####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS388_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS388_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.19 1.19 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.19 1.19 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.96 1.24 LCS_AVERAGE: 63.64 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 78 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 64 106 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 9 54 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 19 38 119 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 4 5 115 124 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 12 105 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 68 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 84 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 64 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 30 106 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 34 105 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 4 106 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 3 106 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 3 85 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 13 24 121 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 7 11 102 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 19 106 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 84 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 86 107 122 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281 A 281 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 65 135 135 65 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 65 135 135 85 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 65 135 135 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 65 135 135 80 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 65 135 135 78 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 65 135 135 14 67 115 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 38 135 135 3 3 54 91 110 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.88 ( 63.64 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 107 122 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 79.26 90.37 93.33 95.56 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.48 0.70 0.80 0.90 1.13 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 GDT RMS_ALL_AT 1.48 1.37 1.26 1.23 1.22 1.20 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.509 0 0.028 0.028 0.588 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.520 0 0.040 0.067 1.182 86.364 80.202 1.182 LGA W 167 W 167 0.421 0 0.139 0.117 0.669 90.909 89.610 0.614 LGA I 168 I 168 0.962 0 0.128 1.548 3.340 86.364 64.773 2.330 LGA S 169 S 169 0.624 0 0.117 0.130 0.990 81.818 81.818 0.990 LGA G 170 G 170 0.926 0 0.049 0.049 0.926 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.886 0 0.066 1.381 6.202 81.818 51.818 3.770 LGA A 172 A 172 0.772 0 0.003 0.020 0.810 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.648 0 0.004 0.108 0.695 81.818 81.818 0.638 LGA Y 174 Y 174 0.619 0 0.000 0.170 1.255 81.818 79.091 1.255 LGA G 175 G 175 0.702 0 0.072 0.072 0.702 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.752 0 0.041 0.107 0.918 81.818 87.879 0.394 LGA Q 177 Q 177 1.139 0 0.043 0.413 1.707 69.545 65.657 1.322 LGA L 178 L 178 0.846 0 0.138 0.198 1.355 73.636 73.636 1.235 LGA N 179 N 179 1.401 0 0.181 0.670 4.973 65.455 