####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS345_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS345_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.83 0.83 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.83 0.83 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.83 0.83 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 75 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 96 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 4 11 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 116 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 39 75 103 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 21 110 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 59 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 71 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 59 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 87 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 89 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 95 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 56 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 36 118 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 18 117 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 18 117 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 93 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 21 39 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 27 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 63 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 89 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 95 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 59 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 27 114 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 31 117 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 6 16 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 23 110 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 96 119 128 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 71.11 88.15 94.81 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.43 0.55 0.63 0.66 0.75 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 GDT RMS_ALL_AT 0.86 0.84 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.589 0 0.030 0.030 0.589 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.413 0 0.031 0.093 0.957 100.000 91.919 0.957 LGA W 167 W 167 0.240 0 0.220 0.234 0.601 95.455 98.701 0.396 LGA I 168 I 168 0.802 0 0.034 0.752 1.884 81.818 71.818 1.275 LGA S 169 S 169 1.414 0 0.371 0.803 2.868 78.182 63.030 2.868 LGA G 170 G 170 1.902 0 0.107 0.107 1.902 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.792 0 0.086 1.386 5.665 77.727 51.591 3.088 LGA A 172 A 172 0.395 0 0.014 0.020 0.552 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.119 0 0.015 0.220 0.547 100.000 97.403 0.547 LGA Y 174 Y 174 0.408 0 0.025 0.221 1.325 100.000 86.667 1.325 LGA G 175 G 175 0.257 0 0.060 0.060 0.334 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.319 0 0.000 0.163 0.448 100.000 100.000 0.217 LGA Q 177 Q 177 0.577 0 0.055 0.246 1.037 90.909 84.040 0.627 LGA L 178 L 178 0.347 0 0.131 0.211 1.772 90.909 82.500 1.772 LGA N 179 N 179 1.286 0 0.179 0.638 4.785 62.273 37.500 4.785 LGA K 180 K 180 4.034 0 0.289 0.967 13.659 19.091 8.485 13.659 LGA K 181 K 181 1.676 0 0.438 0.949 10.080 65.909 30.707 10.080 LGA T 182 T 182 0.826 0 0.018 1.112 3.443 81.818 70.390 3.443 LGA S 183 S 183 0.767 0 0.110 0.097 1.135 86.364 79.394 1.041 LGA K 184 K 184 0.778 0 0.063 0.874 2.734 81.818 72.121 2.734 LGA L 185 L 185 0.325 0 0.073 0.079 0.584 95.455 97.727 0.443 LGA D 186 D 186 0.220 0 0.036 0.143 0.774 100.000 97.727 0.343 LGA P 187 P 187 0.535 0 0.027 0.363 1.237 82.273 84.675 0.625 LGA V 188 V 188 0.742 0 0.005 0.014 0.810 81.818 