####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS419_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS419_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 27 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 80 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 76 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 63 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 72 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 68 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 5 94 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 41 87 117 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 9 83 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 45 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 49 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 80 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 53 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 51 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 79 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 81 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 68 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 68 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 37 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 14 111 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 7 37 108 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 10 39 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 17 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 56 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 53 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 23 51 118 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 3 118 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 113 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 83.70 92.59 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.48 0.65 0.73 0.79 0.87 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.97 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.188 0 0.057 0.057 0.360 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.378 0 0.000 0.173 0.850 100.000 97.980 0.850 LGA W 167 W 167 0.404 0 0.197 0.130 0.762 95.455 94.805 0.712 LGA I 168 I 168 0.154 0 0.082 0.114 1.424 90.909 82.273 1.424 LGA S 169 S 169 0.790 0 0.591 0.609 2.951 68.182 64.848 1.525 LGA G 170 G 170 0.722 0 0.105 0.105 1.198 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.741 0 0.032 1.330 5.350 77.727 54.773 2.940 LGA A 172 A 172 0.895 0 0.033 0.040 0.972 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.767 0 0.029 0.220 0.842 81.818 84.416 0.447 LGA Y 174 Y 174 0.771 0 0.045 0.199 1.228 81.818 75.000 1.228 LGA G 175 G 175 0.326 0 0.040 0.040 0.403 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.325 0 0.007 0.189 0.642 100.000 96.970 0.417 LGA Q 177 Q 177 0.286 0 0.068 0.288 1.051 100.000 96.162 1.051 LGA L 178 L 178 0.280 0 0.102 0.137 1.409 90.909 84.318 1.409 LGA N 179 N 179 1.574 0 0.182 0.763 5.428 52.273 31.591 5.428 LGA K 180 K 180 4.104 0 0.233 0.926 13.378 16.364 7.273 13.378 LGA K 181 K 181 1.897 0 0.335 0.927 9.702 58.182 27.273 9.702 LGA T 182 T 182 1.134 0 0.000 1.133 3.538 69.545 62.857 3.538 LGA S 183 S 183 0.644 0 0.197 0.172 0.953 86.364 84.848 0.951 LGA K 184 K 184 1.031 0 0.050 0.817 2.785 73.636 64.848 2.785 LGA L 185 L 185 0.630 0 0.047 0.092 1.056 77.727 79.773 0.786 LGA D 186 D 186 0.544 0 0.000 0.163 0.997 90.909 88.636 0.452 LGA P 187 P 187 0.688 0 0.016 0.077 0.967 81.818 81.818 0.925 LGA V 188 V 188 0.628 0 0.000 0.042 1.012 86.364 82.078 0.722 LGA E 189 E 189 0.178 0 0.032 0.229 1.430 100.000 88.283 0.770 LGA D 190 D 190 0.345 0 0.053 0.085 0.448 100.000 100.000 0.442 LGA E 191 E 191 0.258 0 0.026 0.059 0.441 100.000 100.000 0.441 LGA A 192 A 192 0.303 0 0.041 0.042 0.340 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.306 0 0.049 0.118 0.478 100.000 100.000 0.478 LGA V 194 V 194 0.265 0 0.017 0.057 0.409 