####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS375_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS375_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 95 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 19 110 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 60 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 108 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 23 109 123 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 105 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 54 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 90 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 81 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 90 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 90 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 38 110 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 14 35 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 29 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 59 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 87 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 43 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 31 92 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 30 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 91 117 127 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 67.41 86.67 94.07 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.43 0.56 0.64 0.67 0.72 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.89 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.403 0 0.028 0.028 0.433 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.198 0 0.036 0.121 0.800 100.000 97.980 0.800 LGA W 167 W 167 0.203 0 0.224 0.229 0.796 95.455 98.701 0.355 LGA I 168 I 168 0.568 0 0.043 0.813 1.974 81.818 70.000 1.549 LGA S 169 S 169 1.191 0 0.574 0.752 2.721 60.000 54.848 2.305 LGA G 170 G 170 1.461 0 0.076 0.076 1.699 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.780 0 0.047 1.399 5.445 77.727 54.773 2.735 LGA A 172 A 172 0.444 0 0.000 0.015 0.592 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.144 0 0.020 0.224 0.476 100.000 100.000 0.476 LGA Y 174 Y 174 0.333 0 0.000 0.215 1.305 100.000 89.545 1.305 LGA G 175 G 175 0.216 0 0.058 0.058 0.271 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.238 0 0.026 0.158 0.457 100.000 100.000 0.270 LGA Q 177 Q 177 0.438 0 0.057 0.245 1.065 100.000 94.141 0.472 LGA L 178 L 178 0.246 0 0.133 0.205 1.710 86.818 80.455 1.710 LGA N 179 N 179 1.392 0 0.174 0.640 4.921 59.091 35.909 4.921 LGA K 180 K 180 4.106 0 0.280 0.969 13.669 16.364 7.273 13.669 LGA K 181 K 181 1.739 0 0.464 0.957 10.185 61.818 28.889 10.185 LGA T 182 T 182 1.000 0 0.031 1.107 3.487 69.545 63.896 3.487 LGA S 183 S 183 0.610 0 0.117 0.104 0.998 86.364 84.848 0.901 LGA K 184 K 184 0.700 0 0.068 0.841 2.748 81.818 72.121 2.748 LGA L 185 L 185 0.335 0 0.064 0.071 0.611 95.455 97.727 0.496 LGA D 186 D 186 0.186 0 0.034 0.137 0.814 100.000 97.727 0.413 LGA P 187 P 187 0.484 0 0.041 0.080 1.068 86.818 87.273 0.659 LGA V 188 V 188 0.647 0 0.000 0.015 0.736 81.818 81.818 0.736 LGA E 189 E 189 0.613 0 0.027 0.205 0.670 81.818 85.859 0.574 LGA D 190 D 190 0.542 0 0.035 0.048 0.906 90.909 86.364 0.906 LGA E 191 E 191 0.359 0 0.000 0.015 0.750 100.000 91.919 0.750 LGA A 192 A 192 0.256 0 0.015 0.010 0.338 