####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS312_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS312_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 1.00 1.02 LCS_AVERAGE: 98.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 75 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 62 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 52 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 15 87 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 75 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 3 99 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 55 80 96 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 3 99 120 127 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 3 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 58 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 58 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 74 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 74 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 74 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 67 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 64 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 20 107 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 33 107 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 33 107 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 9 107 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 3 89 120 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 18 30 117 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 5 11 92 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 52 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 76 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 64 108 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 76 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 6 87 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 18 50 100 127 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 110 124 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 81.48 91.85 94.81 97.04 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.51 0.69 0.80 0.86 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.29 1.14 1.06 1.03 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.601 0 0.028 0.028 0.699 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.664 0 0.000 0.059 1.441 81.818 76.364 1.441 LGA W 167 W 167 0.509 0 0.179 0.144 0.604 86.364 83.117 0.567 LGA I 168 I 168 1.075 0 0.048 0.773 1.492 73.636 69.545 1.306 LGA S 169 S 169 0.871 0 0.107 0.673 3.046 81.818 71.212 3.046 LGA G 170 G 170 1.376 0 0.064 0.064 1.376 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.766 0 0.086 1.441 6.079 81.818 52.727 3.479 LGA A 172 A 172 0.735 0 0.000 0.014 0.760 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.577 0 0.013 0.093 0.641 81.818 84.416 0.514 LGA Y 174 Y 174 0.579 0 0.034 0.221 1.361 81.818 79.242 1.361 LGA G 175 G 175 0.658 0 0.071 0.071 0.658 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.753 0 0.026 0.135 0.864 81.818 87.879 0.356 LGA Q 177 Q 177 1.052 0 0.045 0.379 1.665 73.636 67.475 1.162 LGA L 178 L 178 0.740 0 0.134 0.215 1.538 73.636 69.773 1.538 LGA N 179 N 179 1.266 0 0.171 0.698 4.900 69.545 41.136 4.900 LGA K 180 K 180 3.143 0 0.293 0.963 12.677 29.545 13.333 12.677 LGA K 181 K 181 2.189 0 0.439 0.943 10.930 62.727 28.485 10.930 LGA T 182 T 182 0.904 0 0.034 1.095 3.404 82.273 68.571 3.404 LGA S 183 S 183 0.982 0 0.116 0.102 1.386 78.182 73.939 1.380 LGA K 184 K 184 0.807 0 0.072 0.918 3.349 77.727 67.475 3.349 LGA L 185 L 185 0.610 0 0.080 0.086 0.873 81.818 90.909 0.193 LGA D 186 D 186 0.483 0 0.037 0.183 0.864 86.364 90.909 0.275 LGA P 187 P 187 0.687 0 0.016 0.363 1.551 70.000 75.065 0.890 LGA V 188 V 188 1.104 0 0.034 0.047 1.261 73.636 70.130 1.234 LGA E 189 E 189 1.164 0 0.042 0.851 3.303 65.455 51.919 3.022 LGA D 190 D 190 1.189 0 0.030 0.042 1.882 69.545 62.045 1.882 LGA E 191 E 191 0.825 0 0.000 0.052 1.331 86.364 76.566 1.331 LGA A 192 A 192 0.378 0 0.034 0.031 0.514 