####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS419_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS419_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 32 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 62 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 71 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 63 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 66 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 5 75 120 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 44 69 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 12 76 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 19 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 66 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 79 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 81 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 22 107 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 74 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 19 107 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 13 105 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 105 119 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 4 25 73 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 43 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 24 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 76 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 64 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 29 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 87 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 3 117 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 107 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 79.26 91.85 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.46 0.68 0.76 0.81 0.88 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.97 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.088 0 0.030 0.030 0.495 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.563 0 0.000 0.178 0.664 86.364 89.899 0.664 LGA W 167 W 167 0.572 0 0.225 0.183 0.984 86.364 87.013 0.741 LGA I 168 I 168 0.463 0 0.075 0.687 1.917 86.364 82.500 1.917 LGA S 169 S 169 0.981 0 0.572 0.598 2.909 64.091 62.121 1.735 LGA G 170 G 170 1.065 0 0.085 0.085 1.434 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.941 0 0.039 1.331 5.483 69.545 48.636 2.957 LGA A 172 A 172 0.922 0 0.033 0.043 1.072 77.727 78.545 - LGA P 173 P 173 0.756 0 0.034 0.070 0.789 81.818 81.818 0.743 LGA Y 174 Y 174 0.735 0 0.027 0.206 1.211 81.818 75.000 1.211 LGA G 175 G 175 0.182 0 0.045 0.045 0.316 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.317 0 0.000 0.165 0.695 100.000 90.909 0.555 LGA Q 177 Q 177 0.337 0 0.061 0.098 0.560 100.000 95.960 0.556 LGA L 178 L 178 0.345 0 0.087 0.131 1.534 90.909 82.500 1.534 LGA N 179 N 179 1.540 0 0.181 0.778 5.374 55.455 33.182 5.374 LGA K 180 K 180 4.022 0 0.210 0.923 13.308 16.364 7.273 13.308 LGA K 181 K 181 1.703 0 0.347 0.925 9.569 58.182 27.677 9.569 LGA T 182 T 182 1.054 0 0.000 1.130 3.573 73.636 65.195 3.573 LGA S 183 S 183 0.738 0 0.190 0.168 1.019 81.818 76.364 1.019 LGA K 184 K 184 1.089 0 0.053 0.804 2.595 73.636 63.232 2.595 LGA L 185 L 185 0.633 0 0.054 0.093 1.055 77.727 79.773 0.797 LGA D 186 D 186 0.507 0 0.048 0.171 0.998 86.364 86.364 0.459 LGA P 187 P 187 0.492 0 0.017 0.363 0.691 95.455 92.208 0.536 LGA V 188 V 188 0.473 0 0.000 0.039 0.901 95.455 89.610 0.667 LGA E 189 E 189 0.255 0 0.034 0.223 1.462 100.000 86.263 0.782 LGA D 190 D 190 0.227 0 0.056 0.087 0.391 100.000 100.000 0.391 LGA E 191 E 191 0.244 0 0.024 0.059 0.350 100.000 100.000 0.302 LGA A 192 A 192 0.315 0 0.040 0.042 0.346 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.251 0 0.049 0.114 0.509 100.000 97.980 0.509 LGA V 194 V 194 0.256 0 0.000 0.052 0.446 100.000 100.000 0.446 LGA V 195 V 195 0.300 0 0.031 0.051 0.322 100.000 100.000 0.233 LGA Q 196 Q 196 