100.000 100.000 0.409 LGA V 195 V 195 0.294 0 0.000 0.038 0.320 100.000 100.000 0.220 LGA Q 196 Q 196 0.279 0 0.027 0.229 0.747 100.000 95.960 0.653 LGA L 197 L 197 0.283 0 0.000 0.072 0.365 100.000 100.000 0.365 LGA I 198 I 198 0.212 0 0.053 0.088 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA F 199 F 199 0.129 0 0.031 0.118 0.271 100.000 100.000 0.170 LGA N 200 N 200 0.149 0 0.053 0.931 2.204 100.000 86.136 1.614 LGA I 201 I 201 0.080 0 0.050 0.043 0.472 100.000 100.000 0.472 LGA F 202 F 202 0.213 0 0.000 0.081 0.555 100.000 96.694 0.403 LGA L 203 L 203 0.202 0 0.102 0.172 0.682 95.455 95.455 0.483 LGA N 204 N 204 0.341 0 0.034 0.179 0.971 90.909 88.636 0.813 LGA G 205 G 205 0.826 0 0.046 0.046 0.859 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.648 0 0.071 0.131 1.079 77.727 84.318 0.632 LGA N 207 N 207 1.091 0 0.000 0.087 1.615 69.545 65.682 1.430 LGA G 208 G 208 1.002 0 0.000 0.000 1.238 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.178 0 0.073 0.211 2.360 65.455 59.192 2.360 LGA D 210 D 210 1.265 0 0.134 0.877 1.814 69.545 62.045 1.618 LGA Y 211 Y 211 1.516 0 0.092 0.516 1.721 61.818 59.394 1.599 LGA S 212 S 212 2.115 0 0.655 0.806 5.785 41.818 29.697 5.785 LGA Y 213 Y 213 3.100 0 0.159 1.043 14.473 36.364 12.273 14.473 LGA A 215 A 215 1.145 0 0.153 0.164 2.204 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.567 0 0.000 0.117 0.709 81.818 81.818 0.709 LGA A 217 A 217 0.517 0 0.054 0.069 0.565 86.364 89.091 - LGA S 218 S 218 0.791 0 0.021 0.107 1.659 81.818 73.939 1.659 LGA H 219 H 219 0.483 0 0.012 0.146 0.736 95.455 87.273 0.736 LGA L 220 L 220 0.386 0 0.000 0.075 0.409 100.000 100.000 0.361 LGA T 221 T 221 0.402 0 0.000 0.022 0.453 100.000 100.000 0.428 LGA N 222 N 222 0.447 0 0.038 0.146 0.762 95.455 90.909 0.762 LGA L 223 L 223 0.624 0 0.037 0.107 0.859 86.364 84.091 0.703 LGA Q 224 Q 224 0.335 0 0.039 0.275 0.905 100.000 93.939 0.905 LGA I 225 I 225 0.425 0 0.053 0.082 0.601 100.000 95.455 0.469 LGA P 226 P 226 0.242 0 0.036 0.054 0.564 100.000 94.805 0.564 LGA T 227 T 227 0.191 0 0.048 0.086 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA P 228 P 228 0.318 0 0.125 0.161 0.395 100.000 100.000 0.322 LGA S 229 S 229 0.545 0 0.093 0.086 0.671 81.818 87.879 0.444 LGA G 230 G 230 0.617 0 0.077 0.077 1.028 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.175 0 0.013 0.509 1.557 100.000 88.687 1.557 LGA K 232 K 232 0.215 0 0.206 0.268 1.226 91.364 92.121 0.696 LGA R 233 R 233 0.308 0 0.102 1.128 5.889 100.000 53.554 4.215 LGA W 234 W 234 0.478 0 0.077 0.139 0.743 95.455 90.909 0.450 LGA N 235 N 235 0.556 0 0.000 0.416 1.916 90.909 80.455 1.916 LGA Q 236 Q 236 0.392 0 0.000 0.742 2.639 100.000 78.586 2.639 LGA Y 237 Y 237 0.280 0 0.116 0.232 1.151 95.455 89.545 1.151 LGA T 238 T 238 0.214 0 0.037 0.112 0.247 100.000 100.000 0.247 LGA I 239 I 239 0.174 0 0.065 0.151 0.402 100.000 100.000 0.402 LGA K 240 K 240 0.339 0 0.034 0.180 3.087 100.000 71.515 3.087 LGA A 241 A 241 0.284 0 0.073 0.083 0.447 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.352 0 0.019 0.073 0.418 100.000 100.000 0.313 LGA L 243 L 243 0.349 0 0.018 0.062 0.532 95.455 97.727 0.351 LGA Q 244 Q 244 0.419 0 0.102 0.241 1.606 100.000 82.828 1.213 LGA N 245 N 245 0.260 0 0.005 0.131 0.951 100.000 97.727 0.407 LGA E 246 E 246 0.311 0 0.035 0.456 2.005 100.000 83.838 1.675 LGA V 247 V 247 0.238 0 0.027 0.052 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA Y 248 Y 248 0.290 0 0.040 0.101 1.235 100.000 86.667 1.235 LGA I 249 I 249 0.328 0 0.017 0.053 0.545 95.455 97.727 0.355 LGA G 250 G 250 0.248 0 0.034 0.034 0.248 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.390 0 0.073 0.086 0.663 95.455 94.805 0.318 LGA V 252 V 252 0.324 0 0.037 0.129 0.850 90.909 92.208 0.800 LGA K 253 K 253 0.129 0 0.046 0.039 0.791 100.000 95.960 0.791 LGA Y 254 Y 254 0.664 0 0.019 0.258 2.693 86.364 63.636 2.693 LGA K 255 K 255 1.049 0 0.075 0.163 