81.818 0.810 LGA E 189 E 189 0.684 0 0.035 0.200 0.745 81.818 81.818 0.638 LGA D 190 D 190 0.610 0 0.035 0.045 0.961 86.364 84.091 0.961 LGA E 191 E 191 0.383 0 0.000 0.000 0.727 100.000 91.919 0.727 LGA A 192 A 192 0.286 0 0.032 0.026 0.371 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.265 0 0.043 0.088 0.538 100.000 95.960 0.464 LGA V 194 V 194 0.193 0 0.000 0.043 0.294 100.000 100.000 0.294 LGA V 195 V 195 0.097 0 0.000 0.000 0.195 100.000 100.000 0.101 LGA Q 196 Q 196 0.193 0 0.018 0.251 1.159 100.000 92.121 0.990 LGA L 197 L 197 0.241 0 0.000 0.051 0.327 100.000 100.000 0.326 LGA I 198 I 198 0.157 0 0.038 0.070 0.294 100.000 100.000 0.234 LGA F 199 F 199 0.216 0 0.017 0.048 0.273 100.000 100.000 0.055 LGA N 200 N 200 0.267 0 0.013 0.690 1.659 100.000 89.545 1.659 LGA I 201 I 201 0.131 0 0.017 0.038 0.221 100.000 100.000 0.085 LGA F 202 F 202 0.164 0 0.000 0.037 0.309 100.000 100.000 0.298 LGA L 203 L 203 0.356 0 0.017 0.071 0.792 100.000 93.182 0.723 LGA N 204 N 204 0.220 0 0.000 0.104 1.163 100.000 91.136 0.902 LGA G 205 G 205 0.409 0 0.042 0.042 0.459 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.548 0 0.024 0.085 0.871 81.818 88.636 0.383 LGA N 207 N 207 1.116 0 0.039 0.200 1.726 69.545 65.682 1.315 LGA G 208 G 208 1.202 0 0.087 0.087 1.611 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.360 0 0.044 0.631 1.658 65.455 65.859 1.242 LGA D 210 D 210 1.295 0 0.056 0.811 2.325 65.455 60.227 2.325 LGA Y 211 Y 211 1.723 0 0.129 0.578 1.967 54.545 53.333 1.639 LGA S 212 S 212 2.211 0 0.641 0.784 5.776 41.818 29.697 5.776 LGA Y 213 Y 213 3.103 0 0.163 1.115 14.560 39.545 13.333 14.560 LGA A 215 A 215 1.003 0 0.196 0.214 2.045 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.388 0 0.000 0.141 0.559 100.000 95.455 0.559 LGA A 217 A 217 0.289 0 0.040 0.057 0.367 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.545 0 0.006 0.120 1.342 95.455 88.182 1.342 LGA H 219 H 219 0.260 0 0.000 0.088 0.540 100.000 98.182 0.540 LGA L 220 L 220 0.246 0 0.000 0.077 0.458 100.000 100.000 0.458 LGA T 221 T 221 0.319 0 0.000 0.019 0.469 100.000 100.000 0.293 LGA N 222 N 222 0.499 0 0.041 0.060 0.717 90.909 93.182 0.539 LGA L 223 L 223 0.564 0 0.048 0.069 0.842 86.364 84.091 0.604 LGA Q 224 Q 224 0.448 0 0.045 0.172 0.880 90.909 89.899 0.880 LGA I 225 I 225 0.418 0 0.045 0.101 0.450 100.000 100.000 0.089 LGA P 226 P 226 0.330 0 0.028 0.062 0.578 100.000 94.805 0.564 LGA T 227 T 227 0.188 0 0.039 0.082 0.339 100.000 100.000 0.339 LGA P 228 P 228 0.355 0 0.080 0.087 0.369 100.000 100.000 0.301 LGA S 229 S 229 0.373 0 0.147 0.158 0.793 90.909 93.939 0.238 LGA G 230 G 230 0.570 0 0.045 0.045 1.097 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.303 0 0.035 0.467 1.363 100.000 92.121 1.363 LGA K 232 K 232 0.329 0 0.106 0.251 0.665 95.455 97.980 0.439 LGA R 233 R 233 0.258 0 0.033 1.111 5.854 100.000 54.876 3.791 LGA W 234 W 234 0.449 0 0.038 0.147 0.514 100.000 97.403 0.377 LGA N 235 N 235 0.591 0 0.008 0.494 2.223 86.364 76.591 2.223 LGA Q 236 Q 236 0.556 0 0.000 0.926 3.469 95.455 71.111 3.469 LGA Y 237 Y 237 0.528 0 0.070 0.158 0.829 86.364 84.848 0.773 LGA T 238 T 238 0.447 0 0.002 0.040 0.498 100.000 100.000 0.479 LGA I 239 I 239 0.354 0 0.019 0.103 0.365 100.000 100.000 0.364 LGA K 240 K 240 0.557 0 0.000 0.207 2.959 95.455 70.505 2.959 LGA A 241 A 241 0.387 0 0.086 0.092 0.562 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.131 0 0.044 0.066 0.290 100.000 100.000 0.111 LGA L 243 L 243 0.154 0 0.038 0.061 0.447 100.000 100.000 0.189 LGA Q 244 Q 244 0.132 0 0.044 0.277 1.232 100.000 92.121 0.758 LGA N 245 N 245 0.155 0 0.025 0.093 0.483 100.000 100.000 0.483 LGA E 246 E 246 0.121 0 0.025 0.430 1.359 100.000 92.121 0.997 LGA V 247 V 247 0.093 0 0.000 0.028 0.190 100.000 100.000 