0.278 0 0.029 0.233 0.798 100.000 93.939 0.702 LGA L 197 L 197 0.270 0 0.000 0.068 0.329 100.000 100.000 0.329 LGA I 198 I 198 0.218 0 0.056 0.091 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA F 199 F 199 0.161 0 0.018 0.111 0.354 100.000 100.000 0.248 LGA N 200 N 200 0.121 0 0.061 0.923 2.027 100.000 86.136 1.741 LGA I 201 I 201 0.066 0 0.043 0.035 0.416 100.000 100.000 0.416 LGA F 202 F 202 0.232 0 0.000 0.061 0.485 100.000 100.000 0.427 LGA L 203 L 203 0.067 0 0.094 0.169 0.627 95.455 97.727 0.277 LGA N 204 N 204 0.299 0 0.032 0.175 1.111 90.909 84.318 0.854 LGA G 205 G 205 0.858 0 0.050 0.050 0.916 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.835 0 0.078 0.126 1.365 73.636 82.273 0.488 LGA N 207 N 207 1.563 0 0.000 0.089 2.288 58.182 49.773 2.096 LGA G 208 G 208 1.129 0 0.015 0.015 1.197 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.437 0 0.061 0.655 2.341 65.455 57.778 2.334 LGA D 210 D 210 1.422 0 0.125 0.848 1.781 69.545 62.045 1.550 LGA Y 211 Y 211 1.750 0 0.104 0.508 1.855 54.545 53.333 1.744 LGA S 212 S 212 2.380 0 0.657 0.807 6.129 36.364 25.152 6.129 LGA Y 213 Y 213 2.902 0 0.159 1.013 14.290 41.818 14.091 14.290 LGA A 215 A 215 1.154 0 0.151 0.162 2.060 73.636 66.545 - LGA I 216 I 216 0.548 0 0.000 0.121 0.642 81.818 86.364 0.544 LGA A 217 A 217 0.608 0 0.057 0.072 0.654 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.795 0 0.018 0.108 1.559 81.818 73.939 1.559 LGA H 219 H 219 0.615 0 0.016 0.146 0.895 81.818 81.818 0.895 LGA L 220 L 220 0.532 0 0.020 0.075 0.546 81.818 88.636 0.474 LGA T 221 T 221 0.500 0 0.000 0.019 0.580 95.455 97.403 0.480 LGA N 222 N 222 0.484 0 0.040 0.146 0.869 95.455 88.636 0.869 LGA L 223 L 223 0.663 0 0.032 0.108 0.825 81.818 81.818 0.757 LGA Q 224 Q 224 0.481 0 0.048 0.280 1.187 90.909 86.061 0.791 LGA I 225 I 225 0.454 0 0.041 0.075 0.583 100.000 95.455 0.465 LGA P 226 P 226 0.303 0 0.035 0.055 0.609 95.455 92.208 0.609 LGA T 227 T 227 0.204 0 0.043 0.086 0.526 100.000 97.403 0.526 LGA P 228 P 228 0.217 0 0.139 0.171 0.414 100.000 100.000 0.262 LGA S 229 S 229 0.489 0 0.089 0.084 0.650 90.909 90.909 0.514 LGA G 230 G 230 0.595 0 0.072 0.072 1.001 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.257 0 0.021 0.510 1.494 100.000 90.303 1.494 LGA K 232 K 232 0.346 0 0.119 0.198 1.132 95.455 88.081 1.132 LGA R 233 R 233 0.410 0 0.095 1.131 5.823 100.000 52.562 4.209 LGA W 234 W 234 0.432 0 0.078 0.143 0.785 95.455 90.909 0.577 LGA N 235 N 235 0.537 0 0.014 0.409 2.124 90.909 78.864 2.124 LGA Q 236 Q 236 0.471 0 0.000 0.729 2.796 100.000 81.010 2.796 LGA Y 237 Y 237 0.441 0 0.114 0.243 0.763 95.455 90.909 0.756 LGA T 238 T 238 0.271 0 0.038 0.116 0.342 100.000 100.000 0.114 LGA I 239 I 239 0.160 0 0.060 0.152 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA K 240 K 240 0.361 0 0.038 0.183 3.179 100.000 71.515 3.179 LGA A 241 A 241 0.310 0 0.076 0.086 0.412 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.376 0 0.016 0.078 0.410 100.000 100.000 0.390 LGA L 243 L 243 0.390 0 0.013 0.066 0.544 95.455 97.727 0.411 LGA Q 244 Q 244 0.366 0 0.101 0.262 1.388 100.000 88.081 0.996 LGA N 245 N 245 0.205 0 0.013 0.126 0.943 100.000 97.727 0.363 LGA E 246 E 246 0.251 0 0.029 0.514 1.889 100.000 85.253 1.527 LGA V 247 V 247 0.253 0 0.035 0.056 0.424 100.000 100.000 0.424 LGA Y 248 Y 248 0.355 0 0.040 0.100 1.269 100.000 85.303 1.269 LGA I 249 I 249 0.320 0 0.022 0.053 0.560 95.455 97.727 0.338 LGA G 250 G 250 0.231 0 0.038 0.038 0.231 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.381 0 0.071 0.088 0.623 95.455 94.805 0.319 LGA V 252 V 252 0.297 0 0.034 0.134 0.895 90.909 92.208 0.778 LGA K 253 K 253 0.291 0 0.034 0.037 0.845 90.909 91.919 0.845 LGA Y 254 Y 254 1.128 0 0.028 0.223 2.902 73.636 53.636 2.902 LGA K 255 K 255 1.453 0 0.066 0.158 2.425 65.455 56.162 2.425 LGA V 256 V 256 1.297 0 0.075 0.082 1.423 65.455 65.455 1.353 LGA R 257 R 257 