####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS311_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS311_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 116 182 - 298 0.99 1.08 LCS_AVERAGE: 83.74 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 72 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 53 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 52 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 4 90 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 63 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 74 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 13 98 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 16 33 49 108 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 108 135 135 3 86 114 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 116 135 135 3 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 116 135 135 54 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 116 135 135 54 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 116 135 135 63 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 116 135 135 70 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 116 135 135 70 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 116 135 135 66 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 116 135 135 50 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 116 135 135 9 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 116 135 135 6 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 116 135 135 36 95 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 116 135 135 3 17 33 123 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 116 135 135 3 6 11 98 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 116 135 135 54 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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280 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 116 135 135 45 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 116 135 135 73 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 116 135 135 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 116 135 135 63 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 116 135 135 68 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 108 135 135 3 57 111 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 69 135 135 3 3 60 121 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 94.58 ( 83.74 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 112 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 82.96 91.85 94.07 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.54 0.71 0.80 0.90 1.02 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 GDT RMS_ALL_AT 1.44 1.24 1.13 1.10 1.09 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.628 0 0.026 0.026 0.696 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.625 0 0.011 0.058 1.378 81.818 76.364 1.378 LGA W 167 W 167 0.481 0 0.223 0.187 0.727 90.909 89.610 0.515 LGA I 168 I 168 1.110 0 0.073 0.777 1.815 73.636 67.727 1.815 LGA S 169 S 169 1.113 0 0.209 0.215 1.748 65.455 63.030 1.748 LGA G 170 G 170 1.425 0 0.041 0.041 1.425 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.219 0 0.077 1.381 6.468 65.455 41.136 3.948 LGA A 172 A 172 1.012 0 0.000 0.019 1.074 73.636 75.273 - LGA P 173 P 173 0.807 0 0.000 0.095 0.880 81.818 81.818 0.670 LGA Y 174 Y 174 0.783 0 0.000 0.190 1.528 81.818 76.515 1.528 LGA G 175 G 175 0.843 0 0.080 0.080 0.843 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.920 0 0.026 0.114 1.091 73.636 85.152 0.390 LGA Q 177 Q 177 1.277 0 0.051 0.398 1.799 69.545 65.657 1.436 LGA L 178 L 178 0.964 0 0.140 0.193 1.398 73.636 71.591 1.343 LGA N 179 N 179 1.285 0 0.182 0.721 4.998 69.545 41.136 4.998 LGA K 180 K 180 3.216 0 0.281 0.953 12.889 29.545 13.131 12.889 LGA K 181 K 181 2.192 0 0.421 0.944 10.885 62.727 28.485 10.885 LGA T 182 T 182 0.862 0 0.022 1.119 3.317 82.273 70.649 3.317 LGA S 183 S 183 0.958 0 0.138 0.122 1.372 78.182 73.939 1.372 LGA K 184 K 184 0.871 0 0.064 0.919 3.350 77.727 65.859 3.350 LGA L 185 L 185 0.705 0 0.083 0.090 0.927 81.818 88.636 0.210 LGA D 186 D 186 0.612 0 0.046 0.178 1.057 77.727 86.591 0.394 