####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS375_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS375_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.81 0.81 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.81 0.81 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.81 0.81 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 90 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 9 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 30 120 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 85 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 79 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 19 42 61 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 68 126 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 32 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 89 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 89 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 89 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 85 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 16 97 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 55 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 32 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 61 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 92 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 88 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 73 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 62 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 68 99 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 19 55 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 94 121 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 69.63 89.63 95.56 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.43 0.54 0.60 0.62 0.74 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 GDT RMS_ALL_AT 0.85 0.83 0.82 0.81 0.82 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 0.81 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.508 0 0.035 0.035 0.534 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.221 0 0.046 0.100 0.862 100.000 93.939 0.862 LGA W 167 W 167 0.107 0 0.184 0.214 0.888 95.455 98.701 0.327 LGA I 168 I 168 0.791 0 0.177 1.573 3.868 81.818 65.227 1.986 LGA S 169 S 169 1.088 0 0.577 0.753 3.284 57.727 52.424 3.273 LGA G 170 G 170 1.165 0 0.046 0.046 1.351 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.661 0 0.046 1.378 5.620 81.818 56.818 2.916 LGA A 172 A 172 0.312 0 0.004 0.021 0.444 100.000 100.000 - LGA P 173 P 173 0.070 0 0.017 0.219 0.477 100.000 100.000 0.477 LGA Y 174 Y 174 0.317 0 0.020 0.218 1.238 100.000 89.545 1.238 LGA G 175 G 175 0.218 0 0.063 0.063 0.303 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.301 0 0.015 0.159 0.450 100.000 100.000 0.263 LGA Q 177 Q 177 0.496 0 0.062 0.263 1.041 95.455 88.081 0.550 LGA L 178 L 178 0.318 0 0.133 0.208 1.499 82.273 82.273 1.499 LGA N 179 N 179 1.529 0 0.171 0.650 5.100 58.636 34.773 5.100 LGA K 180 K 180 3.827 0 0.288 0.970 13.292 20.455 9.091 13.292 LGA K 181 K 181 2.127 0 0.460 0.959 10.632 51.364 23.434 10.632 LGA T 182 T 182 1.166 0 0.029 1.110 3.455 73.636 63.636 3.455 LGA S 183 S 183 0.431 0 0.120 0.107 0.796 90.909 87.879 0.701 LGA K 184 K 184 0.550 0 0.071 0.863 2.994 86.364 74.141 2.994 LGA L 185 L 185 0.307 0 0.063 0.070 0.623 95.455 97.727 0.463 LGA D 186 D 186 0.304 0 0.027 0.155 0.821 100.000 97.727 0.317 LGA