####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS369_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS369_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 67 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 103 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 19 100 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 47 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 28 105 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 24 42 72 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 106 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 68 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 55 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 55 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 81 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 60 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 19 105 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 19 107 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 6 112 121 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 9 72 121 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 112 125 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 82.96 92.59 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.47 0.60 0.72 0.75 0.79 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.550 0 0.028 0.028 0.550 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.471 0 0.025 0.127 1.172 100.000 88.081 1.172 LGA W 167 W 167 0.257 0 0.213 0.219 0.561 95.455 98.701 0.339 LGA I 168 I 168 0.875 0 0.018 0.751 1.724 81.818 71.818 1.214 LGA S 169 S 169 1.310 0 0.548 0.572 2.657 60.000 54.848 2.147 LGA G 170 G 170 1.529 0 0.129 0.129 1.809 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.068 0 0.037 1.378 5.545 69.545 48.636 2.694 LGA A 172 A 172 0.564 0 0.020 0.031 0.795 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.334 0 0.013 0.096 0.394 100.000 100.000 0.235 LGA Y 174 Y 174 0.505 0 0.008 0.210 1.303 86.364 80.606 1.303 LGA G 175 G 175 0.301 0 0.059 0.059 0.392 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.348 0 0.000 0.164 0.478 100.000 100.000 0.200 LGA Q 177 Q 177 0.597 0 0.059 0.250 0.922 86.364 83.838 0.685 LGA L 178 L 178 0.458 0 0.128 0.196 1.712 90.909 82.500 1.712 LGA N 179 N 179 1.185 0 0.165 0.651 4.697 62.273 37.500 4.697 LGA K 180 K 180 3.895 0 0.281 0.967 13.510 20.455 9.091 13.510 LGA K 181 K 181 1.653 0 0.457 0.958 10.258 65.909 30.707 10.258 LGA T 182 T 182 0.802 0 0.020 1.116 3.499 81.818 70.390 3.499 LGA S 183 S 183 0.847 0 0.115 0.102 1.239 82.273 76.667 1.209 LGA K 184 K 184 0.855 0 0.069 0.862 2.714 77.727 70.303 2.714 LGA L 185 L 185 0.439 0 0.066 0.077 0.677 95.455 97.727 0.426 LGA D 186 D 186 0.256 0 0.034 0.154 0.810 100.000 97.727 0.294 LGA P 187 P 187 0.573 0 0.042 0.071 1.183 82.273 82.078 0.700 LGA V 188 V 188 0.731 0 0.007 0.009 0.797 81.818 81.818 0.797 LGA E 189 E 189 0.690 0 0.035 0.210 0.816 81.818 81.818 0.630 LGA D 190 D 190 0.606 0 0.028 0.046 0.941 86.364 84.091 0.941 LGA E 191 E 191 0.405 0 0.000 0.000 0.695 95.455 89.899 0.695 LGA A 192 A 192 0.289 0 0.014 0.017 0.364 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.290 0 0.042 0.082 0.573 100.000 93.939 0.517 LGA V 194 V 194 0.238 0 0.000 0.039 0.351 100.000 100.000 0.351 LGA V 195 V 195 0.120 0 0.000 0.015 0.233 100.000 100.000 0.125 LGA Q 196 Q 196 0.180 0 0.017 0.254 1.253 100.000 92.121 0.967 LGA L 197 L 197 0.270 0 0.000 0.042 0.365 100.000 100.000 0.365 LGA I 198 I 198 0.204 0 0.035 0.068 0.356 100.000 100.000 0.306 LGA F 199 F 199 0.215 0 0.007 0.041 0.258 100.000 100.000 0.095 LGA N 200 N 200 0.253 0 0.021 0.699 1.981 100.000 89.318 1.981 LGA I 201 I 201 0.124 0 0.015 0.043 0.193 100.000 100.000 0.053 LGA F 202 F 202 0.189 0 0.000 0.019 0.354 100.000 100.000 0.352 LGA L 203 L 203 0.267 0 0.029 0.061 0.491 100.000 100.000 0.490 LGA N 204 N 204 0.277 0 0.009 0.095 1.135 100.000 88.864 0.815 LGA G 205 G 205 0.415 0 0.044 0.044 0.486 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.457 0 0.020 0.075 0.720 86.364 90.909 0.347 LGA N 207 N 207 0.828 0 0.000 0.184 1.490 81.818 77.727 0.963 LGA G 208 G 208 1.037 0 0.093 0.093 1.515 