####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS388_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS388_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.19 1.19 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.19 1.19 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.96 1.24 LCS_AVERAGE: 63.63 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 78 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 68 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 59 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 53 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 78 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 10 94 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 5 104 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 4 88 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 4 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 63 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 63 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 75 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 75 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 51 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 29 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 35 106 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 35 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 3 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 11 103 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 8 33 124 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 5 44 82 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 43 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 78 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 79 107 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290 Q 290 65 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 65 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 65 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 65 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 65 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 65 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 65 135 135 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 65 135 135 68 107 122 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 65 135 135 72 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 64 135 135 19 73 118 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 37 135 135 3 3 3 57 97 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.88 ( 63.63 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 107 123 127 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 79.26 91.11 94.07 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.48 0.75 0.81 1.04 1.07 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 GDT RMS_ALL_AT 1.49 1.39 1.24 1.24 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 1.19 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.531 0 0.034 0.034 0.584 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.561 0 0.045 0.077 1.194 86.364 80.202 1.194 LGA W 167 W 167 0.489 0 0.151 0.113 0.710 90.909 84.416 0.621 LGA I 168 I 168 1.101 0 0.158 1.571 3.392 73.636 56.591 2.222 LGA S 169 S 169 0.798 0 0.177 0.197 1.580 74.091 76.667 0.914 LGA G 170 G 170 0.829 0 0.046 0.046 0.829 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.903 0 0.069 0.927 5.747 81.818 50.455 5.526 LGA A 172 A 172 0.835 0 0.012 0.022 0.866 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.757 0 0.012 0.088 0.782 81.818 81.818 0.582 LGA Y 174 Y 174 0.785 0 0.039 0.208 1.529 81.818 75.152 1.529 LGA G 175 G 175 0.762 0 0.069 0.069 0.762 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.888 0 0.030 0.119 1.048 77.727 85.000 0.408 LGA Q 177 Q 177 1.209 0 0.061 0.519 1.888 69.545 64.040 1.528 LGA L 178 L 178 0.873 0 0.141 0.190 1.444 73.636 71.591 1.444 LGA N 179 N 179 