####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS375_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS375_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 80 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 19 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 31 107 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 77 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 104 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 16 41 90 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 86 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 57 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 77 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 74 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 96 123 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 51 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 11 33 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 65 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 80 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 30 111 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 6 105 120 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 17 115 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 85.19 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.44 0.59 0.68 0.70 0.81 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.89 0.90 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.422 0 0.028 0.028 0.462 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.243 0 0.042 0.144 1.098 95.455 90.101 1.098 LGA W 167 W 167 0.193 0 0.190 0.216 0.702 95.455 94.805 0.573 LGA I 168 I 168 0.694 0 0.184 1.438 3.679 77.727 63.182 1.834 LGA S 169 S 169 1.132 0 0.582 0.614 2.972 60.000 61.818 1.434 LGA G 170 G 170 1.456 0 0.053 0.053 1.623 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.758 0 0.055 1.394 5.494 77.727 54.773 2.875 LGA A 172 A 172 0.495 0 0.006 0.019 0.632 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.117 0 0.011 0.110 0.514 100.000 97.403 0.514 LGA Y 174 Y 174 0.320 0 0.000 0.225 1.328 100.000 86.667 1.328 LGA G 175 G 175 0.113 0 0.060 0.060 0.259 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.173 0 0.000 0.158 0.353 100.000 100.000 0.068 LGA Q 177 Q 177 0.447 0 0.056 0.235 0.832 100.000 95.960 0.570 LGA L 178 L 178 0.276 0 0.132 0.200 1.654 86.818 80.455 1.654 LGA N 179 N 179 1.380 0 0.165 0.641 4.858 62.273 37.500 4.858 LGA K 180 K 180 3.839 0 0.288 0.967 13.327 20.455 9.091 13.327 LGA K 181 K 181 1.939 0 0.464 0.975 10.739 65.909 30.505 10.739 LGA T 182 T 182 1.078 0 0.031 1.112 3.597 73.636 62.597 3.597 LGA S 183 S 183 0.587 0 0.115 0.102 0.967 86.364 84.848 0.868 LGA K 184 K 184 0.720 0 0.068 0.847 2.875 81.818 72.121 2.875 LGA L 185 L 185 0.427 0 0.069 0.075 0.761 90.909 93.182 0.569 LGA D 186 D 186 0.292 0 0.035 0.145 0.859 100.000 97.727 0.360 LGA P 187 P 187 0.553 0 0.029 0.369 1.239 82.273 84.675 0.477 LGA V 188 V 188 0.687 0 0.000 0.022 0.776 81.818 81.818 0.776 LGA E 189 E 189 0.618 0 0.037 0.217 0.688 81.818 85.859 0.590 LGA D 190 D 190 0.546 0 0.032 0.046 0.896 90.909 86.364 0.896 LGA E 191 E 191 0.326 0 0.000 0.017 0.688 100.000 91.919 0.688 LGA A 192 A 192 0.278 0 0.023 0.022 0.369 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.256 0 0.041 0.085 0.539 100.000 95.960 0.456 LGA V 194 V 194 0.219 0 0.000 