####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS312_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS312_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 118 181 - 299 1.00 1.07 LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 118 182 - 300 1.00 1.07 LCS_AVERAGE: 86.33 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 71 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 61 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 66 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 60 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 3 47 110 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 10 20 99 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 49 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 114 135 135 63 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 114 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 114 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 114 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 114 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 114 135 135 71 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 114 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 114 135 135 8 100 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 114 135 135 3 27 77 99 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 118 135 135 3 96 113 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 118 135 135 19 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 118 135 135 43 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 118 135 135 36 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 118 135 135 61 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 118 135 135 70 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 118 135 135 69 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 118 135 135 69 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 118 135 135 71 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 118 135 135 72 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 118 135 135 53 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 118 135 135 19 104 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 118 135 135 28 106 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 118 135 135 28 106 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 118 135 135 9 106 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 118 135 135 23 81 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 118 135 135 3 9 54 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 118 135 135 3 5 11 32 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 118 135 135 43 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 118 135 135 72 107 122 126 131 135 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135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 118 135 135 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 118 135 135 56 106 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 118 135 135 65 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 118 135 135 3 6 88 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 118 135 135 4 14 54 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 95.44 ( 86.33 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 73 107 122 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.07 79.26 90.37 93.33 97.04 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.69 0.81 0.92 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 GDT RMS_ALL_AT 1.32 1.20 1.12 1.08 1.08 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.788 0 0.029 0.029 0.890 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.826 0 0.000 0.047 1.647 81.818 71.313 1.647 LGA W 167 W 167 0.632 0 0.212 0.187 0.731 81.818 81.818 0.595 LGA I 168 I 168 0.889 0 0.000 0.776 3.022 69.545 65.682 3.022 LGA S 169 S 169 2.023 0 0.385 0.713 5.137 67.273 47.879 5.137 LGA G 170 G 170 2.291 0 0.185 0.185 2.291 48.182 48.182 - LGA L 171 L 171 1.342 0 0.110 1.385 6.366 61.818 40.000 3.942 LGA A 172 A 172 0.946 0 0.000 0.014 1.074 73.636 75.273 - LGA P 173 P 173 0.650 0 0.016 