####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS312_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS312_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.94 1.11 LCS_AVERAGE: 64.88 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 64 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 60 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 19 94 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 78 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 76 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 11 101 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 89 111 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 3 101 115 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 13 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 64 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 64 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 76 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 74 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 76 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 79 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 60 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 35 108 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 35 108 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 35 108 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 3 108 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 3 90 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 12 61 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 6 21 103 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 49 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 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LCS_GDT Q 290 Q 290 70 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 70 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 70 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 70 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 70 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 70 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 70 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 70 135 135 64 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 70 135 135 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 70 135 135 13 104 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 70 135 135 7 70 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 88.29 ( 64.88 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 111 125 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 82.22 92.59 94.07 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.69 0.74 0.97 1.02 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 GDT RMS_ALL_AT 1.29 1.22 1.15 1.12 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.625 0 0.028 0.028 0.713 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.664 0 0.000 0.038 1.425 81.818 76.364 1.425 LGA W 167 W 167 0.493 0 0.197 0.163 0.592 86.364 85.714 0.592 LGA I 168 I 168 1.089 0 0.061 0.706 1.491 73.636 71.591 0.884 LGA S 169 S 169 0.944 0 0.165 0.717 3.349 81.818 71.212 3.349 LGA G 170 G 170 1.369 0 0.054 0.054 1.369 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 1.000 0 0.084 1.373 6.248 73.636 47.727 3.845 LGA A 172 A 172 0.788 0 0.008 0.020 0.864 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.585 0 0.010 0.092 0.657 81.818 84.416 0.553 LGA Y 174 Y 174 0.587 0 0.000 0.178 1.336 81.818 77.727 1.336 LGA G 175 G 175 0.669 0 0.068 0.068 0.669 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.751 0 0.034 0.133 0.893 81.818 87.879 0.316 LGA Q 177 Q 177 1.110 0 0.050 0.449 1.750 73.636 67.475 1.356 LGA L 178 L 178 0.839 0 0.137 0.207 1.412 73.636 71.591 1.412 LGA N 179 N 179 1.265 0 0.180 0.694 4.833 69.545 41.136 4.833 LGA K 180 K 180 3.132 0 0.293 0.963 12.859 29.545 13.131 12.859 LGA K 181 K 181 2.302 0 0.435 0.943 10.930 59.091 26.869 10.930 LGA T 182 T 182 0.935 0 0.036 1.117 3.395 82.273 70.649 3.395 LGA S 183 S 183 0.938 0 0.113 0.100 1.256 78.182 73.939 1.216 LGA K 184 K 184 0.794 0 0.066 0.919 3.392 81.818 69.293 3.392 LGA L 185 L 185 0.606 0 0.063 0.070 0.763 81.818 90.909 0.179 LGA D 186 D 186 0.538 0 0.044 0.182 0.923 81.818 88.636 