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.555 0 0.053 0.093 1.184 90.909 80.404 1.184 LGA V 194 V 194 0.384 0 0.000 0.036 0.572 100.000 94.805 0.506 LGA V 195 V 195 0.147 0 0.000 0.000 0.313 100.000 100.000 0.114 LGA Q 196 Q 196 0.292 0 0.026 0.237 1.256 100.000 90.303 1.185 LGA L 197 L 197 0.359 0 0.000 0.032 0.489 100.000 100.000 0.484 LGA I 198 I 198 0.139 0 0.049 0.076 0.388 100.000 100.000 0.276 LGA F 199 F 199 0.265 0 0.019 0.030 0.447 100.000 100.000 0.152 LGA N 200 N 200 0.459 0 0.018 0.270 1.016 95.455 91.136 1.016 LGA I 201 I 201 0.343 0 0.020 0.042 0.503 95.455 97.727 0.129 LGA F 202 F 202 0.389 0 0.015 0.024 0.679 95.455 91.736 0.679 LGA L 203 L 203 0.648 0 0.023 0.101 1.285 81.818 77.727 1.023 LGA N 204 N 204 0.568 0 0.000 0.049 1.192 90.909 80.227 1.192 LGA G 205 G 205 0.174 0 0.042 0.042 0.313 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.540 0 0.017 0.138 0.883 86.364 90.909 0.455 LGA N 207 N 207 1.234 0 0.007 0.123 1.672 65.455 61.818 1.516 LGA G 208 G 208 1.155 0 0.096 0.096 1.391 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.274 0 0.050 0.226 3.882 65.455 46.667 3.882 LGA D 210 D 210 1.152 0 0.071 0.232 1.264 65.455 76.136 0.448 LGA Y 211 Y 211 1.777 0 0.116 0.572 2.025 50.909 49.848 1.775 LGA S 212 S 212 2.448 0 0.638 0.790 6.324 36.364 25.152 6.324 LGA Y 213 Y 213 2.738 0 0.180 1.056 14.048 45.455 15.303 14.048 LGA A 215 A 215 0.893 0 0.200 0.216 1.743 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.320 0 0.000 0.172 0.441 100.000 100.000 0.441 LGA A 217 A 217 0.333 0 0.047 0.057 0.354 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.311 0 0.043 0.087 0.723 100.000 96.970 0.723 LGA H 219 H 219 0.402 0 0.020 0.098 0.758 100.000 92.727 0.758 LGA L 220 L 220 0.404 0 0.006 0.062 0.469 100.000 100.000 0.456 LGA T 221 T 221 0.313 0 0.000 0.027 0.355 100.000 100.000 0.297 LGA N 222 N 222 0.373 0 0.048 0.043 0.584 95.455 97.727 0.241 LGA L 223 L 223 0.609 0 0.041 0.093 0.947 81.818 81.818 0.890 LGA Q 224 Q 224 0.596 0 0.042 0.156 1.203 90.909 84.040 0.915 LGA I 225 I 225 0.531 0 0.048 0.069 0.687 86.364 84.091 0.525 LGA P 226 P 226 0.683 0 0.027 0.052 0.892 81.818 81.818 0.892 LGA T 227 T 227 0.728 0 0.046 0.148 0.929 81.818 81.818 0.929 LGA P 228 P 228 0.606 0 0.119 0.129 0.688 86.364 89.610 0.453 LGA S 229 S 229 0.705 0 0.126 0.120 0.866 81.818 81.818 0.784 LGA G 230 G 230 0.916 0 0.000 0.000 0.984 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.700 0 0.063 0.512 0.999 86.364 83.838 0.780 LGA K 232 K 232 0.814 0 0.145 0.272 1.874 77.727 72.929 1.874 LGA R 233 R 233 0.772 0 0.033 1.248 5.468 81.818 55.537 4.209 LGA W 234 W 234 0.128 0 0.024 0.143 0.598 100.000 93.506 0.598 LGA N 235 N 235 0.480 0 0.021 0.563 2.597 100.000 82.045 2.597 LGA Q 236 Q 236 0.467 0 0.000 0.705 2.672 90.909 68.485 2.627 LGA Y 237 Y 237 0.844 0 0.058 0.186 1.140 77.727 72.273 1.140 LGA T 238 T 238 0.517 0 0.000 0.043 0.544 86.364 89.610 0.515 LGA I 239 I 239 0.409 0 0.014 0.107 0.481 100.000 100.000 0.308 LGA K 240 K 240 0.845 0 0.025 0.174 3.105 81.818 58.586 3.105 LGA A 241 A 241 0.795 0 0.085 0.092 0.938 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.260 0 0.031 0.043 0.370 100.000 100.000 0.231 LGA L 243 L 243 0.351 0 0.030 0.052 0.494 100.000 100.000 0.429 LGA Q 244 Q 244 0.515 0 0.072 0.325 1.145 86.364 86.061 0.573 LGA N 245 N 245 0.489 0 0.022 0.072 0.576 100.000 93.182 0.576 LGA E 246 E 246 0.351 0 0.028 0.535 1.271 100.000 92.323 1.224 LGA V 247 V 247 0.313 0 0.038 0.097 0.519 95.455 97.403 0.367 LGA Y 248 Y 248 0.412 0 0.046 0.141 1.132 100.000 89.545 1.132 LGA I 249 I 249 0.312 0 0.000 0.048 0.581 100.000 95.455 0.552 LGA G 250 G 250 0.146 0 0.021 0.021 0.348 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.420 0 0.041 0.063 0.489 100.000 100.000 0.311 LGA V 252 V 252 0.560 0 0.025 0.109 1.054 81.818 79.481 1.054 LGA K 253 K 253 0.363 0 0.073 0.110 0.630 95.455 91.919 0.377 LGA Y 254 Y 254 0.676 0 0.059 0.303 2.391 86.364 66.818 2.391 LGA K 255 K 255 0.627 0 0.032 0.881 5.441 77.727 50.505 5.441 LGA V 256 V 256 0.664 0 0.098 0.121 0.825 86.364 84.416 