####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS369_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS369_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.97 1.01 LCS_AVERAGE: 98.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 86 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 66 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 3 99 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 8 104 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 60 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 82 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 3 104 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 23 68 94 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 17 103 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 59 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 57 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 57 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 81 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 58 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 9 109 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 9 109 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 24 85 120 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 12 52 123 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 6 11 23 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 56 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 61 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 22 104 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 52 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 4 22 49 119 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 59 121 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 110 122 128 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 81.48 90.37 94.81 96.30 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.45 0.59 0.72 0.81 0.95 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 GDT RMS_ALL_AT 1.04 1.04 1.04 1.03 1.02 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.513 0 0.036 0.036 0.613 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.560 0 0.032 0.141 1.071 86.364 82.020 1.071 LGA W 167 W 167 0.388 0 0.205 0.217 0.504 95.455 98.701 0.478 LGA I 168 I 168 0.879 0 0.050 0.755 1.980 81.818 73.864 0.881 LGA S 169 S 169 1.343 0 0.560 0.589 2.709 55.909 52.121 2.124 LGA G 170 G 170 1.614 0 0.081 0.081 1.869 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.024 0 0.043 1.399 5.628 69.545 48.636 2.894 LGA A 172 A 172 0.616 0 0.011 0.027 0.812 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.228 0 0.018 0.102 0.365 100.000 100.000 0.365 LGA Y 174 Y 174 0.413 0 0.009 0.223 1.502 100.000 84.091 1.502 LGA G 175 G 175 0.259 0 0.060 0.060 0.306 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.239 0 0.000 0.162 0.459 100.000 100.000 0.167 LGA Q 177 Q 177 0.446 0 0.055 0.253 0.978 100.000 95.960 0.626 LGA L 178 L 178 0.357 0 0.130 0.196 1.731 90.909 82.500 1.731 LGA N 179 N 179 1.267 0 0.170 0.669 4.837 59.091 35.909 4.837 LGA K 180 K 180 4.092 0 0.281 0.965 13.509 19.091 8.485 13.509 LGA K 181 K 181 1.501 0 0.458 1.089 11.329 70.000 33.131 11.329 LGA T 182 T 182 0.843 0 0.026 1.115 3.552 77.727 64.935 3.552 LGA S 183 S 183 0.896 0 0.111 0.098 1.290 78.182 73.939 1.194 LGA K 184 K 184 0.952 0 0.075 0.859 2.675 73.636 68.485 2.675 LGA L 185 L 185 0.400 0 0.066 0.074 0.631 95.455 97.727 0.497 LGA D 186 D 186 0.152 0 0.034 0.156 0.955 100.000 95.455 0.397 LGA P 187 P 187 0.507 0 0.032 0.071 1.054 82.273 82.078 0.702 LGA V 188 V 188 0.721 0 0.000 0.007 0.816 81.818 81.818 0.816 LGA E 189 E 189 0.742 0 0.031 0.181 0.799 81.818 81.818 0.799 LGA D 190 D 190 0.724 0 0.030 0.041 1.117 81.818 75.682 1.117 LGA E 191 E 191 0.482 0 0.010 0.025 0.731 95.455 87.879 0.731 LGA A 192 A 192 0.350 0 0.027 0.020 0.420 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.370 0 0.047 0.091 0.657 100.000 91.919 0.653 LGA V 194 V 194 0.366 0 0.000 0.040 0.517 100.000 97.403 0.517 LGA V 195 V 195 0.227 0 0.000 0.000 