####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS314_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS314_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.85 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.85 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.85 0.85 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 79 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 15 107 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 7 68 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 44 111 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 110 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 6 106 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 15 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 79 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 59 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 85 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 65 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 57 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 114 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 114 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 15 91 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 16 41 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 11 25 123 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 70 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 79 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 5 109 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 32 122 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 115 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 85.19 94.07 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.44 0.58 0.65 0.68 0.81 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 GDT RMS_ALL_AT 0.86 0.87 0.86 0.86 0.86 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 0.85 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.504 0 0.038 0.038 0.557 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.459 0 0.040 0.191 1.505 100.000 88.485 1.505 LGA W 167 W 167 0.328 0 0.185 0.197 0.563 100.000 96.104 0.547 LGA I 168 I 168 0.829 0 0.143 1.558 3.450 81.818 64.318 2.264 LGA S 169 S 169 1.281 0 0.581 0.756 2.681 60.000 53.030 2.527 LGA G 170 G 170 1.713 0 0.070 0.070 1.890 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.944 0 0.057 1.389 5.566 73.636 50.682 2.904 LGA A 172 A 172 0.558 0 0.000 0.017 0.748 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.226 0 0.000 0.100 0.366 100.000 100.000 0.366 LGA Y 174 Y 174 0.419 0 0.000 0.218 1.357 100.000 86.667 1.357 LGA G 175 G 175 0.176 0 0.057 0.057 0.276 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.200 0 0.018 0.169 0.409 100.000 100.000 0.123 LGA Q 177 Q 177 0.473 0 0.053 0.248 0.903 100.000 95.960 0.587 LGA L 178 L 178 0.350 0 0.133 0.205 1.762 90.909 82.500 1.762 LGA N 179 N 179 1.263 0 0.171 0.646 4.683 62.273 38.409 4.683 LGA K 180 K 180 3.881 0 0.281 0.960 13.428 20.455 9.091 13.428 LGA K 181 K 181 1.812 0 0.445 0.950 10.269 65.909 30.707 10.269 LGA T 182 T 182 0.989 0 0.017 1.113 3.690 77.727 64.935 3.690 LGA S 183 S 183 0.746 0 0.104 0.093 1.083 82.273 79.394 0.920 LGA K 184 K 184 0.864 0 0.075 0.842 2.721 81.818 72.121 2.721 LGA L 185 L 185 0.472 0 0.067 0.077 0.736 90.909 