####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS419_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS419_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.97 1.12 LCS_AVERAGE: 67.91 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 4 98 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 16 105 119 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 16 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 61 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 79 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 74 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 5 97 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 23 57 117 122 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 5 98 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 34 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 77 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 51 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 79 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 59 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 57 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 79 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 57 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 65 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 65 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 60 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 4 106 119 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 32 115 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 7 10 41 122 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 20 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 82 109 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281 A 281 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 85 135 135 78 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 85 135 135 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 85 135 135 6 106 119 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 37 135 135 9 68 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 89.30 ( 67.91 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 109 120 125 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 80.74 88.89 92.59 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.46 0.65 0.71 0.98 1.00 1.04 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 GDT RMS_ALL_AT 1.14 1.16 1.12 1.13 1.10 1.10 1.10 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.220 0 0.035 0.035 0.470 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.584 0 0.000 0.208 1.092 86.364 86.061 1.092 LGA W 167 W 167 0.531 0 0.212 0.146 1.059 86.364 84.675 1.059 LGA I 168 I 168 0.571 0 0.107 0.659 1.773 81.818 80.227 1.773 LGA S 169 S 169 1.473 0 0.580 0.781 4.214 53.636 45.152 4.214 LGA G 170 G 170 1.786 0 0.045 0.045 1.876 50.909 50.909 - LGA L 171 L 171 1.273 0 0.055 1.319 5.951 58.182 38.182 3.646 LGA A 172 A 172 0.960 0 0.015 0.031 1.155 73.636 75.273 - LGA P 173 P 173 0.778 0 0.029 0.130 1.119 81.818 79.481 1.119 LGA Y 174 Y 174 0.733 0 0.024 0.208 1.332 81.818 76.364 1.332 LGA G 175 G 175 0.256 0 0.035 0.035 0.341 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.311 0 0.000 0.170 0.647 100.000 90.909 0.590 LGA Q 177 Q 177 0.495 0 0.071 0.273 1.059 95.455 92.121 1.059 LGA L 178 L 178 0.557 0 0.092 0.132 1.711 86.364 78.182 1.711 LGA N 179 N 179 1.399 0 0.181 0.770 5.224 59.091 35.682 5.224 LGA K 180 K 180 4.118 0 0.216 0.922 13.473 16.364 7.273 13.473 LGA K 181 K 181 1.508 0 0.336 0.925 9.565 65.909 31.919 9.565 LGA T 182 T 182 1.044 0 0.008 1.127 3.669 73.636 62.597 3.669 LGA S 183 S 183 0.990 0 0.200 0.174 1.370 77.727 73.636 1.370 LGA K 184 K 184 1.253 0 0.054 0.834 2.769 65.455 59.596 2.769 LGA L 185 L 185 0.762 0 0.054 0.098 1.162 77.727 79.773 0.915 LGA D 186 D 186 0.565 0 0.000 0.162 1.057 90.909 84.318 0.544 LGA P 187 P 187 0.685 0 0.015 0.079 1.049 77.727 79.481 0.920 LGA V 188 V 188 0.725 0 0.000 0.038 1.015 81.818 79.481 0.757 LGA E 189 E 189 0.365 0 0.024 0.227 1.185 100.000 90.101 0.589 LGA D 190 D 190 0.051 