####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS311_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS311_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 72 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 40 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 27 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 17 96 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 16 23 120 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 3 92 113 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 3 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 62 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 62 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 76 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 65 113 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 67 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 14 56 117 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 118 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 115 125 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 85.19 92.59 94.07 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.56 0.66 0.73 0.84 0.97 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.31 1.06 1.03 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.605 0 0.026 0.026 0.682 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.602 0 0.017 0.052 1.321 86.364 78.384 1.321 LGA W 167 W 167 0.447 0 0.204 0.158 0.644 95.455 90.909 0.561 LGA I 168 I 168 1.131 0 0.141 1.573 3.004 73.636 57.045 2.870 LGA S 169 S 169 0.971 0 0.142 0.177 1.465 69.545 70.909 1.104 LGA G 170 G 170 0.992 0 0.036 0.036 1.008 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.991 0 0.079 0.917 5.801 77.727 48.409 5.556 LGA A 172 A 172 0.860 0 0.004 0.019 0.905 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.712 0 0.000 0.100 0.761 81.818 81.818 0.550 LGA Y 174 Y 174 0.728 0 0.000 0.199 1.541 81.818 75.152 1.541 LGA G 175 G 175 0.774 0 0.065 0.065 0.774 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.836 0 0.028 0.112 0.994 81.818 87.879 0.299 LGA Q 177 Q 177 1.181 0 0.050 0.385 1.737 69.545 65.657 1.305 LGA L 178 L 178 0.862 0 0.138 0.205 1.389 73.636 71.591 1.389 LGA N 179 N 179 1.322 0 0.179 0.719 4.996 69.545 41.136 4.996 LGA K 180 K 180 3.251 0 0.296 0.963 12.875 29.545 13.131 12.875 LGA K 181 K 181 2.196 0 0.436 0.945 10.854 62.727 28.485 10.854 LGA T 182 T 182 0.909 0 0.038 1.116 3.330 82.273 70.649 3.330 LGA S 183 S 183 0.887 0 0.125 0.110 1.250 78.182 73.939 1.208 LGA K 184 K 184 0.792 0 0.065 0.915 3.323 81.818 71.111 3.323 LGA L 185 L 185 0.674 0 0.086 0.094 0.940 81.818 90.909 0.155 LGA D 186 D 186 0.606 0 0.045 0.174 1.021 77.727 86.591 0.354 LGA P 187 P 187 0.790 0 0.035 0.071 1.625 70.000 75.065 0.664 LGA V 188 V 188 1.163 0 0.018 0.035 1.329 65.455 65.455 1.329 LGA E 189 E 189 1.225 0 0.039 0.158 1.443 65.455 65.455 1.443 LGA D 190 D 190 1.305 0 0.025 0.051 1.955 65.455 58.182 1.955 LGA E 191 E 191 0.937 0 0.000 0.066 1.546 77.727 69.293 1.546 LGA A 192 A 192 0.495 0 0.032 0.031 0.629 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.684 0 0.052 0.104 1.207 81.818 74.545 1.132 LGA V 194 V 194 0.560 0 0.000 0.026 0.817 90.909 87.013 0.635 LGA V 195 V 195 0.204 0 0.000 0.000 0.409 100.000 100.000 0.161 LGA Q 196 Q 196 0.328 0 0.028 0.223 1.269 100.000 90.303 1.269 LGA L 197 L 197 0.452 0 0.015 0.039 0.648 100.000 90.909 0.642 LGA I 198 I 198 0.170 0 0.043 0.076 0.332 100.000 100.000 0.231 LGA F 199 F 199 0.251 0 0.035 0.046 0.402 100.000 100.000 0.123 LGA N 200 N 200 0.442 0 0.000 0.860 2.162 100.000 83.864 1.661 LGA I 201 I 201 0.317 0 0.028 0.049 0.475 100.000 100.000 0.219 LGA F 202 F 202 0.317 0 0.000 0.035 0.625 95.455 93.388 0.625 LGA L 203 L 203 0.597 0 0.023 0.108 1.157 86.364 82.045 0.906 LGA N 204 N 204 0.612 0 0.024 