1.295 0 0.197 0.709 4.986 69.545 41.136 4.986 LGA K 180 K 180 3.567 0 0.302 0.962 13.027 27.727 12.323 13.027 LGA K 181 K 181 2.015 0 0.437 0.945 10.437 62.727 28.485 10.437 LGA T 182 T 182 0.965 0 0.035 1.112 3.345 82.273 68.571 3.345 LGA S 183 S 183 0.786 0 0.151 0.133 1.167 86.364 79.394 1.121 LGA K 184 K 184 0.871 0 0.066 0.895 3.322 77.727 65.859 3.322 LGA L 185 L 185 0.761 0 0.073 0.079 0.966 81.818 86.364 0.290 LGA D 186 D 186 0.662 0 0.049 0.133 1.103 77.727 86.591 0.349 LGA P 187 P 187 0.768 0 0.050 0.081 1.676 70.000 75.065 0.658 LGA V 188 V 188 1.139 0 0.022 0.040 1.351 69.545 67.792 1.351 LGA E 189 E 189 1.241 0 0.036 0.153 1.578 65.455 63.838 1.578 LGA D 190 D 190 1.368 0 0.028 0.056 2.093 65.455 56.591 2.093 LGA E 191 E 191 0.992 0 0.000 0.072 1.537 77.727 69.293 1.537 LGA A 192 A 192 0.523 0 0.032 0.032 0.665 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.731 0 0.060 0.106 1.351 81.818 74.545 1.291 LGA V 194 V 194 0.602 0 0.000 0.034 0.834 90.909 87.013 0.719 LGA V 195 V 195 0.276 0 0.000 0.000 0.409 100.000 100.000 0.199 LGA Q 196 Q 196 0.350 0 0.030 0.218 1.280 100.000 90.303 1.165 LGA L 197 L 197 0.474 0 0.027 0.039 0.743 100.000 90.909 0.705 LGA I 198 I 198 0.206 0 0.043 0.073 0.340 100.000 100.000 0.322 LGA F 199 F 199 0.291 0 0.035 0.057 0.468 100.000 100.000 0.161 LGA N 200 N 200 0.494 0 0.000 0.922 2.503 95.455 77.955 1.595 LGA I 201 I 201 0.380 0 0.028 0.046 0.543 95.455 97.727 0.320 LGA F 202 F 202 0.373 0 0.013 0.068 0.861 95.455 90.083 0.861 LGA L 203 L 203 0.622 0 0.029 0.118 1.323 81.818 77.727 1.002 LGA N 204 N 204 0.552 0 0.033 0.060 1.443 90.909 80.227 1.259 LGA G 205 G 205 0.114 0 0.041 0.041 0.369 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.474 0 0.018 1.355 2.833 90.909 72.045 2.414 LGA N 207 N 207 0.913 0 0.054 0.079 1.067 77.727 71.591 1.067 LGA G 208 G 208 1.148 0 0.143 0.143 1.896 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.087 0 0.077 0.284 3.267 73.636 56.364 3.267 LGA D 210 D 210 1.099 0 0.073 0.261 1.138 69.545 78.182 0.483 LGA Y 211 Y 211 1.619 0 0.099 0.620 1.990 58.182 55.758 1.634 LGA S 212 S 212 2.290 0 0.645 0.785 6.133 36.364 25.152 6.133 LGA Y 213 Y 213 2.809 0 0.178 1.045 14.083 45.455 15.303 14.083 LGA A 215 A 215 1.087 0 0.206 0.224 1.952 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.481 0 0.000 0.177 0.544 90.909 90.909 0.526 LGA A 217 A 217 0.552 0 0.049 0.055 0.569 86.364 85.455 - LGA S 218 S 218 0.526 0 0.026 0.143 1.071 90.909 85.152 1.071 LGA H 219 H 219 0.565 0 0.012 0.104 0.829 81.818 81.818 0.829 LGA L 220 L 220 0.614 0 0.000 0.075 0.653 81.818 81.818 0.601 LGA T 221 T 221 0.614 0 0.000 0.016 0.618 81.818 81.818 0.594 LGA N 222 N 222 0.567 0 0.032 0.055 0.628 81.818 81.818 0.628 LGA L 223 L 223 0.776 0 0.045 0.098 1.132 81.818 79.773 1.132 LGA Q 224 Q 224 0.860 0 0.031 0.116 1.677 81.818 71.111 1.439 LGA I 225 I 225 0.683 0 0.056 0.067 0.716 81.818 81.818 0.697 LGA P 226 P 226 0.774 0 0.035 0.075 0.940 81.818 81.818 0.940 LGA T 227 T 227 0.839 0 0.036 0.127 1.061 81.818 79.481 1.061 LGA P 228 P 228 0.890 0 0.134 0.161 0.892 81.818 81.818 0.685 LGA S 229 S 229 1.154 0 0.138 0.130 1.244 65.455 65.455 1.085 LGA G 230 G 230 1.248 0 0.000 0.000 1.352 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.908 0 0.087 0.524 1.218 81.818 78.182 0.707 LGA K 232 K 232 1.119 0 0.171 0.256 2.645 65.455 56.566 2.645 LGA R 233 R 233 0.939 0 0.000 1.251 5.464 77.727 52.066 3.986 LGA W 234 W 234 0.373 0 0.029 0.137 0.641 95.455 89.610 0.538 LGA N 235 N 235 0.814 0 0.072 0.838 2.960 81.818 68.864 1.002 LGA Q 236 Q 236 0.471 0 0.000 0.801 3.174 86.364 65.859 3.174 LGA Y 237 Y 237 0.828 0 0.036 0.112 1.167 81.818 70.909 1.167 LGA T 238 T 238 0.522 0 0.004 0.108 0.590 90.909 87.013 0.572 LGA I 239 I 239 0.347 0 0.030 0.118 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA K 240 K 240 0.801 0 0.028 