LGA P 187 P 187 0.777 0 0.040 0.070 1.618 70.000 75.065 0.601 LGA V 188 V 188 1.184 0 0.015 0.028 1.367 65.455 65.455 1.367 LGA E 189 E 189 1.259 0 0.039 0.153 1.555 65.455 63.838 1.555 LGA D 190 D 190 1.395 0 0.033 0.061 2.137 65.455 56.591 2.137 LGA E 191 E 191 1.013 0 0.000 0.079 1.645 73.636 67.475 1.645 LGA A 192 A 192 0.516 0 0.031 0.028 0.671 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.684 0 0.053 0.112 1.236 81.818 74.545 1.181 LGA V 194 V 194 0.537 0 0.019 0.037 0.805 90.909 87.013 0.653 LGA V 195 V 195 0.189 0 0.000 0.000 0.441 100.000 100.000 0.175 LGA Q 196 Q 196 0.307 0 0.028 0.219 1.274 100.000 90.303 1.274 LGA L 197 L 197 0.402 0 0.000 0.026 0.602 100.000 93.182 0.602 LGA I 198 I 198 0.086 0 0.049 0.079 0.441 100.000 100.000 0.222 LGA F 199 F 199 0.262 0 0.028 0.042 0.498 100.000 100.000 0.201 LGA N 200 N 200 0.498 0 0.010 0.890 2.362 95.455 79.318 1.640 LGA I 201 I 201 0.443 0 0.019 0.041 0.615 95.455 97.727 0.294 LGA F 202 F 202 0.480 0 0.000 0.031 0.751 90.909 86.777 0.751 LGA L 203 L 203 0.758 0 0.020 0.106 1.347 81.818 77.727 1.026 LGA N 204 N 204 0.739 0 0.019 0.043 1.507 90.909 78.409 1.433 LGA G 205 G 205 0.239 0 0.043 0.043 0.389 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.266 0 0.000 0.071 0.647 100.000 95.455 0.647 LGA N 207 N 207 0.490 0 0.038 0.089 0.645 100.000 90.909 0.645 LGA G 208 G 208 0.588 0 0.103 0.103 1.088 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.774 0 0.064 0.188 2.439 81.818 66.869 2.439 LGA D 210 D 210 0.776 0 0.083 0.256 0.789 81.818 84.091 0.590 LGA Y 211 Y 211 1.362 0 0.106 0.604 1.840 65.455 60.606 1.551 LGA S 212 S 212 2.141 0 0.643 0.772 5.996 45.455 32.121 5.996 LGA Y 213 Y 213 2.940 0 0.187 1.072 14.210 38.636 13.030 14.210 LGA A 215 A 215 0.790 0 0.199 0.216 1.792 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.395 0 0.000 0.164 0.727 100.000 95.455 0.727 LGA A 217 A 217 0.386 0 0.041 0.050 0.464 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.230 0 0.040 0.094 0.755 100.000 96.970 0.755 LGA H 219 H 219 0.292 0 0.023 0.127 0.629 100.000 94.545 0.629 LGA L 220 L 220 0.385 0 0.015 0.076 0.461 100.000 100.000 0.431 LGA T 221 T 221 0.315 0 0.000 0.027 0.343 100.000 100.000 0.342 LGA N 222 N 222 0.309 0 0.045 0.073 0.523 95.455 97.727 0.259 LGA L 223 L 223 0.586 0 0.049 0.117 0.994 86.364 84.091 0.918 LGA Q 224 Q 224 0.619 0 0.046 0.139 1.326 86.364 76.566 1.050 LGA I 225 I 225 0.587 0 0.049 0.070 0.671 81.818 84.091 0.472 LGA P 226 P 226 0.880 0 0.026 0.053 1.109 81.818 77.143 1.109 LGA T 227 T 227 0.922 0 0.045 0.144 1.170 81.818 79.481 1.170 LGA P 228 P 228 0.956 0 0.138 0.170 0.956 81.818 81.818 0.795 LGA S 229 S 229 1.079 0 0.126 0.119 1.217 69.545 70.909 0.962 LGA G 230 G 230 1.225 0 0.000 0.000 1.311 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.814 0 0.073 0.523 1.075 86.364 80.202 0.809 LGA K 232 K 232 0.895 0 0.182 0.303 2.081 77.727 68.081 2.081 LGA R 233 R 233 0.872 0 0.028 1.118 6.358 81.818 40.992 4.176 LGA W 234 W 234 0.269 0 0.029 0.169 0.786 95.455 89.610 0.786 LGA N 235 N 235 0.523 0 0.066 0.778 2.856 95.455 79.773 0.909 LGA Q 236 Q 236 0.518 0 0.000 0.741 2.677 86.364 66.465 2.662 LGA Y 237 Y 237 0.973 0 0.043 0.142 1.558 77.727 68.333 1.558 LGA T 238 T 238 0.625 0 0.000 0.119 0.760 81.818 81.818 0.760 LGA I 239 I 239 0.506 0 0.020 0.092 0.572 81.818 90.909 0.409 LGA K 240 K 240 0.999 0 0.020 0.185 3.490 73.636 53.939 3.490 LGA A 241 A 241 1.009 0 0.090 0.099 1.159 69.545 68.727 - LGA I 242 I 242 0.353 0 0.039 0.056 0.499 100.000 100.000 0.432 LGA L 243 L 243 0.365 0 0.042 0.063 0.535 95.455 97.727 0.447 LGA Q 244 Q 244 0.644 0 0.060 0.273 1.060 81.818 80.000 0.637 LGA N 245 N 245 0.613 0 0.025 0.067 0.700 81.818 81.818 0.700 LGA E 246 E 246 0.430 0 0.027 0.593 1.455 100.000 90.303 1.455 LGA V 247 V 247 0.398 0 0.003 0.045 0.416 100.000 100.000 0.409 LGA Y 248 Y 248 0.356 0 0.035 0.129 1.060 100.000 92.576 1.060 LGA I 249 I 249 0.331 0 0.000 0.037 0.621 100.000 95.455 0.590 LGA G 250 G 250 0.154 0 0.016 0.016 0.379 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.514 0 0.045 0.061 0.631 86.364 84.416 0.513 LGA V 252 V 252 0.530 0 0.037 0.092 0.761 81.818 84.416 0.761 