P 187 P 187 0.533 0 0.033 0.072 1.098 82.273 82.078 0.674 LGA V 188 V 188 0.675 0 0.018 0.025 0.744 81.818 81.818 0.744 LGA E 189 E 189 0.595 0 0.040 0.203 0.718 81.818 83.838 0.523 LGA D 190 D 190 0.487 0 0.028 0.051 0.848 100.000 90.909 0.848 LGA E 191 E 191 0.328 0 0.000 0.000 0.748 100.000 91.919 0.748 LGA A 192 A 192 0.215 0 0.034 0.031 0.308 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.189 0 0.042 0.089 0.390 100.000 100.000 0.257 LGA V 194 V 194 0.135 0 0.010 0.040 0.277 100.000 100.000 0.277 LGA V 195 V 195 0.114 0 0.000 0.000 0.206 100.000 100.000 0.086 LGA Q 196 Q 196 0.126 0 0.018 0.260 1.136 100.000 92.121 0.880 LGA L 197 L 197 0.140 0 0.000 0.041 0.234 100.000 100.000 0.228 LGA I 198 I 198 0.149 0 0.044 0.073 0.373 100.000 100.000 0.306 LGA F 199 F 199 0.171 0 0.027 0.049 0.256 100.000 100.000 0.142 LGA N 200 N 200 0.282 0 0.016 0.876 2.872 100.000 82.273 2.872 LGA I 201 I 201 0.242 0 0.012 0.043 0.333 100.000 100.000 0.247 LGA F 202 F 202 0.171 0 0.000 0.032 0.369 100.000 100.000 0.369 LGA L 203 L 203 0.241 0 0.024 0.058 0.539 100.000 97.727 0.447 LGA N 204 N 204 0.195 0 0.000 0.119 0.934 100.000 93.182 0.678 LGA G 205 G 205 0.155 0 0.023 0.023 0.233 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.140 0 0.021 0.118 0.801 100.000 95.455 0.756 LGA N 207 N 207 0.400 0 0.000 0.189 1.111 100.000 91.136 0.502 LGA G 208 G 208 0.634 0 0.077 0.077 1.230 82.273 82.273 - LGA K 209 K 209 0.976 0 0.056 0.646 2.085 81.818 73.333 1.491 LGA D 210 D 210 0.965 0 0.075 0.769 2.038 81.818 70.455 1.954 LGA Y 211 Y 211 1.469 0 0.117 0.614 2.024 65.455 59.545 1.651 LGA S 212 S 212 2.193 0 0.640 0.773 5.809 41.818 29.697 5.809 LGA Y 213 Y 213 3.016 0 0.167 1.110 14.521 39.545 13.333 14.521 LGA A 215 A 215 0.864 0 0.194 0.212 1.921 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.295 0 0.000 0.146 0.587 100.000 95.455 0.587 LGA A 217 A 217 0.182 0 0.048 0.061 0.325 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.487 0 0.021 0.110 1.202 100.000 91.212 1.202 LGA H 219 H 219 0.314 0 0.000 0.088 0.709 100.000 92.727 0.709 LGA L 220 L 220 0.327 0 0.000 0.094 0.455 100.000 100.000 0.455 LGA T 221 T 221 0.343 0 0.000 0.031 0.517 95.455 97.403 0.282 LGA N 222 N 222 0.553 0 0.048 0.072 0.770 86.364 90.909 0.568 LGA L 223 L 223 0.646 0 0.042 0.068 0.931 81.818 81.818 0.686 LGA Q 224 Q 224 0.539 0 0.035 0.165 0.835 81.818 83.838 0.835 LGA I 225 I 225 0.499 0 0.042 0.103 0.536 95.455 95.455 0.186 LGA P 226 P 226 0.407 0 0.034 0.061 0.657 95.455 92.208 0.657 LGA T 227 T 227 0.309 0 0.029 0.078 0.477 100.000 100.000 0.477 LGA P 228 P 228 0.482 0 0.083 0.090 0.498 100.000 100.000 0.391 LGA S 229 S 229 0.607 0 0.149 0.160 0.705 81.818 87.879 0.326 LGA G 230 G 230 0.738 0 0.060 0.060 1.127 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.352 0 0.017 0.451 1.197 100.000 88.283 0.836 LGA K 232 K 232 0.397 0 0.097 0.255 0.754 95.455 95.960 0.599 LGA R 233 R 233 0.373 0 0.028 1.118 6.015 100.000 53.223 3.558 LGA W 234 W 234 0.464 0 0.036 0.139 0.568 95.455 94.805 0.424 LGA N 235 N 235 0.659 0 0.021 0.504 2.356 81.818 74.318 2.356 LGA Q 236 Q 236 0.684 0 0.000 0.855 3.282 81.818 60.202 3.282 LGA Y 237 Y 237 0.687 0 0.028 1.525 9.151 81.818 40.152 9.151 LGA T 238 T 238 0.471 0 0.000 0.032 0.519 95.455 97.403 0.471 LGA I 239 I 239 0.389 0 0.026 0.108 0.419 100.000 100.000 0.270 LGA K 240 K 240 0.642 0 0.028 0.190 2.740 86.364 67.677 2.740 LGA