####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS375_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS375_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.79 0.79 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.79 0.79 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.79 0.79 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 91 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 23 122 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 7 103 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 88 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 15 114 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 25 48 71 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 110 127 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 12 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 76 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 76 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 87 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 80 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 14 67 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 126 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 93 123 129 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 68.89 91.11 95.56 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.45 0.56 0.62 0.67 0.72 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 GDT RMS_ALL_AT 0.83 0.81 0.80 0.80 0.80 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.532 0 0.027 0.027 0.541 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.328 0 0.030 0.127 1.051 100.000 92.121 1.051 LGA W 167 W 167 0.197 0 0.204 0.219 0.563 95.455 98.701 0.389 LGA I 168 I 168 0.644 0 0.067 0.815 1.963 81.818 71.818 1.376 LGA S 169 S 169 1.081 0 0.566 0.602 2.754 60.000 59.394 1.871 LGA G 170 G 170 1.481 0 0.057 0.057 1.721 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.848 0 0.050 1.384 5.564 77.727 54.773 2.914 LGA A 172 A 172 0.496 0 0.012 0.022 0.666 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.150 0 0.020 0.108 0.410 100.000 100.000 0.410 LGA Y 174 Y 174 0.334 0 0.000 0.216 1.339 100.000 88.182 1.339 LGA G 175 G 175 0.220 0 0.055 0.055 0.274 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.261 0 0.000 0.166 0.490 100.000 100.000 0.241 LGA Q 177 Q 177 0.529 0 0.059 0.268 0.990 90.909 85.859 0.667 LGA L 178 L 178 0.368 0 0.131 0.217 1.724 90.909 82.500 1.724 LGA N 179 N 179 1.259 0 0.175 0.625 4.698 62.273 37.500 4.698 LGA K 180 K 180 3.922 0 0.284 0.965 13.505 20.455 9.091 13.505 LGA K 181 K 181 1.781 0 0.456 0.954 10.266 65.909 30.707 10.266 LGA T 182 T 182 0.909 0 0.021 1.111 3.518 81.818 67.273 3.518 LGA S 183 S 183 0.717 0 0.115 0.103 1.101 86.364 79.394 1.044 LGA K 184 K 184 0.765 0 0.069 0.851 2.745 81.818 72.121 2.745 LGA L 185 L 185 0.396 0 0.072 0.079 0.694 95.455 97.727 0.476 LGA D 186 D 186 0.201 0 0.025 0.141 0.764 100.000 97.727 0.282 LGA P 187 P 187 0.484 0 0.035 0.371 1.259 86.818 87.273 0.550 LGA V 188 V 188 0.698 0 0.015 0.022 0.828 81.818 81.818 0.828 LGA E 189 E 189 0.689 0 0.034 0.196 0.731 81.818 81.818 0.731 LGA D 190 D 190 0.641 0 0.029 0.050 1.063 86.364 82.045 1.063 LGA E 191 E 191 0.425 0 0.000 0.016 0.755 95.455 87.879 0.755 LGA A 192 A 192 0.313 0 0.029 0.025 0.396 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.304 0 0.041 0.097 0.547 100.000 95.960 0.441 LGA V 194 V 194 0.236 0 0.000 0.038 0.360 100.000 100.000 0.360 LGA V 195 V 195 0.132 0 0.000 0.000 0.227 100.000 100.000 0.118 LGA Q 196 Q 196 0.186 0 0.023 