####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS369_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS369_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 82 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 102 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 5 99 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 57 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 12 109 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 13 97 119 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 106 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 63 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 81 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 58 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 85 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 84 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 85 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 45 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 52 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 17 32 121 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 7 75 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 114 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 84.44 92.59 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.45 0.60 0.72 0.76 0.85 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.508 0 0.032 0.032 0.535 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.412 0 0.035 0.132 0.912 95.455 93.939 0.912 LGA W 167 W 167 0.255 0 0.221 0.227 0.569 95.455 98.701 0.343 LGA I 168 I 168 0.777 0 0.000 0.737 1.595 81.818 73.864 1.295 LGA S 169 S 169 1.310 0 0.419 0.391 2.295 69.545 61.212 2.295 LGA G 170 G 170 1.721 0 0.068 0.068 1.721 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.959 0 0.057 1.404 5.473 77.727 52.727 2.677 LGA A 172 A 172 0.580 0 0.018 0.029 0.777 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.220 0 0.000 0.084 0.266 100.000 100.000 0.242 LGA Y 174 Y 174 0.404 0 0.022 0.216 1.350 100.000 86.667 1.350 LGA G 175 G 175 0.276 0 0.063 0.063 0.301 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.288 0 0.020 0.170 0.542 100.000 96.970 0.272 LGA Q 177 Q 177 0.485 0 0.057 0.254 1.010 95.455 88.081 0.635 LGA L 178 L 178 0.329 0 0.135 0.195 1.683 90.909 82.500 1.683 LGA N 179 N 179 1.248 0 0.173 0.631 4.760 59.091 35.909 4.760 LGA K 180 K 180 4.163 0 0.285 0.968 13.770 14.091 6.263 13.770 LGA K 181 K 181 1.593 0 0.452 1.173 11.797 65.909 31.313 11.797 LGA T 182 T 182 0.776 0 0.022 1.115 3.425 81.818 70.390 3.425 LGA S 183 S 183 0.725 0 0.110 0.097 1.052 86.364 82.121 0.966 LGA K 184 K 184 0.828 0 0.072 0.867 2.766 81.818 72.121 2.766 LGA L 185 L 185 0.347 0 0.067 0.076 0.594 95.455 97.727 0.426 LGA D 186 D 186 0.117 0 0.038 0.152 0.888 100.000 97.727 0.399 LGA P 187 P 187 0.463 0 0.040 0.074 1.075 86.818 87.273 0.638 LGA V 188 V 188 0.675 0 0.000 0.013 0.777 81.818 81.818 0.777 LGA E 189 E 189 0.686 0 0.031 0.192 0.747 81.818 81.818 0.603 LGA D 190 D 190 0.641 0 0.029 0.043 1.018 86.364 82.045 1.018 LGA E 191 E 191 0.441 0 0.000 0.020 0.693 95.455 87.879 0.693 LGA A 192 A 192 0.291 0 0.019 0.015 0.353 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.301 0 0.052 0.093 0.560 100.000 95.960 0.484 LGA V 194 V 194 0.271 0 0.000 0.041 0.398 100.000 100.000 0.398 LGA V 195 V 195 0.143 0 0.000 0.000 0.279 100.000 100.000 0.142 LGA Q 196 Q 196 0.175 0 0.026 0.255 1.226 100.000 90.303 1.070 LGA L 197 L 197 0.299 0 0.000 0.042 0.399 100.000 100.000 0.399 LGA I 198 I 198 0.228 0 0.044 0.073 0.359 100.000 100.000 0.312 LGA F 199 F 199 0.225 0 0.013 0.046 0.253 100.000 100.000 0.109 LGA N 200 N 200 0.317 0 0.026 0.896 3.112 100.000 81.136 3.112 LGA I 201 I 201 0.163 0 0.000 0.034 0.211 100.000 100.000 0.061 LGA F 202 F 202 0.204 0 0.000 0.021 0.256 100.000 100.000 0.230 LGA L 203 L 203 0.315 0 0.029 0.061 