A 241 A 241 0.436 0 0.090 0.096 0.628 90.909 92.727 - LGA I 242 I 242 0.122 0 0.038 0.061 0.300 100.000 100.000 0.082 LGA L 243 L 243 0.237 0 0.038 0.051 0.484 100.000 100.000 0.300 LGA Q 244 Q 244 0.225 0 0.050 0.194 0.703 95.455 93.939 0.674 LGA N 245 N 245 0.213 0 0.018 0.090 0.503 100.000 97.727 0.503 LGA E 246 E 246 0.200 0 0.029 0.491 1.401 100.000 94.141 0.968 LGA V 247 V 247 0.152 0 0.000 0.046 0.258 100.000 100.000 0.190 LGA Y 248 Y 248 0.230 0 0.037 0.124 1.089 100.000 91.061 1.089 LGA I 249 I 249 0.170 0 0.009 0.021 0.281 100.000 100.000 0.272 LGA G 250 G 250 0.179 0 0.046 0.046 0.196 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.145 0 0.031 0.040 0.317 100.000 100.000 0.226 LGA V 252 V 252 0.220 0 0.048 0.114 0.561 100.000 97.403 0.561 LGA K 253 K 253 0.338 0 0.061 0.136 0.815 100.000 91.919 0.755 LGA Y 254 Y 254 0.624 0 0.029 0.204 2.314 95.455 69.545 2.314 LGA K 255 K 255 0.638 0 0.000 0.164 1.082 81.818 80.000 1.082 LGA V 256 V 256 0.810 0 0.049 0.055 0.918 81.818 81.818 0.760 LGA R 257 R 257 0.973 0 0.098 1.046 5.607 73.636 50.744 3.542 LGA E 258 E 258 0.858 0 0.057 0.314 1.787 77.727 71.111 1.787 LGA K 259 K 259 0.940 0 0.050 0.222 1.168 81.818 78.182 0.779 LGA T 260 T 260 0.771 0 0.000 0.156 1.074 81.818 79.481 0.930 LGA K 261 K 261 1.344 0 0.023 0.155 1.962 61.818 58.990 1.962 LGA D 262 D 262 1.187 0 0.025 0.082 1.209 69.545 73.636 0.917 LGA G 263 G 263 1.080 0 0.000 0.000 1.116 73.636 73.636 - LGA K 264 K 264 0.718 0 0.088 0.304 1.339 81.818 76.364 1.159 LGA R 265 R 265 0.752 0 0.072 0.941 4.933 81.818 53.884 4.933 LGA T 266 T 266 0.766 0 0.046 0.072 0.804 81.818 81.818 0.751 LGA I 267 I 267 0.563 0 0.031 0.071 0.805 81.818 86.364 0.565 LGA R 268 R 268 0.388 0 0.026 0.969 3.118 100.000 87.769 3.118 LGA P 269 P 269 0.302 0 0.000 0.021 0.379 100.000 100.000 0.379 LGA E 270 E 270 0.403 0 0.000 0.248 0.995 100.000 91.919 0.889 LGA K 271 K 271 0.379 0 0.064 0.738 4.684 100.000 64.444 4.684 LGA E 272 E 272 0.204 0 0.060 0.141 1.147 100.000 90.101 1.147 LGA Q 273 Q 273 0.254 0 0.032 0.103 0.561 100.000 97.980 0.561 LGA I 274 I 274 0.265 0 0.033 0.113 1.031 100.000 95.682 1.031 LGA V 275 V 275 0.217 0 0.013 0.026 0.518 100.000 97.403 0.518 LGA V 276 V 276 0.137 0 0.069 0.075 0.387 100.000 100.000 0.168 LGA Q 277 Q 277 0.049 0 0.046 0.617 2.987 100.000 79.596 2.987 LGA D 278 D 278 0.118 0 0.036 0.206 0.651 100.000 97.727 0.651 LGA A 279 A 279 0.145 0 0.017 0.026 0.272 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.272 0 0.020 0.222 0.589 100.000 98.182 0.460 LGA A 281 A 281 0.356 0 0.029 0.029 0.461 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.204 0 0.043 0.054 0.320 100.000 100.000 0.320 LGA I 283 I 283 0.303 0 0.051 0.061 0.581 95.455 97.727 0.398 LGA I 284 I 284 0.192 0 0.004 0.068 0.232 100.000 100.000 0.156 LGA D 285 D 285 0.406 0 0.018 0.706 2.040 100.000 83.409 2.040 LGA K 286 K 286 0.484 0 0.000 0.255 1.307 100.000 90.101 1.307 LGA E 287 E 287 0.559 0 0.017 0.303 2.292 90.909 72.727 2.012 LGA Q 288 Q 288 0.433 0 0.021 0.542 1.655 100.000 79.394 1.562 LGA F 289 F 289 0.177 0 0.034 0.113 0.453 100.000 100.000 0.377 LGA Q 290 Q 290 0.313 0 0.027 1.220 3.553 100.000 68.687 3.553 LGA Q 291 Q 291 0.179 0 0.026 0.100 0.563 100.000 97.980 0.366 LGA S 292 S 292 0.085 0 0.048 0.056 0.270 100.000 100.000 0.147 LGA Q 293 Q 293 0.257 0 0.000 0.233 0.772 100.000 93.939 0.772 LGA V 294 V 294 0.270 0 0.025 0.043 0.525 