39.091 4.973 LGA K 180 K 180 3.287 0 0.293 0.964 12.927 29.545 13.131 12.927 LGA K 181 K 181 2.484 0 0.432 0.942 10.889 51.364 23.030 10.889 LGA T 182 T 182 1.229 0 0.040 1.099 3.425 74.545 64.156 3.425 LGA S 183 S 183 0.688 0 0.137 0.120 0.950 86.364 84.848 0.876 LGA K 184 K 184 0.761 0 0.063 0.908 3.559 81.818 68.687 3.559 LGA L 185 L 185 0.680 0 0.075 0.082 0.945 81.818 90.909 0.234 LGA D 186 D 186 0.597 0 0.049 0.151 1.000 81.818 88.636 0.476 LGA P 187 P 187 0.728 0 0.040 0.070 1.573 70.000 75.065 0.691 LGA V 188 V 188 1.100 0 0.030 0.039 1.274 73.636 70.130 1.274 LGA E 189 E 189 1.180 0 0.036 0.864 3.270 65.455 52.929 2.689 LGA D 190 D 190 1.202 0 0.027 0.043 1.820 69.545 62.045 1.820 LGA E 191 E 191 0.859 0 0.000 0.058 1.429 77.727 72.727 1.429 LGA A 192 A 192 0.441 0 0.033 0.032 0.559 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.603 0 0.059 0.166 1.483 81.818 74.545 1.483 LGA V 194 V 194 0.492 0 0.000 0.027 0.669 95.455 89.610 0.576 LGA V 195 V 195 0.228 0 0.000 0.000 0.346 100.000 100.000 0.170 LGA Q 196 Q 196 0.285 0 0.030 0.212 1.155 100.000 90.303 1.096 LGA L 197 L 197 0.442 0 0.016 0.036 0.719 100.000 90.909 0.677 LGA I 198 I 198 0.198 0 0.047 0.079 0.312 100.000 100.000 0.312 LGA F 199 F 199 0.252 0 0.037 0.052 0.405 100.000 100.000 0.098 LGA N 200 N 200 0.440 0 0.000 0.886 2.268 100.000 81.591 1.657 LGA I 201 I 201 0.296 0 0.026 0.047 0.434 100.000 100.000 0.265 LGA F 202 F 202 0.277 0 0.000 0.038 0.657 100.000 95.041 0.657 LGA L 203 L 203 0.555 0 0.022 0.113 1.214 86.364 82.045 0.913 LGA N 204 N 204 0.546 0 0.014 0.044 1.487 90.909 80.227 1.303 LGA G 205 G 205 0.251 0 0.039 0.039 0.376 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.582 0 0.000 1.335 2.670 86.364 68.409 2.586 LGA N 207 N 207 1.024 0 0.038 0.072 1.203 69.545 67.500 1.126 LGA G 208 G 208 1.254 0 0.132 0.132 1.940 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.215 0 0.066 0.269 3.410 65.455 51.313 3.410 LGA D 210 D 210 1.184 0 0.079 0.251 1.266 65.455 73.864 0.697 LGA Y 211 Y 211 1.767 0 0.104 0.608 2.083 54.545 51.061 1.674 LGA S 212 S 212 2.454 0 0.646 0.781 6.262 36.364 25.152 6.262 LGA Y 213 Y 213 2.786 0 0.174 1.059 14.061 48.636 16.364 14.061 LGA A 215 A 215 1.173 0 0.186 0.202 1.978 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.496 0 0.000 0.173 0.564 86.364 90.909 0.482 LGA A 217 A 217 0.572 0 0.034 0.041 0.594 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.629 0 0.000 0.027 0.851 81.818 81.818 0.851 LGA H 219 H 219 0.636 0 0.016 0.077 0.847 81.818 81.818 0.847 LGA L 220 L 220 0.646 0 0.000 0.076 0.666 81.818 81.818 0.620 LGA T 221 T 221 0.656 0 0.000 0.010 0.661 81.818 81.818 0.618 LGA N 222 N 222 0.628 0 0.035 0.053 0.810 81.818 81.818 0.810 LGA L 223 L 223 0.783 0 0.040 0.088 1.096 81.818 79.773 1.096 LGA Q 224 Q 224 0.862 0 0.037 0.113 1.479 81.818 74.545 1.184 LGA I 225 I 225 0.758 0 0.054 0.066 0.787 81.818 81.818 0.656 LGA P 226 P 226 0.953 0 0.029 0.055 1.178 81.818 74.805 1.178 LGA T 227 T 227 0.937 0 0.041 0.138 1.247 81.818 79.481 1.247 LGA P 228 P 228 0.895 0 0.140 0.167 0.907 81.818 81.818 0.749 LGA S 229 S 229 1.213 0 0.124 0.120 1.295 65.455 65.455 1.203 LGA G 230 G 230 1.295 0 0.005 0.005 1.347 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.887 0 0.078 0.512 1.422 86.364 78.384 0.599 LGA K 232 K 232 1.071 0 0.179 0.284 2.688 65.455 56.566 2.688 LGA R 233 R 233 0.901 0 0.026 1.258 5.167 77.727 54.380 4.221 LGA W 234 W 