0.184 3.061 81.818 58.586 3.061 LGA A 241 A 241 0.785 0 0.072 0.077 0.833 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.244 0 0.030 0.050 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA L 243 L 243 0.311 0 0.065 0.077 0.680 95.455 97.727 0.390 LGA Q 244 Q 244 0.536 0 0.065 0.305 0.966 86.364 85.859 0.527 LGA N 245 N 245 0.515 0 0.026 0.061 0.620 90.909 86.364 0.620 LGA E 246 E 246 0.418 0 0.029 0.570 1.346 100.000 88.283 1.346 LGA V 247 V 247 0.416 0 0.007 0.051 0.489 100.000 100.000 0.405 LGA Y 248 Y 248 0.478 0 0.035 0.145 1.107 100.000 86.515 1.107 LGA I 249 I 249 0.406 0 0.000 0.049 0.645 100.000 95.455 0.561 LGA G 250 G 250 0.277 0 0.000 0.000 0.431 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.605 0 0.044 0.058 0.655 81.818 81.818 0.539 LGA V 252 V 252 0.680 0 0.026 0.110 1.064 81.818 79.481 1.064 LGA K 253 K 253 0.493 0 0.071 0.112 0.770 86.364 83.838 0.678 LGA Y 254 Y 254 0.826 0 0.052 0.250 2.670 81.818 60.758 2.670 LGA K 255 K 255 0.819 0 0.085 0.188 1.009 81.818 80.000 0.776 LGA V 256 V 256 0.918 0 0.112 0.121 1.112 86.364 82.078 0.791 LGA R 257 R 257 0.918 0 0.070 1.070 3.709 81.818 60.331 3.124 LGA E 258 E 258 1.105 0 0.071 0.181 1.991 65.455 60.606 1.991 LGA K 259 K 259 1.983 0 0.057 0.151 3.649 44.545 32.323 3.649 LGA T 260 T 260 2.923 0 0.008 0.053 3.402 22.727 24.675 2.988 LGA K 261 K 261 4.487 0 0.048 0.197 7.279 5.909 2.626 7.279 LGA D 262 D 262 3.844 0 0.026 0.975 4.437 15.455 11.818 4.309 LGA G 263 G 263 2.927 0 0.012 0.012 3.158 30.455 30.455 - LGA K 264 K 264 1.719 0 0.097 0.418 2.931 47.727 51.717 2.931 LGA R 265 R 265 1.404 0 0.089 0.958 4.554 61.818 48.430 4.554 LGA T 266 T 266 1.276 0 0.036 0.118 1.589 65.455 63.377 1.316 LGA I 267 I 267 0.982 0 0.034 0.070 1.522 73.636 67.727 1.522 LGA R 268 R 268 0.861 0 0.022 0.944 2.512 81.818 71.405 2.173 LGA P 269 P 269 1.131 0 0.000 0.025 1.251 69.545 67.792 1.236 LGA E 270 E 270 0.982 0 0.032 0.302 1.533 73.636 69.293 1.533 LGA K 271 K 271 1.263 0 0.095 0.704 3.580 65.455 52.525 3.240 LGA E 272 E 272 0.917 0 0.077 0.152 1.447 77.727 72.727 1.447 LGA Q 273 Q 273 0.816 0 0.037 0.115 0.922 81.818 81.818 0.777 LGA I 274 I 274 0.691 0 0.035 0.112 1.414 81.818 79.773 1.414 LGA V 275 V 275 0.458 0 0.059 0.098 0.723 95.455 89.610 0.707 LGA V 276 V 276 0.496 0 0.050 0.052 0.605 86.364 87.013 0.494 LGA Q 277 Q 277 0.538 0 0.056 0.581 2.197 90.909 75.758 2.197 LGA D 278 D 278 0.318 0 0.043 0.211 1.051 100.000 95.682 1.051 LGA A 279 A 279 0.482 0 0.010 0.017 0.586 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.278 0 0.026 0.145 0.515 100.000 98.182 0.127 LGA A 281 A 281 0.285 0 0.019 0.014 0.451 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.149 0 0.033 0.037 0.412 100.000 100.000 0.412 LGA I 283 I 283 0.216 0 0.025 0.058 0.556 100.000 97.727 0.556 LGA I 284 I 284 0.230 0 0.018 0.081 0.540 95.455 97.727 0.167 LGA D 285 D 285 0.943 0 0.091 0.850 3.026 77.727 60.455 2.002 LGA K 286 K 286 1.044 0 0.017 0.242 1.186 69.545 72.727 0.912 LGA E 287 E 287 1.073 0 0.030 0.423 1.959 69.545 69.293 0.983 LGA Q 288 Q 288 0.850 0 0.031 0.341 2.078 81.818 70.101 1.900 LGA F 289 F 289 0.879 0 0.031 0.116 1.066 81.818 77.355 1.004 LGA Q 290 Q 290 1.089 0 0.026 1.279 3.284 65.455 52.727 2.930 LGA Q 291 Q 291 0.925 0 0.039 0.092 0.984 81.818 81.818 0.879 LGA S 292 S 292 0.832 0 0.039 0.683 2.974 81.818 72.727 2.974 LGA Q 293 Q 293 1.068 0 0.000 0.267 1.672 69.545 64.040 1.672 LGA V 294 V 294 1.185 0 0.034 0.045 1.428 69.545 67.792 1.283 LGA K 295 K 295 0.684 0 0.088 0.173 1.028 77.727 90.101 0.383 LGA I 296 I 296 0.887 0 0.030 0.085 1.242 73.636 75.682 0.999 LGA A 297 A 297 1.458 0 0.115 0.132 1.962 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.603 0 0.061 0.238 1.281 73.636 77.955 1.281 LGA K 299 K 299 1.989 0 0.168 0.179 13.307 59.091 26.869 13.307 LGA V 300 V 300 4.238 0 0.148 0.195 8.361 18.182 