####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS331_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS331_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 70 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 100 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 5 69 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 53 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 10 105 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 19 34 53 98 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 95 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 28 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 76 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 53 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 81 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 80 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 59 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 12 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 105 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 14 63 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 13 123 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 47 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 77 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 58 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 44 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 30 81 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 84 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 117 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 86.67 92.59 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.47 0.57 0.69 0.71 0.82 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.507 0 0.036 0.036 0.567 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.458 0 0.037 0.111 0.823 95.455 89.899 0.823 LGA W 167 W 167 0.315 0 0.201 0.230 0.542 95.455 98.701 0.483 LGA I 168 I 168 0.891 0 0.137 1.062 2.824 81.818 70.909 1.469 LGA S 169 S 169 1.397 0 0.582 0.623 2.926 55.909 52.121 2.136 LGA G 170 G 170 1.675 0 0.047 0.047 1.873 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.005 0 0.053 1.400 5.884 69.545 47.500 3.151 LGA A 172 A 172 0.498 0 0.016 0.025 0.691 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.118 0 0.013 0.228 0.597 100.000 97.403 0.597 LGA Y 174 Y 174 0.401 0 0.013 0.215 1.383 100.000 86.667 1.383 LGA G 175 G 175 0.295 0 0.064 0.064 0.350 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.370 0 0.000 0.168 0.511 100.000 96.970 0.201 LGA Q 177 Q 177 0.618 0 0.060 0.266 1.243 86.364 82.020 0.601 LGA L 178 L 178 0.376 0 0.128 0.208 1.700 90.909 82.500 1.700 LGA N 179 N 179 1.332 0 0.158 0.656 4.939 62.273 37.500 4.939 LGA K 180 K 180 3.933 0 0.292 0.966 13.388 20.455 9.091 13.388 LGA K 181 K 181 1.759 0 0.455 0.965 10.452 65.909 30.707 10.452 LGA T 182 T 182 0.935 0 0.031 1.115 3.463 77.727 65.974 3.463 LGA S 183 S 183 0.746 0 0.110 0.098 1.162 86.364 79.394 1.101 LGA K 184 K 184 0.776 0 0.069 0.868 2.789 81.818 72.121 2.789 LGA L 185 L 185 0.348 0 0.069 0.079 0.641 95.455 97.727 0.426 LGA D 186 D 186 0.214 0 0.037 0.157 0.845 100.000 97.727 0.327 LGA P 187 P 187 0.548 0 0.016 0.363 1.271 82.273 84.675 0.679 LGA V 188 V 188 0.821 0 0.010 0.023 0.917 81.818 81.818 0.917 LGA E 189 E 189 0.731 0 0.037 0.196 0.900 81.818 81.818 0.648 LGA D 190 D 190 0.574 0 0.032 0.046 0.909 90.909 86.364 0.909 LGA E 191 E 191 0.405 0 0.000 0.017 0.721 95.455 89.899 0.721 LGA A 192 A 192 0.311 0 0.030 0.026 0.394 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.307 0 0.045 0.077 0.608 100.000 91.919 0.517 LGA V 194 V 194 0.248 0 0.000 0.045 0.382 100.000 100.000 0.382 LGA V 195 V 195 0.136 0 0.000 0.014 0.245 100.000 100.000 0.136 LGA Q 196 Q 196 0.195 0 0.025 0.257 1.282 100.000 90.303 1.073 LGA L 197 L 197 0.277 0 0.000 0.050 0.379 100.000 100.000 0.369 LGA I 198 I 198 0.191 0 0.037 0.071 0.343 100.000 100.000 0.287 LGA F 199 F 199 0.240 0 0.009 0.043 0.303 100.000 100.000 0.084 LGA N 200 N 200 0.301 0 0.017 0.666 1.919 100.000 89.318 1.919 LGA I 201 I 201 0.183 0 0.021 0.040 0.242 100.000 100.000 0.086 LGA F 202 F 202 0.197 0 0.000 0.015 0.307 100.000 100.000 0.237 LGA L 203 L 203 0.352 0 0.028 0.067 0.720 100.000 95.455 0.630 LGA N 204 N 204 0.336 0 0.000 0.086 1.131 100.000 