0.054 1.423 90.909 80.227 1.284 LGA G 205 G 205 0.197 0 0.042 0.042 0.393 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.431 0 0.042 1.352 3.052 90.909 70.909 2.088 LGA N 207 N 207 0.750 0 0.058 0.094 0.941 81.818 81.818 0.941 LGA G 208 G 208 0.846 0 0.135 0.135 1.727 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 0.862 0 0.067 0.262 2.784 81.818 65.657 2.784 LGA D 210 D 210 0.904 0 0.091 0.248 0.917 81.818 88.636 0.302 LGA Y 211 Y 211 1.480 0 0.088 0.624 1.974 65.455 59.394 1.614 LGA S 212 S 212 2.161 0 0.648 0.788 5.985 41.818 29.697 5.985 LGA Y 213 Y 213 2.979 0 0.167 1.081 14.308 41.818 14.091 14.308 LGA A 215 A 215 0.891 0 0.205 0.222 1.890 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.435 0 0.016 0.175 0.597 100.000 93.182 0.597 LGA A 217 A 217 0.426 0 0.046 0.052 0.462 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.296 0 0.018 0.135 1.035 100.000 94.242 1.035 LGA H 219 H 219 0.309 0 0.022 0.089 0.737 100.000 92.727 0.737 LGA L 220 L 220 0.423 0 0.000 0.074 0.507 100.000 95.455 0.502 LGA T 221 T 221 0.306 0 0.000 0.027 0.347 100.000 100.000 0.347 LGA N 222 N 222 0.268 0 0.036 0.062 0.502 95.455 97.727 0.239 LGA L 223 L 223 0.587 0 0.046 0.110 1.028 86.364 82.045 0.945 LGA Q 224 Q 224 0.585 0 0.034 0.117 1.245 86.364 80.202 0.979 LGA I 225 I 225 0.614 0 0.052 0.070 0.706 81.818 84.091 0.475 LGA P 226 P 226 1.067 0 0.028 0.394 1.730 77.727 70.390 1.730 LGA T 227 T 227 0.982 0 0.060 0.125 1.170 77.727 72.468 1.170 LGA P 228 P 228 0.772 0 0.140 0.162 0.868 86.364 84.416 0.751 LGA S 229 S 229 0.581 0 0.115 0.106 0.905 81.818 81.818 0.656 LGA G 230 G 230 1.016 0 0.000 0.000 1.532 65.909 65.909 - LGA K 231 K 231 0.704 0 0.078 0.509 2.468 81.818 78.990 2.468 LGA K 232 K 232 1.081 0 0.176 0.301 1.950 70.000 61.010 1.908 LGA R 233 R 233 0.604 0 0.087 1.117 4.975 81.818 46.281 3.531 LGA W 234 W 234 0.246 0 0.034 0.147 0.816 100.000 90.909 0.816 LGA N 235 N 235 0.233 0 0.021 0.551 2.176 100.000 85.682 2.176 LGA Q 236 Q 236 0.383 0 0.011 0.789 2.821 90.909 68.485 2.821 LGA Y 237 Y 237 0.754 0 0.063 0.182 1.128 81.818 76.364 1.128 LGA T 238 T 238 0.444 0 0.000 0.071 0.486 100.000 100.000 0.486 LGA I 239 I 239 0.380 0 0.022 0.088 0.453 100.000 100.000 0.453 LGA K 240 K 240 0.828 0 0.034 0.187 3.338 81.818 58.586 3.338 LGA A 241 A 241 0.823 0 0.094 0.102 0.994 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.262 0 0.036 0.052 0.405 100.000 100.000 0.405 LGA L 243 L 243 0.215 0 0.033 0.049 0.382 100.000 100.000 0.281 LGA Q 244 Q 244 0.480 0 0.056 0.279 1.033 90.909 88.081 0.487 LGA N 245 N 245 0.485 0 0.021 0.070 0.622 100.000 90.909 0.622 LGA E 246 E 246 0.318 0 0.026 0.594 1.666 100.000 88.687 1.396 LGA V 247 V 247 0.306 0 0.000 0.037 0.358 100.000 100.000 0.303 LGA Y 248 Y 248 0.314 0 0.033 0.131 1.011 100.000 92.576 1.011 LGA I 249 I 249 0.256 0 0.013 0.036 0.526 100.000 97.727 0.499 LGA G 250 G 250 0.086 0 0.015 0.015 0.324 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.493 0 0.044 0.060 0.633 90.909 87.013 0.509 LGA V 252 V 252 0.507 0 0.040 0.093 0.774 86.364 87.013 0.734 LGA K 253 K 253 0.325 0 0.072 0.117 0.631 95.455 89.899 0.549 LGA Y 254 Y 254 0.654 0 0.053 0.351 2.458 90.909 68.333 2.458 LGA K 255 K 255 0.439 0 0.038 0.553 2.659 86.364 67.677 2.045 LGA V 256 V 256 0.558 0 0.093 0.115 0.798 86.364 87.013 0.401 LGA R 257 R 257 0.532 0 0.085 1.137 5.350 77.727 57.686 3.637 LGA E 258 E 258 0.513 0 0.078 0.349 1.720 86.364 78.788 1.720 LGA K 259 K 259 1.345 0 0.037 0.756 1.890 62.273 64.444 1.033 LGA T 260 T 260 2.168 0 0.000 0.055 2.499 41.364 41.818 2.212 LGA K 261 K 261 3.341 0 0.023 0.190 5.472 20.455 12.323 5.472 LGA D 262 D 262 2.924 0 0.029 1.017 3.748 30.455 23.636 3.574 LGA G 263 G 263 2.008 0 0.000 0.000 2.229 48.182 48.182 - LGA K 264 K 264 1.260 0 0.082 0.439 2.811 65.455 61.212 2.811 