####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS388_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS388_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.18 1.18 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.18 1.18 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.95 1.23 LCS_AVERAGE: 63.64 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 78 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 68 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 58 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 56 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 78 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 12 71 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 17 27 112 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 3 96 113 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 3 109 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 66 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 63 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 78 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 78 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 78 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 78 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 58 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 36 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 30 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 20 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 3 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 24 103 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 13 22 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 5 42 66 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 20 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 78 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 79 110 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290 Q 290 65 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 65 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 65 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 65 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 65 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 65 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 65 135 135 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 65 135 135 76 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 65 135 135 70 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 65 135 135 13 66 113 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 38 135 135 3 3 55 108 118 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.88 ( 63.64 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 110 122 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 81.48 90.37 93.33 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.51 0.69 0.80 0.96 1.08 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 GDT RMS_ALL_AT 1.50 1.38 1.27 1.22 1.20 1.19 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.533 0 0.029 0.029 0.594 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.560 0 0.039 0.081 1.195 86.364 80.202 1.179 LGA W 167 W 167 0.510 0 0.169 0.135 0.738 86.364 83.117 0.540 LGA I 168 I 168 1.109 0 0.157 1.577 3.269 73.636 58.409 2.463 LGA S 169 S 169 0.844 0 0.151 0.180 1.456 77.727 79.091 0.958 LGA G 170 G 170 0.891 0 0.039 0.039 0.891 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.929 0 0.076 0.927 5.757 81.818 50.455 5.521 LGA A 172 A 172 0.820 0 0.000 0.022 0.867 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.739 0 0.000 0.085 0.755 81.818 81.818 0.546 LGA Y 174 Y 174 0.778 0 0.026 0.207 1.475 81.818 77.727 1.475 LGA G 175 G 175 0.820 0 0.077 0.077 0.820 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.879 