0 0.046 0.086 0.233 100.000 100.000 0.233 LGA E 191 E 191 0.184 0 0.035 0.059 0.318 100.000 100.000 0.251 LGA A 192 A 192 0.231 0 0.048 0.045 0.295 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.143 0 0.055 0.116 0.829 100.000 93.939 0.829 LGA V 194 V 194 0.245 0 0.000 0.051 0.454 100.000 100.000 0.454 LGA V 195 V 195 0.280 0 0.024 0.047 0.295 100.000 100.000 0.271 LGA Q 196 Q 196 0.228 0 0.024 0.228 0.851 100.000 93.939 0.784 LGA L 197 L 197 0.250 0 0.003 0.073 0.352 100.000 100.000 0.352 LGA I 198 I 198 0.215 0 0.059 0.090 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA F 199 F 199 0.184 0 0.012 0.106 0.400 100.000 100.000 0.253 LGA N 200 N 200 0.123 0 0.082 1.129 4.251 100.000 72.727 4.251 LGA I 201 I 201 0.183 0 0.051 0.049 0.547 95.455 97.727 0.447 LGA F 202 F 202 0.330 0 0.021 0.073 0.536 100.000 96.694 0.448 LGA L 203 L 203 0.238 0 0.088 0.165 0.843 90.909 95.455 0.240 LGA N 204 N 204 0.503 0 0.023 0.113 1.025 86.364 82.045 0.753 LGA G 205 G 205 0.966 0 0.048 0.048 1.044 73.636 73.636 - LGA L 206 L 206 0.835 0 0.068 0.139 1.190 73.636 80.000 0.515 LGA N 207 N 207 1.357 0 0.000 0.088 1.711 65.455 60.000 1.645 LGA G 208 G 208 1.201 0 0.017 0.017 1.212 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.250 0 0.085 0.221 3.106 65.455 51.313 3.106 LGA D 210 D 210 1.066 0 0.047 0.164 1.341 65.455 69.545 1.181 LGA Y 211 Y 211 1.599 0 0.089 0.438 2.230 58.182 52.273 2.230 LGA S 212 S 212 2.128 0 0.648 0.794 5.902 41.818 29.697 5.902 LGA Y 213 Y 213 2.990 0 0.150 1.115 14.208 42.273 14.242 14.208 LGA A 215 A 215 0.947 0 0.155 0.167 1.894 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.531 0 0.000 0.115 0.726 81.818 86.364 0.563 LGA A 217 A 217 0.664 0 0.053 0.068 0.671 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.739 0 0.016 0.106 1.422 81.818 76.364 1.422 LGA H 219 H 219 0.642 0 0.028 0.144 0.892 81.818 81.818 0.892 LGA L 220 L 220 0.621 0 0.000 0.067 0.660 81.818 86.364 0.484 LGA T 221 T 221 0.594 0 0.000 0.023 0.657 81.818 81.818 0.539 LGA N 222 N 222 0.544 0 0.041 0.144 0.911 81.818 81.818 0.911 LGA L 223 L 223 0.731 0 0.045 0.107 0.850 81.818 81.818 0.800 LGA Q 224 Q 224 0.677 0 0.043 0.268 1.455 81.818 78.182 0.839 LGA I 225 I 225 0.512 0 0.044 0.072 0.592 95.455 90.909 0.495 LGA P 226 P 226 0.480 0 0.036 0.054 0.788 86.364 84.416 0.788 LGA T 227 T 227 0.430 0 0.040 0.085 0.807 100.000 94.805 0.807 LGA P 228 P 228 0.485 0 0.140 0.172 0.525 95.455 97.403 0.385 LGA S 229 S 229 0.830 0 0.091 0.084 0.954 81.818 81.818 0.726 LGA G 230 G 230 0.855 0 0.073 0.073 1.000 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.535 0 0.018 0.511 1.323 90.909 80.404 1.226 LGA K 232 K 232 0.572 0 0.111 0.197 1.074 81.818 80.000 1.074 LGA R 233 R 233 0.602 0 0.096 1.122 5.540 86.364 45.289 4.053 LGA W 234 W 234 0.285 0 0.079 0.157 0.749 100.000 92.208 0.666 LGA N 235 N 235 0.552 0 0.000 0.415 2.001 81.818 74.318 2.001 LGA Q 236 Q 236 0.493 0 0.000 0.755 2.713 86.364 70.909 2.713 LGA Y 237 Y 237 0.687 0 0.027 1.542 9.459 86.364 40.303 9.459 LGA T 238 T 238 0.224 0 0.019 0.121 0.363 100.000 100.000 0.333 LGA I 239 I 239 0.207 0 0.069 0.161 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA K 240 K 240 0.401 0 0.030 0.153 2.250 100.000 79.798 2.250 LGA A 241 A 241 0.326 0 0.074 0.079 0.384 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.383 0 0.026 0.070 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA L 243 L 243 0.446 0 0.009 0.053 0.534 95.455 93.182 0.479 LGA Q 244 Q 244 0.397 0 0.088 0.302 1.206 100.000 88.081 0.880 LGA N 245 N 245 0.273 0 0.019 0.134 0.993 100.000 95.455 0.298 LGA E 246 E 246 0.247 0 0.036 0.501 1.813 100.000 88.687 1.446 LGA V 247 V 247 0.361 0 0.020 0.048 0.539 95.455 92.208 0.539 LGA Y 248 Y 248 0.446 0 0.041 0.089 1.251 100.000 83.788 1.251 LGA I 249 I 249 0.329 0 0.020 0.053 0.491 100.000 100.000 0.289 LGA G 250 G 250 0.203 0 0.030 0.030 0.211 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.453 0 0.073 0.095 0.654 95.455 94.805 0.374 LGA V 252 V 252 0.414 0 0.034 0.132 0.893 95.455 92.208 0.893 LGA K 