234 0.410 0 0.035 0.127 0.724 90.909 85.714 0.718 LGA N 235 N 235 0.557 0 0.011 0.500 2.416 90.909 78.864 2.416 LGA Q 236 Q 236 0.409 0 0.000 1.196 4.904 86.364 60.808 4.904 LGA Y 237 Y 237 0.788 0 0.058 0.176 0.988 81.818 81.818 0.814 LGA T 238 T 238 0.490 0 0.000 0.051 0.554 95.455 94.805 0.529 LGA I 239 I 239 0.289 0 0.029 0.092 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA K 240 K 240 0.789 0 0.034 0.203 3.291 81.818 58.586 3.291 LGA A 241 A 241 0.787 0 0.084 0.091 0.913 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.239 0 0.028 0.044 0.359 100.000 100.000 0.359 LGA L 243 L 243 0.296 0 0.040 0.054 0.537 95.455 97.727 0.305 LGA Q 244 Q 244 0.561 0 0.051 0.284 0.961 86.364 85.859 0.573 LGA N 245 N 245 0.591 0 0.030 0.069 0.689 81.818 81.818 0.689 LGA E 246 E 246 0.471 0 0.026 0.593 1.364 100.000 88.283 1.351 LGA V 247 V 247 0.461 0 0.015 0.051 0.530 95.455 97.403 0.458 LGA Y 248 Y 248 0.473 0 0.035 0.140 1.140 100.000 89.545 1.140 LGA I 249 I 249 0.415 0 0.000 0.037 0.674 100.000 95.455 0.600 LGA G 250 G 250 0.279 0 0.033 0.033 0.561 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.632 0 0.040 0.048 0.716 81.818 81.818 0.609 LGA V 252 V 252 0.762 0 0.029 0.123 1.236 81.818 79.481 1.236 LGA K 253 K 253 0.546 0 0.075 0.111 0.849 81.818 81.818 0.722 LGA Y 254 Y 254 0.787 0 0.052 0.265 2.676 81.818 62.121 2.676 LGA K 255 K 255 0.761 0 0.045 0.791 4.632 77.727 52.323 4.632 LGA V 256 V 256 0.880 0 0.106 0.124 1.027 81.818 79.481 0.759 LGA R 257 R 257 1.008 0 0.073 1.071 3.766 69.545 57.521 2.549 LGA E 258 E 258 1.157 0 0.078 0.333 2.327 65.455 59.192 2.327 LGA K 259 K 259 2.104 0 0.048 0.175 3.503 41.364 29.697 3.503 LGA T 260 T 260 2.879 0 0.000 0.053 3.455 22.727 24.675 2.953 LGA K 261 K 261 4.484 0 0.035 0.194 6.860 5.909 2.626 6.860 LGA D 262 D 262 4.011 0 0.025 1.009 4.721 10.000 7.500 4.670 LGA G 263 G 263 3.151 0 0.000 0.000 3.341 22.727 22.727 - LGA K 264 K 264 1.879 0 0.090 0.433 2.774 47.727 51.717 2.774 LGA R 265 R 265 1.520 0 0.082 0.943 4.876 58.182 45.950 4.876 LGA T 266 T 266 1.290 0 0.040 0.124 1.548 65.455 63.377 1.302 LGA I 267 I 267 0.972 0 0.042 0.069 1.390 73.636 69.545 1.390 LGA R 268 R 268 0.877 0 0.017 0.903 2.684 81.818 69.587 1.928 LGA P 269 P 269 1.069 0 0.000 0.027 1.250 77.727 72.468 1.250 LGA E 270 E 270 0.892 0 0.026 0.277 1.160 81.818 78.182 1.160 LGA K 271 K 271 1.183 0 0.081 0.729 3.517 65.455 54.141 3.187 LGA E 272 E 272 0.838 0 0.100 0.177 1.625 81.818 71.313 1.611 LGA Q 273 Q 273 0.774 0 0.029 0.128 0.890 81.818 81.818 0.789 LGA I 274 I 274 0.669 0 0.038 0.134 1.337 81.818 79.773 1.337 LGA V 275 V 275 0.402 0 0.056 0.088 0.638 100.000 92.208 0.638 LGA V 276 V 276 0.517 0 0.062 0.062 0.665 81.818 81.818 0.580 LGA Q 277 Q 277 0.494 0 0.046 0.586 2.367 100.000 76.768 2.367 LGA D 278 D 278 0.387 0 0.043 0.242 1.098 100.000 95.682 1.098 LGA A 279 A 279 0.516 0 0.016 0.023 0.644 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.270 0 0.026 0.122 0.486 100.000 100.000 0.224 LGA A 281 A 281 0.250 0 0.022 0.016 0.369 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.136 0 0.026 0.033 0.339 100.000 100.000 0.339 LGA I 283 I 283 0.138 0 0.031 0.047 0.520 100.000 97.727 0.520 LGA I 284 I 284 0.169 0 0.005 0.086 0.552 95.455 97.727 0.092 LGA D 285 D 285 0.908 0 0.091 0.851 3.125 77.727 60.455 2.082 LGA K 286 K 286 1.039 0 0.038 0.250 1.211 69.545 72.727 0.795 LGA E 287 E 287 1.070 0 0.025 0.423 1.927 69.545 67.475 0.997 