0.253 1.215 100.000 90.303 1.139 LGA L 197 L 197 0.252 0 0.000 0.058 0.385 100.000 100.000 0.372 LGA I 198 I 198 0.165 0 0.041 0.074 0.370 100.000 100.000 0.326 LGA F 199 F 199 0.213 0 0.000 0.039 0.326 100.000 100.000 0.135 LGA N 200 N 200 0.345 0 0.015 0.710 1.743 100.000 89.545 1.743 LGA I 201 I 201 0.266 0 0.008 0.045 0.344 100.000 100.000 0.177 LGA F 202 F 202 0.244 0 0.000 0.025 0.473 100.000 100.000 0.473 LGA L 203 L 203 0.402 0 0.023 0.047 0.633 100.000 95.455 0.565 LGA N 204 N 204 0.462 0 0.026 0.129 1.214 100.000 86.818 1.035 LGA G 205 G 205 0.085 0 0.038 0.038 0.158 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.148 0 0.045 0.110 0.782 100.000 95.455 0.782 LGA N 207 N 207 0.642 0 0.036 0.206 1.701 90.909 78.409 1.164 LGA G 208 G 208 0.501 0 0.082 0.082 0.969 81.818 81.818 - LGA K 209 K 209 0.762 0 0.040 0.640 2.089 81.818 71.515 1.315 LGA D 210 D 210 0.748 0 0.102 0.501 1.747 81.818 82.500 1.747 LGA Y 211 Y 211 1.353 0 0.107 0.594 1.922 65.455 60.606 1.632 LGA S 212 S 212 2.086 0 0.642 0.773 5.839 45.455 32.121 5.839 LGA Y 213 Y 213 2.960 0 0.170 1.095 14.394 41.818 14.091 14.394 LGA A 215 A 215 0.659 0 0.193 0.211 1.747 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.255 0 0.000 0.144 0.618 100.000 95.455 0.618 LGA A 217 A 217 0.121 0 0.045 0.058 0.210 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.257 0 0.004 0.101 0.895 100.000 96.970 0.895 LGA H 219 H 219 0.233 0 0.000 0.086 0.694 100.000 92.727 0.694 LGA L 220 L 220 0.233 0 0.000 0.093 0.390 100.000 100.000 0.390 LGA T 221 T 221 0.171 0 0.000 0.031 0.287 100.000 100.000 0.162 LGA N 222 N 222 0.363 0 0.048 0.072 0.569 95.455 97.727 0.361 LGA L 223 L 223 0.526 0 0.036 0.069 0.824 90.909 86.364 0.650 LGA Q 224 Q 224 0.521 0 0.048 0.154 1.061 90.909 84.040 0.801 LGA I 225 I 225 0.437 0 0.048 0.103 0.518 100.000 97.727 0.199 LGA P 226 P 226 0.479 0 0.030 0.062 0.719 90.909 87.013 0.719 LGA T 227 T 227 0.522 0 0.030 0.080 0.699 81.818 84.416 0.699 LGA P 228 P 228 0.660 0 0.077 0.087 0.701 81.818 81.818 0.510 LGA S 229 S 229 0.813 0 0.146 0.150 0.904 81.818 81.818 0.594 LGA G 230 G 230 0.898 0 0.061 0.061 1.049 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.528 0 0.031 0.468 1.234 90.909 82.222 0.606 LGA K 232 K 232 0.453 0 0.117 0.268 1.414 95.455 86.061 1.414 LGA R 233 R 233 0.490 0 0.030 1.109 6.552 90.909 45.785 4.506 LGA W 234 W 234 0.291 0 0.029 0.131 0.546 100.000 96.104 0.525 LGA N 235 N 235 0.537 0 0.010 0.537 2.261 86.364 76.591 2.261 LGA Q 236 Q 236 0.674 0 0.000 0.903 3.485 86.364 62.222 3.485 LGA Y 237 Y 237 0.833 0 0.053 0.117 1.200 81.818 72.273 1.200 LGA T 238 T 238 0.469 0 0.000 0.030 0.513 95.455 97.403 0.439 LGA I 239 I 239 0.430 0 0.025 0.101 0.465 100.000 100.000 0.323 LGA K 240 K 240 0.767 0 0.027 0.186 3.073 81.818 60.000 3.073 LGA A 241 A 241 0.581 0 0.084 0.090 0.705 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.098 0 0.039 0.059 0.245 100.000 100.000 0.087 LGA L 243 L 243 0.235 0 0.026 0.049 0.466 100.000 100.000 0.354 LGA Q 244 Q 244 0.273 0 0.052 0.207 0.715 95.455 93.939 0.615 LGA N 245 N 245 0.215 0 0.021 0.094 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA E 246 E 246 0.192 0 0.030 0.496 1.397 100.000 94.141 0.994 LGA V 247 V 247 0.156 0 0.000 0.027 0.180 100.000 100.000 0.166 LGA Y 248 Y 248 0.236 0 0.032 0.120 1.098 100.000 91.061 1.098 LGA I 249 I 249 0.180 0 0.019 0.026 0.295 100.000 100.000 0.293 LGA G 250 G 250 0.174 0 0.037 0.037 0.184 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.148 0 0.037 0.044 0.263 