1.260 0 0.022 1.021 4.464 65.455 48.926 3.267 LGA E 258 E 258 1.326 0 0.040 0.156 1.876 61.818 58.990 1.876 LGA K 259 K 259 1.717 0 0.015 0.156 2.076 50.909 48.081 1.920 LGA T 260 T 260 1.427 0 0.000 0.039 1.701 54.545 59.221 1.367 LGA K 261 K 261 1.671 0 0.111 0.183 2.372 51.364 51.111 1.917 LGA D 262 D 262 1.773 0 0.023 0.315 1.932 50.909 56.591 1.851 LGA G 263 G 263 1.756 0 0.047 0.047 1.801 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.538 0 0.123 0.459 2.067 54.545 54.343 1.013 LGA R 265 R 265 1.414 0 0.025 0.975 5.206 65.455 47.107 5.206 LGA T 266 T 266 1.203 0 0.045 0.053 1.314 65.455 65.455 1.034 LGA I 267 I 267 1.004 0 0.000 0.094 1.222 73.636 73.636 1.222 LGA R 268 R 268 0.740 0 0.030 0.965 2.956 81.818 72.562 2.956 LGA P 269 P 269 0.384 0 0.027 0.047 0.858 95.455 89.610 0.842 LGA E 270 E 270 0.481 0 0.000 0.311 1.725 90.909 77.172 1.725 LGA K 271 K 271 1.178 0 0.093 0.730 6.431 69.545 41.414 6.431 LGA E 272 E 272 1.174 0 0.145 0.176 2.555 73.636 57.172 2.555 LGA Q 273 Q 273 0.695 0 0.062 0.083 0.888 81.818 81.818 0.677 LGA I 274 I 274 0.624 0 0.030 0.081 1.348 81.818 79.773 1.348 LGA V 275 V 275 0.136 0 0.058 0.134 0.816 95.455 97.403 0.365 LGA V 276 V 276 0.116 0 0.040 0.057 0.378 100.000 100.000 0.378 LGA Q 277 Q 277 0.090 0 0.057 0.654 2.970 100.000 82.626 2.970 LGA D 278 D 278 0.300 0 0.078 0.124 0.658 95.455 93.182 0.585 LGA A 279 A 279 0.176 0 0.050 0.049 0.377 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.363 0 0.027 0.153 0.626 100.000 98.182 0.452 LGA A 281 A 281 0.493 0 0.050 0.049 0.652 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.310 0 0.045 0.046 0.525 100.000 97.403 0.525 LGA I 283 I 283 0.278 0 0.087 0.111 0.614 95.455 95.455 0.614 LGA I 284 I 284 0.186 0 0.006 0.077 0.267 100.000 100.000 0.085 LGA D 285 D 285 0.274 0 0.094 0.727 1.940 95.455 82.727 1.940 LGA K 286 K 286 0.291 0 0.000 0.261 1.636 100.000 90.505 1.636 LGA E 287 E 287 0.385 0 0.052 0.337 1.528 100.000 92.525 0.488 LGA Q 288 Q 288 0.383 0 0.028 0.430 2.956 100.000 72.323 2.956 LGA F 289 F 289 0.225 0 0.034 0.139 0.432 100.000 100.000 0.346 LGA Q 290 Q 290 0.411 0 0.060 1.260 3.632 100.000 67.879 3.613 LGA Q 291 Q 291 0.257 0 0.056 0.087 0.457 100.000 100.000 0.457 LGA S 292 S 292 0.258 0 0.099 0.697 2.167 100.000 89.697 2.167 LGA Q 293 Q 293 0.447 0 0.024 0.247 0.702 90.909 93.939 0.702 LGA V 294 V 294 0.598 0 0.046 0.075 0.918 90.909 87.013 0.890 LGA K 295 K 295 0.214 0 0.040 0.267 0.605 95.455 95.960 0.605 LGA I 296 I 296 0.894 0 0.033 0.100 1.528 77.727 71.818 1.236 LGA A 297 A 297 1.038 0 0.077 0.077 1.381 69.545 68.727 - LGA N 298 N 298 0.348 0 0.061 0.159 1.442 78.182 75.909 1.334 LGA K 299 K 299 2.518 0 0.447 0.378 13.875 64.091 28.687 13.875 LGA V 300 V 300 3.087 0 0.110 0.144 6.484 30.455 17.403 6.484 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.946 0.903 1.822 85.165 79.599 66.280 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 93.889 97.303 12.904 LGA_LOCAL RMSD: 0.946 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.946 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.946 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.025823 * X + 0.615934 * Y + -0.787374 * Z + 158.126297 Y_new = 0.306455 * X + 0.744837 * Y + 0.592709 * Z + 152.135086 Z_new = 0.951535 * X + -0.256601 * Y + -0.169522 * Z + 135.549805 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.486731 -1.258188 -2.154619 [DEG: 85.1834 -72.0889 -123.4506 ] ZXZ: -2.216065 1.741141 1.834201 [DEG: -126.9712 99.7600 105.0920 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS419_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS419_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.303 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS419_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.355 185.052 153.383 1.00 85.28 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.753 185.652 154.560 