####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS314_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS314_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 10 109 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 58 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 91 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 9 78 103 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 99 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 12 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 80 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 82 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 67 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 65 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 87 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 18 81 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 23 122 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 57 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 70 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 77 120 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 4 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 82.22 89.63 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.44 0.57 0.72 0.80 0.88 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.96 0.96 0.96 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.370 0 0.031 0.031 0.434 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.329 0 0.028 0.156 0.961 100.000 95.960 0.961 LGA W 167 W 167 0.359 0 0.196 0.206 0.535 100.000 96.104 0.526 LGA I 168 I 168 0.647 0 0.061 0.792 1.841 81.818 73.864 1.289 LGA S 169 S 169 1.121 0 0.565 0.597 2.667 60.000 59.394 1.792 LGA G 170 G 170 1.599 0 0.063 0.063 1.845 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.946 0 0.043 1.397 5.547 73.636 50.682 2.890 LGA A 172 A 172 0.570 0 0.013 0.020 0.741 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.235 0 0.007 0.219 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA Y 174 Y 174 0.389 0 0.004 0.222 1.284 100.000 88.030 1.284 LGA G 175 G 175 0.149 0 0.064 0.064 0.245 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.147 0 0.000 0.165 0.397 100.000 100.000 0.114 LGA Q 177 Q 177 0.362 0 0.056 0.265 0.992 100.000 95.960 0.500 LGA L 178 L 178 0.227 0 0.130 0.200 1.781 90.909 82.500 1.781 LGA N 179 N 179 1.448 0 0.171 0.646 4.949 59.091 35.909 4.949 LGA K 180 K 180 4.068 0 0.283 0.961 13.418 16.364 7.273 13.418 LGA K 181 K 181 1.781 0 0.446 0.960 10.293 61.818 28.889 10.293 LGA T 182 T 182 1.089 0 0.017 1.112 3.619 69.545 62.857 3.619 LGA S 183 S 183 0.661 0 0.113 0.101 1.030 86.364 82.121 0.867 LGA K 184 K 184 0.827 0 0.072 0.855 2.844 81.818 72.121 2.844 LGA L 185 L 185 0.470 0 0.073 0.081 0.780 90.909 90.909 0.628 LGA D 186 D 186 0.285 0 0.035 0.145 0.948 100.000 95.455 0.461 LGA P 187 P 187 0.539 0 0.029 0.363 1.166 82.273 84.675 0.459 LGA V 188 V 188 0.643 0 0.000 0.023 0.720 81.818 81.818 0.720 LGA E 189 E 189 0.586 0 0.031 0.289 1.292 81.818 82.020 1.292 LGA D 190 D 190 0.566 0 0.033 0.055 0.989 90.909 86.364 0.989 LGA E 191 E 191 0.333 0 0.000 0.024 0.592 100.000 91.919 0.592 LGA A 192 A 192 0.216 0 0.031 0.026 0.310 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.203 0 0.043 0.121 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA V 194 V 194 0.189 0 0.000 0.052 