####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS311_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS311_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.10 1.10 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.10 1.10 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 116 182 - 298 1.00 1.10 LCS_AVERAGE: 83.66 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 66 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 38 104 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 3 35 111 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 61 110 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 73 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 12 81 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 22 113 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 3 94 113 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 116 135 135 3 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 116 135 135 62 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 116 135 135 61 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 116 135 135 66 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 116 135 135 72 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 116 135 135 67 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 116 135 135 67 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 116 135 135 72 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 116 135 135 45 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 116 135 135 42 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 116 135 135 33 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 116 135 135 3 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 116 135 135 29 90 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 116 135 135 3 16 28 124 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 116 135 135 3 5 11 98 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 116 135 135 31 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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280 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 116 135 135 62 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 116 135 135 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 116 135 135 66 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 116 135 135 69 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 107 135 135 4 52 114 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 69 135 135 3 11 41 119 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 94.55 ( 83.66 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 74 111 123 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.81 82.22 91.11 93.33 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.53 0.69 0.76 0.97 1.04 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 GDT RMS_ALL_AT 1.43 1.25 1.15 1.14 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 1.10 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.609 0 0.027 0.027 0.675 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.631 0 0.020 0.053 1.336 81.818 76.364 1.336 LGA W 167 W 167 0.482 0 0.200 0.178 0.635 86.364 87.013 0.566 LGA I 168 I 168 1.018 0 0.047 0.710 1.706 73.636 67.727 1.706 LGA S 169 S 169 1.449 0 0.281 0.767 3.865 69.545 56.667 3.865 LGA G 170 G 170 1.899 0 0.126 0.126 1.899 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.371 0 0.091 1.168 6.739 61.818 37.500 5.119 LGA A 172 A 172 0.991 0 0.005 0.020 1.097 73.636 75.273 - LGA P 173 P 173 0.786 0 0.000 0.103 0.844 81.818 81.818 0.602 LGA Y 174 Y 174 0.812 0 0.009 0.190 1.489 81.818 76.364 1.489 LGA G 175 G 175 0.864 0 0.069 0.069 0.864 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.888 0 0.034 0.111 1.067 77.727 86.515 0.327 LGA Q 177 Q 177 1.282 0 0.049 0.389 1.753 69.545 65.657 1.440 LGA L 178 L 178 0.964 0 0.139 0.205 1.446 73.636 71.591 1.446 LGA N 179 N 179 1.316 0 0.183 0.718 4.983 65.455 39.091 4.983 