####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS388_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS388_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.16 1.16 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.16 1.16 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.96 1.21 LCS_AVERAGE: 63.64 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 85 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 67 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 14 56 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 74 108 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 4 6 115 124 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 13 101 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 85 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 79 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 71 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 34 105 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 23 105 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 18 105 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 3 105 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 12 74 121 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 7 18 118 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 5 20 102 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 21 105 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 77 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 86 108 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290 Q 290 65 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 65 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 65 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 65 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 65 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 65 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 65 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 65 135 135 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 65 135 135 78 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 65 135 135 4 78 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 38 135 135 4 64 96 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.88 ( 63.64 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 108 123 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 80.00 91.11 94.07 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.49 0.72 0.83 1.04 1.10 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 GDT RMS_ALL_AT 1.50 1.36 1.24 1.21 1.17 1.17 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.512 0 0.026 0.026 0.596 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.492 0 0.036 0.073 1.277 95.455 84.242 1.277 LGA W 167 W 167 0.379 0 0.161 0.124 0.741 95.455 89.610 0.741 LGA I 168 I 168 0.846 0 0.142 1.560 3.257 86.364 63.409 2.628 LGA S 169 S 169 0.807 0 0.132 0.139 1.219 81.818 79.091 1.219 LGA G 170 G 170 0.927 0 0.040 0.040 0.927 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 1.037 0 0.065 1.360 6.371 73.636 47.045 3.979 LGA A 172 A 172 0.768 0 0.014 0.031 0.849 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.606 0 0.009 0.084 0.670 81.818 81.818 0.608 LGA Y 174 Y 174 0.524 0 0.000 0.157 1.067 81.818 