0.546 LGA R 257 R 257 0.726 0 0.089 1.088 4.354 77.727 59.835 3.163 LGA E 258 E 258 0.824 0 0.070 0.415 2.349 77.727 66.465 2.349 LGA K 259 K 259 1.665 0 0.041 0.753 2.277 54.545 54.343 1.129 LGA T 260 T 260 2.314 0 0.000 0.064 2.707 32.727 35.065 2.220 LGA K 261 K 261 3.578 0 0.023 0.191 5.868 14.545 8.081 5.868 LGA D 262 D 262 2.939 0 0.034 1.037 3.792 30.455 23.636 3.615 LGA G 263 G 263 2.176 0 0.000 0.000 2.347 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.155 0 0.109 0.451 2.515 65.455 68.485 2.515 LGA R 265 R 265 1.123 0 0.092 0.953 4.695 65.455 49.917 4.695 LGA T 266 T 266 1.100 0 0.040 0.136 1.283 65.455 65.455 1.021 LGA I 267 I 267 0.886 0 0.036 0.068 1.437 77.727 71.591 1.437 LGA R 268 R 268 0.809 0 0.020 0.891 2.422 81.818 72.397 2.031 LGA P 269 P 269 1.100 0 0.006 0.031 1.363 77.727 72.468 1.363 LGA E 270 E 270 0.818 0 0.000 0.272 1.076 81.818 78.182 1.076 LGA K 271 K 271 1.203 0 0.061 0.772 3.557 65.455 52.525 3.557 LGA E 272 E 272 0.863 0 0.099 0.145 1.688 81.818 71.313 1.688 LGA Q 273 Q 273 0.730 0 0.033 0.078 0.835 81.818 81.818 0.689 LGA I 274 I 274 0.640 0 0.041 0.164 1.530 81.818 77.955 1.530 LGA V 275 V 275 0.329 0 0.061 0.093 0.521 100.000 97.403 0.481 LGA V 276 V 276 0.433 0 0.062 0.059 0.531 95.455 94.805 0.496 LGA Q 277 Q 277 0.349 0 0.049 0.595 2.731 100.000 79.596 2.731 LGA D 278 D 278 0.189 0 0.050 0.194 0.907 100.000 97.727 0.907 LGA A 279 A 279 0.329 0 0.018 0.023 0.458 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.256 0 0.023 0.120 0.418 100.000 100.000 0.154 LGA A 281 A 281 0.349 0 0.023 0.023 0.471 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.127 0 0.024 0.032 0.452 100.000 100.000 0.391 LGA I 283 I 283 0.313 0 0.038 0.061 0.537 95.455 93.182 0.526 LGA I 284 I 284 0.315 0 0.015 0.091 0.502 95.455 97.727 0.204 LGA D 285 D 285 0.957 0 0.092 0.817 3.011 77.727 59.091 2.540 LGA K 286 K 286 1.069 0 0.023 0.254 1.237 69.545 72.727 0.898 LGA E 287 E 287 1.124 0 0.025 0.410 2.312 65.455 62.424 1.237 LGA Q 288 Q 288 0.851 0 0.018 0.460 2.399 81.818 70.101 1.652 LGA F 289 F 289 0.851 0 0.044 0.132 1.051 77.727 77.355 0.992 LGA Q 290 Q 290 1.132 0 0.021 1.299 3.263 65.455 52.727 2.871 LGA Q 291 Q 291 0.946 0 0.035 0.065 1.021 77.727 80.000 0.899 LGA S 292 S 292 0.803 0 0.035 0.686 2.866 81.818 72.727 2.866 LGA Q 293 Q 293 1.079 0 0.000 0.266 1.580 69.545 65.657 1.580 LGA V 294 V 294 1.202 0 0.038 0.041 1.450 65.455 65.455 1.309 LGA K 295 K 295 0.721 0 0.037 0.133 0.862 81.818 87.879 0.510 LGA I 296 I 296 0.965 0 0.030 0.080 1.249 73.636 73.636 1.000 LGA A 297 A 297 1.438 0 0.114 0.127 1.839 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.467 0 0.000 0.211 1.338 86.364 84.318 1.338 LGA K 299 K 299 1.568 0 0.070 0.181 5.203 55.455 33.737 5.203 LGA V 300 V 300 2.152 0 0.116 0.103 2.759 38.636 38.701 2.759 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.017 0.983 1.750 81.303 76.217 62.689 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 94.074 97.372 12.086 LGA_LOCAL RMSD: 1.017 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.017 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.017 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.090551 * X + -0.756880 * Y + -0.647251 * Z + 144.249481 Y_new = 0.095355 * X + 0.653524 * Y + -0.750875 * Z + 171.750473 Z_new = 0.991316 * X + 0.006273 * Y + 0.131350 * Z + 170.724960 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.811237 -1.438915 0.047725 [DEG: 46.4805 -82.4438 2.7344 ] ZXZ: -0.711417 1.439066 1.564468 [DEG: -40.7612 82.4524 89.6374 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS312_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS312_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.372 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS312_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.629 185.007 153.326 1.00 91.55 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.185 185.678 154.551 1.00 91.55 C ATOM 2722 C GLY 165 151.666 185.672 154.750 1.00 91.55 C ATOM 2723 O GLY 165 151.140 186.486 155.507 1.00 91.55 O ATOM 2724 