253 K 253 0.137 0 0.039 0.034 1.036 95.455 90.101 1.036 LGA Y 254 Y 254 0.832 0 0.013 0.233 2.442 86.364 64.242 2.442 LGA K 255 K 255 1.280 0 0.069 0.161 2.536 69.545 58.384 2.536 LGA V 256 V 256 1.346 0 0.074 0.075 1.533 65.455 63.377 1.533 LGA R 257 R 257 1.579 0 0.039 1.045 5.001 50.909 38.843 2.897 LGA E 258 E 258 1.672 0 0.072 0.578 3.406 44.545 37.172 2.993 LGA K 259 K 259 2.539 0 0.043 0.181 3.315 35.455 26.869 3.315 LGA T 260 T 260 2.445 0 0.039 0.142 3.132 30.455 33.766 2.407 LGA K 261 K 261 3.413 0 0.055 0.252 4.891 15.455 11.313 4.891 LGA D 262 D 262 3.313 0 0.029 0.305 3.586 16.364 23.636 2.821 LGA G 263 G 263 3.399 0 0.035 0.035 3.399 18.182 18.182 - LGA K 264 K 264 2.770 0 0.129 0.457 3.011 27.273 30.505 1.355 LGA R 265 R 265 2.308 0 0.053 0.990 5.914 44.545 29.752 5.914 LGA T 266 T 266 1.647 0 0.043 0.047 1.900 58.182 59.221 1.301 LGA I 267 I 267 1.184 0 0.022 0.092 2.025 73.636 64.318 2.025 LGA R 268 R 268 0.282 0 0.020 0.964 2.977 90.909 76.033 1.810 LGA P 269 P 269 0.663 0 0.043 0.047 0.738 86.364 87.013 0.565 LGA E 270 E 270 0.912 0 0.000 0.309 1.511 81.818 71.111 1.511 LGA K 271 K 271 1.329 0 0.091 0.710 5.275 65.455 39.798 5.275 LGA E 272 E 272 0.975 0 0.124 0.232 1.308 77.727 74.545 0.953 LGA Q 273 Q 273 0.388 0 0.049 0.092 0.643 95.455 91.919 0.640 LGA I 274 I 274 0.351 0 0.029 0.080 0.916 100.000 95.455 0.916 LGA V 275 V 275 0.169 0 0.059 0.131 0.838 95.455 94.805 0.488 LGA V 276 V 276 0.233 0 0.050 0.060 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA Q 277 Q 277 0.174 0 0.060 0.655 3.047 100.000 81.616 3.047 LGA D 278 D 278 0.217 0 0.080 0.120 0.669 95.455 95.455 0.626 LGA A 279 A 279 0.286 0 0.059 0.055 0.340 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.326 0 0.024 0.150 0.593 100.000 98.182 0.434 LGA A 281 A 281 0.418 0 0.052 0.051 0.592 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.239 0 0.049 0.048 0.419 100.000 100.000 0.419 LGA I 283 I 283 0.272 0 0.083 0.107 0.656 95.455 95.455 0.656 LGA I 284 I 284 0.207 0 0.025 0.072 0.268 100.000 100.000 0.093 LGA D 285 D 285 0.276 0 0.092 0.728 1.830 95.455 83.182 1.830 LGA K 286 K 286 0.306 0 0.000 0.265 1.463 100.000 92.121 1.463 LGA E 287 E 287 0.354 0 0.052 0.339 1.482 100.000 94.141 0.459 LGA Q 288 Q 288 0.350 0 0.019 0.448 2.878 100.000 74.141 2.878 LGA F 289 F 289 0.285 0 0.030 0.103 0.519 100.000 96.694 0.450 LGA Q 290 Q 290 0.371 0 0.059 1.286 3.993 100.000 66.667 3.689 LGA Q 291 Q 291 0.128 0 0.054 0.098 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA S 292 S 292 0.226 0 0.050 0.072 0.374 100.000 100.000 0.271 LGA Q 293 Q 293 0.508 0 0.016 0.158 0.591 86.364 83.838 0.555 LGA V 294 V 294 0.466 0 0.034 0.057 0.711 100.000 92.208 0.711 LGA K 295 K 295 0.366 0 0.058 0.165 0.665 90.909 89.899 0.477 LGA I 296 I 296 0.811 0 0.021 0.067 1.266 81.818 79.773 0.936 LGA A 297 A 297 0.618 0 0.066 0.066 0.721 86.364 85.455 - LGA N 298 N 298 0.389 0 0.033 0.222 1.024 86.818 86.591 0.977 LGA K 299 K 299 1.670 0 0.066 0.142 3.587 48.182 37.172 3.587 LGA V 300 V 300 2.258 0 0.134 0.132 3.016 30.455 29.091 2.854 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.094 1.088 1.852 82.431 76.792 64.431 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.09 93.333 96.803 11.305 LGA_LOCAL RMSD: 1.094 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.094 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.094 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.785221 * X + -0.359544 * Y + 0.504138 * Z + 149.755386 Y_new = -0.363428 * X + 0.926776 * Y + 0.094905 * Z + 146.984558 Z_new = -0.501345 * X + -0.108697 * Y + -0.858393 * Z + 137.308594 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.708116 0.525153 -3.015635 [DEG: -155.1636 30.0890 -172.7831 ] ZXZ: 1.756870 2.602924 -1.784303 [DEG: 100.6612 149.1366 -102.2330 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS419_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS419_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.09 96.803 1.09 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS419_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.278 