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.169 0 0.061 0.211 2.834 65.455 56.566 2.834 LGA D 210 D 210 1.144 0 0.081 0.848 2.557 69.545 60.909 2.557 LGA Y 211 Y 211 1.792 0 0.129 0.591 2.014 54.545 51.061 1.713 LGA S 212 S 212 2.281 0 0.640 0.789 5.919 36.364 26.061 5.919 LGA Y 213 Y 213 3.048 0 0.163 1.115 14.506 39.545 13.333 14.506 LGA A 215 A 215 1.071 0 0.197 0.215 2.059 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.399 0 0.000 0.145 0.481 100.000 100.000 0.477 LGA A 217 A 217 0.276 0 0.052 0.065 0.350 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.476 0 0.022 0.108 1.208 100.000 91.212 1.208 LGA H 219 H 219 0.271 0 0.000 0.096 0.681 100.000 94.545 0.681 LGA L 220 L 220 0.196 0 0.000 0.078 0.404 100.000 100.000 0.404 LGA T 221 T 221 0.189 0 0.000 0.023 0.302 100.000 100.000 0.146 LGA N 222 N 222 0.312 0 0.048 0.067 0.536 95.455 97.727 0.405 LGA L 223 L 223 0.469 0 0.037 0.070 0.704 100.000 95.455 0.568 LGA Q 224 Q 224 0.448 0 0.041 0.157 0.971 95.455 89.899 0.825 LGA I 225 I 225 0.395 0 0.050 0.103 0.442 100.000 100.000 0.197 LGA P 226 P 226 0.374 0 0.036 0.063 0.620 100.000 94.805 0.620 LGA T 227 T 227 0.295 0 0.037 0.080 0.430 100.000 100.000 0.430 LGA P 228 P 228 0.463 0 0.080 0.088 0.468 100.000 100.000 0.394 LGA S 229 S 229 0.491 0 0.150 0.156 0.703 90.909 93.939 0.266 LGA G 230 G 230 0.670 0 0.055 0.055 1.155 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.301 0 0.034 0.481 1.402 100.000 92.121 1.402 LGA K 232 K 232 0.330 0 0.084 0.240 0.612 95.455 95.960 0.531 LGA R 233 R 233 0.181 0 0.029 1.093 5.527 100.000 55.537 3.488 LGA W 234 W 234 0.302 0 0.030 0.128 0.488 100.000 100.000 0.433 LGA N 235 N 235 0.508 0 0.005 0.507 2.347 90.909 78.864 2.347 LGA Q 236 Q 236 0.495 0 0.000 0.984 3.771 100.000 72.323 3.771 LGA Y 237 Y 237 0.518 0 0.060 0.151 0.770 86.364 83.333 0.656 LGA T 238 T 238 0.376 0 0.000 0.039 0.422 100.000 100.000 0.413 LGA I 239 I 239 0.243 0 0.029 0.115 0.380 100.000 100.000 0.380 LGA K 240 K 240 0.468 0 0.023 0.228 2.846 100.000 73.737 2.846 LGA A 241 A 241 0.292 0 0.081 0.087 0.449 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.099 0 0.047 0.069 0.272 100.000 100.000 0.145 LGA L 243 L 243 0.188 0 0.031 0.056 0.497 100.000 100.000 0.190 LGA Q 244 Q 244 0.136 0 0.040 0.253 1.005 100.000 92.121 0.751 LGA N 245 N 245 0.185 0 0.017 0.099 0.578 100.000 97.727 0.578 LGA E 246 E 246 0.243 0 0.030 0.460 1.452 100.000 92.121 0.901 LGA V 247 V 247 0.235 0 0.000 0.038 0.300 100.000 100.000 0.300 LGA Y 248 Y 248 0.315 0 0.028 0.118 1.110 100.000 89.545 1.110 LGA I 249 I 249 0.237 0 0.026 0.031 0.317 100.000 100.000 0.280 LGA G 250 G 250 0.238 0 0.055 0.055 0.253 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.129 0 0.035 0.043 0.233 100.000 100.000 0.230 LGA V 252 V 252 0.282 0 0.051 0.116 0.610 100.000 97.403 0.610 LGA K 253 K 253 0.495 0 0.063 0.136 0.705 95.455 87.879 0.582 LGA Y 254 Y 254 0.555 0 0.027 0.245 2.346 95.455 72.121 2.346 LGA K 255 K 255 0.791 0 0.000 0.154 1.056 81.818 80.000 1.056 LGA V 256 V 256 0.902 0 0.058 0.061 0.902 81.818 81.818 0.837 LGA R 257 R 257 0.929 0 0.096 1.051 5.040 73.636 54.380 3.079 LGA E 258 E 258 1.079 0 0.050 0.298 2.062 65.455 59.192 2.062 LGA K 259 K 259 1.473 0 0.052 0.182 1.821 65.455 58.990 1.710 LGA T 260 T 260 1.508 0 0.024 0.178 1.857 54.545 52.987 1.604 LGA K 261 K 261 2.103 0 0.026 0.323 3.510 41.364 35.354 3.510 LGA D 262 D 262 1.998 0 0.025 0.118 1.998 50.909 54.545 1.466 LGA G 263 G 263 1.892 0 0.000 0.000 1.892 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.269 0 0.105 0.327 1.380 65.455 70.909 0.755 LGA R 265 R 265 1.222 0 0.079 0.939 4.518 65.455 53.223 4.518 LGA T 266 T 266 1.168 0 0.046 0.068 1.252 69.545 67.792 1.147 LGA I 267 I 267 0.959 0 0.024 0.064 1.246 69.545 73.636 1.120 LGA R 268 R 268 0.839 0 0.024 0.962 2.945 81.818 74.050 2.945 LGA P 269 P 269 0.829 0 0.000 0.024 1.074 81.818 79.481 1.074 LGA E 270 E 270 0.411 0 0.015 0.709 1.836 95.455 77.374 1.836 LGA K 271 K 271 0.365 0 0.066 0.725 3.870 100.000 67.273 3.870 LGA E 272 E 272 0.482 0 0.055 0.096 1.632 100.000 82.828 1.632 LGA Q 273 Q 273 0.452 0 0.040 0.100 0.618 95.455 95.960 0.476 LGA I 274 I 274 0.305 0 0.031 0.102 0.763 100.000 