100.000 100.000 0.194 LGA V 252 V 252 0.259 0 0.044 0.114 0.632 95.455 94.805 0.632 LGA K 253 K 253 0.351 0 0.061 0.136 0.720 100.000 91.919 0.643 LGA Y 254 Y 254 0.678 0 0.024 0.208 2.324 90.909 68.030 2.324 LGA K 255 K 255 0.678 0 0.000 0.176 1.303 81.818 80.000 1.303 LGA V 256 V 256 0.742 0 0.036 0.052 0.852 81.818 81.818 0.692 LGA R 257 R 257 0.892 0 0.103 1.059 6.111 77.727 50.413 4.011 LGA E 258 E 258 0.579 0 0.034 0.768 2.874 81.818 68.687 2.874 LGA K 259 K 259 0.855 0 0.055 0.207 1.156 81.818 78.182 0.918 LGA T 260 T 260 1.021 0 0.000 0.091 1.283 69.545 67.792 1.078 LGA K 261 K 261 1.856 0 0.019 0.214 3.650 47.727 38.182 3.650 LGA D 262 D 262 1.550 0 0.024 0.866 2.527 62.273 52.045 2.404 LGA G 263 G 263 1.091 0 0.000 0.000 1.091 69.545 69.545 - LGA K 264 K 264 0.516 0 0.074 0.425 2.077 81.818 77.172 2.077 LGA R 265 R 265 0.654 0 0.077 0.950 4.823 81.818 57.355 4.823 LGA T 266 T 266 0.616 0 0.042 0.078 0.668 81.818 84.416 0.549 LGA I 267 I 267 0.427 0 0.037 0.075 0.573 90.909 95.455 0.367 LGA R 268 R 268 0.192 0 0.026 0.967 2.771 100.000 87.273 2.771 LGA P 269 P 269 0.237 0 0.013 0.026 0.318 100.000 100.000 0.271 LGA E 270 E 270 0.431 0 0.005 0.251 0.980 100.000 89.899 0.980 LGA K 271 K 271 0.654 0 0.063 0.728 5.052 86.364 53.737 5.052 LGA E 272 E 272 0.454 0 0.052 0.114 1.324 95.455 82.424 1.324 LGA Q 273 Q 273 0.260 0 0.031 0.087 0.420 100.000 100.000 0.420 LGA I 274 I 274 0.282 0 0.038 0.108 0.934 100.000 97.727 0.934 LGA V 275 V 275 0.173 0 0.000 0.030 0.456 100.000 100.000 0.435 LGA V 276 V 276 0.153 0 0.069 0.074 0.428 100.000 100.000 0.262 LGA Q 277 Q 277 0.104 0 0.048 0.593 2.891 100.000 79.596 2.891 LGA D 278 D 278 0.110 0 0.040 0.227 0.681 100.000 97.727 0.681 LGA A 279 A 279 0.190 0 0.014 0.026 0.257 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.247 0 0.025 0.211 0.548 100.000 98.182 0.422 LGA A 281 A 281 0.302 0 0.024 0.025 0.392 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.184 0 0.043 0.053 0.308 100.000 100.000 0.308 LGA I 283 I 283 0.352 0 0.050 0.067 0.616 95.455 95.455 0.443 LGA I 284 I 284 0.245 0 0.000 0.060 0.245 100.000 100.000 0.187 LGA D 285 D 285 0.349 0 0.018 0.542 1.416 100.000 91.364 1.416 LGA K 286 K 286 0.411 0 0.000 0.249 1.310 100.000 90.101 1.310 LGA E 287 E 287 0.520 0 0.005 0.288 1.906 90.909 80.808 1.115 LGA Q 288 Q 288 0.392 0 0.034 0.497 1.417 100.000 84.444 1.417 LGA F 289 F 289 0.136 0 0.030 0.124 0.410 100.000 100.000 0.316 LGA Q 290 Q 290 0.321 0 0.024 0.088 0.533 100.000 97.980 0.533 LGA Q 291 Q 291 0.256 0 0.033 0.108 0.575 100.000 97.980 0.415 LGA S 292 S 292 0.118 0 0.049 0.056 0.313 100.000 100.000 0.138 LGA Q 293 Q 293 0.343 0 0.000 0.245 0.893 95.455 91.919 0.893 LGA V 294 V 294 0.464 0 0.038 0.047 0.716 100.000 92.208 0.638 LGA K 295 K 295 0.227 0 0.056 0.185 0.589 95.455 97.980 0.430 LGA I 296 I 296 0.447 0 0.012 0.075 0.784 90.909 93.182 0.470 LGA A 297 A 297 0.840 0 0.138 0.156 1.404 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.574 0 0.030 0.290 2.171 74.545 61.364 2.038 LGA K 299 K 299 3.036 0 0.261 0.666 12.829 42.727 19.192 12.829 LGA V 300 V 300 1.719 0 0.057 0.054 3.869 51.364 35.065 3.869 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.792 0.743 1.733 89.714 83.800 70.099 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.79 97.222 98.668 15.128 LGA_LOCAL RMSD: 0.792 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.793 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.792 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.728462 * X + 0.463885 * Y + -0.504137 * Z + 152.801971 Y_new = 0.562252 * X + -0.015630 * Y + -0.826818 * Z + 150.478668 Z_new = -0.391428 * X + -0.885757 * Y + -0.249435 * Z + 142.502991 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.484263 0.402183 -1.845294 [DEG: 142.3378 23.0434 -105.7275 ] ZXZ: -0.547544 1.822893 -2.725484 [DEG: -31.3720 104.4441 -156.1587 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS375_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS375_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.79 98.668 0.79 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS375_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.941 185.178 153.282 1.00 80.71 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.369 185.890 154.431 1.00 80.35 C ATOM 1347 C GLY 165 151.849 185.765 154.567 1.00 82.37 C ATOM 1348 O GLY 165 151.231 186.524 155.315 1.00 79.39 O ATOM 1349 N LYS 166 151.223 184.824 153.861 1.00 81.68 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.782 184.561 153.956 1.00 81.30 C ATOM 1351 C LYS 166 149.484 183.731 155.213 1.00 82.39 C ATOM 1352 O LYS 166 150.215 182.803 155.549 1.00 80.14 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.256 183.897 152.666 1.00 79.80 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.411 184.794 151.412 1.00 77.11 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.901 184.160 150.104 1.00 74.89 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.089 185.147 148.933 1.00 69.23 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.685 184.644 147.587 1.00 63.38 N ATOM 1358 N TRP 167 148.383 184.044 155.891 1.00 83.80 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.931 183.287 157.063 1.00 84.00 C ATOM 1360 C TRP 167 147.117 182.067 156.635 1.00 83.45 C ATOM 1361 O TRP 167 146.043 182.200 156.054 1.00 80.55 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.134 184.198 157.989 1.00 83.56 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.817 183.564 159.305 1.00 84.13 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.686 182.893 159.615 1.00 79.86 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.669 183.507 160.494 1.00 82.46 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.772 182.428 160.922 1.00 80.26 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.968 182.782 161.488 1.00 81.79 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.950 184.000 160.809 1.00 80.76 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.530 182.541 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PRO 173 145.366 185.903 166.407 1.00 83.83 C ATOM 1405 C PRO 173 144.465 187.065 166.832 1.00 84.53 C ATOM 1406 O PRO 173 143.963 187.813 165.991 1.00 83.21 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.825 186.348 166.301 1.00 82.07 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.338 185.646 165.054 1.00 78.80 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.112 185.547 164.164 1.00 82.09 C ATOM 1410 N TYR 174 144.282 187.233 168.132 1.00 85.66 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.558 188.386 168.664 1.00 85.70 C ATOM 1412 C TYR 174 144.224 189.697 168.229 1.00 85.60 C ATOM 1413 O TYR 174 145.447 189.770 168.193 1.00 83.20 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.491 188.275 170.183 1.00 85.27 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.628 189.332 170.826 1.00 86.69 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.205 190.365 171.584 1.00 78.95 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.230 189.293 