####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS425_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS425_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 10 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 29 118 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 72 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 97 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 20 77 108 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 106 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 47 123 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 85 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 81 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 54 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 34 106 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 5 7 98 119 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 31 108 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 124 129 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 91.85 95.56 97.04 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.54 0.59 0.66 0.74 0.79 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.92 0.91 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.466 0 0.026 0.026 0.478 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.210 0 0.030 0.075 0.556 100.000 97.980 0.556 LGA W 167 W 167 0.170 0 0.200 0.209 0.685 95.455 98.701 0.388 LGA I 168 I 168 0.579 0 0.062 0.771 1.966 81.818 71.818 1.272 LGA S 169 S 169 1.030 0 0.558 0.586 2.927 60.000 59.394 1.679 LGA G 170 G 170 1.201 0 0.078 0.078 1.490 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.700 0 0.047 1.426 5.825 81.818 55.682 3.158 LGA A 172 A 172 0.273 0 0.016 0.028 0.431 100.000 100.000 - LGA P 173 P 173 0.212 0 0.014 0.089 0.422 100.000 100.000 0.422 LGA Y 174 Y 174 0.368 0 0.020 0.226 1.240 100.000 89.545 1.240 LGA G 175 G 175 0.185 0 0.061 0.061 0.323 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.289 0 0.000 0.169 0.477 100.000 100.000 0.197 LGA Q 177 Q 177 0.463 0 0.058 0.273 1.210 100.000 92.121 0.441 LGA L 178 L 178 0.220 0 0.133 0.208 1.684 82.273 80.455 1.684 LGA N 179 N 179 1.531 0 0.176 0.642 5.027 58.636 35.455 5.027 LGA K 180 K 180 3.980 0 0.295 0.971 13.416 20.455 9.091 13.416 LGA K 181 K 181 1.996 0 0.440 0.955 10.421 54.545 25.657 10.421 LGA T 182 T 182 1.173 0 0.022 1.110 3.557 69.545 60.260 3.557 LGA S 183 S 183 0.477 0 0.116 0.103 0.843 90.909 87.879 0.697 LGA K 184 K 184 0.620 0 0.069 0.867 2.962 86.364 74.141 2.962 LGA L 185 L 185 0.360 0 0.062 0.074 0.651 95.455 95.455 0.540 LGA D 186 D 186 0.323 0 0.032 0.140 0.812 100.000 97.727 0.387 LGA P 187 P 187 0.576 0 0.037 0.073 1.129 82.273 82.078 0.745 LGA V 188 V 188 0.693 0 0.018 0.027 0.746 81.818 81.818 0.746 LGA E 189 E 189 0.553 0 0.037 0.221 0.700 90.909 89.899 0.516 LGA D 190 D 190 0.456 0 0.030 0.057 0.849 100.000 90.909 0.849 LGA E 191 E 191 0.266 0 0.000 0.018 0.704 100.000 91.919 0.704 LGA A 192 A 192 0.206 0 0.018 0.017 0.319 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.192 0 0.050 0.095 0.417 100.000 100.000 0.256 LGA V 194 V 194 0.110 0 0.000 0.041 0.196 100.000 100.000 0.171 LGA V 195 V 195 0.138 0 0.000 0.004 0.257 100.000 100.000 0.074 LGA Q 196 Q 196 0.225 0 0.027 0.248 1.126 100.000 92.121 0.934 LGA L 197 L 197 0.220 0 0.000 0.038 0.250 100.000 100.000 0.204 LGA I 198 I 198 0.211 0 0.046 0.075 0.396 100.000 100.000 0.279 LGA F 199 F 199 0.253 0 0.014 0.041 0.356 100.000 100.000 0.061 LGA N 200 N 200 0.367 0 0.034 0.701 1.755 100.000 91.591 1.755 LGA I 201 I 201 0.369 0 0.022 0.044 0.503 100.000 97.727 0.435 LGA F 202 F 202 0.266 0 0.000 0.016 0.338 100.000 100.000 0.261 LGA L 203 L 203 0.336 0 0.028 0.045 0.469 100.000 100.000 0.427 LGA N 204 N 204 0.400 0 0.000 0.112 0.929 100.000 93.182 0.798 LGA G 205 