0.646 100.000 95.455 0.645 LGA N 204 N 204 0.334 0 0.013 0.088 1.170 100.000 88.864 0.876 LGA G 205 G 205 0.409 0 0.044 0.044 0.497 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.437 0 0.026 0.164 0.679 86.364 90.909 0.379 LGA N 207 N 207 0.735 0 0.000 0.214 1.565 81.818 75.909 0.920 LGA G 208 G 208 0.968 0 0.072 0.072 1.463 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.161 0 0.058 0.147 1.913 65.455 60.606 1.913 LGA D 210 D 210 1.193 0 0.085 0.759 1.814 69.545 65.909 1.814 LGA Y 211 Y 211 1.822 0 0.119 0.598 2.090 54.545 51.061 1.775 LGA S 212 S 212 2.296 0 0.638 0.784 5.868 36.364 26.061 5.868 LGA Y 213 Y 213 3.101 0 0.164 1.102 14.592 39.545 13.333 14.592 LGA A 215 A 215 1.121 0 0.198 0.216 2.115 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.439 0 0.000 0.145 0.526 95.455 95.455 0.508 LGA A 217 A 217 0.322 0 0.054 0.065 0.391 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.552 0 0.013 0.117 1.329 90.909 85.152 1.329 LGA H 219 H 219 0.345 0 0.012 0.097 0.734 100.000 94.545 0.734 LGA L 220 L 220 0.279 0 0.013 0.081 0.464 100.000 100.000 0.464 LGA T 221 T 221 0.267 0 0.000 0.028 0.372 100.000 100.000 0.203 LGA N 222 N 222 0.382 0 0.048 0.068 0.543 95.455 95.455 0.514 LGA L 223 L 223 0.516 0 0.039 0.069 0.787 86.364 84.091 0.657 LGA Q 224 Q 224 0.479 0 0.045 0.162 0.891 95.455 89.899 0.706 LGA I 225 I 225 0.435 0 0.050 0.099 0.447 100.000 100.000 0.140 LGA P 226 P 226 0.430 0 0.035 0.064 0.685 90.909 87.013 0.685 LGA T 227 T 227 0.352 0 0.040 0.079 0.494 100.000 100.000 0.494 LGA P 228 P 228 0.528 0 0.085 0.089 0.540 90.909 92.208 0.432 LGA S 229 S 229 0.635 0 0.151 0.160 0.744 81.818 84.848 0.331 LGA G 230 G 230 0.730 0 0.059 0.059 1.074 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.219 0 0.029 0.480 1.244 100.000 92.121 1.244 LGA K 232 K 232 0.248 0 0.087 0.252 0.658 95.455 95.960 0.658 LGA R 233 R 233 0.103 0 0.044 1.109 5.555 100.000 56.033 3.456 LGA W 234 W 234 0.317 0 0.035 0.136 0.582 100.000 94.805 0.529 LGA N 235 N 235 0.481 0 0.014 0.571 2.253 95.455 81.136 2.253 LGA Q 236 Q 236 0.488 0 0.000 0.996 3.790 100.000 72.323 3.790 LGA Y 237 Y 237 0.506 0 0.058 0.152 0.777 86.364 84.848 0.684 LGA T 238 T 238 0.380 0 0.011 0.041 0.430 100.000 100.000 0.430 LGA I 239 I 239 0.268 0 0.030 0.125 0.397 100.000 100.000 0.397 LGA K 240 K 240 0.490 0 0.025 0.220 2.856 100.000 73.737 2.856 LGA A 241 A 241 0.365 0 0.087 0.092 0.552 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.049 0 0.036 0.067 0.187 100.000 100.000 0.121 LGA L 243 L 243 0.123 0 0.039 0.059 0.418 100.000 100.000 0.177 LGA Q 244 Q 244 0.059 0 0.042 0.244 1.016 100.000 92.121 0.729 LGA N 245 N 245 0.110 0 0.018 0.087 0.434 100.000 100.000 0.434 LGA E 246 E 246 0.126 0 0.035 0.460 1.412 100.000 92.121 0.964 LGA V 247 V 247 0.164 0 0.000 0.035 0.321 100.000 100.000 0.271 LGA Y 248 Y 248 0.234 0 0.035 0.120 1.072 100.000 91.061 1.072 LGA I 249 I 249 0.147 0 0.021 0.029 0.240 100.000 100.000 0.144 LGA G 250 G 250 0.171 0 0.048 0.048 0.213 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.115 0 0.037 0.045 0.274 100.000 100.000 0.106 LGA V 252 V 252 0.306 0 0.046 0.112 0.684 100.000 97.403 0.684 LGA K 253 K 253 0.505 0 0.058 0.144 0.847 95.455 87.879 0.723 LGA Y 254 Y 254 0.534 0 0.028 0.257 2.377 95.455 70.909 2.377 LGA K 255 K 255 0.680 0 0.000 0.173 1.457 81.818 80.000 1.457 LGA V 256 V 256 0.869 0 0.051 0.058 0.971 81.818 81.818 0.849 LGA R 257 R 257 1.043 0 0.096 1.047 5.518 69.545 46.942 3.249 LGA E 258 E 258 1.076 0 0.048 0.315 1.880 65.455 63.838 1.880 LGA K 259 K 259 1.662 0 0.051 0.169 2.324 54.545 46.869 2.324 LGA T 260 T 260 1.648 0 0.024 0.166 2.101 47.727 49.091 1.588 LGA K 261 K 261 2.457 0 0.035 0.425 4.347 32.727 27.475 4.347 LGA D 262 D 262 2.249 0 0.024 0.222 2.249 38.182 50.455 1.290 LGA G 263 G 263 2.334 0 0.000 0.000 2.334 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.647 