0.347 LGA P 187 P 187 0.753 0 0.028 0.060 1.526 70.000 75.065 0.723 LGA V 188 V 188 1.134 0 0.033 0.044 1.289 65.455 65.455 1.289 LGA E 189 E 189 1.211 0 0.044 0.853 3.174 65.455 52.929 2.608 LGA D 190 D 190 1.241 0 0.029 0.044 1.800 65.455 60.000 1.800 LGA E 191 E 191 0.901 0 0.000 0.060 1.446 77.727 72.727 1.446 LGA A 192 A 192 0.471 0 0.032 0.032 0.600 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.651 0 0.056 0.148 1.479 81.818 74.545 1.479 LGA V 194 V 194 0.504 0 0.000 0.032 0.719 90.909 87.013 0.599 LGA V 195 V 195 0.195 0 0.000 0.000 0.351 100.000 100.000 0.148 LGA Q 196 Q 196 0.352 0 0.031 0.234 1.339 100.000 88.485 1.339 LGA L 197 L 197 0.462 0 0.014 0.048 0.633 100.000 90.909 0.633 LGA I 198 I 198 0.191 0 0.048 0.076 0.384 100.000 100.000 0.253 LGA F 199 F 199 0.288 0 0.025 0.040 0.434 100.000 100.000 0.092 LGA N 200 N 200 0.479 0 0.010 0.674 1.572 95.455 80.909 1.572 LGA I 201 I 201 0.324 0 0.022 0.053 0.460 100.000 100.000 0.259 LGA F 202 F 202 0.325 0 0.000 0.037 0.564 95.455 95.041 0.564 LGA L 203 L 203 0.606 0 0.024 0.105 1.227 86.364 82.045 0.972 LGA N 204 N 204 0.626 0 0.038 0.051 1.489 90.909 80.227 1.349 LGA G 205 G 205 0.204 0 0.044 0.044 0.390 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.522 0 0.036 1.336 2.862 86.364 69.773 2.299 LGA N 207 N 207 1.046 0 0.043 0.115 1.255 69.545 67.500 1.255 LGA G 208 G 208 1.208 0 0.093 0.093 1.728 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.246 0 0.061 0.227 3.298 65.455 51.313 3.298 LGA D 210 D 210 1.183 0 0.039 0.313 1.253 65.455 78.409 0.283 LGA Y 211 Y 211 1.706 0 0.136 0.607 2.010 58.182 52.273 1.672 LGA S 212 S 212 2.267 0 0.640 0.790 6.139 36.364 26.061 6.139 LGA Y 213 Y 213 2.886 0 0.184 1.059 14.199 41.818 14.091 14.199 LGA A 215 A 215 1.001 0 0.215 0.232 1.929 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.420 0 0.000 0.173 0.550 100.000 97.727 0.550 LGA A 217 A 217 0.378 0 0.053 0.062 0.395 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.395 0 0.027 0.142 1.058 100.000 91.212 1.058 LGA H 219 H 219 0.411 0 0.023 0.116 0.710 100.000 92.727 0.710 LGA L 220 L 220 0.418 0 0.000 0.075 0.480 100.000 100.000 0.477 LGA T 221 T 221 0.365 0 0.004 0.023 0.397 100.000 100.000 0.328 LGA N 222 N 222 0.352 0 0.044 0.064 0.457 100.000 100.000 0.434 LGA L 223 L 223 0.579 0 0.034 0.095 0.816 86.364 84.091 0.804 LGA Q 224 Q 224 0.662 0 0.044 0.115 1.164 86.364 78.384 0.898 LGA I 225 I 225 0.603 0 0.052 0.066 0.721 81.818 81.818 0.507 LGA P 226 P 226 0.750 0 0.025 0.053 1.024 81.818 79.481 1.024 LGA T 227 T 227 0.818 0 0.043 0.142 1.066 81.818 79.481 1.066 LGA P 228 P 228 0.901 0 0.137 0.162 0.901 81.818 81.818 0.762 LGA S 229 S 229 1.038 0 0.121 0.117 1.174 73.636 76.364 0.931 LGA G 230 G 230 1.162 0 0.000 0.000 1.233 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.696 0 0.067 0.517 1.117 86.364 80.202 0.688 LGA K 232 K 232 0.720 0 0.159 0.282 1.919 77.727 72.929 1.919 LGA R 233 R 233 0.659 0 0.040 1.113 6.183 81.818 43.306 4.226 LGA W 234 W 234 0.142 0 0.029 0.155 0.753 100.000 92.208 0.753 LGA N 235 N 235 0.433 0 0.022 0.572 2.452 100.000 83.409 2.452 LGA Q 236 Q 236 0.459 0 0.000 0.784 2.908 90.909 68.485 2.908 LGA Y 237 Y 237 0.821 0 0.070 0.185 1.158 77.727 75.000 1.158 LGA T 238 T 238 0.468 0 0.000 0.071 0.503 95.455 97.403 0.478 LGA I 239 I 239 0.360 0 0.020 0.080 0.431 100.000 100.000 0.338 LGA K 240 K 240 0.840 0 0.026 0.190 3.285 81.818 58.586 3.285 LGA A 241 A 241 0.808 0 0.105 0.114 1.037 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.211 0 0.039 0.059 0.330 100.000 100.000 0.285 LGA L 243 L 243 0.284 0 0.039 0.057 0.491 100.000 100.000 0.308 LGA Q 244 Q 244 0.480 0 0.058 0.294 0.991 90.909 89.899 0.580 LGA N 245 N 245 0.492 0 0.023 0.069 0.634 100.000 90.909 0.634 LGA E 246 E 246 0.338 0 0.031 0.624 1.529 100.000 88.687 1.498 LGA V 247 V 247 0.331 0 0.025 0.059 0.493 100.000 100.000 0.340 LGA Y 248 Y 248 0.420 0 0.042 0.126 1.079 100.000 91.061 1.079 LGA I 249 I 249 0.343 0 0.000 0.040 0.666 100.000 95.455 0.615 LGA G 250 G 250 0.160 0 0.021 0.021 0.363 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.491 0 0.045 0.064 0.570 90.909 92.208 0.466 LGA V 252 V 252 0.580 0 0.046 0.101 0.944 81.818 81.818 