100.000 97.403 0.407 LGA K 295 K 295 0.298 0 0.065 0.194 0.736 95.455 93.939 0.386 LGA I 296 I 296 0.498 0 0.020 0.077 0.885 90.909 93.182 0.390 LGA A 297 A 297 0.788 0 0.134 0.153 1.438 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.874 0 0.007 0.322 2.504 65.000 58.182 1.799 LGA K 299 K 299 3.567 0 0.283 0.677 13.234 34.545 15.354 13.234 LGA V 300 V 300 2.125 0 0.076 0.075 3.721 38.636 27.792 3.721 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.810 0.770 1.796 90.081 84.121 70.298 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.81 96.667 98.450 14.837 LGA_LOCAL RMSD: 0.810 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.810 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.810 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.037687 * X + -0.357212 * Y + 0.933263 * Z + 153.504547 Y_new = -0.865114 * X + -0.479105 * Y + -0.148445 * Z + 150.301315 Z_new = 0.500158 * X + -0.801784 * Y + -0.327085 * Z + 142.750412 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.527261 -0.523781 -1.958134 [DEG: -87.5056 -30.0104 -112.1928 ] ZXZ: 1.413057 1.904013 2.583853 [DEG: 80.9622 109.0919 148.0439 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS375_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS375_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.81 98.450 0.81 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS375_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.116 185.262 153.250 1.00 80.81 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.530 185.984 154.387 1.00 80.48 C ATOM 1347 C GLY 165 152.008 185.876 154.498 1.00 82.47 C ATOM 1348 O GLY 165 151.382 186.644 155.228 1.00 79.46 O ATOM 1349 N LYS 166 151.383 184.937 153.783 1.00 82.08 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.938 184.696 153.847 1.00 81.90 C ATOM 1351 C LYS 166 149.597 183.880 155.095 1.00 82.87 C ATOM 1352 O LYS 166 150.285 182.917 155.431 1.00 80.62 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.437 184.026 152.553 1.00 80.42 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.617 184.925 151.308 1.00 77.76 C ATOM 1355 CD LYS 166 149.187 184.262 149.992 1.00 75.49 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.402 185.252 148.832 1.00 69.91 C ATOM 1357 NZ LYS 166 149.177 184.687 147.472 1.00 63.89 N ATOM 1358 N TRP 167 148.505 184.240 155.761 1.00 84.20 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.992 183.475 156.896 1.00 84.40 C ATOM 1360 C TRP 167 147.143 182.309 156.403 1.00 83.97 C ATOM 1361 O TRP 167 146.050 182.501 155.875 1.00 81.01 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.212 184.386 157.836 1.00 84.05 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.816 183.708 159.107 1.00 84.62 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.656 183.055 159.332 1.00 80.40 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.605 183.579 160.333 1.00 82.93 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.663 182.537 160.621 1.00 80.78 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.835 182.837 161.261 1.00 82.27 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.880 184.026 160.729 1.00 81.28 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.321 182.540 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PRO 173 145.360 185.803 166.335 1.00 84.63 C ATOM 1405 C PRO 173 144.530 187.026 166.751 1.00 85.33 C ATOM 1406 O PRO 173 144.086 187.808 