0 0.037 0.116 1.045 77.727 86.515 0.375 LGA Q 177 Q 177 1.253 0 0.046 0.439 1.818 69.545 65.657 1.469 LGA L 178 L 178 0.870 0 0.142 0.190 1.395 73.636 71.591 1.395 LGA N 179 N 179 1.312 0 0.187 0.696 4.943 69.545 41.136 4.943 LGA K 180 K 180 3.409 0 0.279 0.949 12.889 29.545 13.131 12.889 LGA K 181 K 181 2.219 0 0.422 0.943 10.608 51.364 23.434 10.608 LGA T 182 T 182 1.096 0 0.033 1.118 3.446 78.182 66.234 3.446 LGA S 183 S 183 0.766 0 0.146 0.129 1.129 86.364 79.394 1.117 LGA K 184 K 184 0.845 0 0.062 0.909 3.490 77.727 67.677 3.490 LGA L 185 L 185 0.776 0 0.080 0.088 1.026 77.727 84.318 0.276 LGA D 186 D 186 0.653 0 0.053 0.168 1.096 77.727 86.591 0.465 LGA P 187 P 187 0.776 0 0.043 0.072 1.652 70.000 75.065 0.660 LGA V 188 V 188 1.147 0 0.049 0.061 1.357 65.455 65.455 1.346 LGA E 189 E 189 1.242 0 0.039 0.869 3.518 65.455 49.899 3.170 LGA D 190 D 190 1.323 0 0.029 0.058 2.075 65.455 56.591 2.075 LGA E 191 E 191 0.957 0 0.000 0.081 1.639 77.727 69.293 1.639 LGA A 192 A 192 0.452 0 0.033 0.032 0.605 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.646 0 0.062 0.104 1.368 81.818 74.545 1.368 LGA V 194 V 194 0.521 0 0.010 0.033 0.769 90.909 87.013 0.668 LGA V 195 V 195 0.220 0 0.000 0.000 0.382 100.000 100.000 0.179 LGA Q 196 Q 196 0.267 0 0.031 0.217 1.179 100.000 90.303 1.076 LGA L 197 L 197 0.414 0 0.025 0.039 0.681 100.000 90.909 0.643 LGA I 198 I 198 0.153 0 0.040 0.071 0.316 100.000 100.000 0.315 LGA F 199 F 199 0.230 0 0.035 0.046 0.415 100.000 100.000 0.180 LGA N 200 N 200 0.435 0 0.000 0.898 2.431 100.000 83.864 1.548 LGA I 201 I 201 0.344 0 0.037 0.046 0.512 95.455 97.727 0.253 LGA F 202 F 202 0.319 0 0.000 0.067 0.788 95.455 91.736 0.788 LGA L 203 L 203 0.593 0 0.030 0.111 1.277 86.364 82.045 0.961 LGA N 204 N 204 0.584 0 0.032 0.040 1.448 90.909 80.227 1.267 LGA G 205 G 205 0.250 0 0.037 0.037 0.443 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.558 0 0.032 1.364 2.806 86.364 69.773 2.453 LGA N 207 N 207 0.894 0 0.053 0.073 1.036 81.818 79.773 1.036 LGA G 208 G 208 1.070 0 0.142 0.142 1.660 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.045 0 0.075 0.273 3.328 77.727 56.768 3.328 LGA D 210 D 210 0.989 0 0.069 0.232 1.075 77.727 86.591 0.439 LGA Y 211 Y 211 1.566 0 0.096 0.603 1.929 58.182 55.758 1.654 LGA S 212 S 212 2.305 0 0.646 0.790 6.198 36.364 25.152 6.198 LGA Y 213 Y 213 2.811 0 0.167 1.080 14.075 45.455 15.303 14.075 LGA A 215 A 215 1.097 0 0.208 0.226 1.962 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.490 0 0.007 0.184 0.567 90.909 90.909 0.567 LGA A 217 A 217 0.548 0 0.050 0.057 0.565 86.364 85.455 - LGA S 218 S 218 0.537 0 0.018 0.145 1.080 86.364 82.121 1.080 LGA H 219 H 219 0.576 0 0.021 0.099 0.827 81.818 81.818 0.827 LGA L 220 L 220 0.598 0 0.000 0.078 0.636 81.818 81.818 0.590 LGA T 221 T 221 0.572 0 0.000 0.016 0.589 81.818 81.818 0.544 LGA N 222 N 222 0.531 0 0.038 0.052 0.595 81.818 81.818 0.595 LGA L 223 L 223 0.750 0 0.045 0.109 1.090 81.818 77.727 1.090 LGA Q 224 Q 224 0.831 0 0.039 0.117 1.553 81.818 72.929 1.301 LGA I 225 I 225 0.715 0 0.054 0.067 0.766 81.818 81.818 0.691 LGA P 226 P 226 0.830 0 0.036 0.070 1.022 81.818 79.481 1.022 LGA T 227 T 227 0.888 0 0.033 0.122 1.108 81.818 79.481 1.108 LGA P 228 P 228 0.981 0 0.140 0.177 0.990 81.818 81.818 0.798 LGA S 229 S 229 1.219 0 0.138 0.134 1.311 65.455 65.455 1.139 LGA G 230 G 230 1.306 0 0.008 0.008 1.398 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.945 0 0.079 0.507 1.273 77.727 74.545 0.653 LGA K 232 K 232 1.116 0 0.161 0.264 2.771 65.455 56.566 2.771 LGA R 233 R 233 0.920 0 0.018 1.257 5.498 77.727 52.562 4.212 LGA W 234 W 234 0.385 0 0.029 0.125 0.635 95.455 88.312 0.631 LGA N 235 