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.236 0 0.042 0.092 0.440 100.000 100.000 0.339 LGA V 194 V 194 0.216 0 0.000 0.041 0.363 100.000 100.000 0.363 LGA V 195 V 195 0.154 0 0.000 0.000 0.219 100.000 100.000 0.150 LGA Q 196 Q 196 0.134 0 0.021 0.262 1.276 100.000 90.303 1.030 LGA L 197 L 197 0.211 0 0.000 0.044 0.317 100.000 100.000 0.317 LGA I 198 I 198 0.215 0 0.037 0.073 0.431 100.000 100.000 0.355 LGA F 199 F 199 0.218 0 0.000 0.037 0.293 100.000 100.000 0.175 LGA N 200 N 200 0.313 0 0.009 0.856 2.695 100.000 86.364 2.695 LGA I 201 I 201 0.239 0 0.020 0.042 0.313 100.000 100.000 0.165 LGA F 202 F 202 0.195 0 0.000 0.011 0.332 100.000 100.000 0.327 LGA L 203 L 203 0.292 0 0.018 0.056 0.579 100.000 97.727 0.492 LGA N 204 N 204 0.253 0 0.023 0.143 0.949 100.000 93.182 0.615 LGA G 205 G 205 0.168 0 0.029 0.029 0.288 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.172 0 0.043 0.184 1.011 100.000 93.409 0.827 LGA N 207 N 207 0.553 0 0.036 0.213 1.594 90.909 82.500 0.899 LGA G 208 G 208 0.616 0 0.075 0.075 1.180 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.992 0 0.042 0.650 1.914 81.818 76.768 1.083 LGA D 210 D 210 1.002 0 0.087 0.814 2.112 73.636 66.364 2.112 LGA Y 211 Y 211 1.458 0 0.112 0.614 2.011 65.455 59.545 1.624 LGA S 212 S 212 2.166 0 0.640 0.781 5.836 41.818 29.697 5.836 LGA Y 213 Y 213 2.981 0 0.165 1.104 14.501 41.818 14.091 14.501 LGA A 215 A 215 0.816 0 0.195 0.214 1.868 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.262 0 0.000 0.143 0.544 100.000 95.455 0.544 LGA A 217 A 217 0.130 0 0.045 0.057 0.238 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.398 0 0.023 0.105 1.072 100.000 91.212 1.072 LGA H 219 H 219 0.290 0 0.000 0.091 0.703 100.000 92.727 0.703 LGA L 220 L 220 0.291 0 0.000 0.095 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA T 221 T 221 0.247 0 0.000 0.033 0.378 100.000 100.000 0.173 LGA N 222 N 222 0.425 0 0.043 0.065 0.611 95.455 97.727 0.461 LGA L 223 L 223 0.568 0 0.047 0.073 0.859 86.364 84.091 0.678 LGA Q 224 Q 224 0.551 0 0.047 0.146 1.005 90.909 86.061 0.702 LGA I 225 I 225 0.485 0 0.044 0.104 0.507 100.000 97.727 0.190 LGA P 226 P 226 0.454 0 0.036 0.062 0.703 90.909 87.013 0.703 LGA T 227 T 227 0.411 0 0.031 0.089 0.599 100.000 97.403 0.599 LGA P 228 P 228 0.545 0 0.083 0.090 0.557 90.909 92.208 0.442 LGA S 229 S 229 0.664 0 0.148 0.155 0.772 81.818 84.848 0.396 LGA G 230 G 230 0.773 0 0.068 0.068 1.098 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.368 0 0.028 0.450 1.198 100.000 88.283 0.710 LGA K 232 K 232 0.359 0 0.104 0.265 0.913 95.455 93.939 0.913 LGA R 233 R 233 0.321 0 0.027 1.113 5.752 100.000 56.033 3.317 LGA W 234 W 234 0.315 0 0.038 0.130 0.515 100.000 98.701 0.446 LGA N 235 N 235 0.561 0 0.000 0.502 2.235 81.818 74.318 2.235 LGA Q 236 Q 236 0.629 0 0.000 0.869 3.378 86.364 64.040 3.378 LGA Y 237 Y 237 0.612 0 0.071 0.135 0.851 81.818 81.818 0.597 LGA T 238 T 238 0.408 0 0.000 0.040 0.458 100.000 100.000 0.416 LGA I 239 I 239 0.340 0 0.028 0.107 0.368 100.000 100.000 0.297 LGA K 240 K 240 0.614 0 0.017 0.186 2.740 86.364 67.677 2.740 LGA A 241 A 241 0.429 0 0.086 0.091 0.593 90.909 92.727 - LGA I 242 I 242 0.023 0 0.037 0.066 0.202 100.000 100.000 0.134 LGA L 243 L 243 0.209 0 0.025 0.048 0.459 100.000 100.000 0.306 LGA Q 244 Q 244 0.169 0 0.038 0.209 0.751 100.000 95.960 0.611 LGA N 245 N 245 0.157 