165.907 1.00 83.95 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.859 186.092 166.313 1.00 82.93 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.135 186.450 164.857 1.00 79.63 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.142 185.599 164.075 1.00 82.91 C ATOM 1410 N TYR 174 144.325 187.185 168.044 1.00 85.95 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.593 188.328 168.588 1.00 86.10 C ATOM 1412 C TYR 174 144.249 189.646 168.169 1.00 86.00 C ATOM 1413 O TYR 174 145.469 189.747 168.181 1.00 83.54 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.520 188.189 170.106 1.00 85.59 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.651 189.231 170.767 1.00 86.96 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.223 190.250 171.548 1.00 79.70 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.253 189.191 170.596 1.00 80.54 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.406 191.213 172.163 1.00 79.22 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.431 190.151 171.203 1.00 79.52 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.012 191.160 171.989 1.00 84.06 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.206 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ASN 204 155.333 201.532 180.405 1.00 73.41 C ATOM 1664 OD1 ASN 204 156.508 201.262 180.296 1.00 66.47 O ATOM 1665 ND2 ASN 204 154.693 202.109 179.408 1.00 66.19 N ATOM 1666 N GLY 205 153.553 198.799 183.880 1.00 75.71 N ATOM 1667 CA GLY 205 152.660 198.589 185.015 1.00 73.63 C ATOM 1668 C GLY 205 151.508 199.600 185.057 1.00 74.19 C ATOM 1669 O GLY 205 151.262 200.361 184.121 1.00 68.34 O ATOM 1670 N LEU 206 150.790 199.587 186.167 1.00 72.43 N ATOM 1671 CA LEU 206 149.730 200.549 186.477 1.00 70.93 C ATOM 1672 C LEU 206 149.962 201.134 187.869 1.00 70.74 C ATOM 1673 O LEU 206 150.255 200.400 188.811 1.00 64.14 O ATOM 1674 CB LEU 206 148.354 199.870 186.381 1.00 66.11 C ATOM 1675 CG LEU 206 147.832 199.678 184.946 1.00 60.59 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 146.654 198.716 184.952 1.00 56.35 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 147.356 200.996 184.343 1.00 56.60 C ATOM 1678 N ASN 207 149.811 202.447 187.987 1.00 68.97 N ATOM 1679 CA ASN 207 149.979 203.163 189.260 1.00 67.37 C ATOM 1680 C ASN 207 151.313 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ATOM 1715 CE1 TYR 211 147.117 195.661 187.175 1.00 63.96 C ATOM 1716 CE2 TYR 211 148.932 196.880 188.236 1.00 65.74 C ATOM 1717 CZ TYR 211 147.559 196.665 188.043 1.00 67.43 C ATOM 1718 OH TYR 211 146.647 197.436 188.717 1.00 61.74 O ATOM 1719 N SER 212 151.594 191.169 187.103 1.00 74.53 N ATOM 1720 CA SER 212 151.716 189.787 186.645 1.00 74.99 C ATOM 1721 C SER 212 150.708 189.475 185.532 1.00 76.87 C ATOM 1722 O SER 212 149.717 190.182 185.354 1.00 75.19 O ATOM 1723 CB SER 212 151.534 188.825 187.819 1.00 71.66 C ATOM 1724 OG SER 212 150.191 188.720 188.215 1.00 66.14 O ATOM 1725 N TYR 213 150.916 188.377 184.816 1.00 79.01 N ATOM 1726 CA TYR 213 149.933 187.927 183.813 1.00 80.15 C ATOM 1727 C TYR 213 148.540 187.745 184.424 1.00 81.23 C ATOM 1728 O TYR 213 147.538 188.061 183.790 1.00 80.66 O ATOM 1729 CB TYR 213 150.380 186.597 183.186 1.00 79.26 C ATOM 1730 CG TYR 213 151.810 186.541 182.709 1.00 78.61 C ATOM 1731 CD1 TYR 213 152.314 187.517 181.833 1.00 72.55 C ATOM 1732 CD2 TYR 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