N 235 0.606 0 0.016 0.580 2.666 86.364 75.227 2.666 LGA Q 236 Q 236 0.454 0 0.000 0.795 3.156 86.364 64.040 3.156 LGA Y 237 Y 237 0.891 0 0.060 0.168 1.115 77.727 69.545 1.115 LGA T 238 T 238 0.597 0 0.000 0.057 0.654 81.818 81.818 0.630 LGA I 239 I 239 0.400 0 0.026 0.093 0.471 100.000 100.000 0.413 LGA K 240 K 240 0.884 0 0.032 0.187 3.265 81.818 58.586 3.265 LGA A 241 A 241 0.925 0 0.091 0.099 1.089 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.330 0 0.036 0.052 0.466 100.000 100.000 0.431 LGA L 243 L 243 0.383 0 0.048 0.059 0.666 90.909 95.455 0.433 LGA Q 244 Q 244 0.682 0 0.058 0.271 1.071 77.727 80.000 0.673 LGA N 245 N 245 0.641 0 0.026 0.057 0.701 81.818 81.818 0.701 LGA E 246 E 246 0.518 0 0.029 0.626 1.576 90.909 82.626 1.576 LGA V 247 V 247 0.461 0 0.038 0.070 0.646 90.909 94.805 0.461 LGA Y 248 Y 248 0.528 0 0.039 0.103 1.014 90.909 83.485 1.014 LGA I 249 I 249 0.452 0 0.000 0.046 0.705 100.000 90.909 0.611 LGA G 250 G 250 0.266 0 0.021 0.021 0.469 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.599 0 0.039 0.056 0.735 81.818 81.818 0.572 LGA V 252 V 252 0.696 0 0.030 0.108 1.093 81.818 79.481 1.093 LGA K 253 K 253 0.528 0 0.076 0.207 0.934 81.818 81.818 0.705 LGA Y 254 Y 254 0.667 0 0.052 0.300 2.481 86.364 66.818 2.481 LGA K 255 K 255 0.672 0 0.018 0.851 5.051 81.818 53.333 5.051 LGA V 256 V 256 0.754 0 0.106 0.119 0.984 86.364 84.416 0.613 LGA R 257 R 257 0.888 0 0.070 1.059 3.486 81.818 62.810 2.923 LGA E 258 E 258 1.031 0 0.072 0.256 2.138 65.455 59.192 2.138 LGA K 259 K 259 1.964 0 0.051 0.140 3.724 44.545 32.323 3.724 LGA T 260 T 260 2.850 0 0.013 0.057 3.367 25.455 26.234 2.968 LGA K 261 K 261 4.423 0 0.049 0.208 7.055 5.909 2.626 7.055 LGA D 262 D 262 3.975 0 0.026 1.031 4.621 13.182 9.091 4.621 LGA G 263 G 263 3.063 0 0.000 0.000 3.283 25.455 25.455 - LGA K 264 K 264 1.926 0 0.100 0.442 2.978 47.727 48.485 2.978 LGA R 265 R 265 1.546 0 0.081 0.953 4.796 58.182 44.959 4.796 LGA T 266 T 266 1.363 0 0.036 0.124 1.681 65.455 63.377 1.345 LGA I 267 I 267 0.996 0 0.038 0.064 1.571 73.636 67.727 1.571 LGA R 268 R 268 0.858 0 0.020 0.922 2.645 81.818 69.917 2.009 LGA P 269 P 269 1.107 0 0.010 0.027 1.270 73.636 70.130 1.270 LGA E 270 E 270 0.897 0 0.029 0.289 1.432 81.818 76.364 1.432 LGA K 271 K 271 1.186 0 0.086 0.706 3.565 65.455 52.525 3.226 LGA E 272 E 272 0.809 0 0.092 0.148 1.586 81.818 72.929 1.586 LGA Q 273 Q 273 0.683 0 0.029 0.135 0.855 81.818 81.818 0.683 LGA I 274 I 274 0.593 0 0.041 0.134 1.167 81.818 79.773 1.167 LGA V 275 V 275 0.434 0 0.063 0.094 0.703 95.455 89.610 0.703 LGA V 276 V 276 0.489 0 0.051 0.050 0.613 86.364 84.416 0.510 LGA Q 277 Q 277 0.502 0 0.049 0.579 2.278 95.455 77.778 2.278 LGA D 278 D 278 0.316 0 0.041 0.239 1.155 100.000 95.682 1.155 LGA A 279 A 279 0.470 0 0.006 0.015 0.597 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.274 0 0.024 0.151 0.499 100.000 100.000 0.142 LGA A 281 A 281 0.338 0 0.027 0.023 0.508 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.158 0 0.026 0.029 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA I 283 I 283 0.193 0 0.022 0.062 0.547 100.000 97.727 0.547 LGA I 284 I 284 0.209 0 0.024 0.082 0.572 95.455 97.727 0.123 LGA D 285 D 285 0.898 0 0.090 0.877 3.234 77.727 62.045 1.937 LGA K 286 K 286 1.016 0 0.018 0.239 1.145 69.545 72.727 0.903 LGA E 287 E 287 1.072 0 0.026 0.421 1.918 69.545 65.657 1.037 LGA Q 288 Q 288 0.850 0 0.028 0.327 1.988 81.818 71.515 1.876 LGA F 289 F 289 0.889 0 0.031 0.125 1.119 81.818 77.355 1.040 LGA Q 290 Q 290 1.089 0 0.029 1.288 3.391 65.455 52.727 2.942 LGA Q 291 Q 291 0.924 0 0.034 0.081 0.988 81.818 81.818 0.880 LGA S 292 S 292 0.839 0 0.040 0.684 2.979 81.818 72.727 2.979 LGA Q 293 Q 293 1.076 