0.158 LGA Y 248 Y 248 0.217 0 0.031 0.121 0.988 100.000 92.424 0.988 LGA I 249 I 249 0.145 0 0.006 0.023 0.240 100.000 100.000 0.227 LGA G 250 G 250 0.188 0 0.062 0.062 0.239 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.074 0 0.037 0.045 0.183 100.000 100.000 0.183 LGA V 252 V 252 0.119 0 0.053 0.111 0.441 100.000 100.000 0.441 LGA K 253 K 253 0.463 0 0.070 0.165 0.646 100.000 93.939 0.452 LGA Y 254 Y 254 0.667 0 0.031 0.232 2.375 86.364 66.515 2.375 LGA K 255 K 255 0.625 0 0.009 0.186 1.094 81.818 80.000 1.094 LGA V 256 V 256 0.597 0 0.048 0.049 0.697 81.818 81.818 0.531 LGA R 257 R 257 0.779 0 0.119 1.078 6.707 77.727 49.091 4.900 LGA E 258 E 258 0.394 0 0.021 0.550 2.534 90.909 66.061 2.505 LGA K 259 K 259 0.603 0 0.067 0.243 0.780 81.818 87.879 0.780 LGA T 260 T 260 0.842 0 0.017 0.124 1.278 81.818 74.805 1.110 LGA K 261 K 261 1.000 0 0.023 0.199 1.177 69.545 72.727 0.875 LGA D 262 D 262 1.204 0 0.025 0.128 1.512 69.545 65.682 1.512 LGA G 263 G 263 0.711 0 0.000 0.000 0.805 81.818 81.818 - LGA K 264 K 264 0.433 0 0.084 0.291 0.709 100.000 95.960 0.512 LGA R 265 R 265 0.261 0 0.109 0.845 3.289 95.455 64.132 2.349 LGA T 266 T 266 0.581 0 0.050 0.072 0.750 90.909 87.013 0.750 LGA I 267 I 267 0.459 0 0.035 0.066 0.645 90.909 95.455 0.455 LGA R 268 R 268 0.395 0 0.028 0.962 2.806 100.000 87.273 2.806 LGA P 269 P 269 0.345 0 0.000 0.026 0.512 100.000 97.403 0.512 LGA E 270 E 270 0.254 0 0.000 0.224 0.778 100.000 95.960 0.668 LGA K 271 K 271 0.440 0 0.062 0.728 4.258 100.000 64.646 4.258 LGA E 272 E 272 0.330 0 0.044 0.109 1.034 100.000 88.283 1.034 LGA Q 273 Q 273 0.367 0 0.035 0.091 0.458 100.000 100.000 0.359 LGA I 274 I 274 0.345 0 0.033 0.099 0.809 100.000 97.727 0.809 LGA V 275 V 275 0.111 0 0.000 0.041 0.349 100.000 100.000 0.263 LGA V 276 V 276 0.131 0 0.059 0.067 0.433 100.000 100.000 0.258 LGA Q 277 Q 277 0.176 0 0.041 0.578 2.800 100.000 79.596 2.800 LGA D 278 D 278 0.177 0 0.036 0.232 0.612 100.000 95.455 0.612 LGA A 279 A 279 0.201 0 0.000 0.006 0.262 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.242 0 0.031 0.212 0.557 100.000 98.182 0.482 LGA A 281 A 281 0.306 0 0.027 0.021 0.371 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.254 0 0.052 0.059 0.295 100.000 100.000 0.295 LGA I 283 I 283 0.384 0 0.047 0.057 0.622 95.455 95.455 0.398 LGA I 284 I 284 0.267 0 0.000 0.060 0.284 100.000 100.000 0.192 LGA D 285 D 285 0.352 0 0.015 0.040 0.645 100.000 93.182 0.618 LGA K 286 K 286 0.387 0 0.000 0.251 1.352 95.455 88.081 1.352 LGA E 287 E 287 0.638 0 0.016 0.304 2.296 86.364 72.121 1.670 LGA Q 288 Q 288 0.437 0 0.000 0.562 1.632 95.455 78.990 1.446 LGA F 289 F 289 0.215 0 0.025 0.117 0.395 100.000 100.000 0.335 LGA Q 290 Q 290 0.436 0 0.022 1.083 3.423 100.000 71.515 3.423 LGA Q 291 Q 291 0.331 0 0.033 0.129 0.634 100.000 93.939 0.634 LGA S 292 S 292 0.141 0 0.049 0.058 0.404 100.000 100.000 0.116 LGA Q 293 Q 293 0.403 0 0.019 0.207 0.800 90.909 89.899 0.800 LGA V 294 V 294 0.665 0 0.035 0.059 0.832 81.818 81.818 0.832 LGA K 295 K 295 0.403 0 0.051 0.175 0.882 90.909 95.960 0.417 LGA I 296 I 296 0.736 0 0.017 0.075 1.187 77.727 79.773 0.517 LGA A 297 A 297 1.264 0 0.078 0.092 1.888 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 1.106 0 0.037 0.286 1.705 58.182 70.227 1.366 LGA K 299 K 299 2.742 0 0.381 0.866 14.136 48.636 21.616 14.136 LGA V 300 V 300 2.638 0 0.125 0.149 5.707 41.818 24.935 5.707 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.825 0.760 1.753 89.916 84.347 72.086 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.83 96.296 98.278 14.587 LGA_LOCAL RMSD: 0.825 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.826 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.825 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.549714 * X + 0.506840 * Y + 0.664024 * Z + 154.009399 Y_new = 0.799398 * X + 0.549876 * Y + 0.242072 * Z + 150.621078 Z_new = -0.242439 * X + 0.663890 * Y + -0.707442 * Z + 135.800232 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.173192 0.244879 2.387942 [DEG: 124.5147 14.0305 136.8190 ] ZXZ: 1.920377 2.356668 -0.350133 [DEG: 110.0295 135.0271 -20.0611 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS345_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS345_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.83 98.278 0.83 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS345_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.846 185.114 153.225 1.00 87.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.293 185.855 154.368 1.00 87.57 C ATOM 1347 C GLY 165 151.775 185.742 154.526 1.00 88.86 C ATOM 1348 O GLY 165 151.169 186.545 155.235 1.00 86.25 O ATOM 1349 N LYS 166 151.142 184.760 153.880 1.00 89.29 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.708 184.504 154.017 1.00 89.12 C ATOM 1351 C LYS 166 149.426 183.728 155.308 1.00 89.79 C ATOM 1352 O LYS 166 150.171 182.823 155.678 1.00 87.71 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.160 183.765 152.782 1.00 87.71 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.266 184.595 151.487 1.00 84.71 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.737 183.837 150.265 1.00 81.57 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.845 184.712 149.007 1.00 76.35 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.469 183.991 147.761 1.00 69.03 N ATOM 1358 N TRP 167 148.322 184.056 155.967 1.00 90.21 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.851 183.314 157.140 1.00 90.62 C ATOM 1360 C TRP 167 147.013 182.115 156.700 1.00 90.16 C ATOM 1361 O TRP 167 145.974 182.275 156.069 1.00 87.16 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.065 184.238 158.060 1.00 89.66 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.733 183.603 159.369 1.00 89.61 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.604 182.923 159.657 1.00 86.39 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.573 183.539 160.563 1.00 88.12 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.680 182.446 160.960 1.00 86.29 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.866 182.801 161.545 1.00 87.35 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.847 184.036 160.892 1.00 87.10 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.420 182.551 162.820 1.00 86.82 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.393 183.794 162.160 1.00 85.12 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.686 183.054 163.109 1.00 84.80 C ATOM 1372 N ILE 168 147.466 180.923 157.046 1.00 88.53 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.911 179.667 156.521 1.00 86.87 C ATOM 1374 C ILE 168 146.316 178.785 157.624 1.00 85.64 C ATOM 1375 O ILE 168 145.560 177.857 157.353 1.00 79.42 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.012 178.919 155.732 1.00 83.78 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.630 179.837 154.649 1.00 78.31 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.472 177.649 155.052 1.00 76.00 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.932 179.281 154.100 1.00 72.11 C ATOM 1380 N SER 169 146.647 179.060 158.876 1.00 84.81 N ATOM 1381 CA SER 169 146.312 178.168 159.976 1.00 83.19 C ATOM 1382 C SER 169 145.350 178.790 160.979 1.00 82.16 C ATOM 1383 O SER 169 145.623 179.840 161.548 1.00 75.11 O ATOM 1384 CB SER 169 147.613 177.654 160.606 1.00 79.49 C ATOM 1385 OG SER 169 147.838 178.114 161.899 1.00 74.17 O ATOM 1386 N GLY 170 144.261 178.082 161.246 1.00 81.27 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.357 178.353 162.354 1.00 80.82 C ATOM 1388 C GLY 