0.027 0.352 100.000 100.000 0.352 LGA V 195 V 195 0.186 0 0.000 0.000 0.244 100.000 100.000 0.192 LGA Q 196 Q 196 0.181 0 0.031 0.257 1.187 100.000 90.303 1.012 LGA L 197 L 197 0.244 0 0.000 0.040 0.371 100.000 100.000 0.364 LGA I 198 I 198 0.261 0 0.048 0.074 0.477 100.000 100.000 0.415 LGA F 199 F 199 0.258 0 0.010 0.038 0.309 100.000 100.000 0.218 LGA N 200 N 200 0.300 0 0.015 0.738 1.746 100.000 89.545 1.746 LGA I 201 I 201 0.219 0 0.021 0.043 0.289 100.000 100.000 0.158 LGA F 202 F 202 0.224 0 0.000 0.000 0.314 100.000 100.000 0.290 LGA L 203 L 203 0.325 0 0.015 0.051 0.540 100.000 97.727 0.495 LGA N 204 N 204 0.322 0 0.000 0.129 1.190 100.000 91.136 0.836 LGA G 205 G 205 0.252 0 0.047 0.047 0.339 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.253 0 0.028 0.114 0.757 100.000 95.455 0.623 LGA N 207 N 207 0.425 0 0.000 0.179 1.026 95.455 91.136 0.377 LGA G 208 G 208 0.796 0 0.081 0.081 1.440 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.109 0 0.049 0.643 1.951 69.545 69.293 1.328 LGA D 210 D 210 1.094 0 0.088 0.790 2.001 69.545 62.273 2.001 LGA Y 211 Y 211 1.673 0 0.118 0.615 2.185 54.545 53.485 1.838 LGA S 212 S 212 2.336 0 0.639 0.774 5.985 36.364 26.061 5.985 LGA Y 213 Y 213 2.916 0 0.165 1.089 14.490 41.818 14.091 14.490 LGA A 215 A 215 0.848 0 0.195 0.213 1.814 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.212 0 0.000 0.142 0.424 100.000 100.000 0.407 LGA A 217 A 217 0.147 0 0.048 0.058 0.234 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.365 0 0.027 0.109 1.022 100.000 91.212 1.022 LGA H 219 H 219 0.334 0 0.000 0.086 0.766 100.000 92.727 0.766 LGA L 220 L 220 0.316 0 0.000 0.097 0.468 100.000 100.000 0.468 LGA T 221 T 221 0.263 0 0.000 0.029 0.375 100.000 100.000 0.190 LGA N 222 N 222 0.420 0 0.051 0.077 0.631 90.909 95.455 0.460 LGA L 223 L 223 0.593 0 0.041 0.073 0.891 81.818 81.818 0.735 LGA Q 224 Q 224 0.555 0 0.039 0.170 1.097 90.909 84.040 0.873 LGA I 225 I 225 0.479 0 0.047 0.106 0.543 100.000 97.727 0.257 LGA P 226 P 226 0.446 0 0.035 0.065 0.673 90.909 87.013 0.673 LGA T 227 T 227 0.425 0 0.029 0.086 0.626 100.000 97.403 0.626 LGA P 228 P 228 0.555 0 0.083 0.089 0.598 86.364 89.610 0.422 LGA S 229 S 229 0.741 0 0.150 0.165 0.825 81.818 81.818 0.500 LGA G 230 G 230 0.842 0 0.058 0.058 1.094 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.449 0 0.026 0.471 1.199 95.455 84.242 0.683 LGA K 232 K 232 0.339 0 0.094 0.287 1.507 95.455 88.485 1.507 LGA R 233 R 233 0.392 0 0.022 1.102 6.282 100.000 49.917 4.082 LGA W 234 W 234 0.386 0 0.029 0.130 0.552 100.000 96.104 0.480 LGA N 235 N 235 0.671 0 0.016 0.578 2.607 81.818 72.955 2.607 LGA Q 236 Q 236 0.638 0 0.000 0.801 3.147 81.818 62.020 3.147 LGA Y 237 Y 237 0.658 0 0.056 0.130 0.835 81.818 81.818 0.612 LGA T 238 T 238 0.434 0 0.010 0.037 0.466 100.000 100.000 0.447 LGA I 239 I 239 0.313 0 0.024 0.099 0.377 100.000 100.000 0.248 LGA K 240 K 240 0.620 0 0.029 0.191 2.743 86.364 67.677 2.743 LGA A 241 A 241 0.400 0 0.089 0.094 0.561 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.113 0 0.035 0.062 0.293 100.000 100.000 0.159 LGA L 243 L 243 0.291 0 0.024 0.053 0.567 95.455 97.727 0.332 LGA Q 244 Q 244 0.261 0 0.051 0.204 0.681 95.455 93.939 0.681 LGA N 245 N 245 0.275 0 0.024 0.092 0.578 100.000 97.727 0.578 LGA E 246 E 246 0.321 0 0.030 0.494 1.513 100.000 92.525 0.802 