G 205 0.297 0 0.030 0.030 0.317 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.417 0 0.017 0.159 1.136 100.000 88.864 0.984 LGA N 207 N 207 0.417 0 0.000 0.189 0.908 95.455 95.455 0.286 LGA G 208 G 208 0.535 0 0.080 0.080 1.265 82.273 82.273 - LGA K 209 K 209 0.925 0 0.054 0.574 1.959 81.818 72.929 1.156 LGA D 210 D 210 0.922 0 0.093 0.725 1.891 77.727 70.000 1.832 LGA Y 211 Y 211 1.288 0 0.113 0.620 2.013 65.455 59.545 1.583 LGA S 212 S 212 2.029 0 0.641 0.778 5.686 45.455 32.121 5.686 LGA Y 213 Y 213 3.093 0 0.165 1.096 14.670 33.636 11.212 14.670 LGA A 215 A 215 0.690 0 0.188 0.206 1.823 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.433 0 0.000 0.143 0.774 100.000 95.455 0.774 LGA A 217 A 217 0.349 0 0.049 0.060 0.469 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.597 0 0.023 0.101 1.218 86.364 82.121 1.218 LGA H 219 H 219 0.395 0 0.000 0.088 0.675 100.000 94.545 0.611 LGA L 220 L 220 0.383 0 0.000 0.082 0.468 100.000 100.000 0.419 LGA T 221 T 221 0.467 0 0.000 0.000 0.637 90.909 89.610 0.453 LGA N 222 N 222 0.731 0 0.039 0.063 0.947 81.818 81.818 0.722 LGA L 223 L 223 0.730 0 0.032 0.064 0.981 81.818 81.818 0.621 LGA Q 224 Q 224 0.564 0 0.042 0.172 0.935 81.818 85.859 0.935 LGA I 225 I 225 0.510 0 0.043 0.105 0.584 90.909 93.182 0.221 LGA P 226 P 226 0.371 0 0.032 0.063 0.631 100.000 94.805 0.615 LGA T 227 T 227 0.278 0 0.037 0.074 0.423 100.000 100.000 0.423 LGA P 228 P 228 0.432 0 0.085 0.092 0.442 100.000 100.000 0.358 LGA S 229 S 229 0.511 0 0.144 0.153 0.674 86.364 90.909 0.236 LGA G 230 G 230 0.689 0 0.058 0.058 1.136 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.367 0 0.025 0.452 1.162 100.000 90.101 0.984 LGA K 232 K 232 0.433 0 0.071 0.224 0.585 95.455 95.960 0.570 LGA R 233 R 233 0.653 0 0.025 1.153 6.101 81.818 51.570 3.401 LGA W 234 W 234 0.695 0 0.041 0.151 0.760 81.818 88.312 0.460 LGA N 235 N 235 0.823 0 0.023 0.533 2.051 81.818 70.227 2.051 LGA Q 236 Q 236 0.825 0 0.000 1.300 4.932 81.818 55.152 4.932 LGA Y 237 Y 237 0.790 0 0.039 1.525 9.490 81.818 38.788 9.490 LGA T 238 T 238 0.563 0 0.000 0.032 0.586 81.818 81.818 0.582 LGA I 239 I 239 0.538 0 0.028 0.103 0.557 86.364 88.636 0.391 LGA K 240 K 240 0.746 0 0.018 0.187 3.088 81.818 58.586 3.088 LGA A 241 A 241 0.512 0 0.086 0.092 0.634 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.236 0 0.038 0.064 0.336 100.000 100.000 0.209 LGA L 243 L 243 0.256 0 0.025 0.055 0.524 95.455 97.727 0.336 LGA Q 244 Q 244 0.197 0 0.035 0.205 1.026 100.000 92.121 0.911 LGA N 245 N 245 0.196 0 0.022 0.100 0.510 100.000 97.727 0.510 LGA E 246 E 246 0.202 0 0.029 0.463 1.573 100.000 88.687 1.008 LGA V 247 V 247 0.185 0 0.000 0.036 0.213 100.000 100.000 0.213 LGA Y 248 Y 248 0.256 0 0.038 0.121 0.984 100.000 92.424 0.984 LGA I 249 I 249 0.182 0 0.020 0.030 0.237 100.000 100.000 0.192 LGA G 250 G 250 0.236 0 0.056 0.056 0.236 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.095 0 0.034 0.039 0.223 100.000 100.000 0.223 LGA V 252 V 252 0.134 0 0.047 0.108 0.401 100.000 100.000 0.368 LGA K 253 K 253 0.399 0 0.064 0.129 0.684 100.000 91.919 0.587 LGA Y 254 Y 254 0.698 0 0.031 0.221 2.628 90.909 66.061 2.628 LGA K 255 K 255 0.700 0 0.013 0.177 0.876 81.818 83.838 0.876 LGA V 256 V 256 0.814 0 0.059 0.065 1.032 77.727 79.481 0.715 LGA R 257 R 257 1.143 0 0.127 1.095 7.215 65.909 40.331 5.119 LGA E 258 E 258 0.769 0 0.009 0.558 2.827 77.727 55.758 2.795 LGA K 259 K 259 0.939 0 0.054 0.307 1.203 81.818 76.364 1.203 LGA T 260 T 260 0.468 0 0.000 0.068 0.589 90.909 89.610 0.524 LGA K 261 K 261 0.318 0 0.014 0.424 1.917 100.000 92.525 1.917 LGA D 262 D 262 0.292 0 0.029 0.805 2.238 90.909 75.000 1.524 LGA G 263 G 263 0.956 0 0.000 0.000 1.130 73.636 73.636 - LGA K 264 K 264 1.023 0 0.074 0.402 2.126 69.545 61.010 1.875 LGA R 265 R 265 