0.155 0.755 81.818 84.416 0.688 LGA Y 174 Y 174 0.693 0 0.033 0.212 1.516 81.818 76.515 1.516 LGA G 175 G 175 0.706 0 0.063 0.063 0.706 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.793 0 0.031 0.143 0.938 81.818 87.879 0.347 LGA Q 177 Q 177 1.161 0 0.052 0.443 1.693 69.545 65.657 1.434 LGA L 178 L 178 0.921 0 0.138 0.198 1.429 73.636 71.591 1.429 LGA N 179 N 179 1.222 0 0.174 0.709 4.814 73.636 43.182 4.814 LGA K 180 K 180 3.034 0 0.288 0.961 12.709 36.364 16.364 12.709 LGA K 181 K 181 2.243 0 0.439 0.943 10.998 62.727 28.485 10.998 LGA T 182 T 182 0.862 0 0.035 1.117 3.420 82.273 70.649 3.420 LGA S 183 S 183 1.107 0 0.113 0.099 1.493 74.091 71.212 1.490 LGA K 184 K 184 0.866 0 0.075 0.914 3.252 77.727 67.475 3.252 LGA L 185 L 185 0.658 0 0.074 0.079 0.861 81.818 90.909 0.171 LGA D 186 D 186 0.607 0 0.036 0.172 0.965 81.818 88.636 0.403 LGA P 187 P 187 0.844 0 0.036 0.071 1.673 70.000 75.065 0.768 LGA V 188 V 188 1.247 0 0.000 0.021 1.437 65.455 65.455 1.437 LGA E 189 E 189 1.294 0 0.036 0.149 1.556 65.455 63.838 1.556 LGA D 190 D 190 1.309 0 0.023 0.063 1.929 65.455 58.182 1.929 LGA E 191 E 191 0.917 0 0.000 0.060 1.370 77.727 70.909 1.370 LGA A 192 A 192 0.549 0 0.031 0.030 0.664 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.720 0 0.048 0.106 1.252 81.818 74.545 1.184 LGA V 194 V 194 0.513 0 0.000 0.035 0.705 90.909 87.013 0.556 LGA V 195 V 195 0.211 0 0.000 0.000 0.347 100.000 100.000 0.160 LGA Q 196 Q 196 0.399 0 0.029 0.240 1.447 100.000 88.485 1.376 LGA L 197 L 197 0.500 0 0.000 0.035 0.633 100.000 90.909 0.633 LGA I 198 I 198 0.239 0 0.046 0.076 0.486 100.000 100.000 0.206 LGA F 199 F 199 0.353 0 0.013 0.041 0.501 95.455 98.347 0.151 LGA N 200 N 200 0.554 0 0.010 0.256 1.361 86.364 84.318 0.438 LGA I 201 I 201 0.470 0 0.009 0.047 0.596 95.455 97.727 0.317 LGA F 202 F 202 0.471 0 0.000 0.054 0.676 90.909 91.736 0.548 LGA L 203 L 203 0.730 0 0.020 0.106 1.304 81.818 77.727 1.074 LGA N 204 N 204 0.697 0 0.020 0.043 1.391 90.909 80.227 1.343 LGA G 205 G 205 0.113 0 0.035 0.035 0.382 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.526 0 0.000 1.325 2.889 86.364 69.773 2.280 LGA N 207 N 207 1.054 0 0.000 0.120 1.312 69.545 67.500 1.300 LGA G 208 G 208 1.055 0 0.100 0.100 1.584 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.106 0 0.065 0.341 4.011 77.727 55.354 4.011 LGA D 210 D 210 1.075 0 0.082 0.241 1.137 69.545 73.636 0.670 LGA Y 211 Y 211 1.633 0 0.091 0.582 1.931 58.182 55.758 1.542 LGA S 212 S 212 2.257 0 0.641 0.768 6.000 38.636 26.667 6.000 LGA Y 213 Y 213 2.878 0 0.199 1.567 14.271 42.273 14.242 14.271 LGA A 215 A 215 0.801 0 0.179 0.194 1.720 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.431 0 0.000 0.150 0.660 100.000 95.455 0.660 LGA A 217 A 217 0.418 0 0.042 0.051 0.481 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.262 0 0.033 0.112 0.637 100.000 96.970 0.637 LGA H 219 H 219 0.278 0 0.015 0.100 0.562 100.000 96.364 0.562 LGA L 220 L 220 0.288 0 0.022 0.082 0.388 100.000 100.000 0.388 LGA T 221 T 221 0.271 0 0.000 0.023 0.328 100.000 100.000 0.328 LGA N 222 N 222 0.273 0 0.054 0.050 0.511 95.455 97.727 0.129 LGA L 223 L 223 0.489 0 0.046 0.096 0.776 100.000 90.909 0.769 LGA Q 224 Q 224 0.552 0 0.041 0.125 1.245 90.909 82.222 0.986 LGA I 225 I 225 0.451 0 0.048 0.064 0.624 100.000 97.727 0.380 LGA P 226 P 226 0.675 0 0.030 0.050 0.867 81.818 81.818 0.867 LGA T 227 T 227 0.764 0 0.041 0.146 0.941 81.818 81.818 0.941 LGA P 228 P 228 0.699 0 0.146 0.163 0.732 81.818 81.818 0.574 LGA S 229 S 229 0.820 0 0.121 0.113 0.965 81.818 81.818 0.740 LGA G 230 G 230 1.009 0 0.000 0.000 1.086 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.650 0 0.067 0.513 0.932 86.364 83.838 0.891 LGA K 232 K 232 0.710 0 0.157 0.286 1.803 81.818 74.747 1.803 LGA R 233 R 233 0.712 0 0.033 1.082 6.063 81.818 43.306 4.143 LGA W 234 W 234 0.147 0 0.027 0.163 0.768 100.000 92.208 0.768 LGA N 235 N 235 0.256 0 0.010 0.585 2.197 100.000 85.682 2.197 LGA Q 236 Q 236 0.472 0 0.000 0.698 2.624 90.909 68.485 2.512 LGA Y 237 Y 237 0.846 0 0.061 0.185 1.257 77.727 73.636 1.257 