0.366 100.000 100.000 0.366 LGA V 195 V 195 0.156 0 0.000 0.016 0.220 100.000 100.000 0.157 LGA Q 196 Q 196 0.140 0 0.033 0.262 1.209 100.000 92.121 0.958 LGA L 197 L 197 0.204 0 0.000 0.046 0.284 100.000 100.000 0.284 LGA I 198 I 198 0.239 0 0.049 0.075 0.436 100.000 100.000 0.367 LGA F 199 F 199 0.262 0 0.008 0.046 0.325 100.000 100.000 0.228 LGA N 200 N 200 0.322 0 0.024 0.833 2.652 100.000 86.364 2.652 LGA I 201 I 201 0.233 0 0.000 0.031 0.318 100.000 100.000 0.158 LGA F 202 F 202 0.242 0 0.018 0.026 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA L 203 L 203 0.319 0 0.029 0.051 0.548 100.000 97.727 0.470 LGA N 204 N 204 0.283 0 0.000 0.121 1.126 100.000 91.136 0.703 LGA G 205 G 205 0.521 0 0.042 0.042 0.567 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.600 0 0.036 0.144 0.958 81.818 88.636 0.454 LGA N 207 N 207 1.176 0 0.019 0.196 1.951 69.545 65.682 1.382 LGA G 208 G 208 1.291 0 0.094 0.094 1.641 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.422 0 0.049 0.581 1.658 65.455 73.333 0.325 LGA D 210 D 210 1.366 0 0.101 0.709 1.456 69.545 69.545 1.181 LGA Y 211 Y 211 1.936 0 0.120 0.599 2.212 50.909 49.848 1.913 LGA S 212 S 212 2.410 0 0.636 0.779 5.984 36.364 26.061 5.984 LGA Y 213 Y 213 2.970 0 0.171 1.080 14.520 41.818 14.091 14.520 LGA A 215 A 215 1.070 0 0.197 0.215 2.000 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.331 0 0.000 0.141 0.438 100.000 100.000 0.379 LGA A 217 A 217 0.246 0 0.048 0.063 0.314 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.490 0 0.021 0.102 1.192 100.000 91.212 1.192 LGA H 219 H 219 0.353 0 0.008 0.090 0.812 100.000 92.727 0.812 LGA L 220 L 220 0.324 0 0.000 0.083 0.459 100.000 100.000 0.459 LGA T 221 T 221 0.326 0 0.000 0.034 0.475 100.000 100.000 0.255 LGA N 222 N 222 0.488 0 0.045 0.062 0.739 90.909 93.182 0.511 LGA L 223 L 223 0.687 0 0.037 0.064 0.964 81.818 81.818 0.817 LGA Q 224 Q 224 0.621 0 0.044 0.188 1.065 81.818 78.182 1.065 LGA I 225 I 225 0.566 0 0.046 0.103 0.584 81.818 86.364 0.313 LGA P 226 P 226 0.512 0 0.031 0.060 0.759 86.364 84.416 0.759 LGA T 227 T 227 0.360 0 0.033 0.087 0.518 100.000 97.403 0.518 LGA P 228 P 228 0.469 0 0.085 0.092 0.472 100.000 100.000 0.422 LGA S 229 S 229 0.535 0 0.152 0.162 0.866 81.818 87.879 0.222 LGA G 230 G 230 0.756 0 0.054 0.054 1.208 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.352 0 0.037 0.467 1.350 100.000 92.121 1.350 LGA K 232 K 232 0.400 0 0.089 0.254 0.771 95.455 95.960 0.561 LGA R 233 R 233 0.215 0 0.035 1.099 5.880 100.000 54.380 4.035 LGA W 234 W 234 0.411 0 0.042 0.129 0.647 100.000 93.506 0.562 LGA N 235 N 235 0.619 0 0.014 0.567 2.519 81.818 72.955 2.519 LGA Q 236 Q 236 0.587 0 0.000 0.831 3.220 81.818 66.465 3.220 LGA Y 237 Y 237 0.576 0 0.062 0.143 0.818 81.818 81.818 0.779 LGA T 238 T 238 0.383 0 0.000 0.026 0.423 100.000 100.000 0.399 LGA I 239 I 239 0.264 0 0.030 0.112 0.331 100.000 100.000 0.296 LGA K 240 K 240 0.535 0 0.023 0.195 2.771 95.455 71.717 2.771 LGA A 241 A 241 0.307 0 0.080 0.086 0.442 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.113 0 0.040 0.069 0.260 100.000 100.000 0.194 LGA L 243 L 243 0.273 0 0.038 0.064 0.588 95.455 97.727 0.298 LGA Q 244 Q 244 0.202 0 0.033 0.233 0.868 100.000 93.939 0.724 LGA N 245 N 245 0.236 0 0.026 0.097 0.576 100.000 97.727 0.576 LGA E 246 E 246 0.322 0 0.029 0.465 