88.864 0.918 LGA G 205 G 205 0.254 0 0.035 0.035 0.363 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.283 0 0.013 0.106 0.586 95.455 93.182 0.539 LGA N 207 N 207 0.643 0 0.000 0.182 1.253 81.818 79.773 0.744 LGA G 208 G 208 0.949 0 0.093 0.093 1.476 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.115 0 0.061 0.159 2.302 65.455 59.192 2.302 LGA D 210 D 210 1.060 0 0.089 0.456 1.063 69.545 75.909 0.949 LGA Y 211 Y 211 1.675 0 0.118 0.593 2.071 54.545 51.061 1.776 LGA S 212 S 212 2.226 0 0.639 0.785 5.834 39.545 28.182 5.834 LGA Y 213 Y 213 3.069 0 0.163 1.117 14.517 39.545 13.333 14.517 LGA A 215 A 215 1.001 0 0.197 0.216 2.028 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.365 0 0.000 0.148 0.531 100.000 95.455 0.531 LGA A 217 A 217 0.243 0 0.052 0.064 0.320 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.484 0 0.019 0.116 1.253 100.000 91.212 1.253 LGA H 219 H 219 0.287 0 0.000 0.085 0.732 100.000 94.545 0.732 LGA L 220 L 220 0.252 0 0.000 0.080 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA T 221 T 221 0.235 0 0.000 0.029 0.386 100.000 100.000 0.160 LGA N 222 N 222 0.415 0 0.040 0.059 0.637 90.909 95.455 0.453 LGA L 223 L 223 0.575 0 0.042 0.067 0.857 86.364 84.091 0.693 LGA Q 224 Q 224 0.537 0 0.044 0.162 0.989 90.909 87.879 0.830 LGA I 225 I 225 0.479 0 0.047 0.104 0.501 100.000 97.727 0.196 LGA P 226 P 226 0.452 0 0.038 0.067 0.719 90.909 87.013 0.719 LGA T 227 T 227 0.361 0 0.037 0.083 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA P 228 P 228 0.559 0 0.076 0.081 0.561 90.909 92.208 0.477 LGA S 229 S 229 0.591 0 0.153 0.161 0.724 86.364 87.879 0.323 LGA G 230 G 230 0.737 0 0.057 0.057 1.166 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.305 0 0.034 0.478 1.321 100.000 92.121 1.321 LGA K 232 K 232 0.384 0 0.108 0.240 0.808 95.455 95.960 0.515 LGA R 233 R 233 0.221 0 0.034 1.088 5.644 100.000 54.876 3.787 LGA W 234 W 234 0.318 0 0.042 0.139 0.495 100.000 100.000 0.458 LGA N 235 N 235 0.561 0 0.014 0.568 2.539 90.909 77.500 2.539 LGA Q 236 Q 236 0.557 0 0.000 0.877 3.282 86.364 68.485 3.282 LGA Y 237 Y 237 0.651 0 0.058 0.165 0.964 81.818 81.818 0.920 LGA T 238 T 238 0.423 0 0.009 0.036 0.496 100.000 100.000 0.418 LGA I 239 I 239 0.349 0 0.032 0.121 0.378 100.000 100.000 0.364 LGA K 240 K 240 0.640 0 0.030 0.208 2.934 86.364 66.465 2.934 LGA A 241 A 241 0.477 0 0.083 0.088 0.623 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.078 0 0.037 0.068 0.246 100.000 100.000 0.069 LGA L 243 L 243 0.188 0 0.036 0.056 0.449 100.000 100.000 0.260 LGA Q 244 Q 244 0.185 0 0.042 0.235 0.916 100.000 93.939 0.684 LGA N 245 N 245 0.184 0 0.022 0.093 0.511 100.000 97.727 0.511 LGA E 246 E 246 0.148 0 0.031 0.481 1.501 100.000 90.505 0.924 LGA V 247 V 247 0.141 0 0.000 0.038 0.269 100.000 100.000 0.214 LGA Y 248 Y 248 0.245 0 0.033 0.120 1.068 100.000 91.061 1.068 LGA I 249 I 249 0.159 0 0.000 0.022 0.227 100.000 100.000 0.197 LGA G 250 G 250 0.183 0 0.049 0.049 0.188 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.093 0 0.027 0.038 0.201 100.000 100.000 0.112 LGA V 252 V 252 0.286 0 0.053 0.117 0.642 100.000 97.403 0.642 LGA K 253 K 253 0.574 0 0.064 0.157 0.887 95.455 87.879 0.750 LGA Y 254 Y 254 0.545 0 0.029 0.227 2.185 95.455 72.121 2.185 LGA K 255 K 255 0.534 0 0.000 0.159 1.355 81.818 80.000 1.355 LGA V 256 V 256 0.739 0 0.061 0.069 0.856 81.818 81.818 0.701 LGA R 257 R 257 0.915 0 0.098 1.042 5.283 77.727 52.893 2.881 LGA E 258 E 258 0.822 0 0.021 0.644 2.738 73.636 55.152 2.738 LGA K 259 K 259 1.410 0 0.058 0.196 1.895 65.455 58.990 1.805 LGA T 260 T 260 1.411 0 0.000 0.078 1.829 58.182 61.299 1.308 LGA K 261 K 261 2.140 0 0.028 0.186 2.472 41.364 39.596 2.296 LGA D 262 D 262 1.955 0 0.025 0.842 3.192 50.909 39.773 3.081 LGA G 263 G 263 1.973 0 0.012 0.012 1.973 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.384 0 0.094 0.431 1.823 65.455 63.838 1.395 LGA R 265 R 265 1.234 0 0.072 0.848 3.459 65.455 58.678 3.459 LGA T 266 T 266 0.974 0 0.042 0.072 1.117 77.727 79.481 0.874 LGA I 267 I 267 0.619 0 0.032 0.070 0.933 81.818 81.818 0.933 LGA R 268 R 268 0.249 0 0.024 0.957 2.578 100.000 88.926 2.578 LGA P 269 P 269 0.143 0 0.000 0.023 0.263 100.000 100.000 0.180 LGA E 270 E 270 0.453 0 0.012 0.243 1.107 100.000 86.263 1.072 LGA K 271 K 