83.485 1.067 LGA G 175 G 175 0.620 0 0.077 0.077 0.620 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.730 0 0.033 0.127 0.873 81.818 87.879 0.465 LGA Q 177 Q 177 1.071 0 0.048 0.416 1.660 73.636 67.475 1.259 LGA L 178 L 178 0.797 0 0.142 0.184 1.316 73.636 73.636 1.183 LGA N 179 N 179 1.394 0 0.192 0.679 4.984 69.545 41.136 4.984 LGA K 180 K 180 3.376 0 0.290 0.961 12.981 29.545 13.131 12.981 LGA K 181 K 181 2.370 0 0.432 0.943 10.752 51.364 23.434 10.752 LGA T 182 T 182 1.164 0 0.037 1.117 3.432 78.182 66.234 3.432 LGA S 183 S 183 0.670 0 0.131 0.116 0.946 86.364 84.848 0.907 LGA K 184 K 184 0.732 0 0.065 0.915 3.639 81.818 68.687 3.639 LGA L 185 L 185 0.650 0 0.070 0.076 0.904 81.818 90.909 0.198 LGA D 186 D 186 0.562 0 0.046 0.142 0.929 81.818 88.636 0.379 LGA P 187 P 187 0.692 0 0.030 0.061 1.472 73.636 77.143 0.701 LGA V 188 V 188 1.037 0 0.029 0.041 1.175 73.636 70.130 1.174 LGA E 189 E 189 1.090 0 0.042 0.855 3.153 69.545 56.566 2.651 LGA D 190 D 190 1.054 0 0.027 0.039 1.603 73.636 67.727 1.603 LGA E 191 E 191 0.738 0 0.000 0.047 1.201 86.364 80.202 1.201 LGA A 192 A 192 0.394 0 0.030 0.029 0.491 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.552 0 0.056 0.169 1.444 90.909 80.404 1.385 LGA V 194 V 194 0.411 0 0.000 0.032 0.534 100.000 97.403 0.495 LGA V 195 V 195 0.227 0 0.000 0.000 0.297 100.000 100.000 0.167 LGA Q 196 Q 196 0.323 0 0.029 0.225 1.209 100.000 90.303 1.125 LGA L 197 L 197 0.419 0 0.002 0.031 0.616 100.000 93.182 0.597 LGA I 198 I 198 0.215 0 0.048 0.078 0.388 100.000 100.000 0.347 LGA F 199 F 199 0.289 0 0.030 0.051 0.450 100.000 100.000 0.175 LGA N 200 N 200 0.485 0 0.000 0.883 2.254 95.455 79.318 1.706 LGA I 201 I 201 0.358 0 0.026 0.048 0.482 100.000 100.000 0.293 LGA F 202 F 202 0.349 0 0.015 0.044 0.706 95.455 91.736 0.699 LGA L 203 L 203 0.637 0 0.022 0.112 1.293 86.364 82.045 0.998 LGA N 204 N 204 0.688 0 0.020 0.041 1.537 90.909 78.409 1.403 LGA G 205 G 205 0.258 0 0.041 0.041 0.395 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.525 0 0.000 1.348 2.698 86.364 68.409 2.567 LGA N 207 N 207 0.929 0 0.035 0.110 1.040 81.818 79.773 1.040 LGA G 208 G 208 1.253 0 0.111 0.111 1.756 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.244 0 0.061 0.246 3.234 65.455 51.313 3.234 LGA D 210 D 210 1.080 0 0.076 0.229 1.219 65.455 80.455 0.319 LGA Y 211 Y 211 1.802 0 0.112 0.633 2.124 54.545 50.000 1.789 LGA S 212 S 212 2.420 0 0.641 0.780 6.293 36.364 25.152 6.293 LGA Y 213 Y 213 2.759 0 0.184 1.052 13.987 48.636 16.667 13.987 LGA A 215 A 215 1.198 0 0.218 0.235 2.016 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.509 0 0.000 0.172 0.596 81.818 90.909 0.472 LGA A 217 A 217 0.579 0 0.053 0.060 0.597 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.622 0 0.020 0.143 1.060 81.818 79.091 1.060 LGA H 219 H 219 0.656 0 0.017 0.117 0.848 81.818 81.818 0.848 LGA L 220 L 220 0.630 0 0.000 0.071 0.662 81.818 81.818 0.624 LGA T 221 T 221 0.655 0 0.000 0.020 0.661 81.818 81.818 0.615 LGA N 222 N 222 0.638 0 0.042 0.058 0.796 81.818 81.818 0.796 LGA L 223 L 223 0.790 0 0.044 0.098 1.075 81.818 79.773 1.075 LGA Q 224 Q 224 0.872 0 0.039 0.116 1.493 81.818 74.545 1.163 LGA I 225 I 225 0.733 0 0.056 0.067 0.773 81.818 81.818 0.637 