93.182 0.535 LGA D 186 D 186 0.276 0 0.034 0.146 0.861 100.000 97.727 0.361 LGA P 187 P 187 0.529 0 0.029 0.070 1.085 82.273 82.078 0.710 LGA V 188 V 188 0.653 0 0.000 0.023 0.715 81.818 81.818 0.715 LGA E 189 E 189 0.584 0 0.035 0.200 0.791 81.818 87.879 0.493 LGA D 190 D 190 0.507 0 0.026 0.052 0.844 90.909 86.364 0.844 LGA E 191 E 191 0.300 0 0.000 0.000 0.639 100.000 93.939 0.639 LGA A 192 A 192 0.254 0 0.020 0.019 0.341 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.226 0 0.043 0.081 0.481 100.000 100.000 0.346 LGA V 194 V 194 0.157 0 0.000 0.036 0.248 100.000 100.000 0.248 LGA V 195 V 195 0.108 0 0.000 0.000 0.171 100.000 100.000 0.115 LGA Q 196 Q 196 0.178 0 0.026 0.256 1.190 100.000 92.121 0.947 LGA L 197 L 197 0.225 0 0.000 0.040 0.287 100.000 100.000 0.275 LGA I 198 I 198 0.157 0 0.041 0.072 0.287 100.000 100.000 0.249 LGA F 199 F 199 0.218 0 0.013 0.046 0.273 100.000 100.000 0.109 LGA N 200 N 200 0.265 0 0.000 0.777 1.629 100.000 87.727 1.615 LGA I 201 I 201 0.166 0 0.019 0.043 0.234 100.000 100.000 0.127 LGA F 202 F 202 0.178 0 0.000 0.000 0.287 100.000 100.000 0.255 LGA L 203 L 203 0.294 0 0.027 0.057 0.541 100.000 95.455 0.509 LGA N 204 N 204 0.239 0 0.019 0.087 1.071 100.000 91.136 0.867 LGA G 205 G 205 0.347 0 0.039 0.039 0.365 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.440 0 0.006 0.193 1.013 90.909 88.864 0.542 LGA N 207 N 207 0.938 0 0.000 0.178 1.423 77.727 73.636 1.033 LGA G 208 G 208 1.079 0 0.072 0.072 1.482 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.240 0 0.055 0.628 1.511 65.455 73.333 0.456 LGA D 210 D 210 1.207 0 0.059 0.726 1.826 69.545 63.864 1.578 LGA Y 211 Y 211 1.619 0 0.120 0.568 1.919 58.182 56.970 1.637 LGA S 212 S 212 2.220 0 0.639 0.778 5.851 41.818 29.697 5.851 LGA Y 213 Y 213 3.042 0 0.174 1.089 14.549 36.364 12.273 14.549 LGA A 215 A 215 0.875 0 0.193 0.211 1.892 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.344 0 0.000 0.140 0.566 100.000 95.455 0.566 LGA A 217 A 217 0.210 0 0.055 0.066 0.296 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.406 0 0.029 0.100 1.101 100.000 91.212 1.101 LGA H 219 H 219 0.199 0 0.000 0.080 0.561 100.000 98.182 0.561 LGA L 220 L 220 0.188 0 0.000 0.086 0.379 100.000 100.000 0.379 LGA T 221 T 221 0.191 0 0.000 0.019 0.319 100.000 100.000 0.146 LGA N 222 N 222 0.395 0 0.041 0.058 0.613 95.455 97.727 0.401 LGA L 223 L 223 0.521 0 0.041 0.070 0.758 86.364 84.091 0.581 LGA Q 224 Q 224 0.464 0 0.048 0.156 0.946 95.455 89.899 0.781 LGA I 225 I 225 0.413 0 0.049 0.100 0.423 100.000 100.000 0.154 LGA P 226 P 226 0.402 0 0.032 0.060 0.638 100.000 94.805 0.638 LGA T 227 T 227 0.345 0 0.037 0.087 0.524 100.000 97.403 0.524 LGA P 228 P 228 0.520 0 0.078 0.087 0.520 90.909 92.208 0.430 LGA S 229 S 229 0.585 0 0.149 0.161 0.718 81.818 87.879 0.308 LGA G 230 G 230 0.726 0 0.050 0.050 1.092 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.278 0 0.045 0.483 1.123 100.000 92.121 1.123 LGA K 232 K 232 0.251 0 0.082 0.250 1.056 95.455 92.121 1.056 LGA R 233 R 233 0.324 0 0.000 1.236 5.701 100.000 61.818 4.722 LGA W 234 W 234 0.381 0 0.019 0.148 0.433 100.000 100.000 0.356 LGA N 235 N 235 0.720 0 0.077 0.690 1.701 81.818 80.455 0.284 LGA Q 236 Q 236 0.660 0 0.000 0.835 3.021 81.818 64.646 3.021 LGA Y 237 Y 237 0.564 0 0.034 0.081 