LGA K 180 K 180 3.238 0 0.298 0.963 12.853 29.545 13.131 12.853 LGA K 181 K 181 2.202 0 0.435 0.945 10.856 62.727 28.485 10.856 LGA T 182 T 182 0.943 0 0.041 1.114 3.351 82.273 68.571 3.351 LGA S 183 S 183 0.908 0 0.132 0.116 1.269 78.182 73.939 1.212 LGA K 184 K 184 0.847 0 0.062 0.918 3.401 77.727 67.677 3.401 LGA L 185 L 185 0.735 0 0.083 0.092 0.994 81.818 86.364 0.212 LGA D 186 D 186 0.649 0 0.048 0.180 1.087 77.727 86.591 0.374 LGA P 187 P 187 0.840 0 0.044 0.072 1.710 70.000 75.065 0.710 LGA V 188 V 188 1.252 0 0.014 0.031 1.433 65.455 65.455 1.433 LGA E 189 E 189 1.303 0 0.038 0.152 1.565 65.455 63.838 1.565 LGA D 190 D 190 1.385 0 0.022 0.054 2.077 65.455 56.591 2.077 LGA E 191 E 191 0.999 0 0.000 0.054 1.586 77.727 69.293 1.586 LGA A 192 A 192 0.522 0 0.032 0.030 0.671 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.709 0 0.055 0.105 1.288 81.818 74.545 1.237 LGA V 194 V 194 0.563 0 0.010 0.033 0.831 90.909 87.013 0.686 LGA V 195 V 195 0.191 0 0.000 0.000 0.409 100.000 100.000 0.159 LGA Q 196 Q 196 0.321 0 0.027 0.222 1.292 100.000 88.485 1.292 LGA L 197 L 197 0.437 0 0.017 0.039 0.634 100.000 90.909 0.633 LGA I 198 I 198 0.132 0 0.042 0.076 0.397 100.000 100.000 0.214 LGA F 199 F 199 0.266 0 0.032 0.043 0.458 100.000 100.000 0.167 LGA N 200 N 200 0.479 0 0.000 0.871 2.226 95.455 79.318 1.677 LGA I 201 I 201 0.376 0 0.027 0.048 0.539 95.455 97.727 0.242 LGA F 202 F 202 0.398 0 0.000 0.034 0.669 90.909 90.083 0.669 LGA L 203 L 203 0.674 0 0.021 0.102 1.248 81.818 79.773 0.980 LGA N 204 N 204 0.666 0 0.025 0.054 1.499 90.909 80.227 1.352 LGA G 205 G 205 0.194 0 0.045 0.045 0.415 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.386 0 0.036 1.338 2.925 100.000 76.591 2.248 LGA N 207 N 207 0.655 0 0.049 0.092 0.855 81.818 81.818 0.855 LGA G 208 G 208 0.754 0 0.124 0.124 1.541 74.091 74.091 - LGA K 209 K 209 0.884 0 0.071 0.246 2.847 81.818 63.838 2.847 LGA D 210 D 210 0.899 0 0.073 0.230 0.937 81.818 88.636 0.394 LGA Y 211 Y 211 1.495 0 0.111 0.619 1.885 65.455 59.394 1.535 LGA S 212 S 212 2.195 0 0.644 0.776 6.024 41.818 29.697 6.024 LGA Y 213 Y 213 2.925 0 0.175 1.067 14.251 41.818 14.091 14.251 LGA A 215 A 215 0.914 0 0.207 0.223 1.898 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.442 0 0.000 0.176 0.651 100.000 95.455 0.651 LGA A 217 A 217 0.412 0 0.049 0.058 0.443 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.339 0 0.017 0.140 1.032 100.000 91.212 1.032 LGA H 219 H 219 0.353 0 0.021 0.115 0.681 100.000 92.727 0.681 LGA L 220 L 220 0.412 0 0.004 0.073 0.479 100.000 100.000 0.440 LGA T 221 T 221 0.338 0 0.000 0.026 0.371 100.000 100.000 0.347 LGA N 222 N 222 0.298 0 0.039 0.068 0.478 100.000 100.000 0.341 LGA L 223 L 223 0.582 0 0.045 0.103 0.905 86.364 84.091 0.899 LGA Q 224 Q 224 0.621 0 0.044 0.120 1.268 86.364 80.202 0.998 LGA I 225 I 225 0.594 0 0.050 0.063 0.737 81.818 81.818 0.520 LGA P 226 P 226 0.829 0 0.025 0.052 1.053 81.818 79.481 1.053 LGA T 227 T 227 0.887 0 0.041 0.139 1.118 81.818 79.481 1.118 LGA P 228 P 228 0.912 0 0.145 0.173 0.912 81.818 81.818 0.768 LGA S 229 S 229 1.070 0 0.125 0.119 1.204 69.545 73.636 0.962 LGA G 230 G 230 1.201 0 0.000 0.000 1.292 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.760 0 0.069 0.517 1.077 86.364 80.202 0.757 LGA K 232 K 232 0.822 0 0.186 0.294 2.031 77.727 68.081 2.031 LGA R 233 R 233 0.782 0 0.035 1.106 6.285 81.818 43.306 4.302 LGA W 234 W 234 0.181 0 0.028 0.152 0.747 100.000 92.208 0.747 LGA N 235 N 235 0.385 0 0.021 0.550 2.321 100.000 83.409 2.321 LGA Q 236 Q 236 0.429 0 0.000 0.742 2.725 90.909 68.485 2.725 LGA Y 237 Y 237 0.859 0 0.060 0.188 1.203 77.727 72.273 1.203 LGA T 238 T 238 0.536 0 0.000 0.066 0.572 86.364 87.013 0.560 LGA I 239 I 239 0.424 0 0.021 0.086 0.488 100.000 100.000 0.383 LGA K 240 K 240 0.907 0 0.027 0.193 3.455 81.818 57.576 3.455 LGA A 241 A 241 0.896 0 0.093 0.101 1.068 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.289 