####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS419_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS419_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 1.00 1.01 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 35 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 79 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 82 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 50 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 66 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 73 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 4 76 120 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 3 67 99 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 3 25 114 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 18 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 48 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 71 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 50 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 7 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 15 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 3 34 95 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 5 9 36 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 19 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 37 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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280 H 280 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 78 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 66 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 15 73 103 121 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 3 113 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 112 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 82.96 89.63 94.07 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.46 0.57 0.73 0.88 0.95 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 GDT RMS_ALL_AT 1.03 1.05 1.04 1.02 1.02 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.172 0 0.023 0.023 0.257 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.412 0 0.000 0.167 0.588 100.000 97.980 0.588 LGA W 167 W 167 0.380 0 0.189 0.128 0.799 95.455 92.208 0.745 LGA I 168 I 168 0.177 0 0.085 0.129 1.313 90.909 82.273 1.313 LGA S 169 S 169 0.719 0 0.577 0.602 2.915 68.182 70.000 1.438 LGA G 170 G 170 0.880 0 0.089 0.089 1.259 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.828 0 0.026 1.329 5.487 73.636 51.591 3.111 LGA A 172 A 172 0.949 0 0.008 0.022 1.034 77.727 78.545 - LGA P 173 P 173 0.816 0 0.022 0.136 1.173 81.818 77.143 1.173 LGA Y 174 Y 174 0.694 0 0.028 0.200 1.276 86.364 77.879 1.276 LGA G 175 G 175 0.137 0 0.043 0.043 0.195 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.210 0 0.000 0.180 0.603 100.000 93.939 0.468 LGA Q 177 Q 177 0.389 0 0.069 0.107 0.599 100.000 93.939 0.599 LGA L 178 L 178 0.393 0 0.111 0.139 1.393 90.909 84.318 1.393 LGA N 179 N 179 1.587 0 0.178 0.738 5.485 52.273 31.591 5.485 LGA K 180 K 180 4.199 0 0.228 0.929 13.355 14.091 6.263 13.355 LGA K 181 K 181 2.075 0 0.338 0.933 9.819 51.364 24.242 9.819 LGA T 182 T 182 1.249 0 0.000 1.126 3.637 69.545 62.857 3.637 LGA S 183 S 183 0.690 0 0.217 0.186 0.965 86.364 84.848 0.898 LGA K 184 K 184 1.097 0 0.044 0.831 2.809 73.636 63.232 2.809 LGA L 185 L 185 0.531 0 0.057 0.092 0.955 81.818 81.818 0.827 LGA D 186 D 186 0.379 0 0.045 0.177 0.908 100.000 97.727 0.308 LGA P 187 P 187 0.383 0 0.017 0.361 0.653 95.455 92.208 0.653 LGA V 188 V 188 0.475 0 0.000 0.035 0.837 90.909 87.013 0.613 LGA E 189 E 189 0.335 0 0.034 0.221 1.362 100.000 88.081 0.713 LGA D 190 D 190 0.109 0 0.054 0.088 0.323 100.000 100.000 0.323 