1.00 85.28 C ATOM 2719 C GLY 165 152.259 185.386 154.685 1.00 85.28 C ATOM 2720 O GLY 165 151.574 186.076 155.443 1.00 85.28 O ATOM 2724 N LYS 166 151.726 184.412 153.939 1.00 86.52 N ATOM 2725 CA LYS 166 150.300 184.144 154.014 1.00 86.52 C ATOM 2726 C LYS 166 149.931 183.364 155.267 1.00 86.52 C ATOM 2727 O LYS 166 150.712 182.559 155.785 1.00 86.52 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.817 183.444 152.743 1.00 86.52 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.884 184.363 151.492 1.00 86.52 C ATOM 2730 CD LYS 166 149.365 183.697 150.195 1.00 86.52 C ATOM 2731 CE LYS 166 149.351 184.721 149.037 1.00 86.52 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.806 184.164 147.740 1.00 86.52 N ATOM 2746 N TRP 167 148.728 183.627 155.757 1.00 87.52 N ATOM 2747 CA TRP 167 148.186 182.945 156.911 1.00 87.52 C ATOM 2748 C TRP 167 147.506 181.670 156.437 1.00 87.52 C ATOM 2749 O TRP 167 146.530 181.712 155.687 1.00 87.52 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.186 183.860 157.609 1.00 87.52 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.622 183.327 158.882 1.00 87.52 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.384 182.794 159.086 1.00 87.52 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.288 183.281 160.150 1.00 87.52 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.235 182.434 160.385 1.00 87.52 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 146.386 182.721 161.059 1.00 87.52 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.562 183.664 160.585 1.00 87.52 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.712 182.533 162.378 1.00 87.52 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 148.895 183.471 161.909 1.00 87.52 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 147.996 182.918 162.784 1.00 87.52 C ATOM 2770 N ILE 168 148.037 180.532 156.878 1.00 83.37 N ATOM 2771 CA ILE 168 147.549 179.221 156.451 1.00 83.37 C ATOM 2772 C ILE 168 146.861 178.503 157.611 1.00 83.37 C ATOM 2773 O ILE 168 146.233 177.454 157.448 1.00 83.37 O ATOM 2774 CB ILE 168 148.759 178.431 155.932 1.00 83.37 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.290 179.143 154.694 1.00 83.37 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 148.388 176.956 155.589 1.00 83.37 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 150.615 178.685 154.300 1.00 83.37 C ATOM 2789 N SER 169 147.008 179.091 158.780 1.00 80.06 N ATOM 2790 CA SER 169 146.485 178.594 160.036 1.00 80.06 C ATOM 2791 C SER 169 145.019 178.975 160.189 1.00 80.06 C ATOM 2792 O SER 169 144.420 179.551 159.279 1.00 80.06 O ATOM 2793 CB SER 169 147.336 179.081 161.193 1.00 80.06 C ATOM 2794 OG SER 169 148.637 178.549 161.111 1.00 80.06 O ATOM 2800 N GLY 170 144.407 178.559 161.294 1.00 74.62 N ATOM 2801 CA GLY 170 142.983 178.786 161.504 1.00 74.62 C ATOM 2802 C GLY 170 142.664 180.132 162.149 1.00 74.62 C ATOM 2803 O GLY 170 142.860 181.193 161.548 1.00 74.62 O ATOM 2807 N LEU 171 142.165 180.114 163.376 1.00 78.98 N ATOM 2808 CA LEU 171 141.752 181.373 163.975 1.00 78.98 C ATOM 2809 C LEU 171 142.914 182.334 164.123 1.00 78.98 C ATOM 2810 O LEU 171 144.008 181.956 164.548 1.00 78.98 O ATOM 2811 CB LEU 171 141.139 181.135 165.360 1.00 78.98 C ATOM 2812 CG LEU 171 139.793 180.355 165.423 1.00 78.98 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 139.452 180.098 166.886 1.00 78.98 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 138.671 181.156 164.748 1.00 78.98 C ATOM 2826 N ALA 172 142.650 183.589 163.770 1.00 84.41 N ATOM 2827 CA ALA 172 143.622 184.658 163.861 1.00 84.41 C ATOM 2828 C ALA 172 143.928 184.921 165.340 1.00 84.41 C ATOM 2829 O ALA 172 143.063 184.667 166.182 1.00 84.41 O ATOM 2830 CB ALA 172 143.100 185.919 163.192 1.00 84.41 C ATOM 2836 N PRO 173 145.134 185.398 165.695 1.00 87.11 N ATOM 2837 CA PRO 173 145.518 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