163.889 1.00 89.68 O ATOM 1438 N GLN 177 142.244 190.269 162.009 1.00 90.41 N ATOM 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