LGA E 191 E 191 0.207 0 0.018 0.054 0.265 100.000 100.000 0.239 LGA A 192 A 192 0.243 0 0.032 0.031 0.295 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.187 0 0.054 0.114 0.682 100.000 97.980 0.682 LGA V 194 V 194 0.264 0 0.008 0.051 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA V 195 V 195 0.283 0 0.000 0.041 0.306 100.000 100.000 0.274 LGA Q 196 Q 196 0.249 0 0.022 0.228 0.870 100.000 93.939 0.788 LGA L 197 L 197 0.268 0 0.000 0.068 0.376 100.000 100.000 0.376 LGA I 198 I 198 0.185 0 0.053 0.087 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA F 199 F 199 0.154 0 0.000 0.098 0.309 100.000 100.000 0.242 LGA N 200 N 200 0.163 0 0.060 0.940 2.214 100.000 86.136 1.676 LGA I 201 I 201 0.140 0 0.042 0.039 0.470 100.000 100.000 0.470 LGA F 202 F 202 0.198 0 0.000 0.052 0.401 100.000 100.000 0.313 LGA L 203 L 203 0.184 0 0.103 0.168 0.714 95.455 93.182 0.601 LGA N 204 N 204 0.201 0 0.032 0.178 1.068 100.000 91.136 0.907 LGA G 205 G 205 0.699 0 0.045 0.045 0.774 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.510 0 0.063 0.142 0.847 81.818 88.636 0.700 LGA N 207 N 207 0.796 0 0.000 0.086 1.185 81.818 75.682 1.081 LGA G 208 G 208 0.833 0 0.016 0.016 1.189 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.999 0 0.088 0.220 2.127 77.727 68.081 2.127 LGA D 210 D 210 1.180 0 0.140 0.858 1.932 73.636 65.909 1.786 LGA Y 211 Y 211 1.472 0 0.100 0.515 1.810 65.455 60.606 1.792 LGA S 212 S 212 2.123 0 0.658 0.803 5.855 41.818 29.697 5.855 LGA Y 213 Y 213 3.062 0 0.158 1.584 14.553 36.364 12.273 14.553 LGA A 215 A 215 1.110 0 0.153 0.162 2.124 78.182 70.182 - LGA I 216 I 216 0.594 0 0.000 0.123 0.736 81.818 81.818 0.736 LGA A 217 A 217 0.628 0 0.054 0.070 0.661 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.825 0 0.025 0.107 1.604 81.818 73.939 1.604 LGA H 219 H 219 0.642 0 0.024 0.146 0.889 81.818 81.818 0.889 LGA L 220 L 220 0.593 0 0.009 0.073 0.633 81.818 88.636 0.473 LGA T 221 T 221 0.588 0 0.000 0.025 0.647 81.818 81.818 0.527 LGA N 222 N 222 0.600 0 0.045 0.144 0.942 81.818 81.818 0.942 LGA L 223 L 223 0.766 0 0.029 0.106 0.932 81.818 81.818 0.805 LGA Q 224 Q 224 0.651 0 0.048 0.279 1.227 81.818 80.000 0.620 LGA I 225 I 225 0.600 0 0.039 0.075 0.703 86.364 84.091 0.582 LGA P 226 P 226 0.507 0 0.042 0.058 0.863 81.818 81.818 0.863 LGA T 227 T 227 0.412 0 0.044 0.087 0.778 95.455 92.208 0.778 LGA P 228 P 228 0.548 0 0.125 0.161 0.602 90.909 94.805 0.386 LGA S 229 S 229 0.880 0 0.089 0.084 0.995 81.818 81.818 0.773 LGA G 230 G 230 0.875 0 0.073 0.073 0.970 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.532 0 0.025 0.511 1.319 90.909 80.404 1.248 LGA K 232 K 232 0.552 0 0.114 0.192 1.205 81.818 78.182 1.205 LGA R 233 R 233 0.542 0 0.095 1.128 5.695 86.364 46.281 4.121 LGA W 234 W 234 0.332 0 0.076 0.143 0.789 95.455 92.208 0.628 LGA N 235 N 235 0.464 0 0.018 0.410 1.909 95.455 82.727 1.909 LGA Q 236 Q 236 0.382 0 0.020 0.741 2.596 100.000 80.606 2.596 LGA Y 237 Y 237 0.429 0 0.117 0.239 0.742 95.455 93.939 0.683 LGA T 238 T 238 0.197 0 0.030 0.111 0.261 100.000 100.000 0.261 LGA I 239 I 239 0.151 0 0.068 0.161 0.496 100.000 100.000 0.496 LGA K 240 K 240 0.507 0 0.033 0.178 3.573 95.455 65.657 3.573 LGA A 241 A 241 0.509 0 0.076 0.086 0.647 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.375 0 0.016 0.075 0.431 100.000 100.000 0.431 LGA L 243 L 243 0.323 0 0.023 0.055 0.415 100.000 100.000 0.327 LGA Q 244 Q 244 0.327 0 0.099 0.254 1.355 100.000 90.101 0.902 LGA N 245 N 245 0.162 0 0.014 0.135 0.837 100.000 97.727 0.234 LGA E 246 E 246 0.316 0 0.026 0.537 1.862 100.000 85.253 1.576 LGA V 247 V 247 0.354 0 0.028 0.054 0.559 95.455 92.208 0.522 LGA Y 248 