184.961 153.590 1.00 85.15 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.698 185.624 154.744 1.00 85.15 C ATOM 2719 C GLY 165 152.199 185.412 154.895 1.00 85.15 C ATOM 2720 O GLY 165 151.534 186.197 155.572 1.00 85.15 O ATOM 2724 N LYS 166 151.631 184.404 154.219 1.00 86.02 N ATOM 2725 CA LYS 166 150.196 184.184 154.318 1.00 86.02 C ATOM 2726 C LYS 166 149.807 183.403 155.565 1.00 86.02 C ATOM 2727 O LYS 166 150.579 182.592 156.086 1.00 86.02 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.685 183.539 153.032 1.00 86.02 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.799 184.517 151.838 1.00 86.02 C ATOM 2730 CD LYS 166 149.261 183.980 150.509 1.00 86.02 C ATOM 2731 CE LYS 166 149.351 185.090 149.428 1.00 86.02 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.735 184.706 148.103 1.00 86.02 N ATOM 2746 N TRP 167 148.596 183.672 156.044 1.00 87.72 N ATOM 2747 CA TRP 167 148.037 182.994 157.198 1.00 87.72 C ATOM 2748 C TRP 167 147.322 181.740 156.742 1.00 87.72 C ATOM 2749 O TRP 167 146.321 181.793 156.026 1.00 87.72 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.072 183.908 157.922 1.00 87.72 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.505 183.300 159.144 1.00 87.72 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.269 182.754 159.303 1.00 87.72 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.161 183.167 160.407 1.00 87.72 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.117 182.306 160.572 1.00 87.72 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 146.256 182.543 161.266 1.00 87.72 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.431 183.522 160.877 1.00 87.72 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.567 182.263 162.564 1.00 87.72 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 148.752 183.237 162.185 1.00 87.72 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 147.843 182.622 163.010 1.00 87.72 C ATOM 2770 N ILE 168 147.856 180.606 157.166 1.00 82.76 N ATOM 2771 CA ILE 168 147.389 179.299 156.729 1.00 82.76 C ATOM 2772 C ILE 168 146.684 178.490 157.816 1.00 82.76 C ATOM 2773 O ILE 168 146.193 177.389 157.566 1.00 82.76 O ATOM 2774 CB ILE 168 148.626 178.573 156.170 1.00 82.76 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.078 179.349 154.930 1.00 82.76 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 148.357 177.090 155.823 1.00 82.76 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 150.396 178.989 154.471 1.00 82.76 C ATOM 2789 N SER 169 146.650 179.022 159.024 1.00 80.15 N ATOM 2790 CA SER 169 146.101 178.282 160.148 1.00 80.15 C ATOM 2791 C SER 169 144.647 178.595 160.483 1.00 80.15 C ATOM 2792 O SER 169 143.798 178.764 159.602 1.00 80.15 O ATOM 2793 CB SER 169 146.981 178.506 161.362 1.00 80.15 C ATOM 2794 OG SER 169 146.565 177.708 162.442 1.00 80.15 O ATOM 2800 N GLY 170 144.352 178.640 161.775 1.00 75.72 N ATOM 2801 CA GLY 170 142.992 178.785 162.271 1.00 75.72 C ATOM 2802 C GLY 170 142.615 180.205 162.649 1.00 75.72 C ATOM 2803 O GLY 170 142.922 181.179 161.950 1.00 75.72 O ATOM 2807 N LEU 171 141.911 180.338 163.761 1.00 79.79 N ATOM 2808 CA LEU 171 141.417 181.644 164.143 1.00 79.79 C ATOM 2809 C LEU 171 142.575 182.595 164.336 1.00 79.79 C ATOM 2810 O LEU 171 143.590 182.249 164.947 1.00 79.79 O ATOM 2811 CB LEU 171 140.629 181.546 165.453 1.00 79.79 C ATOM 2812 CG LEU 171 139.308 180.730 165.430 1.00 79.79 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 138.785 180.618 166.856 1.00 79.79 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 138.271 181.408 164.530 1.00 79.79 C ATOM 2826 N ALA 172 142.412 183.804 163.808 1.00 84.21 N ATOM 2827 CA ALA 172 143.441 184.812 163.898 1.00 84.21 C ATOM 2828 C ALA 172 143.718 185.130 165.368 1.00 84.21 C ATOM 2829 O ALA 172 142.783 185.132 166.171 1.00 84.21 O ATOM 2830 CB ALA 172 143.008 186.071 163.175 1.00 84.21 C ATOM 2836 N PRO 173 144.972 185.427 165.754 1.00 87.21 N ATOM 2837 CA PRO 173 145.366 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