1.482 100.000 94.141 0.733 LGA V 247 V 247 0.318 0 0.000 0.031 0.333 100.000 100.000 0.327 LGA Y 248 Y 248 0.352 0 0.032 0.115 1.113 100.000 88.030 1.113 LGA I 249 I 249 0.266 0 0.008 0.022 0.341 100.000 100.000 0.298 LGA G 250 G 250 0.245 0 0.045 0.045 0.293 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.261 0 0.035 0.043 0.424 100.000 100.000 0.336 LGA V 252 V 252 0.370 0 0.048 0.106 0.562 100.000 97.403 0.562 LGA K 253 K 253 0.564 0 0.065 0.131 0.940 90.909 85.859 0.917 LGA Y 254 Y 254 0.650 0 0.033 0.225 2.384 90.909 68.030 2.384 LGA K 255 K 255 0.727 0 0.006 0.185 1.484 81.818 80.000 1.484 LGA V 256 V 256 0.870 0 0.041 0.056 1.025 77.727 79.481 0.826 LGA R 257 R 257 1.035 0 0.102 1.074 5.542 65.909 49.917 3.185 LGA E 258 E 258 1.137 0 0.031 0.558 3.474 65.455 46.263 3.441 LGA K 259 K 259 1.680 0 0.074 0.193 1.816 54.545 55.758 1.169 LGA T 260 T 260 1.907 0 0.000 0.124 2.193 50.909 47.273 1.920 LGA K 261 K 261 2.198 0 0.022 0.205 2.591 38.182 36.970 2.415 LGA D 262 D 262 2.444 0 0.031 0.140 2.607 38.182 32.727 2.607 LGA G 263 G 263 2.081 0 0.031 0.031 2.152 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.825 0 0.089 0.452 2.025 50.909 52.929 0.716 LGA R 265 R 265 1.535 0 0.106 0.818 1.838 58.182 61.653 1.704 LGA T 266 T 266 1.505 0 0.046 0.074 1.709 58.182 55.065 1.570 LGA I 267 I 267 1.024 0 0.025 0.069 1.325 69.545 69.545 1.325 LGA R 268 R 268 0.545 0 0.023 1.063 2.914 90.909 71.736 2.914 LGA P 269 P 269 0.155 0 0.012 0.027 0.346 100.000 100.000 0.291 LGA E 270 E 270 0.280 0 0.014 0.239 1.124 100.000 90.101 0.798 LGA K 271 K 271 0.433 0 0.056 0.714 4.611 100.000 62.828 4.358 LGA E 272 E 272 0.393 0 0.060 0.126 1.302 100.000 84.444 1.302 LGA Q 273 Q 273 0.218 0 0.042 0.099 0.405 100.000 100.000 0.405 LGA I 274 I 274 0.189 0 0.034 0.105 0.863 100.000 97.727 0.863 LGA V 275 V 275 0.349 0 0.000 0.030 0.640 95.455 92.208 0.555 LGA V 276 V 276 0.316 0 0.065 0.074 0.591 95.455 94.805 0.354 LGA Q 277 Q 277 0.204 0 0.044 0.576 2.633 100.000 81.010 2.633 LGA D 278 D 278 0.136 0 0.038 0.253 0.919 100.000 97.727 0.919 LGA A 279 A 279 0.072 0 0.014 0.023 0.122 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.115 0 0.023 0.230 0.669 100.000 96.364 0.618 LGA A 281 A 281 0.264 0 0.018 0.017 0.332 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.238 0 0.047 0.056 0.360 100.000 100.000 0.360 LGA I 283 I 283 0.319 0 0.043 0.060 0.558 95.455 97.727 0.419 LGA I 284 I 284 0.216 0 0.007 0.064 0.228 100.000 100.000 0.189 LGA D 285 D 285 0.287 0 0.000 0.731 1.645 100.000 87.727 1.501 LGA K 286 K 286 0.318 0 0.000 0.255 1.242 100.000 92.121 1.242 LGA E 287 E 287 0.392 0 0.016 0.305 2.248 100.000 76.768 2.217 LGA Q 288 Q 288 0.387 0 0.017 0.483 1.454 100.000 86.263 1.454 LGA F 289 F 289 0.094 0 0.022 0.114 0.493 100.000 100.000 0.418 LGA Q 290 Q 290 0.166 0 0.027 0.934 1.841 100.000 85.253 1.841 LGA Q 291 Q 291 0.123 0 0.036 0.094 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA S 292 S 292 0.275 0 0.058 0.683 2.013 100.000 89.697 2.013 LGA Q 293 Q 293 0.301 0 0.000 0.247 0.683 100.000 95.960 0.611 LGA V 294 V 294 0.166 0 0.035 0.045 0.367 100.000 100.000 0.203 LGA K 295 K 295 0.423 0 0.065 0.184 0.869 90.909 85.859 0.623 LGA I 296 I 296 0.605 0 0.028 0.078 0.888 86.364 88.636 0.370 LGA A 297 A 297 0.712 0 0.142 0.160 1.355 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 