Y 248 0.353 0 0.044 0.091 1.239 100.000 86.667 1.239 LGA I 249 I 249 0.428 0 0.021 0.055 0.601 95.455 97.727 0.426 LGA G 250 G 250 0.209 0 0.025 0.025 0.231 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.463 0 0.075 0.092 0.723 95.455 94.805 0.342 LGA V 252 V 252 0.392 0 0.033 0.126 0.848 95.455 94.805 0.848 LGA K 253 K 253 0.203 0 0.044 0.043 1.153 100.000 88.283 1.153 LGA Y 254 Y 254 0.481 0 0.020 0.272 2.658 100.000 69.394 2.658 LGA K 255 K 255 0.897 0 0.072 0.163 1.908 81.818 74.747 1.908 LGA V 256 V 256 1.214 0 0.077 0.077 1.421 65.455 65.455 1.421 LGA R 257 R 257 1.343 0 0.035 1.051 4.603 65.455 48.926 2.656 LGA E 258 E 258 1.363 0 0.080 0.582 3.159 58.182 44.242 2.856 LGA K 259 K 259 2.194 0 0.035 0.164 2.974 41.364 33.535 2.974 LGA T 260 T 260 2.017 0 0.030 0.065 2.557 35.455 42.078 1.956 LGA K 261 K 261 2.833 0 0.086 0.242 4.308 25.909 20.404 4.308 LGA D 262 D 262 2.675 0 0.070 1.088 3.882 25.000 22.273 3.803 LGA G 263 G 263 2.893 0 0.042 0.042 2.893 27.273 27.273 - LGA K 264 K 264 2.369 0 0.113 0.466 2.550 38.182 40.000 1.372 LGA R 265 R 265 2.182 0 0.023 0.995 5.631 44.545 33.388 5.631 LGA T 266 T 266 1.447 0 0.044 0.051 1.709 61.818 63.377 1.087 LGA I 267 I 267 1.056 0 0.002 0.093 1.937 73.636 65.909 1.937 LGA R 268 R 268 0.223 0 0.018 0.966 2.793 95.455 82.314 1.848 LGA P 269 P 269 0.865 0 0.046 0.049 0.919 81.818 81.818 0.746 LGA E 270 E 270 1.096 0 0.000 0.306 1.582 69.545 64.040 1.582 LGA K 271 K 271 1.352 0 0.095 0.709 5.325 65.455 38.788 5.325 LGA E 272 E 272 0.872 0 0.123 0.215 1.250 77.727 78.182 0.915 LGA Q 273 Q 273 0.077 0 0.057 0.088 0.780 100.000 93.939 0.780 LGA I 274 I 274 0.200 0 0.033 0.094 0.410 100.000 100.000 0.410 LGA V 275 V 275 0.447 0 0.062 0.134 0.967 90.909 87.013 0.630 LGA V 276 V 276 0.370 0 0.045 0.053 0.456 100.000 100.000 0.417 LGA Q 277 Q 277 0.183 0 0.053 0.666 3.012 100.000 81.212 3.012 LGA D 278 D 278 0.335 0 0.079 0.136 0.818 95.455 88.636 0.741 LGA A 279 A 279 0.180 0 0.046 0.045 0.292 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.305 0 0.027 0.151 0.512 100.000 98.182 0.322 LGA A 281 A 281 0.455 0 0.038 0.034 0.631 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.377 0 0.045 0.046 0.568 100.000 92.208 0.568 LGA I 283 I 283 0.321 0 0.083 0.102 0.584 95.455 95.455 0.502 LGA I 284 I 284 0.214 0 0.025 0.074 0.318 100.000 100.000 0.178 LGA D 285 D 285 0.330 0 0.099 0.709 1.973 95.455 85.000 1.973 LGA K 286 K 286 0.379 0 0.000 0.256 1.702 100.000 90.505 1.702 LGA E 287 E 287 0.397 0 0.048 0.331 1.380 100.000 94.141 0.403 LGA Q 288 Q 288 0.473 0 0.029 0.437 2.990 95.455 70.303 2.990 LGA F 289 F 289 0.339 0 0.029 0.126 0.378 100.000 100.000 0.149 LGA Q 290 Q 290 0.438 0 0.056 1.282 4.321 100.000 64.646 3.758 LGA Q 291 Q 291 0.368 0 0.054 0.089 0.553 100.000 93.939 0.553 LGA S 292 S 292 0.139 0 0.100 0.688 2.158 100.000 89.697 2.158 LGA Q 293 Q 293 0.347 0 0.029 0.246 0.826 95.455 95.960 0.826 LGA V 294 V 294 0.579 0 0.045 0.072 1.076 95.455 84.935 1.076 LGA K 295 K 295 0.345 0 0.046 0.313 0.754 100.000 97.980 0.754 LGA I 296 I 296 0.495 0 0.021 0.081 1.239 95.455 84.545 1.037 LGA A 297 A 297 0.536 0 0.082 0.085 0.721 90.909 89.091 - LGA N 298 N 298 0.710 0 0.103 0.200 2.583 74.545 56.591 2.213 LGA K 299 K 299 2.758 0 0.409 0.655 11.938 52.273 23.838 11.938 LGA V 300 V 300 2.033 0 0.134 0.127 4.407 48.182 30.649 4.407 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.012 0.979 1.842 84.987 78.919 65.164 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.01 94.259 97.274 12.144 LGA_LOCAL RMSD: 1.012 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.012 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.012 