271 0.621 0 0.063 0.717 5.022 90.909 55.758 5.022 LGA E 272 E 272 0.367 0 0.045 0.091 0.984 100.000 91.919 0.984 LGA Q 273 Q 273 0.135 0 0.040 0.100 0.452 100.000 100.000 0.452 LGA I 274 I 274 0.155 0 0.031 0.101 0.674 100.000 97.727 0.674 LGA V 275 V 275 0.268 0 0.000 0.032 0.479 100.000 100.000 0.438 LGA V 276 V 276 0.199 0 0.058 0.065 0.517 100.000 97.403 0.309 LGA Q 277 Q 277 0.115 0 0.046 0.567 2.695 100.000 79.596 2.695 LGA D 278 D 278 0.160 0 0.033 0.226 0.601 100.000 95.455 0.532 LGA A 279 A 279 0.185 0 0.011 0.024 0.259 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.238 0 0.025 0.220 0.556 100.000 98.182 0.424 LGA A 281 A 281 0.338 0 0.022 0.016 0.433 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.234 0 0.040 0.054 0.323 100.000 100.000 0.322 LGA I 283 I 283 0.410 0 0.045 0.060 0.662 95.455 95.455 0.448 LGA I 284 I 284 0.299 0 0.000 0.074 0.302 100.000 100.000 0.213 LGA D 285 D 285 0.412 0 0.019 0.403 1.247 100.000 88.864 1.247 LGA K 286 K 286 0.446 0 0.000 0.241 1.339 100.000 90.101 1.339 LGA E 287 E 287 0.587 0 0.021 0.274 2.109 86.364 72.121 1.540 LGA Q 288 Q 288 0.480 0 0.025 0.528 1.624 95.455 77.374 1.513 LGA F 289 F 289 0.169 0 0.027 0.127 0.463 100.000 100.000 0.402 LGA Q 290 Q 290 0.318 0 0.025 0.144 0.538 100.000 97.980 0.538 LGA Q 291 Q 291 0.284 0 0.038 0.123 0.658 100.000 93.939 0.606 LGA S 292 S 292 0.062 0 0.052 0.688 2.288 100.000 89.697 2.288 LGA Q 293 Q 293 0.283 0 0.000 0.243 0.769 95.455 93.939 0.769 LGA V 294 V 294 0.404 0 0.038 0.060 0.659 100.000 94.805 0.605 LGA K 295 K 295 0.207 0 0.038 0.173 0.687 95.455 93.939 0.687 LGA I 296 I 296 0.596 0 0.017 0.076 1.060 82.273 88.864 0.373 LGA A 297 A 297 1.040 0 0.093 0.108 1.674 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.784 0 0.000 0.153 2.043 63.182 68.409 1.119 LGA K 299 K 299 3.510 0 0.333 0.669 14.253 34.545 15.354 14.253 LGA V 300 V 300 1.524 0 0.128 0.186 4.110 51.364 34.286 4.110 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.883 0.840 1.773 88.219 82.764 70.084 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.926 97.995 13.731 LGA_LOCAL RMSD: 0.883 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.883 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.883 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.820062 * X + -0.571966 * Y + 0.018788 * Z + 161.274384 Y_new = 0.554317 * X + -0.785740 * Y + 0.274492 * Z + 156.049469 Z_new = -0.142238 * X + 0.235515 * Y + 0.961406 * Z + 142.505219 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.547194 0.142722 0.240238 [DEG: 145.9435 8.1773 13.7646 ] ZXZ: 3.073252 0.278729 -0.543313 [DEG: 176.0844 15.9700 -31.1296 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS331_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS331_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.995 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS331_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.884 184.989 153.366 1.00 85.70 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.300 185.734 154.492 1.00 85.78 C ATOM 1347 C GLY 165 151.777 185.613 154.620 1.00 87.27 C ATOM 1348 O GLY 165 151.159 186.379 155.358 1.00 84.65 O ATOM 1349 N LYS 166 151.148 184.664 153.915 1.00 86.75 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.706 184.412 154.005 1.00 86.52 C ATOM 1351 C LYS 166 149.384 183.612 155.275 1.00 87.37 C ATOM 1352 O LYS 166 150.107 182.689 155.642 1.00 85.29 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.185 183.714 152.730 1.00 84.84 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.345 184.574 151.452 1.00 81.84 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.848 183.879 150.173 1.00 78.76 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.032 184.799 148.953 1.00 73.54 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.659 184.193 147.644 1.00 67.04 N ATOM 1358 N TRP 167 148.269 183.932 155.931 1.00 87.91 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.788 183.194 157.104 1.00 88.32 C ATOM 1360 C TRP 167 146.938 181.999 156.676 1.00 87.77 C ATOM 1361 O TRP 167 145.864 182.165 156.102 1.00 84.85 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.018 184.128 158.027 1.00 87.62 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.653 183.497 159.329 1.00 88.05 