0.907 0 0.084 0.831 2.996 77.727 58.017 2.401 LGA T 266 T 266 1.009 0 0.047 0.075 1.158 73.636 70.130 1.158 LGA I 267 I 267 0.740 0 0.041 0.069 1.089 77.727 79.773 0.570 LGA R 268 R 268 0.581 0 0.021 0.951 3.017 81.818 74.545 3.017 LGA P 269 P 269 0.545 0 0.014 0.026 0.694 90.909 87.013 0.694 LGA E 270 E 270 0.404 0 0.029 0.471 1.145 100.000 92.121 0.736 LGA K 271 K 271 0.203 0 0.062 0.723 4.293 100.000 65.253 4.293 LGA E 272 E 272 0.150 0 0.060 0.103 0.910 100.000 93.939 0.832 LGA Q 273 Q 273 0.307 0 0.044 0.099 0.491 100.000 100.000 0.469 LGA I 274 I 274 0.240 0 0.026 0.101 0.867 100.000 97.727 0.867 LGA V 275 V 275 0.121 0 0.000 0.030 0.370 100.000 100.000 0.318 LGA V 276 V 276 0.107 0 0.062 0.068 0.376 100.000 100.000 0.127 LGA Q 277 Q 277 0.079 0 0.042 0.591 2.962 100.000 79.596 2.962 LGA D 278 D 278 0.136 0 0.033 0.260 0.758 100.000 95.455 0.758 LGA A 279 A 279 0.107 0 0.016 0.023 0.242 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.239 0 0.028 0.205 0.628 100.000 96.364 0.556 LGA A 281 A 281 0.339 0 0.027 0.027 0.406 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.225 0 0.047 0.058 0.282 100.000 100.000 0.282 LGA I 283 I 283 0.297 0 0.051 0.057 0.556 95.455 97.727 0.364 LGA I 284 I 284 0.179 0 0.000 0.069 0.208 100.000 100.000 0.137 LGA D 285 D 285 0.282 0 0.032 0.266 1.050 100.000 93.409 1.050 LGA K 286 K 286 0.312 0 0.000 0.241 1.371 100.000 92.121 1.371 LGA E 287 E 287 0.465 0 0.026 0.281 2.119 100.000 78.182 1.587 LGA Q 288 Q 288 0.503 0 0.025 0.548 1.742 95.455 77.374 1.563 LGA F 289 F 289 0.187 0 0.034 0.100 0.410 100.000 100.000 0.375 LGA Q 290 Q 290 0.174 0 0.027 0.161 0.830 100.000 93.939 0.543 LGA Q 291 Q 291 0.338 0 0.038 0.106 0.652 100.000 97.980 0.409 LGA S 292 S 292 0.317 0 0.048 0.057 0.317 100.000 100.000 0.280 LGA Q 293 Q 293 0.189 0 0.000 0.212 0.597 100.000 97.980 0.597 LGA V 294 V 294 0.226 0 0.035 0.049 0.497 100.000 100.000 0.378 LGA K 295 K 295 0.665 0 0.047 0.198 0.907 86.364 83.838 0.608 LGA I 296 I 296 0.683 0 0.023 0.087 1.003 77.727 84.318 0.170 LGA A 297 A 297 0.847 0 0.117 0.134 1.505 74.091 75.636 - LGA N 298 N 298 1.564 0 0.000 0.213 3.508 42.727 42.273 1.628 LGA K 299 K 299 4.993 0 0.398 0.739 14.195 9.091 4.040 14.195 LGA V 300 V 300 3.122 0 0.037 0.063 4.390 16.818 14.545 3.394 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.898 0.866 1.862 88.872 83.446 71.184 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 97.222 98.538 13.532 LGA_LOCAL RMSD: 0.898 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.898 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.898 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.267025 * X + 0.954311 * Y + 0.134120 * Z + 155.109100 Y_new = 0.024489 * X + 0.132409 * Y + -0.990893 * Z + 151.325653 Z_new = -0.963378 * X + 0.267878 * Y + 0.011986 * Z + 136.042862 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.091454 1.299329 1.526080 [DEG: 5.2400 74.4460 87.4380 ] ZXZ: 0.134535 1.558810 -1.299587 [DEG: 7.7083 89.3132 -74.4608 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS425_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS425_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 98.538 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS425_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.087 185.145 153.176 1.00 85.