LGA T 238 T 238 0.482 0 0.000 0.050 0.535 90.909 94.805 0.480 LGA I 239 I 239 0.452 0 0.022 0.088 0.515 95.455 97.727 0.379 LGA K 240 K 240 0.944 0 0.023 0.197 3.717 81.818 56.768 3.717 LGA A 241 A 241 0.856 0 0.075 0.083 0.929 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.238 0 0.039 0.053 0.371 100.000 100.000 0.238 LGA L 243 L 243 0.358 0 0.034 0.065 0.541 95.455 97.727 0.450 LGA Q 244 Q 244 0.594 0 0.056 0.268 1.180 81.818 80.000 0.727 LGA N 245 N 245 0.517 0 0.025 0.103 0.618 90.909 86.364 0.618 LGA E 246 E 246 0.374 0 0.027 0.556 1.450 100.000 90.303 1.344 LGA V 247 V 247 0.311 0 0.011 0.638 1.489 100.000 90.130 1.489 LGA Y 248 Y 248 0.300 0 0.036 0.126 1.099 100.000 92.576 1.099 LGA I 249 I 249 0.242 0 0.000 0.046 0.601 100.000 95.455 0.601 LGA G 250 G 250 0.095 0 0.000 0.000 0.322 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.456 0 0.049 0.072 0.541 95.455 97.403 0.389 LGA V 252 V 252 0.542 0 0.035 0.097 0.908 81.818 81.818 0.908 LGA K 253 K 253 0.358 0 0.076 0.128 0.695 95.455 97.980 0.222 LGA Y 254 Y 254 0.616 0 0.048 0.316 2.269 90.909 68.333 2.269 LGA K 255 K 255 0.499 0 0.051 0.512 2.708 86.364 67.677 2.127 LGA V 256 V 256 0.580 0 0.093 0.109 0.690 86.364 87.013 0.462 LGA R 257 R 257 0.628 0 0.082 1.108 4.683 81.818 61.818 3.255 LGA E 258 E 258 0.702 0 0.081 0.377 1.999 81.818 71.313 1.999 LGA K 259 K 259 1.642 0 0.031 0.769 2.212 51.364 54.545 1.025 LGA T 260 T 260 2.387 0 0.000 0.060 2.747 32.727 35.065 2.320 LGA K 261 K 261 3.640 0 0.024 0.187 6.087 12.727 7.071 6.087 LGA D 262 D 262 2.970 0 0.028 1.016 3.844 30.455 23.636 3.583 LGA G 263 G 263 2.146 0 0.000 0.000 2.348 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.244 0 0.087 0.429 2.762 61.818 61.414 2.762 LGA R 265 R 265 1.058 0 0.084 0.954 4.821 69.545 49.091 4.821 LGA T 266 T 266 1.054 0 0.041 0.136 1.320 73.636 72.468 0.930 LGA I 267 I 267 0.880 0 0.033 0.077 1.521 81.818 71.818 1.521 LGA R 268 R 268 0.755 0 0.020 0.889 2.317 81.818 72.397 2.035 LGA P 269 P 269 1.000 0 0.000 0.027 1.229 81.818 74.805 1.229 LGA E 270 E 270 0.697 0 0.000 0.270 1.230 81.818 78.182 1.230 LGA K 271 K 271 1.102 0 0.063 0.756 3.685 77.727 56.364 3.685 LGA E 272 E 272 0.762 0 0.097 0.173 1.670 81.818 71.313 1.670 LGA Q 273 Q 273 0.620 0 0.033 0.067 0.728 81.818 81.818 0.535 LGA I 274 I 274 0.553 0 0.037 0.114 1.082 86.364 82.045 1.082 LGA V 275 V 275 0.280 0 0.059 0.089 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA V 276 V 276 0.470 0 0.056 0.053 0.588 100.000 92.208 0.588 LGA Q 277 Q 277 0.371 0 0.052 0.587 2.670 100.000 79.596 2.670 LGA D 278 D 278 0.234 0 0.046 0.180 0.858 100.000 97.727 0.858 LGA A 279 A 279 0.395 0 0.024 0.026 0.537 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.301 0 0.025 0.117 0.450 100.000 100.000 0.159 LGA A 281 A 281 0.350 0 0.015 0.016 0.505 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.217 0 0.034 0.040 0.369 100.000 100.000 0.369 LGA I 283 I 283 0.422 0 0.021 0.053 0.656 95.455 90.909 0.642 LGA I 284 I 284 0.396 0 0.000 0.077 0.536 90.909 95.455 0.375 LGA D 285 D 285 0.950 0 0.036 0.984 2.586 81.818 67.045 2.586 LGA K 286 K 286 1.093 0 0.000 0.256 1.216 65.455 70.909 0.984 LGA E 287 E 287 1.166 0 0.022 0.801 4.363 65.455 46.263 4.363 LGA Q 288 Q 288 0.855 0 0.027 0.319 2.009 81.818 68.283 2.009 LGA F 289 F 289 0.845 0 0.027 0.142 1.077 81.818 77.355 1.004 LGA Q 290 Q 290 1.121 0 0.025 1.286 3.312 65.455 52.727 2.975 LGA Q 291 Q 291 0.956 0 0.037 0.051 1.023 77.727 78.182 0.931 LGA S 292 S 292 0.795 0 0.038 0.678 2.954 81.818 72.727 2.954 LGA Q 293 Q 293 1.041 0 0.000 0.224 1.573 69.545 65.657 1.573 LGA V 294 V 294 1.164 0 0.036 0.052 1.427 73.636 70.130 1.305 LGA K 295 K 295 0.673 0 0.070 0.178 0.860 81.818 91.919 0.449 LGA I 296 I 296 0.847 0 0.039 0.088 1.237 73.636 75.682 0.882 LGA A 297 A 297 1.458 0 0.115 0.131 1.948 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.465 0 0.216 0.236 2.391 71.364 63.409 1.970 LGA K 299 K 299 2.584 0 0.277 0.711 11.177 45.455 21.414 11.177 LGA V 300 V 300 2.213 0 0.131 0.139 2.998 35.455 31.948 2.936 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.065 