LGA V 247 V 247 0.301 0 0.011 0.041 0.313 100.000 100.000 0.303 LGA Y 248 Y 248 0.325 0 0.042 0.121 1.157 100.000 89.545 1.157 LGA I 249 I 249 0.241 0 0.024 0.031 0.322 100.000 100.000 0.289 LGA G 250 G 250 0.256 0 0.038 0.038 0.288 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.283 0 0.035 0.043 0.423 100.000 100.000 0.363 LGA V 252 V 252 0.373 0 0.049 0.116 0.656 95.455 94.805 0.656 LGA K 253 K 253 0.460 0 0.061 0.123 0.834 100.000 89.899 0.821 LGA Y 254 Y 254 0.671 0 0.030 0.210 2.486 90.909 68.030 2.486 LGA K 255 K 255 0.784 0 0.000 0.160 0.989 81.818 81.818 0.989 LGA V 256 V 256 0.969 0 0.049 0.053 1.027 77.727 79.481 0.904 LGA R 257 R 257 1.047 0 0.102 1.060 5.414 69.545 46.942 3.096 LGA E 258 E 258 1.066 0 0.054 0.312 2.082 65.455 59.192 2.082 LGA K 259 K 259 1.379 0 0.050 0.229 1.586 65.455 65.657 1.007 LGA T 260 T 260 1.321 0 0.000 0.128 1.576 61.818 61.299 1.299 LGA K 261 K 261 1.786 0 0.022 0.190 2.448 47.727 46.667 2.448 LGA D 262 D 262 1.771 0 0.021 0.322 2.220 50.909 47.727 2.011 LGA G 263 G 263 1.719 0 0.000 0.000 1.719 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.276 0 0.080 0.407 1.570 65.455 63.838 1.091 LGA R 265 R 265 1.164 0 0.079 0.840 3.601 69.545 58.017 3.601 LGA T 266 T 266 1.123 0 0.046 0.071 1.190 73.636 70.130 1.105 LGA I 267 I 267 0.896 0 0.029 0.068 1.168 77.727 79.773 0.966 LGA R 268 R 268 0.708 0 0.014 0.955 2.827 81.818 74.050 2.827 LGA P 269 P 269 0.583 0 0.000 0.023 0.783 90.909 87.013 0.783 LGA E 270 E 270 0.360 0 0.000 0.239 1.247 100.000 88.283 1.085 LGA K 271 K 271 0.177 0 0.056 0.729 4.113 100.000 68.081 4.113 LGA E 272 E 272 0.337 0 0.054 0.115 1.559 100.000 82.828 1.559 LGA Q 273 Q 273 0.309 0 0.030 0.087 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA I 274 I 274 0.260 0 0.033 0.107 0.987 100.000 97.727 0.987 LGA V 275 V 275 0.261 0 0.008 0.037 0.542 95.455 94.805 0.532 LGA V 276 V 276 0.253 0 0.078 0.089 0.583 95.455 97.403 0.278 LGA Q 277 Q 277 0.097 0 0.048 0.585 2.731 100.000 79.596 2.731 LGA D 278 D 278 0.062 0 0.038 0.204 0.676 100.000 97.727 0.676 LGA A 279 A 279 0.102 0 0.000 0.008 0.145 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.119 0 0.030 0.231 0.629 100.000 96.364 0.561 LGA A 281 A 281 0.257 0 0.026 0.025 0.352 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.226 0 0.045 0.057 0.369 100.000 100.000 0.369 LGA I 283 I 283 0.306 0 0.048 0.066 0.572 95.455 97.727 0.478 LGA I 284 I 284 0.206 0 0.000 0.068 0.229 100.000 100.000 0.110 LGA D 285 D 285 0.273 0 0.030 0.216 0.905 100.000 97.727 0.905 LGA K 286 K 286 0.286 0 0.000 0.246 1.303 100.000 92.121 1.303 LGA E 287 E 287 0.423 0 0.022 0.298 2.038 100.000 81.414 1.206 LGA Q 288 Q 288 0.424 0 0.030 0.563 1.649 100.000 81.010 1.454 LGA F 289 F 289 0.120 0 0.027 0.107 0.478 100.000 100.000 0.399 LGA Q 290 Q 290 0.135 0 0.020 1.274 3.815 100.000 66.667 3.812 LGA Q 291 Q 291 0.212 0 0.033 0.108 0.633 100.000 97.980 0.420 LGA S 292 S 292 0.237 0 0.047 0.053 0.271 100.000 100.000 0.246 LGA Q 293 Q 293 0.169 0 0.000 0.228 0.638 100.000 95.960 0.638 LGA V 294 V 294 0.034 0 0.042 0.047 0.327 100.000 100.000 0.283 LGA K 295 K 295 0.512 0 0.054 0.203 0.814 86.364 83.838 0.534 LGA I 296 I 296 0.599 0 0.027 0.081 0.902 86.364 90.909 0.319 LGA A 297 A 297 0.674 0 0.127 0.145 1.334 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 1.235 0 0.000 0.345 