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.511 182.824 159.598 1.00 84.55 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.461 183.436 160.548 1.00 86.48 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.553 182.355 160.906 1.00 84.49 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.728 182.708 161.517 1.00 85.86 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.729 183.931 160.906 1.00 85.32 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.248 182.470 162.809 1.00 84.90 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.238 183.699 162.190 1.00 82.83 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.502 182.969 163.132 1.00 82.43 C ATOM 1372 N ILE 168 147.403 180.809 156.968 1.00 85.63 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.828 179.535 156.512 1.00 83.67 C ATOM 1374 C ILE 168 146.406 178.620 157.665 1.00 82.54 C ATOM 1375 O ILE 168 145.958 177.491 157.449 1.00 76.15 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.807 178.780 155.593 1.00 80.28 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.995 179.608 155.073 1.00 75.75 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.005 178.218 154.382 1.00 72.79 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.061 178.720 154.461 1.00 69.15 C ATOM 1380 N SER 169 146.555 179.077 158.883 1.00 82.71 N ATOM 1381 CA SER 169 146.133 178.361 160.087 1.00 80.86 C ATOM 1382 C SER 169 144.661 178.648 160.417 1.00 79.75 C ATOM 1383 O SER 169 143.942 179.212 159.595 1.00 73.46 O ATOM 1384 CB SER 169 147.096 178.683 161.222 1.00 77.34 C ATOM 1385 OG SER 169 148.362 178.140 160.939 1.00 72.59 O ATOM 1386 N GLY 170 144.194 178.230 161.585 1.00 77.68 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.799 178.382 162.002 1.00 76.92 C ATOM 1388 C GLY 170 142.374 179.832 162.252 1.00 79.69 C ATOM 1389 O GLY 170 142.493 180.688 161.389 1.00 76.26 O ATOM 1390 N LEU 171 141.871 180.102 163.461 1.00 80.55 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.462 181.450 163.867 1.00 80.18 C ATOM 1392 C LEU 171 142.638 182.423 163.771 1.00 81.52 C ATOM 1393 O LEU 171 143.755 182.093 164.178 1.00 79.35 O ATOM 1394 CB LEU 171 140.907 181.409 165.300 1.00 77.02 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.531 180.728 165.407 1.00 72.71 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.257 180.298 166.842 1.00 67.18 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.407 181.671 164.964 1.00 66.15 C ATOM 1398 N ALA 172 142.359 183.623 163.260 1.00 84.13 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.314 184.721 163.309 1.00 84.51 C ATOM 1400 C ALA 172 143.683 185.040 164.773 1.00 85.78 C ATOM 1401 O ALA 172 142.838 184.883 165.662 1.00 83.73 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.707 185.931 162.592 1.00 82.40 C ATOM 1403 N PRO 173 144.919 185.463 165.054 1.00 87.05 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.301 185.892 166.395 1.00 87.31 C ATOM 1405 C PRO 173 144.494 187.128 166.811 1.00 88.04 C ATOM 1406 O PRO 173 144.055 187.911 165.968 1.00 86.43 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.803 186.167 166.319 1.00 85.71 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.024 186.526 164.852 1.00 82.53 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.009 185.662 164.115 1.00 85.50 C ATOM 1410 N TYR 174 144.306 187.306 168.112 1.00 88.99 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.591 188.459 168.653 1.00 89.20 C ATOM 1412 C TYR 174 144.248 189.769 168.210 1.00 89.40 C ATOM 1413 O TYR 174 145.468 189.854 168.183 1.00 87.31 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.549 188.339 170.174 1.00 88.87 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.688 189.387 170.836 1.00 89.89 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.269 190.421 171.591 1.00 83.13 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.287 189.336 170.693 1.00 83.71 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.459 191.392 172.204 1.00 82.62 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.471 190.305 171.297 1.00 82.74 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.061 191.331 172.053 1.00 87.21 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.261 192.279 172.636 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