97.727 0.763 LGA V 275 V 275 0.183 0 0.000 0.035 0.353 100.000 100.000 0.353 LGA V 276 V 276 0.232 0 0.061 0.071 0.522 100.000 97.403 0.340 LGA Q 277 Q 277 0.193 0 0.044 0.580 2.925 100.000 79.596 2.925 LGA D 278 D 278 0.207 0 0.036 0.199 0.759 100.000 97.727 0.759 LGA A 279 A 279 0.209 0 0.000 0.018 0.287 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.145 0 0.030 0.203 0.574 100.000 96.364 0.509 LGA A 281 A 281 0.289 0 0.030 0.028 0.403 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.260 0 0.049 0.060 0.357 100.000 100.000 0.357 LGA I 283 I 283 0.429 0 0.036 0.059 0.631 95.455 95.455 0.496 LGA I 284 I 284 0.354 0 0.011 0.072 0.379 100.000 100.000 0.271 LGA D 285 D 285 0.524 0 0.020 0.954 3.252 95.455 72.955 3.252 LGA K 286 K 286 0.490 0 0.000 0.259 1.242 100.000 88.081 1.242 LGA E 287 E 287 0.468 0 0.023 0.320 2.047 95.455 81.414 1.193 LGA Q 288 Q 288 0.319 0 0.012 0.345 2.449 100.000 80.202 1.731 LGA F 289 F 289 0.222 0 0.030 0.096 0.460 100.000 100.000 0.425 LGA Q 290 Q 290 0.378 0 0.018 1.251 3.653 100.000 70.303 3.653 LGA Q 291 Q 291 0.160 0 0.040 0.106 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA S 292 S 292 0.122 0 0.047 0.061 0.335 100.000 100.000 0.093 LGA Q 293 Q 293 0.393 0 0.000 0.203 0.696 90.909 91.919 0.626 LGA V 294 V 294 0.509 0 0.039 0.060 0.634 90.909 89.610 0.527 LGA K 295 K 295 0.444 0 0.046 0.167 0.995 90.909 87.879 0.854 LGA I 296 I 296 0.861 0 0.022 0.077 1.388 73.636 80.000 0.404 LGA A 297 A 297 1.378 0 0.085 0.099 2.109 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.329 0 0.000 0.206 2.434 51.818 69.091 0.636 LGA K 299 K 299 3.736 0 0.377 0.784 14.868 31.818 14.141 14.868 LGA V 300 V 300 2.002 0 0.162 0.950 4.436 41.364 27.532 3.830 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.916 0.872 1.794 87.579 82.177 69.351 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 95.000 97.658 13.289 LGA_LOCAL RMSD: 0.916 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.916 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.916 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.440887 * X + 0.101612 * Y + -0.891792 * Z + 153.870651 Y_new = -0.897475 * X + 0.036038 * Y + -0.439590 * Z + 150.192047 Z_new = -0.012529 * X + 0.994171 * Y + 0.107082 * Z + 138.500824 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.114171 0.012529 1.463500 [DEG: -63.8373 0.7179 83.8524 ] ZXZ: -1.112822 1.463508 -0.012602 [DEG: -63.7600 83.8528 -0.7220 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS369_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS369_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 97.658 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS369_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.817 184.967 153.248 1.00 86.43 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.279 185.735 154.382 1.00 86.58 C ATOM 1347 C GLY 165 151.758 185.660 154.536 1.00 87.97 C ATOM 1348 O GLY 165 151.170 186.469 155.255 1.00 85.34 O ATOM 1349 N LYS 166 151.094 184.708 153.871 1.00 87.35 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.655 184.482 154.001 1.00 87.31 C ATOM 1351 C LYS 166 149.354 183.698 155.283 1.00 88.07 C ATOM 1352 O LYS 166 150.091 182.785 155.656 1.00 86.11 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.084 183.787 152.744 1.00 85.89 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.229 184.646 151.464 1.00 83.07 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.655 183.984 150.198 1.00 79.73 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.828 184.929 148.994 1.00 74.48 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.349 184.383 147.692 1.00 67.58 N ATOM 1358 N TRP 167 148.252 184.034 155.945 1.00 88.50 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.785 183.314 157.133 1.00 89.10 C ATOM 1360 C TRP 167 146.955 182.098 156.725 1.00 88.77 C ATOM 1361 O TRP 167 145.900 182.232 156.108 1.00 85.89 O ATOM 1362 CB TRP 167 146.999 184.254 158.033 1.00 88.50 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.669 183.647 159.362 1.00 88.78 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.532 182.994 159.680 1.00 85.71 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.525 