####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS311_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS311_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.98 1.00 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 75 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 55 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 55 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 4 104 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 68 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 75 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 12 72 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 38 115 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 3 95 115 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 3 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 66 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 66 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 75 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 75 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 72 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 72 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 52 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 46 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 9 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 9 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 32 97 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 3 16 38 123 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 7 11 32 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 48 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 68 112 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 68 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 4 50 117 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 24 75 118 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 114 125 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 84.44 92.59 94.81 97.04 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.55 0.68 0.77 0.85 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.30 1.10 1.04 1.01 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.567 0 0.026 0.026 0.641 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.522 0 0.000 0.045 1.269 90.909 82.222 1.269 LGA W 167 W 167 0.359 0 0.240 0.217 0.731 95.455 96.104 0.370 LGA I 168 I 168 1.008 0 0.082 0.855 1.838 73.636 67.955 1.838 LGA S 169 S 169 1.069 0 0.488 0.601 3.328 70.000 60.606 3.328 LGA G 170 G 170 1.369 0 0.208 0.208 1.791 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 1.048 0 0.089 1.461 6.389 65.455 43.636 3.682 LGA A 172 A 172 0.881 0 0.000 0.023 0.931 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.706 0 0.000 0.077 0.767 81.818 81.818 0.580 LGA Y 174 Y 174 0.694 0 0.000 0.169 1.274 81.818 77.727 1.274 LGA G 175 G 175 0.779 0 0.079 0.079 0.779 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.865 0 0.022 0.121 1.020 77.727 86.515 0.373 LGA Q 177 Q 177 1.194 0 0.050 0.371 1.725 69.545 65.657 1.295 LGA L 178 L 178 0.855 0 0.140 0.192 1.338 73.636 71.591 1.338 LGA N 179 N 179 1.288 0 0.183 0.711 4.983 69.545 41.136 4.983 LGA K 180 K 180 3.335 0 0.296 0.962 12.937 29.545 13.131 12.937 LGA K 181 K 181 2.177 0 0.436 0.945 10.775 62.727 28.485 10.775 LGA T 182 T 182 0.921 0 0.033 1.115 3.343 82.273 70.649 3.343 LGA S 183 S 183 0.840 0 0.135 0.119 1.170 86.364 79.394 1.103 LGA K 184 K 184 0.821 0 0.066 0.916 3.399 81.818 69.495 3.399 LGA L 185 L 185 0.661 0 0.079 0.086 0.893 81.818 90.909 0.153 LGA D 186 D 186 0.560 0 0.049 0.184 1.001 77.727 86.591 0.343 LGA P 187 P 187 0.704 0 0.040 0.069 1.535 70.000 75.065 0.561 LGA V 188 V 188 1.081 0 0.014 0.029 1.265 73.636 70.130 1.265 LGA E 189 E 189 1.137 0 0.033 0.128 1.562 65.455 63.838 1.562 LGA D 190 D 190 1.274 0 0.023 0.051 1.951 65.455 58.182 1.951 LGA E 191 E 191 0.912 0 0.000 0.068 1.502 77.727 69.293 1.502 LGA A 192 A 192 0.433 0 0.031 0.030 0.580 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.608 0 0.052 0.110 1.213 81.818 76.364 