0.312 100.000 100.000 0.232 LGA Q 196 Q 196 0.238 0 0.016 0.253 1.267 100.000 90.303 1.113 LGA L 197 L 197 0.365 0 0.012 0.048 0.510 100.000 97.727 0.510 LGA I 198 I 198 0.337 0 0.040 0.074 0.478 100.000 100.000 0.414 LGA F 199 F 199 0.331 0 0.019 0.041 0.352 100.000 100.000 0.241 LGA N 200 N 200 0.397 0 0.025 0.983 3.295 100.000 81.136 3.295 LGA I 201 I 201 0.257 0 0.000 0.035 0.314 100.000 100.000 0.197 LGA F 202 F 202 0.311 0 0.000 0.030 0.361 100.000 100.000 0.361 LGA L 203 L 203 0.364 0 0.016 0.067 0.601 100.000 95.455 0.569 LGA N 204 N 204 0.399 0 0.000 0.116 1.177 100.000 88.864 0.792 LGA G 205 G 205 0.485 0 0.039 0.039 0.586 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.531 0 0.016 0.191 0.825 81.818 88.636 0.297 LGA N 207 N 207 0.887 0 0.000 0.175 1.537 81.818 73.864 1.028 LGA G 208 G 208 1.183 0 0.068 0.068 1.704 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.421 0 0.068 0.162 2.633 65.455 51.919 2.633 LGA D 210 D 210 1.389 0 0.057 0.751 1.722 65.455 63.864 1.722 LGA Y 211 Y 211 1.893 0 0.129 0.591 2.227 50.909 47.727 1.919 LGA S 212 S 212 2.506 0 0.639 0.783 6.131 30.455 21.212 6.131 LGA Y 213 Y 213 2.932 0 0.169 1.096 14.396 41.818 14.091 14.396 LGA A 215 A 215 1.203 0 0.194 0.213 2.073 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.473 0 0.000 0.144 0.571 95.455 95.455 0.381 LGA A 217 A 217 0.429 0 0.051 0.062 0.469 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.611 0 0.020 0.094 1.215 90.909 85.152 1.215 LGA H 219 H 219 0.501 0 0.000 0.105 0.881 90.909 85.455 0.881 LGA L 220 L 220 0.392 0 0.000 0.074 0.536 100.000 97.727 0.536 LGA T 221 T 221 0.329 0 0.000 0.027 0.389 100.000 100.000 0.280 LGA N 222 N 222 0.356 0 0.044 0.064 0.524 100.000 97.727 0.524 LGA L 223 L 223 0.562 0 0.044 0.067 0.833 86.364 84.091 0.803 LGA Q 224 Q 224 0.541 0 0.042 0.163 1.119 90.909 84.040 0.834 LGA I 225 I 225 0.449 0 0.051 0.100 0.480 100.000 100.000 0.230 LGA P 226 P 226 0.477 0 0.033 0.063 0.700 90.909 87.013 0.700 LGA T 227 T 227 0.426 0 0.032 0.075 0.565 100.000 97.403 0.565 LGA P 228 P 228 0.542 0 0.085 0.091 0.542 86.364 89.610 0.456 LGA S 229 S 229 0.662 0 0.147 0.151 0.780 81.818 84.848 0.383 LGA G 230 G 230 0.751 0 0.066 0.066 1.072 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.202 0 0.027 0.490 1.350 100.000 92.121 1.350 LGA K 232 K 232 0.217 0 0.093 0.248 0.805 95.455 95.960 0.805 LGA R 233 R 233 0.112 0 0.033 1.107 5.649 100.000 54.876 3.592 LGA W 234 W 234 0.282 0 0.036 0.139 0.543 100.000 96.104 0.516 LGA N 235 N 235 0.638 0 0.015 0.540 2.678 90.909 75.682 2.678 LGA Q 236 Q 236 0.518 0 0.000 0.764 2.873 90.909 71.515 2.873 LGA Y 237 Y 237 0.563 0 0.058 0.145 0.817 86.364 83.333 0.817 LGA T 238 T 238 0.344 0 0.000 0.030 0.384 100.000 100.000 0.384 LGA I 239 I 239 0.143 0 0.023 0.112 0.434 100.000 100.000 0.434 LGA K 240 K 240 0.427 0 0.000 0.227 2.821 100.000 73.737 2.821 LGA A 241 A 241 0.347 0 0.088 0.092 0.547 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.096 0 0.037 0.064 0.247 100.000 100.000 0.247 LGA L 243 L 243 0.199 0 0.025 0.052 0.463 100.000 100.000 0.229 LGA Q 244 Q 244 0.173 0 0.030 0.265 0.915 100.000 95.960 0.645 LGA N 245 N 245 0.206 0 0.020 0.091 0.568 100.000 97.727 0.568 LGA E 246 E 246 0.260 0 0.018 0.461 1.339 100.000 94.141 0.904 LGA V 247 V 247 0.254 0 0.000 0.031 0.311 100.000 100.000 0.288 LGA Y 248 Y 248 0.315 0 0.035 0.128 1.212 100.000 89.545 1.212 LGA I 249 I 249 0.220 0 0.010 0.024 0.345 100.000 100.000 0.329 LGA G 250 G 250 0.174 0 0.058 0.058 0.346 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.229 0 0.038 0.045 0.363 100.000 100.000 0.279 LGA V 252 V 252 0.364 0 0.052 0.110 0.688 95.455 94.805 0.688 LGA K 253 K 253 0.432 0 0.056 0.127 0.747 100.000 89.899 0.667 LGA Y 254 Y 254 0.580 0 0.024 0.245 2.359 90.909 70.606 2.359 LGA K 255 K 255 0.825 0 0.000 0.178 1.580 81.818 76.566 1.580 LGA V 256 V 256 0.992 0 0.054 0.059 1.064 73.636 77.143 0.987 LGA R 257 R 257 1.177 0 0.099 1.055 4.969 61.818 48.595 2.181 LGA E 258 E 258 1.337 0 0.062 0.331 2.471 58.182 52.929 