LGA K 253 K 253 0.360 0 0.076 0.145 0.731 95.455 91.919 0.405 LGA Y 254 Y 254 0.758 0 0.054 0.317 2.550 81.818 60.758 2.550 LGA K 255 K 255 0.458 0 0.038 0.578 2.693 86.364 67.677 2.069 LGA V 256 V 256 0.491 0 0.099 0.119 0.765 95.455 92.208 0.334 LGA R 257 R 257 0.586 0 0.074 1.136 4.607 81.818 62.645 3.360 LGA E 258 E 258 0.777 0 0.061 0.275 1.680 81.818 74.747 1.680 LGA K 259 K 259 1.651 0 0.034 0.752 2.222 48.182 53.131 1.075 LGA T 260 T 260 2.605 0 0.000 0.047 2.988 30.000 30.390 2.569 LGA K 261 K 261 3.995 0 0.027 0.190 6.604 11.364 5.455 6.604 LGA D 262 D 262 3.416 0 0.025 1.028 4.070 20.909 16.136 3.849 LGA G 263 G 263 2.332 0 0.000 0.000 2.614 41.818 41.818 - LGA K 264 K 264 1.441 0 0.105 0.446 3.351 61.818 55.354 3.351 LGA R 265 R 265 1.184 0 0.081 0.921 4.574 61.818 46.281 4.574 LGA T 266 T 266 1.079 0 0.037 0.129 1.485 73.636 72.468 0.980 LGA I 267 I 267 0.828 0 0.030 0.064 1.454 81.818 73.636 1.454 LGA R 268 R 268 0.636 0 0.017 0.936 2.617 81.818 74.215 1.912 LGA P 269 P 269 0.823 0 0.000 0.025 0.925 81.818 81.818 0.925 LGA E 270 E 270 0.713 0 0.032 0.259 0.877 81.818 81.818 0.877 LGA K 271 K 271 0.914 0 0.082 0.730 3.864 81.818 58.990 3.623 LGA E 272 E 272 0.512 0 0.091 0.145 1.175 86.364 78.384 1.175 LGA Q 273 Q 273 0.616 0 0.031 0.100 0.709 81.818 81.818 0.543 LGA I 274 I 274 0.567 0 0.030 0.114 1.219 86.364 82.045 1.219 LGA V 275 V 275 0.215 0 0.062 0.091 0.456 100.000 100.000 0.402 LGA V 276 V 276 0.393 0 0.047 0.045 0.476 100.000 100.000 0.453 LGA Q 277 Q 277 0.388 0 0.051 0.576 2.330 100.000 80.808 2.330 LGA D 278 D 278 0.222 0 0.037 0.233 1.074 100.000 95.682 1.074 LGA A 279 A 279 0.332 0 0.019 0.023 0.433 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.220 0 0.028 0.104 0.414 100.000 100.000 0.159 LGA A 281 A 281 0.217 0 0.018 0.016 0.351 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.108 0 0.033 0.039 0.285 100.000 100.000 0.285 LGA I 283 I 283 0.246 0 0.033 0.048 0.501 100.000 97.727 0.501 LGA I 284 I 284 0.305 0 0.020 0.095 0.567 95.455 97.727 0.194 LGA D 285 D 285 1.024 0 0.090 0.893 3.153 69.545 57.955 1.815 LGA K 286 K 286 1.090 0 0.027 0.244 1.259 65.455 69.091 0.970 LGA E 287 E 287 1.146 0 0.031 0.422 2.210 65.455 62.424 1.090 LGA Q 288 Q 288 0.847 0 0.030 0.352 2.202 81.818 70.101 1.762 LGA F 289 F 289 0.859 0 0.031 0.111 1.030 81.818 80.331 0.985 LGA Q 290 Q 290 1.117 0 0.028 1.283 3.305 65.455 52.727 2.918 LGA Q 291 Q 291 0.966 0 0.036 0.073 1.026 77.727 80.000 0.930 LGA S 292 S 292 0.849 0 0.040 0.677 2.977 81.818 72.727 2.977 LGA Q 293 Q 293 1.090 0 0.000 0.261 1.612 69.545 65.657 1.612 LGA V 294 V 294 1.213 0 0.034 0.047 1.459 65.455 65.455 1.328 LGA K 295 K 295 0.726 0 0.063 0.162 0.873 81.818 89.899 0.453 LGA I 296 I 296 0.890 0 0.030 0.083 1.232 73.636 73.636 1.015 LGA A 297 A 297 1.468 0 0.116 0.131 1.860 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.430 0 0.028 0.215 1.859 82.273 72.273 1.859 LGA K 299 K 299 2.234 0 0.234 0.582 12.721 66.818 30.303 12.721 LGA V 300 V 300 2.588 0 0.159 0.153 5.405 45.000 26.753 5.405 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.077 1.018 1.883 80.650 75.248 63.285 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.08 94.259 97.391 11.468 LGA_LOCAL RMSD: 1.077 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.077 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.077 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.212327 * X + 0.776292 * Y + 0.593539 * Z + 144.148941 Y_new = -0.954847 * X + 0.293981 * Y + -0.042920 * Z + 172.606979 Z_new = -0.207808 * X + -0.557626 * Y + 0.803660 * Z + 177.196075 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.351989 0.209333 -0.606592 [DEG: -77.4632 11.9939 -34.7551 ] ZXZ: 1.498610 0.637376 -2.784871 [DEG: 85.8640 36.5189 -159.5613 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS311_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS311_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.08 97.391 1.08 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS311_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.651 185.045 153.303 1.00 97.19 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.188 185.780 154.484 1.00 