0 0.007 0.092 0.439 100.000 100.000 0.439 LGA E 246 E 246 0.178 0 0.027 0.508 1.525 100.000 92.525 0.975 LGA V 247 V 247 0.193 0 0.000 0.041 0.326 100.000 100.000 0.265 LGA Y 248 Y 248 0.240 0 0.038 0.116 1.095 100.000 91.061 1.095 LGA I 249 I 249 0.144 0 0.023 0.029 0.217 100.000 100.000 0.162 LGA G 250 G 250 0.175 0 0.045 0.045 0.175 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.123 0 0.042 0.047 0.257 100.000 100.000 0.163 LGA V 252 V 252 0.250 0 0.043 0.119 0.601 100.000 97.403 0.601 LGA K 253 K 253 0.462 0 0.061 0.132 0.829 100.000 89.899 0.803 LGA Y 254 Y 254 0.680 0 0.034 0.213 2.409 90.909 68.030 2.409 LGA K 255 K 255 0.667 0 0.007 0.195 1.290 81.818 80.000 1.290 LGA V 256 V 256 0.837 0 0.053 0.060 0.973 81.818 81.818 0.800 LGA R 257 R 257 1.048 0 0.092 1.059 5.781 69.545 46.281 3.552 LGA E 258 E 258 1.032 0 0.053 0.337 2.051 69.545 64.242 2.051 LGA K 259 K 259 1.364 0 0.050 0.209 1.619 65.455 62.222 1.263 LGA T 260 T 260 1.193 0 0.000 0.084 1.555 61.818 63.377 1.115 LGA K 261 K 261 1.776 0 0.021 0.194 2.736 47.727 45.455 2.736 LGA D 262 D 262 1.600 0 0.022 0.913 3.310 50.909 44.091 2.987 LGA G 263 G 263 1.762 0 0.000 0.000 1.770 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.356 0 0.079 0.433 1.897 65.455 62.222 1.467 LGA R 265 R 265 1.226 0 0.065 0.927 4.872 65.455 48.595 4.872 LGA T 266 T 266 1.055 0 0.045 0.071 1.146 73.636 77.143 0.964 LGA I 267 I 267 0.764 0 0.038 0.074 1.025 77.727 79.773 0.867 LGA R 268 R 268 0.435 0 0.025 0.963 2.920 95.455 83.967 2.920 LGA P 269 P 269 0.312 0 0.005 0.024 0.395 100.000 100.000 0.395 LGA E 270 E 270 0.394 0 0.000 0.227 1.216 100.000 86.263 1.012 LGA K 271 K 271 0.330 0 0.058 0.744 4.768 100.000 64.444 4.768 LGA E 272 E 272 0.142 0 0.048 0.086 0.827 100.000 93.939 0.790 LGA Q 273 Q 273 0.128 0 0.039 0.107 0.468 100.000 100.000 0.468 LGA I 274 I 274 0.252 0 0.030 0.106 0.967 100.000 95.455 0.967 LGA V 275 V 275 0.258 0 0.000 0.030 0.593 95.455 97.403 0.489 LGA V 276 V 276 0.198 0 0.075 0.087 0.504 95.455 97.403 0.223 LGA Q 277 Q 277 0.109 0 0.045 0.574 2.678 100.000 79.596 2.678 LGA D 278 D 278 0.096 0 0.034 0.221 0.571 100.000 95.455 0.571 LGA A 279 A 279 0.147 0 0.011 0.024 0.196 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.276 0 0.027 0.197 0.515 100.000 98.182 0.389 LGA A 281 A 281 0.341 0 0.032 0.026 0.431 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.175 0 0.040 0.055 0.264 100.000 100.000 0.264 LGA I 283 I 283 0.316 0 0.054 0.066 0.579 95.455 97.727 0.377 LGA I 284 I 284 0.166 0 0.000 0.065 0.247 100.000 100.000 0.182 LGA D 285 D 285 0.202 0 0.031 0.675 1.801 100.000 89.545 1.801 LGA K 286 K 286 0.259 0 0.000 0.248 1.349 100.000 92.121 1.349 LGA E 287 E 287 0.340 0 0.000 0.298 1.910 100.000 86.869 1.260 LGA Q 288 Q 288 0.291 0 0.022 0.328 1.324 100.000 90.303 1.324 LGA F 289 F 289 0.070 0 0.020 0.117 0.430 100.000 100.000 0.339 LGA Q 290 Q 290 0.207 0 0.029 1.251 3.667 100.000 67.879 3.661 LGA Q 291 Q 291 0.155 0 0.038 0.084 0.517 100.000 97.980 0.376 LGA S 292 S 292 0.082 0 0.039 0.055 0.217 100.000 100.000 0.092 LGA Q 293 Q 293 0.222 0 0.000 0.222 0.672 100.000 95.960 0.672 LGA V 294 V 294 0.240 0 0.035 0.043 0.513 100.000 97.403 0.429 LGA K 295 K 295 0.280 0 0.039 0.146 0.659 95.455 89.899 0.554 LGA I 296 I 296 0.521 0 0.029 0.081 0.848 86.364 90.909 0.372 LGA A 297 A 297 0.774 0 0.117 0.133 