N LYS 166 150.926 184.789 154.066 1.00 93.87 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.474 184.648 154.258 1.00 93.87 C ATOM 2728 C LYS 166 149.171 183.846 155.520 1.00 93.87 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.805 184.009 153.036 1.00 93.87 C ATOM 2732 O LYS 166 149.888 182.910 155.881 1.00 93.87 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.887 184.902 151.793 1.00 93.87 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.413 184.132 150.557 1.00 93.87 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.240 185.092 149.381 1.00 93.87 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.088 184.352 148.110 1.00 93.87 N ATOM 2746 N TRP 167 148.053 184.162 156.163 1.00 93.49 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.616 183.463 157.362 1.00 93.49 C ATOM 2750 C TRP 167 146.854 182.182 157.016 1.00 93.49 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.791 184.393 158.240 1.00 93.49 C ATOM 2754 O TRP 167 145.750 182.207 156.479 1.00 93.49 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.427 183.779 159.553 1.00 93.49 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.249 183.197 159.875 1.00 93.49 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.277 183.643 160.728 1.00 93.49 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.537 182.973 161.744 1.00 93.49 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.605 184.018 161.028 1.00 93.49 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.309 182.723 161.172 1.00 93.49 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.402 183.096 163.279 1.00 93.49 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.082 182.699 163.004 1.00 93.49 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.159 183.753 162.293 1.00 93.49 C ATOM 2770 N ILE 168 147.450 181.038 157.351 1.00 88.21 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.877 179.699 157.100 1.00 88.21 C ATOM 2774 C ILE 168 146.473 179.009 158.409 1.00 88.21 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.914 178.858 156.331 1.00 88.21 C ATOM 2777 O ILE 168 145.753 178.007 158.413 1.00 88.21 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.287 179.525 154.994 1.00 88.21 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.443 177.419 156.034 1.00 88.21 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.699 179.107 154.636 1.00 88.21 C ATOM 2789 N SER 169 146.979 179.505 159.537 1.00 80.84 N ATOM 2791 CA SER 169 146.974 178.792 160.810 1.00 80.84 C ATOM 2793 C SER 169 145.700 179.055 161.619 1.00 80.84 C ATOM 2794 CB SER 169 148.264 179.092 161.579 1.00 80.84 C ATOM 2797 O SER 169 145.744 179.661 162.683 1.00 80.84 O ATOM 2798 OG SER 169 148.389 178.162 162.635 1.00 80.84 O ATOM 2800 N GLY 170 144.563 178.545 161.142 1.00 83.66 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 141.027 189.915 161.012 1.00 95.38 C ATOM 2903 C GLN 177 141.693 189.378 159.746 1.00 95.38 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.804 190.789 160.712 1.00 95.38 C ATOM 2907 O GLN 177 142.628 189.967 159.207 1.00 95.38 O ATOM 2908 CG GLN 177 140.134 192.062 159.914 1.00 95.38 C ATOM 2911 CD GLN 177 138.899 192.891 159.593 1.00 95.38 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 139.024 193.880 158.739 1.00 95.38 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.798 192.654 160.065 1.00 95.38 O ATOM 2916 N LEU 178 141.198 188.244 159.247 1.00 94.88 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.670 187.690 157.983 1.00 94.88 C ATOM 2920 C LEU 178 141.046 188.456 156.814 1.00 94.88 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.354 186.188 157.918 1.00 94.88 C ATOM 2924 O LEU 178 139.838 188.368 156.573 1.00 94.88 O ATOM 2925 CG LEU 178 141.931 185.501 156.664 1.00 94.88 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.456 185.477 156.693 1.00 94.88 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.440 184.055 156.604 1.00 94.88 C ATOM 2935 N ASN 179 141.874 189.141 156.035 1.00 93.61 N ATOM 2937 CA ASN 179 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