1.021 0 0.047 0.234 2.662 53.182 55.682 1.306 LGA K 299 K 299 3.196 0 0.216 0.287 12.609 39.545 17.778 12.609 LGA V 300 V 300 2.394 0 0.105 0.116 4.354 35.455 23.377 4.354 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.950 0.915 1.774 86.774 81.775 69.977 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 94.444 97.320 12.860 LGA_LOCAL RMSD: 0.950 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.950 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.950 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.675582 * X + 0.016776 * Y + 0.737094 * Z + 155.135849 Y_new = -0.714824 * X + -0.229984 * Y + 0.660405 * Z + 153.298691 Z_new = 0.180599 * X + -0.973050 * Y + -0.143381 * Z + 134.030487 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.813614 -0.181595 -1.717096 [DEG: -46.6166 -10.4046 -98.3823 ] ZXZ: 2.301373 1.714673 2.958080 [DEG: 131.8590 98.2435 169.4855 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS314_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS314_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.320 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS314_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 154.054 185.047 153.423 1.00 83.93 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.464 185.765 154.563 1.00 84.18 C ATOM 1347 C GLY 165 151.944 185.629 154.683 1.00 85.77 C ATOM 1348 O GLY 165 151.316 186.386 155.424 1.00 83.41 O ATOM 1349 N LYS 166 151.329 184.682 153.971 1.00 85.75 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.892 184.408 154.065 1.00 85.61 C ATOM 1351 C LYS 166 149.581 183.601 155.331 1.00 86.37 C ATOM 1352 O LYS 166 150.329 182.700 155.711 1.00 84.63 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.374 183.699 152.795 1.00 84.05 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.539 184.543 151.512 1.00 80.88 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.960 183.857 150.265 1.00 77.72 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.112 184.755 149.025 1.00 72.39 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.503 184.200 147.790 1.00 66.21 N ATOM 1358 N TRP 167 148.449 183.889 155.966 1.00 86.80 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.973 183.146 157.136 1.00 87.10 C ATOM 1360 C TRP 167 147.163 181.924 156.703 1.00 86.47 C ATOM 1361 O TRP 167 146.085 182.055 156.127 1.00 83.76 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.163 184.066 158.036 1.00 86.69 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.799 183.434 159.338 1.00 87.00 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.654 182.772 159.613 1.00 83.90 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.618 183.364 160.551 1.00 85.52 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.697 182.305 160.922 1.00 83.65 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.882 182.644 161.524 1.00 84.84 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.896 183.844 160.901 1.00 84.81 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.407 182.400 162.817 1.00 84.52 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.410 183.606 162.183 1.00 82.74 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.670 182.886 163.128 1.00 82.22 C ATOM 1372 N ILE 168 147.675 180.741 156.989 1.00 84.64 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.107 