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.523 185.884 154.316 1.00 85.55 C ATOM 1347 C GLY 165 152.005 185.770 154.464 1.00 87.07 C ATOM 1348 O GLY 165 151.393 186.566 155.179 1.00 84.32 O ATOM 1349 N LYS 166 151.371 184.803 153.802 1.00 87.38 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.934 184.554 153.917 1.00 87.22 C ATOM 1351 C LYS 166 149.628 183.761 155.190 1.00 87.76 C ATOM 1352 O LYS 166 150.367 182.853 155.567 1.00 85.71 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.401 183.835 152.665 1.00 85.77 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.539 184.689 151.388 1.00 82.90 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.049 183.941 150.143 1.00 79.90 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.187 184.840 148.907 1.00 74.36 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.924 184.120 147.638 1.00 67.13 N ATOM 1358 N TRP 167 148.509 184.078 155.823 1.00 88.61 N ATOM 1359 CA TRP 167 148.025 183.331 156.986 1.00 89.02 C ATOM 1360 C TRP 167 147.207 182.122 156.538 1.00 88.55 C ATOM 1361 O TRP 167 146.134 182.267 155.955 1.00 85.67 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.221 184.251 157.896 1.00 88.13 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.890 183.616 159.204 1.00 88.19 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.751 182.957 159.496 1.00 84.68 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.737 183.531 160.393 1.00 86.61 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.828 182.472 160.797 1.00 84.69 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 147.027 182.799 161.374 1.00 85.84 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 149.025 184.003 160.719 1.00 85.32 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.581 182.531 162.644 1.00 85.07 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.571 183.743 161.983 1.00 83.16 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.856 183.010 162.934 1.00 82.78 C ATOM 1372 N ILE 168 147.703 180.934 156.822 1.00 86.53 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.129 179.657 156.368 1.00 84.66 C ATOM 1374 C ILE 168 146.603 178.821 157.543 1.00 83.34 C ATOM 1375 O ILE 168 145.911 177.823 157.364 1.00 76.72 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.181 178.890 155.532 1.00 81.39 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.783 179.805 154.437 1.00 76.52 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.572 177.648 154.862 1.00 74.09 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.012 179.195 153.786 1.00 70.25 C ATOM 1380 N SER 169 146.915 179.233 158.756 1.00 82.71 N ATOM 1381 CA SER 169 146.407 178.618 159.980 1.00 81.25 C ATOM 1382 C SER 169 144.905 178.886 160.172 1.00 80.57 C ATOM 1383 O SER 169 144.271 179.528 159.337 1.00 74.23 O ATOM 1384 CB SER 169 147.243 179.093 161.167 1.00 77.60 C ATOM 1385 OG SER 169 148.569 178.640 161.041 1.00 72.70 O ATOM 1386 N GLY 170 144.335 178.368 161.254 1.00 79.05 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.907 178.495 161.542 1.00 78.72 C ATOM 1388 C GLY 170 142.462 179.921 161.877 1.00 81.18 C ATOM 1389 O GLY 170 142.529 180.819 161.044 1.00 77.85 O ATOM 1390 N LEU 171 142.001 180.120 163.116 1.00 82.65 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.609 181.452 163.585 1.00 82.39 C ATOM 1392 C LEU 171 142.800 182.408 163.539 1.00 83.52 C ATOM 1393 O LEU 171 143.901 182.051 163.960 1.00 81.35 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.041 181.351 165.009 1.00 79.25 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.593 180.834 165.040 1.00 75.06 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.284 180.171 166.376 1.00 69.10 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.595 181.978 164.834 1.00 68.07 C ATOM 1398 N ALA 172 142.537 183.623 163.062 1.00 84.93 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.506 184.703 163.142 1.00 85.41 C ATOM 1400 C ALA 172 143.882 184.980 164.615 1.00 86.48 C ATOM 1401 O ALA 172 143.043 184.785 165.502 1.00 84.61 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.920 185.940 162.457 1.00 83.41 C ATOM 1403 N PRO 173 145.113 185.418 164.896 1.00 87.68 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.494 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