1.720 77.727 71.111 1.720 LGA V 256 V 256 1.150 0 0.053 0.054 1.242 65.455 65.455 1.206 LGA R 257 R 257 1.137 0 0.056 1.007 4.360 61.818 51.405 3.180 LGA E 258 E 258 1.513 0 0.036 0.162 2.628 54.545 45.859 2.628 LGA K 259 K 259 1.803 0 0.023 0.182 2.068 50.909 48.081 1.842 LGA T 260 T 260 1.510 0 0.035 0.079 1.836 50.909 55.065 1.488 LGA K 261 K 261 1.797 0 0.041 0.245 3.103 51.364 44.646 3.103 LGA D 262 D 262 1.707 0 0.042 0.469 2.071 47.727 58.864 1.541 LGA G 263 G 263 2.016 0 0.005 0.005 2.164 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.807 0 0.135 0.449 2.501 50.909 46.869 1.712 LGA R 265 R 265 1.566 0 0.029 0.921 4.160 61.818 52.397 4.160 LGA T 266 T 266 1.358 0 0.041 0.041 1.458 65.455 65.455 1.230 LGA I 267 I 267 0.929 0 0.000 0.109 1.628 77.727 71.818 1.628 LGA R 268 R 268 0.245 0 0.017 0.968 2.760 95.455 82.314 1.860 LGA P 269 P 269 0.827 0 0.044 0.050 0.902 81.818 81.818 0.813 LGA E 270 E 270 0.887 0 0.000 0.307 1.200 81.818 76.364 1.056 LGA K 271 K 271 1.074 0 0.093 0.710 5.032 77.727 48.081 5.032 LGA E 272 E 272 0.674 0 0.120 0.205 1.131 86.364 82.020 0.965 LGA Q 273 Q 273 0.350 0 0.051 0.090 0.791 100.000 93.939 0.791 LGA I 274 I 274 0.263 0 0.033 0.091 0.566 100.000 97.727 0.566 LGA V 275 V 275 0.180 0 0.063 0.137 0.663 95.455 94.805 0.342 LGA V 276 V 276 0.118 0 0.044 0.050 0.283 100.000 100.000 0.245 LGA Q 277 Q 277 0.100 0 0.053 0.686 3.285 100.000 81.616 3.285 LGA D 278 D 278 0.431 0 0.084 0.135 0.839 90.909 86.364 0.794 LGA A 279 A 279 0.199 0 0.049 0.048 0.413 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.377 0 0.033 0.152 0.599 100.000 98.182 0.432 LGA A 281 A 281 0.511 0 0.054 0.052 0.668 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.337 0 0.046 0.045 0.542 100.000 94.805 0.542 LGA I 283 I 283 0.242 0 0.082 0.103 0.585 95.455 95.455 0.585 LGA I 284 I 284 0.139 0 0.028 0.074 0.230 100.000 100.000 0.133 LGA D 285 D 285 0.295 0 0.078 0.207 1.165 95.455 88.864 1.165 LGA K 286 K 286 0.347 0 0.000 0.263 1.663 100.000 90.505 1.663 LGA E 287 E 287 0.361 0 0.047 0.332 1.316 100.000 94.141 0.341 LGA Q 288 Q 288 0.435 0 0.027 0.445 3.026 100.000 70.101 3.026 LGA F 289 F 289 0.245 0 0.031 0.138 0.370 100.000 100.000 0.300 LGA Q 290 Q 290 0.310 0 0.060 1.288 4.179 100.000 64.646 3.778 LGA Q 291 Q 291 0.267 0 0.054 0.091 0.544 100.000 95.960 0.544 LGA S 292 S 292 0.180 0 0.101 0.693 2.135 100.000 89.697 2.135 LGA Q 293 Q 293 0.284 0 0.022 0.241 0.696 100.000 97.980 0.696 LGA V 294 V 294 0.351 0 0.045 0.075 0.707 100.000 94.805 0.657 LGA K 295 K 295 0.401 0 0.044 0.295 0.729 90.909 87.879 0.536 LGA I 296 I 296 0.918 0 0.019 0.087 1.530 77.727 71.818 1.099 LGA A 297 A 297 0.884 0 0.070 0.071 1.189 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.597 0 0.062 0.139 1.952 70.000 71.818 1.073 LGA K 299 K 299 3.009 0 0.430 0.360 13.499 46.364 20.808 13.499 LGA V 300 V 300 2.980 0 0.114 0.100 6.167 27.727 15.844 6.167 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.937 0.901 1.800 86.283 80.768 67.532 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.000 97.710 13.024 LGA_LOCAL RMSD: 0.937 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.937 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.937 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.287020 * X + -0.419859 * Y + 0.861010 * Z + 158.240036 Y_new = 0.308703 * X + -0.891417 * Y + -0.331779 * Z + 155.537872 Z_new = 0.906820 * X + 0.170569 * Y + 0.385466 * Z + 144.194992 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.319812 -1.135677 0.416600 [DEG: 132.9155 -65.0695 23.8694 ] ZXZ: 1.202994 1.175083 1.384873 [DEG: 68.9265 67.3273 79.3474 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS419_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS419_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.710 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS419_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 154.301 184.970 