0 0.035 0.053 0.416 100.000 100.000 0.373 LGA L 243 L 243 0.313 0 0.038 0.057 0.503 95.455 97.727 0.367 LGA Q 244 Q 244 0.573 0 0.060 0.291 1.047 81.818 80.000 0.564 LGA N 245 N 245 0.566 0 0.025 0.068 0.686 81.818 81.818 0.686 LGA E 246 E 246 0.387 0 0.028 0.640 1.563 100.000 87.071 1.563 LGA V 247 V 247 0.377 0 0.003 0.038 0.420 100.000 100.000 0.370 LGA Y 248 Y 248 0.385 0 0.032 0.128 1.039 100.000 92.576 1.039 LGA I 249 I 249 0.342 0 0.000 0.034 0.613 100.000 95.455 0.601 LGA G 250 G 250 0.162 0 0.014 0.014 0.376 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.573 0 0.050 0.069 0.718 86.364 84.416 0.604 LGA V 252 V 252 0.583 0 0.045 0.096 0.861 81.818 84.416 0.799 LGA K 253 K 253 0.398 0 0.079 0.238 0.740 95.455 91.919 0.456 LGA Y 254 Y 254 0.700 0 0.057 0.308 2.621 86.364 63.636 2.621 LGA K 255 K 255 0.540 0 0.038 0.556 2.783 77.727 63.838 2.199 LGA V 256 V 256 0.633 0 0.102 0.121 0.947 86.364 84.416 0.514 LGA R 257 R 257 0.682 0 0.078 1.108 4.704 81.818 60.165 3.135 LGA E 258 E 258 0.854 0 0.072 0.304 1.611 77.727 72.929 1.611 LGA K 259 K 259 1.852 0 0.035 0.758 2.490 48.182 53.131 1.213 LGA T 260 T 260 2.734 0 0.000 0.050 3.167 25.455 27.792 2.632 LGA K 261 K 261 4.198 0 0.025 0.193 6.879 6.818 3.434 6.879 LGA D 262 D 262 3.526 0 0.028 1.011 4.204 19.091 14.545 4.030 LGA G 263 G 263 2.562 0 0.000 0.000 2.799 35.909 35.909 - LGA K 264 K 264 1.423 0 0.091 0.431 2.967 61.818 59.596 2.967 LGA R 265 R 265 1.095 0 0.087 0.945 4.818 73.636 51.074 4.818 LGA T 266 T 266 0.906 0 0.038 0.131 1.310 77.727 74.805 0.913 LGA I 267 I 267 0.566 0 0.032 0.070 1.004 81.818 79.773 1.004 LGA R 268 R 268 0.505 0 0.020 0.929 2.352 90.909 80.165 1.956 LGA P 269 P 269 0.662 0 0.000 0.024 0.797 86.364 84.416 0.797 LGA E 270 E 270 0.633 0 0.041 0.799 3.230 81.818 65.859 3.230 LGA K 271 K 271 0.867 0 0.086 0.729 4.007 81.818 56.768 3.820 LGA E 272 E 272 0.419 0 0.107 0.145 1.451 90.909 80.404 1.451 LGA Q 273 Q 273 0.547 0 0.035 0.102 0.654 81.818 81.818 0.654 LGA I 274 I 274 0.479 0 0.030 0.103 1.200 95.455 88.864 1.200 LGA V 275 V 275 0.287 0 0.069 0.096 0.565 95.455 94.805 0.526 LGA V 276 V 276 0.416 0 0.045 0.038 0.517 95.455 97.403 0.462 LGA Q 277 Q 277 0.434 0 0.051 0.583 2.229 100.000 78.384 2.229 LGA D 278 D 278 0.218 0 0.035 0.215 1.065 100.000 95.682 1.065 LGA A 279 A 279 0.355 0 0.010 0.017 0.466 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.219 0 0.025 0.107 0.370 100.000 100.000 0.165 LGA A 281 A 281 0.274 0 0.013 0.010 0.428 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.134 0 0.027 0.035 0.337 100.000 100.000 0.337 LGA I 283 I 283 0.224 0 0.030 0.045 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA I 284 I 284 0.266 0 0.017 0.089 0.539 95.455 97.727 0.181 LGA D 285 D 285 0.956 0 0.090 0.877 3.103 77.727 63.864 1.806 LGA K 286 K 286 1.030 0 0.027 0.235 1.212 69.545 70.909 0.980 LGA E 287 E 287 1.089 0 0.031 0.427 2.187 69.545 64.242 1.012 LGA Q 288 Q 288 0.810 0 0.031 0.339 2.154 81.818 70.101 1.911 LGA F 289 F 289 0.825 0 0.031 0.117 1.011 81.818 80.331 0.958 LGA Q 290 Q 290 1.069 0 0.023 1.280 3.344 65.455 52.727 2.931 LGA Q 291 Q 291 0.888 0 0.040 0.089 0.960 81.818 81.818 0.841 LGA S 292 S 292 0.782 0 0.039 0.680 2.946 81.818 72.727 2.946 LGA Q 293 Q 293 1.026 0 0.000 0.256 1.628 69.545 65.657 1.628 LGA V 294 V 294 1.122 0 0.034 0.045 1.399 73.636 70.130 1.247 LGA K 295 K 295 0.621 0 0.061 0.164 0.797 81.818 91.919 0.388 LGA I 296 I 296 0.791 0 0.033 0.084 1.135 73.636 75.682 0.895 LGA A 297 A 297 1.336 0 0.111 0.126 1.715 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.399 0 0.000 0.229 1.630 82.273 74.091 1.630 LGA K 299 K 299 2.161 0 0.230 0.616 12.652 67.273 30.505 12.652 LGA V 300 V 300 2.973 0 0.139 0.149 6.227 38.636 22.338 6.227 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.100 1.037 1.907 81.054 75.229 61.772 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.10 93.889 97.225 11.253 LGA_LOCAL RMSD: 1.100 