LGA P 226 P 226 0.860 0 0.027 0.064 1.168 81.818 77.143 1.168 LGA T 227 T 227 0.872 0 0.041 0.138 1.191 81.818 79.481 1.191 LGA P 228 P 228 0.850 0 0.135 0.157 0.862 86.364 84.416 0.683 LGA S 229 S 229 1.185 0 0.133 0.126 1.264 65.455 65.455 1.096 LGA G 230 G 230 1.271 0 0.000 0.000 1.332 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.902 0 0.075 0.519 1.348 82.273 76.566 0.573 LGA K 232 K 232 1.054 0 0.171 0.277 2.773 65.455 56.566 2.773 LGA R 233 R 233 0.863 0 0.014 1.245 5.299 77.727 54.380 4.053 LGA W 234 W 234 0.426 0 0.032 0.124 0.742 95.455 87.013 0.687 LGA N 235 N 235 0.660 0 0.014 0.530 2.581 81.818 72.955 2.581 LGA Q 236 Q 236 0.479 0 0.000 0.771 3.074 86.364 65.859 3.074 LGA Y 237 Y 237 0.909 0 0.070 0.180 1.115 77.727 77.727 0.891 LGA T 238 T 238 0.597 0 0.000 0.057 0.659 81.818 81.818 0.637 LGA I 239 I 239 0.359 0 0.020 0.080 0.445 100.000 100.000 0.392 LGA K 240 K 240 0.869 0 0.024 0.197 3.388 81.818 58.586 3.388 LGA A 241 A 241 0.911 0 0.099 0.107 1.117 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.316 0 0.035 0.050 0.442 100.000 100.000 0.372 LGA L 243 L 243 0.380 0 0.033 0.044 0.610 95.455 97.727 0.378 LGA Q 244 Q 244 0.653 0 0.057 0.279 1.039 77.727 80.000 0.665 LGA N 245 N 245 0.613 0 0.026 0.076 0.716 81.818 81.818 0.716 LGA E 246 E 246 0.488 0 0.029 0.594 1.385 100.000 88.283 1.385 LGA V 247 V 247 0.483 0 0.038 0.079 0.682 90.909 94.805 0.493 LGA Y 248 Y 248 0.535 0 0.039 0.144 1.194 90.909 82.121 1.194 LGA I 249 I 249 0.440 0 0.000 0.045 0.713 100.000 90.909 0.616 LGA G 250 G 250 0.287 0 0.033 0.033 0.561 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.639 0 0.040 0.052 0.712 81.818 81.818 0.588 LGA V 252 V 252 0.812 0 0.007 1.206 2.734 81.818 67.273 2.734 LGA K 253 K 253 0.576 0 0.068 0.107 0.932 81.818 81.818 0.623 LGA Y 254 Y 254 0.908 0 0.052 0.345 2.971 81.818 58.636 2.971 LGA K 255 K 255 0.773 0 0.042 0.815 4.325 77.727 53.939 4.325 LGA V 256 V 256 0.859 0 0.098 0.120 1.063 81.818 79.481 0.760 LGA R 257 R 257 0.970 0 0.077 1.140 4.676 73.636 57.355 2.882 LGA E 258 E 258 1.100 0 0.078 0.314 2.148 65.455 59.192 2.148 LGA K 259 K 259 2.132 0 0.033 0.750 2.769 41.364 47.273 1.246 LGA T 260 T 260 2.939 0 0.006 0.053 3.499 22.727 24.675 2.994 LGA K 261 K 261 4.463 0 0.023 0.192 6.782 5.909 3.030 6.782 LGA D 262 D 262 3.919 0 0.020 1.052 4.737 13.182 9.091 4.737 LGA G 263 G 263 3.113 0 0.000 0.000 3.291 22.727 22.727 - LGA K 264 K 264 1.917 0 0.071 0.419 2.511 47.727 51.717 2.511 LGA R 265 R 265 1.465 0 0.087 0.933 5.054 61.818 45.289 5.054 LGA T 266 T 266 1.190 0 0.042 0.113 1.415 65.455 65.455 1.206 LGA I 267 I 267 0.922 0 0.039 0.070 1.284 77.727 71.591 1.284 LGA R 268 R 268 0.853 0 0.016 0.910 2.779 81.818 69.587 1.887 LGA P 269 P 269 1.008 0 0.009 0.028 1.177 77.727 72.468 1.177 LGA E 270 E 270 0.908 0 0.024 0.267 0.986 81.818 81.818 0.848 LGA K 271 K 271 1.193 0 0.082 0.725 3.440 65.455 56.768 3.120 LGA E 272 E 272 0.820 0 0.099 0.174 1.703 81.818 69.697 1.703 LGA Q 273 Q 273 0.807 0 0.029 0.127 0.877 81.818 81.818 0.877 LGA I 274 I 274 0.689 0 0.040 0.134 1.487 81.818 79.773 1.487 LGA V 275 V 275 0.371 0 0.050 0.082 0.632 100.000 92.208 0.632 LGA V 276 V 276 0.473 0 0.062 0.061 0.700 86.364 89.610 0.519 LGA Q 277 Q 277 