2.471 LGA K 259 K 259 1.968 0 0.040 0.720 2.521 50.909 48.485 1.444 LGA T 260 T 260 2.159 0 0.013 0.103 2.727 32.727 36.883 2.065 LGA K 261 K 261 3.205 0 0.017 0.183 4.614 18.636 14.949 4.614 LGA D 262 D 262 2.917 0 0.026 0.867 3.881 27.273 22.045 3.881 LGA G 263 G 263 2.778 0 0.021 0.021 2.778 30.000 30.000 - LGA K 264 K 264 1.847 0 0.076 0.433 2.046 47.727 55.960 1.038 LGA R 265 R 265 1.651 0 0.086 0.922 4.430 58.182 48.430 4.430 LGA T 266 T 266 1.377 0 0.047 0.077 1.537 61.818 63.377 1.308 LGA I 267 I 267 0.948 0 0.033 0.069 1.122 73.636 75.682 1.122 LGA R 268 R 268 0.573 0 0.033 0.970 2.762 90.909 77.355 2.762 LGA P 269 P 269 0.240 0 0.000 0.023 0.504 100.000 97.403 0.504 LGA E 270 E 270 0.416 0 0.000 0.223 1.017 100.000 86.263 1.009 LGA K 271 K 271 0.659 0 0.046 0.757 5.224 81.818 51.717 5.224 LGA E 272 E 272 0.475 0 0.046 0.128 1.632 100.000 81.010 1.632 LGA Q 273 Q 273 0.293 0 0.044 0.102 0.576 100.000 97.980 0.576 LGA I 274 I 274 0.243 0 0.030 0.102 0.771 100.000 97.727 0.771 LGA V 275 V 275 0.205 0 0.000 0.030 0.423 100.000 100.000 0.423 LGA V 276 V 276 0.276 0 0.057 0.062 0.566 100.000 97.403 0.402 LGA Q 277 Q 277 0.193 0 0.045 0.587 2.838 100.000 79.596 2.838 LGA D 278 D 278 0.183 0 0.032 0.208 0.718 100.000 97.727 0.718 LGA A 279 A 279 0.213 0 0.017 0.025 0.290 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.123 0 0.029 0.211 0.539 100.000 98.182 0.468 LGA A 281 A 281 0.266 0 0.030 0.025 0.372 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.274 0 0.041 0.055 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA I 283 I 283 0.422 0 0.047 0.060 0.667 95.455 95.455 0.452 LGA I 284 I 284 0.315 0 0.000 0.067 0.324 100.000 100.000 0.224 LGA D 285 D 285 0.437 0 0.008 0.502 1.313 100.000 89.091 1.313 LGA K 286 K 286 0.475 0 0.000 0.261 1.180 95.455 88.081 1.180 LGA E 287 E 287 0.537 0 0.027 0.280 1.971 90.909 77.172 1.564 LGA Q 288 Q 288 0.358 0 0.021 0.265 1.822 100.000 83.232 1.520 LGA F 289 F 289 0.253 0 0.018 0.107 0.466 100.000 100.000 0.409 LGA Q 290 Q 290 0.459 0 0.031 1.201 3.494 100.000 71.515 3.494 LGA Q 291 Q 291 0.271 0 0.041 0.105 0.595 100.000 97.980 0.497 LGA S 292 S 292 0.061 0 0.046 0.058 0.349 100.000 100.000 0.070 LGA Q 293 Q 293 0.417 0 0.000 0.222 0.730 90.909 89.899 0.730 LGA V 294 V 294 0.627 0 0.029 0.052 0.786 81.818 81.818 0.757 LGA K 295 K 295 0.340 0 0.044 0.128 0.881 90.909 89.899 0.867 LGA I 296 I 296 0.815 0 0.014 0.077 1.307 73.636 80.000 0.495 LGA A 297 A 297 1.344 0 0.088 0.102 2.040 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.079 0 0.017 0.217 2.159 55.000 68.636 1.311 LGA K 299 K 299 3.208 0 0.370 0.907 14.363 43.182 19.192 14.363 LGA V 300 V 300 1.900 0 0.152 0.161 4.255 47.727 31.429 4.255 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.012 0.976 1.850 85.667 80.277 67.471 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.01 94.074 97.167 12.141 LGA_LOCAL RMSD: 1.012 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.012 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.012 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.233214 * X + 0.970733 * Y + 0.057354 * Z + 153.804092 Y_new = 0.494525 * X + 0.169178 * Y + -0.852540 * Z + 148.410477 Z_new = -0.837291 * X + -0.170461 * Y + -0.519506 * Z + 141.392471 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.011460 0.992310 -2.824540 [DEG: 115.2482 56.8552 -161.8342 ] ZXZ: 0.067173 2.117069 -1.771638 [DEG: 3.8487 121.2991 -101.5074 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS369_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS369_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.01 97.167 1.01 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS369_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.856 184.856 153.261 1.00 87.10 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.287 185.598 154.394 1.00 87.17 C ATOM 1347 C GLY 165 151.769 185.476 154.541 1.00 88.56 C ATOM 1348 O GLY 165 151.158 186.241 155.289 1.00 86.11 O ATOM 1349 N LYS 166 151.131 184.527 153.852 1.00 88.29 