0.853 86.364 83.333 0.853 LGA T 238 T 238 0.407 0 0.010 0.052 0.474 100.000 100.000 0.392 LGA I 239 I 239 0.365 0 0.030 0.115 0.392 100.000 100.000 0.376 LGA K 240 K 240 0.590 0 0.025 0.195 2.775 95.455 71.717 2.775 LGA A 241 A 241 0.396 0 0.087 0.093 0.560 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.149 0 0.048 0.069 0.336 100.000 100.000 0.157 LGA L 243 L 243 0.225 0 0.032 0.050 0.475 100.000 100.000 0.281 LGA Q 244 Q 244 0.177 0 0.043 0.237 1.029 100.000 92.121 0.789 LGA N 245 N 245 0.204 0 0.021 0.091 0.553 100.000 97.727 0.553 LGA E 246 E 246 0.221 0 0.028 0.480 1.543 100.000 90.505 0.961 LGA V 247 V 247 0.216 0 0.000 0.042 0.307 100.000 100.000 0.302 LGA Y 248 Y 248 0.319 0 0.032 0.118 1.078 100.000 91.061 1.078 LGA I 249 I 249 0.226 0 0.027 0.031 0.327 100.000 100.000 0.278 LGA G 250 G 250 0.225 0 0.052 0.052 0.238 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.150 0 0.039 0.045 0.243 100.000 100.000 0.211 LGA V 252 V 252 0.340 0 0.048 0.110 0.673 100.000 97.403 0.673 LGA K 253 K 253 0.558 0 0.066 0.139 0.718 90.909 85.859 0.592 LGA Y 254 Y 254 0.636 0 0.031 0.214 2.155 90.909 69.242 2.155 LGA K 255 K 255 0.682 0 0.000 0.182 1.375 81.818 80.000 1.375 LGA V 256 V 256 0.813 0 0.042 0.052 0.989 81.818 81.818 0.754 LGA R 257 R 257 0.997 0 0.108 1.061 5.920 73.636 48.760 3.735 LGA E 258 E 258 0.916 0 0.023 0.571 3.386 73.636 49.899 3.339 LGA K 259 K 259 1.288 0 0.074 0.197 1.393 65.455 69.091 0.754 LGA T 260 T 260 1.317 0 0.000 0.079 1.500 65.455 65.455 1.342 LGA K 261 K 261 1.507 0 0.018 0.175 1.697 54.545 54.141 1.653 LGA D 262 D 262 1.586 0 0.034 0.887 3.212 54.545 41.591 3.212 LGA G 263 G 263 1.484 0 0.015 0.015 1.484 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.205 0 0.090 0.438 1.684 65.455 63.838 1.181 LGA R 265 R 265 1.062 0 0.066 0.908 4.065 69.545 55.041 4.065 LGA T 266 T 266 1.142 0 0.041 0.068 1.291 73.636 70.130 1.235 LGA I 267 I 267 0.766 0 0.031 0.065 0.940 81.818 81.818 0.919 LGA R 268 R 268 0.447 0 0.025 1.003 2.784 95.455 76.364 2.784 LGA P 269 P 269 0.166 0 0.000 0.027 0.377 100.000 100.000 0.362 LGA E 270 E 270 0.241 0 0.013 0.259 1.050 100.000 92.121 1.050 LGA K 271 K 271 0.458 0 0.061 0.719 4.484 100.000 63.232 4.347 LGA E 272 E 272 0.378 0 0.056 0.130 1.282 100.000 84.444 1.282 LGA Q 273 Q 273 0.272 0 0.044 0.099 0.394 100.000 100.000 0.348 LGA I 274 I 274 0.235 0 0.031 0.102 0.818 100.000 97.727 0.818 LGA V 275 V 275 0.140 0 0.000 0.023 0.344 100.000 100.000 0.305 LGA V 276 V 276 0.195 0 0.057 0.069 0.541 100.000 97.403 0.343 LGA Q 277 Q 277 0.055 0 0.045 0.598 3.007 100.000 78.586 3.007 LGA D 278 D 278 0.065 0 0.034 0.231 0.772 100.000 97.727 0.772 LGA A 279 A 279 0.092 0 0.013 0.024 0.161 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.102 0 0.025 0.224 0.645 100.000 96.364 0.563 LGA A 281 A 281 0.271 0 0.026 0.025 0.364 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.206 0 0.046 0.059 0.303 100.000 100.000 0.303 LGA I 283 I 283 0.322 0 0.053 0.063 0.571 95.455 97.727 0.435 LGA I 284 I 284 0.253 0 0.022 0.094 0.310 100.000 100.000 0.195 LGA D 285 D 285 0.572 0 0.071 0.890 3.277 95.455 74.773 1.526 LGA K 286 K 286 0.406 0 0.000 0.261 1.296 100.000 90.101 1.296 LGA E 287 E 287 0.353 0 0.019 0.331 1.973 100.000 88.687 0.970 LGA Q 288 Q 288 0.290 0 0.011 0.279 1.865 