153.361 1.00 86.05 N ATOM 2718 CA GLY 165 153.732 185.728 154.458 1.00 86.05 C ATOM 2719 C GLY 165 152.239 185.513 154.603 1.00 86.05 C ATOM 2720 O GLY 165 151.586 186.203 155.388 1.00 86.05 O ATOM 2724 N LYS 166 151.672 184.567 153.852 1.00 87.42 N ATOM 2725 CA LYS 166 150.247 184.327 153.953 1.00 87.42 C ATOM 2726 C LYS 166 149.904 183.576 155.227 1.00 87.42 C ATOM 2727 O LYS 166 150.688 182.771 155.741 1.00 87.42 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.735 183.612 152.701 1.00 87.42 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.776 184.511 151.436 1.00 87.42 C ATOM 2730 CD LYS 166 149.264 183.808 150.156 1.00 87.42 C ATOM 2731 CE LYS 166 149.164 184.819 148.972 1.00 87.42 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.622 184.197 147.709 1.00 87.42 N ATOM 2746 N TRP 167 148.728 183.870 155.755 1.00 89.82 N ATOM 2747 CA TRP 167 148.229 183.202 156.931 1.00 89.82 C ATOM 2748 C TRP 167 147.533 181.940 156.489 1.00 89.82 C ATOM 2749 O TRP 167 146.461 181.981 155.885 1.00 89.82 O ATOM 2750 CB TRP 167 147.259 184.108 157.669 1.00 89.82 C ATOM 2751 CG TRP 167 146.706 183.506 158.901 1.00 89.82 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 145.478 182.937 159.064 1.00 89.82 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 147.367 183.386 160.158 1.00 89.82 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 145.331 182.493 160.330 1.00 89.82 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 146.473 182.754 161.024 1.00 89.82 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 148.632 183.755 160.618 1.00 89.82 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.800 182.481 162.320 1.00 89.82 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 148.967 183.477 161.920 1.00 89.82 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 148.077 182.854 162.751 1.00 89.82 C ATOM 2770 N ILE 168 148.163 180.816 156.790 1.00 85.16 N ATOM 2771 CA ILE 168 147.687 179.521 156.343 1.00 85.16 C ATOM 2772 C ILE 168 147.091 178.708 157.490 1.00 85.16 C ATOM 2773 O ILE 168 146.511 177.638 157.294 1.00 85.16 O ATOM 2774 CB ILE 168 148.838 178.830 155.604 1.00 85.16 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 149.290 179.730 154.400 1.00 85.16 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 148.484 177.493 155.125 1.00 85.16 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 148.223 180.100 153.367 1.00 85.16 C ATOM 2789 N SER 169 147.255 179.234 158.684 1.00 82.25 N ATOM 2790 CA SER 169 146.747 178.645 159.905 1.00 82.25 C ATOM 2791 C SER 169 145.272 179.008 160.018 1.00 82.25 C ATOM 2792 O SER 169 144.718 179.626 159.109 1.00 82.25 O ATOM 2793 CB SER 169 147.555 179.094 161.103 1.00 82.25 C ATOM 2794 OG SER 169 148.873 178.621 161.021 1.00 82.25 O ATOM 2800 N GLY 170 144.605 178.536 161.067 1.00 78.32 N ATOM 2801 CA GLY 170 143.167 178.758 161.199 1.00 78.32 C ATOM 2802 C GLY 170 142.803 180.060 161.905 1.00 78.32 C ATOM 2803 O GLY 170 142.971 181.156 161.362 1.00 78.32 O ATOM 2807 N LEU 171 142.293 179.970 163.124 1.00 82.49 N ATOM 2808 CA LEU 171 141.854 181.195 163.769 1.00 82.49 C ATOM 2809 C LEU 171 143.006 182.158 163.969 1.00 82.49 C ATOM 2810 O LEU 171 144.090 181.773 164.414 1.00 82.49 O ATOM 2811 CB LEU 171 141.218 180.889 165.130 1.00 82.49 C ATOM 2812 CG LEU 171 139.886 180.084 165.125 1.00 82.49 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 139.516 179.750 166.564 1.00 82.49 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 138.764 180.899 164.464 1.00 82.49 C ATOM 2826 N ALA 172 142.745 183.419 163.636 1.00 86.01 N ATOM 2827 CA ALA 172 143.707 184.490 163.776 1.00 86.01 C ATOM 2828 C ALA 172 143.959 184.731 165.261 1.00 86.01 C ATOM 2829 O ALA 172 143.065 184.476 166.071 1.00 86.01 O ATOM 2830 CB ALA 172 143.187 185.758 163.105 1.00 86.01 C ATOM 2836 N PRO 173 145.160 185.178 165.650 1.00 88.31 N ATOM 2837 CA PRO 173 145.521 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