2.687 53.182 52.045 1.596 LGA K 299 K 299 3.766 0 0.272 0.687 13.400 25.909 11.515 13.400 LGA V 300 V 300 1.998 0 0.057 0.055 3.684 39.545 29.351 3.433 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.878 0.843 1.758 88.051 82.746 70.222 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.556 97.934 13.805 LGA_LOCAL RMSD: 0.878 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.878 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.878 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.375063 * X + 0.409951 * Y + -0.831425 * Z + 152.630051 Y_new = -0.802900 * X + -0.304631 * Y + -0.512399 * Z + 150.700226 Z_new = -0.463336 * X + 0.859733 * Y + 0.214894 * Z + 142.323273 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.133784 0.481756 1.325861 [DEG: -64.9611 27.6026 75.9662 ] ZXZ: -1.018485 1.354213 -0.494305 [DEG: -58.3549 77.5907 -28.3216 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS375_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS375_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.934 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS375_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.072 185.173 153.291 1.00 81.11 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.486 185.859 154.450 1.00 80.75 C ATOM 1347 C GLY 165 151.964 185.739 154.562 1.00 82.77 C ATOM 1348 O GLY 165 151.342 186.485 155.316 1.00 79.68 O ATOM 1349 N LYS 166 151.338 184.819 153.822 1.00 82.18 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.896 184.566 153.896 1.00 81.84 C ATOM 1351 C LYS 166 149.575 183.720 155.134 1.00 82.79 C ATOM 1352 O LYS 166 150.287 182.770 155.457 1.00 80.51 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.379 183.921 152.590 1.00 80.34 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.558 184.828 151.348 1.00 77.66 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.017 184.227 150.038 1.00 75.36 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.242 185.210 148.875 1.00 69.80 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.755 184.758 147.540 1.00 63.83 N ATOM 1358 N TRP 167 148.476 184.044 155.812 1.00 84.22 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.988 183.268 156.955 1.00 84.44 C ATOM 1360 C TRP 167 147.147 182.090 156.471 1.00 83.85 C ATOM 1361 O TRP 167 146.056 182.267 155.931 1.00 80.95 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.207 184.166 157.904 1.00 84.00 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.814 183.481 159.174 1.00 84.50 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.654 182.822 159.393 1.00 80.27 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.600 183.350 160.404 1.00 82.80 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.660 182.298 160.679 1.00 80.63 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.832 182.599 161.326 1.00 82.14 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.872 183.803 160.804 1.00 81.14 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.314 182.298 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PRO 173 145.374 185.796 166.391 1.00 84.51 C ATOM 1405 C PRO 173 144.481 186.959 166.832 1.00 85.12 C ATOM 1406 O PRO 173 143.974 187.714 166.000 1.00 83.76 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.838 186.227 166.300 1.00 82.75 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.353 