179.455 156.552 1.00 82.77 C ATOM 1374 C ILE 168 146.596 178.625 157.737 1.00 81.32 C ATOM 1375 O ILE 168 145.899 177.627 157.571 1.00 75.29 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.157 178.674 155.727 1.00 79.85 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.833 179.574 154.664 1.00 75.84 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.526 177.460 155.023 1.00 73.06 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 150.045 178.906 154.025 1.00 69.36 C ATOM 1380 N SER 169 146.938 179.032 158.948 1.00 81.60 N ATOM 1381 CA SER 169 146.502 178.386 160.181 1.00 80.06 C ATOM 1382 C SER 169 145.014 178.646 160.463 1.00 79.25 C ATOM 1383 O SER 169 144.316 179.248 159.651 1.00 73.36 O ATOM 1384 CB SER 169 147.408 178.827 161.326 1.00 76.45 C ATOM 1385 OG SER 169 148.726 178.402 161.088 1.00 71.61 O ATOM 1386 N GLY 170 144.514 178.163 161.598 1.00 76.38 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.104 178.270 161.967 1.00 76.00 C ATOM 1388 C GLY 170 142.639 179.695 162.272 1.00 78.69 C ATOM 1389 O GLY 170 142.696 180.577 161.427 1.00 75.43 O ATOM 1390 N LEU 171 142.163 179.912 163.507 1.00 79.65 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.719 181.237 163.949 1.00 79.58 C ATOM 1392 C LEU 171 142.868 182.242 163.871 1.00 81.03 C ATOM 1393 O LEU 171 143.986 181.943 164.298 1.00 79.24 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.169 181.150 165.381 1.00 76.59 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.800 180.446 165.474 1.00 72.16 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.525 180.013 166.905 1.00 66.66 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.659 181.362 165.018 1.00 65.28 C ATOM 1398 N ALA 172 142.556 183.431 163.361 1.00 84.10 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.478 184.552 163.415 1.00 84.54 C ATOM 1400 C ALA 172 143.820 184.889 164.882 1.00 85.48 C ATOM 1401 O ALA 172 142.963 184.723 165.759 1.00 83.93 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.846 185.742 162.684 1.00 82.50 C ATOM 1403 N PRO 173 145.041 185.339 165.177 1.00 87.25 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.396 185.791 166.516 1.00 87.41 C ATOM 1405 C PRO 173 144.558 187.012 166.912 1.00 88.00 C ATOM 1406 O PRO 173 144.104 187.774 166.058 1.00 86.72 O ATOM 1407 CB PRO 173 146.892 186.095 166.458 1.00 85.85 C ATOM 1408 CG PRO 173 147.138 186.420 164.989 1.00 82.58 C ATOM 1409 CD PRO 173 146.139 185.541 164.246 1.00 85.59 C ATOM 1410 N TYR 174 144.357 187.197 168.213 1.00 88.99 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.619 188.342 168.740 1.00 89.20 C ATOM 1412 C TYR 174 144.266 189.656 168.300 1.00 89.21 C ATOM 1413 O TYR 174 145.487 189.765 168.307 1.00 87.29 O ATOM 1414 CB TYR 174 143.552 188.228 170.261 1.00 88.99 C ATOM 1415 CG TYR 174 142.681 189.277 170.908 1.00 89.89 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.253 190.323 171.653 1.00 82.85 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.281 189.219 170.758 1.00 83.40 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.435 191.299 172.248 1.00 82.41 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.459 190.190 171.344 1.00 82.57 C ATOM 1420 CZ TYR 174 141.040 191.228 172.090 1.00 87.56 C ATOM 1421 OH TYR 174 140.233 192.181 172.657 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