0 0.000 0.259 1.676 69.545 64.040 1.676 LGA V 294 V 294 1.157 0 0.035 0.044 1.394 69.545 67.792 1.242 LGA K 295 K 295 0.683 0 0.074 0.149 0.961 81.818 91.919 0.314 LGA I 296 I 296 0.879 0 0.038 0.084 1.240 73.636 75.682 0.951 LGA A 297 A 297 1.419 0 0.112 0.128 1.868 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.526 0 0.038 0.253 1.441 73.636 75.682 1.441 LGA K 299 K 299 2.055 0 0.226 0.196 13.183 60.455 27.475 13.183 LGA V 300 V 300 3.764 0 0.139 0.192 7.539 24.545 14.026 7.539 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.182 1.128 1.958 78.148 72.614 59.114 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.18 93.704 97.018 10.530 LGA_LOCAL RMSD: 1.182 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.182 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.182 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.191062 * X + 0.585064 * Y + 0.788159 * Z + 145.894424 Y_new = -0.887934 * X + 0.445287 * Y + -0.115295 * Z + 170.589035 Z_new = -0.418412 * X + -0.677805 * Y + 0.604576 * Z + 170.640381 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.358852 0.431696 -0.842440 [DEG: -77.8565 24.7344 -48.2683 ] ZXZ: 1.425542 0.921563 -2.588546 [DEG: 81.6776 52.8017 -148.3128 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS388_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS388_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.18 97.018 1.18 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS388_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.767 184.996 153.500 1.00 98.34 ATOM 1346 CA GLY 165 153.278 185.675 154.702 1.00 98.34 ATOM 1347 C GLY 165 151.750 185.664 154.838 1.00 98.34 ATOM 1348 O GLY 165 151.186 186.471 155.574 1.00 98.34 ATOM 1349 N LYS 166 151.046 184.776 154.123 1.00 98.52 ATOM 1350 CA LYS 166 149.591 184.634 154.262 1.00 98.52 ATOM 1351 C LYS 166 149.252 183.852 155.523 1.00 98.52 ATOM 1352 O LYS 166 149.902 182.863 155.869 1.00 98.52 ATOM 1353 CB LYS 166 148.960 183.989 153.027 1.00 98.52 ATOM 1354 CG LYS 166 149.058 184.893 151.795 1.00 98.52 ATOM 1355 CD LYS 166 148.620 184.136 150.538 1.00 98.52 ATOM 1356 CE LYS 166 148.465 185.126 149.385 1.00 98.52 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.400 184.422 148.086 1.00 98.52 ATOM 1358 N TRP 167 148.174 184.255 156.182 1.00 98.21 ATOM 1359 CA TRP 167 147.700 183.592 157.385 1.00 98.21 ATOM 1360 C TRP 167 146.881 182.345 157.037 1.00 98.21 ATOM 1361 O TRP 167 145.760 182.434 156.543 1.00 98.21 ATOM 1362 CB TRP 167 146.917 184.584 158.238 1.00 98.21 ATOM 1363 CG TRP 167 146.512 184.021 159.561 1.00 98.21 ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.291 183.542 159.894 1.00 98.21 ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.350 183.843 160.738 1.00 98.21 ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.313 183.092 161.201 1.00 98.21 ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.560 183.253 161.768 1.00 98.21 ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.701 184.120 161.034 1.00 98.21 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.082 182.960 163.034 1.00 98.21 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.236 183.833 162.303 1.00 98.21 ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.430 183.259 163.302 1.00 98.21 ATOM 1372 N ILE 168 147.443 181.162 157.308 1.00 96.22 ATOM 1373 CA ILE 168 146.807 179.857 157.033 1.00 96.22 ATOM 1374 C ILE 168 146.529 179.027 158.294 1.00 96.22 ATOM 1375 O ILE 168 146.121 177.867 158.210 1.00 96.22 ATOM 1376 CB ILE 168 147.624 179.057 155.998 1.00 96.22 ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.039 178.724 156.519 1.00 96.22 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.673 179.811 154.656 1.00 96.22 