1.213 LGA V 194 V 194 0.470 0 0.012 0.039 0.689 95.455 89.610 0.585 LGA V 195 V 195 0.150 0 0.000 0.000 0.361 100.000 100.000 0.132 LGA Q 196 Q 196 0.300 0 0.024 0.227 1.249 100.000 90.303 1.249 LGA L 197 L 197 0.387 0 0.000 0.027 0.561 100.000 95.455 0.561 LGA I 198 I 198 0.128 0 0.044 0.074 0.421 100.000 100.000 0.200 LGA F 199 F 199 0.271 0 0.027 0.037 0.455 100.000 100.000 0.136 LGA N 200 N 200 0.471 0 0.000 0.874 2.252 95.455 79.318 1.657 LGA I 201 I 201 0.413 0 0.023 0.048 0.564 95.455 97.727 0.259 LGA F 202 F 202 0.439 0 0.000 0.034 0.654 90.909 90.083 0.644 LGA L 203 L 203 0.706 0 0.023 0.079 1.316 81.818 77.727 1.112 LGA N 204 N 204 0.639 0 0.025 0.042 1.469 90.909 80.227 1.366 LGA G 205 G 205 0.148 0 0.050 0.050 0.372 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.264 0 0.036 1.050 2.906 100.000 82.273 1.410 LGA N 207 N 207 0.655 0 0.049 0.097 0.866 81.818 81.818 0.866 LGA G 208 G 208 0.710 0 0.106 0.106 1.302 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.904 0 0.059 0.207 2.803 81.818 63.838 2.803 LGA D 210 D 210 0.903 0 0.073 0.247 0.942 81.818 88.636 0.384 LGA Y 211 Y 211 1.455 0 0.102 0.598 1.800 65.455 60.606 1.486 LGA S 212 S 212 2.231 0 0.643 0.776 6.069 41.818 28.788 6.069 LGA Y 213 Y 213 2.901 0 0.181 1.068 14.243 45.455 15.303 14.243 LGA A 215 A 215 0.829 0 0.195 0.212 1.819 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.374 0 0.000 0.166 0.663 100.000 95.455 0.663 LGA A 217 A 217 0.329 0 0.040 0.049 0.384 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.231 0 0.028 0.082 0.772 100.000 96.970 0.772 LGA H 219 H 219 0.268 0 0.025 0.137 0.686 100.000 92.727 0.686 LGA L 220 L 220 0.328 0 0.000 0.077 0.426 100.000 100.000 0.418 LGA T 221 T 221 0.197 0 0.000 0.029 0.253 100.000 100.000 0.218 LGA N 222 N 222 0.314 0 0.046 0.068 0.609 95.455 97.727 0.233 LGA L 223 L 223 0.597 0 0.046 0.108 1.038 86.364 82.045 0.923 LGA Q 224 Q 224 0.514 0 0.042 0.138 1.270 90.909 84.040 0.940 LGA I 225 I 225 0.473 0 0.047 0.068 0.591 95.455 95.455 0.407 LGA P 226 P 226 0.760 0 0.024 0.054 0.994 81.818 81.818 0.994 LGA T 227 T 227 0.817 0 0.042 0.139 1.027 81.818 79.481 1.027 LGA P 228 P 228 0.794 0 0.146 0.171 0.800 81.818 81.818 0.659 LGA S 229 S 229 0.911 0 0.127 0.118 1.061 77.727 79.091 0.841 LGA G 230 G 230 1.091 0 0.000 0.000 1.169 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.704 0 0.070 0.518 1.022 86.364 82.020 0.807 LGA K 232 K 232 0.784 0 0.184 0.298 2.023 77.727 71.515 2.023 LGA R 233 R 233 0.764 0 0.019 1.122 6.471 81.818 43.306 4.214 LGA W 234 W 234 0.152 0 0.032 0.167 0.680 100.000 92.208 0.680 LGA N 235 N 235 0.513 0 0.067 0.773 2.697 95.455 79.773 0.773 LGA Q 236 Q 236 0.495 0 0.000 0.738 2.641 90.909 68.485 2.641 LGA Y 237 Y 237 0.860 0 0.043 0.140 1.434 77.727 69.545 1.434 LGA T 238 T 238 0.530 0 0.000 0.119 0.651 86.364 87.013 0.651 LGA I 239 I 239 0.437 0 0.020 0.094 0.507 95.455 97.727 0.360 LGA K 240 K 240 0.917 0 0.019 0.178 3.328 81.818 58.586 3.328 LGA A 241 A 241 0.913 0 0.094 0.103 1.095 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.278 0 0.038 0.054 0.412 100.000 100.000 0.375 LGA L 243 L 243 0.315 0 0.043 0.065 0.510 95.455 97.727 0.398 LGA Q 244 Q 244 0.561 0 0.066 0.278 1.044 81.818 80.000 0.582 LGA N 245 N 245 0.538 0 0.025 0.069 0.648 86.364 84.091 0.648 LGA E 246 E 246 0.373 0 0.026 0.608 1.508 100.000 88.687 1.490 LGA V 247 V 247 0.369 0 0.035 0.074 0.554 95.455 97.403 0.386 LGA Y 248 Y 248 0.368 0 0.038 0.126 1.032 100.000 92.576 1.032 LGA I 249 I 249 0.302 0 0.000 0.048 0.598 100.000 95.455 0.532 LGA G 250 G 250 0.117 0 0.018 0.018 0.361 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.491 0 0.051 0.072 0.664 90.909 89.610 0.496 LGA V 252 V 252 0.477 0 0.043 0.094 0.714 90.909 92.208 0.634 LGA K 253 K 253 0.329 0 0.081 0.179 0.730 95.455 95.960 0.373 LGA Y 254 Y 254 0.806 0 0.061 0.300 2.532 81.818 60.758 2.532 LGA K 255 K 255 0.386 0 0.034 0.605 2.946 90.909 68.485 2.871 LGA V 256 V 256 0.439 0 0.095 0.124 0.635 100.000 97.403 0.301 LGA R 257 R 257 0.497 0 0.082 1.138 4.916 