0.944 LGA K 253 K 253 0.409 0 0.083 0.212 0.704 95.455 91.919 0.429 LGA Y 254 Y 254 0.651 0 0.062 0.273 2.490 86.364 65.758 2.490 LGA K 255 K 255 0.661 0 0.043 0.621 3.437 77.727 57.576 3.389 LGA V 256 V 256 0.776 0 0.108 0.125 1.031 81.818 79.481 0.667 LGA R 257 R 257 0.843 0 0.072 1.118 4.978 77.727 56.033 3.023 LGA E 258 E 258 0.973 0 0.078 0.320 1.722 77.727 71.111 1.722 LGA K 259 K 259 2.056 0 0.037 0.751 2.711 41.364 47.273 1.300 LGA T 260 T 260 2.854 0 0.000 0.060 3.378 22.727 26.234 2.769 LGA K 261 K 261 4.342 0 0.021 0.187 6.819 5.909 3.030 6.819 LGA D 262 D 262 3.683 0 0.030 1.028 4.410 16.818 12.500 4.367 LGA G 263 G 263 2.911 0 0.000 0.000 3.086 30.455 30.455 - LGA K 264 K 264 1.657 0 0.064 0.425 2.467 47.727 56.364 2.467 LGA R 265 R 265 1.179 0 0.097 0.956 5.202 70.000 47.107 5.202 LGA T 266 T 266 0.888 0 0.040 0.127 1.140 77.727 77.143 0.913 LGA I 267 I 267 0.535 0 0.038 0.072 1.023 81.818 79.773 1.023 LGA R 268 R 268 0.508 0 0.018 0.942 2.335 90.909 80.496 2.335 LGA P 269 P 269 0.666 0 0.006 0.032 0.861 81.818 81.818 0.861 LGA E 270 E 270 0.718 0 0.000 0.240 0.853 81.818 87.879 0.239 LGA K 271 K 271 0.962 0 0.065 0.771 4.546 81.818 54.343 4.546 LGA E 272 E 272 0.578 0 0.096 0.170 1.399 81.818 76.364 1.399 LGA Q 273 Q 273 0.684 0 0.031 0.098 0.844 81.818 81.818 0.844 LGA I 274 I 274 0.611 0 0.036 0.118 1.226 86.364 82.045 1.226 LGA V 275 V 275 0.352 0 0.068 0.094 0.553 100.000 94.805 0.553 LGA V 276 V 276 0.495 0 0.054 0.047 0.567 90.909 87.013 0.540 LGA Q 277 Q 277 0.433 0 0.053 0.592 2.442 100.000 78.788 2.442 LGA D 278 D 278 0.264 0 0.049 0.163 0.993 100.000 97.727 0.993 LGA A 279 A 279 0.438 0 0.026 0.030 0.568 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.240 0 0.021 0.119 0.433 100.000 100.000 0.156 LGA A 281 A 281 0.329 0 0.034 0.031 0.488 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.142 0 0.037 0.044 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA I 283 I 283 0.321 0 0.018 0.057 0.552 95.455 93.182 0.552 LGA I 284 I 284 0.369 0 0.000 0.066 0.602 90.909 95.455 0.342 LGA D 285 D 285 0.962 0 0.044 1.016 2.577 81.818 64.091 2.577 LGA K 286 K 286 1.134 0 0.000 0.239 1.300 65.455 69.091 0.933 LGA E 287 E 287 1.190 0 0.029 0.407 2.216 65.455 64.242 0.887 LGA Q 288 Q 288 0.808 0 0.025 0.289 2.096 81.818 66.869 2.096 LGA F 289 F 289 0.838 0 0.058 0.131 1.063 77.727 75.868 1.010 LGA Q 290 Q 290 1.109 0 0.020 1.234 3.043 65.455 52.727 2.925 LGA Q 291 Q 291 0.877 0 0.035 0.062 0.967 81.818 81.818 0.829 LGA S 292 S 292 0.753 0 0.037 0.692 2.893 81.818 72.727 2.893 LGA Q 293 Q 293 1.025 0 0.000 0.265 1.527 69.545 65.657 1.527 LGA V 294 V 294 1.145 0 0.040 0.052 1.363 69.545 67.792 1.238 LGA K 295 K 295 0.677 0 0.057 0.136 0.910 81.818 91.919 0.360 LGA I 296 I 296 0.887 0 0.032 0.086 1.219 73.636 75.682 0.896 LGA A 297 A 297 1.415 0 0.124 0.137 1.921 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.574 0 0.045 0.184 1.560 81.818 73.864 1.560 LGA K 299 K 299 1.357 0 0.057 0.240 4.740 65.909 42.626 4.740 LGA V 300 V 300 1.450 0 0.096 0.087 1.850 58.182 55.065 1.715 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.081 1.044 1.805 80.825 75.503 63.010 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.08 94.074 97.437 11.427 LGA_LOCAL RMSD: 1.081 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.081 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.081 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.387761 * X + 0.865714 * Y + 0.316513 * Z + 146.322281 Y_new = -0.921501 * X + -0.355943 * Y + -0.155373 * Z + 172.007980 Z_new = -0.021848 * X + -0.351915 * Y + 0.935777 * Z + 172.513382 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.969098 0.021850 -0.359706 [DEG: -112.8210 1.2519 -20.6096 ] ZXZ: 1.114463 0.360340 -3.079588 [DEG: 63.8540 20.6460 -176.4474 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS312_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS312_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.08 97.437 1.08 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS312_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.629 185.055 153.357 1.00 92.03 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.175 185.739 154.572 1.00 