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.401153 * X + 0.321878 * Y + 0.857596 * Z + 157.079269 Y_new = 0.053429 * X + -0.942857 * Y + 0.328886 * Z + 152.933228 Z_new = 0.914452 * X + -0.086113 * Y + -0.395427 * Z + 139.944824 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.132410 -1.154151 -2.927170 [DEG: 7.5865 -66.1280 -167.7145 ] ZXZ: 1.936996 1.977329 1.664688 [DEG: 110.9817 113.2926 95.3796 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS419_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS419_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.01 97.274 1.01 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS419_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.433 184.941 153.558 1.00 85.18 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.817 185.721 154.612 1.00 85.18 C ATOM 2719 C GLY 165 152.312 185.546 154.677 1.00 85.18 C ATOM 2720 O GLY 165 151.629 186.357 155.303 1.00 85.18 O ATOM 2724 N LYS 166 151.763 184.540 153.983 1.00 85.72 N ATOM 2725 CA LYS 166 150.331 184.334 154.025 1.00 85.72 C ATOM 2726 C LYS 166 149.929 183.582 155.277 1.00 85.72 C ATOM 2727 O LYS 166 150.693 182.785 155.832 1.00 85.72 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.851 183.637 152.756 1.00 85.72 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.976 184.532 151.516 1.00 85.72 C ATOM 2730 CD LYS 166 149.485 183.861 150.233 1.00 85.72 C ATOM 2731 CE LYS 166 149.486 184.874 149.067 1.00 85.72 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.966 184.291 147.795 1.00 85.72 N ATOM 2746 N TRP 167 148.723 183.857 155.737 1.00 87.64 N ATOM 2747 CA TRP 167 148.188 183.195 156.898 1.00 87.64 C ATOM 2748 C TRP 167 147.517 181.919 156.454 1.00 87.64 C ATOM 2749 O TRP 167 146.453 181.939 155.835 1.00 87.64 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.193 184.109 157.591 1.00 87.64 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.630 183.541 158.821 1.00 87.64 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.408 182.971 158.982 1.00 87.64 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.276 183.462 160.088 1.00 87.64 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.248 182.564 160.257 1.00 87.64 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 146.376 182.850 160.958 1.00 87.64 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.533 183.854 160.554 1.00 87.64 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.682 182.616 162.261 1.00 87.64 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 148.852 183.614 161.868 1.00 87.64 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 147.951 183.010 162.702 1.00 87.64 C ATOM 2770 N ILE 168 148.155 180.803 156.778 1.00 82.79 N ATOM 2771 CA ILE 168 147.700 179.495 156.339 1.00 82.79 C ATOM 2772 C ILE 168 147.083 178.714 157.499 1.00 82.79 C ATOM 2773 O ILE 168 146.521 177.630 157.329 1.00 82.79 O ATOM 2774 CB ILE 168 148.883 178.789 155.656 1.00 82.79 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.394 179.675 154.460 1.00 82.79 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 148.540 177.432 155.171 1.00 82.79 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 148.379 180.042 153.379 1.00 82.79 C ATOM 2789 N SER 169 147.222 179.286 158.678 1.00 80.07 N ATOM 2790 CA SER 169 146.719 178.756 159.931 1.00 80.07 C ATOM 2791 C SER 169 145.241 179.113 160.085 1.00 80.07 C ATOM 2792 O SER 169 144.636 179.681 159.176 1.00 80.07 O ATOM 2793 CB SER 169 147.558 179.243 161.095 1.00 80.07 C ATOM 2794 OG SER 169 148.864 178.736 161.013 1.00 80.07 O ATOM 2800 N GLY 170 144.628 178.687 161.189 1.00 75.74 N ATOM 2801 CA 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