86.364 61.653 3.612 LGA E 258 E 258 0.563 0 0.062 0.339 1.892 81.818 74.747 1.892 LGA K 259 K 259 1.328 0 0.036 0.667 1.875 62.273 64.242 1.095 LGA T 260 T 260 2.190 0 0.000 0.049 2.508 38.636 38.442 2.237 LGA K 261 K 261 3.380 0 0.027 0.185 5.625 20.455 12.323 5.625 LGA D 262 D 262 2.956 0 0.020 1.004 3.650 30.455 23.409 3.472 LGA G 263 G 263 1.920 0 0.000 0.000 2.183 51.364 51.364 - LGA K 264 K 264 1.196 0 0.098 0.436 3.117 65.455 60.202 3.117 LGA R 265 R 265 1.006 0 0.083 0.903 4.474 69.545 49.421 4.474 LGA T 266 T 266 0.977 0 0.039 0.127 1.290 81.818 77.143 0.800 LGA I 267 I 267 0.779 0 0.032 0.072 1.376 81.818 75.682 1.376 LGA R 268 R 268 0.616 0 0.018 0.914 2.567 81.818 74.215 1.879 LGA P 269 P 269 0.805 0 0.000 0.026 0.914 81.818 81.818 0.914 LGA E 270 E 270 0.685 0 0.028 0.254 0.830 81.818 81.818 0.830 LGA K 271 K 271 0.877 0 0.085 0.724 3.892 81.818 58.990 3.655 LGA E 272 E 272 0.556 0 0.098 0.171 1.277 90.909 80.404 1.180 LGA Q 273 Q 273 0.614 0 0.030 0.095 0.695 81.818 81.818 0.527 LGA I 274 I 274 0.522 0 0.025 0.169 1.666 90.909 82.500 1.666 LGA V 275 V 275 0.155 0 0.063 0.089 0.513 95.455 97.403 0.363 LGA V 276 V 276 0.324 0 0.050 0.044 0.412 100.000 100.000 0.393 LGA Q 277 Q 277 0.365 0 0.054 0.575 2.245 100.000 83.838 2.245 LGA D 278 D 278 0.192 0 0.042 0.233 1.033 100.000 95.682 1.033 LGA A 279 A 279 0.294 0 0.019 0.022 0.382 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.252 0 0.027 0.125 0.400 100.000 100.000 0.112 LGA A 281 A 281 0.312 0 0.025 0.020 0.440 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.079 0 0.032 0.038 0.264 100.000 100.000 0.264 LGA I 283 I 283 0.221 0 0.020 0.053 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA I 284 I 284 0.287 0 0.022 0.058 0.547 95.455 97.727 0.236 LGA D 285 D 285 0.969 0 0.086 0.922 3.325 77.727 62.045 1.701 LGA K 286 K 286 1.030 0 0.022 0.237 1.211 69.545 70.909 0.968 LGA E 287 E 287 1.119 0 0.023 0.420 2.348 69.545 64.242 1.133 LGA Q 288 Q 288 0.764 0 0.031 0.572 2.551 81.818 64.040 1.793 LGA F 289 F 289 0.784 0 0.036 0.112 0.984 81.818 81.818 0.938 LGA Q 290 Q 290 1.043 0 0.030 1.276 3.305 77.727 58.182 2.977 LGA Q 291 Q 291 0.877 0 0.039 0.082 0.946 81.818 81.818 0.848 LGA S 292 S 292 0.761 0 0.040 0.678 2.933 81.818 72.727 2.933 LGA Q 293 Q 293 0.997 0 0.000 0.263 1.556 73.636 67.475 1.556 LGA V 294 V 294 1.093 0 0.038 0.052 1.347 73.636 70.130 1.215 LGA K 295 K 295 0.576 0 0.064 0.174 0.771 81.818 91.919 0.349 LGA I 296 I 296 0.778 0 0.031 0.084 1.141 73.636 75.682 0.907 LGA A 297 A 297 1.361 0 0.115 0.130 1.796 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.367 0 0.000 0.212 1.539 82.273 74.091 1.539 LGA K 299 K 299 2.282 0 0.225 0.534 12.944 67.273 30.505 12.944 LGA V 300 V 300 2.792 0 0.148 0.145 5.932 38.636 22.338 5.932 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.003 0.945 1.856 82.613 76.819 64.186 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 94.815 97.661 12.243 LGA_LOCAL RMSD: 1.003 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.003 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.003 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.545260 * X + 0.836206 * Y + -0.058752 * Z + 143.858643 Y_new = -0.837613 * X + -0.546263 * Y + -0.001225 * Z + 174.421539 Z_new = -0.033118 * X + 0.048544 * Y + 0.998272 * Z + 174.656799 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.147853 0.033124 0.048589 [DEG: -123.0629 1.8979 2.7840 ] ZXZ: -1.549957 0.058798 -0.598701 [DEG: -88.8060 3.3689 -34.3030 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS311_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS311_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.661 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS311_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.743 185.086 153.256 1.00 95.73 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.270 185.802 154.445 1.00 95.73 C ATOM 2722 C GLY 165 151.745 185.801 154.602 1.00 95.73 C ATOM 2723 O GLY 165 151.197 186.613 155.343 1.00 95.73 O ATOM 2724 N LYS 166 