170.652 1.00 79.90 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.391 191.343 172.178 1.00 78.81 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.411 190.270 171.238 1.00 79.01 C ATOM 1420 CZ TYR 174 140.995 191.291 172.004 1.00 84.00 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.190 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ATOM 1646 CD2 PHE 202 153.911 191.422 181.468 1.00 75.42 C ATOM 1647 CE1 PHE 202 156.288 191.236 180.003 1.00 74.02 C ATOM 1648 CE2 PHE 202 154.871 190.467 181.821 1.00 74.66 C ATOM 1649 CZ PHE 202 156.059 190.375 181.085 1.00 77.13 C ATOM 1650 N LEU 203 154.823 196.079 180.388 1.00 83.15 N ATOM 1651 CA LEU 203 156.111 196.779 180.423 1.00 81.83 C ATOM 1652 C LEU 203 156.204 197.766 181.587 1.00 81.08 C ATOM 1653 O LEU 203 157.105 197.650 182.416 1.00 76.44 O ATOM 1654 CB LEU 203 156.340 197.485 179.078 1.00 80.12 C ATOM 1655 CG LEU 203 156.730 196.520 177.946 1.00 76.92 C ATOM 1656 CD1 LEU 203 156.680 197.259 176.620 1.00 71.18 C ATOM 1657 CD2 LEU 203 158.139 195.955 178.140 1.00 71.06 C ATOM 1658 N ASN 204 155.255 198.690 181.665 1.00 79.97 N ATOM 1659 CA ASN 204 155.308 199.852 182.557 1.00 77.38 C ATOM 1660 C ASN 204 154.521 199.652 183.857 1.00 75.20 C ATOM 1661 O ASN 204 154.639 200.452 184.779 1.00 68.03 O ATOM 1662 CB ASN 204 154.794 201.071 181.777 1.00 75.63 C ATOM 1663 CG ASN 204 155.614 201.374 180.530 1.00 72.96 C ATOM 1664 OD1 ASN 204 156.776 201.054 180.425 1.00 66.05 O ATOM 1665 ND2 ASN 204 155.017 202.009 179.547 1.00 65.83 N ATOM 1666 N GLY 205 153.725 198.601 183.930 1.00 75.21 N ATOM 1667 CA GLY 205 152.799 198.402 185.039 1.00 73.03 C ATOM 1668 C GLY 205 151.684 199.450 185.068 1.00 73.57 C ATOM 1669 O GLY 205 151.456 200.197 184.116 1.00 67.72 O ATOM 1670 N LEU 206 150.979 199.497 186.183 1.00 72.03 N ATOM 1671 CA LEU 206 149.979 200.523 186.475 1.00 70.53 C ATOM 1672 C LEU 206 150.272 201.142 187.842 1.00 70.34 C ATOM 1673 O LEU 206 150.480 200.419 188.817 1.00 63.70 O ATOM 1674 CB LEU 206 148.565 199.920 186.429 1.00 65.63 C ATOM 1675 CG LEU 206 148.017 199.669 185.014 1.00 60.10 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 146.767 198.806 185.091 1.00 55.94 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 147.637 200.974 184.319 1.00 56.17 C ATOM 1678 N ASN 207 150.277 202.460 187.904 1.00 68.18 N ATOM 1679 CA ASN 207 150.545 203.208 189.143 1.00 66.38 C ATOM 1680 C ASN 207 151.834 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ATOM 1715 CE1 TYR 211 147.120 195.662 187.182 1.00 63.04 C ATOM 1716 CE2 TYR 211 149.004 196.869 188.135 1.00 64.91 C ATOM 1717 CZ TYR 211 147.618 196.682 188.001 1.00 66.45 C ATOM 1718 OH TYR 211 146.753 197.503 188.683 1.00 60.52 O ATOM 1719 N SER 212 151.406 190.993 187.060 1.00 73.43 N ATOM 1720 CA SER 212 151.504 189.604 186.607 1.00 74.06 C ATOM 1721 C SER 212 150.505 189.309 185.483 1.00 76.07 C ATOM 1722 O SER 212 149.522 190.029 185.302 1.00 74.42 O ATOM 1723 CB SER 212 151.299 188.645 187.780 1.00 70.70 C ATOM 1724 OG SER 212 149.952 188.564 188.168 1.00 65.26 O ATOM 1725 N TYR 213 150.704 188.209 184.760 1.00 78.11 N ATOM 1726 CA TYR 213 149.728 187.776 183.747 1.00 79.35 C ATOM 1727 C TYR 213 148.323 187.607 184.340 1.00 80.63 C ATOM 1728 O TYR 213 147.333 187.927 183.690 1.00 80.07 O ATOM 1729 CB TYR 213 150.166 186.446 183.124 1.00 78.35 C ATOM 1730 CG TYR 213 151.590 186.382 182.632 1.00 77.75 C ATOM 1731 CD1 TYR 213 152.095 187.364 181.766 1.00 71.85 C ATOM 1732 CD2 TYR 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