####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS331_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS331_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 109 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 6 109 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 14 104 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 44 59 76 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 103 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 61 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 75 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 59 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 75 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 73 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 100 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 26 44 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 26 114 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 48 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 75 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 59 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 44 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 50 69 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 22 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 85.19 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.47 0.59 0.69 0.71 0.82 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.90 0.90 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.469 0 0.031 0.031 0.513 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.394 0 0.042 0.138 0.832 95.455 93.939 0.832 LGA W 167 W 167 0.229 0 0.185 0.212 0.616 95.455 98.701 0.490 LGA I 168 I 168 0.889 0 0.180 1.574 3.524 81.818 61.591 2.167 LGA S 169 S 169 1.308 0 0.578 0.614 3.088 53.636 52.727 1.794 LGA G 170 G 170 1.534 0 0.070 0.070 1.723 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.981 0 0.043 1.380 5.597 73.636 50.682 2.830 LGA A 172 A 172 0.535 0 0.010 0.024 0.736 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.155 0 0.000 0.104 0.360 100.000 100.000 0.360 LGA Y 174 Y 174 0.363 0 0.023 0.223 1.308 100.000 86.667 1.308 LGA G 175 G 175 0.199 0 0.054 0.054 0.271 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.272 0 0.000 0.167 0.458 100.000 100.000 0.179 LGA Q 177 Q 177 0.520 0 0.054 0.295 1.169 90.909 84.040 0.646 LGA L 178 L 178 0.358 0 0.134 0.201 1.724 90.909 82.500 1.724 LGA N 179 N 179 1.290 0 0.176 0.647 4.834 59.091 35.909 4.834 LGA K 180 K 180 4.133 0 0.280 0.966 13.682 14.091 6.263 13.682 LGA K 181 K 181 1.604 0 0.454 0.958 10.069 65.909 30.707 10.069 LGA T 182 T 182 0.871 0 0.022 1.111 3.466 77.727 65.974 3.466 LGA S 183 S 183 0.753 0 0.120 0.105 1.120 86.364 79.394 1.037 LGA K 184 K 184 0.839 0 0.068 0.862 2.727 81.818 72.121 2.727 LGA L 185 L 185 0.373 0 0.073 0.081 0.646 95.455 97.727 0.457 LGA D 186 D 186 0.151 0 0.037 0.147 0.835 100.000 97.727 0.371 LGA P 187 P 187 0.501 0 0.026 0.368 1.188 82.273 84.675 0.622 LGA V 188 V 188 0.704 0 0.012 0.020 0.773 81.818 81.818 0.773 LGA E 189 E 189 0.627 0 0.033 0.205 0.766 81.818 83.838 0.546 LGA D 190 D 190 0.534 0 0.029 0.052 0.923 90.909 86.364 0.923 LGA E 191 E 191 0.336 0 0.000 0.000 0.656 100.000 91.919 0.656 LGA A 192 A 192 0.259 0 0.018 0.013 0.347 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.234 0 0.049 0.091 0.451 100.000 100.000 0.325 LGA V 194 V 194 0.169 0 0.000 0.040 0.278 100.000 100.000 0.278 LGA V 195 V 195 0.100 0 0.000 0.000 0.187 100.000 100.000 0.112 LGA Q 196 Q 196 0.156 0 0.017 0.254 1.164 100.000 92.121 0.963 LGA L 197 L 197 0.218 0 0.000 0.046 0.305 100.000 100.000 0.297 LGA I 198 I 198 0.166 0 0.040 0.068 0.295 100.000 100.000 0.263 LGA F 199 F 199 0.197 0 0.018 0.047 0.235 100.000 100.000 0.070 LGA N 200 N 200 0.225 0 0.010 0.762 1.663 100.000 89.545 1.663 LGA I 201 I 201 0.116 0 0.017 0.041 0.182 100.000 100.000 0.040 LGA F 202 F 202 0.153 0 0.004 0.021 0.246 100.000 100.000 0.226 LGA L 203 L 203 0.258 0 0.013 0.060 0.620 100.000 95.455 0.567 LGA N 204 N 204 0.245 0 0.012 0.107 1.081 100.000 88.864 0.780 LGA G 205 G 205 0.341 0 0.035 0.035 0.396 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.340 0 0.040 0.241 1.049 90.909 88.864 0.513 LGA N 207 N 207 