183.587 160.549 1.00 87.36 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.614 182.542 160.991 1.00 85.61 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.815 182.881 161.553 1.00 86.78 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.815 184.064 160.852 1.00 86.45 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.382 182.642 162.828 1.00 86.03 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.370 183.832 162.120 1.00 84.39 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.658 183.124 163.092 1.00 83.88 C ATOM 1372 N ILE 168 147.422 180.911 157.081 1.00 86.54 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.859 179.630 156.635 1.00 84.77 C ATOM 1374 C ILE 168 146.264 178.822 157.797 1.00 83.62 C ATOM 1375 O ILE 168 145.467 177.908 157.598 1.00 77.75 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.953 178.826 155.895 1.00 81.64 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.566 179.667 154.751 1.00 77.04 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.408 177.510 155.315 1.00 74.93 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.871 179.067 154.243 1.00 71.01 C ATOM 1380 N SER 169 146.645 179.160 159.017 1.00 83.40 N ATOM 1381 CA SER 169 146.119 178.535 160.226 1.00 82.16 C ATOM 1382 C SER 169 144.661 178.943 160.486 1.00 81.45 C ATOM 1383 O SER 169 144.097 179.756 159.763 1.00 75.18 O ATOM 1384 CB SER 169 147.035 178.856 161.399 1.00 78.45 C ATOM 1385 OG SER 169 148.304 178.279 161.185 1.00 73.44 O ATOM 1386 N GLY 170 144.043 178.344 161.502 1.00 78.78 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.622 178.536 161.790 1.00 77.90 C ATOM 1388 C GLY 170 142.246 179.952 162.221 1.00 80.69 C ATOM 1389 O GLY 170 142.158 180.862 161.407 1.00 77.09 O ATOM 1390 N LEU 171 142.010 180.140 163.525 1.00 81.45 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.651 181.449 164.068 1.00 81.38 C ATOM 1392 C LEU 171 142.816 182.426 163.916 1.00 82.63 C ATOM 1393 O LEU 171 143.957 182.095 164.250 1.00 80.48 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.239 181.306 165.543 1.00 78.30 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.897 180.580 165.746 1.00 74.08 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.738 180.169 167.207 1.00 68.17 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.708 181.470 165.367 1.00 67.31 C ATOM 1398 N ALA 172 142.496 183.634 163.454 1.00 85.20 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.443 184.735 163.473 1.00 85.64 C ATOM 1400 C ALA 172 143.848 185.067 164.927 1.00 86.58 C ATOM 1401 O ALA 172 143.041 184.878 165.844 1.00 84.55 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.815 185.940 162.763 1.00 83.58 C ATOM 1403 N PRO 173 145.071 185.551 165.163 1.00 88.05 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.472 186.050 166.470 1.00 88.21 C ATOM 1405 C PRO 173 144.568 187.203 166.909 1.00 88.80 C ATOM 1406 O PRO 173 144.066 187.963 166.080 1.00 87.23 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.921 186.515 166.316 1.00 86.59 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.401 185.826 165.046 1.00 83.22 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.146 185.700 164.202 1.00 86.28 C ATOM 1410 N TYR 174 144.383 187.357 168.211 1.00 89.39 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.656 188.500 168.759 1.00 89.70 C ATOM 1412 C TYR 174 144.315 189.813 168.329 1.00 89.71 C ATOM 1413 O TYR 174 145.534 189.909 168.328 1.00 87.59 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.606 188.365 170.277 1.00 89.24 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.720 189.395 170.933 1.00 90.11 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.273 190.452 171.674 1.00 83.33 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.321 189.303 170.788 1.00 83.96 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.438 191.407 172.275 1.00 82.82 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.480 190.256 171.380 1.00 83.03 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.044 191.307 172.126 1.00 87.41 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.217 192.234 172.700 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