0 0.110 0.316 1.881 50.909 59.192 0.970 LGA R 265 R 265 1.465 0 0.065 0.927 4.622 65.455 48.595 4.622 LGA T 266 T 266 1.146 0 0.047 0.072 1.305 73.636 70.130 1.028 LGA I 267 I 267 0.763 0 0.027 0.072 1.037 81.818 79.773 1.037 LGA R 268 R 268 0.303 0 0.019 0.989 2.614 100.000 79.835 2.614 LGA P 269 P 269 0.169 0 0.000 0.021 0.301 100.000 100.000 0.180 LGA E 270 E 270 0.567 0 0.000 0.232 1.134 86.364 80.202 1.109 LGA K 271 K 271 0.761 0 0.059 0.727 5.262 81.818 51.515 5.262 LGA E 272 E 272 0.436 0 0.042 0.090 1.054 95.455 88.081 1.054 LGA Q 273 Q 273 0.131 0 0.043 0.109 0.595 100.000 97.980 0.595 LGA I 274 I 274 0.136 0 0.033 0.101 0.651 100.000 97.727 0.651 LGA V 275 V 275 0.295 0 0.000 0.031 0.507 95.455 97.403 0.483 LGA V 276 V 276 0.247 0 0.060 0.066 0.559 100.000 97.403 0.356 LGA Q 277 Q 277 0.119 0 0.046 0.587 2.822 100.000 79.596 2.822 LGA D 278 D 278 0.135 0 0.035 0.200 0.587 100.000 97.727 0.587 LGA A 279 A 279 0.183 0 0.013 0.023 0.253 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.230 0 0.024 0.215 0.512 100.000 98.182 0.392 LGA A 281 A 281 0.298 0 0.026 0.022 0.378 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.216 0 0.045 0.058 0.283 100.000 100.000 0.270 LGA I 283 I 283 0.413 0 0.039 0.067 0.656 95.455 95.455 0.459 LGA I 284 I 284 0.298 0 0.000 0.061 0.298 100.000 100.000 0.248 LGA D 285 D 285 0.372 0 0.000 0.205 0.855 100.000 97.727 0.855 LGA K 286 K 286 0.385 0 0.000 0.245 1.283 100.000 90.101 1.283 LGA E 287 E 287 0.614 0 0.023 0.291 2.207 86.364 72.121 1.578 LGA Q 288 Q 288 0.466 0 0.015 0.541 1.464 95.455 82.424 1.464 LGA F 289 F 289 0.115 0 0.035 0.121 0.400 100.000 100.000 0.333 LGA Q 290 Q 290 0.343 0 0.025 0.121 0.515 100.000 97.980 0.515 LGA Q 291 Q 291 0.293 0 0.033 0.116 0.659 100.000 93.939 0.641 LGA S 292 S 292 0.018 0 0.052 0.059 0.276 100.000 100.000 0.123 LGA Q 293 Q 293 0.330 0 0.000 0.200 0.654 95.455 93.939 0.654 LGA V 294 V 294 0.493 0 0.033 0.055 0.682 100.000 92.208 0.635 LGA K 295 K 295 0.247 0 0.045 0.159 0.774 95.455 93.939 0.607 LGA I 296 I 296 0.680 0 0.028 0.074 1.133 82.273 86.591 0.397 LGA A 297 A 297 1.138 0 0.088 0.103 1.782 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.899 0 0.018 0.216 1.799 66.364 76.364 0.935 LGA K 299 K 299 3.129 0 0.354 0.690 14.027 46.364 20.606 14.027 LGA V 300 V 300 1.847 0 0.122 0.120 4.548 54.545 33.766 4.548 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.922 0.868 1.808 87.714 82.462 70.466 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.185 97.768 13.207 LGA_LOCAL RMSD: 0.922 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.922 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.922 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.081152 * X + -0.754467 * Y + 0.651302 * Z + 153.085724 Y_new = 0.948735 * X + 0.258750 * Y + 0.181523 * Z + 152.793289 Z_new = -0.305477 * X + 0.603182 * Y + 0.736787 * Z + 136.903030 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.485467 0.310440 0.686019 [DEG: 85.1110 17.7869 39.3060 ] ZXZ: 1.842607 0.742490 -0.468789 [DEG: 105.5736 42.5415 -26.8596 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS369_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS369_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.768 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS369_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.914 185.042 153.340 1.00 86.10 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.324 185.785 154.462 1.00 86.28 C ATOM 1347 C GLY 165 151.802 185.659 154.582 1.00 87.67 C ATOM 1348 O GLY 165 151.175 186.432 155.304 1.00 85.03 O ATOM 1349 N LYS 166 151.187 184.695 153.890 1.00 87.25 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.748 184.434 153.982 1.00 87.12 C ATOM 1351 C LYS 166 149.434 183.638 155.255 1.00 87.97 C ATOM 1352 O LYS 166 150.165 182.722 155.629 