0.814 0 0.031 0.209 1.580 81.818 73.864 1.013 LGA G 208 G 208 0.915 0 0.085 0.085 1.254 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 1.040 0 0.053 0.136 1.898 77.727 67.677 1.898 LGA D 210 D 210 1.047 0 0.084 0.774 2.039 69.545 66.136 2.039 LGA Y 211 Y 211 1.607 0 0.128 0.593 1.932 58.182 56.970 1.605 LGA S 212 S 212 2.118 0 0.638 0.780 5.641 41.818 29.697 5.641 LGA Y 213 Y 213 3.176 0 0.165 1.119 14.659 36.364 12.273 14.659 LGA A 215 A 215 1.074 0 0.200 0.219 2.152 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.443 0 0.000 0.146 0.615 95.455 93.182 0.615 LGA A 217 A 217 0.330 0 0.048 0.063 0.412 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.600 0 0.000 0.126 1.445 90.909 85.152 1.445 LGA H 219 H 219 0.290 0 0.006 0.091 0.679 100.000 94.545 0.679 LGA L 220 L 220 0.257 0 0.021 0.085 0.457 100.000 100.000 0.457 LGA T 221 T 221 0.300 0 0.000 0.029 0.449 100.000 100.000 0.259 LGA N 222 N 222 0.464 0 0.045 0.068 0.656 90.909 93.182 0.529 LGA L 223 L 223 0.526 0 0.038 0.065 0.803 86.364 84.091 0.581 LGA Q 224 Q 224 0.438 0 0.046 0.142 0.797 95.455 89.899 0.633 LGA I 225 I 225 0.412 0 0.049 0.100 0.427 100.000 100.000 0.079 LGA P 226 P 226 0.363 0 0.035 0.063 0.625 100.000 94.805 0.625 LGA T 227 T 227 0.280 0 0.032 0.086 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA P 228 P 228 0.481 0 0.080 0.088 0.507 95.455 97.403 0.375 LGA S 229 S 229 0.598 0 0.148 0.159 0.699 81.818 87.879 0.317 LGA G 230 G 230 0.696 0 0.052 0.052 1.076 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.298 0 0.037 0.482 1.315 100.000 92.121 1.315 LGA K 232 K 232 0.354 0 0.087 0.245 0.613 95.455 95.960 0.506 LGA R 233 R 233 0.299 0 0.024 1.084 5.367 100.000 57.851 3.229 LGA W 234 W 234 0.405 0 0.034 0.131 0.489 100.000 100.000 0.357 LGA N 235 N 235 0.563 0 0.020 0.548 2.411 86.364 76.591 2.411 LGA Q 236 Q 236 0.610 0 0.000 0.843 3.063 86.364 66.667 3.063 LGA Y 237 Y 237 0.582 0 0.055 0.140 0.891 86.364 83.333 0.891 LGA T 238 T 238 0.382 0 0.000 0.031 0.444 100.000 100.000 0.386 LGA I 239 I 239 0.332 0 0.028 0.113 0.377 100.000 100.000 0.377 LGA K 240 K 240 0.564 0 0.000 0.209 2.919 95.455 71.717 2.919 LGA A 241 A 241 0.379 0 0.079 0.085 0.512 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.104 0 0.042 0.068 0.245 100.000 100.000 0.133 LGA L 243 L 243 0.177 0 0.035 0.054 0.465 100.000 100.000 0.207 LGA Q 244 Q 244 0.102 0 0.047 0.244 1.044 100.000 92.121 0.754 LGA N 245 N 245 0.122 0 0.025 0.092 0.473 100.000 100.000 0.473 LGA E 246 E 246 0.151 0 0.028 0.473 1.488 100.000 92.121 0.933 LGA V 247 V 247 0.169 0 0.000 0.033 0.280 100.000 100.000 0.249 LGA Y 248 Y 248 0.271 0 0.030 0.114 1.089 100.000 91.061 1.089 LGA I 249 I 249 0.182 0 0.010 0.026 0.250 100.000 100.000 0.205 LGA G 250 G 250 0.191 0 0.045 0.045 0.199 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.129 0 0.038 0.046 0.268 100.000 100.000 0.159 LGA V 252 V 252 0.308 0 0.055 0.117 0.649 100.000 97.403 0.649 LGA K 253 K 253 0.576 0 0.063 0.155 0.896 95.455 87.879 0.760 LGA Y 254 Y 254 0.576 0 0.023 0.226 2.172 95.455 72.121 2.172 LGA K 255 K 255 0.598 0 0.002 0.178 1.599 81.818 78.384 1.599 LGA V 256 V 256 0.781 0 0.053 0.062 0.952 81.818 81.818 0.786 LGA R 257 R 257 1.025 0 0.094 1.056 5.501 69.545 46.942 3.149 LGA E 258 E 258 1.066 0 0.060 0.249 1.822 69.545 62.424 1.822 LGA K 259 K 259 1.451 0 0.041 0.279 1.734 65.455 64.040 1.146 LGA T 260 T 260 1.342 0 0.005 0.131 1.791 58.182 61.299 1.240 LGA K 261 K 261 2.035 0 0.017 0.188 3.078 41.364 36.162 3.078 LGA D 262 D 262 1.878 0 0.025 0.187 1.912 50.909 50.909 1.562 LGA G 263 G 263 1.995 0 0.000 0.000 1.995 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.496 0 0.089 0.352 2.028 61.818 59.192 1.105 LGA R 265 R 265 1.290 0 0.070 0.858 3.586 65.455 56.529 3.586 LGA T 266 T 266 1.105 0 0.041 0.060 1.213 73.636 70.130 1.025 LGA I 267 I 267 0.697 0 0.031 0.068 0.926 81.818 81.818 0.926 LGA R 268 R 268 0.242 0 0.023 0.967 2.727 100.000 88.926 2.727 LGA P 269 P 269 0.343 0 0.000 0.023 0.450 100.000 100.000 0.219 LGA E 270 E 270 0.675 0 0.034 0.260 1.345 81.818 76.364 1.345 LGA K 271 K 271 0.894 0 0.073 0.729 4.802 81.818 50.101 4.738 LGA E 272 E 272 0.544 0 0.047 0.091 1.075 90.909 82.222 1.075 LGA Q 273 Q 273 0.132 0 