LGA R 265 R 265 0.896 0 0.090 0.958 5.272 77.727 48.595 5.272 LGA T 266 T 266 0.765 0 0.041 0.122 1.104 81.818 79.481 0.635 LGA I 267 I 267 0.506 0 0.035 0.079 1.042 86.364 82.045 1.042 LGA R 268 R 268 0.426 0 0.016 0.901 2.120 100.000 87.107 2.120 LGA P 269 P 269 0.598 0 0.010 0.028 0.714 86.364 84.416 0.714 LGA E 270 E 270 0.595 0 0.029 0.255 0.702 81.818 87.879 0.490 LGA K 271 K 271 0.776 0 0.080 0.732 4.139 81.818 58.586 3.942 LGA E 272 E 272 0.443 0 0.096 0.138 1.232 90.909 82.424 1.232 LGA Q 273 Q 273 0.575 0 0.033 0.094 0.590 81.818 81.818 0.586 LGA I 274 I 274 0.507 0 0.030 0.116 1.251 90.909 84.318 1.251 LGA V 275 V 275 0.235 0 0.073 0.103 0.550 95.455 97.403 0.439 LGA V 276 V 276 0.370 0 0.048 0.044 0.464 100.000 100.000 0.409 LGA Q 277 Q 277 0.356 0 0.049 0.585 2.322 100.000 80.808 2.322 LGA D 278 D 278 0.170 0 0.037 0.212 0.988 100.000 97.727 0.988 LGA A 279 A 279 0.286 0 0.014 0.017 0.387 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.212 0 0.025 0.097 0.330 100.000 100.000 0.182 LGA A 281 A 281 0.274 0 0.019 0.020 0.412 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.146 0 0.030 0.035 0.309 100.000 100.000 0.300 LGA I 283 I 283 0.264 0 0.025 0.043 0.486 100.000 100.000 0.448 LGA I 284 I 284 0.281 0 0.024 0.088 0.475 100.000 100.000 0.236 LGA D 285 D 285 0.911 0 0.084 0.894 3.140 81.818 65.909 1.666 LGA K 286 K 286 0.928 0 0.029 0.233 1.114 77.727 74.545 1.008 LGA E 287 E 287 0.959 0 0.026 0.426 2.079 81.818 75.152 0.840 LGA Q 288 Q 288 0.714 0 0.024 0.329 2.118 81.818 70.101 1.831 LGA F 289 F 289 0.726 0 0.029 0.124 0.949 81.818 81.818 0.893 LGA Q 290 Q 290 0.940 0 0.022 1.286 3.399 81.818 60.808 3.081 LGA Q 291 Q 291 0.763 0 0.039 0.091 0.833 81.818 81.818 0.725 LGA S 292 S 292 0.674 0 0.037 0.679 2.856 81.818 72.727 2.856 LGA Q 293 Q 293 0.912 0 0.000 0.240 1.493 77.727 74.545 1.493 LGA V 294 V 294 1.015 0 0.037 0.048 1.266 73.636 70.130 1.129 LGA K 295 K 295 0.554 0 0.076 0.164 0.845 81.818 91.919 0.280 LGA I 296 I 296 0.735 0 0.029 0.082 1.104 77.727 79.773 0.808 LGA A 297 A 297 1.272 0 0.111 0.127 1.755 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.490 0 0.000 0.249 1.439 78.182 75.909 1.439 LGA K 299 K 299 2.240 0 0.209 0.176 13.353 63.636 28.485 13.353 LGA V 300 V 300 3.272 0 0.124 0.117 6.750 30.909 17.662 6.750 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.999 0.941 1.862 83.148 77.117 63.575 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 94.815 97.622 12.284 LGA_LOCAL RMSD: 0.999 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.999 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.999 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.036836 * X + 0.788055 * Y + 0.614502 * Z + 143.861862 Y_new = -0.988222 * X + 0.120118 * Y + -0.094805 * Z + 163.373825 Z_new = -0.148525 * X + -0.603773 * Y + 0.783198 * Z + 174.892548 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.533539 0.149076 -0.656748 [DEG: -87.8653 8.5414 -37.6289 ] ZXZ: 1.417723 0.671004 -2.900387 [DEG: 81.2296 38.4457 -166.1799 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS311_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS311_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.622 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS311_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.669 185.044 153.284 1.00 96.24 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.209 185.767 154.473 1.00 96.24 C ATOM 2722 C GLY 165 151.685 185.766 154.649 1.00 96.24 C ATOM 2723 O GLY 165 151.145 186.604 155.368 1.00 96.24 O ATOM 2724 N LYS 166 150.960 184.855 153.986 1.00 97.01 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.508 184.709 154.162 1.00 97.01 C ATOM 2728 C LYS 166 149.202 183.909 155.424 1.00 97.01 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.850 184.077 152.930 