1.279 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.903 0 0.024 0.202 2.792 64.545 51.591 2.112 LGA K 299 K 299 4.246 0 0.356 0.683 14.536 21.818 9.697 14.536 LGA V 300 V 300 2.360 0 0.077 0.063 4.351 30.455 20.519 4.028 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.880 0.835 1.789 88.795 83.454 70.802 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.926 98.060 13.774 LGA_LOCAL RMSD: 0.880 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.880 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.880 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.761179 * X + -0.462567 * Y + -0.454574 * Z + 153.044907 Y_new = 0.535252 * X + 0.052280 * Y + 0.843073 * Z + 149.881378 Z_new = -0.366213 * X + -0.885042 * Y + 0.287384 * Z + 143.503845 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.612862 0.374936 -1.256824 [DEG: 35.1144 21.4822 -72.0107 ] ZXZ: -2.647089 1.279302 -2.749263 [DEG: -151.6670 73.2986 -157.5212 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS375_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS375_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 98.060 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS375_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.148 185.192 153.364 1.00 81.41 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.533 185.886 154.501 1.00 81.18 C ATOM 1347 C GLY 165 152.008 185.751 154.585 1.00 83.07 C ATOM 1348 O GLY 165 151.364 186.500 155.321 1.00 80.11 O ATOM 1349 N LYS 166 151.406 184.816 153.854 1.00 82.58 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.967 184.550 153.900 1.00 82.24 C ATOM 1351 C LYS 166 149.627 183.720 155.146 1.00 83.27 C ATOM 1352 O LYS 166 150.352 182.794 155.506 1.00 81.01 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.487 183.879 152.593 1.00 80.62 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.674 184.782 151.346 1.00 77.77 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.231 184.139 150.021 1.00 75.43 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.465 185.126 148.861 1.00 69.88 C ATOM 1357 NZ LYS 166 149.146 184.615 147.497 1.00 63.92 N ATOM 1358 N TRP 167 148.508 184.032 155.786 1.00 84.62 N ATOM 1359 CA TRP 167 148.017 183.273 156.941 1.00 84.94 C ATOM 1360 C TRP 167 147.219 182.055 156.484 1.00 84.37 C ATOM 1361 O TRP 167 146.207 182.184 155.801 1.00 81.52 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.188 184.179 157.844 1.00 84.52 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.809 183.532 159.135 1.00 85.04 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.662 182.867 159.381 1.00 81.04 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.604 183.460 160.363 1.00 83.40 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.680 182.392 160.689 1.00 81.32 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.848 182.733 161.318 1.00 82.75 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.868 183.947 160.744 1.00 81.90 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.344 182.488 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PRO 173 145.359 185.808 166.435 1.00 85.11 C ATOM 1405 C PRO 173 144.518 187.028 166.826 1.00 85.72 C ATOM 1406 O PRO 173 144.069 187.793 165.971 1.00 84.42 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.855 186.107 166.406 1.00 83.43 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.123 