10.390 8.361 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.191 1.136 1.950 78.468 72.989 60.474 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.19 93.333 96.998 10.457 LGA_LOCAL RMSD: 1.191 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.191 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.191 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.686439 * X + -0.440940 * Y + 0.578251 * Z + 144.101501 Y_new = -0.033483 * X + 0.775179 * Y + 0.630853 * Z + 164.890274 Z_new = -0.726416 * X + -0.452404 * Y + 0.517349 * Z + 174.907181 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.048739 0.813093 -0.718527 [DEG: -2.7926 46.5868 -41.1686 ] ZXZ: 2.399672 1.027046 -2.127804 [DEG: 137.4911 58.8454 -121.9142 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS388_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS388_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.19 96.998 1.19 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS388_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.734 184.974 153.373 1.00 97.94 ATOM 1346 CA GLY 165 153.254 185.662 154.576 1.00 97.94 ATOM 1347 C GLY 165 151.729 185.646 154.729 1.00 97.94 ATOM 1348 O GLY 165 151.168 186.481 155.431 1.00 97.94 ATOM 1349 N LYS 166 151.028 184.720 154.059 1.00 98.30 ATOM 1350 CA LYS 166 149.576 184.573 154.216 1.00 98.30 ATOM 1351 C LYS 166 149.251 183.807 155.491 1.00 98.30 ATOM 1352 O LYS 166 149.902 182.821 155.844 1.00 98.30 ATOM 1353 CB LYS 166 148.935 183.907 152.998 1.00 98.30 ATOM 1354 CG LYS 166 149.032 184.786 151.748 1.00 98.30 ATOM 1355 CD LYS 166 148.565 184.007 150.517 1.00 98.30 ATOM 1356 CE LYS 166 148.424 184.961 149.334 1.00 98.30 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.300 184.211 148.068 1.00 98.30 ATOM 1358 N TRP 167 148.184 184.225 156.156 1.00 97.88 ATOM 1359 CA TRP 167 147.707 183.580 157.368 1.00 97.88 ATOM 1360 C TRP 167 146.856 182.347 157.032 1.00 97.88 ATOM 1361 O TRP 167 145.707 182.461 156.614 1.00 97.88 ATOM 1362 CB TRP 167 146.954 184.599 158.217 1.00 97.88 ATOM 1363 CG TRP 167 146.500 184.035 159.522 1.00 97.88 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.263 183.570 159.806 1.00 97.88 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.298 183.811 160.720 1.00 97.88 ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.236 183.090 161.100 1.00 97.88 ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.466 183.210 161.709 1.00 97.88 ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.648 184.047 161.060 1.00 97.88 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 146.946 182.867 162.980 1.00 97.88 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.139 183.711 162.335 1.00 97.88 ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.293 183.126 163.293 1.00 97.88 ATOM 1372 N ILE 168 147.424 181.151 157.233 1.00 95.44 ATOM 1373 CA ILE 168 146.766 179.854 156.954 1.00 95.44 ATOM 1374 C ILE 168 146.524 178.997 158.205 1.00 95.44 ATOM 1375 O ILE 168 146.105 177.843 158.109 1.00 95.44 ATOM 1376 CB ILE 168 147.541 179.067 155.879 1.00 95.44 ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.966 178.704 156.354 1.00 95.44 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.559 179.851 154.555 1.00 95.44 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.616 177.675 155.433 1.00 95.44 ATOM 1380 N SER 169 146.800 179.542 159.390 1.00 90.27 ATOM 1381 CA SER 169 146.850 178.794 160.655 1.00 90.27 ATOM 1382 C SER 169 145.502 178.696 161.384 1.00 90.27 ATOM 1383 O SER 169 145.452 178.277 162.539 1.00 90.27 ATOM 1384 CB SER 169 147.951 179.368 161.550 1.00 90.27 ATOM 1385 OG SER 169 149.205 179.179 160.915 1.00 90.27 ATOM 1386 N GLY 170 144.403 179.045 160.716 1.00 92.17 ATOM 1387 CA GLY 170 143.056 179.024 161.282 1.00 92.17 ATOM 1388 C GLY 170 142.570 180.421 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