LGA Q 288 Q 288 0.844 0 0.024 0.333 2.070 81.818 70.101 1.797 LGA F 289 F 289 0.894 0 0.045 0.126 1.121 77.727 75.868 1.050 LGA Q 290 Q 290 1.077 0 0.026 1.287 3.284 65.455 52.727 2.917 LGA Q 291 Q 291 0.886 0 0.035 0.091 0.961 81.818 81.818 0.829 LGA S 292 S 292 0.832 0 0.036 0.706 3.049 81.818 71.212 3.049 LGA Q 293 Q 293 1.052 0 0.000 0.282 1.683 69.545 64.040 1.683 LGA V 294 V 294 1.097 0 0.034 0.039 1.339 73.636 70.130 1.152 LGA K 295 K 295 0.622 0 0.076 0.153 0.914 81.818 91.919 0.362 LGA I 296 I 296 0.840 0 0.028 0.083 1.172 73.636 75.682 0.969 LGA A 297 A 297 1.357 0 0.113 0.129 1.802 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.456 0 0.000 0.239 1.284 82.273 82.273 1.284 LGA K 299 K 299 1.933 0 0.208 0.161 12.911 66.818 30.303 12.911 LGA V 300 V 300 4.007 0 0.102 0.099 7.676 16.364 9.351 7.676 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.193 1.139 1.956 78.418 73.021 59.954 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.19 93.148 96.793 10.440 LGA_LOCAL RMSD: 1.193 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.193 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.193 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.694081 * X + 0.714606 * Y + -0.087120 * Z + 154.294769 Y_new = -0.550353 * X + -0.604730 * Y + -0.575684 * Z + 169.398315 Z_new = -0.464072 * X + -0.351625 * Y + 0.813018 * Z + 173.639603 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.471182 0.482586 -0.408201 [DEG: -141.5883 27.6502 -23.3882 ] ZXZ: -0.150194 0.621480 -2.219204 [DEG: -8.6055 35.6082 -127.1510 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS388_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS388_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.19 96.793 1.19 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS388_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.764 184.983 153.422 1.00 94.82 ATOM 1346 CA GLY 165 153.280 185.617 154.651 1.00 94.82 ATOM 1347 C GLY 165 151.756 185.609 154.788 1.00 94.82 ATOM 1348 O GLY 165 151.200 186.388 155.558 1.00 94.82 ATOM 1349 N LYS 166 151.047 184.757 154.036 1.00 95.26 ATOM 1350 CA LYS 166 149.588 184.643 154.147 1.00 95.26 ATOM 1351 C LYS 166 149.212 183.842 155.387 1.00 95.26 ATOM 1352 O LYS 166 149.835 182.832 155.724 1.00 95.26 ATOM 1353 CB LYS 166 148.964 184.053 152.879 1.00 95.26 ATOM 1354 CG LYS 166 149.140 184.992 151.677 1.00 95.26 ATOM 1355 CD LYS 166 148.648 184.307 150.402 1.00 95.26 ATOM 1356 CE LYS 166 148.606 185.278 149.227 1.00 95.26 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.431 184.540 147.956 1.00 95.26 ATOM 1358 N TRP 167 148.140 184.264 156.044 1.00 93.99 ATOM 1359 CA TRP 167 147.636 183.592 157.230 1.00 93.99 ATOM 1360 C TRP 167 146.825 182.355 156.844 1.00 93.99 ATOM 1361 O TRP 167 145.671 182.436 156.431 1.00 93.99 ATOM 1362 CB TRP 167 146.839 184.566 158.088 1.00 93.99 ATOM 1363 CG TRP 167 146.393 183.962 159.380 1.00 93.99 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.184 183.410 159.638 1.00 93.99 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.181 183.786 160.593 1.00 93.99 ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.167 182.918 160.930 1.00 93.99 ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.373 183.126 161.563 1.00 93.99 ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.505 184.109 160.959 1.00 93.99 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 146.853 182.808 162.841 1.00 93.99 