185.541 165.045 1.00 79.48 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.132 185.458 164.149 1.00 82.74 C ATOM 1410 N TYR 174 144.304 187.129 168.135 1.00 85.96 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.591 188.280 168.682 1.00 86.01 C ATOM 1412 C TYR 174 144.260 189.588 168.252 1.00 86.03 C ATOM 1413 O TYR 174 145.481 189.665 168.231 1.00 83.46 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.543 188.153 170.204 1.00 85.61 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.714 189.222 170.867 1.00 86.96 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.327 190.235 171.627 1.00 79.77 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.313 189.215 170.719 1.00 80.61 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.546 191.224 172.249 1.00 79.31 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.527 190.200 171.330 1.00 79.63 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.145 191.202 172.099 1.00 84.17 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.372 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ATOM 1646 CD2 PHE 202 153.976 191.694 181.553 1.00 76.11 C ATOM 1647 CE1 PHE 202 156.346 191.605 180.069 1.00 74.64 C ATOM 1648 CE2 PHE 202 154.981 190.785 181.902 1.00 75.36 C ATOM 1649 CZ PHE 202 156.167 190.743 181.155 1.00 77.80 C ATOM 1650 N LEU 203 154.734 196.346 180.472 1.00 83.55 N ATOM 1651 CA LEU 203 156.010 197.065 180.512 1.00 82.24 C ATOM 1652 C LEU 203 156.072 198.070 181.661 1.00 81.48 C ATOM 1653 O LEU 203 156.974 197.987 182.496 1.00 76.72 O ATOM 1654 CB LEU 203 156.252 197.739 179.154 1.00 80.45 C ATOM 1655 CG LEU 203 156.665 196.750 178.048 1.00 77.04 C ATOM 1656 CD1 LEU 203 156.632 197.457 176.706 1.00 71.28 C ATOM 1657 CD2 LEU 203 158.075 196.201 178.273 1.00 71.15 C ATOM 1658 N ASN 204 155.100 198.967 181.733 1.00 80.17 N ATOM 1659 CA ASN 204 155.121 200.141 182.613 1.00 77.58 C ATOM 1660 C ASN 204 154.327 199.947 183.910 1.00 75.51 C ATOM 1661 O ASN 204 154.432 200.759 184.827 1.00 68.34 O ATOM 1662 CB ASN 204 154.594 201.341 181.813 1.00 75.92 C ATOM 1663 CG ASN 204 155.437 201.659 180.589 1.00 73.17 C ATOM 1664 OD1 ASN 204 156.609 201.369 180.512 1.00 66.24 O ATOM 1665 ND2 ASN 204 154.848 202.282 179.591 1.00 65.97 N ATOM 1666 N GLY 205 153.549 198.887 183.991 1.00 75.41 N ATOM 1667 CA GLY 205 152.648 198.672 185.117 1.00 73.33 C ATOM 1668 C GLY 205 151.496 199.683 185.158 1.00 73.77 C ATOM 1669 O GLY 205 151.236 200.430 184.213 1.00 67.97 O ATOM 1670 N LEU 206 150.789 199.688 186.269 1.00 72.31 N ATOM 1671 CA LEU 206 149.739 200.659 186.577 1.00 70.81 C ATOM 1672 C LEU 206 149.958 201.219 187.984 1.00 70.64 C ATOM 1673 O LEU 206 150.258 200.469 188.912 1.00 64.01 O ATOM 1674 CB LEU 206 148.352 200.005 186.455 1.00 65.99 C ATOM 1675 CG LEU 206 147.842 199.840 185.010 1.00 60.48 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 146.645 198.904 184.992 1.00 56.29 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 147.397 201.177 184.421 1.00 56.52 C ATOM 1678 N ASN 207 149.786 202.523 188.129 1.00 68.48 N ATOM 1679 CA ASN 207 149.922 203.213 189.423 1.00 66.98 C ATOM 1680 C ASN 207 151.260 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VAL 300 162.675 188.281 190.817 1.00 42.46 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 163.963 189.358 189.020 1.00 42.16 C TER END