1.017 1.862 80.721 75.014 61.497 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.06 93.148 96.982 11.589 LGA_LOCAL RMSD: 1.065 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.065 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.065 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.488020 * X + 0.711260 * Y + -0.505911 * Z + 145.583313 Y_new = 0.823977 * X + 0.566620 * Y + 0.001774 * Z + 177.332840 Z_new = 0.287921 * X + -0.415993 * Y + -0.862584 * Z + 171.754562 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.105515 -0.292055 -2.692234 [DEG: 120.6371 -16.7335 -154.2537 ] ZXZ: -1.574302 2.611152 2.536169 [DEG: -90.2009 149.6080 145.3118 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS312_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS312_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.06 96.982 1.06 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS312_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.444 185.060 153.325 1.00 92.35 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.008 185.746 154.545 1.00 92.35 C ATOM 2722 C GLY 165 151.489 185.738 154.751 1.00 92.35 C ATOM 2723 O GLY 165 150.959 186.566 155.488 1.00 92.35 O ATOM 2724 N LYS 166 150.757 184.835 154.086 1.00 93.96 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.308 184.686 154.277 1.00 93.96 C ATOM 2728 C LYS 166 149.018 183.901 155.552 1.00 93.96 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.651 184.025 153.058 1.00 93.96 C ATOM 2732 O LYS 166 149.772 183.010 155.944 1.00 93.96 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.739 184.912 151.811 1.00 93.96 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.242 184.151 150.580 1.00 93.96 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.112 185.114 149.402 1.00 93.96 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.882 184.377 148.141 1.00 93.96 N ATOM 2746 N TRP 167 147.879 184.183 156.174 1.00 93.45 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.424 183.462 157.355 1.00 93.45 C ATOM 2750 C TRP 167 146.726 182.155 156.957 1.00 93.45 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.518 184.364 158.182 1.00 93.45 C ATOM 2754 O TRP 167 145.703 182.157 156.278 1.00 93.45 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.172 183.790 159.515 1.00 93.45 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.985 183.253 159.880 1.00 93.45 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.047 183.661 160.672 1.00 93.45 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.317 183.028 161.720 1.00 93.45 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.390 184.009 160.931 1.00 93.45 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.064 182.806 161.186 1.00 93.45 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.227 183.123 163.201 1.00 93.45 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 146.889 182.757 162.969 1.00 93.45 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 148.974 183.742 162.182 1.00 93.45 C ATOM 2770 N ILE 168 147.299 181.018 157.357 1.00 86.31 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.916 179.695 156.823 1.00 86.31 C ATOM 2774 C ILE 168 145.947 178.942 157.729 1.00 86.31 C ATOM 2775 CB ILE 168 148.175 178.826 156.662 1.00 86.31 C ATOM 2777 O ILE 168 145.190 178.091 157.259 1.00 86.31 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 149.227 179.484 155.758 1.00 86.31 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.894 177.415 156.115 1.00 86.31 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 150.590 178.947 156.161 1.00 86.31 C ATOM 2789 N SER 169 146.053 179.133 159.046 1.00 77.87 N ATOM 2791 CA SER 169 145.496 178.181 160.003 1.00 77.87 C ATOM 2793 C SER 169 144.916 178.853 161.231 1.00 77.87 C ATOM 2794 CB SER 169 146.571 177.174 160.421 1.00 77.87 C ATOM 2797 O SER 169 145.585 179.630 161.902 1.00 77.87 O ATOM 2798 OG SER 169 146.029 176.200 161.296 1.00 77.87 O ATOM 2800 N GLY 170 143.715 178.403 161.594 1.00 83.18 N ATOM 2802 CA GLY 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