0.046 0.102 0.546 100.000 97.980 0.546 LGA I 274 I 274 0.161 0 0.024 0.098 0.690 100.000 97.727 0.690 LGA V 275 V 275 0.310 0 0.009 0.035 0.563 95.455 97.403 0.468 LGA V 276 V 276 0.233 0 0.057 0.064 0.521 100.000 97.403 0.331 LGA Q 277 Q 277 0.094 0 0.045 0.579 2.680 100.000 79.596 2.680 LGA D 278 D 278 0.072 0 0.034 0.201 0.614 100.000 97.727 0.614 LGA A 279 A 279 0.152 0 0.000 0.022 0.208 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.201 0 0.026 0.223 0.572 100.000 98.182 0.444 LGA A 281 A 281 0.305 0 0.033 0.029 0.397 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.212 0 0.040 0.055 0.292 100.000 100.000 0.292 LGA I 283 I 283 0.352 0 0.044 0.057 0.586 95.455 97.727 0.414 LGA I 284 I 284 0.248 0 0.000 0.072 0.249 100.000 100.000 0.179 LGA D 285 D 285 0.330 0 0.020 0.129 0.681 100.000 97.727 0.681 LGA K 286 K 286 0.338 0 0.000 0.239 1.295 100.000 92.121 1.295 LGA E 287 E 287 0.514 0 0.017 0.305 1.856 95.455 84.646 0.730 LGA Q 288 Q 288 0.422 0 0.015 0.516 1.544 100.000 79.394 1.544 LGA F 289 F 289 0.184 0 0.029 0.123 0.497 100.000 100.000 0.451 LGA Q 290 Q 290 0.293 0 0.021 1.241 3.671 100.000 68.687 3.671 LGA Q 291 Q 291 0.167 0 0.032 0.122 0.567 100.000 97.980 0.494 LGA S 292 S 292 0.079 0 0.053 0.690 2.295 100.000 89.697 2.295 LGA Q 293 Q 293 0.291 0 0.000 0.221 0.681 95.455 93.939 0.681 LGA V 294 V 294 0.327 0 0.041 0.062 0.468 100.000 100.000 0.378 LGA K 295 K 295 0.336 0 0.052 0.163 0.849 90.909 87.879 0.678 LGA I 296 I 296 0.641 0 0.019 0.076 1.113 82.273 88.864 0.317 LGA A 297 A 297 1.066 0 0.085 0.098 1.751 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 1.116 0 0.000 0.215 2.469 55.909 71.136 0.873 LGA K 299 K 299 3.528 0 0.305 0.910 14.640 34.545 15.354 14.640 LGA V 300 V 300 1.627 0 0.139 0.199 3.731 48.182 33.247 3.731 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.890 0.851 1.777 87.976 82.843 70.283 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.556 97.934 13.638 LGA_LOCAL RMSD: 0.890 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.890 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.890 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.151952 * X + 0.824758 * Y + 0.544688 * Z + 161.489822 Y_new = 0.241039 * X + 0.503527 * Y + -0.829675 * Z + 153.850449 Z_new = -0.958546 * X + 0.257362 * Y + -0.122287 * Z + 141.190720 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.008321 1.281855 2.014372 [DEG: 57.7726 73.4449 115.4150 ] ZXZ: 0.580937 1.693390 -1.308491 [DEG: 33.2852 97.0241 -74.9710 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS331_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS331_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.934 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS331_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.956 185.022 153.367 1.00 84.73 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.355 185.765 154.484 1.00 84.68 C ATOM 1347 C GLY 165 151.831 185.644 154.585 1.00 86.17 C ATOM 1348 O GLY 165 151.200 186.420 155.300 1.00 83.67 O ATOM 1349 N LYS 166 151.219 184.688 153.878 1.00 85.35 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.777 184.432 153.944 1.00 85.11 C ATOM 1351 C LYS 166 149.446 183.630 155.209 1.00 86.07 C ATOM 1352 O LYS 166 150.157 182.695 155.575 1.00 84.25 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.276 183.737 152.659 1.00 83.45 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.469 184.598 151.385 1.00 80.43 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.956 183.941 150.090 1.00 77.48 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.196 184.882 148.890 1.00 72.25 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.750 184.359 147.566 1.00 66.08 N ATOM 1358 N TRP 167 148.340 183.971 155.861 1.00 86.70 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.837 183.236 157.024 1.00 87.30 C ATOM 1360 C TRP 167 146.977 182.058 156.575 1.00 86.77 C ATOM 1361 O TRP 167 145.882 182.240 156.049 1.00 84.