1.00 97.01 C ATOM 2732 O LYS 166 149.908 182.962 155.778 1.00 97.01 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.985 184.954 151.679 1.00 97.01 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.480 184.198 150.449 1.00 97.01 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.399 185.130 149.243 1.00 97.01 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.193 184.352 148.000 1.00 97.01 N ATOM 2746 N TRP 167 148.101 184.247 156.084 1.00 97.05 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.671 183.574 157.301 1.00 97.05 C ATOM 2750 C TRP 167 146.927 182.272 156.984 1.00 97.05 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.819 184.522 158.135 1.00 97.05 C ATOM 2754 O TRP 167 145.866 182.279 156.364 1.00 97.05 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.414 183.949 159.455 1.00 97.05 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.207 183.426 159.769 1.00 97.05 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.234 183.814 160.650 1.00 97.05 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.447 183.202 161.670 1.00 97.05 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.567 184.151 160.971 1.00 97.05 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.219 182.990 161.081 1.00 97.05 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.284 183.301 163.243 1.00 97.05 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 146.954 182.944 162.951 1.00 97.05 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.085 183.901 162.255 1.00 97.05 C ATOM 2770 N ILE 168 147.473 181.143 157.443 1.00 92.62 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.911 179.798 157.208 1.00 92.62 C ATOM 2774 C ILE 168 146.638 179.002 158.494 1.00 92.62 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.805 179.000 156.240 1.00 92.62 C ATOM 2777 O ILE 168 146.232 177.839 158.438 1.00 92.62 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 149.218 178.790 156.824 1.00 92.62 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.856 179.682 154.861 1.00 92.62 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.927 177.661 156.088 1.00 92.62 C ATOM 2789 N SER 169 146.865 179.608 159.661 1.00 85.56 N ATOM 2791 CA SER 169 146.888 178.924 160.965 1.00 85.56 C ATOM 2793 C SER 169 145.524 178.866 161.673 1.00 85.56 C ATOM 2794 CB SER 169 147.995 179.519 161.845 1.00 85.56 C ATOM 2797 O SER 169 145.465 178.637 162.879 1.00 85.56 O ATOM 2798 OG SER 169 149.256 179.244 161.256 1.00 85.56 O ATOM 2800 N GLY 170 144.420 179.024 160.933 1.00 90.18 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 140.976 190.032 160.973 1.00 97.65 C ATOM 2903 C GLN 177 141.645 189.503 159.701 1.00 97.65 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.758 190.917 160.676 1.00 97.65 C ATOM 2907 O GLN 177 142.600 190.084 159.190 1.00 97.65 O ATOM 2908 CG GLN 177 140.097 192.193 159.888 1.00 97.65 C ATOM 2911 CD GLN 177 138.866 193.034 159.572 1.00 97.65 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 138.996 194.025 158.720 1.00 97.65 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.767 192.805 160.046 1.00 97.65 O ATOM 2916 N LEU 178 141.143 188.386 159.170 1.00 97.79 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.639 187.831 157.911 1.00 97.79 C ATOM 2920 C LEU 178 141.011 188.566 156.721 1.00 97.79 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.358 186.319 157.866 1.00 97.79 C ATOM 2924 O LEU 178 139.810 188.437 156.467 1.00 97.79 O ATOM 2925 CG LEU 178 141.906 185.630 156.599 1.00 97.79 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.433 185.642 156.575 1.00 97.79 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.443 184.174 156.565 1.00 97.79 C ATOM 2935 N ASN 179 141.830 189.259 155.935 1.00 96.93 N ATOM 2937 CA ASN 179 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