0.546 0 0.047 0.595 2.312 95.455 76.364 2.312 LGA D 278 D 278 0.373 0 0.045 0.251 1.264 100.000 93.409 1.264 LGA A 279 A 279 0.469 0 0.015 0.020 0.591 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.314 0 0.024 0.128 0.500 100.000 98.182 0.239 LGA A 281 A 281 0.350 0 0.022 0.020 0.464 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.154 0 0.025 0.033 0.409 100.000 100.000 0.409 LGA I 283 I 283 0.241 0 0.031 0.053 0.582 100.000 97.727 0.582 LGA I 284 I 284 0.271 0 0.011 0.086 0.575 95.455 97.727 0.142 LGA D 285 D 285 0.980 0 0.090 0.837 3.197 73.636 58.409 2.333 LGA K 286 K 286 1.167 0 0.048 0.241 1.302 65.455 70.909 0.828 LGA E 287 E 287 1.235 0 0.038 0.434 2.096 65.455 62.424 1.180 LGA Q 288 Q 288 0.998 0 0.031 0.340 1.861 73.636 69.495 1.734 LGA F 289 F 289 0.994 0 0.028 0.133 1.219 73.636 69.917 1.148 LGA Q 290 Q 290 1.246 0 0.028 1.186 2.736 65.455 56.566 2.736 LGA Q 291 Q 291 1.059 0 0.038 0.093 1.134 65.455 65.455 1.015 LGA S 292 S 292 0.975 0 0.036 0.679 3.080 69.545 63.030 3.080 LGA Q 293 Q 293 1.222 0 0.000 0.280 1.822 65.455 60.606 1.822 LGA V 294 V 294 1.306 0 0.034 0.039 1.550 65.455 63.377 1.370 LGA K 295 K 295 0.812 0 0.045 0.114 0.970 81.818 89.899 0.384 LGA I 296 I 296 1.024 0 0.032 0.085 1.296 69.545 69.545 1.180 LGA A 297 A 297 1.556 0 0.125 0.139 1.929 58.182 56.727 - LGA N 298 N 298 0.597 0 0.047 0.160 1.897 86.364 72.500 1.897 LGA K 299 K 299 1.496 0 0.041 0.194 5.749 59.091 34.949 5.749 LGA V 300 V 300 2.393 0 0.089 0.087 3.194 33.636 32.727 3.194 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.164 1.132 1.844 78.202 72.987 59.847 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.16 93.519 97.102 10.680 LGA_LOCAL RMSD: 1.164 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.164 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.164 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.247785 * X + 0.921477 * Y + 0.299136 * Z + 148.115509 Y_new = -0.936142 * X + -0.148218 * Y + -0.318857 * Z + 179.921539 Z_new = -0.249482 * X + -0.359042 * Y + 0.899359 * Z + 174.086868 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.829550 0.252146 -0.379833 [DEG: -104.8255 14.4469 -21.7629 ] ZXZ: 0.753497 0.452494 -2.534328 [DEG: 43.1722 25.9260 -145.2063 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS388_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS388_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.16 97.102 1.16 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS388_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.801 185.131 153.411 1.00 93.33 ATOM 1346 CA GLY 165 153.310 185.760 154.637 1.00 93.33 ATOM 1347 C GLY 165 151.784 185.731 154.781 1.00 93.33 ATOM 1348 O GLY 165 151.221 186.498 155.556 1.00 93.33 ATOM 1349 N LYS 166 151.080 184.873 154.030 1.00 94.16 ATOM 1350 CA LYS 166 149.622 184.736 154.147 1.00 94.16 ATOM 1351 C LYS 166 149.256 183.912 155.374 1.00 94.16 ATOM 1352 O LYS 166 149.898 182.913 155.705 1.00 94.16 ATOM 1353 CB LYS 166 149.001 184.149 152.875 1.00 94.16 ATOM 1354 CG LYS 166 149.134 185.103 151.684 1.00 94.16 ATOM 1355 CD LYS 166 148.687 184.405 150.398 1.00 94.16 ATOM 1356 CE LYS 166 148.571 185.419 149.261 1.00 94.16 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.450 