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.100 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.100 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.058551 * X + 0.771268 * Y + 0.633812 * Z + 145.437836 Y_new = -0.972828 * X + 0.186547 * Y + -0.137136 * Z + 163.807877 Z_new = -0.224004 * X + -0.608560 * Y + 0.761234 * Z + 175.236862 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.510683 0.225921 -0.674399 [DEG: -86.5558 12.9443 -38.6402 ] ZXZ: 1.357714 0.705583 -2.788894 [DEG: 77.7913 40.4269 -159.7919 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS311_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS311_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.10 97.225 1.10 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS311_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.659 185.029 153.363 1.00 95.89 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.194 185.746 154.554 1.00 95.89 C ATOM 2722 C GLY 165 151.670 185.746 154.723 1.00 95.89 C ATOM 2723 O GLY 165 151.126 186.585 155.438 1.00 95.89 O ATOM 2724 N LYS 166 150.948 184.838 154.056 1.00 96.77 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.493 184.701 154.214 1.00 96.77 C ATOM 2728 C LYS 166 149.164 183.888 155.460 1.00 96.77 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.844 184.091 152.967 1.00 96.77 C ATOM 2732 O LYS 166 149.852 182.926 155.811 1.00 96.77 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.993 184.989 151.734 1.00 96.77 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.496 184.254 150.488 1.00 96.77 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.435 185.210 149.299 1.00 96.77 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.229 184.461 148.040 1.00 96.77 N ATOM 2746 N TRP 167 148.055 184.228 156.101 1.00 96.50 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.565 183.524 157.276 1.00 96.50 C ATOM 2750 C TRP 167 146.789 182.264 156.875 1.00 96.50 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.718 184.474 158.113 1.00 96.50 C ATOM 2754 O TRP 167 145.740 182.331 156.241 1.00 96.50 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.329 183.905 159.436 1.00 96.50 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.135 183.354 159.760 1.00 96.50 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.160 183.798 160.628 1.00 96.50 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.395 183.173 161.654 1.00 96.50 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.488 184.166 160.936 1.00 96.50 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.169 182.926 161.073 1.00 96.50 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.241 183.314 163.212 1.00 96.50 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 146.919 182.925 162.929 1.00 96.50 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.022 183.930 162.217 1.00 96.50 C ATOM 2770 N ILE 168 147.309 181.091 157.242 1.00 89.09 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.773 179.783 156.803 1.00 89.09 C ATOM 2774 C ILE 168 146.025 179.036 157.903 1.00 89.09 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.950 178.940 156.298 1.00 89.09 C ATOM 2777 O ILE 168 145.298 178.077 157.637 1.00 89.09 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.464 179.560 155.000 1.00 89.09 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.632 177.459 156.009 1.00 89.09 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.938 179.275 154.922 1.00 89.09 C ATOM 2789 N SER 169 146.253 179.410 159.159 1.00 77.89 N ATOM 2791 CA SER 169 145.954 178.551 160.297 1.00 77.89 C ATOM 2793 C SER 169 144.957 179.193 161.253 1.00 77.89 C ATOM 2794 CB SER 169 147.264 178.190 161.001 1.00 77.89 C ATOM 2797 O SER 169 145.324 180.047 162.052 1.00 77.89 O ATOM 2798 OG SER 169 147.010 177.630 162.271 1.00 77.89 O ATOM 2800 N GLY 170 143.736 178.658 161.267 1.00 86.34 N ATOM 2802 CA GLY 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