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.697 177.633 155.676 1.00 96.22 ATOM 1380 N SER 169 146.763 179.604 159.472 1.00 91.66 ATOM 1381 CA SER 169 146.807 178.883 160.753 1.00 91.66 ATOM 1382 C SER 169 145.456 178.797 161.476 1.00 91.66 ATOM 1383 O SER 169 145.407 178.497 162.666 1.00 91.66 ATOM 1384 CB SER 169 147.913 179.465 161.638 1.00 91.66 ATOM 1385 OG SER 169 149.168 179.237 161.017 1.00 91.66 ATOM 1386 N GLY 170 144.348 179.013 160.764 1.00 93.23 ATOM 1387 CA GLY 170 142.999 178.994 161.326 1.00 93.23 ATOM 1388 C GLY 170 142.504 180.394 161.672 1.00 93.23 ATOM 1389 O GLY 170 142.664 181.317 160.875 1.00 93.23 ATOM 1390 N LEU 171 141.869 180.541 162.837 1.00 96.22 ATOM 1391 CA LEU 171 141.309 181.818 163.286 1.00 96.22 ATOM 1392 C LEU 171 142.408 182.889 163.402 1.00 96.22 ATOM 1393 O LEU 171 143.538 182.579 163.788 1.00 96.22 ATOM 1394 CB LEU 171 140.555 181.596 164.613 1.00 96.22 ATOM 1395 CG LEU 171 139.759 182.816 165.123 1.00 96.22 ATOM 1396 CD1 LEU 171 138.639 183.218 164.160 1.00 96.22 ATOM 1397 CD2 LEU 171 139.133 182.485 166.478 1.00 96.22 ATOM 1398 N ALA 172 142.080 184.130 163.042 1.00 97.75 ATOM 1399 CA ALA 172 142.981 185.262 163.219 1.00 97.75 ATOM 1400 C ALA 172 143.283 185.484 164.719 1.00 97.75 ATOM 1401 O ALA 172 142.416 185.232 165.562 1.00 97.75 ATOM 1402 CB ALA 172 142.368 186.504 162.565 1.00 97.75 ATOM 1403 N PRO 173 144.502 185.912 165.085 1.00 98.15 ATOM 1404 CA PRO 173 144.798 186.339 166.449 1.00 98.15 ATOM 1405 C PRO 173 143.945 187.552 166.844 1.00 98.15 ATOM 1406 O PRO 173 143.559 188.340 165.988 1.00 98.15 ATOM 1407 CB PRO 173 146.292 186.673 166.477 1.00 98.15 ATOM 1408 CG PRO 173 146.840 186.048 165.195 1.00 98.15 ATOM 1409 CD PRO 173 145.666 186.060 164.235 1.00 98.15 ATOM 1410 N TYR 174 143.683 187.716 168.140 1.00 98.58 ATOM 1411 CA TYR 174 142.957 188.876 168.674 1.00 98.58 ATOM 1412 C TYR 174 143.636 190.183 168.287 1.00 98.58 ATOM 1413 O TYR 174 144.854 190.249 168.367 1.00 98.58 ATOM 1414 CB TYR 174 142.957 188.767 170.191 1.00 98.58 ATOM 1415 CG TYR 174 142.078 189.782 170.893 1.00 98.58 ATOM 1416 CD1 TYR 174 142.661 190.790 171.684 1.00 98.58 ATOM 1417 CD2 TYR 174 140.679 189.732 170.740 1.00 98.58 ATOM 1418 CE1 TYR 174 141.846 191.743 172.319 1.00 98.58 ATOM 1419 CE2 TYR 174 139.860 190.662 171.407 1.00 98.58 ATOM 1420 CZ TYR 174 140.442 191.682 172.186 1.00 98.58 ATOM 1421 OH TYR 174 139.654 192.615 172.777 1.00 98.58 ATOM 1422 N GLY 175 142.894 191.209 167.889 1.00 98.61 ATOM 1423 CA GLY 175 143.494 192.411 167.309 1.00 98.61 ATOM 1424 C GLY 175 143.593 192.369 165.789 1.00 98.61 ATOM 1425 O GLY 175 143.897 193.397 165.196 1.00 98.61 ATOM 1426 N TYR 176 143.319 191.229 165.145 1.00 98.77 ATOM 1427 CA TYR 176 143.381 191.079 163.694 1.00 98.77 ATOM 1428 C TYR 176 142.135 190.413 163.112 1.00 98.77 ATOM 1429 O TYR 176 141.540 189.509 163.696 1.00 98.77 ATOM 1430 CB TYR 176 144.614 190.262 163.290 1.00 98.77 ATOM 1431 CG TYR 176 145.951 190.923 163.548 1.00 98.77 ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.386 191.965 162.709 1.00 98.77 ATOM 1433 CD2 TYR 176 146.779 190.468 164.591 1.00 98.77 ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.654 192.540 162.899 1.00 98.77 ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.062 191.023 164.767 1.00 98.77 ATOM 1436 CZ TYR 176 148.501 192.061 163.917 1.00 98.77 ATOM 1437 OH TYR 176 149.750 192.571 164.071 1.00 98.77 ATOM 1438 N GLN 177 141.826 190.771 161.869 1.00 98.27 ATOM 1439 CA GLN 177 140.885 190.065 161.008 1.00 98.27 ATOM 1440 C GLN 177 141.593 189.533 159.756 1.00 98.27 ATOM 1441 O GLN 177 142.544 190.128 159.257 1.00 98.27 ATOM 1442 CB GLN 177 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