184.729 147.959 1.00 94.16 ATOM 1358 N TRP 167 148.162 184.296 156.018 1.00 93.25 ATOM 1359 CA TRP 167 147.637 183.587 157.170 1.00 93.25 ATOM 1360 C TRP 167 146.882 182.331 156.733 1.00 93.25 ATOM 1361 O TRP 167 145.776 182.390 156.200 1.00 93.25 ATOM 1362 CB TRP 167 146.768 184.520 158.002 1.00 93.25 ATOM 1363 CG TRP 167 146.299 183.892 159.274 1.00 93.25 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.082 183.347 159.505 1.00 93.25 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.068 183.694 160.496 1.00 93.25 ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.041 182.842 160.790 1.00 93.25 ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.237 183.033 161.447 1.00 93.25 ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.388 184.001 160.890 1.00 93.25 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 146.691 182.700 162.730 1.00 93.25 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 148.853 183.676 162.179 1.00 93.25 ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.007 183.028 163.098 1.00 93.25 ATOM 1372 N ILE 168 147.492 181.172 156.976 1.00 88.36 ATOM 1373 CA ILE 168 146.921 179.850 156.662 1.00 88.36 ATOM 1374 C ILE 168 146.492 179.067 157.911 1.00 88.36 ATOM 1375 O ILE 168 146.064 177.914 157.821 1.00 88.36 ATOM 1376 CB ILE 168 147.892 179.046 155.777 1.00 88.36 ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.241 178.797 156.485 1.00 88.36 ATOM 1378 CG2 ILE 168 148.090 179.764 154.430 1.00 88.36 ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.076 177.752 155.748 1.00 88.36 ATOM 1380 N SER 169 146.627 179.684 159.087 1.00 77.45 ATOM 1381 CA SER 169 146.482 179.040 160.392 1.00 77.45 ATOM 1382 C SER 169 145.122 179.343 161.025 1.00 77.45 ATOM 1383 O SER 169 145.041 180.075 161.999 1.00 77.45 ATOM 1384 CB SER 169 147.649 179.451 161.302 1.00 77.45 ATOM 1385 OG SER 169 148.869 178.916 160.813 1.00 77.45 ATOM 1386 N GLY 170 144.043 178.750 160.501 1.00 84.48 ATOM 1387 CA GLY 170 142.712 178.786 161.130 1.00 84.48 ATOM 1388 C GLY 170 142.195 180.199 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192.207 165.796 1.00 96.62 ATOM 1425 O GLY 175 143.913 193.248 165.216 1.00 96.62 ATOM 1426 N TYR 176 143.357 191.074 165.140 1.00 97.23 ATOM 1427 CA TYR 176 143.436 190.932 163.691 1.00 97.23 ATOM 1428 C TYR 176 142.209 190.250 163.092 1.00 97.23 ATOM 1429 O TYR 176 141.610 189.342 163.666 1.00 97.23 ATOM 1430 CB TYR 176 144.685 190.137 163.297 1.00 97.23 ATOM 1431 CG TYR 176 146.005 190.820 163.581 1.00 97.23 ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.447 191.855 162.739 1.00 97.23 ATOM 1433 CD2 TYR 176 146.801 190.404 164.664 1.00 97.23 ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.689 192.469 162.970 1.00 97.23 ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.065 190.987 164.873 1.00 97.23 ATOM 1436 CZ TYR 176 148.511 192.022 164.023 1.00 97.23 ATOM 1437 OH TYR 176 149.743 192.562 164.203 1.00 97.23 ATOM 1438 N GLN 177 141.921 190.606 161.846 1.00 95.43 ATOM 1439 CA GLN 177 140.977 189.905 160.986 1.00 95.43 ATOM 1440 C GLN 177 141.662 189.405 159.714 1.00 95.43 ATOM 1441 O GLN 177 142.617 190.000 159.217 1.00 95.43 ATOM 1442 CB GLN 177 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