100.000 84.848 1.470 LGA F 289 F 289 0.236 0 0.029 0.103 0.482 100.000 100.000 0.439 LGA Q 290 Q 290 0.257 0 0.029 1.263 3.830 100.000 66.667 3.830 LGA Q 291 Q 291 0.150 0 0.030 0.130 0.492 100.000 100.000 0.359 LGA S 292 S 292 0.089 0 0.053 0.063 0.181 100.000 100.000 0.117 LGA Q 293 Q 293 0.152 0 0.000 0.218 0.731 100.000 95.960 0.731 LGA V 294 V 294 0.226 0 0.034 0.051 0.388 100.000 100.000 0.333 LGA K 295 K 295 0.270 0 0.068 0.196 0.765 95.455 93.939 0.415 LGA I 296 I 296 0.479 0 0.025 0.084 0.866 90.909 93.182 0.267 LGA A 297 A 297 0.800 0 0.132 0.150 1.549 74.091 75.636 - LGA N 298 N 298 0.776 0 0.046 0.268 2.414 67.727 64.773 1.293 LGA K 299 K 299 3.446 0 0.300 0.727 13.080 36.364 16.162 13.080 LGA V 300 V 300 1.784 0 0.078 0.066 3.659 41.818 30.649 3.334 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.852 0.810 1.749 88.933 83.321 70.649 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.85 95.556 97.989 14.181 LGA_LOCAL RMSD: 0.852 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.852 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.852 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.767460 * X + -0.334470 * Y + 0.546932 * Z + 152.845535 Y_new = 0.521521 * X + 0.170449 * Y + 0.836040 * Z + 150.379425 Z_new = -0.372854 * X + 0.926864 * Y + 0.043621 * Z + 142.425995 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.544729 0.382083 1.523768 [DEG: 145.8022 21.8918 87.3055 ] ZXZ: 2.562275 1.527161 -0.382466 [DEG: 146.8075 87.4999 -21.9137 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS314_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS314_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.85 97.989 0.85 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS314_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 10217 N GLY 165 153.868 184.997 153.358 1.00 83.24 N ATOM 10218 CA GLY 165 153.304 185.735 154.492 1.00 83.57 C ATOM 10219 C GLY 165 151.787 185.606 154.650 1.00 85.28 C ATOM 10220 O GLY 165 151.183 186.365 155.407 1.00 82.96 O ATOM 10221 N LYS 166 151.155 184.661 153.952 1.00 85.29 N ATOM 10222 CA LYS 166 149.718 184.406 154.079 1.00 85.00 C ATOM 10223 C LYS 166 149.424 183.628 155.367 1.00 86.19 C ATOM 10224 O LYS 166 150.153 182.708 155.733 1.00 84.56 O ATOM 10225 CB LYS 166 149.171 183.674 152.838 1.00 83.29 C ATOM 10226 CG LYS 166 149.290 184.497 151.537 1.00 79.90 C ATOM 10227 CD LYS 166 148.628 183.804 150.337 1.00 76.91 C ATOM 10228 CE LYS 166 148.704 184.692 149.081 1.00 71.81 C ATOM 10229 NZ LYS 166 147.943 184.155 147.921 1.00 66.15 N ATOM 10230 N TRP 167 148.324 183.974 156.022 1.00 85.22 N ATOM 10231 CA TRP 167 147.844 183.240 157.195 1.00 85.63 C ATOM 10232 C TRP 167 146.993 182.052 156.761 1.00 84.79 C ATOM 10233 O TRP 167 145.887 182.222 156.251 1.00 82.44 O ATOM 10234 CB TRP 167 147.078 184.183 158.116 1.00 85.45 C ATOM 10235 CG TRP 167 146.710 183.550 159.416 1.00 86.05 C ATOM 10236 CD1 TRP 167 145.551 182.917 159.696 1.00 82.91 C ATOM 10237 CD2 TRP 167 147.539 183.441 160.615 1.00 84.47 C ATOM 10238 NE1 TRP 167 145.595 182.428 160.998 1.00 82.48 N ATOM 10239 CE2 TRP 167 146.796 182.727 161.588 1.00 83.78 C ATOM 10240 CE3 TRP 167 148.832 183.883 160.954 1.00 83.77 C ATOM 10241 CZ2 TRP 167 147.328 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