1.00 85.97 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.228 183.733 152.709 1.00 85.66 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.396 184.600 151.438 1.00 82.78 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.865 183.945 150.154 1.00 79.45 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.081 184.898 148.963 1.00 74.16 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.640 184.368 147.643 1.00 67.35 N ATOM 1358 N TRP 167 148.323 183.970 155.910 1.00 88.51 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.849 183.240 157.092 1.00 89.12 C ATOM 1360 C TRP 167 147.038 182.016 156.673 1.00 88.67 C ATOM 1361 O TRP 167 146.008 182.139 156.017 1.00 85.80 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.038 184.171 157.984 1.00 88.44 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.695 183.558 159.300 1.00 88.74 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.562 182.890 159.599 1.00 85.61 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.529 183.516 160.503 1.00 87.27 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.628 182.443 160.915 1.00 85.51 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.814 182.803 161.498 1.00 86.70 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.806 184.017 160.826 1.00 86.34 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.362 182.583 162.783 1.00 85.90 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.341 183.802 162.106 1.00 84.26 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.624 183.086 163.072 1.00 83.75 C ATOM 1372 N ILE 168 147.500 180.837 157.056 1.00 86.33 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.958 179.549 156.597 1.00 84.57 C ATOM 1374 C ILE 168 146.350 178.734 157.748 1.00 83.54 C ATOM 1375 O ILE 168 145.513 177.860 157.534 1.00 77.66 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.075 178.761 155.873 1.00 81.36 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.674 179.598 154.715 1.00 76.75 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.564 177.420 155.321 1.00 74.57 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.987 179.020 154.199 1.00 70.64 C ATOM 1380 N SER 169 146.764 179.024 158.976 1.00 83.51 N ATOM 1381 CA SER 169 146.338 178.276 160.153 1.00 82.06 C ATOM 1382 C SER 169 145.078 178.867 160.775 1.00 80.85 C ATOM 1383 O SER 169 145.002 180.069 160.970 1.00 74.25 O ATOM 1384 CB SER 169 147.456 178.267 161.186 1.00 78.51 C ATOM 1385 OG SER 169 148.637 177.726 160.641 1.00 73.51 O ATOM 1386 N GLY 170 144.132 178.003 161.124 1.00 78.58 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.004 178.193 162.044 1.00 77.62 C ATOM 1388 C GLY 170 142.457 179.610 162.259 1.00 80.39 C ATOM 1389 O GLY 170 142.250 180.374 161.324 1.00 76.81 O ATOM 1390 N LEU 171 142.198 179.925 163.538 1.00 81.45 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.731 181.240 163.971 1.00 81.38 C ATOM 1392 C LEU 171 142.849 182.274 163.834 1.00 82.52 C ATOM 1393 O LEU 171 144.000 181.993 164.173 1.00 80.27 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.243 181.156 165.429 1.00 78.37 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.916 180.392 165.592 1.00 74.20 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.752 179.911 167.026 1.00 68.30 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.716 181.280 165.247 1.00 67.51 C ATOM 1398 N ALA 172 142.478 183.469 163.387 1.00 85.03 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.378 184.615 163.417 1.00 85.21 C ATOM 1400 C ALA 172 143.767 184.962 164.872 1.00 86.18 C ATOM 1401 O ALA 172 142.963 184.747 165.784 1.00 84.11 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.703 185.788 162.704 1.00 83.17 C ATOM 1403 N PRO 173 144.974 185.484 165.112 1.00 87.65 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.363 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