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.692 184.272 153.965 1.00 88.22 C ATOM 1351 C LYS 166 149.391 183.486 155.247 1.00 88.99 C ATOM 1352 O LYS 166 150.127 182.575 155.626 1.00 87.14 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.153 183.560 152.705 1.00 86.84 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.299 184.413 151.422 1.00 84.10 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.733 183.741 150.161 1.00 80.72 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.904 184.673 148.951 1.00 75.71 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.381 184.140 147.666 1.00 68.64 N ATOM 1358 N TRP 167 148.281 183.812 155.898 1.00 90.01 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.805 183.092 157.082 1.00 90.82 C ATOM 1360 C TRP 167 146.972 181.878 156.663 1.00 90.36 C ATOM 1361 O TRP 167 145.906 182.020 156.068 1.00 87.41 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.012 184.034 157.980 1.00 90.10 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.650 183.424 159.292 1.00 90.34 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.501 182.775 159.579 1.00 87.50 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.469 183.368 160.501 1.00 89.03 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.547 182.325 160.896 1.00 87.28 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.734 182.665 161.488 1.00 88.42 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.749 183.849 160.840 1.00 88.28 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.259 182.439 162.778 1.00 87.83 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.266 183.626 162.124 1.00 86.44 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.527 182.923 163.080 1.00 85.89 C ATOM 1372 N ILE 168 147.450 180.687 156.983 1.00 87.23 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.871 179.408 156.537 1.00 85.47 C ATOM 1374 C ILE 168 146.365 178.563 157.716 1.00 84.14 C ATOM 1375 O ILE 168 145.629 177.595 157.544 1.00 77.74 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.905 178.647 155.671 1.00 82.16 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.467 179.559 154.551 1.00 77.41 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.301 177.387 155.033 1.00 74.87 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.660 178.950 153.829 1.00 70.94 C ATOM 1380 N SER 169 146.733 178.940 158.927 1.00 84.51 N ATOM 1381 CA SER 169 146.259 178.304 160.156 1.00 82.89 C ATOM 1382 C SER 169 144.795 178.661 160.455 1.00 82.06 C ATOM 1383 O SER 169 144.154 179.366 159.685 1.00 75.85 O ATOM 1384 CB SER 169 147.197 178.664 161.303 1.00 79.33 C ATOM 1385 OG SER 169 148.476 178.123 161.061 1.00 74.71 O ATOM 1386 N GLY 170 144.259 178.143 161.556 1.00 80.37 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.847 178.301 161.918 1.00 80.02 C ATOM 1388 C GLY 170 142.431 179.737 162.258 1.00 82.66 C ATOM 1389 O GLY 170 142.466 180.626 161.419 1.00 79.44 O ATOM 1390 N LEU 171 142.025 179.958 163.509 1.00 83.39 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.606 181.280 163.986 1.00 83.25 C ATOM 1392 C LEU 171 142.758 182.284 163.885 1.00 84.32 C ATOM 1393 O LEU 171 143.890 181.974 164.258 1.00 82.24 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.105 181.169 165.435 1.00 80.47 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.745 180.458 165.567 1.00 76.56 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.525 179.989 167.001 1.00 70.17 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.585 181.391 165.188 1.00 69.19 C ATOM 1398 N ALA 172 142.430 183.491 163.414 1.00 86.63 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.362 184.607 163.449 1.00 87.01 C ATOM 1400 C ALA 172 143.734 184.956 164.908 1.00 88.07 C ATOM 1401 O ALA 172 142.905 184.768 165.807 1.00 86.01 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.733 185.797 162.715 1.00 84.94 C ATOM 1403 N PRO 173 144.945 185.452 165.167 1.00 88.76 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.326 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