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.070 184.174 157.945 1.00 86.74 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.679 183.532 159.236 1.00 87.18 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.520 182.882 159.482 1.00 83.89 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.473 183.433 160.460 1.00 85.69 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.536 182.391 160.786 1.00 83.74 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.717 182.707 161.411 1.00 85.02 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.750 183.892 160.835 1.00 84.58 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.218 182.431 162.703 1.00 84.28 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.244 183.624 162.118 1.00 82.20 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.484 182.895 163.039 1.00 81.75 C ATOM 1372 N ILE 168 147.459 180.859 156.804 1.00 84.24 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.819 179.609 156.370 1.00 82.47 C ATOM 1374 C ILE 168 146.449 178.686 157.536 1.00 81.42 C ATOM 1375 O ILE 168 146.109 177.517 157.339 1.00 75.93 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.706 178.888 155.343 1.00 79.37 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.094 178.562 155.935 1.00 75.10 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.833 179.726 154.058 1.00 72.25 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.854 177.542 155.099 1.00 68.55 C ATOM 1380 N SER 169 146.533 179.199 158.746 1.00 81.80 N ATOM 1381 CA SER 169 146.148 178.499 159.970 1.00 80.26 C ATOM 1382 C SER 169 144.651 178.686 160.263 1.00 79.45 C ATOM 1383 O SER 169 143.904 179.187 159.423 1.00 73.62 O ATOM 1384 CB SER 169 147.046 178.959 161.117 1.00 76.77 C ATOM 1385 OG SER 169 148.376 178.568 160.877 1.00 72.23 O ATOM 1386 N GLY 170 144.201 178.259 161.425 1.00 77.78 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.798 178.363 161.830 1.00 77.20 C ATOM 1388 C GLY 170 142.363 179.792 162.175 1.00 79.79 C ATOM 1389 O GLY 170 142.363 180.679 161.332 1.00 76.86 O ATOM 1390 N LEU 171 141.996 180.004 163.438 1.00 80.85 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.586 181.321 163.928 1.00 80.68 C ATOM 1392 C LEU 171 142.740 182.324 163.808 1.00 81.83 C ATOM 1393 O LEU 171 143.873 182.009 164.182 1.00 79.79 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.115 181.204 165.387 1.00 77.65 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.786 180.443 165.552 1.00 73.44 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.587 180.032 167.004 1.00 68.02 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.587 181.297 165.122 1.00 66.76 C ATOM 1398 N ALA 172 142.420 183.521 163.330 1.00 84.20 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.359 184.629 163.353 1.00 84.64 C ATOM 1400 C ALA 172 143.746 184.975 164.809 1.00 85.58 C ATOM 1401 O ALA 172 142.921 184.796 165.712 1.00 83.77 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.732 185.826 162.628 1.00 82.61 C ATOM 1403 N PRO 173 144.968 185.453 165.052 1.00 86.75 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.368 185.940 166.368 1.00 86.91 C ATOM 1405 C PRO 173 144.472 187.096 166.822 1.00 87.50 C ATOM 1406 O PRO 173 143.965 187.861 166.000 1.00 86.12 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.820 186.395 166.225 1.00 85.28 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.305 185.700 164.962 1.00 82.03 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.056 185.589 164.107 1.00 85.09 C ATOM 1410 N TYR 174 144.305 187.239 168.123 1.00 89.09 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.592 188.381 168.684 1.00 89.30 C ATOM 1412 C TYR 174 144.261 189.694 168.267 1.00 89.31 C ATOM 1413 O TYR 174 145.481 189.784 168.285 1.00 87.42 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.544 188.235 170.204 1.00 88.97 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.696 189.288 170.874 1.00 89.99 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.291 190.314 171.628 1.00 83.42 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.295 189.254 170.729 1.00 83.91 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.492 191.288 172.249 1.00 82.97 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.493 190.224 171.341 1.00 83.02 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.093 191.238 172.105 1.00 87.58 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.302 192.185 172.701 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