97.19 C ATOM 2722 C GLY 165 151.663 185.794 154.648 1.00 97.19 C ATOM 2723 O GLY 165 151.124 186.624 155.376 1.00 97.19 O ATOM 2724 N LYS 166 150.936 184.902 153.965 1.00 97.83 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.486 184.763 154.140 1.00 97.83 C ATOM 2728 C LYS 166 149.180 183.986 155.415 1.00 97.83 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.831 184.107 152.922 1.00 97.83 C ATOM 2732 O LYS 166 149.882 183.042 155.786 1.00 97.83 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.912 184.995 151.677 1.00 97.83 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.434 184.225 150.444 1.00 97.83 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.305 185.189 149.267 1.00 97.83 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.168 184.450 147.993 1.00 97.83 N ATOM 2746 N TRP 167 148.082 184.344 156.062 1.00 97.38 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.611 183.661 157.255 1.00 97.38 C ATOM 2750 C TRP 167 146.899 182.354 156.893 1.00 97.38 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.708 184.592 158.053 1.00 97.38 C ATOM 2754 O TRP 167 145.912 182.339 156.162 1.00 97.38 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.310 184.027 159.376 1.00 97.38 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.096 183.530 159.705 1.00 97.38 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.150 183.856 160.555 1.00 97.38 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.364 183.260 161.582 1.00 97.38 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.501 184.138 160.856 1.00 97.38 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.123 183.084 161.012 1.00 97.38 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.229 183.264 163.123 1.00 97.38 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 146.884 182.961 162.848 1.00 97.38 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.033 183.850 162.128 1.00 97.38 C ATOM 2770 N ILE 168 147.406 181.237 157.417 1.00 91.90 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.890 179.879 157.134 1.00 91.90 C ATOM 2774 C ILE 168 146.357 179.195 158.397 1.00 91.90 C ATOM 2775 CB ILE 168 148.019 179.054 156.500 1.00 91.90 C ATOM 2777 O ILE 168 145.738 178.130 158.346 1.00 91.90 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.490 179.695 155.190 1.00 91.90 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.624 177.601 156.168 1.00 91.90 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.951 179.364 155.030 1.00 91.90 C ATOM 2789 N SER 169 146.618 179.790 159.558 1.00 79.81 N ATOM 2791 CA SER 169 146.386 179.170 160.856 1.00 79.81 C ATOM 2793 C SER 169 145.014 179.539 161.407 1.00 79.81 C ATOM 2794 CB SER 169 147.506 179.567 161.823 1.00 79.81 C ATOM 2797 O SER 169 144.898 180.478 162.175 1.00 79.81 O ATOM 2798 OG SER 169 148.684 178.841 161.517 1.00 79.81 O ATOM 2800 N GLY 170 143.981 178.759 161.080 1.00 88.16 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 140.865 190.078 160.978 1.00 97.56 C ATOM 2903 C GLN 177 141.537 189.534 159.713 1.00 97.56 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.666 190.983 160.670 1.00 97.56 C ATOM 2907 O GLN 177 142.513 190.092 159.214 1.00 97.56 O ATOM 2908 CG GLN 177 140.035 192.254 159.883 1.00 97.56 C ATOM 2911 CD GLN 177 138.824 193.120 159.559 1.00 97.56 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 138.973 194.089 158.685 1.00 97.56 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.724 192.930 160.050 1.00 97.56 O ATOM 2916 N LEU 178 141.014 188.430 159.173 1.00 97.99 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.513 187.864 157.921 1.00 97.99 C ATOM 2920 C LEU 178 140.909 188.604 156.725 1.00 97.99 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.214 186.355 157.875 1.00 97.99 C ATOM 2924 O LEU 178 139.710 188.489 156.453 1.00 97.99 O ATOM 2925 CG LEU 178 141.747 185.658 156.605 1.00 97.99 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.272 185.676 156.551 1.00 97.99 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.287 184.201 156.589 1.00 97.99 C ATOM 2935 N ASN 179 141.747 189.289 155.953 1.00 97.57 N ATOM 2937 CA ASN 179 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