186.465 164.949 1.00 80.14 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.142 185.589 164.177 1.00 83.39 C ATOM 1410 N TYR 174 144.312 187.210 168.117 1.00 86.45 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.581 188.363 168.644 1.00 86.51 C ATOM 1412 C TYR 174 144.236 189.674 168.200 1.00 86.53 C ATOM 1413 O TYR 174 145.456 189.766 168.171 1.00 84.06 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.522 188.249 170.166 1.00 86.09 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.656 189.299 170.820 1.00 87.37 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.231 190.323 171.592 1.00 80.32 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.256 189.259 170.651 1.00 81.12 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.418 191.295 172.202 1.00 79.78 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.438 190.229 171.250 1.00 80.11 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.023 191.244 172.027 1.00 84.60 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.221 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ATOM 1646 CD2 PHE 202 153.936 191.605 181.530 1.00 76.42 C ATOM 1647 CE1 PHE 202 156.311 191.480 180.059 1.00 74.93 C ATOM 1648 CE2 PHE 202 154.927 190.681 181.885 1.00 75.64 C ATOM 1649 CZ PHE 202 156.114 190.621 181.145 1.00 78.09 C ATOM 1650 N LEU 203 154.723 196.262 180.442 1.00 83.87 N ATOM 1651 CA LEU 203 156.002 196.978 180.469 1.00 82.44 C ATOM 1652 C LEU 203 156.070 198.001 181.604 1.00 81.67 C ATOM 1653 O LEU 203 156.969 197.928 182.442 1.00 76.95 O ATOM 1654 CB LEU 203 156.239 197.637 179.100 1.00 80.82 C ATOM 1655 CG LEU 203 156.638 196.636 178.001 1.00 77.54 C ATOM 1656 CD1 LEU 203 156.614 197.333 176.649 1.00 71.77 C ATOM 1657 CD2 LEU 203 158.039 196.066 178.226 1.00 71.62 C ATOM 1658 N ASN 204 155.102 198.911 181.657 1.00 80.49 N ATOM 1659 CA ASN 204 155.128 200.089 182.531 1.00 77.88 C ATOM 1660 C ASN 204 154.379 199.872 183.853 1.00 75.71 C ATOM 1661 O ASN 204 154.525 200.658 184.783 1.00 68.49 O ATOM 1662 CB ASN 204 154.537 201.276 181.749 1.00 76.14 C ATOM 1663 CG ASN 204 155.282 201.575 180.455 1.00 73.39 C ATOM 1664 OD1 ASN 204 156.435 201.256 180.283 1.00 66.46 O ATOM 1665 ND2 ASN 204 154.627 202.202 179.505 1.00 66.15 N ATOM 1666 N GLY 205 153.589 198.821 183.934 1.00 75.61 N ATOM 1667 CA GLY 205 152.686 198.615 185.061 1.00 73.43 C ATOM 1668 C GLY 205 151.548 199.640 185.103 1.00 73.99 C ATOM 1669 O GLY 205 151.312 200.411 184.169 1.00 68.11 O ATOM 1670 N LEU 206 150.830 199.641 186.217 1.00 72.41 N ATOM 1671 CA LEU 206 149.783 200.616 186.521 1.00 71.01 C ATOM 1672 C LEU 206 150.052 201.243 187.891 1.00 70.74 C ATOM 1673 O LEU 206 150.302 200.528 188.859 1.00 64.16 O ATOM 1674 CB LEU 206 148.403 199.935 186.485 1.00 66.20 C ATOM 1675 CG LEU 206 147.824 199.772 185.068 1.00 60.68 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 146.726 198.721 185.074 1.00 56.44 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 147.210 201.078 184.570 1.00 56.68 C ATOM 1678 N ASN 207 149.995 202.566 187.955 1.00 68.67 N ATOM 1679 CA ASN 207 150.207 203.324 189.199 1.00 67.07 C ATOM 1680 C ASN 207 151.508 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VAL 300 162.969 187.676 191.163 1.00 42.40 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 164.285 189.096 189.635 1.00 42.55 C TER END