170 142.683 179.723 162.346 1.00 83.16 C ATOM 1389 O GLY 170 142.542 180.379 161.317 1.00 79.65 O ATOM 1390 N LEU 171 142.243 180.125 163.550 1.00 84.69 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.699 181.458 163.777 1.00 84.25 C ATOM 1392 C LEU 171 142.822 182.491 163.684 1.00 85.42 C ATOM 1393 O LEU 171 143.950 182.223 164.102 1.00 83.10 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.018 181.509 165.155 1.00 81.27 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.730 180.669 165.240 1.00 77.17 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.332 180.441 166.692 1.00 70.73 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.555 181.354 164.526 1.00 69.97 C ATOM 1398 N ALA 172 142.479 183.671 163.179 1.00 86.93 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.378 184.810 163.250 1.00 87.51 C ATOM 1400 C ALA 172 143.735 185.109 164.720 1.00 88.57 C ATOM 1401 O ALA 172 142.873 184.956 165.596 1.00 86.56 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.709 186.010 162.571 1.00 85.38 C ATOM 1403 N PRO 173 144.973 185.503 165.020 1.00 89.66 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.348 185.904 166.368 1.00 89.81 C ATOM 1405 C PRO 173 144.550 187.141 166.797 1.00 90.44 C ATOM 1406 O PRO 173 144.130 187.945 165.963 1.00 88.85 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.854 186.158 166.311 1.00 88.27 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.106 186.513 164.847 1.00 85.10 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.069 185.688 164.086 1.00 87.96 C ATOM 1410 N TYR 174 144.346 187.287 168.096 1.00 90.46 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.626 188.428 168.654 1.00 90.80 C ATOM 1412 C TYR 174 144.284 189.748 168.237 1.00 90.80 C ATOM 1413 O TYR 174 145.503 189.845 168.260 1.00 88.62 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.574 188.280 170.172 1.00 90.42 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.716 189.321 170.849 1.00 91.14 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.300 190.354 171.600 1.00 85.18 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.315 189.270 170.714 1.00 85.48 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.495 191.320 172.223 1.00 84.45 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.503 190.235 171.328 1.00 84.55 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.098 191.254 172.084 1.00 88.81 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.304 192.197 172.683 1.00 87.90 O ATOM 1422 N GLY 175 143.492 190.705 167.835 1.00 89.48 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.957 191.962 167.247 1.00 89.54 C ATOM 1424 C GLY 175 144.004 191.965 165.723 1.00 91.08 C ATOM 1425 O GLY 175 144.137 193.027 165.123 1.00 88.36 O ATOM 1426 N TYR 176 143.875 190.798 165.089 1.00 91.69 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.865 190.664 163.639 1.00 92.02 C ATOM 1428 C TYR 176 142.620 189.939 163.130 1.00 91.83 C ATOM 1429 O TYR 176 142.055 189.070 163.789 1.00 90.03 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.126 189.940 163.167 1.00 92.06 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.407 190.717 163.341 1.00 92.71 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.765 191.710 162.415 1.00 87.42 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.268 190.446 164.419 1.00 87.63 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 147.965 192.419 162.548 1.00 86.33 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.472 191.149 164.567 1.00 86.75 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.820 192.134 163.624 1.00 91.10 C ATOM 1437 OH TYR 176 150.001 192.817 163.757 1.00 90.26 O ATOM 1438 N GLN 177 142.241 190.253 161.893 1.00 91.21 N ATOM 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