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 148.993 183.804 162.244 1.00 93.99 ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.171 183.157 163.184 1.00 93.99 ATOM 1372 N ILE 168 147.449 181.186 156.992 1.00 89.58 ATOM 1373 CA ILE 168 146.826 179.874 156.738 1.00 89.58 ATOM 1374 C ILE 168 146.500 179.103 158.027 1.00 89.58 ATOM 1375 O ILE 168 145.996 177.978 157.985 1.00 89.58 ATOM 1376 CB ILE 168 147.699 179.050 155.773 1.00 89.58 ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.097 178.759 156.360 1.00 89.58 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.789 179.770 154.417 1.00 89.58 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.873 177.768 155.494 1.00 89.58 ATOM 1380 N SER 169 146.806 179.699 159.179 1.00 77.76 ATOM 1381 CA SER 169 146.756 179.064 160.496 1.00 77.76 ATOM 1382 C SER 169 145.420 179.334 161.199 1.00 77.76 ATOM 1383 O SER 169 145.371 180.031 162.202 1.00 77.76 ATOM 1384 CB SER 169 147.966 179.511 161.328 1.00 77.76 ATOM 1385 OG SER 169 149.163 178.997 160.763 1.00 77.76 ATOM 1386 N GLY 170 144.327 178.753 160.694 1.00 84.55 ATOM 1387 CA GLY 170 143.016 178.769 161.363 1.00 84.55 ATOM 1388 C GLY 170 142.456 180.174 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192.251 165.781 1.00 97.51 ATOM 1425 O GLY 175 143.856 193.290 165.191 1.00 97.51 ATOM 1426 N TYR 176 143.326 191.110 165.136 1.00 97.93 ATOM 1427 CA TYR 176 143.425 190.951 163.688 1.00 97.93 ATOM 1428 C TYR 176 142.190 190.290 163.077 1.00 97.93 ATOM 1429 O TYR 176 141.581 189.387 163.647 1.00 97.93 ATOM 1430 CB TYR 176 144.669 190.128 163.335 1.00 97.93 ATOM 1431 CG TYR 176 145.990 190.828 163.565 1.00 97.93 ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.376 191.855 162.688 1.00 97.93 ATOM 1433 CD2 TYR 176 146.842 190.445 164.619 1.00 97.93 ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.614 192.495 162.850 1.00 97.93 ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.098 191.068 164.768 1.00 97.93 ATOM 1436 CZ TYR 176 148.485 192.099 163.883 1.00 97.93 ATOM 1437 OH TYR 176 149.696 192.704 164.009 1.00 97.93 ATOM 1438 N GLN 177 141.901 190.661 161.832 1.00 96.09 ATOM 1439 CA GLN 177 140.954 189.969 160.964 1.00 96.09 ATOM 1440 C GLN 177 141.639 189.476 159.687 1.00 96.09 ATOM 1441 O GLN 177 142.585 190.084 159.190 1.00 96.09 ATOM 1442 CB GLN 177 139.737 190.859 160.680 1.00 96.09 ATOM 1443 CG GLN 177 140.081 192.160 159.935 1.00 96.09 ATOM 1444 CD GLN 177 138.850 192.999 159.622 1.00 96.09 ATOM 1445 OE1 GLN 177 137.761 192.799 160.133 1.00 96.09 ATOM 1446 NE2 GLN 177 138.967 193.965 158.740 1.00 96.09 ATOM 1447 N LEU 178 141.159 188.360 159.132 1.00 96.63 ATOM 1448 CA LEU 178 141.673 187.837 157.866 1.00 96.63 ATOM 1449 C LEU 178 141.052 188.591 156.685 1.00 96.63 ATOM 1450 O LEU 178 139.854 188.465 156.413 1.00 96.63 ATOM 1451 CB LEU 178 141.407 186.324 157.775 1.00 96.63 ATOM 1452 CG LEU 178 141.940 185.685 156.476 1.00 96.63 ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.464 185.712 156.420 1.00 96.63 ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.489 184.226 156.398 1.00 96.63 ATOM 1455 N ASN 179 141.882 189.283 155.914 1.00 95.05 ATOM 1456 CA ASN 179 141.474 189.865 154.648 1.00 95.05 ATOM 1457 C ASN 179 141.329 188.772 153.584 1.00 95.05 ATOM 1458 O ASN 179 142.312 188.189 153.127 1.00 95.05 ATOM 1459 CB ASN 179 142.500 190.925 154.262 1.00 95.05 ATOM 1460 CG 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