151.028 184.916 153.901 1.00 96.50 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.579 184.764 154.069 1.00 96.50 C ATOM 2728 C LYS 166 149.279 183.977 155.339 1.00 96.50 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.931 184.116 152.841 1.00 96.50 C ATOM 2732 O LYS 166 149.999 183.050 155.713 1.00 96.50 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.031 185.014 151.603 1.00 96.50 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.538 184.262 150.366 1.00 96.50 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.447 185.213 149.176 1.00 96.50 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.279 184.454 147.918 1.00 96.50 N ATOM 2746 N TRP 167 148.171 184.314 155.982 1.00 96.10 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.711 183.631 157.178 1.00 96.10 C ATOM 2750 C TRP 167 146.977 182.336 156.816 1.00 96.10 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.844 184.575 157.998 1.00 96.10 C ATOM 2754 O TRP 167 146.020 182.327 156.047 1.00 96.10 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.456 184.035 159.335 1.00 96.10 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.231 183.587 159.687 1.00 96.10 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.301 183.851 160.509 1.00 96.10 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.505 183.305 161.557 1.00 96.10 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.663 184.088 160.793 1.00 96.10 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.251 183.189 161.007 1.00 96.10 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.385 183.256 163.076 1.00 96.10 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.025 183.005 162.823 1.00 96.10 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.198 183.797 162.062 1.00 96.10 C ATOM 2770 N ILE 168 147.443 181.224 157.380 1.00 89.61 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.963 179.858 157.066 1.00 89.61 C ATOM 2774 C ILE 168 146.482 179.127 158.313 1.00 89.61 C ATOM 2775 CB ILE 168 148.081 179.008 156.442 1.00 89.61 C ATOM 2777 O ILE 168 145.922 178.030 158.247 1.00 89.61 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 149.063 179.877 155.660 1.00 89.61 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.506 177.883 155.560 1.00 89.61 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 150.097 179.011 155.017 1.00 89.61 C ATOM 2789 N SER 169 146.780 179.696 159.477 1.00 76.73 N ATOM 2791 CA SER 169 146.363 179.145 160.754 1.00 76.73 C ATOM 2793 C SER 169 144.901 179.515 160.987 1.00 76.73 C ATOM 2794 CB SER 169 147.273 179.663 161.863 1.00 76.73 C ATOM 2797 O SER 169 144.489 180.586 160.581 1.00 76.73 O ATOM 2798 OG SER 169 147.585 178.603 162.745 1.00 76.73 O ATOM 2800 N GLY 170 144.118 178.633 161.611 1.00 85.41 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 140.886 189.991 160.968 1.00 97.06 C ATOM 2903 C GLN 177 141.570 189.459 159.704 1.00 97.06 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.676 190.880 160.657 1.00 97.06 C ATOM 2907 O GLN 177 142.526 190.042 159.197 1.00 97.06 O ATOM 2908 CG GLN 177 140.027 192.160 159.882 1.00 97.06 C ATOM 2911 CD GLN 177 138.807 193.013 159.563 1.00 97.06 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 138.959 194.032 158.749 1.00 97.06 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.695 192.769 160.003 1.00 97.06 O ATOM 2916 N LEU 178 141.077 188.337 159.174 1.00 97.57 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.586 187.782 157.921 1.00 97.57 C ATOM 2920 C LEU 178 140.968 188.516 156.727 1.00 97.57 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.315 186.269 157.868 1.00 97.57 C ATOM 2924 O LEU 178 139.771 188.381 156.454 1.00 97.57 O ATOM 2925 CG LEU 178 141.854 185.589 156.591 1.00 97.57 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.379 185.636 156.530 1.00 97.57 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.420 184.124 156.567 1.00 97.57 C ATOM 2935 N ASN 179 141.794 189.216 155.957 1.00 96.60 N ATOM 2937 CA ASN 179 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