92.03 C ATOM 2722 C GLY 165 151.652 185.738 154.754 1.00 92.03 C ATOM 2723 O GLY 165 151.117 186.550 155.503 1.00 92.03 O ATOM 2724 N LYS 166 150.921 184.857 154.061 1.00 93.38 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.467 184.724 154.234 1.00 93.38 C ATOM 2728 C LYS 166 149.147 183.910 155.482 1.00 93.38 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.805 184.124 152.989 1.00 93.38 C ATOM 2732 O LYS 166 149.866 182.979 155.850 1.00 93.38 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.942 185.043 151.769 1.00 93.38 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.452 184.321 150.514 1.00 93.38 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.370 185.289 149.336 1.00 93.38 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.178 184.550 148.070 1.00 93.38 N ATOM 2746 N TRP 167 148.018 184.217 156.107 1.00 93.57 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.567 183.511 157.296 1.00 93.57 C ATOM 2750 C TRP 167 146.822 182.225 156.929 1.00 93.57 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.715 184.435 158.156 1.00 93.57 C ATOM 2754 O TRP 167 145.760 182.245 156.315 1.00 93.57 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.332 183.834 159.468 1.00 93.57 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.144 183.266 159.780 1.00 93.57 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.163 183.710 160.658 1.00 93.57 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.403 183.058 161.671 1.00 93.57 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.488 184.079 160.977 1.00 93.57 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.182 182.810 161.084 1.00 93.57 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.245 183.178 163.234 1.00 93.57 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 146.925 182.791 162.943 1.00 93.57 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.021 183.822 162.254 1.00 93.57 C ATOM 2770 N ILE 168 147.386 181.083 157.325 1.00 87.79 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.829 179.738 157.056 1.00 87.79 C ATOM 2774 C ILE 168 146.353 179.067 158.348 1.00 87.79 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.887 178.875 156.333 1.00 87.79 C ATOM 2777 O ILE 168 145.671 178.039 158.335 1.00 87.79 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.434 179.666 155.134 1.00 87.79 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.342 177.499 155.875 1.00 87.79 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.423 178.842 154.352 1.00 87.79 C ATOM 2789 N SER 169 146.744 179.619 159.493 1.00 75.38 N ATOM 2791 CA SER 169 146.617 178.960 160.784 1.00 75.38 C ATOM 2793 C SER 169 145.290 179.293 161.462 1.00 75.38 C ATOM 2794 CB SER 169 147.831 179.292 161.653 1.00 75.38 C ATOM 2797 O SER 169 145.247 180.103 162.378 1.00 75.38 O ATOM 2798 OG SER 169 147.721 178.586 162.871 1.00 75.38 O ATOM 2800 N GLY 170 144.209 178.615 161.072 1.00 82.62 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 140.999 189.967 161.047 1.00 94.81 C ATOM 2903 C GLN 177 141.666 189.435 159.778 1.00 94.81 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.786 190.857 160.750 1.00 94.81 C ATOM 2907 O GLN 177 142.621 190.011 159.260 1.00 94.81 O ATOM 2908 CG GLN 177 140.132 192.123 159.950 1.00 94.81 C ATOM 2911 CD GLN 177 138.905 192.963 159.627 1.00 94.81 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 138.987 193.828 158.643 1.00 94.81 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.845 192.845 160.215 1.00 94.81 O ATOM 2916 N LEU 178 141.152 188.323 159.248 1.00 95.16 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.629 187.786 157.977 1.00 95.16 C ATOM 2920 C LEU 178 141.003 188.557 156.810 1.00 95.16 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.323 186.281 157.898 1.00 95.16 C ATOM 2924 O LEU 178 139.798 188.459 156.563 1.00 95.16 O ATOM 2925 CG LEU 178 141.865 185.618 156.616 1.00 95.16 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.390 185.610 156.601 1.00 95.16 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.385 184.169 156.543 1.00 95.16 C ATOM 2935 N ASN 179 141.830 189.244 156.030 1.00 93.45 N ATOM 2937 CA ASN 179 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